1LZRA

Structural changes of the active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-n-acetyl-chitohexaose at ph 4.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Structural changes of active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-N-acetyl-chitohexaose at pH 4.0.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lzrA00
2XBSA 1GBXA 2BAAA 4HV1A 1NWGA 1OUEA 3W6CA 1ZVYB 2ZIKA 1GB8A 2FYDA 2H9KA 1CKHA 4PGJB 5ILFA 1B2KA 4TUNA 5KXMA 3B6LA 4ETBA 1NF5A 4QDNA 1GFVA 1LPIA 1NBYC 1V7SA 3P68A 4NY5A 2IFFY 4ET8A 1KXYA 2DQIY 4H92A 4MSTA 2BQJA 1UCOA 1GF3A 5A3EA 4LYOA 1UIBA 3ULRA 5B05A 4B4IA 1JTPL 1LMOA 5KXXA 1LMTA 2H5ZA 1GB2A 4YM8A 1E8LA 2CJLA 4PJ2C 1XGRC 2BQIA 154LA 1AM7A 4XJHA 1AT5A 1YKXX 5FDJA 2D4JA 4XJBA 2G4QA 3M18B 1UICA 3A3QA 135LA 3WW6A 1CJ7A 5F81A 1LHKA 1SLYA 1D9UA 3GXRA 1DI5A 4DT3A 4LZTA 1LKSA 3IJVA 5KXSA 1IVMA 2FBDA 4IATA 4RDSA 1LHHA 1GF9A 2HEDA 2MEBA 5AMYA 3ATOA 5E4PA 3FI7A 4H9HA 1B7RA 1BHZA 3LHMA 4WM6A 5L3IA 2A7DA 1JPOA 1I20A 2ZILA 1IX0A 1TCYA 3E3DA 3LZ2A 4HTNA 1CNSA 1LHJA 4X3BA 4OWEA 2Z38A 4YEOA 2G4PA 3WXUA 4TSCA 1HELA 1LZCA 1LHLA 1LMPA 3BKVA 3W3EA 5KXZA 2HECA 4HPIA 5LIOA 5IDDA 4G49A 4WO6A 4NG8A 3WMKA 2MEHA 1HEPA 1JIYA 4II8A 1NMMA 3B0KA 4GN4A 2BQOA 3W6DA 194LA 3HBDA 1REZA 1D0KA 4Z98A 2DBTA 2DQAA 4N8ZA 4QEQA 3W6EA 5KKIA 5LVJA 4H8YA 2HEBA 5LA5A 2AUBA 2IHLA 1TEWA 1WVUA 1LSPA 3A93A 5APDA 1B0DA 3BKHA 4H90A 4W94A 3HBHA 3QNGA 1BWJA 4B4JA 132LA 1LJ4A 1YAPA 1IWTA 2FYCA 3WUMA 1GF0A 1UIDA 1OUBA 1RI8B 1IY3A 4B1AA 3EXDA 3P4ZA 4PRUA 4WM5A 1GF5A 2EIZC 2F4AA 4HJZA 1LJFA 1UIHA 2A7FA 1Z55A 4DDBA 2MEGA 1JHLA 3AZ7A 1DI3A 1XEIA 1EQ4A 1B7SA 2Z37A 1LSFA 1LYOA 1LMAA 3TXBA 5APCA 3WU9A 2I6ZA 3WVXA 5A3ZA 4N1CC 1YQVY 2G4NA 3RU5A 4M4OA 3GXKA 4NWHA 4RLMA 1IWVA 3ATNA 5KXRA 4XJFA 2H9JA 1HMLA 1GXXA 1RE2A 1LSGA 5KXNA 5HMVA 7LYZA 1FDLY 4MCKA 3WUNA 1GFKA 1XGQC 1LKRA 1QSAA 1LJGA 1CKCA 4G4BA 3A91A 1J1OY 2EKSC 3F6ZA 1OUAA 1GEZA 1LJHA 1LZ8A 1UIGA 4WG7A 3TMVA 4RLNA 3TXIA 2BQKA 1UC0A 5KXKA 2W1LA 1XFPL 3KAMA 5EBHA 1P2CC 2Z39A 5JENB 1HF4A 4CHXA 3AZ5A 1IWWA 4WM3A 