1LYJA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIAKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyjA00
1LGXA 1L96A 1T8FA 1L93A 1CX7A 1L92A 4YXCA 184LA 1L30A 1CV1A 1JQUA 1KNIA 3FADA 112LA 1OWYA 1L35A 1PQIA 4W56A 1L21A 3PDSA 1DYEA 1LWKA 1L00A 1QT7A 4ZPUA 141LA 2QB0B 125LA 1QT5A 189LA 1G06A 1CUPA 1L34A 1L65A 156LA 2IGCA 1CU3A 1L19A 123LA 188LA 1P2LA 1CU6A 1L95A 3CDRA 1L55A 137LA 1C67A 1OYUA 2A4TA 1G0JA 1L60A 1T97A 3HDEA 1L26A 1QTZA 1L39A 1CU0A 2Q9DA 109LA 1QTBA 142LA 1DYGA 1K28A 244LA 1L73A 149LA 1T8GA 4EPIA 1XJUA 4E97A 1L37A 145LA 3C8SA 2OE4X 4EPFA 2LCBA 4LDOA 243LA 4PJZA 3DN8A 1SX2A 224LA 1WTHA 183LA 1L22A 1P37A 1G07A 2F2QA 250LA 1LPYA 3L64A 1L27A 2OTYX 147LA 2RB2X 1L76A 2RBSA 229LA 4W58A 1SSYA 1L47A 3QAKA 2B75A 216LA 3DNAA 3G3XA 1QUGA 2RBNA 4W53A 1L91A 4ARMA 1L20A 166LA 3OE6A 1CVKA 255LA 3RZEA 3HT8A 4W54A 2B6ZA 1G0QA 103LA 195LA 4YX7C 3C7YA 1CTWA 2NTHA 3DN6A 210LA 237LA 1XJTA 220LA 4I7TA 1EPYA 1CU5A 3G3WA 1LYFA 4ARJA 2F32A 1L45A 2LZMA 1L23A 2OE7X 2F47A 1L06A 1L68A 3NY9A 3DN0A 3CDVA 2OU0X 1L84A 127LA 256LA 173LA 1I6SA 239LA 3SB9A 1JTMA 1L36A 2CUUA 3DMZA 2O4WA 1CV4A 1DYDA 1C6AA 1P46A 2B6XA 1L14A 2OE9X 2ANXA 4ARLA 213LA 162LA 1C6IA 1L71A 1QUHA 219LA 223LA 1C6QA 3CDOA 4GBRB 4ARQA 1C69A 4IAPA 2OU8A 1L32A 2O79A 1JTNA 1D3NA 1L49A 1L64A 218LA 3OE0A 3V2YA 1L50A 1L0KA 1L88A 1L41A 3GUPA 1L61A 1L81A 2OEAX 3SBAA 4LZMA 1SWZA 262LA 3C80A 4PK0A 114LA 231LA 170LA 1L02A 1C6BA 1C60A 2B74A 1LGWA 1SX7A 1KW5A 1L79A 2B6YA 4K5YA 3HUQA 4EKPA 4I7KA 198LA 234LA 3C8QA 113LA 1PQJA 4EXMA 1P6YA 242LA 4ARMB 4I7MA 4I7NA 1CV0A 2RAYX 1DYFA 1G0MA 177LA 119LA 3DMXA 1L85A 6LZMA 3HWLA 1L04A 246LA 4EJ4A 3VW7A 1OVHA 4I7OA 1LI3A 1L10A 3D4SA 1L28A 3FI5A 3GUJA 1L87A 1QTDA 1L75A 165LA 1G0LA 108LA 1PQKA 129LA 1L70A 3DMVA 3JR6A 1C6JA 3RUNA 4LDEA 102LA 235LA 107LA 160LA 186LA 2OU9A 138LA 1L51A 254LA 1L13A 2B6WA 1SSWA 3OE9A 1G0GA 3SB5A 1L97A 190LA 1C6KA 1L18A 1L46A 111LA 4GRVA 1L62A 1PQOA 1L83A 167LA 1QSQA 4AQNA 2HUMA 1D2WA 4ARQB 1KW7A 150LA 1ZYTA 1L72A 152LA 1C6LA 4S0WA 2RBRA 2NTGA 205LA 4I7PA 140LA 