1M5EA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with acpa at 1.46 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 87
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA01
1SYHA 5FHOA 2AYSA 3RY3A 2A5TA 1US5A 3IOUA 3IOWA 2D3IA 4FAJA 4POWA 2RF1A 3K01A 1M5DA 1RYOA 3TDJA 3KFMA 1FTMA 1GR2A 1OLAA 4RNSA 1Z7ME 2A5TB 4RK9A 2OJTA 3N26A 4MFIA 4ZZEA 2ONRA 2XXPA 4WEDA 3O2AA 3OO7A 5KCJA 3VV5A 3TODA 1FW0A 4KCCA 1NKXA 3OO8A 1EH3A 1NNPA 3CSGA 2BJJX 4BDQA 3FZVA 4O3CA 3HHGA 3UK4A 3CFLA 3OSRA 3C4MA 3MP8A 3FVKA 1A55A 2Q2CA 3UIFA 3DP8A 5KCJB 2V93A 5I2KA 3IB2A 5BUUA 3AXFA 2Z23A 1YPNA 4OQOA 3MP6A 3TTMA 4GL0A 3S9NC 5FTHA 2A5SA 4ELQA 3JV9A 3VVFA 4PFUA 2E0SA 4YKKA 3JYRA 5HM4B 3K1MA 1YTVA 4WKMA 1LCFA 4X48A 1N84A 5I2KB 2F35A 4G68C 2HZKA 1BKAA 3N6UA 3A3CA 2RCBA 3G3HA 3CRBA 3FJMA 4XKPA 5HPQA 2F8DA 2ZNUA 1IXHA 1LCTA 4LZ8A 3W15C 2PT2A 3T9VA 4QSDA 1SW2A 5H8SA 3T93B 2Y7IA 1PB7A 3KGCA 4WXJA 1B7UA 3MPKA 4RPNA 3U94A 4N6PA 3TCGA 1XS5A 3QSLA 4DLDA 4ECFA 3VLUA 4R74A 5DEXA 2DP8A 2HQ0A 4KYDA 3N6TA 5JTYA 4G8MA 2O7UA 1B7HA 3WAEA 3VXBA 1WODA 1A8EA 4GWOA 5AA2A 4OTEA 5H8HA 1B05A 3GBBA 3SERA 5DEXB 3E9XA 2DWHA 1VR5A 2RC7A 5JTYB 1JETA 3MVWA 3VVEA 3OO9A 5H8NA 4GIZA 5JK4A 2Y7KA 4ZDMA 1JW1A 1B4HA 3CR9A 1MXYA 4U21A 4IY5A 2VD2A 4YB5A 3FXQA 5AA2B 2DE2A 4EUOA 5ISUA 3Q25A 2IA4A 5H8HB 1JW4A 3T9HB 3LBSA 4ESXA 3IAZA 3O97A 1IEJA 3OOAA 3H4ZA 3T66A 3SEYA 4G8NA 2IEEA 3SEXA 5H8NB 4ELPA 1LAFE 3UORA 4RY1A 1QJMA 4ND9A 1JEUA 2I3WA 4PFTA 4EXLA 3TQWA 3O29A 3R7XA 4FE8A 2ESNA 1LSTA 3PPPA 1PB9A 1B7ZA 1MPCA 5B7DA 2AIXA 4U4SA 1TFDA 4H6DA 4RPOA 1B1HA 1LB8A 3G3FA 5ELVA 4OFOA 4EF1A 1P1OA 5CMBA 2H5YA 2YPNA 1MDQA 3RN8A 3MC2A 1QVSA 3RQTA 4LZ7A 3MW0A 1S9TA 4EF2A 4F3SA 1SQYA 4LVQA 1B5IA 3VLVA 5BWJA 3EQ1A 1NL5A 1B5HA 2Q2AA 3PUZE 3ODBA 4R75A 3VVDA 1B51A 4DIGA 4POXA 3OENA 1DTZA 5CBRA 5DT6A 3PUXE 1AMFA 1UTHA 4MLQA 4NF4A 2QMXA 3KJTA 4FJPA 4BDRA 