1M03 | Genus

Total Genus 186

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	186
sequence length	499
structure length	499
Chain Sequence	DRKAPVRPTPLDRVIPAPASVDPGGAPYRITRGTHIRVDDSREARRVGDYLADLLRPATGYRLPVTAHGHGGIRLRLAGGPYGDEGYRLDSGPAGVTITARKAAGLFHGVQTLRQLLPPAVEKDSAQPGPWLVAGGTIEDTPRYAWRSAMLDVSRHFFGVDEVKRYIDRVARYKYNKLHLHLSDDQGWRIAIDSWPRLATYGGSTEVGGGPGGYYTKAEYKEIVRYAASRHLEVVPEIDMPGHTNAALASYAELNCDGVAPPLYTGTKVGFSSLCVDKDVTYDFVDDVIGELAALTPGRYLHIGGAEAHSTPKADFVAFMKRVQPIVAKYGKTVVGWHQLAGAEPVEGALVQYWGLDRTGDAEKAEVAEAARNGTGLILSPADRTYLDMKYTKDTPLGLSWAGYVEVQRSYDWDPAGYLPGAPADAVRGVEAPLWTETLSDPDQLDYMAFPRLPGVAELGWSPASTHDWDTYKVRLAAQAPYWEAAGIDFYRSPQVPWT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces plicatus
publication title	Aspartate 313 in the Streptomyces plicatus hexosaminidase plays a critical role in substrate-assisted catalysis by orienting the 2-acetamido group and stabilizing the transition state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-N-acetylhexosaminidase
total genus	186
structure length	499
sequence length	499
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2002-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1m03A01
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1m03A02

2D22A 5I77A 1KR1A 5I79A 2J79A 1HIZA 5EBAA 1QNOA 4ZENA 4AW7A 3GH7A 3CZLA 1GOIA 1XHGA 5D9OA 3PZQA 1ZS2A 1JFXA 4BF7A 2X0YA 1UR1A 4J3VA 1CEOA 5CGMA 4B3LA 1VF8A 3WN6A 1ZU8A 2ZX7A 1JYWA 1BG4A 1BVZA 4LPCA 1WO2A 1XH1A 2Y2WA 2W92A 3B8SA 1V0KA 1U33A 3O9NA 4IM4A 3EYPA 2ZXQA 2PWHA 2A3AA 3BCDA 3BC9A 3UERA 1CXIA 3EMZA 2VQTA 3CUHA 3ARSA 2ZXBA 2DH2A 1MQRA 4DWSC 5CSUA 1FFRA 1E4IA 1UZ4A 3VOCA 4YN5A 3AS0A 3BXWA 3EDJA 2WCGA 4AWEA 1TA3B 2VVSA 3WBAA 2EJ1A 1KWKA 2WLYA 3AHYA 1XYFA 4J7RA 4ML4A 5M03A 3VGFA 4D72A 3BAKA 5IHRA 4EANA 1ZBCA 5D4YA 4EKJA 2DIEA 3SUWA 4B15A 1W3JA 2QV4A 4MAVA 3N13A 1UD5A 1LQ0A 1UH2A 2EPKX 2WW5A 2UY5A 3WD2A 3FW6A 1FP9A 4PSRA 4UNIA 3BCFA 1ISZA 3WH7A 3M46A 1UZ1A 3DYPA 5GNZA 2YBTA 5DO8A 4GI9A 2WHMA 1EO5A 2VC9A 2WMGA 2JEQA 3GBDA 2HISA 1J0JA 4PUDA 3WQ4A 1JF5A 1GNXA 4WSKA 1J0ZA 2PWGA 