1GE4A 1D0LA 2BLYA 3P64A 4XJGA 1BVXA 4FJRA 1LZYA 4R6CA 1IEEA 2WARA 1B5VA 3WH1A 1B7OA 1C08C 2BQDA 2NWDX 3TXEA 4LYMA 1UIAA 4B4EA 1LSCA 2RSCA 1GBYA 2ZIJA 1QUTA 5KY1A 4NGVA 1GEVA 1LOZA 1IR9A 1JKAA 3LZTA 4PRQA 5DM9A 4ETAA 1B5WA 1F10A 2N5ZA 4FDYA 2DQFC 2YBIA 1GFTA 4NHIA 4N9RA 1ZMYL 4NGZA 4LYCA 4H9EA 4W96A 2F30A 1D6PA 5KXOA 2HU3A 1GBOA 4C3WA 5D5CA 1GB6A 2YVBA 4BADA 1FKVA 1HSXA 4WMGA 3AGGG 1VDSA 2BQBA 2YBMA 1ZVHL 3RW8A 5C6LA 1B5XA 3A34A 1J1PY 1QQYA 3RT5X 3N9AA 4J0LA 1T3PA 1LSDA 1LSYA 4LYBA 4B0DA 3TXDA 4B49A 4A7DA 1IWXA 1B7NA 1JKBA 4LFPA 5FELA 5APFA 4E3UA 2GV0A 4MR1A 1IOSA 3WPKA 4ZEEA 1JSEA 1C7PA 1IWUA 1B7LA 1GF6A 1HFYA 3AGIA 4HV2A 2FBBA 1G7LC 2HEEA 4H1PA 4ETEA 2D91A 2YSSC 5L9JA 1BB3A 1FKQA 4H9BA 1WTNA 1QTKA 1B7PA 4OOOA 3D9AC 3G3AB 3ZEKA 4GLAA 1LTMA 2LYOA 1LCNA 1FLUA 1G7JC 1CJ8A 1GE1A 4AXTA 1JISA 4PHIA 1NKHA 1YKZX 3B0IA 133LA 3WL2A 1O23A 2BQCA 1UIFA 4GN3A 6LYZA 4XJDA 5B06A 1IC5Y 2DQJY 1GF4A 2Z19A 4LT3A 5I4XA 2ZYCA 2ZYPA 1LZ9A 4M6DA 1JWRA 4WO9A 4DYGA 1GBWA 4WM4A 1LSEA 1JTOL 1B5UA 3EMSA 5HLLA 2Z12A 1GXV2 3HFMY 3CSQA 4I8SA 1VDTA 5D5FA 4OWHA 5FCPA 3LYTA 4YF2A 1YAQA 1VDQA 4NSJA 1JITA 3A6BY 1DKJA 1HMKA 1PZYA 5KJ9A 1HERA 4NHTA 4G4CA 1LSAA 1B5ZA 4L41A 4TWSA 3TXFA 1IC4Y 1IY4A 2DQCY 3P65A 4HSFA 1OUHA 4DC4A 3IJUA 1GFEA 1IP7A 1B7QA 1TBYA 3VWOA 1G7MC 3D3DA 1OUJA 2D6BA 1GE3A 4DDCA 4BAFA 4ZIXA 4DD0A 2HEAA 3OK0A 4G4HA 4LT0A 3T6UA 1EQ5A 207LA 4G9SA 2MEIA 3TMUA 3A6CY 4LFXA 1HEOA 3TXJA 4WG1A 3ZVQA 1XEJA 4OW1A 4DD2A 4Z41A 2ZQ4A 3AYQA 1REMA 3LYOA 5K7OA 4TTDA 5DN4A 3TMWA 4NEBA 3J6KA 1JJ1A 1JUGA 3AB6A 1HNLA 1NDGC 1H6MA 3B72A 1VDPA 1GAYA 4WL7A 1DXJA 1F6SA 3HBEX 5C6IA 1GB3A 1GFAA 1CKDA 4NSIA 2MEEA 1DI4A 1BB7A 3B0OA 5LXWA 1KXXA 1KIRC 4R0FA 1WQMA 4IASA 4YOPA 1DKKA 4CFPA 3RZ4A 1H87A 3A90A 1RJCB 4HJYA 1D0MA 1OUIA 1WTMA 5KXYA 4YEMA 1GFUA 1NHEA 1VFBC 2F4GA 1IOCA 4U3XB 1I1ZA 1IP3A 1FLYA 193LA 1OUCA 3LN2A 1JJ0A 4NGJA 1RFPA 1XGPC 5DN5A 4CFOA 4DWXA 1INUA 1PS5A 2MEAA 3QE8A 3W6BA 1JKCA 1GDWA 4HTQA 1GFJA 2BQLA 1WVVA 4WLYA 4EOFA 1GBZA 3IWRA 1IP6A 4H9IA 1G7IC 2EQLA 3LYMA 4NHQA 3WXTA 3WYHA 