1LYZA

Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 37
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1975-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyzA00
1JKCA 1BWHA 1JKDA 3B0KA 4GCCA 4N5RA 4WLYA 5DN4A 5LVKA 3W6DA 1IP3A 4MCKA 3T6UA 4BAFA 1ZVYB 4ZIXA 3HBDA 2DQFC 4B4IA 1B5WA 3TMXA 1GF8A 1LYOA 4H91A 4ETDA 5DL9A 2N5ZA 1YAOA 4KPMA 4DYGA 5KXOA 5DN5A 1IC5Y 4FJRA 1FKQA 4RDSA 3WW6A 1TDYA 4DC4A 3CSZA 1RE2A 4NWHA 4WM4A 1ZVHL 2A7FA 5T3FA 1GBOA 2Z2FA 1JIYA 2F4AA 4R6CA 2BQBA 4MSTA 3AZ5A 4H9HA 8LYZA 3A95A 2BQJA 1BB6A 2LYOA 2HEEA 3BKHA 1FLQA 1INUA 1QTEA 4LGKA 4UWVA 3ULRA 1VFBC 5KXWA 1B5VA 1DI5A 3IWRA 1YROA 2H9JA 4NG8A 1YAMA 4DD1A 5LYZA 4M4OA 1GB5A 4HSFA 1OP9B 1YL0X 2G4PA 3QNGA 1HELA 1LMQA 1KIPC 1E8LA 1OUIA 3AZ4A 1DI3A 3QY4A 3G3BB 2ZQ3A 4WG1A 4YM8A 2ZIJA 5IHGA 1LZ8A 5LA8A 1JHLA 3TXFA 4LT0A 5FEKA 4YEMA 4NSHA 5KXPA 5KXRA 1RJCB 5APDA 5LINA 4XJFA 3TXBA 1OUJA 4N9RA 207LA 2B5ZA 3B72A 5APEA 1JJ3A 4YOPA 3WU8A 2D4JA 3A92A 5IDDA 1HEQA 1LJNA 4DT3A 1CKGA 4GCBA 1REYA 4WM3A 3D9AC 1ALCA 4G4CA 4FDYA 3WU9A 4E3UA 1A2YC 4XJGA 1HC0A 1LZNA 4H93A 1REZA 1HMLA 1GB6A 1H87A 1LZ9A 1LZTA 1JUGA 1WQQA 4MR1A 4N0JA 4P2EA 133LA 1KXYA 4LYBA 4NY5A 1G7HC 2BQGA 3WL2A 4WMGA 2FYDA 2YBIA 3ATOA 2DQIY 3VWOA 5J7CA 1XEKA 1BB4A 3TXGA 5D5FA 1JKBA 4LYMA 1LSAA 4GN3A 3RZ4A 1YAPA 4PPOA 1HEOA 3EXDA 1HSWA 1LPIA 4XENA 4HTKA 1MELL 4B49A 1FBIX 1GFAA 4WL6A 5LAGA 1JPOA 4XADA 1DKJA 1IP1A 1LHHA 2D6BA 3W6AA 1CJ8A 1EQ4A 1N4FA 2W1LA 4ETAA 1GFGA 208LA 2BQAA 1D0LA 1XEIA 2DQAA 2Z19A 3N9EA 1UIDA 1AKIA 4H90A 1G7JC 5C6JA 4NGLA 2F2NA 3TMWA 1GEZA 134LA 1GF6A 2XBSA 3GXRA 4GCDA 5KXXA 2MEDA 5KXSA 1QIOA 1G7LC 1VDSA 3B0OA 5E9RA 4IJ4A 4OWBA 4UWUA 5A3ZA 1D0KA 1WTMA 4O34A 4DDAA 1CNSA 2YBJA 2FYCA 4NGJA 3MGWA 3WMKA 1SQ2L 5F81A 1IC7Y 1XEJA 3A67Y 4G49A 3RU5A 1LJGA 3M18B 5M1YA 3WU7A 5KXKA 1PS5A 4XJDA 1OUBA 4WM1A 1LHIA 4LYTA 1YILA 1IWVA 2LZTA 1B7MA 2I26L 1AZFA 1H6MA 1XGQC 2X0AA 2Z38A 1OQMA 3E3DA 2YSSC 1GFHA 2EPEA 4NG1A 2I6ZA 3WULA 1GE0A 1GDXA 3P4ZA 4AXTA 194LA 4TTDA 4PRQA 3HFMY 