1LYXA

Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase (pftim)-phosphoglycolate complex
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase-phosphoglycolate complex in two crystal forms: characterization of catalytic loop open and closed conformations in the ligand-bound state
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 97
structure length 246
sequence length 246
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2002-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lyxA00
4GUIA 2DORA 3CLMA 1CI1A 2QCEA 3EWWA 4OQVA 2BZNA 2NZLA 3LCLA 3LHVA 4WOZA 3CTLA 4JTEA 3STCA 3G3DA 4IMDA 5D38A 1J4EA 1L6YA 3W7NA 4GRSA 1Q6RA 3KXQA 1GVFA 1F2JA 5I3HA 3ATZA 3NAVA 4NUWA 1I2RA 1Q6OA 3DXIA 1U5JA 2J24A 4G1KA 3UYCA 2R91A 3TH6A 2RFGA 2E5CA 2CFFA 4O16A 3W1UA 4Z1DA 4IMEA 3TKFA 1VCVA 4Y8FA 2WSYA 3V1PA 3CQ0A 4A21A 1BWLA 4DBDA 1B3OA 1WXJA 1P0NA 1KLZA 3QFEA 5HULA 1K3UA 3NA8A 4NVTA 1Q6LA 4FIQA 3W3OA 3W2MA 1I8JA 2X1UA 1TV5A 4PFMA 3N34A 4GXMA 2E6AA 2YCEA 3I7SA 4LS1A 4JTUA 4HKPA 2ZZ4A 5KITA 2A1YA 3M1ZA 4ZQOA 1X7FA 3LCXA 3DI0A 3MJYA 3H55A 3DZ1A 4MYXA 3MW7A 2VEKA 1JUBA 4OGZA 2ALDA 1NEYA 3LHZA 1A5CA 5T26A 3V75A 2PRHA 4H3DA 2NLIA 3GDRA 5AHLA 1MO0A 3L5MA 1TV7A 2H6RA 1JCXA 3P81A 4WUIA 2VFFA 4BI6A 1X8FA 1LRNA 1YDNA 5FEXA 1AL8A 4S2CA 3S1UA 1ZHAA 1U83A 1SQ7A 5FEZA 3TU9A 2ZRZA 3W83A 1EP3A 1KM3A 1G67A 3PBUA 1OVDA 4C1KA 5AC6A 3E96A 5GVJA 1N7KA 1F5ZA 2DZUA 2GVLA 3GAKA 1W56A 4LRTA 1KM4A 4WY0B 2FIQA 4FF7A 3TCEA 4JDBA 3E49A 4WD0A 3TSDA 2ZFAA 3L66A 4LW7A 4K6AA 4O18A 3CIXA 3A9IA 1TQJA 4UMAA 1W3TA 3NQ6A 3HG4A 1KV8A 2C19A 2Y6ZA 1W3NA 3O1NA 3W7QA 2A85A 5HWMA 4WY0F 4RV8A 4JY9A 1WBHA 4NZJA 4O12A 1ZAHA 1MZHA 3I7QA 1ME7A 1MEWA 1EWEA 2WO5A 2Y61A 3B03A 4OT7A 3NQ7A 4JICA 1HTIA 4A3UA 3E12A 3FLUA 4YXGA 1WBJA 3C4UA 1DQWA 1GVQA 