1GDXA 5LVGA 1LSMA 1F6RA 2HTXA 1B5YA 2HU1A 3AW6A 153LA 5DLAA 1BB5A 2Z18A 3M3UA 1FLWA 4LYTA 4WOAA 2HUBA 4BS7A 1N4FA 2W1YA 5I4YA 4H8ZA 1LJEA 1YL0X 2CGIA 134LA 1LJJA 4H9AA 1HFZA 2DKVA 4UWVA 2MEDA 3AW7A 3EO5A 4NGWA 1GBSA 1LHIA 1LMCA 1QSWA 5I4WA 1ZV5L 1IWYA 3CQLA 1LSNA 3AJNA 1LMNA 1LZTA 4H8XA 1IR7A 1BWIA 2DQEY 1TDYA 3A8ZA 1C10A 2LYMA 2XJWA 3TXKA 1OQMA 1VATA 1YAOA 5LYZA 4UWUA 5FEKA 5LVIA 8LYZA 5B1FA 5LYTA 1AZFA 1HHLA 4DD9A 3TXHA 5IHGA 1FBIX 1QDRA 1XGUC 2ZWBA 1YKYX 2DQHY 1QTEA 3OJPA 1UACY 1YILA 1LSZA 4NGYA 2ZNWY 4O34A 1B7MA 1YIKA 2BQMA 2D4KA 1WQQA 1LZ1A 4J1BA 3N9CA 2D4IA 3G3BB 1LYZA 4OWBA 4IJ4A 3WULA 9LYZA 1HSWA 1VAUA 1GB7A 4NGLA 5E9RA 2YBNA 1IP4A 4H9CA 4GLVA 4NGIA 1LZ4A 1JSFA 2BQNA 1LZRA 1AKIA 4QGZA 1CJ6A 1IC7Y 5FSTA 2I25L 1QIOA 4GCCA 1GB9A 3K3TA 1IWZA 1HEWA 4D9ZA 3A95A 4YENA 1V7TA 3CT1A 1LAAA 4NSGA 4Z46A 1JJ3A 1LZSA 1KIQC 2BQEA 3CT0A 3WW5A 5I54A 2DQGY 3WPJA 4N1EI 3T36A 4KL7A 1NQIA 4J7VA 4C5FA 1LHMA 1GAZA 5LAFA 1BVKC 5KXTA 1UA6Y 4WL6A 4WM2A 5F9UA 2B5ZA 4WLTA 1MELL 1J1XY 1LZBA 5LYMA 3WUAA 4PPOA 4WM1A 4LGKA 5I53A 1EL1A 4UWNA 1CKFA 3A67Y 4P2EA 4WLDA 5LVHA 3TMXA 1A4VA 1C45A 4H93A 1IOQA 4DDAA 2W1MA 1LJKA 1IOTA 4J1AA 1FN5A 1GFGA 4NHSA 1C46A 1GWDA 1MLCE 1JEFA 3AZ6A 1C43A 3ZVQB 3CB7A 1GFRA 1W6ZA 3AZ4A 2VB1A 4Z3MA 1JTTL 2DQDY 1BQLY 3A3RX 1LZDA 2XTHA 1GPQC 2XBRA 5B1GA 1WQNA 1D6QA 5ILCA 5C6JA 1LYYA 4I0CA 2YBHA 5B07A 2BQAA 2BQFA 2LHMA 3J4GA 5HMJA 4NGKA 1IR8A 3QY4A 3W6AA 1GD6A 1EQEA 2HEFA 1LZ5A 4XJIA 3A92A 1HC0A 1GE0A 2W1XA 5B59A 4DD1A 2LZ2A 4ETDA 4HTKA 3W6FA 3FE0A 5HQ1A 5LINA 2Q0MX 4NHPA 1REXA 1LJNA 1GF8A 3N9EA 4DD7A 2ZQ3A 2F2NA 1HFXA 1LJIA 1LZ6A 1LJ3A 4LT1A 1YL1X 5LA8A 4ETCA 1WQPA 1BGIA 2ZNXY 1HENA 4HP0A 5J7CA 2X0AA 4KXIA 1WQOA 4CJ2A 4RW2A 5M1YA 4GN5C 2LZTA 1B9OA 4N0JA 5HNCA 2CWIA 1IP2A 1GF7A 1YAMA 3TXGA 4EMNA 4NG1A 4H91A 1OUGA 1G7HC 4LYZA 4WLXA 5F9XA 5LVKA 4HPEA 2C8PA 3A94A 1IO5A 1KXWA 3MGWA 1LZAA 4ANRA 5IELA 1XEKA 2YBJA 4NIJA 4XENA 4XN6A 4OOTA 3SP3A 4OWCA 4NGOA 2C8OA 4XYYA 2Y8PA 1QDTA 2PC2A 2YBLA 1GB5A 1REYA 3RNXA 2MEFA 3WVYA 4KPMA 1RCMA 1JKDA 5KKJA 1ALCA 1BWHA 