1LYGA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVINKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lygA00
1T8FA 1DYDA 1L52A 1C65A 1L29A 1L00A 223LA 3FA0A 192LA 4I7JA 1I6SA 3SB9A 1QTHA 1C6KA 107LA 1D2WA 3UONA 1L16A 4E97A 1K28A 1L70A 1C67A 3K2RA 1L20A 1CVKA 189LA 3C7YA 156LA 178LA 182LA 185LA 3GUIA 1DYEA 4ZPUA 1L51A 145LA 1L46A 1XJUA 4S0WA 1QS5A 3C82A 123LA 1LYFA 2OE4X 1NHBA 1L62A 180LA 1OV5A 3F8VA 3C8QA 3HUKA 129LA 1KW7A 1L30A 1QTBA 2NTGA 250LA 3DN0A 1QSBA 114LA 167LA 122LA 195LA 3ODUA 1C6PA 2RB2X 1G0MA 1CV6A 242LA 1KNIA 218LA 1L0JA 3CDQA 137LA 4ARQB 1L92A 1D3NA 176LA 3V2WA 1SSYA 2HUKA 3C83A 1XJTA 3NY9A 7LZMA 149LA 111LA 2HULA 3G3VA 1DYCA 1QT8A 4GBRB 3C7WA 3HDFA 1C6CA 143LA 1ZWNA 244LA 200LA 1C6NA 196LA 215LA 1QTCA 214LA 228LA 1L07A 4I7RA 1PQOA 3VW7A 4I7PA 2B6WA 1C6HA 146LA 1C6LA 1LWGA 157LA 1L55A 1L45A 104LA 113LA 1L86A 1LGUA 4W54A 3CDRA 1L42A 3HH4A 258LA 4YXAC 1CUQA 1KS3A 1L27A 1L56A 1L82A 173LA 1L44A 3C7ZA 1L41A 1L09A 1L63A 3PDSA 252LA 234LA 2RBSA 127LA 1L57A 1L33A 1LI3A 151LA 3DN4A 1SWYA 162LA 3RUNA 3GULA 1L77A 3DN8A 2RBPA 1PQDA 1OYUA 2B6TA 1P6YA 1OWYA 3GUKA 1TLAA 1JQUA 2RBQA 1CV0A 1QTDA 3DKEX 2OTZX 103LA 4I7NA 1CU3A 1LYEA 4I7OA 1PQMA 2LZMA 2NTHA 3LZMA 1QT7A 2F32A 257LA 236LA 1C6EA 1L61A 1G0PA 1QUOA 3G3XA 4PJZA 1L04A 3SN6R 1G0KA 119LA 1P3NA 2B6ZA 1L74A 4W55A 4ARMA 1CV5A 4I7LA 1L49A 1L89A 1JTNA 3OE0A 1L31A 249LA 1CV1A 2RH1A 4DJHA 211LA 2RB1X 2HUMA 1LI2A 1C60A 219LA 3OE6A 1OVKA 4EXMA 1L54A 2A4TA 2B75A 184LA 3FADA 260LA 3CDOA 1LGWA 4GRVA 1C69A 177LA 3HH5A 1LW9A 239LA 1C62A 1CU6A 1SSWA 1L01A 128LA 3HTBA 6LZMA 1L47A 1CU0A 201LA 3OE9A 3DNAA 245LA 1CV3A 1L53A 1L98A 2LC9A 4YXCA 2F47A 1LYHA 1KY0A 1G1WA 1QTVA 2B6XA 2OE7X 169LA 186LA 1CV4A 3GUNA 229LA 1C6GA 4EKPA 3V2YA 1L19A 3C80A 2L78A 2OTYX 126LA 1L05A 224LA 2OU0X 2CUUA 1L58A 1LYGA 2B6YA 148LE 1L60A 1L90A 1C6TA 1OVJA 1L38A 2ANXA 3F9LA 1L91A 2QB0B 1C6QA 112LA 1C68A 1L76A 1D9WA 3HT8A 220LA 3HH3A 2QARC 3HDEA 4W58A 1QT4A 1L65A 4W52A 4EKQA 4EJ4A 130LA 1PQKA 1D3FA 142LA 1QT3A 139LA 3CDVA 3GUMA 1KY1A 4ARLA 