3HU8A 1OWZA 139LA 2RBOA 1L29A 1L31A 3GUOA 3HTDA 4LDLA 1L12A 2QARC 3DN2A 1G1WA 3CDTA 4EKSA 163LA 7LZMA 3EMLA 1P7SA 249LA 2O7AA 1KY1A 3DN1A 3OE8A 191LA 164LA 1L80A 1L17A 1L66A 1L56A 1LLHA 1QS5A 1LYDA 1L44A 1P64A 3F8VA 2RBQA 192LA 1QT8A 1P36A 3GULA 4W57A 1C6EA 4YXAC 3C7WA 3UONA 3GUIA 1C6FA 2Q9EA 232LA 1C6CA 1L03A 1L52A 2LC9A 1L01A 4I7LA 1L89A 146LA 3HUKA 3SBBC 1T8AA 1QT4A 2HULA 241LA 1T6HA 1L67A 159LA 3NYAA 4OO9A 1C6DA 260LA 1QSBA 2B7XA 5I14A 1G0KA 3F9LA 1D9WA 4I7QA 1QT3A 3G3VA 1LYJA 1C61A 1L53A 1KY0A 3HUAA 1OVJA 1D2YA 3HT9A 1B6IA 143LA 257LA 104LA 3CDQA 2OTZX 1L69A 120LA 4DAJA 1L40A 181LA 1L99A 2RB0X 1KS3A 2L78A 233LA 221LA 2B6TA 171LA 1L54A 1DYCA 252LA 126LA 258LA 3SB6A 130LA 248LA 1L98A 230LA 1OV5A 1L33A 1L07A 225LA 3HT6A 3HH4A 2RB1X 3LZMA 3C81A 201LA 3HT7A 1L77A 4EKQA 2RH1A 1L74A 3GUNA 182LA 4I7RA 1G1VA 3GUMA 1QUOA 3SN6R 3C7ZA 226LA 3DKEX 1XEPA 118LA 1L59A 1LYGA 3PBLA 253LA 1D3MA 3DN3A 3HH6A 1L43A 1CUQA 1ZWNA 259LA 122LA 1CX6A 1C6MA 1L0JA 3HTFA 161LA 1L86A 4W59A 1LI6A 1LYHA 115LA 228LA 1L63A 1C6GA 110LA 1DYBA 261LA 197LA 3C82A 3V2WA 1L48A 1LYIA 169LA 251LA 1P56A 2RBPA 1CV5A 4DKLA 1C6TA 1OV7A 1C63A 4DJHA 178LA 1LW9A 155LA 1L42A 240LA 4I7JA 5LZMA 1ZURA 3L2XA 247LA 199LA 1C62A 1C6NA 1C6PA 1L94A 174LA 1G0PA 148LE 1L11A 3HH5A 172LA 1PQDA 1SWYA 4W55A 1QT6A 1CV3A 1QTVA 2ANVA 1CV6A 175LA 1P2RA 3ODUA 1OVKA 222LA 1L82A 3C83A 144LA 3HU9A 215LA 1QUDA 1L24A 1L38A 2B70A 4I7SA 211LA 238LA 3NY8A 214LA 4W51A 3HDFA 212LA 1D3FA 1C66A 196LA 1TLAA 176LA 187LA 185LA 1L16A 1P3NA 1L05A 3SB8A 131LA 168LA 3FA0A 2HUKA 1C64A 1C65A 245LA 1P5CA 1QTHA 1DYAA 2Z6BA 1PQMA 2B73A 1C68A 206LA 1L15A 3SB7A 1L25A 3HTBA 158LA 1CU2A 1LGUA 1D3JA 1NHBA 217LA 2RAZX 3HTGA 3DN4A 227LA 128LA 236LA 4W52A 1L90A 3GUKA 1LWGA 1LYEA 1QS9A 1QTCA 1L58A 4ARPA 1L09A 2B72A 157LA 4EKRA 180LA 1C6HA 1LI2A 3C8RA 1L08A 1L57A 3K2RA 3HH3A 151LA 200LA 209LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RFPA 1L93A 4QEQA 134LA 1C7PA 1CV1A 4WOAA 1IP2A 3FADA 4W56A 1CKHA 2XBSA 4II8A 2BLXA 1L21A 1DYEA 1GXV2 1L00A 2A7DA 2Q0MX 4KT3A 1GPQC 