1LZ5A

Structural and functional analyses of the arg-gly-asp sequence introduced into human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVRGDSNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Structural and functional analyses of the Arg-Gly-Asp sequence introduced into human lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lz5A00
1LSPA 1KIRC 3SP3A 4LT1A 1LMAA 1J1XY 4H9FA 4ZIXA 1NMMA 3WL2A 1GFRA 1NHEA 1UIEA 1GWDA 2BQGA 4OWEA 4ETDA 4ET8A 1GF0A 2BQBA 3LYTA 1D9UA 3IWRA 2XBSA 3RU5A 1REXA 1B7PA 3LZ2A 1A4VA 4WO6A 1IC4Y 1NWGA 4H8YA 1UIDA 4II8A 4NHPA 4B1AA 3CB7A 5AMYA 4MCKA 2YBNA 1OUJA 5J7CA 1I56A 4LYCA 1GBYA 2D91A 1LMPA 2A7DA 1HF4A 4J1AA 1HEOA 4NEBA 1V7SA 2YBIA 5L9JA 3AW7A 4HTNA 4DDCA 5DL9A 4NHTA 3WU8A 3WH1A 3QNGA 1GFKA 4WLDA 1GB0A 3TXFA 1WTMA 5KXWA 3WW6A 1GFJA 2YBJA 4CJ2A 4BAFA 1DI4A 1LZDA 1UCOA 1GE2A 4LFPA 1GFGA 5L3HA 4XJGA 2DQEY 4DWXA 4B49A 1JTTL 2HUBA 5LYZA 2D4JA 3J6KA 1IP5A 1IC7Y 4HPEA 4DD1A 1QIOA 4W96A 1BWHA 1VFBC 2Q0MX 1QDTA 1JKAA 1QUTA 4DD2A 3TXHA 1BHZA 3EBAB 2DKVA 153LA 1IR7A 4HP0A 1HELA 4H92A 1CKHA 4UWUA 4KXIA 3TXJA 1D6QA 1FDLY 1GF3A 4NFVA 4WM4A 4LYOA 1B2KA 5JENB 3RNXA 1IP3A 1LYZA 1GBWA 4YOPA 1LSNA 1UIBA 1NBZC 3A6BY 2Z19A 5KXYA 4N1CC 1LMTA 2CWIA 2W1LA 3VWOA 1TAYA 4LYMA 4HJYA 4HPIA 3CQLA 4UWVA 3OK0A 2HEDA 1XGRC 4RW1A 1IP7A 2XTHA 3AZ6A 1LHLA 1UICA 4IATA 3W6BA 3G3AB 4WLTA 3WYHA 4N8ZA 2MEDA 1C43A 1DXJA 1HNLA 4LT3A 4O34A 1ZVYB 3CSRA 1HFXA 1JSFA 2MEGA 4ZFPA 2H9KA 3AGGG 3IJUA 1G7HC 3A67Y 4FDYA 5DN4A 3TMUA 1VDQA 2HEBA 4QGZA 5KXRA 2BQAA 5B06A 3GXKA 4DDBA 2XJWA 1JJ3A 1WQMA 1JKBA 4H9AA 4NWEA 2LYMA 1GB3A 2LYZA 1GB8A 2BPUA 1DQJC 4XYYA 2G4NA 1YQVY 4WM5A 1GFAA 6LYTA 2AUBA 1IP4A 4UWNA 4CHXA 1FLWA 1AT6A 2CJLA 3LHMA 1AM7A 1F6SA 1OUBA 3A34A 2HU3A 3AW6A 4NGKA 1GFUA 1LYOA 3W6DA 1KIPC 2BLYA 1FBIX 1HEPA 5KXMA 5D5FA 1G7JC 1VDTA 3WUNA 5HQ1A 1BQLY 4GLAA 2G4QA 1YL1X 1LCNA 3W6EA 1LZ6A 4OOTA 2WARA 1LSEA 1LHMA 5LIOA 4ETCA 3G3BB 4OW1A 2YBLA 1B5ZA 1GHLA 2ZQ3A 4H9IA 1GPQC 4WLXA 5FHWA 3WXUA 2W1MA 4MR1A 3RZ4A 1IWTA 1OUEA 2DQJY 3TXDA 4NGOA 3A3QA 1UACY 1JSEA 