1G01A 3CHDA 3MV11 3NCOA 4Z2KA 4PUEA 2X8RA 4XZBA 3K8KA 4OBRA 2OYKA 1NOFA 3VMPA 3AMKA 1CXLA 4JKLA 3T0AA 3UETA 4R27A 2CCRA 1E0VA 1BQCA 1Q6FA 1E4NA 3W24A 3OLIA 3RM9A 4AZHA 2C8NA 1GZJA 3RILA 2NSXA 3FNDA 4M80A 1MW0A 2VMFA 1HVQA 4MB1A 3OLGA 5E6ZA 2JF7A 2JEPA 1JDAA 1E6PA 2XHYA 1UH4A 4PN2A 1HVXA 5I3DA 2Y8VA 2YOCA 1MQPA 1DP0A 1W91A 3KEHA 2WYSA 1GOKA 4FLRA 1R86A 1EDQA 4PMVA 4CD4A 3MU7A 1W9PA 2WBKA 3WNPA 4QFUA 1W1YA 4CCEA 3B9AA 3BSGA 4AC1X 1GOWA 3MV01 4NI3A 2ZXDA 2PWFA 5AYBA 4QAWA 4MAZA 2XPKA 3VPLA 3GNOA 3RCNA 1CXFA 4DWSB 1XH0A 2YA1A 5HDRA 2E9LA 4UQCA 3ZSSA 2OWXA 5FL0A 3UG5A 4AZCB 7TAAA 3UR8A 3OG2A 3POCA 4TTGA 2WM0A 1EQCA 1R7AA 2E8ZA 1W3KA 4L4PA 4CU6A 3VILA 2WVVA 1KXQA 4HU0A 3HJEA 4D6EA 5BWFA 2FH8A 1TVPA 1E73M 3RM4A 1GVIA 4PYSA 1WB0A 4PMZA 1QNQA 2W66A 2O9PA 2DT0A 1DWGM 1AMYA 3IJ9A 4JCMA 2VCBA 3VU2A 1HKIA 3DC0A 2QPUA 3VD9A 1V3KA 1KCLA 3EBVA 3WMCA 2NT0A 4J3WA 3POHA 1CGWA 4J27A 1GJUA 3VINA 3ARXA 7A3HA 4CN4A 1EQPA 1PEZA 3AJ7A 2E9MA 1BAGA 1EOKA 3AISA 1E4LA 3OIHA 2BY1A 5IDIA 1E1EA 1E72M 4P8WA 3BSHA 5BXPA 2XVLA 4IUGA 3A3HA 1DTUA 4H04A 5A6AA 1QI3A 4YPJA 5A6BD 1BFNA 5AY7A 2F8QA 1QI2A 2FDMA 2VVNA 2WHKA 4D6IA 3VIKA 3GDBA 1OWQA 1L0PA 1KGUA 2VOTA 1E6QM 4PEEA 3OBAA 4CKQA 4PMNA 4W84A 5I24A 1V6UA 1N82A 1K9FA 3AZRA 2F2HA 1UWUA 4PCTA 2WMIA 3WQ6A 2GK1B 3TTOA 1LG2A 1HXJA 1XSJA 3TTYA 4CU7A 3N04A 2D23A 4AD4A 3NSMA 4GXPA 1JG9A 3L4TA 3D5HA 1VB9A 2VQUA 4U5KA 5A8MA 2WC4A 2DSVA 2WSKA 3U5YA 3AOFA 5GPRA 1JFHA 4MDOA 5DFAA 2WWDA 1EA9C 3K1DA 4M24A 1YHTA 1G9HA 3A4AA 2WVTA 1SR0A 3WENA 4W8BA 3MUAA 5JBEA 3ZR5A 4UOZA 4KH2A 1JI2A 3VNZA 2WMKA 3KE0A 1BLIA 4XB3A 1BVNP 1PZ2A 1PX8A 1GJWA 4H41A 3SCTA 2WHLA 4MTVA 4NSBA 4P7RA 2XIIA 2DSWA 3U7VA 4B9ZA 3W28A 2BV9A 3I3BA 1E43A 1EO7A 1XC6A 3VDAA 2BXZA 1WPCA 3GNPA 2VUYA 4XV0A 1XCWA 2EEXA 3LPFA 1JYNA 4JHOA 9CGTA 4WJXA 1H4PA 1MQQA 2CHOA 3BAJA 3W29A 3F4VA 4HA1A 2X2YA 4BQ5A 1TR1A 1V6XA 4W86A 4PBGA 2J7GA 4H7VA 3B9DA 1WDRA 3AMCA 3I3DA 1WNOA 4TVDA 3GNRA 2W63A 3QHNA 1UKSA 4GKLA 5GNYA 3UCQA 5LYRA 2O9TA 4W88A 1OD8A 8A3HA 1VENA 3ARRA 2ZUUA 2D2OA 4V27A 2VCCA 4KRTA 1JZ5A 4BQ2A 5DT5A 3RMEA 2O9RA 3AIEA 