The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
122
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sequence length |
403
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structure length |
388
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Chain Sequence |
VDKVAAVVNNGVVLESDVDGLMQSVKLNAAQARQQLPDDATLRHQIMERLIMDQIILQMGQKMGVKISDEQLDQAIANIAKQNNMTLDQMRSRLAYDGLNYNTYRNQIRKEMIISEVRNNEVRRRITILPQEVESLAQQVTELNLSHILIPLPENPTSDQVNEAESQARAIVDQARNGADFGKLAIAHSADQQALNGGQMGWGRIQELPGIFAQALSTAKKGDIVGPIRSGVGFHILKVNDLRGESKNISVTEVHARHILLKPSPIMTDEQARVKLEQIAADIKSGKTTFAAAAKEFSQDPGSANQGGDLGWATPDIFDPAFRDALTRLNKGQMSAPVHSSFGWHLIELLDTRNVDRAYRMLMNRKFSEEAASWMQEQRASAYVKILS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic Structure of SurA, a Molecular Chaperone that
Facilitates Folding of Outer Membrane Porins
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Isomerase, cell cycle
|
| molecule keywords |
Survival protein surA
|
| total genus |
122
|
| structure length |
388
|
| sequence length |
403
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2002-07-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00639 | Rotamase | PPIC-type PPIASE domain |
| A | PF09312 | SurA_N | SurA N-terminal domain |
| A | PF13616 | Rotamase_3 | PPIC-type PPIASE domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Triger factor/SurA peptide-binding fold | Porin chaperone SurA, peptide-binding domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q6I A; 3UQI A; 2M08 A; 3O5F A; 3EY6 A; 3RFW A; 4LAW A; 1T11 A; 3O5M A; 2LGO A; 4U85 A; 1FKG A; 2DG3 A; 5B8I C; 3KCE A; 2KFW A; 1FKH A; 2RUC A; 1FKR A; 2ZR6 A; 1TCO C; 3O5L A; 3O5G A; 4U86 A; 2RUR A; 3LUO A; 1FAP A; 1QZ2 A; 2Y78 A; 3UI6 A; 1NMW A; 4DZ2 A; 1M5Y A; 1FKI A; 1FKS A; 3O5K A; 4GIV A; 1NSG A; 4TYO A; 4U84 A; 2RQS A; 2ITK A; 3O5D A; 2XP6 A; 4DRH A; 3IKD A; 3OOB A; 4J4N A; 4DRI A; 4FAP A; 4MGV A; 2PV3 A; 2XP9 A; 4R0X A; 4TW7 A; 3TC5 A; 4BF8 A; 2PPN A; 4TW6 A; 3IKG A; 3O5I A; 2KI3 A; 1FJD A; 3PA7 A; 4JFL A; 3UF8 A; 3RGC A; 4DRN A; 2ZQU A; 3IK8 A; 3GPK A; 4LAY A; 1FKF A; 3NTP A; 3PRB A; 5D75 A; 4DT4 A; 1U79 A; 1FKB A; 1JNT A; 2PBC A; 1L1P A; 