1M5EA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with acpa at 1.46 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
b'KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 87
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA01
2FA7A 2OBGA 3SEUA 4TOZA 1Z7ME 1VFEA 1JQFA 5AA3A 1D9YA 4BDMA 1AL3A 4G8NA 1ELJA 1ZLQA 3DP8A 3DM0A 3S2VA 2ZXTA 4EXLA 2PVUA 2ONRA 3PMVA 1ZBMA 1B52A 3SERA 3IJOB 5L9MA 2DVCA 4KYSA 2OWTA 2OWSA 4DLDA 3EN3A 1IQ7A 1FW0A 1IIWA 5CMMA 4G68C 4GLIA 1XOCA 3TELA 3MP8A 1MH4A 1A7LA 4ZE8A 3DLNA 2QMXA 1D9VA 1HSLA 1J1NA 1IXGA 2I4CA 1XT8A 1LAHE 3FVKA 4BDQA 2Y7IA 4F18A 2CZLA 4F3SA 2Z23A 3BFTA 1N04A 3V89B 3IAZA 4TLLB 1I6QA 2HQ0A 3K4UA 4OHNA 2QJEA 2ZNUA 2V3UA 4KR5A 4XKQA 3IOTA 4QF9A 2LAOA 1H44A 4XIGQ 1LAXA 2I4BA 4DE8A 2F6GA 2YJPA 1Z7NE 3KZGA 1MXZA 2Y7RA 4MLQA 2E0SA 1F9BA 3OOAA 3PUXE 5AA4B 3IORA 3Q26A 4GIZA 1NH7A 2E1SA 1M5BA 3N94A 4HCYA 1Y1ZA 4U1OA 1BKAA 2A5SA 1TWYA 4NF8A 2REJA 4OERA 2O1MA 3IR1A 2P1SA 3JYRA 4BDRA 2DWJA 1R1NA 4P0GA 3A09A 1Y3PA 1TFDA 4IY5A 3FIRA 2QMWA 2DOJA 4YB6A 3LBSA 2B3FA 2HEUA 5ELVA 4R2FA 1JEUA 3V8XB 1NMUA 3KN8A 2RCBA 2G93A 3EPEA 4F1YA 4NWCA 5FHMA 1NL5A 4H1XA 4R6HA 4P0IA 4HTGA 4U1ZA 1QKBA 3C36A 4GOTA 2UYEA 1B5IA 3O2AA 3T22A 4F22A 4H5FA 4U2RA 1IXHA 2XD2A 1OIBA 1YPNA 3ILTB 4IB2A 1QUJA 1DPPA 1P1UA 3K1PA 4BDLA 3M3LA 4RA1A 3IO6A 3K1NA 4O3AA 4NF4A 3MP6A 4O3CA 3TYHA 3HHGA 4QRZA 4FIMA 3RN8A 4ZEFA 2UVGA 5FTIA 1QUIA 4IO2A 4Z7EA 5KDTA 4OXVA 3PPOA 4PFWA 4ZEBA 1B2HA 2F8DA 2V84A 2I3WA 1N84A 3VLWA 5DEXA 3BKIB 3K00A 4IO6A 3OENA 3TCGA 1B3FA 4OVJA 4Q30B 4KYEA 3MZ9A 2F36A 2O7UA 2F34A 4OEUA 3LSWA 4M4GA 4F2QA 1NNTA 1MXWA 1I69A 4EF2A 1N7WA 2XXIA 3OXNA 3FJGA 4YICA 4GL0A 1Y3QA 4U21A 5L9SA 3OMBA 1WVJA 1RKMA 4EQ7A 1D4NA 3MP1A 3B7DA 4GXSB 3SEYA 3UGWA 3CIJA 1JVXA 3PMWA 5A5XA 3OO7A 5H8FA 1JETA 3UA8A 1LSTA 3KJTA 3Q29A 3O28A 1LFGA 2DWIA 4POXA 1DTGA 1XHYA 2F6PA 4MF3A 4R6KA 2I0BA 3VVFA 1B1XA 3JZJA 3OELA 1NH8A 3H6TA 1Y9UA 2X7QA 1FQEA 1UTBA 3LSXA 4RK9A 3R7XA 3MWBA 4G8HA 1YTVA 3PUYE 1O7TA 4OFLA 3QK6A 2Y7PA 4ND9A 2FNCA 5I56B 1PBPA 3KEIA 3MC2A 3EHTA 1MS7A 1MPCA 4HCWA 4PFYA 3R26A 