4YM8A 1GB7A 1LMOA 1LJEA 1LJHA 3N9CA 3WU7A 1O23A 3P66A 4MSTA 4GLVA 4PHIA 5B59A 207LA 5I4WA 1G7LC 3TMXA 1IY4A 1D0MA 1GEZA 1QDRA 1V7TA 5FEKA 1FKVA 2GV0A 2DQDY 3A3RX 3EXDA 4NGWA 5KXNA 5KKJA 6LYZA 1LMQA 1UIFA 1GF6A 1GF5A 3N9AA 2FYDA 2RSCA 1TCYA 1IWWA 1YAPA 1LZ4A 3WU9A 3EO5A 1NQIA 3WXTA 2BQDA 1HERA 2DQFC 2BQOA 4C5FA 5KXTA 3W6CA 1HEWA 3IJVA 3HFMY 2C8PA 1IR8A 1W08A 3W6FA 1D6PA 4NGJA 1LHKA 4OWCA 1JUGA 5KXLA 1VDSA 1IEEA 1FLUA 1LSZA 1AKIA 5FELA 2EQLA 3CT0A 4ETBA 1ZMYL 5EBHA 1BB3A 2EKSC 2MEIA 5F16A 2YVBA 1LHIA 1GBZA 4ETAA 1MLCE 1UIAA 3KAMA 5LVIA 2Z2FA 4R0FA 4PRQA 1HFYA 4WMGA 4AGAA 4IASA 1OUIA 4NHIA 4G4CA 2HU1A 1E8LA 1WQQA 4TTDA 4NWHA 1GB5A 1GXV2 4DC4A 3AZ4A 4KT3A 1LYSA 4LT2A 3RT5X 5LINA 1LSDA 4B4IA 3WPJA 4OOOA 2BAAA 1GF7A 4XJBA 1LJKA 2D6BA 4LT0A 5KXOA 1UA6Y 4HV2A 1CKCA 2FBBA 2YSSC 1UIHA 3GXRA 4YENA 1YAQA 4YF2A 3K3TA 1GB6A 4DD9A 1JKCA 3HBHA 2BQCA 1ZVHL 5KXKA 3WUAA 3AGHA 4J0LA 4KL7A 1B5YA 4XN6A 4CFOA 4LFXA 4RLMA 1GF8A 3B0OA 1B7SA 5LYTA 3M18B 1JHLA 3LYOA 1YANA 2MEFA 1GEVA 1JKDA 1DI5A 2F4GA 3ATOA 4WOAA 2I26L 2XBRA 2N5ZA 4QDNA 3CT5A 1IOTA 1LZAA 3CT1A 5IHGA 1LJNA 1LJJA 1B5XA 5LVHA 1FN5A 1LJGA 1QTEA 1YL0X 2BQKA 1HMLA 5I53A 1YROA 2MEBA 4XJIA 2HEEA 1BB7A 1GBOA 1XEIA 3WULA 5HLLA 4NGZA 1CJ7A 4P2EA 1RI8B 4HJZA 1LAAA 1LPIA 2HEFA 4N5RA 4XJFA 1YKZX 5HNCA 3W3EA 1CJ9A 1JJ0A 4DDAA 4Z46A 8LYZA 2B5ZA 4GCCA 1GFEA 5FSTA 4GN5C 1VDPA 3B72A 5C6LA 1OUGA 2CGIA 2EIZC 2BQHA 2DQHY 1PZYA 4HSFA 1JEFA 4L41A 5C6JA 1B7QA 3LZTA 2Z18A 1GXXA 4M6DA 1LKSA 1CKGA 1IR9A 1WTNA 4CFPA 1LZRA 4DYGA 1GF9A 1GE4A 2ZIKA 1DKKA 1VEDA 3A94A 5LYMA 4NHSA 1LJ4A 1H6MA 3LYMA 1REZA 4PPOA 1GE1A 4XADA 1JWRA 4NSJA 4NGYA 5KY1A 194LA 1J1PY 1LYYA 4NY5A 1G7IC 4WLYA 5ILFA 1GFTA 1CNSA 1GDWA 4LGKA 3A6CY 1N4FA 1TDYA 2FBDA 5A3EA 1RFPA 1AT5A 1LJFA 1LZ5A 134LA 1KXWA 1WVUA 2BQMA 3HBDA 5L3IA 4H9HA 1A2YC 2CDSA 1B5VA 2LHMA 2ZQ4A 3ZVQB 132LA 1GFVA 1LZNA 1J1OY 2NWDX 3A91A 2DQIY 1D0LA 1LSAA 1WQNA 2A7FA 1LHJA 2G4PA 1GE0A 1INUA 4PRUA 3WPLA 3M3UA 9LYZA 1XFPL 4G49A 5IDDA 2BQLA 3D9AC 3OJPA 1YKXX 1GD6A 4NSHA 1NDMC 4H94A 1JTOL 1ALCA 4YEMA 