1M5EA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with acpa at 1.46 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 87
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA01
3MC2A 4EQBA 5TPAA 4KYEA 3L6GA 2F34A 3RGYA 1FTKA 2Q9TA 3O6HA 4MF3A 2LAOA 3R7XA 4FECA 2GHBA 4PE5B 4POWA 4H0WA 3OMBA 5H8QB 4OTEA 2PVUA 3IR1A 1NNPA 2I49A 5CC2A 4PFYA 3HN0A 1CB6A 4H8JA 1NMUA 4QFKA 1RYXA 3G7WA 2X7PA 5I58A 3ZS6A 4ISUA 3PD8A 3TKDA 3PUYE 4P0GA 5I56A 3QUJA 4OWDA 3KZGA 1ZTYA 4LP2B 2I48A 4OENA 3UGWA 1Y3NA 3N6UA 5ICQA 3IORA 5DT6A 2KLFA 5K2YA 5A5XA 2H9BA 4U2RA 1BTJA 2PT2A 3HHGA 2F5XA 2ONSA 2HCAA 2D3IA 4IO4A 1D4NA 4FATA 3ONMA 3A3UA 1PB7A 1B0LA 2AYSA 1SW4A 3MZBA 3ODBA 1N3WA 3MW0A 2XXVA 2VD3A 4ZDMA 3RPWA 1B0HA 2Y7RA 1MPDA 2RKMA 3IOWA 1SI0A 2XXXA 1QKAA 3TTLA 2H99A 4F1VA 1N76A 3OO6A 4BDNA 2O84X 4WXJA 2NVUB 4G68A 4YKPA 4KYDA 3G3GA 2F7AA 2ESNA 1B6HA 2I4BA 1XS5A 3PD9A 3K1NA 3SEYA 3C31A 5JTYA 5J1DA 2H98A 2I0CA 1MQHA 5TP9B 4JWOA 4O3AA 3PMVA 5I2NB 4GD5A 2R9JA 2Q2AA 4GFRA 1M5FA 4DLDA 1ATGA 4NF5A 2V93A 2ZYNA 1B5IA 2ZYOA 3JYRA 2Q88A 4ECFA 3OO7A 1MM7A 4WEPA 4FORA 1DMBA 2M8CA 3MPLA 1B58A 5FTHA 4Q8RA 3U1OA 5IAIA 2A5TA 2DYXA 3CI8A 1S50A 3EHSA 2UYEA 4JDFA 5ELVA 1B9JA 4HW8A 1SI1A 2Z8FA 4YKIA 3MVZA 5I59B 4F22A 1TXFA 1UIUA 3C9HA 3CSGA 4LQ5A 3TYHA 4AB6A 1LB8A 4G8NA 3VVDA 4ZE9A 3N5LA 1QUJA 3HSTA 3B6TA 1B32A 2RC9A 1IXGA 2V84A 1MQJA 4G2ZA 3KJTA 5CMMA 3UN6A 3Q27A 4YKJA 1FQBA 4TQUQ 3BFTA 1MRPA 2XXPA 2Z8EA 1MQGA 2GHAA 3ZKKA 2XX8A 4H5GA 4I8CA 4MH5A 2F78A 1MG1A 2PMSA 1Q1KA 4Z7EA 3Q25A 4NMYA 3F11A 4O3BA 4IY5A 2Y84A 3IOTA 3O29A 4RA1A 4E0WA 3SDFA 2B3BA 4RNSA 2V25A 2NWJA 2UVGA 1USYE 3PPRA 3IB1A 3VLUA 5JEIA 3LSFB 1MH4A 3QSLA 4L17A 3Q28A 3PU5A 5HM4B 1BP5A 3U94A 4HCYA 4X1BA 4RPNA 4ZECA 1MY1A 5EYFA 2HXWA 5B7DA 3D4GA 3O6GA 1UTHA 2O68A 3G3KA 2FA7A 4LA9A 4FE8A 5M2VA 2RC8A 1FTOA 3C32A 2QL3A 1MY4A 4IGTA 1D3KA 2QJEA 3FZVA 1QULA 2F36A 3KN7A 1MXYA 2OJTA 3FUZA 1LLSA 3CG1A 3QAXA 5L8DA 4F19A 1IEJA 4JB7A 1WVJA 4FEBA 4KI0E 1RYOA 2AL5A 4OFLA 5ISUA 1NKXA 5I2KB 4QF9A 3KSXA 5AA4A 1II5A 2F7CA 3UIFA 3Q29A 1IITA 1OQHA 4NWDA 4XKNA 