4N8ZA 2G4QA 4HJYA 1NBZC 4LT2A 1D0MA 1BB7A 1VDQA 2WARA 1LZ1A 2IFFY 2YDGA 2ZYPA 1WQPA 5HLLA 2W1YA 3A34A 3WVYA 3WXTA 3FE0A 3AYQA 4H9AA 4NWEA 3N9AA 5B1FA 1UIEA 4H8ZA 4II8A 2Y8PA 5KY1A 3ZVQB 4EOFA 1NDMC 2XBRA 1DPWA 2Q0MX 1LZEA 1WQOA 1OUAA 1JJ0A 1B5ZA 1NHEA 1LSCA 1LZ4A 1XSFA 3A6BY 1LSYA 1RCMA 1GPQC 1KXXA 4DD9A 4GCFA 4QGZA 4OWEA 5L9JA 1GE2A 2LYZA 4HJZA 3WPJA 2EKSC 5B05A 1LJ3A 3A96A 2BAAA 4B1AA 5LVHA 1KXWA 1B7LA 1VATA 4XN6A 1UIAA 5B06A 2BQLA 4LYZA 1IWTA 1P2CC 1LJIA 1LSDA 5HNLA 3WYHA 5KXMA 2ZQ4A 4DD2A 1HSXA 1HEWA 4QDNA 1CKCA 1GFJA 1JEFA 5E4PA 1KIRC 3AW6A 2AUBA 1G7MC 3AZ7A 4KL7A 3IJVA 3LYOA 1GF9A 4TSCA 6LYZA 4C3WA 1LSEA 1XGUC 1PZYA 1YAQA 1HF4A 4NGIA 5LAFA 4ZEEA 1WQNA 2HEFA 1GB2A 3J6KA 1SLYA 1JITA 1JTOL 1LJ4A 2D91A 3A91A 1UIBA 4NHPA 4YENA 1AT6A 3TXJA 4HTNA 1GXXA 1LZ5A 4UWNA 4W94A 1UCOA 5KXNA 2DQJY 1GAZA 3CT0A 4PJ2C 5L3IA 4H92A 2D4KA 2MECA 4Z3MA 4ML7A 1OUEA 3ATNA 3WXUA 1BWIA 1DPXA 2EIZC 4H8YA 1B5UA 1WTNA 1I56A 4I0CA 1BGIA 4WO9A 3ZVQA 2W1XA 1GFRA 1LSGA 3HBEX 4X3BA 4N1EI 1LCNA 2BQMA 4GLAA 4NIJA 2PC2A 1JJ1A 3B0IA 3RT5X 3LN2A 1OUGA 1QUTA 1GFKA 1GF7A 3A90A 4OOTA 1QSWA 1LSZA 1V7TA 2DBTA 4RW1A 1FLWA 1B7RA 5II3A 1YKXX 5HMVA 4N1CC 1TBYA 3TXKA 4BS7A 4LT1A 4CFOA 4WL7A 1IR7A 1VAUA 5AMYA 1IX0A 1QDTA 2MEAA 2BQHA 3M3UA 5LYMA 2ZNWY 4WLDA 1LSMA 1ZV5L 2FBBA 1B0DA 1D6QA 3WUMA 4NGOA 5KKJA 4IATA 1LJEA 1WVUA 2MEEA 1J1PY 3G3AB 5JENB 2ZILA 1GAYA 5LA5A 2G4NA 1UIGA 2BQKA 4XYYA 5HNCA 5K7OA 3HBHA 1XFPL 5C6IA 2YBNA 3B6LA 2MEGA 3OJPA 1C10A 1LYSA 1F10A 5KXTA 1F0WA 4A7DA 1TAYA 1LMOA 4CFPA 1LSBA 2BQEA 4TX7A 4C5FA 4QEQA 3WPLA 2YBMA 4KT3A 4NFVA 193LA 1LMTA 5I4YA 1KIQC 2D4IA 4TSBA 3WW5A 4J0LA 3AZ6A 4R0FA 4DWXA 4NGWA 4B0DA 1REMA 1IP5A 1JTPL 4WM6A 3SP3A 5FHWA 2ZNXY 4G4BA 4NSIA 4H9IA 1LZSA 2HU1A 3AGHA 1B7OA 1HENA 1W08A 3LYMA 4ANRA 1BB5A 1IWYA 1IWXA 2ZIKA 2DQGY 4LYOA 1NDGC 1GB0A 2CJLA 4EMNA 3K3TA 1GBXA 5FCPA 1GE3A 1JWRA 4LFXA 1WQRA 4WM2A 1OUFA 5LYTA 1O23A 3A93A 1YANA 1GB3A 5F16A 2HTXA 3TXHA 4BADA 154LA 1D9UA 3WUAA 1GBSA 1IIZA 1XGTC 4RLMA 3D3DA 5L3HA 1LKRA 1OUDA 