1C90A 4HPHA 4DUXA 1KXHA 4MB4A 4PMDA 4PMOA 3O2LA 3SCSA 1US3A 1W9DM 1CYGA 3WEZA 1DWAM 5BRPA 2XM1A 3AHXA 3CMGA 4PCSA 3BAWA 3RJXA 1B2YA 3AIUA 4HZ8A 2D3NA 2ZUVA 2XJ7A 3ARWA 2EPNA 4NRSA 1JNEA 2D24A 3EDKA 2CPUA 1GVYA 1LL7A 3AS3A 1XSKA 1Z32X 4V2XA 2GUYA 4BQ4A 3WD4A 4HOZA 1JZ8A 1PX4A 3N17A 2O92A 3CUGA 1C8YA 2FHFA 2OWWA 1WE5A 3ZO9A 5A6MA 4GO8A 4MDPA 2QMKA 3W53A 2WMJA 3QHMA 3WEOA 3TP4A 2E4TA 2QMJA 4JHZA 4JAWA 4HZ7A 1J10A 2J47A 1F4AA 4ZEPA 2A3HA 4UFKA 4B3KA 4CU8A 2CXGA 1J0YA 3I3EA 4W93A 5CPTA 3BGAA 2EO7A 1JD7A 1BPLB 4C90A 2V3EA 1Q6EA 2CITA 3ZJ7A 1M7XA 1H0IA 1V6WA 4GZJA 3PZUA 4HZ6A 3PHAA 3VDHA 5JBFA 2WBGA 4OOUA 3NUKA 4H8VA 5I23A 1OGGA 1UKTA 2XWEA 3W26A 3WNLA 1E40A 2AMGA 4S3JA 2BXYA 3WFLA 3ARUA 1QI0A 1OINA 3FY1A 3OGVA 1VAHA 4ZXLA 5A1AA 1W9VA 2HVMA 1J9YA 3TOPA 3AS1A 1R87A 3AYRA 1U30A 4UOJA 1W9XA 3CHEA 2CKRA 3PZNA 5CGTA 1HJSA 2DEPA 1GUVA 1AVAA 1K9TA 5M5DA 4QDMA 3M6DA 3NSNA 1KBBA 2FH6A 2ESCA 3KL5A 4Q22A 2ZUTA 3VGDA 3KZSA 1JAEA 2D3LA 3BAXA 1CXEA 5E6YA 4DUVA 1H41A 1WDQA 1W3HA 1VFFA 1BYCA 4CVWA 2VRJA 2XIBA 2J77A 1CTNA 4N0RA 1E6NA 3GH4A 1E71M 1KXTA 4J3TA 2BHUA 2PB1A 1BF2A 2XG9A 3N9KA 2CBVA 3WFZA 1DWIM 1HKKA 1Q4NX 5ABFB 3LMYA 4TTUA 5CLWA 1QVBA 3PN8A 1JXJA 4R5EA 1UUQA 1FH9A 4W7VA 1ODZA 1NWRA 1A3HA 4S3KA 4E8DA 3OZPA 1WDPA 1V02E 1KWGA 4F9DA 3TTQA 1LL4A 2VI0A 2ZWZA 2W4XA 3WUEA 1UD8A 2Y8KA 3FHAA 4AIOA 3D3AA 4W87A 1PIFA 1QOXA 5DMYA 1KQYA 2XVPA 3SUVA 3RIKA 2C0HA 2GJXA 3ZT5A 3SUUA 1KFWA 1OM0A 1AQMA 1QW9A 4U5IA 2DT3A 4AISA 3VIOA 4MADA 3WF2A 2ZX8A 2EXOA 1E3XA 1UWRA 4F79A 2VTFA 4PTVA 3IANA 1E6ZA 5CPQA 1NWSA 4WKFA 1SFSA 3CH9A 4TVCA 4AZ6A 4MNMA 2E0PA 2ZXAA 1GPFA 2FHCA 3A4XA 4PMYA 5DF0A 4GI6A 4NRRA 1XRVA 1G5AA 2VX7A 2YA0A 4ACZB 3DYMA 4W89A 2UY2A 3CZGA 3SCOA 1ECEA 4CD8A 1MW3A 5CZKA 5IFPA 1EDGA 3WF3A 5EB8A 1B3ZA 4TX6A 1UD2A 2Y4SA 1JIBA 3KL3A 5HPOA 4KMQA 5TD4A 2VRKA 2OWCA 3OGSA 1QW8A 4ATDA 1QI4A 1K6AA 4BQ3A 1JF6A 1JZ7A 3WNNA 4CCDA 1E6RA 1UWSA 4W85A 1UKPA 4J3SA 1Q6GA 3PZGA 4OJYA 3ECQA 3WQ8A 2WCSA 4JIEA 3L4WA 4HOWA 1ISYA 2ZIDA 3WDHA 3ALFA 3AICA 3O6AA 4D6GA 1M03A 5AC4A 2BVDA 1KGXA 3GBEA 3OA5A 2WAGA 4GZEA 1UHVA 2DSKA 3VTRA 