2O1LA 1IIWA 2XD3A 3MAMA 3PMXA 1YCJA 3KOTA 4AQ4A 1N3XA 3N94A 2FNCA 3FJ7A 3DP8A 1IXHA 4UACA 3TCGA 4OFJA 1N7XA 1ZMGA 3C35A 3ILTB 1P1WA 3KEIA 1B7HA 3QIMA 4X9TA 3GBBA 3LSWA 1XOCA 4Q30B 1MPCA 4R2FA 1RKMA 3U93A 3SKPA 3FVGA 2IA4A 2UXAA 4ZS9A 1I6AA 3V8XB 3TTRA 3FXUA 4OEVA 3QYTA 1ZIUA 1SQYA 1B2HA 3K02A 1LGBC 4U1OA 4R6KA 1M5CA 3OENA 3E4RA 2B65A 3VE1B 1P1QA 2DWHA 3EN3A 1SYIA 3MQ9A 1PBPA 1HSLA 4LZ8A 2Y7KA 3FXRA 3PV0E 1MM6A 3T9XB 1FQAA 1JW1A 2W7YA 3S9NC 3KFMA 4FAJA 3TMGA 3IL1B 1B4ZA 3MVXA 4DIGA 2DOJA 4GF8A 4KD5A 4R75A 5DVJA 2NOOA 2NXOA 3ECRA 4NF6B 1URGA 4XIGQ 5CMKA 4QFOA 3FXQA 3CVGA 3W15C 3O66A 4F29A 1NH8A 4RK2A 3MPKA 1US4A 1LBCA 4K3FA 5DVIA 3H06B 4IO7A 3OSQA 1MQDA 3K6XA 1NL5A 3T66A 1US5A 1EH3A 1SYHA 4PFTA 1VSOA 4DXCA 1JW4A 3UK4A 1DPEA 4H67A 3K1PA 2QMWA 1I69A 2AIXA 1R1NA 2DE3A 4YZZA 4EXKA 1ZBMA 3KSJA 3CSBA 1B3LA 1Y3QA 1DPPA 4DCYA 1D9VA 4H1XA 4QRZA 3SESA 1TT1A 3T96B 5FHMA 1XVYA 3HPIA 3TQLA 2ZNUA 1SW1A 3KGCA 3QXMA 3FVKA 1B1XA 5HBCA 1BKAA 4U22A 5ICTA 1A40A 1UQWA 3H3GA 3IX1A 4QSEA 4EF2A 3RUMA 4GLIA 4RY1A 2I4CA 5TPAB 1SD3A 2XHDA 2RCBA 2Y7PA 4F1YA 1WODA 1TFAA 3PPQA 3FV2A 1H45A 4LQ2A 4IB2A 1GR2A 2E0SA 1LFGA 3FATA 5F1QA 1B3FA 2F7BA 4IY6A 3MZ1A 1Z7NE 4O3CA 2DQVA 4Z0IA 1ANFA 2O1MA 5I58B 4YU0A 1H76A 5CBRA 1JEVA 2DSFA 1L5TA 5I56B 5CMCA 1OLAA 1EZPA 3TZAA 3EHUA 1N04A 4MLQA 3KBRA 4YB7A 3BFUA 1GVCA 3IOUA 2BJJX 3RT8A 3IOVA 3TAJA 2YPNA 5A5XB 2ZNTA 2OCUA 3MP6A 4OZ9A 1OVBA 4PP0A 3TELA 2DS9A 5EHMA 3OD7A 4E0XA 1O7TA 3LBSA 3MVYA 4LATA 1F9BA 2GRVA 1QUIA 1UTBA 4NTLA 5AE4A 4GQOA 3E13X 3K6WA 4G8MA 1XT8A 4C1UA 2X26A 1M5BA 4R2BA 3VFJA 4THIA 4NE4A 4G68B 4MFIA 2DE2A 1Q35A 2XXYA 3B6QA 3FD3A 3L6HA 4N6PA 2P2AA 1B4HA 3DP4A 2O7IA 2B3FA 3C34A 5JTYB 1LFHA 1MXWA 1UTBB 2ZYMA 1ELJA 2DWIA 3PUWE 4GVOA 3TDJA 1JW5A 1H44A 5LOMA 1A8EA 2H25A 4ZE8A 1LBBA 2F8DA 2V3TA 3DELB 1VE4A 1OIBA 1IQ7A 4NF5B 1JQFA 3CFZA 1LAHE 4FJPA 1B46A 4OVJA 4JWYA 1B51A 1Y1MA 4ELQA 3HHFA 3MBPA 2ALUA 4NF4A 1YTVA 3VV5A 4U4XA 4MLVA 3MP1A 4GL0A 2ONRA 3H6UA 2A5TB 3PMWA 4GWOA 3RT6B 1VFEA 5AA1A 3FVOA 3CR9A 1FQFA 3RLFE 4WEDA 2FYIA 2DWJA 4NF4B 1PBQA 2REJA 2Y7WA 