3I3VA 2PX1A 5DVFA 3N26A 1VFDA 3OD7A 3K1MA 2Q2AA 3FVOA 1NNFA 3N6TA 2HZKA 3IX1A 3GXAA 4ZE9A 2XXQA 4R9GA 1B1HA 2PYYA 3PPRA 1US4A 3ZKKA 5I59B 3FXRA 3FVGA 2DE3A 3TKDA 2ESNA 1H3DA 2VHAA 5DT6A 2X7PA 2Q2CA 4LVQA 1M5EA 3KN7A 3MQ9A 4NWDA 3FUZA 4QHQA 5K2YA 1B3LA 4E0WA 4Z0IA 1QKAA 3G3GA 4IY6A 2VOZA 3MZ1A 5IKBA 3HV1A 2ABHA 2DP8A 5TP9A 1JVYA 3G3HA 2DS9A 1PBQA 1JW5A 4G68B 5TPAB 1UQWA 4NTLA 1NNKA 3O6GA 2RKMA 1PB8A 2P2AA 1IZ1A 4YB5A 2D21A 3TUSA 1MQHA 1AIVA 2H5YA 4ZEIA 3CSBA 2AL5A 3CRBA 4O3BA 4LONB 1CB6A 2V3TA 3RPWA 3I5OA 1B46A 5H8QA 1JW1A 1NNPA 4KFQA 5I58B 2ONSA 2ZYOA 3KOTA 4PE5B 1SDXA 1QUKA 1SW4A 2QS1A 5FHNA 4JB7A 4F2OA 3USDA 3ILUB 5AE4A 4BDOA 5I2KA 2DSFA 2X26A 3PMXA 3UP9A 4TQUQ 3QXMA 1AH5A 2XX9A 4LATA 1D3KA 3VVEA 3H4ZA 4FEDA 2WKYA 4C1UA 3DELB 3FZVA 1XS5A 5H8NA 3TEPA 4N07A 5JK4A 2A5TA 3KN3A 2Q89A 4G8MA 4GRKA 4YKPA 2ZNSA 1P1WA 3MW0A 4C1TA 2OJTA 4H5GA 3RGYA 5AA2A 1DSNA 2H25A 4DZ1A 1QVSA 4QFLA 1EZOA 2I49A 3PD8A 3QUFA 1TXFA 4YZZA 2GRVA 5KCJA 4DXBA 3FV1A 1EH3A 4DXUA 3VFJA 1B05A 1USYE 4C0RA 5EYFA 4THIA 1L5TA 1H45A 4MH5A 4EDPA 4H0WA 4G77A 2DXRA 1TT1A 2IA4A 4GF8A 4QFKA 2XXYA 5I2NA 2HAVA 4OMBA 5DTBA 5DVIA 1EZ9A 1Y20A 2XXVA 2DWAA 3S9NC 2GFEA 3O29A 5EHMA 1LFIA 3FXUA 3FD3A 3Q27A 2UVJA 4QFNA 3H6UA 4AB5A 1SW1A 1GGGA 4LZ8A 1B3HA 4DCYA 4IO3A 1A8EA 1URSA 3EHUA 4I8CA 3BBRA 1SI0A 4RPOA 2HXWA 1MQDA 1MQGA 3GZGA 1XVYA 1GR2A 1B0HA 4KCDA 4RY1A 2DWHA 3UK4A 3DP6A 2AIXA 4GVOA 3C32A 4BLAA 2YPNA 4RNSA 1B5HA 4DDDA 4F1UA 1ZMGA 3C4MA 3B6TA 5JTYB 3VVDA 1DPEA 4I9DA 1WDNA 3EHSA 4PP0A 5CMCA 2ALUA 4ISUA 5H8SA 3OO6A 4OWDA 3TCFA 3H6WA 1I6AA 2Z22A 1OLAA 3TQLA 3VLUA 4KCCA 4JXIA 3KGCA 1SW5A 2I3VA 1LB8A 1M5DA 2F7CA 3K01A 4F3GA 5HBCA 1DOTA 4NF6B 4NEDA 4U4SA 4F1VA 1MXUA 3CI8A 5AA1A 2ZMBA 1DTZA 4ZZEA 4XXUA 3E4RA 2UXAA 3SEXA 2ZYMA 2H98A 4TLMB 2THIA 2ZYNA 4PFTA 1IXIA 2Q9TA 1MRPA 1B7ZA 3U1OA 3IK6B 2B3BA 3IO4A 3W9WA 3SEWA 5M2VA 4HS7A 4F19A 2GHAA 4FAJA 3UN6A 3PUWE 4H67A 3PV0E 1FQAA 5ICTA 3VXCA 5CMKA 5I57B 3ZKLA 4LP2B 4Q8RA 4GD5A 1FQDA 3G3IA 3WAEA 1N7XA 1ZU0A 4WKMA 1OQGA 1SYIA 1WODA 2F7BA 1VR5A 2I6EA 4ELRA 3FATA 1MY1A 1B3EA 5H8HA 3RY3A 1MG1A 