1DZBX 1T6VL 1LMQA 1GB0A 1CKGA 1LYSA 5KXPA 3A96A 1LSBA 3AGHA 1HEMA 3CT5A 1BB4A 2BQGA 5HNLA 1DPXA 1GHLA 2Z2EA 1OUDA 2I26L 4GCDA 4ML7A 4ZFPA 5KXWA 2BPUA 1NBZC 1IP1A 4N5RA 5LAGA 1LZGA 4ET9A 5L3HA 4GCEA 2BLXA 3WU7A 4OWAA 1IORA 1I56A 2LYZA 208LA 1LZNA 4NSHA 5DL9A 1XSFA 1NDMC 2YDGA 4NWEA 5F14A 2EPEA 1DQJC 3CSZA 3P66A 4RW1A 4TX7A 1OP9B 3WPLA 4CGEA 1IP5A 4HJVA 1WQRA 4XADA 4KT3A 3LYZA 1UIEA 4GCFA 4DD3A 3CSRA 5KXLA 1UBZA 1XGTC 3EBAB 1SQ2L 5APEA 5FHWA 1CJ9A 1UUZC 2Z2FA 1FLQA 1W08A 1KIPC 5T3FA 1F0WA 4LT2A 1GFHA 4AGAA 1QUSA 2MECA 1TAYA 4H9FA 4TSBA 4QY9A 2CDSA 4H94A 2BQHA 1HEQA 1AT6A 5II3A 1OUFA 1YANA 5F16A 1GE2A 3WU8A 1IIZA 1A2YC 6LYTA 5I5QA 1DPWA 1BB6A 1YROA 4NFVA 1VEDA 4BAPA 1LZEA 4GCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BAAA 176LA 3W6CA 1GB8A 5ILFA 5KXMA 1L05A 156LA 4ETBA 4QDNA 1GFVA 3DN3A 2DQIY 4MSTA 2BQJA 1NHBA 1GB2A 3HT6A 2CJLA 1YKXX 214LA 1L48A 2D4JA 1LLHA 1LHKA 1D9UA 1DI5A 230LA 111LA 4I7MA 5KXSA 4IATA 3ATOA 145LA 1BHZA 4WM6A 5L3IA 1IX0A 4OWEA 1C63A 2OE7X 4HPIA 258LA 2MEHA 1HEPA 1REZA 1L85A 1L00A 4QEQA 1L62A 1L83A 1LSPA 4W94A 3QNGA 4B4JA 3HUAA 192LA 1YAPA 1IWTA 1OUBA 4PRUA 1L75A 2F32A 143LA 1XEIA 3WU9A 4N1CC 3G3VA 3GUKA 1C67A 4NWHA 3ATNA 2H9JA 1HMLA 1GXXA 164LA 160LA 1XGQC 1CKCA 4G4BA 4WG7A 1GEZA 1LJHA 3TMVA 3TXIA 2BQKA 3HH6A 1L51A 1P5CA 1P2CC 211LA 3PDSA 1C6AA 5JENB 1KS3A 3AZ5A 1IWWA 1GE4A 3P64A 4XJGA 4FJRA 1LZYA 2WARA 1T8AA 3TXEA 2Z6BA 1GBYA 5KY1A 4NGVA 201LA 4FDYA 2DQFC 2YBIA 4NHIA 4LYCA 1G1WA 1L80A 1HSXA 4EKQA 1QS5A 1L10A 1VDSA 2IGCA 1QQYA 4J0LA 139LA 197LA 1LSYA 4A7DA 184LA 5FELA 4E3UA 1IOSA 1DYEA 1IWUA 1HFYA 1PQJA 2FBBA 4H1PA 2D91A 4AQNA 1WTNA 2B73A 1LTMA 128LA 1LCNA 1L74A 1FLUA 3CDVA 2BQCA 1UIFA 6LYZA 4XJDA 1CV5A 1L37A 1GF4A 5I4XA 1L03A 3UONA 1LZ9A 4M6DA 1LYDA 196LA 2OE9X 5HLLA 1GXV2 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XBS A;  1GBX A;  2BAA A;  4HV1 A;  1NWG A;  1OUE A;  3W6C A;  1ZVY B;  2ZIK A;  1GB8 A;  2FYD A;  2H9K A;  1CKH A;  4PGJ B;  5ILF A;  1B2K A;  4TUN A;  5KXM A;  3B6L A;  4ETB A;  1NF5 A;  4QDN