1HEMA 3A90A 4ZPUA 2QB0B 5DN4A 1L65A 1L34A 1IP5A 4H94A 156LA 1LHIA 3W6BA 4LYBA 188LA 4GN5C 4E3UA 2Z2FA 2A4TA 5B59A 4I8SA 1QTZA 1GE2A 1LSAA 4KPMA 1CU0A 1GF6A 109LA 4CFOA 3EMSA 3E3DA 4NGKA 4WLTA 1T8GA 3HBHA 3QY4A 3B72A 5FSTA 4LDOA 243LA 4EOFA 4PJZA 2BQOA 1IOQA 5F14A 3DN8A 1LZ4A 4NEBA 1LSYA 1C45A 1L22A 2DQAA 5KXOA 1G07A 2F2QA 3LN2A 1JKDA 147LA 1OUAA 2G4PA 2RB2X 1QQYA 5KJ9A 2B75A 3DNAA 1KXWA 2D4KA 2MEDA 2Y8PA 1QUGA 2RBNA 1IOCA 2F4GA 1JJ0A 5E4PA 3HT8A 2B6ZA 2D6BA 3TMWA 1REMA 1VDPA 3C7YA 4DD0A 1ALCA 4G9SA 237LA 1JTOL 5B1GA 1XJTA 1YKYX 5KXMA 1GBOA 1EPYA 1SLYA 1CU5A 2BQJA 3CSZA 2EPEA 4ARJA 2YVBA 1L45A 1FKQA 2LZMA 1ZV5L 1LZ8A 4YF2A 2VB1A 3NY9A 2OU0X 127LA 1LSNA 3TMVA 5B07A 2YBHA 2O4WA 1F10A 5HMJA 4WO9A 1B5UA 1WQNA 3CT0A 2B6XA 1AT5A 1HHLA 4DD9A 2OE9X 4ARLA 219LA 223LA 3CT1A 4O34A 4N1EI 1L32A 1B7SA 2O79A 1L49A 1GFTA 3V2YA 1DQJC 4I0CA 4LZMA 1SWZA 4UWUA 5LAFA 4OW1A 4XADA 1L02A 1C60A 1JHLA 3A6CY 1LGWA 1JISA 2B6YA 4I7KA 4B4EA 1LSCA 1DPXA 1P6YA 242LA 4ARMB 1CV0A 4NHTA 2ZNXY 1BB4A 1PZYA 1IWUA 119LA 6LZMA 1XGTC 1L04A 2CJLA 4I7OA 1TCYA 4HTNA 4NGIA 4LYCA 1L10A 3LZTA 4WM5A 5L9JA 165LA 1G0LA 4WL6A 4A7DA 129LA 1LTMA 4ZIXA 3EBAB 1LZCA 5ILFA 1C6JA 1DPWA 4MR1A 102LA 107LA 2HU3A 5LA8A 138LA 1IWZA 4G49A 1B7PA 1SSWA 1QTKA 3SB5A 1B7OA 2H9KA 3WPJA 3MGWA 3TXFA 1XGRC 1L18A 1LJNA 3WULA 2YBIA 1PQOA 4AQNA 4ARQB 1LAAA 1BWHA 1KW7A 5KXWA 150LA 5B05A 4PPOA 4S0WA 2LZTA 2RBRA 1GE0A 205LA 4I7PA 1CKCA 140LA 4LYMA 1GB6A 4XJBA 4LDLA 5F16A 1G1WA 4ET9A 4DQ5A 2FBDA 4H1PA 4OOOA 1GHLA 1B5ZA 1UIFA 191LA 1L80A 2DQEY 1L17A 5J7CA 3LYZA 1W6ZA 5KXLA 3F8VA 2YBJA 3GUIA 1L01A 1JPOA 4RDSA 3HUKA 3SBBC 1QT4A 1LSPA 1C6DA 1HMKA 1HNLA 4BS7A 1REYA 4I7QA 1OUFA 3G3VA 1L53A 2G4NA 1KY0A 3HUAA 3B0IA 1GF7A 5HNCA 3WUNA 5A3ZA 4YEMA 5IDDA 1QUSA 5LVGA 3WW6A 1GFRA 2HEAA 3CDQA 3LYTA 5A3EA 1QTEA 2DQFC 2YDGA 1CNSA 4DAJA 4HP0A 1BB5A 1GF5A 1KS3A 2L78A 1L54A 4NIJA 1DYCA 3TXJA 1FLWA 6LYZA 1B5WA 4GCEA 1TBYA 5KXSA 248LA 1XFPL 1L98A 230LA 3A8ZA 5L3IA 3A93A 225LA 3HT6A 4LZTA 3HH4A 4LT0A 4W94A 2RB1X 5KKJA 201LA 1F6RA 1L77A 1DI5A 4B4IA 2C8PA 5C6IA 3GUNA 2F4AA 1XSFA 