5FHOA 2V93A 1B6HA 4NF8B 2XHDA 1FTKA 3TPAA 4FATA 2O68A 3VLVA 4KHZE 1USYH 4MLVA 4H8JA 1MY2A 3K0VA 4QFPA 3GLBA 1ZIUA 2O1LA 4ELQA 2D3IA 4JWOA 3OSRA 3Q28A 4G68A 1NKXA 5TPAA 3MBPA 3E3KA 2F35A 1POY1 3PPPA 2XXWA 4XKPA 3CG3A 4ELPA 2VD3A 1PC3A 3CR9A 3MJNA 5ITOA 3MUQA 1UTHA 4X1DA 1H76A 5KZTA 3SDFA 3K6XA 4QSEA 1GV8A 2REGA 1OLCA 5FTHA 2RC8A 1B51A 4OFOA 3RQTA 3TMGA 2NWJA 1B58A 2VGQA 1EZPA 5BUUA 3E9XA 4OFJA 5I58A 3MVXA 2PT2A 3R6UA 4YMAA 1N0TA 1OVBA 3S4UA 3MPLA 4NF5B 3TTRA 3PUZE 2XXRA 2ANJA 4U22A 1RYXA 2QS2A 1YCJA 4H8IA 1URDA 4FORA 5KDTB 2Q8JA 5DYHA 3TODA 2XXUA 4EF1A 3THIA 5DEXB 3F11A 4F3PA 4RYAA 4JBZA 4IO7A 1SD3A 2G29A 2H9BA 2O51A 1Y1MA 1FTJA 4OQOA 1I6BA 4OEVA 4ESXA 3ECRA 3LR1A 4JWYA 3VXBA 4ZZAA 3P7IA 1Q35A 2ZYKA 3K6WA 1Y4CA 3HHFA 1FQBA 1MH3A 1IUDA 1MPDA 2BJJX 4YB7A 3IJXB 5CRYA 5CBRA 3H7MA 1ANFA 3K6VA 4RK2A 3FJ7A 3TTLA 5H8FB 2IEEA 4RJZA 2OCUA 3GBBA 4R73A 3RUMA 4ELOA 3E13X 2I48A 3T96B 4L17A 4LA9A 2XXPA 1MDP1 1MXXA 1B4ZA 2RF1A 3KSXA 2GHBA 3W9VA 4R6YA 3V5AA 3ODBA 3T93B 2XXXA 4ZDMA 1B32A 5L8DA 4N6PA 4XTCQ 1UTBB 2PMSA 3MZBA 4ZEDA 4XKNA 3QSLA 3TAJA 3RLFE 3V83A 4PETA 4RXLA 3HN0A 3M3FA 3RT6B 4M1VA 2Q88A 1A8FA 4KYDA 5B7DA 5AA4A 3RNNA 3CFXA 3PUVE 3G3JA 3FASA 2AYSA 2HCAA 3LSFB 3K6UA 1PEBA 4BDNA 4R2BA 3MPKA 1P99A 1B40A 1MY0A 3M8UA 4U23A 1OVTA 3ONMA 4ESWA 1SI1A 3PU5A 4JSOA 4FEBA 4I1DA 5I84A 5JTYA 2H4IA 5AA2D 3GBAA 1FCKA 1MQIA 1ZJLA 1A54A 1LBCA 5J1DA 5LOMA 3G3FA 4X48A 2DE2A 2Y7WA 3TDJA 1JW4A 2I58A 4H65A 4LQ5A 2P0SA 2PT1A 3O66A 4YKJA 1Y3NA 2QSXA 4NF6A 3EF7A 3T66A 3G3KA 4R74A 3I6VA 2F5XA 5HM4B 1MY4A 2DYXA 3KOSA 2D5WA 2QL3A 5TP9B 1SYHA 3QYTA 4NMYA 4YMBA 3H6VA 3O97A 1US5A 3T9HB 1P1QA 4IGTA 4MBPA 3AXFA 3U92A 1UIUA 1B4HA 1AMFA 1B5JA 4KD5A 3ZSFA 1MM7A 3OEKA 3FJMA 1AOVA 5DVJA 3RTFB 3S9LC 4QSCA 1II5A 3T9VA 1PB9A 2QRYA 3HSTA 4ZECA 3IB1A 3U8QA 5H8QB 1P1OA 5I57A 4K3FA 2ONKE 3H3GA 4QFOA 1M5CA 4EUOA 3HCQA 3TCHA 2CMOA 4QSDA 3A3UA 3A3CA 1URGA 3SEVA 3UORA 3CFZA 1FTLA 3S9MC 5I2KB 1FTMA 4WEPA 3C34A 3Q25A 4YKIA 2YLNA 3O6HA 4AB6A 3N6UA 1FQCA 4ONYA 2UVHA 3FXQA 3SESA 4U4XA 3BFUA 3VE1B 1P1NA 4LUBA 4R72A 1BTJA 1JNFA 5H8NB 4ZEKA 