5AHMA 1KM6A 1W8SA 2VOMA 3PF3A 4C1LA 4DF1A 3LLFA 3C2FA 2BSLA 4J9JA 4QQ3A 3UWYA 1K8ZA 4UTHA 2EGZA 2A6NA 4UTIA 4LC8A 3S6DA 3QEZA 3G3MA 1TPDA 2ZRYA 1XI3A 4UUIA 3GX9A 3DGRA 1EIXA 3ATYA 1UJPA 2CW6A 1H7PA 1T8XA 2C1HA 4XTDA 4IMCA 3B05A 4K7YA 3TJLA 2NXHA 1BEUA 5LNVA 1FXQA 4GFSA 4IUOA 1SPQA 3I68A 5LNUA 2GVGA 4GUHA 3M9YA 4JYDA 3G1FA 5L9FA 4ORMA 3RNDA 3H53A 4Q33A 1PCKA 3BGGA 5D03A 5F4XA 2ZA3A 1GYLA 5C54A 2A0NA 3EWZA 4O1AA 3LTPA 2OMAA 2FQIA 1N55A 3HGRA 2NWRA 1SO4A 1R46A 3EWXA 1QR7A 3JS3A 1JCYA 4UNLA 4NU7A 3W1RA 4MLRA 1RQEA 2RH9A 3IIVA 1VH7A 4IWWA 3C56A 8TIMA 1YTEA 2EAWA 3VKJA 4X9SA 1KW1A 4NNAA 3QQ1A 2E1DA 4O14A 3W7MA 1B4EA 1RPXA 4BF9A 3UY8A 4GJ1A 5EA9A 2GQ8A 5DCEA 3W2NA 4XZ9A 1HUVA 2F7FA 5D05A 3IGXA 3NQCA 1IXNA 3VNDA 3NGJA 4JX6A 3LV6A 5HQEA 1QO5A 5CKSA 1OX4A 3NQ2A 4O1BA 4YCPA 3LBMA 4JEQA 1ICPA 2GOUA 4LS2A 4GUJA 1TJRA 2OX1A 3EKZA 2YYTA 4ORIA 3TNOA 1S5VA 1DQXA 5EPDA 2ZCGA 1F7BA 1R47A 1XUUA 1H7NA 3DU0A 1DOSA 1KBJA 4MPQA 4QNEA 4ZQNA 2ZZ6A 2QCMA 3EX2A 1QOQA 3TQKA 3UZ5A 1AW5A 3LHYA 5D2TA 2RHGA 4A29A 1ZCOA 5J5DA 3C2EA 3A5FA 3MI2A 4IMFA 3BW2A 2FB3A 4E0CA 4UMBA 5FF4A 4RXFA 1XBYA 3LHWA 3QSTA 1YDOA 3TSMA 2VEPA 3QM3A 4CNOA 1ALDA 4ZL1A 4FNSA 2VFGA 1WQ5A 2FJKA 3TX9A 4EF8A 5CZ0A 1VHCA 3HQ1A 5ABTA 3NPXA 1TRDA 1VLWA 3L0KA 4JDYA 2B7PA 3HPXA 3ZFHA 2VEMA 3GDKA 3W71A 3W70A 4WOQA 2X1SA 4FIRA 2GVJA 2J27A 3FA5A 1K02A 3C2VA 5KZEA 4ZQCA 1MEIA 1M6JA 3UNDA 3S9YA 1K7FA 3G1HA 1KTCA 3F4WA 3HG5A 4Y90A 3TV8A 1FWSA 2Q3RA 2X1RA 4MOZA 3PBVA 3WK0A 3Q2DA 1WYIA 5F1UA 3NR0A 1X6UA 4MKNA 3S5ZA 2Z6IA 2JBMA 1PHQA 3L9CA 1DHPA 3BG3A 1OK4A 1YXCA 4HPXA 2B4GA 5G4WA 5J5RA 4MLJA 5D04C 3O07A 2Y70A 3PR2A 1JVNA 5HINA 4QSHA 1JQXA 3GAYA 3OHIA 4O57A 5BRBA 3Q37A 1BWKA 3T40A 3JRKA 1H51A 3PVFA 3TFCA 5KINA 1R2RA 1A5SA 3SJ3A 4AF0A 3W1TA 1W1ZA 1YLVA 1JQVA 4Z0SA 