4HPEA 153LA 1WVVA 2HEBA 1CKHA 5LIOA 1DKKA 1YQVY 3AGIA 4Z41A 4OWHA 1BWJA 1LHJA 4U3XB 2DKVA 1YKZX 4L41A 1C7PA 1A4VA 5APFA 3ZEKA 1IOCA 1UACY 5FELA 2BQOA 4NGKA 1UC0A 1LSFA 1UICA 1C43A 1GB9A 1HFYA 4Z46A 2BQCA 1AT5A 1QSAA 1UIHA 4J1BA 5KXZA 4CJ2A 1IOTA 1LSPA 9LYZA 4PGJB 1LMAA 4NEBA 5I4WA 3W3EA 1YL1X 4B4JA 2YVBA 3LHMA 1EL1A 1GD6A 1VDPA 2HUBA 5LVGA 1DQJC 2BQDA 4GN4A 1UA6Y 4D9ZA 3CSRA 3LZ2A 5ILFA 1B7SA 1LZYA 4PRUA 4WLXA 4DDBA 4HV1A 5I5QA 2HEDA 2ZWBA 1F6SA 4NHSA 2DQDY 3CQLA 4H9EA 5KKIA 4NSGA 1V7SA 1BB3A 3CSQA 2EQLA 2Z39A 1IO5A 2W1MA 3WH1A 1EQEA 4LZTA 1BHZA 1JSFA 1FDLY 2VB1A 3GXKA 4GN5C 5LVIA 5HQ1A 3W6EA 1MLCE 3A3QA 3AB6A 1GB7A 4H1PA 2CDSA 2Z18A 5HMJA 4HV2A 4NGZA 1B7QA 5A3EA 4XJIA 3TMVA 1RFPA 1IP4A 1IWWA 2DQEY 1GE1A 1GWDA 1Z55A 3QE8A 4LYCA 5EBHA 1FN5A 1JKAA 1REXA 3P66A 1GBWA 1JTTL 5D5CA 2LZ2A 1IEEA 1IWUA 3EO5A 4DDCA 1GEVA 4ET9A 3AGGG 1I1ZA 1DZBX 4OWAA 1IP6A 1W6ZA 2HEAA 1LYYA 5KXLA 1HHLA 1JISA 2MEBA 2Z2EA 4NHQA 4OWCA 4YF2A 1LMPA 4G4HA 3TXIA 1IWZA 4TWSA 1BVXA 3CT1A 4LFPA 5DLAA 3CT5A 5I54A 1JSEA 1C46A 2MEHA 4NGYA 5DM9A 1CJ7A 4HTQA 4PHIA 4H9BA 1DI4A 5LXWA 1LJFA 4OOOA 1LZDA 5LVJA 3RNXA 1OUHA 4NHIA 2XTHA 5KJ9A 4XJBA 4J7VA 4GCEA 4NGVA 1T3PA 1RI8B 1IOSA 1HNLA 1T6VL 1YIKA 4NHTA 4XJHA 4B4EA 1NKHA 1C45A 3BKVA 1LZRA 1LHLA 4WM5A 1LHKA 1F6RA 1LJJA 2GV0A 1GF0A 1LZAA 7LYZA 5IELA 3F6ZA 1BVKC 2YBHA 4G9SA 1IR8A 2H5ZA 5F9UA 5B1GA 1LTMA 1EQ5A 1LOZA 1LYZA 4LT3A 1NMMA 1TEWA 3P65A 4GLVA 1XGRC 5FDJA 2IHLA 3AJNA 135LA 1IR9A 2BQNA 2LYMA 2XJWA 4H9FA 5F9XA 1LKSA 3W6FA 1GFVA 3WVXA 3TXDA 1NBYC 2LHMA 3KAMA 4CHXA 2NWDX 4RW2A 3TMUA 3LYTA 2H9KA 3IJUA 5I53A 3N9CA 2CWIA 4ET8A 1B2KA 2YBLA 3AW7A 5ILCA 1LMCA 1XGPC 5FSTA 1QQYA 1LSNA 1AM7A 1OUCA 1IOQA 1LZ6A 4DD0A 1CJ6A 5B07A 1LJHA 1QDRA 3A3RX 1B9OA 4IASA 4TUNA 2MEIA 4W96A 1QTKA 1C08C 1GFUA 4WLTA 1FKVA 1GDWA 1GFTA 1HEMA 2BQFA 2F30A 1GE4A 1HERA 1B5YA 1IY3A 4WG7A 1FLYA 1BQLY 2BLXA 1B7NA 4CGEA 3OK0A 1LZGA 1J1XY 1HFXA 3WPKA 3WUNA 1IY4A 3T36A 1G7IC 1GF3A 2ZYCA 4KXIA 4WOAA 1LJKA 1IORA 4DD7A 4QY9A 1GFEA 4H94A 1GF4A 1YKYX 