1MDIA

High resolution solution nmr structure of mixed disulfide intermediate between mutant human thioredoxin and a 13 residue peptide comprising its target site in human nfkb
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPAKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDAQDVASEAEVKATPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution structure of human thioredoxin in a mixed disulfide intermediate complex with its target peptide from the transcription factor NF kappa B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (electron transport/peptide)
source organism Homo sapiens
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 21
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1mdiA00
3QCPA 2PBJA 4BVYA 1B4PA 2VLVA 2C0FA 3GYKA 1VF1A 5CRDA 4WF4A 4KSMA 2L59A 2NBSA 1Z7PA 3MWHA 3TKRA 1THXA 11GSA 4F0BA 16GSA 1GLQA 5KEJA 1SENA 4NMUA 2HZFA 1O7UA 3KXOA 1GSSA 2WGRA 4MF5A 3RPNA 1ZCPA 3HJOA 4GTUA 4TRXA 3L4NA 3C8EA 1BG5A 4J2FA 3GL3A 2GS3A 3LJRA 3ZMKA 4WXTA 5INYA 2YWIA 6GSXA 2JL4A 5KN3A 3F3QA 22GSA 4IP1A 2H6ZA 3ME7A 3VWUA 1I5GA 2H30A 5JWRB 3UBLA 4TR4A 5LD0A 3ZVJD 1O8XA 3CTFA 2L5LA 2H71A 4GSTA 5C00A 3A2VA 3FYGA 1NW2A 4F03A 4KH7A 1XIYA 5HR0A 2LRTA 1GL8A 3DVXA 4TR3A 1SKRB 4JR6A 2C3TA 1M9AA 2DJKA 3HYPA 2R2JA 2N5FA 2MMOA 3F63A 1X5EA 2OKAA 4KUNA 4XHMA 1GWCA 3S9FA 2J9HA 3FR9A 2O87A 1U88A 1K0MA 3WYWA 2YZUA 4ZXGA 1JZWA 2YWMA 2IPAA 3EU4A 3IE3A 2FWFA 4QL9A 5ABRA 2BTOT 5GSSA 4V2MA 3DMLA 1XWKA 5ECLB 3GUSA 4MDCA 5H5SA 4EKZA 3E3EA 1OE7A 3HZ4A 3TGZA 3KGKA 1M9BA 4EF0A 4IKHA 1EV4A 3Q19A 2JZTA 1T00A 2YP6A 3FHKA 1BJXA 2YNXA 2HZEB 2C3QA 3TOTA 3J7Yb 2WJUA 2PVQA 5A4UA 2I3YA 3PINA 2B3SA 3HZ8A 2IMFA 2LUSA 4BPYA 3UAPA 5A4VA 4XS4B 4WEYA 1T4YA 1W89A 3GIXA 2JZSA 1QK8A 1K0CA 5DVBA 3ZREA 1MDJA 1ZL9A 3VURA 5F05A 1XW6A 5G2ZA 1HNAA 2FHEA 1F3BA 2MZCA 3L9SA 4XRDA 5AGYA 5DCHA 3ZIJA 1E6BA 3TCOA 1TDIA 4KX4A 2HZEA 4AF2A 5DBQA 1A8YA 1MDKA 1XBSA 1WE0A 4POKA 5J9BA 5ID2B 2C0GA 4LMVA 5HFKA 4XS4A 3HJPA 2KHPA 1PL1A 2GZYA 4OD7A 3TKQA 4V1Ag 1ZOFA 2DMLA 4OCFA 2R5GA 2CAQA 3CMIA 1V2AA 3HDCA 5AIXA 2GT6A 