1LBCA 2XD3A 3FV1A 4YZZA 4LZ5A 3G3GA 5I57A 1S50A 1LFHA 3GXAA 2O1MA 3M8UA 1B3FA 2OK2A 3I6VA 2GRVA 3PUWE 4YICA 4XKQA 5K2YA 1MM7A 2FNCA 2O68A 3H6UA 2O6AA 1JW5A 5KDTA 2Q89A 1GVCA 4K3FA 1UTHB 4IO6A 4NF4B 4YB7A 1SW4A 1CB6A 3BFUA 3IR1A 3TAJA 3MJNA 2PVUA 5I57B 3CFZA 1DTGA 1MG1A 4IGTA 4XKNA 1SD3A 4XKRA 1XT8A 3T96B 3H06B 3RTFB 1P1WA 1A7LA 1B32A 1MH4A 1UQWA 4OFLA 3G3IA 1FTLA 1MH3A 1MM6A 1AOVA 4OEVA 3HO7A 1H3DA 5KDTB 4LQ5A 1B1XA 1B58A 1SBPA 2E1SA 1IUDA 3FD3A 3S9MC 1N3XA 4ZEFA 2ZYKA 4NF6B 1JQFA 3GBAA 2PBWA 3B6TA 3K1PA 4KI0E 3FATA 2ONKE 2QRYA 5LOMA 1LGBC 3SEUA 3T9XB 2UVGA 4MF3A 3RTWB 4OETA 2ALUA 3C35A 1ELJA 2HXWA 1MY2A 4BDMA 2B65A 3OEMA 2F7AA 1MQIA 4DCYA 3FV2A 1XVYA 4GOTA 4KD5A 3W9WA 2I48A 1MS7A 3N5LA 5DVIA 4UA8A 4NWDA 2I0BA 1A99A 3UGWA 1MXVA 3B6QA 1TFAA 1US4A 3G3JA 4G8HA 2I4BA 4HS7A 3E13X 1H44A 5F7VA 1PB8A 3A3UA 1OQHA 2F7CA 2PYYA 4GXAA 2QJEA 5AA4A 4U2RA 3VLWA 3IO4A 1FTKA 4ZZAA 3MQ9A 4DZ1A 3S9LC 1B3LA 5CMKA 1URSA 1NH7A 4BDLA 1FTJA 1B2HA 3EHSA 3ILUB 1PEBA 1N7XA 1MY3A 4KQPA 4H8JA 3PMXA 4DXBA 2QMWA 4P11A 3MVZA 5AA4B 3SESA 2D21A 4QRZA 3IJOB 5AE4A 4AB5A 1LLSA 3KSXA 2WKYA 1SW1A 1AIVA 3G3KA 3KN7A 4F3GA 5B70A 3ZKLA 1ZBMA 4FECA 3KEIA 4OXVA 3K02A 1EZ9A 2ONSA 4R6HA 5CI5A 4XTCQ 3MZ1A 3OEKA 3TTLA 4X1BA 4LQ2A 3MZBA 3P7IA 4OYVA 1MXUA 4ELOA 4AQ4A 2Y84A 3IX1A 3HSTA 2OZZA 2HAUA 2NXOA 1VFEA 3DP6A 4KR5A 2REJA 2XXYA 3TYHA 4HTGA 3U72A 4C1UA 3S9EA 5L9OA 2DXYA 1Y3QA 4R6KA 4FORA 3K6XA 3QAXA 4F3BA 3CG1A 1Y3NA 3EPEA 4XXUA 3USDA 4MBPA 1HSEA 4FATA 1JNFA 1UIVA 1BP5A 5AA3A 4QFNA 1MPDA 1GGGA 4C0RA 3KSJA 1GV8A 2UXAA 2F97A 4PP0A 2KLFA 3G7WA 2Y7WA 3C36A 2XXHA 1KWHA 1DMBA 2O69A 1OVBA 3SETA 1I6QA 3ECRA 4H65A 4QFKA 4F29A 2Z8EA 3V89B 4BDNA 1RKMA 2ZYNA 1ZTYA 3MPLA 2PX1A 4OMBA 3UN6A 3TTNA 1B3EA 1N7WA 1SW5A 2X7QA 3V8XB 2Z8DA 1B3GA 4EQBA 4GLIA 4QF9A 3TTKA 4G77A 4ELRA 2H25A 3TMGA 1FQEA 2RCAA 3T9UA 5I58A 2Q8JA 1LAXA 1TWYA 5H8FA 3ZKKA 