2NUVA 2RCAA 4OZ9A 2A5TB 1SBPA 2VD2A 2O6AA 3LSLA 1MXVA 5ISUA 2H99A 5TU0A 3IOWA 3OEMA 1SW2A 4E0XA 5AA2B 3FGSA 4DCXA 3FVNA 1BLFA 4FECA 3PD9A 2VP1A 2V25A 1R9LA 3C35A 5KCJB 1MQJA 5ICQA 1TFAA 4F31B 4LQ2A 5I56A 2B65A 4YU0A 4EXKA 2ZNTA 5IAIA 2R71A 1NFTA 3TTKA 1MDQA 4GQOA 3IOUA 2V3QA 3LC8A 1PDAA 4KPTA 1N3XA 3WAFA 4PFUA 1JEVA 4P11A 1B9JA 2F78A 4NF5A 5I2NB 1OQHA 3C9HA 3QAXA 3U94A 3KJ7A 1VSOA 2DE4A 4HW8A 2DVZA 3D4GA 3LUYA 4EQ9A 5JEIA 4GXAA 3IB2A 2I0CA 1BP5A 3O6IA 1BIYA 1FTOA 4IO5A 5ITPA 5I59A 1XC1A 3SKPA 3L6GA 1R9QA 5F7VA 1FQFA 3TQWA 1LCTA 3H06B 1LAGE 4YAHX 4ECFA 5K2XA 5CMBA 1GVCA 3HO7A 3CG1A 3MVWA 1ZKBA 1LBBA 5B70A 2NOOA 4JSDA 1MY3A 4IGRA 4X9TA 3RT8A 1QJMA 2RC7A 4KI0E 3MVZA 1B3GA 1M5FA 2OK2A 1O64A 2F97A 4H6DA 5F1QA 5BWJA 4F29A 2QS4A 2OZZA 4GWOA 3KBRA 1SQYA 4AQ4A 5CM6A 3OO8A 3T9XB 4POWA 3U72A 2Y84A 3TZAA 3K2DA 1XVXA 1KWHA 2HAUA 2NVUB 1RYOA 2XXHA 1IITA 1A40A 3CVGA 4Q0CA 4WXJA 4JDFA 2QPQA 4UACA 3TFLA 3OSQA 2NXOA 3C33A 1GTKA 4Q5TA 3TTNA 2UVIA 1LFHA 3D4CA 1LGBC 3MVYA 3KG2A 1A55A 1DMBA 4R9FA 5HPQA 1OMPA 4NF4B 3KFMA 2RC9A 4MFIA 3MAMA 3N5LA 2XD3A 4OESA 2DXYA 3C31A 3U93A 3VV5A 2M8CA 1MM6A 3QIMA 1CE2A 2R9JA 2O84X 1Q1KA 4GFRA 2R6GE 2PBWA 3G7WA 4EQBA 1PB7A 4WEDA 1N76A 3QUJA 3B6WA 3OO9A 2GH9A 4JWXA 2RINA 4DXCA 4X1BA 1O63A 1ZTYA 1HSEA 4GL8A 2DQVA 3CFLA 1SVXB 3PGFA 2O69A 1LB9A 1POTA 2O7IA 1R6ZA 4KQPA 3IOVA 1UIVA 3HPIA 2UYFA 5H8HB 4DIGA 3W15C 3CSGA 2FYIA 2HFBA 2KLFA 4ZS9A 3RTWB 4F3BA 4UA8A 3S9EA 3VDFA 2QS3A 3DP4A 1T0KA 4IO4A 3TTMA 5A5XB 4R75A 3B6QA 3T9UA 2OLBA 3IL1B 1S7YA 1MXYA 3M3KA 4XKRA 1LLSA 2Z8DA 4PQJA 2XXTA 5L9OA 4LZ5A 2Z8FA 1QW0A 4N13A 2XX7A 3FV2A 2W7YA 1IXCA 2HZLA 4RPNA 1VE4A 1MPBA 2XX8A 1UTHB 2Z8EA 4F39A 3ZS6A 2F7AA 1B7UA 3JV9A 3KSJA 3PPNA 4NE4A 3H03A 4OETA 4OTEA 3PPQA 5CI5A 3UIFA 3K02A 1B0LA 4G4PA 4FJPA 1A99A 1S50A 1S9TA 4OYVA 2AL4A 1IEJA 1HSJA 4LZ7A 1LAFE 3IB0A 4FE8A 4I62A 4G2ZA 4OENA 1N3WA 1Y4TA 3O9PA 5CC2A 3SETA 4YKKA 5EHSA 1EU8A 1ATGA 1H43A 3EQ1A 1QULA 1LCFA 1B7HA 1YAEA 3L6HA 5CBSA 2Y7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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