5F8BA 4G19A 2BJXA 3RHCA 2V32A 4AJ8A 1PN9A 3E9JB 3ZLPA 3GHAA 2XHFA 1J08A 1GNWA 1XWGA 3KD0A 4MZWA 5ID2A 2LNSA 3IHQA 3A5WA 1TTZA 3LEFA 3HCZA 1B9XC 3J7Yk 2PU9C 1CQGA 3ME8A 4IN0A 3DYRA 4FYBA 2NVLA 1W4VA 1YDKA 4KE3A 3GN3A 4TKYA 5JWQB 4JR4A 5GAPD 4ZB9A 1MEKA 5ECSA 3RBTA 1XPVA 4HDEA 2H6YA 2AHEA 4K7IA 2I4AA 2K8SA 4FH8A 4NHWA 4RI6A 4L5LA 1SU9A 2FCHA 5FT3A 4Q5RA 3VFIA 3ZITA 2FLSA 2H01A 1HD2A 5DAKB 4KDYA 5E59A 2LRCA 3ZYWA 3D4MA 1MD4A 4FYUA 4MK3A 19GSA 2TIRA 4XRAA 4H86A 2A2RA 3D5JA 4TVEA 1TRWA 1JZOA 3UARA 1VF4A 2DIYA 3KH7A 1YEXA 1A0RP 2OACA 5EPFA 1SJIA 2EIQA 3EYTA 2B5XA 1OYJA 3ZMLA 4TR1B 3VWVA 2JSYA 5DAKA 1FAAA 5GSTA 1TXXA 4X1UA 1X9WB 3GKXA 1UVZA 2GLRA 2IMDA 3IXRA 4O7HA 2AJQB 4MH2A 1TK8B 3HVXA 1AIUA 4K7NA 5KN0A 6GSTA 4ACSA 2DJ3A 2DIZA 2JSZA 1GTUA 1SK0A 3CBUA 3M1GA 2JACA 4XCSA 1ACVA 1GUKA 6GSVA 4POLA 2RM6A 2MMAA 4TR1A 3RDWA 4Q5FA 4XTSA 2FWEA 3P8WA 1YF0A 3IDVA 2QGVA 2KLXA 4IELA 4OCEA 1QFNA 2VUPA 5JCGA 3GTUB 4HZ4A 3GNJA 4KDUA 1K3OA 4MP4A 3DGQA 3H93A 3HKRA 1SJZA 1AC1A 2WFCA 5G1LA 4AJ6A 1B48A 1I9DA 5AN1A 3F0IA 2XBIA 4MZBA 1BYEA 1WIKA 4MCUA 3UVHA 5B7CA 4DSSB 3CXGA 3GTUA 3OR5A 4MJEA 1O85A 2ON5A 1NHOA 2YWOA 3F4RA 3LG6A 1OE8A 2DJJA 2ES7A 1GP1A 1TJDA 4HZ2A 3W8SA 3D0ZA 3KTLA 1SD9A 1U6TA 4EL1A 4WKWA 5IMCA 3ZTLA 1SYRA 2C0DA 2KOKA 2VLTA 1Z7RA 4MZCA 2ZUPA 1SD8A 4DSSA 1RK4A 3PGTA 1VRSD 1PD21 2NDOA 1U3IA 1JFUA 4F2IA 3C71A 3H8QA 3TJFA 3CRUA 3G7JA 5ECOB 3GH9A 3O3TA 3EMXA 1WJKA 4JEDA 3ZRDA 4I97A 2VCQA 1PL2A 3M8NA 1DSBA 3M0FA 6GSWA 3K8NA 3US3A 2JU5A 1V58A 3F4TA 4XIHA 3UMAA 4HU7A 1G7EA 4GWRA 3BCKA 4ULXA 1C72A 5L71A 4MJCA 4KB3A 5A4WA 3KTBA 2LNTA 3GA4A 4ECIA 1UA5A 3C1SA 5C04A 3EU3A 4NHZA 2ON7A 2K6VA 2N5BA 9GSSA 1TRUA 4GRFA 2D2ZA 3R2QA 4I5QA 4IBPA 2OE1A 4PUFC 3MDKA 2H19A 3VPQA 1AQWA 20GSA 2OJLA 1SJ6A 2IMIA 2PMTA 5CP1A 4IP6A 3KCMA 4MJBA 4PQ1A 1XWAA 1MD3A 1XVWA 3BOAA 3FW2A 2H73A 5KN1A 2DJ1A 2OBIA 2VCZA 2CVDA 3BCIA 3I43A 3NZNA 1EEJA 4GQCA 2VCVA 1DE1A 5COHA 4N11A 4F0CA 4ECCA 4K6XA 3F3RA 1M7TA 2REMA 3W8JA 2H1AA 2LQOA 1XXUA 1XWBA 1DE2A 3KH9A 1DBYA 2LKUA 1EZKA 2PWJA 3TOUA 2AYTA 3TJGA 3TDGA 3WGEA 13GSA 5HFGA 2FY6A 