2HAVA 5K2XA 4OWDA 3RT8A 4JBZA 3QYTA 3K00A 4FIMA 3OD7A 3MVYA 4RXLA 1DSNA 3N94A 3IB0A 1L5TA 3RNNA 1II5A 2V3UA 3IO6A 5I58B 4NEDA 3IORA 4LUBA 5H8FB 4IO3A 3C31A 4U1ZA 3O66A 4DXUA 4TLMB 2G93A 3PD9A 2GHBA 5F1QA 1SI0A 4YKPA 1OLCA 1Y4TA 1SI1A 5A5XA 1M5FA 2DE4A 4G68A 4GFRA 5TU0A 2ANJA 3K6VA 2XXTA 3O9PA 3FUZA 3RLFE 4NF8A 4XIGQ 3PPRA 1P1NA 3C34A 1M5BA 3PU5A 1OIBA 3U8QA 4ZECA 3SKPA 4OENA 4DCXA 1H76A 4PE5B 1B5JA 4H67A 5A5XB 3IJXB 3M3FA 3LR1A 5AA1A 4AB6A 3M3KA 4G68B 4JSOA 3OSQA 2NVUB 2XXRA 1OMPA 4NF8B 3D4GA 2DXRA 2YJPA 2I6EA 4ONYA 1B52A 2G29A 4GQOA 3O6HA 1PC3A 2O7IA 1MXWA 1O7TA 4IGRA 1NFTA 4GL8A 1B3HA 1WVJA 3B7DA 3KBRA 3ZSFA 2PMSA 2M8CA 4H8IA 1O63A 1VSOA 2RKMA 4H0WA 1D4NA 1FQCA 2O51A 2NOOA 4HW8A 3MBPA 1P99A 2F5XA 5CC2A 4TLLB 4RK2A 4ZEBA 3PGFA 3MWBA 1LAGE 4JWYA 2Q88A 3QK6A 1EZPA 3FJGA 3RUMA 2Z8FA 5IAIA 3R26A 1Y1ZA 2XXUA 4LATA 2HCAA 2Y7RA 2UYEA 3JZJA 1M5EA 3Q29A 1QKAA 2VP1A 1IXCA 3CFXA 4JWOA 5I2NB 4QFPA 4NF6A 4QFOA 2HEUA 2F34A 2PT1A 4ZE8A 1QUKA 4G4PA 4GVOA 5FHMA 1USYE 4ISUA 1MY1A 3V83A 2DQVA 2V3QA 3UP9A 2I4CA 3IB1A 2R9JA 4I62A 4JXIA 4OFJA 3T22A 5HBCA 3HHFA 2GHAA 1D9YA 4YAHX 5EHSA 1ZKBA 3FXRA 2GH9A 2UYFA 4U22A 1ZLQA 3RGYA 1N76A 3RT6B 2XX8A 5H8QA 1N3WA 2CZLA 5TP9A 2QS4A 3PD8A 1MDP1 1A40A 4O3AA 3PMWA 5ITPA 3IK6B 3LSLA 4O3BA 5CMMA 1VFDA 5M2VA 4IO2A 3ZS6A 5I84A 1LB9A 1BLFA 5H8QB 2Y7PA 5TP9B 4JDFA 4YKIA 2ZXTA 1FQDA 3H3GA 4KYEA 1OVTA 3KN8A 4JWXA 3H6WA 2VHAA 1B0LA 1UIUA 4R72A 4YB6A 1M5CA 4YMAA 3HCQA 3HV1A 1NH8A 4R9FA 2UVHA 4KCDA 1IITA 4RJZA 2QS1A 2XXVA 4IY6A 1MY0A 1ANFA 4U4XA 5ICTA 2AL4A 1JVXA 2V25A 2FA7A 2F36A 1A54A 4KYSA 3SEWA 5FHNA 2OCUA 4F2OA 5CBSA 2DWAA 4BDOA 4JSDA 4ESWA 5L9SA 3CVGA 1EU8A 3W9VA 4GF8A 2I49A 3QXMA 2XX7A 4F2QA 2F6PA 4E0XA 4FEDA 1NNTA 1N0TA 4OVJA 3LC8A 3FVGA 1WDNA 3K4UA 2Q9TA 1HSLA 3O28A 1POTA 2B3BA 2H4IA 1Q35A 3FVOA 4QSCA 3IOVA 4OERA 2OWTA 4JB7A 2NUVA 4X9TA 3CIJA 3E3KA 2X26A 3SDFA 