3LZTA 1FLUA 1CJ9A 1UIFA 2F4GA 2C8OA 1CKDA 1LHMA 5F14A 2A7DA 1UBZA 2RSCA 4I8SA 2Z12A 2Z37A 4AGAA 2MEFA 4HP0A 1NQIA 1WQMA 4J1AA 4OW1A 1IC4Y 1VEDA 3CB7A 3RW8A 1DXJA 1HEPA 1GHLA 4ETCA 2FBDA 1LZCA 1LMNA 4H8XA 3P68A 1ZMYL 3EBAB 1IVMA 1IP7A 1CKFA 5B59A 1NF5A 2HU3A 4ETEA 2BPUA 1GBYA 1HFZA 1NWGA 4HPIA 1IP2A 1GXV2 4ZFPA 5C6LA 2BLYA 4ETBA 3A8ZA 2CGIA 3EMSA 1B5XA 4YEOA 1D6PA 2BQIA 3LYZA 4Z98A 4BAPA 4NSJA 1VDTA 2HECA 3P64A 5APCA 1B7PA 1LZBA 1GB8A 5KXYA 3A6CY 3TXEA 1J1OY 1UUZC 3FI7A 1I20A 2DQCY 4RLNA 1GBZA 2DQHY 1HMKA 1LAAA 3W6CA 4H9CA 4M6DA 2C8PA 5I4XA 4HJVA 4DD3A 4WO6A 3W6BA 2I25L 1QUSA 3A94A 1TCYA 3J4GA 6LYTA 132LA 1GF5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EKQA 1L31A 251LA 4WLYA 4I7PA 4MCKA 1B5WA 3TMXA 2N5ZA 1L05A 5DN5A 1IC5Y 177LA 1TDYA 1L43A 4WM4A 1ZVHL 1CUQA 1GBOA 115LA 1JIYA 2BQBA 2BQJA 4I7NA 1BB6A 2RAZX 1QTEA 1C6HA 3IWRA 1DYGA 1OP9B 1E8LA 3G3BB 104LA 149LA 2O7AA 1L19A 5LINA 3TXBA 144LA 1C6LA 5APEA 2B5ZA 4YOPA 1HEQA 1L02A 4GCBA 1REYA 1QTDA 4XJGA 4H93A 159LA 1D3FA 1REZA 1GB6A 1H87A 1LZ9A 1WQQA 4N0JA 1LYFA 4NY5A 4WMGA 3VWOA 2DQIY 4DQ7A 4LYMA 4PPOA 2ANXA 2QB0B 4HTKA 2Z6BA 4WL6A 1JPOA 3W6AA 1N4FA 1CV5A 4H90A 4NGLA 2F2NA 3TMWA 4IAPA 3C7YA 5KXXA 4IJ4A 2L78A 5A3ZA 4I7MA 4O34A 4NGJA 1SQ2L 1XEJA 3A67Y 3RU5A 1KNIA 1LJGA 1OUBA 1H6MA 1XGQC 1DYCA 1OQMA 1GFHA 2B6XA 2EPEA 260LA 1GE0A 213LA 4TTDA 4PRQA 1WQPA 3WVYA 1L23A 1L42A 5B1FA 1L96A 4II8A 5KY1A 1LGWA 1L84A 1DPWA 1L08A 1WQOA 1OVJA 1JJ0A 1LZ4A 148LE 259LA 1G1VA 227LA 210LA 2EKSC 5B05A 3A96A 150LA 2BAAA 3C8QA 5LVHA 1KXWA 4EPIA 4LYZA 5HNLA 3WYHA 4DD2A 1HEWA 4QDNA 1GFJA 233LA 1G0GA 3AW6A 2AUBA 4KL7A 4TSCA 1GF9A 3DN8A 6LYZA 4C3WA 2NTGA 3HT9A 1C68A 4NGIA 3J6KA 4B49A 1JTOL 2OTYX 4NHPA 1LZ5A 3NYAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JKC A;  1BWH A;  1JKD A;  3B0K A;  4GCC A;  4N5R A;  4WLY A;  5DN4 A;  5LVK A;  3W6D A;  1IP3 A;  4MCK A;  3T6U A;  4BAF A;  1ZVY B;  4ZIX A;  3HBD A;  2DQF C;  4B4I A;  1B5W A;  3TMX A;  1GF8 A;  1LYO A;  4H91 A;  4ETD A;  