1W26 A; 2DG9 A; 4IPX A; 4QT3 A; 4DZ3 A; 3NRK A; 1FKT A; 1KT0 A; 2XP8 A; 3KAC A; 4JFK A; 3CGM A; 4QIB A; 4QT2 A; 5HTG A; 4JFI A; 4DH0 A; 4LAX A; 2MF9 A; 1Y0O A; 2LJ4 A; 2MPH A; 3KAB A; 4ODK A; 4ODO A; 5BXJ A; 2VCD A; 4NNR A; 2OFN A; 4LAV A; 2ZR5 A; 5HW6 A; 1ROT A; 2XP7 A; 3KAI A; 4GGQ A; 2LPV A; 4JFM A; 2FKE A; 4ODN A; 3MDY B; 5DIV A; 2AWG A; 1ROU A; 3CGN A; 4JFJ A; 1FD9 A; 2MNT A; 3UQA A; 2DG4 A; 1C9H A; 1J4I A; 1KT1 A; 2MLZ A; 1Q6H A; 3NI6 A; 1NMV A; 4ODQ A; 2RUD A; 4DRM A; 4N19 A; 2PPP A; 3O5Q A; 1EYM A; 1ZCN A; 1JVW A; 4TNS A; 4DRJ A; 1JNS A; 4G50 A; 3O5J A; 3FAP A; 4DRO A; 4MSP A; 5HUA A; 4ODP A; 2PV1 A; 2XP3 A; 3I6C A; 2F2D A; 3TCZ A; 4DRK A; 1PIN A; 5HKG A; 2VN1 A; 2XPB A; 2ZQS A; 5HT1 A; 1J6Y A; 1Q1C A; 3PRD A; 4FN2 A; 4W9P A; 1YAT A; 2UZ5 A; 4ITZ A; 3KAH A; 2XPA A; 1D7I A; 4W9Q A; 2PV2 A; 2F21 A; 2Q5A A; 1QPL A; 3UI5 A; 1EQ3 A; 4DRP A; 1F8A B; 4JYS A; 1BKF A; 4DRQ A; 3B7X A; 4TW8 A; 4ODM A; 3KAG A; 1R9H A; 2MLX A; 2XP5 A; 2F4E A; 1HXV A; 2M1I A; 4ODL A; 4IQC A; 2PPO A; 1FKL A; 4DIP A; 1BL4 A; 2KGJ A; 5DIU A; 2K8I A; 3UI4 A; 3JYJ A; 2M2A A; 2RUQ A; 3O5P A; 1D6O A; 3KAF A; 4W9O A; 1J4R A; 3UQB A; 2ZR4 A; 2ZQV A; 3JYM A; 3O5O A; 5DIT A; 5J6E A; 1FKK A; 5GPG A; 1N1A A; 1D7J A; 1ZK6 A; 2ZQT A; 4O2T A; 3KAD A; 1QPF A; 1FKJ A; 1Q6U A; 2L2S A; 1D7H A; 4J4O A; 3O5E A; 3JXV A; 4C02 B; 4TX0 A; 1F40 A; 2RSE A; 3WH0 A; 2JZV A; 1P5Q A; 2FAP A; 2XP4 A; 2MLY A; 1A7X A; 4G2P A; 2KO7 A; 5HW8 A; 4ODR A; 5I98 A; 4IQ2 A; 2KE0 A; 5HWB A; 5HWC A; 1J4H A; 2KR7 A; 3KZ7 A; 1B6C A; 3H9R B; 2IF4 A; 3O5R A; 1FKD A; 3TDB A; 2LKN A; 3VAW A; 5HW7 A; 2N87 A; 2D9F A; 3ODK A; 1YW5 A; 3IHZ A; 1PBK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GOI A; 3UQI A; 3EY6 A; 4LAW A; 1T11 A; 2KFW A; 2RUC A; 2O9O A; 2ZR6 A; 1NWT A; 4U86 A; 2DSV A; 1FKI A; 4GIV A; 4Q7N A; 2XP6 A; 1E6N A; 3WQW A; 1NWU A; 3BXW A; 2ETN A; 1JCH B; 1ZBK A; 1FJD A; 2IUZ A; 3ARQ A; 3IK8 A; 1LL7 A; 3QOK A; 4DT4 A; 2PBC A; 1W26 A; 4QT3 A; 1E15 A; 1FKT A; 4DH0 A; 1Y0O A; 2LJ4 A; 3KAB A; 1FFR A; 2WM0 A; 4LAV A; 5HW6 A; 4JFM A; 2FKE A; 5DIV A; 2YBT A; 3CGN A; 2WLY A; 4DWS A; 1W9U A; 4DRM A; 4N19 A; 3ARR A; 3WD2 A; 3O5Q A; 1ZCN A; 4TNS A; 