4IO4A 2P1SA 4U23A 2ZYMA 5L8DA 3EF7A 1YCJA 1R9QA 4F3PA 5EYFA 1CE2A 4R73A 4LA9A 3UA8A 1I6AA 4YMBA 4Z0IA 2DVZA 3M3LA 2P2AA 2LAOA 4BLAA 5CM6A 3K6WA 2YLNA 4PFWA 3H7MA 2ZYOA 4M1VA 1QW0A 5FTIA 4NTLA 1IQ7A 3BBRA 1LBBA 1D3KA 3CG3A 4RA1A 4F1VA 1LFGA 1MPBA 2XD2A 2F7BA 2QS3A 3EHTA 1FQAA 3LSFB 2R6GE 3ONMA 1EZOA 2F6GA 1S7YA 1JEVA 4YKJA 1TT1A 3B6WA 1FQBA 4OHNA 5EHMA 5ICQA 1URGA 3PUVE 4Z7EA 1PBPA 1ZU0A 3EN3A 4F39A 3DLNA 3Q26A 3TTRA 1D9VA 2QS2A 1BIYA 4E0WA 5L9MA 3O6IA 2XXIA 2RINA 4F1UA 4THIA 3KZGA 5CRYA 2HFBA 4ZEDA 1QUJA 2I0CA 4PFYA 2REGA 2O1LA 2VD3A 1B6HA 4QFLA 4HCYA 4F22A 5DVFA 1MY4A 4IB2A 1B0HA 4IO7A 1GTKA 4P0GA 3PV0E 1XC1A 1R1NA 1VE4A 3VDFA 4UACA 4F31B 3LSWA 3FGSA 5CMCA 2VOZA 2FYIA 2DWJA 3A09A 1SYIA 3THIA 2VGQA 1Y3PA 4LP2B 4YU0A 1POY1 4DDDA 1QULA 3TKDA 4ZEIA 3K6UA 4NE4A 2D5WA 4WEPA 2RC9A 1YAEA 3K2DA 5KZTA 3VFJA 1XHYA 5I59A 1MQJA 4R9GA 3E4RA 3CI8A 3HN0A 1B4ZA 3LUYA 3FXUA 3MZ9A 3FIRA 4LONB 4EQ9A 3L6GA 1TXFA 1URDA 1ZJLA 4P0IA 3TCHA 3OELA 1QKBA 3PMVA 1R9LA 4MLVA 5I59B 3MP1A 3OO6A 1O64A 1USYH 3MUQA 3PPNA 1Y20A 4EQ7A 4N07A 3U92A 2I3VA 2GFEA 3KG2A 4PETA 1XVXA 1P1QA 3DM0A 4N13A 3TCFA 3OMBA 3C33A 1IXGA 2DE3A 1AH5A 4QHQA 1A8FA 5DTBA 5TPAA 5JEIA 1P1UA 3PUYE 4OEUA 4IO5A 1FCKA 4KFQA 1MXXA 1PBQA 3D4CA 4NF5A 3IOTA 1NMUA 1IXIA 2ZMBA 4EDPA 1R6ZA 3BKIB 4ZS9A 4H5GA 5TPAB 1ZMGA 3SEVA 2ZNTA 1NNFA 1B40A 4I9DA 1MQHA 3S4UA 3C32A 1LAHE 3TZAA 3U93A 4NF5B 1F9BA 5I2NA 2I58A 2V84A 1RYXA 2O84X 1LFIA 2OWSA 3O6GA 4NMYA 2ABHA 3OXNA 1I69A 1UTBA 5DYHA 1HSJA 3TUSA 3DELB 1SVXB 4Q0CA 3TELA 4DXCA 2RC8A 4TOZA 4GD5A 1OQGA 2X7PA 1H43A 3FJ7A 4DE8A 1B46A 4C1TA 3PPQA 1N04A 4TQUQ 2ZNSA 1UTBB 3H6TA 1IZ1A 4HCWA 1H45A 1T0KA 4PQJA 3H03A 4Q5TA 3RPWA 4F1YA 4OESA 3ILTB 2DS9A 4FEBA 3MVXA 1I6BA 4I1DA 2UVJA 3R6UA 1DOTA 5DVJA 1AL3A 2QSXA 4KPTA 1DPEA 4H5FA 2W7YA 3PPOA 1Y9UA 1NNKA 2P0SA 1BTJA 1DPPA 4KHZE 1IIWA 3F11A 2AL5A 4ZE9A 3Q28A 1PDAA 2OBGA 