5CZTA 2H8XA 2GPTA 1RQHA 3L5AA 5FI8A 2ZYFA 1M5WA 4IQLA 3W1PA 1TPH1 4YCOA 2C13A 3NL2A 5LNSA 1GT8A 1H61A 2QJIA 3KVKA 1ZNNA 1VZWA 3LRMA 1HO1A 4ONVA 1A5AA 3KHJA 4JX5A 3P8JA 4S2BA 6TIMA 3W7RA 4P61A 1G4PA 1FDJA 1OFPA 3OVRA 3RU6A 1H7OA 3TE9A 4JTTA 3L5LA 3LGEA 3QSRA 1UUOA 1RD5A 4POCA 4Z1AA 1RQBA 3DH7A 2C18A 1GOXA 4O52A 3N2XA 3ZR4A 4FHAA 2O7QA 2HSAA 1TPFA 3W88A 3LI1A 4KWVA 2Q3OA 5AYXA 1GJPA 1SZNA 2RDWA 4CQ8A 4O15A 4KWWA 3M0ZA 3N3MA 2JGYA 3O06A 1TPC1 3LLDA 1O4UA 3VFLA 1MEHA 2VELA 4UFMA 1FCQA 5CGQA 1PV8A 2C6QA 3S1VA 1Z48A 2EF9A 3PUEA 3THQA 1K7XA 1NVMA 2CZFA 3GR7A 3FIGA 3LRLA 3P61A 4A2SA 1ZAJA 1SZEA 3P5YA 4LWWA 5FEPA 1DKWA 2BX7A 3UWQA 3OEXA 1EWDA 3BLIA 1LOQA 2V0TA 4EVZA 3M5XA 4NT0A 1FXPA 4PL1A 4QISA 3LCFA 1WOAA 4RLIA 1ME8A 3W07A 1XM3A 4O4WA 1LDCA 1ME9A 1IXPA 5DN1A 1P4CA 2DZVA 4CNNA 1O5KA 3SIZA 1UCWA 3TW7A 1ZENA 1D9EA 1W5PA 3OA3A 1I2OA 2A4AA 3G1XA 2LLEA 5K4ZA 1A5BA 2NXIA 5G1TA 2FPVA 2QKFA 1VYPX 3KVJA 2ZZ3A 4MJZA 1RVGA 1R2SA 4U4MA 1O95A 5LNRA 3IGUA 1FWNA 4L4MA 4UNKA 4NJKA 4UR8A 3P82A 4Z0JA 1ZJIA 4FNRA 1LTDA 2A2IA 3H54A 4XBKA 3USBA 3DFQA 4AWUA 1NF7A 5AHNA 3DI1A 4XKYA 5D2YA 1M7OA 1A53A 1LRTA 1YDVA 4BI7A 1PIIA 3GDLA 5G4EA 1K8YA 3FJ6A 2WOQA 3LXCA 1QPNA 2HS6A 3LV5A 1P0KA 4CCCA 4HNUA 1AL7A 3GR8A 4OWGA 1ZY9A 4BK9A 4PA8A 2FLIA 5CSSA 1YXDA 3M7WA 5G2WA 4IMGA 1JRCA 2CLIA 2EPHA 3ANYA 3NQEA 3DFOA 3IIPA 2DZWA 1XL9A 3R5EA 2YPIA 4XUGA 4M6PA 2GQ9A 4N6EA 6ALDA 3MBDA 4RZ6A 3QZEA 1EUNA 1SW0A 3FKKA 1SR9A 3MMTA 1WOBA 2Y7EA 1VPXA 1UASA 4UFHA 1OX6A 1F76A 5HNRA 1DJNA 4O53A 4MFEA 1SUXA 4IX2A 3W73A 5AB3A 3T55A 3W1XA 2A7RA 4JD4A 1O60A 1GTHA 3L0GA 3LM7A 2ISWA 1Q45A 3NQVA 4O8RA 3SY5A 2J9YA 3HG2A 3FYPA 2CLMA 4K39A 3TDFA 4NXKA 2E6DA 4UFKA 5BMWA 3JR2A 4EOUA 1QNVA 3UQNA 3TA6A 2H3DA 3CM4A 1YTKA 3HB9A 3P7YA 5AHEA 3U2OA 4FO4A 3KOFA 4DELA 