4Z2J A; 1JNS A; 4G50 A; 4L3N A; 4DRO A; 4KR0 B; 2PV1 A; 4S3K A; 2VN1 A; 2XPB A; 5GQB A; 1Q1C A; 4W9P A; 1YAT A; 2UZ5 A; 4QZV B; 3G6M A; 2FDM A; 4W9Q A; 1GUV A; 2F21 A; 4ML4 A; 1F8A B; 4P8X A; 1HXV A; 4WK9 A; 1WB0 A; 1VF8 A; 4DWS C; 2A3C A; 5DIU A; 1NH6 A; 2M2A A; 2RUQ A; 3KAF A; 1WAW A; 5DIT A; 1FKK A; 1NWS A; 1FKJ A; 2L2S A; 4J4O A; 3G6L A; 2JZV A; 2XP4 A; 5HW8 A; 3AS0 A; 4IQ2 A; 2KE0 A; 5HWB A; 5HWC A; 1B6C A; 3VAW A; 5HW7 A; 3O5R A; 4R5E A; 1PBK A; 4W5U A; 1Q6I A; 2M08 A; 1JNE A; 2PN0 A; 3ARV A; 3O5M A; 2LGO A; 1FKG A; 2DG3 A; 2EUL A; 3WD3 A; 1FKH A; 3O5L A; 3O5G A; 3WD4 A; 3LUO A; 1FAP A; 1FKS A; 1NSG A; 3O5D A; 1LG1 A; 3IKD A; 4J4N A; 4P8V A; 1W1V A; 2PV3 A; 2XP9 A; 4ZPW R; 3IKG A; 2KI3 A; 1TFV A; 4JFL A; 3UF8 A; 1HJW A; 1UR9 A; 1FKF A; 5D75 A; 4Z2K A; 1D2K A; 1U79 A; 1FKB A; 1JNT A; 1L1P A; 2DG9 A; 3NRK A; 1KT0 A; 3KAC A; 4JFK A; 4QT2 A; 4Z2L A; 5I98 A; 1GPF A; 4JFI A; 4ODK A; 2DT0 A; 1E44 A; 2VCD A; 1OGG A; 1X6N A; 1LL6 A; 3ARO A; 4JFJ A; 1FD9 A; 2MNT A; 2P4V A; 2DG4 A; 3FXY A; 3NI6 A; 4URI A; 1Q6H A; 1NMV A; 1WNO A; 4ODQ A; 5DEZ A; 1ZU8 A; 1EYM A; 2DSW A; 3O5J A; 4DRK A; 2XP3 A; 5HKG A; 1W1T A; 2F2D A; 3RM8 A; 1J6Y A; 5HT1 A; 4MTV A; 4MNM A; 2DT2 A; 1ZL1 A; 4ITZ A; 2XPA A; 1LL4 A; 2PV2 A; 3ARU A; 4Z2I A; 3UI5 A; 1EQ3 A; 4DRP A; 1BKF A; 4DRQ A; 2YBU A; 3B7X A; 3BMB A; 1XHG A; 2XP5 A; 1OWQ A; 4ODL A; 1FKL A; 2KGJ A; 2B31 A; 3JYM A; 5J6E A; 1D7J A; 5HBF A; 4WKF A; 3CHF A; 1Q6U A; 4IT6 A; 4C02 B; 4Q22 A; 1F40 A; 2RSE A; 3WH0 A; 2QF8 A; 4MNK A; 1P5Q A; 2FAP A; 3B9A A; 1A7X A; 4G2P A; 3WL1 A; 3PR9 A; 4DWS B; 2KR7 A; 3H9R B; 2IF4 A; 4Z2G A; 1KFW A; 3AS3 A; 1FFQ A; 2ESC A; 1GRJ A; 3RFW A; 1IX5 A; 4U85 A; 5B8I C; 3KCE A; 1FKR A; 1TCO C; 3WD1 A; 3ARZ A; 1K9T A; 3UI6 A; 1NMW A; 4HBO A; 4DZ2 A; 1M5Y A; 4WKA A; 4U84 A; 2ITK A; 4DRH A; 3B9E A; 2WLZ A; 1LJY A; 4MGV A; 4R0X A; 2G8Z A; 3TC5 A; 5DF0 A; 4WJX A; 4TW6 A; 2A3B A; 3PA7 A; 3RGC A; 1W9V A; 4DRN A; 2ZQU A; 3GPK A; 3PRB A; 2O92 A; 5GPR A; 3CGM A; 4QIB A; 4LAX A; 4NNR A; 2DT1 A; 2ZR5 A; 4GGQ A; 2LPV A; 3GTY X; 3MDY B; 3ARP A; 4HAR A; 1ROU A; 4WKH A; 3CZ8 A; 5DO2 A; 3UQA A; 1HKI A; 1SYT A; 1SR0 A; 1C9H A; 1J4I A; 1KT1 A; 2MLZ A; 4PTM