4R2BA 4GXSB 3KJ7A 3K0VA 3TFLA 2XHDA 2H99A 2CMOA 1Z7NE 1QUIA 2V3TA 1MRPA 2XXQA 4OZ9A 3FASA 3IL1B 4MH5A 1FTOA 3KOSA 5I56A 1SDXA 4R2FA 3Q27A 4R6YA 4Q8RA 1J1NA 4U1OA 4X1DA 1MXZA 4RYAA 3U1OA 3TEPA 2QL3A 3VE1B 3MAMA 2DVCA 3GZGA 3LSXA 2DYXA 1JVYA 1ZIUA 3WAFA 3QUFA 3EHUA 1FQFA 4I8CA 2DWIA 5AA2D 1ATGA 1Q1KA 1Y4CA 1Y1MA 3GLBA 4F18A 5I56B 5ITOA 3V5AA 3VXCA 5J1DA 3I5OA 3L6HA 2OLBA 2H98A 4Q30B 3I3VA 3C9HA 4NWCA 1MQGA 4GRKA 4M4GA 4G2ZA 4QSEA 1B9JA 2H9BA 3TQLA 3H6VA 4L17A 3CSBA 2XXWA 2NWJA 1MQDA 4H1XA 2XXXA 2B3FA 4EXKA 3TPAA 1XOCA 4ZEKA 3QUJA 2QPQA 2R71A 4F19A 5IKBA 2UVIA 2HZLA 2THIA 2XX9A 3QIMA 2F78A 3KOTA 3S2VA 3BFTA 3K1NA 3FVNA 2Z22A 2DSFA 3DP4A 3HPIA 2DOJA 3KN3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SYHA 5FHOA 2AYSA 3RY3A 2A5TA 4MX6A 1US5A 3IOUA 3IOWA 2F3DA 2QVRA 2D3IA 2HXRA 1QGXA 4FAJA 4POWA 1FBPA 2RF1A 3K01A 1M5DA 1RYOA 1DBZA 3TDJA 3KFMA 1FTMA 1GR2A 1OLAA 4RNSA 1Z7ME 2A5TB 4NG7A 5DW8A 4RK9A 2OJTA 3N26A 4MFIA 4ZZEA 2ONRA 4N8GA 2XXPA 4WEDA 3O2AA 3OO7A 5KCJA 3VV5A 2ZZXA 3TODA 1FW0A 1K9YA 4KCCA 1NKXA 3OO8A 2B4MA 1EH3A 1NNPA 3IFCA 3CSGA 2BJJX 4BDQA 3FZVA 4O3CA 5FBPA 4MCOA 3HHGA 3UK4A 3CFLA 3OSRA 2CEYA 3C4MA 3MP8A 4N15A 3FVKA 1A55A 2Q2CA 3UIFA 3DP8A 5KCJB 2V93A 5I7IA 5I2KA 3IB2A 5BUUA 3AXFA 2Z23A 1YPNA 4OQOA 3MP6A 3TTMA 4JVIA 1NV5A 4GL0A 2FIXA 3S9NC 5FTHA 2A5SA 4ELQA 4PFBA 3JV9A 3VVFA 4PFUA 2E0SA 4YKKA 3JYRA 5HM4B 3K1MA 1FRPA 1YTVA 4WKMA 1LCFA 2XWOA 4X48A 1N84A 5I2KB 2F35A 4G68C 2HZKA 1BKAA 2WBBA 3N6UA 3A3CA 2RCBA 3G3HA 3CRBA 2Y5KA 1FPDA 3FJMA 5I5PA 4XKPA 5HPQA 2F8DA 2ZNUA 1IXHA 5IGAA 1LCTA 4LZ8A 3W15C 2PT2A 1LBZA 3T9VA 4QSDA 1SW2A 5H8SA 3T93B 5F24A 2Y7IA 1PB7A 3KGCA 4WXJA 1B7UA 3MPKA 4RPNA 3U94A 4N6PA 3TCGA 1XS5A 3QSLA 2VPNA 4DLDA 4ECFA 4P8BA 3VLUA 4R74A 2L5VA 3B8BA 5DEXA 4AS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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