4CCEA 4HPJA 1TYGA 2ISSA 4LOCA 3KVLA 3INPA 3W7GA 2JGQA 3B0UX 3CPRA 3OVQA 4O0ZA 4RZ4A 2NV1A 1F74A 4U28A 4EWND 4Y6GA 5LKYA 3TJXA 1YTDA 3UPBA 3W7HA 1SW3A 4JY8A 1VRDA 5TIMA 4AVFA 2B0MA 5D02A 3Q58A 1NSJA 5LSMA 3S5NA 2ZTJA 1Q6QA 2IQTA 4DF0A 3TAKA 1PHWA 5E0KA 1I2QA 3C3NA 3LCIA 3NL6A 2B7OA 3NQ8A 2ZA2A 1LZOA 1AW2A 2TMDA 4RJEA 3ZS4A 4QNWA 3IVUA 3O8AA 4ZMGA 4O1CA 1KA9F 4LV9A 3VE9A 3T44A 2XFWA 4JGDA 1XDLA 1LLZA 3BG5A 3NPVA 1UB3A 3FYOA 1RV8A 2F84A 1HO4A 3TMQA 4JX4A 3HGOA 3WJXA 2FB2A 3M16A 3SR7A 5BNKA 1B4KA 3NL5A 3LHTA 2PC4A 5EMUA 1GTEA 4RX0A 2EKCA 1I2NA 2OT0A 2WQPA 4ICNA 2VFDA 4AWSA 3NNTA 2P1FA 2GJLA 2E68A 4TO8A 3EWUA 1EPXA 3GXTA 4K8HA 4N9CA 2KZHA 1XXXA 2QJGA 1J2WA 3ABRA 2V8ZA 3TAOA 3NQAA 1LROA 5C2XA 4JN6A 2QEZA 2E09A 5EL1A 5K7JA 2YSWA 3S42A 1GQNA 1ICQA 1KFEA 3ELFA 1SZGA 3MYPA 4IJBA 1W31A 5BOOA 3QH2A 3QMRA 2YGYA 3O15A 3L65A 5K2ZA 3NXFA 3O6YX 3CWOX 3W7CA 4EIVA 3C2OA 2I9EA 3TMLA 2E6FA 4AEOA 2ZDRA 5LGXA 4Q4KA 1AG1O 4AAJA 2YFOA 3F03K 5CZSA 3SW6A 3STFA 1O94A 1F6KA 3E9AA 2NX3A 4LV4A 1JRBA 3B04A 3M43A 3UXAA 5F4WA 4JXCA 3G1AA 1IXQA 4UMCA 3WK3A 4BI5A 3P67A 4YL2A 1O5XA 3CEPA 3YPIA 4JYFA 2I14A 2B7NA 3G1VA 3LERA 2C3ZA 2TPSA 4YMZA 2QF7A 2ZZ2A 4GUGA 3TFXA 4WJEA 2X1TA 3PSWA 5G5IA 4MUZA 3G0UA 1T0OA 1F05A 4MZ1A 2Z0IA 4GC4A 1ZFJA 2QAFA 2X2GA 5EKYA 2WSQA 4CQ9A 4TU1A 1RR2A 2VC6A 3QMTA 1JUEA 3B0VC 2ZQ0A 3L67A 4JTFA 2DZSA 3B8DA 4MVAA 5A5WA 1SSGA 1OFOA 3R2GA 2GJNA 1OYAA 1D3HA 1GPWA 1QMLA 3GNNA 3DHDA 1Z42A 1SO6A 3EX1A 1WA3A 2QR6A 1KM5A 3TW6A 5FEWA 2NX9A 3NQMA 3UD6A 4UXDA 2HMCA 3W2KA 1XCFA 4I9AA 3GDMA 2G96A 4BWLC 1D3GA 1KLYA 2V9DA 3G18A 5F2GA 1FCUA 4MIMA 1OFBA 5D33A 1FQ0A 5EYWA 1H7RA 2VEIA 3W7PA 1P5BA 3EX6A 1KM0A 3IGSA 3LX9A 1G4EA 3N2MA 1RZMA 3VE7A 2OCZA 4WXYA 3WJYA 1CX9A 3W87A 4N9BA 4IXXA 5F2IA 5DXYA 3A23A 3LCWA 4ZQPA 2E77A 1X1OA 