1E15A 1LWHA 1ZB5A 2JIWA 1H11A 2WSPA 1TA3A 1VBRA 1I75A 1W32A 1W2VA 2YDSA 3VD5A 1W1TA 5A8OA 1ZJAA 1VIWA 3WUFA 2DSUA 4U31A 3WMSA 1NARA 2PWDA 2WKLA 1ZBKA 1JL8A 5HOSA 4DM2A 2PC8A 5LA0A 3SCNA 5BYWA 4Z2HA 2O9OA 1L8NA 4D6FA 3W4RA 3FN9A 1HJQA 4TVUA 4GI8A 2DIJA 3L4VA 2J7CA 1J12A 2VL4A 5CPSA 2V38A 2CBIA 2WVSA 3CIVA 3VIGA 1EXPA 2XUCA 3WL1A 2WANA 5IHSA 2JE8A 3N11A 2IXUA 3ARYA 2OSWA 1QNPA 1C93A 1FFQA 5ABHA 3OLEA 4ATWA 2CBJA 3MMWA 1IZJA 1IT0A 2BHZA 1TE1A 3J7HA 1A47A 4BCEA 4WK9A 3WDPP 5A8QA 1FHDA 3W6MA 1H1NA 4GQQA 1CGXA 1FH7A 3RPMA 3CTTA 5CLTA 3CUJA 2XVKA 4HMDA 1SMAA 1V3IA 3CUIA 3SEPA 1BGAA 3GM8A 5FOOA 2GDUA 4KRUA 2OYLA 1WZKA 1NOWA 2XFRA 3PZVA 3W37A 2DT2A 1R8LA 3ARPA 3MMDA 3WDRA 1OGBA 4W5UA 3CZEA 4W8AA 1OT2A 1JZ2A 2G41A 1UR9A 1UWQA 1I1WA 3GXFA 4HA3A 5A3HA 1JAKA 2ZUNA 1C8XA 3MUIA 1LG1A 1H3GA 4UFIA 1B0IA 3VNYA 4DWSA 3VX0A 2JF6A 3WKZA 4WSJA 1B31A 1JDDA 4AZCA 1UD6A 4AMCA 5BXSA 1D3CA 2X1IA 3T2PA 3AQUA 2E8YA 4EK7A 1AQHA 3LPOA 4P7NA 1V6YA 2OSYA 1UD4A 3CBWA 4AZ5A 1M53A 2VT0A 2XGIA 1C7SA 1C3FA 1CPUA 4U33A 2ZE0A 2YJQA 4C7DA 1M01A 4UOQA 1NQ6A 4AYSA 2A3EA 2CBUA 1B3VA 5CG0A 4UFHA 4GZIA 1C92A 5M3WA 3QGVA 3BAYA 1W1PA 5GQBA 5EFDA 5CSYA 1VFOA 2YL9A 3VIIA 2VR4A 2G3MA 1V0MA 5I78A 2CHNA 1WP6A 3WF1A 4M8UA 4B16A 3F5KA 2G3IA 4E8CA 3HN3A 3S6TA 5JBDA 4P8VA 4CD6A 3B9EA 1ESWA 5I5RA 4UCFA 4AD3A 1C8QA 3DYOA 3IJ8A 2AOSA 2WCAA 3VDCA 4AD5A 1RD6A 1UR8A 3UG4A 2GVYA 1EH9A 1FHLA 4UR9A 2VZOA 5ABGA 2ZICA 3T09A 5A2BA 4JFUA 2X05A 1RH9A 2YL5A 5E70A 4AEEA 3AZTA 5HPCA 1IZKA 2ZX6A 4BZYA 1B3WA 4OKDA 5CJ5A 4IPNB 3AI0A 2E40A 1MW2A 3CMJA 1HN1A 1WAWA 4AD2A 2RGMA 1J0HA 3WQWA 4H2CA 2YLAA 4HMCA 2EPMX 1CNVA 1XCXA 2UY4A 3VUPA 1DHKA 1V6VA 3WDQA 4J28A 2ZUWA 3FXYA 3WH6A 4AD0A 4EAMA 1ZL1A 4CD7A 2PI6A 1E5JA 4PRWA 5A6LA 3N1AA 1ITXA 3NDYA 1R7OA 1BTCA 2GK1A 1V03A 1Y7VA 2ZX9A 2V3FA 4ZE4A 1HL9A 4W7UA 4FMVA 1XH2A 2D0FA 4JFVA 4UQBA 2X09A 2D1ZA 2V5DA 5A6SA 2WMFA 3ZM8A 1JZ3A 3AXIA 1GHSA 5BRQA 5I6SA 4CGTA 4CUCA 4UFMA 4KGLA 4MNLA 1UD3A 2VX6A 3ZJ6A 1J18A 3CUFA 4X0NA 1MXGA 2XFYA 1E4MM 2VCAA 1KCKA 2GSJA 1PBGA 4HTYA 2WNWA 1GOOA 3CHCA 2ZOXA 5IXEA 2BNJA 1HJVA 1D7FA 