5IELA 1IY3A 1JIYA 2ZILA 1IWZA 1C7PA 1CJ8A 2F30A 4C3WA 1IC5Y 1OUDA 1WQRA 1DPXA 4FJRA 2DBTA 1LKRA 1NDGC 4LYBA 5I4YA 1EQ5A 1B0DA 5ILCA 1XGPC 1LZBA 3HBEX 4H1PA 1FLYA 1D0KA 4HJVA 3TXGA 3TXKA 4GCDA 5LA8A 5KXPA 1LSFA 5F81A 2Y8PA 3MGWA 4H9CA 4RLNA 5LVGA 4N0JA 1QQYA 4TWSA 1B7OA 4X3BA 3TMWA 2LYOA 5APCA 3E3DA 3TXIA 4B4EA 2HEAA 4H8ZA 3P4ZA 4XENA 1LZGA 5B05A 4HTQA 7LYZA 3WVXA 3AZ7A 1UUZC 1XGUC 1ZV5L 3CSZA 4ETEA 1BVXA 1GBSA 1OQMA 4DD3A 4DT3A 2ZWBA 1NKHA 4U3XB 5KXXA 1IOSA 1VAUA 3WVYA 1OUAA 4NHQA 2X0AA 3N9EA 4GN3A 3A96A 4D9ZA 5D5CA 5DM9A 5LAFA 4I8SA 1F10A 4YEOA 1AZFA 1DPWA 2ZYCA 3CSQA 4QY9A 1LJ3A 1B9OA 1LSGA 2HTXA 4WL7A 5LVKA 3ZVQA 1GDXA 3AZ5A 3A93A 4ZEEA 1C10A 1YKYX 1REYA 2F4AA 1LZCA 2Z37A 1B5WA 1LMCA 1FLQA 2YDGA 4H9BA 4TX7A 4W94A 3AJNA 4B0DA 2BQEA 2FYCA 3FE0A 1IOCA 1QUSA 2Z38A 1F6RA 4NIJA 4Z41A 1LSMA 1FKQA 1LZ8A 1BB4A 5B1FA 4B4JA 1IVMA 2VB1A 3J4GA 4BAPA 1GB9A 4WL6A 1RE2A 4Z3MA 1QSWA 1BB5A 1JISA 5FDJA 1XGQC 4A7DA 3AGIA 2DQAA 4NGVA 3TMVA 1SLYA 1IP1A 2C8OA 3WUMA 3QY4A 4WM3A 1LTMA 2Z2EA 1Z55A 1HEMA 5LXWA 1XGTC 2LZTA 1REMA 2MEEA 4J1BA 4LZTA 1RCMA 5HMVA 3RW8A 2D4KA 2MEAA 4GCBA 5II3A 1IORA 1OUCA 5HNLA 4BADA 1IP6A 1GAYA 4N1EI 5A3ZA 5LA5A 1HENA 4DD7A 5F9XA 4I0CA 3BKVA 1EQ4A 1T3PA 3WMKA 1HHLA 1YAMA 1W6ZA 4M4OA 2BQFA 1WQOA 1P2CC 1XEJA 3A8ZA 1T6VL 2LZ2A 2PC2A 3BKHA 4KPMA 1JPOA 2BQJA 1LZ9A 4TUNA 5KXSA 2F2NA 4G9SA 1BWJA 4NGLA 1LSCA 1HFZA 1LOZA 1LZTA 1TEWA 5E4PA 1B7MA 3WPKA 1GAZA 1BWIA 4G4BA 5LAGA 5B07A 3LYZA 2BLXA 4NSGA 1LHHA 5KXZA 1OUFA 2IFFY 4Z98A 4J7VA 2BQIA 2ZYPA 4PJ2C 4EMNA 1GBXA 1KXXA 4TSBA 5I4XA 1HC0A 2Z39A 1H87A 4WG1A 1IO5A 1IP2A 2EPEA 1JITA 2I6ZA 5E9RA 3W6AA 3T6UA 2Z12A 3P68A 1IOQA 1F0WA 4ET9A 1RJCB 4G4HA 1GB2A 4OWHA 1GFHA 4TSCA 1NF5A 4H9EA 3LN2A 1C46A 3F6ZA 3P65A 4ANRA 5M1YA 4EOFA 4NG8A 1BB6A 1IWVA 4WM2A 4N9RA 5APDA 1IWXA 1LZYA 1TBYA 2BQNA 4PGJB 4LYZA 1OUHA 1XSFA 133LA 3ZEKA 5DLAA 154LA 2W1XA 4H91A 2DQCY 1HMKA 5KKIA 4WG7A 1YILA 4XJDA 1CJ6A 1C08C 3AYQA 4H8XA 3A95A 1G7MC 1HSWA 4RDSA 3FI7A 4BS7A 4E3UA 1QSAA 4WM6A 1OP9B 3D3DA 1IIZA 1YIKA 4NGIA 4WM1A 4OWAA 1DI3A 1CKFA 