1L39A 3HUAA 1OV7A 1L97A 1C6FA 4LDLA 1B6IA 1QT5A 3GUJA 1P46A 131LA 115LA 1L69A 171LA 140LA 1ZURA 4K5YA 4I7KA 1CX6A 4ARQA 1LLHA 1SX2A 2IGCA 2RBOA 3NY8A 4LDOA 2O7AA 1CTWA 187LA 118LA 188LA 1SX7A 3QAKA 1L95A 259LA 109LA 3HU8A 1G06A 3SB5A 3G3WA 1L48A 1G0LA 1L68A 222LA 253LA 4DAJA 1P7SA 248LA 1LGXA 163LA 110LA 1C64A 1OVHA 262LA 150LA 3PBLA 2RAYX 4LZMA 256LA 3HUQA 1L02A 4EKSA 5I14A 1L96A 227LA 1L43A 1T6HA 1L66A 1L73A 2OU9A 147LA 2RB0X 1LYIA 210LA 191LA 3HU9A 1QTZA 4AQNA 4ARJA 1L11A 1P56A 120LA 1L71A 1L64A 2LCBA 1L88A 4IAPA 1LWKA 190LA 3HTGA 1C6AA 3FI5A 233LA 1CX7A 164LA 3DN2A 4W56A 1G07A 1P36A 1XEPA 212LA 1T8AA 3D4SA 3SB7A 1G0JA 1EPYA 1L26A 225LA 4W57A 1LYDA 232LA 3CDTA 1L94A 235LA 3HWLA 1DYFA 3L2XA 4PK0A 3L64A 4LDEA 125LA 159LA 1L28A 172LA 1DYBA 138LA 1CUPA 1L84A 2O79A 241LA 1L40A 1C63A 1C6JA 4YX7C 217LA 1L36A 3C81A 2RAZX 3HT9A 3HTDA 3SBAA 3OE8A 1L25A 1CU2A 1QUGA 246LA 3SB6A 2RBNA 3DN6A 144LA 1L13A 1DYGA 1L75A 199LA 2F2QA 209LA 3NYAA 1L59A 4W53A 1KW5A 2Q9EA 3SBBC 3HH6A 1L72A 1L32A 1L08A 3HT6A 1L10A 1SWZA 1L12A 254LA 240LA 243LA 1L17A 4I7TA 1D2YA 1P5CA 3C8RA 1T8GA 183LA 4I7SA 3RZEA 247LA 4OO9A 1JTMA 1PQIA 2Q9DA 1L67A 3C8SA 1L15A 1T97A 1P2RA 231LA 4I7QA 168LA 4W51A 4EPIA 1CU5A 4I7MA 1C61A 1L06A 4EPFA 155LA 1L79A 3GUOA 2RBRA 3DN1A 2B72A 102LA 2B7XA 221LA 161LA 1OWZA 1L21A 141LA 1L37A 1L18A 1C6IA 1L81A 1G0GA 205LA 230LA 3DN3A 206LA 108LA 213LA 3GUPA 160LA 1L34A 238LA 1P37A 1L14A 1G0QA 1C6DA 1P64A 237LA 175LA 1L22A 1QUHA 1QUDA 1L24A 1LYJA 1DYAA 1D3MA 2Z6BA 251LA 181LA 255LA 226LA 1L80A 4DKLA 2O4WA 1PQJA 3HT7A 1L99A 198LA 2OU8A 2OE9X 3DMVA 216LA 4ARMB 158LA 165LA 1LI6A 197LA 1C6BA 1QSQA 1L23A 1LPYA 4W59A 2B73A 152LA 1L87A 1QT6A 166LA 1L50A 174LA 3SB8A 1D3JA 1C6MA 4EKRA 1L85A 3JR6A 1L0KA 2ANVA 4ARPA 1ZYTA 1QS9A 3DMZA 3DMXA 1C66A 3EMLA 2OEAX 2B70A 3HTFA 1L93A 1L03A 1L83A 2B74A 170LA 1WTHA 1P2LA 1G1VA 1L35A 261LA 5LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PJ2C 1LJEA 1O23A 1DYDA 1LAAA 2F4AA 1L29A 1JJ3A 1CKGA 3G3AB 1WTMA 5J7CA 4I7JA 3SB9A 4Z41A 1C6KA 4PPOA 2BAAA 