1C10A 3VWOA 4NHQA 1XEPA 2EQLA 118LA 3RNXA 1RCMA 1D3MA 122LA 1CX6A 1LZ6A 5I54A 4NGYA 1GBYA 3OJPA 3AZ7A 4NSIA 2D4JA 1LYHA 3W6AA 3V2WA 1LYIA 4XN6A 2RBPA 1CV5A 4WM1A 3F6ZA 247LA 199LA 1IR7A 1YQVY 4BAFA 1G0PA 1NBYC 2BLYA 4DT3A 1EL1A 1QT6A 1CV3A 4PGJB 1D9UA 3ODUA 1P2RA 1L82A 4WG1A 3HU9A 1LMPA 215LA 2NWDX 1L38A 5HQ1A 2B70A 3WVXA 5I5QA 1GAYA 214LA 1AT6A 4HPIA 212LA 4WL7A 196LA 176LA 187LA 135LA 185LA 1OQMA 4N1CC 1C64A 1C65A 1QDRA 1NKHA 1OUBA 2W1LA 2B73A 1JTTL 1L25A 4G4CA 3TXGA 1LGUA 1YL0X 4H9BA 1YIKA 1WQQA 2Z38A 4ARPA 1B7MA 157LA 180LA 3C8RA 4NHPA 4WLXA 4DDAA 4ET8A 151LA 4LFPA 3HFMY 3AJNA 1L96A 1LSEA 3N9EA 1LMNA 3ZVQA 1LMOA 5KXPA 2FBBA 112LA 1OWYA 1PQIA 3A94A 1I1ZA 5KXZA 1J1XY 141LA 1CUPA 4LYZA 4AXTA 1L55A 1LZ5A 4NSHA 1VAUA 1P2CC 137LA 1FLQA 4EMNA 1L26A 5LVIA 4ETAA 1L39A 2Q9DA 1QTBA 5KXKA 1HEOA 1L73A 1OUDA 3LYMA 1XJUA 1WTMA 1GF9A 4EPFA 2LCBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RFP A;  1L93 A;  4QEQ A;  134L A;  1C7P A;  1CV1 A;  4WOA A;  1IP2 A;  3FAD A;  4W56 A;  1CKH A;  2XBS A;  4II8 A;  2BLX A;  1L21 A;  1DYE A;  1GXV 2;  1L00 A;  2A7D A;  2Q0M X;  4KT3 A;  1GPQ C;  1HEM A;  3A90 A;  4ZPU A;  2QB0 B;  5DN4 A;  1L65 A;  1L34 A;  1IP5 A;  4H94 A;  156L A;  1LHI A;  3W6B A;  4LYB A;  188L A;  4GN5 C;  4E3U A;  2Z2F A;  2A4T A;  5B59 A;  4I8S A;  1QTZ A;  1GE2 A;  1LSA A;  4KPM A;  1CU0 A;  1GF6 A;  109L A;  4CFO A;  3EMS A;  3E3D A;  4NGK A;  4WLT A;  1T8G A;  3HBH A;  3QY4 A;  3B72 A;  5FST A;  4LDO A;  243L A;  4EOF A;  4PJZ A;  2BQO A;  1IOQ A;  5F14 A;  3DN8 A;  1LZ4 A;  4NEB A;  1LSY A;  1C45 A;  1L22 A;  2DQA A;  5KXO A;  1G07 A;  2F2Q A;  3LN2 A;  1JKD A;  147L A;  1OUA A;  2G4P A;  2RB2 X;  1QQY A;  5KJ9 A;  2B75 A;  3DNA A;  1KXW A;  2D4K A;  2MED A;  2Y8P A;  1QUG A;  2RBN A;  1IOC A;  2F4G A;  1JJ0 A;  5E4P A;  3HT8 A;  2B6Z A;  2D6B A;  3TMW A;  1REM A;  1VDP A;  3C7Y A;  4DD0 A;  1ALC A;  4G9S A;  237L A;  1JTO L;  5B1G A;  1XJT A;  1YKY X;  5KXM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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