2YBMA 4XJHA 1PS5A 3TXBA 4CGEA 5K7OA 5LVJA 1UBZA 1IWYA 1IX0A 2YBHA 4WO9A 5APFA 3T36A 1CKDA 1XEKA 2W1YA 3B0IA 4HTKA 1LZ1A 1I1ZA 2DQGY 1GF4A 1WQPA 193LA 4NG1A 1DKJA 1B7LA 1WVVA 2HECA 1BGIA 5HMJA 2ZIJA 4NSIA 4HV1A 1MELL 1QTKA 4QEQA 5I5QA 4ML7A 1HEQA 1YAOA 2H5ZA 1EL1A 1UC0A 1I20A 1B7RA 1NBYC 5T3FA 4GN4A 4DD0A 5C6IA 1B5UA 1LSYA 4LYTA 2IHLA 1JJ1A 1LZEA 1LZSA 5F9UA 4IJ4A 4H90A 1DZBX 5B1GA 3B0KA 1EQEA 4R6CA 3B6LA 5DN5A 3WW5A 4GCEA 3ATNA 5FCPA 1B7NA 4GCFA 1UIGA 4OWBA 3A90A 1KIQC 5APEA 2ZNXY 5F14A 1VATA 1IWUA 1LMNA 3TXEA 4AXTA 1LJIA 5I54A 208LA 1LSBA 2MECA 2ZNWY 3ULRA 5KJ9A 3P64A 2MEHA 1BVKC 3EMSA 2D4IA 4RW2A 1SQ2L 1C45A 1KXYA 1JTPL 3A92A 2H9JA 3QE8A 135LA 1GE3A 2I25L 1HSXA 4H93A 3AB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LZMA 1LMAA 4ZIXA 1NHEA 1GWDA 4OWEA 1GF0A 2BQBA 255LA 1REXA 1B7PA 2HUMA 4WO6A 3CB7A 1T8FA 5AMYA 2YBNA 1OUJA 217LA 4YXAC 1L71A 1L59A 232LA 1GBYA 4LYCA 1LMPA 1HF4A 1V7SA 4HTNA 4DDCA 3WU8A 1L09A 1WTMA 4AQNA 2OTZX 3WW6A 1LZDA 1UCOA 1GFGA 4XJGA 131LA 1IC7Y 1BWHA 1VFBC 1QUTA 1L57A 3TXHA 3EBAB 2DKVA 3TXJA 155LA 1CKHA 3FADA 1D6QA 1L50A 1C6IA 1L74A 4LYOA 1IP3A 3DN0A 4K5YA 4HJYA 1QT6A 3OK0A 1QSQA 2XTHA 142LA 1C61A 2MEGA 4ZFPA 4FDYA 5DN4A 225LA 246LA 1C69A 3GULA 2O7AA 3GUNA 4NWEA 1C6AA 2LYMA 227LA 4XYYA 215LA 2G4NA 1YQVY 1P7SA 4DQ7A 6LYTA 1L86A 1FLWA 1CV1A 2CJLA 1OUBA 1SSYA 1L18A 1P36A 1BQLY 1LZ6A 4ETCA 4OW1A 4H9IA 3SN6R 1GPQC 2W1MA 4MR1A 3A3QA 3WU7A 4MSTA 207LA 5I4WA 1G7LC 4A7DA 4AGAA 4B49A 3A3RX 150LA 6LYZA 1LMQA 3N9AA 4ARQA 1TCYA 218LA 1CV3A 3SBAA 4C5FA 5KXTA 3NY8A 182LA 3IJVA 3HFMY 1W08A 1D3MA 165LA 1UIAA 1LYEA 1HFYA 171LA 4IASA 3SB8A 4G4CA 1G07A 1G1WA 1GXV2 1C6TA 4KT3A 1LYSA 4LT2A 3GUPA 3RT5X 5LINA 1LSDA 4B4IA 172LA 2BAAA 1LJKA 1CKCA 2YSSC 4YENA 4LDLA 1YAQA 3OE9A 229LA 5KXKA 3WUAA 4J0LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSP A;  1KIR C;  3SP3 A;  4LT1 A;  1LMA A;  1J1X Y;  4H9F A;  4ZIX A;  1NMM A;  3WL2 A;  1GFR A;  1NHE A;  1UIE A;  1GWD A;  2BQG A;  4OWE A;  4ETD A;  4ET8 A;  1GF0 A;  2BQB A;  3LYT A;  1D9U