1J1XY 2AUBA 1LSPA 1VATA 1GFKA 1VDQA 1NKHA 2EPEA 4ETEA 1EQEA 1LHLA 3J6KA 5KXOA 178LA 3A95A 3GUIA 1DYEA 4H90A 3TMXA 1L51A 1IC7Y 1NMMA 4S0WA 193LA 1QS5A 1B9OA 2HEBA 1B5WA 4ETDA 1NHBA 1L62A 4N0JA 2MEBA 3HUKA 1QTBA 2VB1A 4GN4A 3ODUA 1JIYA 2Z2FA 3W6BA 5KY1A 1G0MA 1C08C 1CV6A 3CDQA 1L92A 1YILA 2DQHY 1D3NA 176LA 2HUKA 1XJTA 1GF3A 3NY9A 7LZMA 111LA 1IR8A 3G3VA 1HENA 1DYCA 1LHIA 244LA 3A6BY 228LA 1QTCA 1PQOA 2YDGA 5C6LA 4I7PA 5KXZA 2B6WA 1VAUA 5HMVA 3TXBA 104LA 113LA 1LTMA 1RJCB 3W6CA 1BB4A 3E3DA 1LGUA 3GXKA 1CJ7A 4YXAC 1CUQA 2D6BA 1L82A 173LA 4NHTA 1JJ1A 1L44A 2YBLA 3WMKA 1L33A 5FSTA 3DN4A 3RUNA 2RBPA 154LA 1LSDA 1TLAA 3ATOA 1T6VL 2HEAA 2W1YA 1VDSA 1HELA 1PQMA 3LZMA 3QY4A 3WU9A 4LFPA 4B4JA 4WOAA 2YBMA 1JISA 1B7PA 2BQMA 3AZ7A 4PJZA 1L04A 3SN6R 119LA 1JSEA 1B7NA 5I4XA 4ARMA 1L89A 1JTNA 3OE0A 211LA 2HUMA 1C60A 219LA 4A7DA 1OVKA 1LKRA 1FDLY 1LGWA 1LJKA 1NWGA 1LZ8A 1ALCA 3RT5X 1LZGA 128LA 1NHEA 3DNAA 245LA 1YKXX 1LYHA 1HFXA 3IJUA 1LSCA 1HEWA 1IP4A 1CV4A 5LINA 1B5VA 2W1XA 4LT1A 3V2YA 1C45A 4J1AA 1JEFA 4H8YA 2OTYX 1CJ8A 2HEDA 1LZ9A 1L05A 1L58A 3WULA 2ZIJA 4UWNA 3P66A 1OVJA 2ANXA 3F9LA 2DQIY 2QB0B 4HV1A 1IWUA 1LMAA 1IP5A 4XADA 2QARC 3HDEA 2Q0MX 4W58A 1INUA 1WVVA 4XJHA 4H9IA 4QY9A 2I6ZA 3CDVA 2RSCA 4ARLA 2DQJY 3CQLA 1OV7A 3B0KA 1GB3A 5EBHA 1OUAA 1QT5A 4HSFA 1P46A 131LA 1L69A 1UACY 1REMA 3T36A 1SX2A 2IGCA 187LA 3WU7A 1DQJC 3HU8A 3G3WA 1L68A 253LA 1E8LA 1LGXA 163LA 150LA 1LZRA 256LA 4WG1A 5L9JA 2ZNXY 5DL9A 227LA 2D4JA 5DN4A 1L73A 1LZ4A 5E4PA 2Y8PA 5B1FA 1OQMA 1QUTA 191LA 4L41A 4AQNA 1P56A 4H9AA 2FBDA 5KXYA 4DD0A 1AT5A 4GCFA 1IR9A 3WXTA 190LA 5KXSA 5KXNA 4WM2A 1YL0X 5B05A 1AM7A 2DQFC 1LZNA 1TAYA 1G0JA 5C6IA 4YF2A 4TWSA 4W57A 1LYDA 1D0MA 3HWLA 4PK0A 159LA 4CFOA 5D5FA 1L28A 4LFXA 2O79A 241LA 1L40A 4OWBA 217LA 1GBZA 3C81A 1C46A 2RAZX 3HT9A 3M18B 3SBAA 1YAMA 4E3UA 3SB6A 2RBNA 5F9UA 3CT0A 1GFHA 1L75A 1LSEA 199LA 2I26L 4DD7A 4B4IA 2MEAA 3SBBC 1B7OA 1L32A 3HT6A 254LA 240LA 1GB6A 243LA 1L17A 5KXKA 2C8OA 1D2YA 1CNSA 3C8RA 4DWXA 4MCKA 3RZEA 2Q9DA 5ILCA 5F9XA 1KXYA 1QDRA 2BQOA 4I7QA 2G4NA 2BQJA 