5C70A 2ZUMA 1EDTA 3SCPA 4CCCA 5E0CA 5FCZA 4U3CA 3L4UA 3CZJA 3FAWA 4U3AA 3VGGA 5A8PA 4OIFA 4P8UA 1JYVA 1B9ZA 3AIWA 3RO8A 4F8XA 2Z1KA 2J8FA 4TUFA 2OSXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3FAX A;  1C7T A;  1J11 A;  1PIG A;  5F7U A;  1UA7 A;  4TX8 A;  4OBS A;  3VM5 A;  2DDX A;  2FHB A;  3K46 A;  3PTK A;  4WLC A;  1E56 A;  1GOM A;  1XGZ A;  3AFB A;  1F4H A;  1E5N A;  2DQX A;  4E2O A;  1CDG A;  3WEM A;  1U2Y A;  5A6J A;  2GFT A;  3GH5 A;  3VD7 A;  3OZO A;  3LPG A;  1JI1 A;  4AD1 A;  5ECU A;  3MMU A;  1V3H A;  3CZK A;  3ARV A;  1G1Y A;  4D1J A;  1HJU A;  2QHA A;  3L4Y A;  4JFS A;  4RL3 A;  3RDK A;  3SCV A;  1DWF M;  1X6N A;  2D20 A;  5CQ1 A;  5M17 A;  3VGB A;  2J4G A;  3AXX A;  4QLL A;  1LWJ A;  3N18 A;  1HL8 A;  2JAL A;  4V28 A;  1CBG A;  2CKS A;  2XGB A;  3PZO A;  4D6J A;  2WHJ A;  3QR3 A;  1CGU A;  3AS2 A;  3AIB A;  1CIU A;  1JZ6 A;  1XSI A;  3VD3 A;  2BFG A;  2ZWY A;  1UR2 A;  1C91 A;  2UWF A;  4ZFM A;  3BMV A;  4DUW A;  5BXR A;  3PZ9 A;  3SCU A;  3JUG A;  2XM2 A;  1VFU A;  2W91 A;  3WSU A;  5D9P A;  1Q6C A;  2PBG A;  1TZ7 A;  5LA2 A;  3WEL A;  4A4A A;  1ZBV A;  1IV8 A;  1H49 A;  1LLO A;  3ZQ9 A;  1QNR A;  1VJZ A;  4JKM A;  4AXN A;  2CER A;  4NZC A;  2W67 A;  2OLH A;  2VR5 A;  1TMQ A;  3WQV A;  1JGI A;  3LPP A;  4C7G A;  2E3Z A;  4RE2 A;  3G6M A;  4C7F A;  3W0K A;  1QI5 A;  2D0H A;  3VM7 A;  2BVY A;  1E6X M;  4P8X A;  3ZOA A;  3IJ7 A;  4HPG A;  2VZU A;  3T2Q A;  3BLP X;  3ARO A;  2AAA A;  5GNX A;  3WF0 A;  3MUY 1;  4RE4 A;  3VGH A;  1GQK A;  4OOZ A;  1UYQ A;  3WY1 A;  1OBA A;  2VZT A;  3BLK A;  1NOU A;  2GJX B;  1I1X A;  1X1N A;  3SUS A;  4Z2I A;  3AIQ A;  2XSB A;  4UZU A;  4QCF A;  3WD3 A;  1E0X A;  3AYS A;  3K4A A;  4M56 A;  1W9U A;  4JL1 A;  1KGW A;  6TAA A;  5A6B A;  1WZL A;  3UES A;  1WKY A;  3W25 A;  4FLQ A;  3SCR A;  4UQA A;  5JUV A;  2WZE A;  4D71 A;  3AZS A;  5ABE A;  3KWX A;  4AZ7 A;  3T0B A;  1HT6 A;  2G3J A;  1MWO A;  2WKG A;  1GCY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1M03A

Total Genus

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