4QIUA 1TTPA 4NZFA 3R8RA 4HT3A 2QCDA 1G7VA 4M19A 3QPYA 3HGJA 4WQ6A 1TO3A 4MFDA 5E1QA 4GE8A 5I3KA 5IBXA 1FBAA 3S5YA 2YFNA 2YR1A 1OYCA 1S3HA 3NL3A 4DQWA 1GWJA 5DELA 3W7LA 3I7RA 3GB6A 5G2IA 3E0IA 4IOTA 3EXSA 3M41A 2QDGA 4UTTC 1YXYA 2WNQA 4JS3A 4N2YA 4YWIA 1FWWA 4GBUA 3PC0A 3IIOA 4KFPA 3PBWA 4HSNA 3PSVA 4FX8A 4I7UA 5K9XA 4LNYA 4DO6A 3STGA 1OFRA 5AC7A 3DAQA 4LT9A 5U4NA 1OYBA 1EX5A 2PE4A 5G1YA 3W7DA 3BGJA 1VYRA 2CU0A 3WFAA 3ZWTA 5KTLA 5CZJA 5KZDA 3BG9A 4MYAA 3N19B 1H1ZA 2ZZ1A 3EWYA 5CPLA 3PY2A 1W37A 4DPQA 3O16A 4LTSA 3IIXA 4O11A 1XBZA 3WJZA 5H2ZA 4R53A 4WX2A 3PM6A 2QAPA 5IBXC 1OX4B 1HL2A 2WJZA 4LVBA 2ATMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MUA A;  3K4A A;  4OQV A;  3NO3 A;  4WOZ A;  3PAN A;  3L4U A;  2FZD A;  4DBS A;  1KO0 A;  3W7N A;  3LLX A;  3R0D A;  3FJ4 A;  3WH9 A;  3ITV A;  2PWH A;  2J4G A;  3UG8 A;  3WUB A;  4GZE A;  2ZC8 A;  3VNI A;  2VJX A;  1Q6O A;  3DXI A;  3CL7 A;  1B31 A;  1VPQ A;  4H83 A;  3W1U A;  2OO0 A;  2DZA A;  3V1P A;  3IAP A;  3EDJ A;  1B3O A;  2FZM A;  1WXJ A;  2F8Q A;  1P0N A;  1Q66 A;  3JW7 A;  5A6L A;  3EWD A;  2FVL A;  5CQ1 A;  1V6X A;  3W3O A;  4PFM A;  5JIW A;  4GXM A;  4C6B A;  2Z25 A;  1BYB A;  1QT1 A;  4LS1 A;  4HKP A;  2OSX A;  1KBB A;  3RR4 A;  4ZQO A;  2VEG A;  3DI0 A;  5H1W A;  1ODU A;  1G01 A;  4MYX A;  2ALD A;  3V75 A;  4C7F A;  4PUL A;  4IIE A;  1IYX A;  1QAS A;  1MO0 A;  4CQD A;  1FWB C;  3KS6 A;  5HBF A;  4B5T A;  2BY1 A;  3SM0 A;  3PK7 A;  1M1B A;  2W66 A;  3ORW A;  1FKX A;  1AL8 A;  1N2V A;  2VRK A;  3SUU A;  4S2C A;  2XIJ A;  2FGB A;  5FEZ A;  2V3E A;  1KM3 A;  5AC6 A;  2R1M A;  3E96 A;  5GVJ A;  1HKK A;  1W56 A;  1KM4 A;  1B3Z A;  3NGF A;  4FF7 A;  3AIQ A;  4WD0 A;  2D24 A;  4K8G A; 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