5DL9 A;  2N5Z A;  1YAO A;  4KPM A;  4DYG A;  5KXO A;  5DN5 A;  1IC5 Y;  4FJR A;  1FKQ A;  4RDS A;  3WW6 A;  1TDY A;  4DC4 A;  3CSZ A;  1RE2 A;  4NWH A;  4WM4 A;  1ZVH L;  2A7F A;  5T3F A;  1GBO A;  2Z2F A;  1JIY A;  2F4A A;  4R6C A;  2BQB A;  4MST A;  3AZ5 A;  4H9H A;  8LYZ A;  3A95 A;  2BQJ A;  1BB6 A;  2LYO A;  2HEE A;  3BKH A;  1FLQ A;  1INU A;  1QTE A;  4LGK A;  4UWV A;  3ULR A;  1VFB C;  5KXW A;  1B5V A;  1DI5 A;  3IWR A;  1YRO A;  2H9J A;  4NG8 A;  1YAM A;  4DD1 A;  5LYZ A;  4M4O A;  1GB5 A;  4HSF A;  1OP9 B;  1YL0 X;  2G4P A;  3QNG A;  1HEL A;  1LMQ A;  1KIP C;  1E8L A;  1OUI A;  3AZ4 A;  1DI3 A;  3QY4 A;  3G3B B;  2ZQ3 A;  4WG1 A;  4YM8 A;  2ZIJ A;  5IHG A;  1LZ8 A;  5LA8 A;  1JHL A;  3TXF A;  4LT0 A;  5FEK A;  4YEM A;  4NSH A;  5KXP A;  5KXR A;  1RJC B;  5APD A; 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 4IAS A;  4TUN A;  2MEI A;  4W96 A;  1QTK A;  1C08 C;  1GFU A;  4WLT A;  1FKV A;  1GDW A;  1GFT A;  1HEM A;  2BQF A;  2F30 A;  1GE4 A;  1HER A;  1B5Y A;  1IY3 A;  4WG7 A;  1FLY A;  1BQL Y;  2BLX A;  1B7N A;  4CGE A;  3OK0 A;  1LZG A;  1J1X Y;  1HFX A;  3WPK A;  3WUN A;  1IY4 A;  3T36 A;  1G7I C;  1GF3 A;  2ZYC A;  4KXI A;  4WOA A;  1LJK A;  1IOR A;  4DD7 A;  4QY9 A;  1GFE A;  4H94 A;  1GF4 A;  1YKY X;  3LZT A;  1FLU A;  1CJ9 A;  1UIF A;  2F4G A;  2C8O A;  1CKD A;  1LHM A;  5F14 A;  2A7D A;  1UBZ A;  2RSC A;  4I8S A;  2Z12 A;  2Z37 A;  4AGA A;  2MEF A;  4HP0 A;  1NQI A;  1WQM A;  4J1A A;  4OW1 A;  1IC4 Y;  1VED A;  3CB7 A;  3RW8 A;  1DXJ A;  1HEP A;  1GHL A;  4ETC A;  2FBD A;  1LZC A;  1LMN A;  4H8X A;  3P68 A;  1ZMY L;  3EBA B;  1IVM A;  1IP7 A;  1CKF A;  5B59 A;  1NF5 A;  2HU3 A;  4ETE A;  2BPU A;  1GBY A;  1HFZ A;  1NWG A;  4HPI A;  1IP2 A;  1GXV 2;  4ZFP A;  5C6L A;  2BLY A;  4ETB A;  3A8Z A;  2CGI A;  3EMS A;  1B5X A;  4YEO A;  1D6P A;  2BQI A;  3LYZ A;  4Z98 A;  4BAP A;  4NSJ A;  1VDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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