4HCWA 3K6VA 4F31B 1AH5A 1QVSA 5I84A 2ZNSA 4OEUA 3TTKA 1FTLA 1VFDA 4POXA 5HPQA 4I62A 3QUFA 1LCFA 1S9TA 4PQJA 3V5AA 4OQOA 2VP1A 3H7MA 4EF1A 4JWXA 1IUDA 4F2QA 3TEPA 4EDPA 4XTCQ 4OMBA 2PX1A 2I3WA 3RTWB 3H6TA 3JZJA 1DTZA 1PEBA 4OHNA 4KCCA 2I58A 2DXRA 4XXUA 5DTBA 2XX9A 2VD2A 4QFLA 3TTMA 3CRBA 4RYAA 1BIYA 1URSA 2OWTA 3G3IA 3IJXB 4OERA 4GXAA 2VGQA 1S7YA 1FW0A 3TPAA 4R6YA 2Y7IA 4F3PA 3WAFA 3H6VA 2XXQA 1FQCA 3USDA 4GOTA 3G3JA 3VLVA 2XXHA 5KCJA 3VVEA 4ESXA 4OYVA 1NH7A 2Q89A 2P0SA 5AA2D 3G3HA 3UP9A 1OMPA 3G3FA 1UTHB 1N84A 2QS2A 3BBRA 1JEUA 2V3UA 1NNTA 3W9WA 1N7WA 4EQ7A 4FEDA 4YMAA 5H8HA 4LZ7A 3WAEA 1AOVA 3O9PA 1MDP1 1OVTA 2AL4A 2PYYA 2CMOA 4DXBA 3T22A 4ESWA 2F97A 3U72A 1MXXA 3S9EA 2VHAA 3IO4A 4FIMA 1VR5A 3LR1A 4OXVA 1SVXB 1B40A 2NUVA 1O64A 1MY3A 5AA4B 3QK6A 1FTJA 4R73A 3RQTA 3PPOA 4LVQA 3VVFA 2ONKE 2QS3A 4AB5A 3S2VA 4DZ1A 3SERA 3HO7A 4WKMA 2YLNA 4ZEIA 3C4MA 3MZ9A 3FVNA 1NNFA 1SDXA 1P1UA 3SEXA 3IAZA 5L9OA 3KN8A 2OK2A 1MQIA 4BLAA 3RNNA 2DXYA 1PB8A 3SEWA 4U4SA 4F3GA 4QHQA 3KN3A 2PT1A 5H8FA 1P1OA 5IKBA 3I5OA 3UORA 1DSNA 1B05A 4GXSB 1Y4CA 3R6UA 4KFQA 4YB5A 3TTNA 5I57A 1IXCA 1PB9A 4OFOA 3ZKLA 4XKPA 3TODA 1CE2A 2QS1A 5CRYA 1AIVA 4BDRA 2QRYA 1MXZA 1IXIA 4R9FA 1EZOA 3K4UA 2YJPA 1O63A 1Y1ZA 3C33A 4IO3A 2E1SA 3SEVA 2HAUA 4BDMA 4BDLA 3FASA 1H43A 2XXIA 5DYHA 5KZTA 4DE8A 4H65A 3SETA 1BLFA 2DE4A 3FGSA 3CFXA 1Z7ME 4G8HA 4I1DA 4P11A 5DEXA 4KPTA 3OEMA 1Y3PA 4TOZA 3K2DA 1GV8A 4YICA 1B5JA 2QS4A 3ZSFA 3BKIB 4C1TA 1SBPA 1Y9UA 1JVXA 3O28A 3U8QA 1SW2A 1B7UA 3VDFA 3VXBA 1A7LA 2QMXA 1QKBA 2R71A 3AXFA 4TLMB 5H8QA 4N07A 3T9UA 1PDAA 4YKKA 1AL3A 5AA2A 2D21A 3PUZE 1I6BA 4ZEDA 3N6TA 2ABHA 4M1VA 2XXTA 4KHZE 3O6IA 3K0VA 2A5SA 4Q0CA 5BUUA 3CFLA 4F1UA 1MY0A 5CI5A 5FHNA 2IEEA 5EHSA 3JV9A 1FQEA 5L9MA 4KCDA 4TLLB 3OSRA 2O51A 4YB6A 4R74A 5AA2B 4EQ9A 3A3CA 1NNKA 3I3VA 4R6HA 2ZMBA 4IO5A 3IO6A 1B3HA 2D5WA 2WKYA 3D4CA 1TFDA 3EPEA 1EU8A 4QFNA 3OO9A 4NWCA 1YAEA 4F3SA 1FCKA 1OQGA 4H5FA 2Z23A 1DTGA 1XHYA 2QSXA 4EXLA 1MS7A 1HSEA 3SEUA 1GTKA 2REGA 1ZU0A 2F6PA 1LSTA 3MJNA 1YPNA 3S9MC 1P1NA 1QJMA 2XXWA 3TCFA 2I0BA 4M4GA 4JBZA 