A;  1GFV A;  1LPI A;  1NBY C;  1V7S A;  3P68 A;  4NY5 A;  2IFF Y;  4ET8 A;  1KXY A;  2DQI Y;  4H92 A;  4MST A;  2BQJ A;  1UCO A;  1GF3 A;  5A3E A;  4LYO A;  1UIB A;  3ULR A;  5B05 A;  4B4I A;  1JTP L;  1LMO A;  5KXX A;  1LMT A;  2H5Z A;  1GB2 A;  4YM8 A;  1E8L A;  2CJL A;  4PJ2 C;  1XGR C;  2BQI A;  154L A;  1AM7 A;  4XJH A;  1AT5 A;  1YKX X;  5FDJ A;  2D4J A;  4XJB A;  2G4Q A;  3M18 B;  1UIC A;  3A3Q A;  135L A;  3WW6 A;  1CJ7 A;  5F81 A;  1LHK A;  1SLY A;  1D9U A;  3GXR A;  1DI5 A;  4DT3 A;  4LZT A;  1LKS A;  3IJV A;  5KXS A;  1IVM A;  2FBD A;  4IAT A;  4RDS A;  1LHH A;  1GF9 A;  2HED A;  2MEB A;  5AMY A;  3ATO A;  5E4P A;  3FI7 A;  4H9H A;  1B7R A;  1BHZ A;  3LHM A;  4WM6 A;  5L3I A;  2A7D A;  1JPO A;  1I20 A;  2ZIL A;  1IX0 A;  1TCY A;  3E3D A;  3LZ2 A;  4HTN A;  1CNS A;  1LHJ A;  4X3B A;  4OWE A; 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 2C8P A;  3A94 A;  1IO5 A;  1KXW A;  3MGW A;  1LZA A;  4ANR A;  5IEL A;  1XEK A;  2YBJ A;  4NIJ A;  4XEN A;  4XN6 A;  4OOT A;  3SP3 A;  4OWC A;  4NGO A;  2C8O A;  4XYY A;  2Y8P A;  1QDT A;  2PC2 A;  2YBL A;  1GB5 A;  1REY A;  3RNX A;  2MEF A;  3WVY A;  4KPM A;  1RCM A;  1JKD A;  5KKJ A;  1ALC A;  1BWH A;  1DZB X;  1T6V L;  1LMQ A;  1GB0 A;  1CKG A;  1LYS A;  5KXP A;  3A96 A;  1LSB A;  3AGH A;  1HEM A;  3CT5 A;  1BB4 A;  2BQG A;  5HNL A;  1DPX A;  1GHL A;  2Z2E A;  1OUD A;  2I26 L;  4GCD A;  4ML7 A;  4ZFP A;  5KXW A;  2BPU A;  1NBZ C;  1IP1 A;  4N5R A;  5LAG A;  1LZG A;  4ET9 A;  5L3H A;  4GCE A;  2BLX A;  3WU7 A;  4OWA A;  1IOR A;  1I56 A;  2LYZ A;  208L A;  1LZN A;  4NSH A;  5DL9 A;  1XSF A;  1NDM C;  2YDG A;  4NWE A;  5F14 A;  2EPE A;  1DQJ C;  3CSZ A;  3P66 A;  4RW1 A;  4TX7 A;  1OP9 B;  3WPL A;  4CGE A;  1IP5 A;  4HJV A;  1WQR A;  4XAD A;  4KT3 A;  3LYZ A;  1UIE A;  4GCF A;  4DD3 A;  3CSR A;  5KXL A;  1UBZ A;  1XGT C;  3EBA B;  1SQ2 L;  5APE A;  5FHW A;  1CJ9 A;  1UUZ C;  2Z2F A;  1FLQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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