A;  3IWR A;  2XBS A;  3RU5 A;  1REX A;  1B7P A;  3LZ2 A;  1A4V A;  4WO6 A;  1IC4 Y;  1NWG A;  4H8Y A;  1UID A;  4II8 A;  4NHP A;  4B1A A;  3CB7 A;  5AMY A;  4MCK A;  2YBN A;  1OUJ A;  5J7C A;  1I56 A;  4LYC A;  1GBY A;  2D91 A;  1LMP A;  2A7D A;  1HF4 A;  4J1A A;  1HEO A;  4NEB A;  1V7S A;  2YBI A;  5L9J A;  3AW7 A;  4HTN A;  4DDC A;  5DL9 A;  4NHT A;  3WU8 A;  3WH1 A;  3QNG A;  1GFK A;  4WLD A;  1GB0 A;  3TXF A;  1WTM A;  5KXW A;  3WW6 A;  1GFJ A;  2YBJ A;  4CJ2 A;  4BAF A;  1DI4 A;  1LZD A;  1UCO A;  1GE2 A;  4LFP A;  1GFG A;  5L3H A;  4XJG A;  2DQE Y;  4DWX A;  4B49 A;  1JTT L;  2HUB A;  5LYZ A;  2D4J A;  3J6K A;  1IP5 A;  1IC7 Y;  4HPE A;  4DD1 A;  1QIO A;  4W96 A;  1BWH A;  1VFB C;  2Q0M X;  1QDT A;  1JKA A;  1QUT A;  4DD2 A;  3TXH A;  1BHZ A;  3EBA B;  2DKV A;  153L A;  1IR7 A;  4HP0 A;  1HEL A; 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 133L A;  3ZEK A;  5DLA A;  154L A;  2W1X A;  4H91 A;  2DQC Y;  1HMK A;  5KKI A;  4WG7 A;  1YIL A;  4XJD A;  1CJ6 A;  1C08 C;  3AYQ A;  4H8X A;  3A95 A;  1G7M C;  1HSW A;  4RDS A;  3FI7 A;  4BS7 A;  4E3U A;  1QSA A;  4WM6 A;  1OP9 B;  3D3D A;  1IIZ A;  1YIK A;  4NGI A;  4WM1 A;  4OWA A;  1DI3 A;  1CKF A;  2YBM A;  4XJH A;  1PS5 A;  3TXB A;  4CGE A;  5K7O A;  5LVJ A;  1UBZ A;  1IWY A;  1IX0 A;  2YBH A;  4WO9 A;  5APF A;  3T36 A;  1CKD A;  1XEK A;  2W1Y A;  3B0I A;  4HTK A;  1LZ1 A;  1I1Z A;  2DQG Y;  1GF4 A;  1WQP A;  193L A;  4NG1 A;  1DKJ A;  1B7L A;  1WVV A;  2HEC A;  1BGI A;  5HMJ A;  2ZIJ A;  4NSI A;  4HV1 A;  1MEL L;  1QTK A;  4QEQ A;  5I5Q A;  4ML7 A;  1HEQ A;  1YAO A;  2H5Z A;  1EL1 A;  1UC0 A;  1I20 A;  1B7R A;  1NBY C;  5T3F A;  4GN4 A;  4DD0 A;  5C6I A;  1B5U A;  1LSY A;  4LYT A;  2IHL A;  1JJ1 A;  1LZE A;  1LZS A;  5F9U A;  4IJ4 A;  4H90 A;  1DZB X;  5B1G A;  3B0K A;  1EQE A;  4R6C A;  3B6L A;  5DN5 A;  3WW5 A;  4GCE A;  3ATN A;  5FCP A;  1B7N A;  4GCF A;  1UIG A;  4OWB A;  3A90 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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