A; 2RUD A; 4P8W A; 2PPP A; 1ZBW A; 4DRJ A; 4WIW A; 4ZPV R; 3WD0 A; 5HUA A; 3ALF A; 3TCZ A; 3I6C A; 3WIJ A; 1W1P A; 4MNJ A; 4FN2 A; 1E9L A; 1D7I A; 2Q5A A; 1EIB A; 1E6R A; 1W1Y A; 2AOS A; 4ODM A; 1R9H A; 1ZBV A; 2F4E A; 4MNL A; 3CHD A; 4IQC A; 2PPO A; 3UI4 A; 1LQ0 A; 3O5P A; 1D6O A; 1LG2 A; 2ZQV A; 3O5O A; 3ARS A; 1NWR A; 3B8S A; 1N1A A; 1ZK6 A; 4O2T A; 4Z2H A; 1RD6 A; 2F23 A; 3W4R A; 1D7H A; 3AS1 A; 3JXV A; 2A3A A; 4TX0 A; 1ITX A; 4DWS D; 2MLY A; 1HJV A; 1HKK A; 3ARY A; 4IT4 A; 1J4H A; 1UR8 A; 3KZ7 A; 1FKD A; 2LKN A; 2N87 A; 3ODK A; 1YW5 A; 3AS2 A; 3O5F A; 4NZC A; 4ZPT R; 2WK2 A; 4S3J A; 4AY1 A; 1JND A; 1EDQ A; 2RUR A; 1ZBC A; 3WQV A; 1QZ2 A; 2Y78 A; 3AQU A; 4TYO A; 3O5K A; 2RQS A; 3OOB A; 3PRA A; 4DRI A; 4FAP A; 3EIP A; 4TW7 A; 1HJX A; 4BF8 A; 2PPN A; 3GU0 A; 3O5I A; 3ARW A; 4MPK A; 5JH8 A; 3ARX A; 4LAY A; 3NTP A; 4DZ3 A; 4IPX A; 1EHN A; 2XP8 A; 5HTG A; 2MF9 A; 1H0G A; 2MPH A; 4LGX A; 4ODO A; 5BXJ A; 3ART A; 2OLH A; 2OFN A; 3OA5 A; 1X6L A; 1ROT A; 2XP7 A; 3KAI A; 4L72 B; 4ODN A; 2AWG A; 2DT3 A; 4UDM A; 3CH9 A; 1E6Z A; 3ALG A; 4XAK A; 2DPE A; 3CHE A; 1JVW A; 3RM4 A; 4ZS6 A; 2B5U B; 3RME A; 1CTN A; 1H0I A; 3FAP A; 4MSP A; 4ODP A; 1PIN A; 2DSU A; 2ZQS A; 3FY1 A; 3PRD A; 3RM9 A; 2A3E A; 3KAH A; 1OGB A; 1QPL A; 4JYS A; 4TW8 A; 3KAG A; 3CHC A; 2MLX A; 3WL0 A; 3WKZ A; 1O6I A; 1ZB5 A; 2M1I A; 4DIP A; 1BL4 A; 4NSB A; 2K8I A; 3JYJ A; 2G41 A; 1XRV A; 4HBE A; 4W9O A; 1J4R A; 1W9P A; 4P8U A; 2ZR4 A; 3UQB A; 2DSZ A; 5GPG A; 4MAV A; 2ZQT A; 3KAD A; 1QPF A; 1E6P A; 3O5E A; 1HKM A; 2KO7 A; 3B9D A; 2PI6 A; 4ODR A; 4KQZ A; 3TDB A; 2D9F A; 1HKJ A; 3IHZ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1GOI A; 3UQI A; 3EY6 A; 4LAW A; 1T11 A; 2KFW A; 2RUC A; 2O9O A; 2ZR6 A; 1NWT A; 4U86 A; 2DSV A; 1FKI A; 4GIV A; 4Q7N A; 2XP6 A; 1E6N A; 3WQW A; 1NWU A; 3BXW A; 1ZBK A; 1FJD A; 2IUZ A; 3ARQ A; 3IK8 A; 1LL7 A; 3QOK A; 4DT4 A; 2PBC A; 1W26 A; 4QT3 A; 1E15 A; 1FKT A; 4DH0 A; 1Y0O A; 2LJ4 A; 3KAB A; 1FFR A; 2WM0 A; 4LAV A; 5HW6 A; 4JFM A; 2FKE A; 5DIV A; 2YBT A; 3CGN A; 2WLY A; 4DWS A; 1W9U A; 4DRM A; 4N19 A; 3ARR A; 3WD2 A; 3O5Q A; 1ZCN A; 4TNS A; 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