1LSBA 1L06A 2CDSA 3ZVQA 5KKIA 1JTOL 4LYCA 2B7XA 4QDNA 221LA 135LA 161LA 2BLXA 141LA 1L37A 2BQNA 5FELA 205LA 230LA 1D9UA 213LA 1SLYA 3GUPA 3AYQA 238LA 1IP7A 1P37A 1G0QA 2X0AA 175LA 2BPUA 4TSBA 1QUDA 1L24A 4XYYA 1DYAA 5K7OA 4DD1A 5LVHA 4WM5A 4H1PA 1GFGA 181LA 226LA 1IP3A 1DZBX 4DQ5A 216LA 2H9JA 5DN5A 1IOQA 1HEMA 1C6BA 4DC4A 1L23A 4NGOA 2B73A 152LA 1L87A 3ATNA 1QT6A 1L50A 3AGHA 1GFJA 5DM9A 1HMKA 1RCMA 1L0KA 1LZTA 3BKHA 5I5QA 2OEAX 2B70A 3HTFA 1L93A 4HJVA 170LA 1WTHA 1P2LA 261LA 4N9RA 1DPWA 1GB0A 1L52A 4GLVA 3QE8A 4O34A 2EIZC 3FA0A 1WQMA 192LA 4KPMA 1LHJA 1LOZA 4GN3A 1IOTA 1L16A 1BB7A 1GXXA 2C8PA 3K2RA 1BQLY 189LA 1HMLA 1T3PA 1GB8A 4ZPUA 3D3DA 1XJUA 4KT3A 4B4EA 4WO9A 1LYFA 180LA 1OV5A 4NGWA 3F8VA 1YQVY 1L30A 5KXPA 1UICA 4DD2A 250LA 122LA 195LA 5IDDA 4HTQA 5LYZA 4H9CA 218LA 4ARQB 1YKYX 1XFPL 1SSYA 1QSAA 1HFZA 2HULA 1GDXA 1RE2A 1C6CA 4LGKA 3VW7A 196LA 4I7RA 214LA 3A96A 4NSGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4PJ2 C;  1LJE A;  1O23 A;  1DYD A;  1LAA A;  2F4A A;  1L29 A;  1JJ3 A;  1CKG A;  3G3A B;  1WTM A;  5J7C A;  4I7J A;  3SB9 A;  4Z41 A;  1C6K A;  4PPO A;  2BAA A;  1J1X Y;  2AUB A;  1LSP A;  1VAT A;  1GFK A;  1VDQ A;  1NKH A;  2EPE A;  4ETE A;  1EQE A;  1LHL A;  3J6K A;  5KXO A;  178L A;  3A95 A;  3GUI A;  1DYE A;  4H90 A;  3TMX A;  1L51 A;  1IC7 Y;  1NMM A;  4S0W A;  193L A;  1QS5 A;  1B9O A;  2HEB A;  1B5W A;  4ETD A;  1NHB A;  1L62 A;  4N0J A;  2MEB A;  3HUK A;  1QTB A;  2VB1 A;  4GN4 A;  3ODU A;  1JIY A;  2Z2F A;  3W6B A;  5KY1 A;  1G0M A;  1C08 C;  1CV6 A;  3CDQ A;  1L92 A;  1YIL A;  2DQH Y;  1D3N A;  176L A;  2HUK A;  1XJT A;  1GF3 A;  3NY9 A;  7LZM A;  111L A;  1IR8 A;  3G3V A;  1HEN A;  1DYC A;  1LHI A;  244L A;  3A6B Y;  228L A;  1QTC A;  1PQO A;  2YDG A;  5C6L A;  4I7P A;  5KXZ A;  2B6W A;  1VAU A;  5HMV A;  3TXB A;  104L A;  113L A;  1LTM A;  1RJC B;  3W6C A;  1BB4 A;  3E3D A;  1LGU A;  3GXK A;  1CJ7 A;  4YXA C;  1CUQ A;  2D6B A;  1L82 A;  173L A;  4NHT A;  1JJ1 A;  1L44 A;  2YBL A; 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