3FIRA 5TP9A 3GBAA 3PPNA 5I2NA 3CG3A 2P1SA 4I9DA 3I6VA 4LONB 4G68C 4NEDA 4ELRA 3T9HB 3LUYA 3PGFA 2Z8DA 4ZZAA 5JK4A 5FTIA 3PUXE 1M5DA 4ELOA 4H6DA 3LSXA 4QSDA 5I59A 1B52A 4LZ5A 3DM0A 3OELA 5DVFA 3E3KA 4R72A 2UVIA 3TUSA 1IZ1A 1FTMA 4KQPA 1LFIA 4JSOA 3MP8A 3H6WA 4IO2A 1A55A 1XC1A 4JSDA 3M8UA 3RN8A 5CM6A 2HEUA 1D9YA 2OBGA 4BDOA 1QW0A 3ILUB 3GZGA 3H4ZA 2Z22A 2G93A 4BDQA 3M3LA 4G77A 1URDA 3C36A 4DXUA 3FJMA 2OLBA 1FQDA 3TCHA 1LAGE 2CZLA 4HTGA 1KWHA 4X1DA 5F7VA 1JETA 1A99A 1M5EA 4U21A 2DWAA 2O69A 2G29A 2ANJA 4NF8A 5FHOA 4DCXA 3DLNA 5B70A 1NFTA 3OEKA 4RK9A 4UA8A 1MY2A 3U92A 1MPBA 3EF7A 5AA3A 2QPQA 3TFLA 1MXVA 4U1ZA 2I6EA 3T93B 1MH3A 3CIJA 4NF8B 4PFUA 2F35A 1JNFA 5ITPA 3HV1A 5KDTA 1B5HA 4GRKA 1LB9A 3VXCA 3R26A 4JXIA 3K6UA 5ITOA 2THIA 4H8IA 1WDNA 3GXAA 3RY3A 4R9GA 2RINA 3O2AA 3IB0A 5I2KA 2ZYKA 4F2OA 3OO8A 4ONYA 4F18A 3N26A 1H3DA 3EQ1A 1ZLQA 2GFEA 3S4UA 5KDTB 1B3EA 1DOTA 4PETA 4QSCA 1EZ9A 2O7UA 5BWJA 3RTFB 4U23A 2PBWA 4IGRA 2V3QA 2OWSA 3OXNA 5KCJB 1GGGA 4ND9A 1POY1 3MWBA 3H03A 3IK6B 3THIA 3UA8A 4F3BA 3O97A 3HCQA 1ZJLA 2GH9A 4ZZEA 2UVJA 1R9QA 3FV1A 5K2XA 2HAVA 1J1NA 1AMFA 2DVZA 4RPOA 3M3FA 3K1MA 1JVYA 1LCTA 3IB2A 5H8HB 5TU0A 3EHTA 4ZEBA 4G4PA 1LAFE 1USYH 4KR5A 1OLCA 4YAHX 3KJ7A 2Q8JA 4OETA 4GIZA 2XXUA 4QFPA 4GL8A 4OESA 5H8NA 3B7DA 2DP8A 2HZLA 2HZKA 4RXLA 5CMBA 1B7ZA 1MDQA 2RC7A 2X7QA 4C0RA 1MXUA 1B3GA 1B1HA 1QUKA 1TWYA 2XX7A 3FJGA 4EUOA 2RF1A 2XXRA 3E9XA 3B6WA 3MUQA 4ELPA 4NF6A 3LSLA 3MVWA 2DVCA 5L9SA 2XD2A 1I6QA 2OZZA 1R9LA 4F39A 3LC8A 5H8NB 1R6ZA 4LUBA 4ZEFA 3A09A 3P7IA 2R6GE 3K00A 2Q2CA 2I3VA 1T0KA 4HS7A 5H8FB 1N0TA 2VOZA 3GLBA 4YMBA 1ZKBA 5I57B 3KOSA 4IO6A 1SW5A 3V83A 4PFWA 1A54A 4MBPA 3Q26A 3W9VA 1POTA 4N13A 1PC3A 2HFBA 4Q5TA 1LAXA 2O6AA 2UYFA 4KYSA 1HSJA 1Y20A 2HQ0A 3IJOB 3DP6A 3TQWA 2UVHA 4RJZA 3PUVE 3PPPA 3VLWA 1XVXA 4ZEKA 3T9VA 1Y4TA 3KG2A 2F6GA 3S9LC 2H5YA 3M3KA 4P0IA 2ZXTA 1UIVA 3OOAA 3K01A 4XKRA 5CBSA 1A8FA 4XKQA 1P99A 2H4IA 4DDDA 5DEXB 5H8SA 3V89B 4X48A 2RCAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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