2AV4A 4L0UA 5B6NA 1R7HA 4NV5A 3KJYA 3GV1A 2C3NA 4JRRA 4JU5A 3UBKA 2OE0A 2ALBA 4Q5QA 2WDUA 1EEMA 3TKPA 5IQYA 4WR5A 4TR0A 3Q74A 5AISA 2GSSA 5IIZA 1M99A 1A23A 3D6IA 5IMFA 1ZYQB 1HNCA 2I81A 1S3AA 4ZILA 4HEA2 2AAWA 3GL5A 1KBNA 1F3AA 3QAGA 3ZIVA 1Z6MA 4HJMA 3VI7A 4TN8A 3APQA 4K7OA 3G7YA 2NPBA 3LYKA 1K0NA 5CRHA 2VM2A 4IQ1A 1EP7A 4YQUA 4KA0A 3QFAC 2RLIA 4KDXA 4P3YB 4IQAA 3QAWA 3G7IA 2B7KA 5D9WA 1F2EA 1G6YA 2B5YA 2YZHA 2K18A 2F51A 3QR6A 5F07A 3C1RA 4OFTA 2H66A 3DWVA 2FNOA 2OA7A 1XWCA 5IMAA 1AW9A 1Z6NA 2B1LA 5ECNB 2FGXA 2RIIA 2VIMA 2DJ2A 4BWQA 4EE0A 1OAZA 2CVBA 1XVQA 4IGJA 3GSSA 1TRVA 2PN8A 1SL2B 2LTKA 1GLPA 1AQVA 1GSYA 2H72A 1FG4A 2CX3A 4MA9A 4N0ZA 1THOA 1K0AA 4RQRA 5CNWA 3QD9A 1GULA 1PA3A 5EVOA 3VWXA 2GQLA 3I6AA 1YZXA 3DRNA 5D73A 4I8BA 4YH2A 3GKKA 2DJ0A 1EOHA 1BQ7A 4DEJA 3BD2A 2G0FA 3U6VA 2ZCTA 1XZOA 1N2AA 1LU4A 1RQMA 2IFQB 2EIRA 5AIVA 5G30A 2CZ2A 4HI7A 1T3BA 5D9TA 4CDOA 3IAM2 3VWWA 2TRCP 2WCIA 2VD0A 4DVCA 1M2DA 4I2TA 1YKCA 3ERFA 1GTIA 5D96A 3HA9A 4MF6A 2F9SA 1BEDA 2GT5A 8GSSA 5FHIA 1WRYA 3FEUA 2PVOC 2IFQA 4KCAA 2X8HA 4TXOB 2K8VA 1RW1A 3DXBA 4LL4B 2CZ3A 6GSYA 2JADA 3APSA 3HVVA 1NHYA 2VO4A 2E7PA 2CA8A 2HI7A 4GSSA 1S3CA 5D8IA 1O81A 3HVSA 4LL1B 3NIVA 3JCML 5D9XA 1K0OA 1M0UA 3TKSA 4YQVA 1ML6A 4PXOA 4J57E 1Q98A 2DMMA 4F9ZA 1Z3EA 3LSZA 4TXOA 4PX1A 10GSA 4E8HA 3F6DA 4N10A 1ST9A 5J4UA 1AXDA 3EINA 2GQMA 3KMNA 4NXIA 4WBRD 1QGVA 3P2AA 3QFBC 4IHUA 2EC4A 4RI7A 3HHVA 1EGRA 2WS2A 3RHBA 1B4QA 4HQSA 1XW9A 4PNGA 5IO2A 3LYPA 2J23A 4NWYA 3C7MA 4KSOA 2V41A 3EMPA 3CTGA 2B6MA 1TI1A 5HR3A 2F8FA 1TW9A 1PKWA 3IPZA 5GAND 1SK2A 4GCIA 3GMFA 1VF2A 2VCXA 4QL7A 5EL8A 3HXSA 3ZFLA 2PPTA 1WWJA 3GFKA 2EIOA 2QKEA 3GH6A 1H4OA 4YQMA 2PUKC 4RUVA 2IMKA 2HLSA 2WZ9A 2H0GA 4ML6A 3GSTA 3TRPA 5JCWA 2O85A 1FW1A 2F3MA 5DDLA 2YANA 1QUWA 3ZFBA 5D9VA 1FVJA 4POBA 1U87A 5JCUA 2DBCA 4TW5A 2H1BA 1Z9HA 1OC8A 2X99A 2HSHA 2A2SA 3MNGA 2IIYA 3M3MA 1F9MA 4HUAA 2I1UA 3EE2A 5B6MA 2CV4A 3UJ1A 1SKSB 2TRXA 3D22A 3TJKA 1R4WA 1ABAA 3IOSA 1YEPA 3QDNA 3QMXA 5LCZA 3IK9A 4PURA 5LNKe 1BAYA 2DLXA 3TJJA 1X9MB 3C73A 5ECMB 4ZBAA 4EC0A 2LS5A 3KM6A 3WGXA 2MYGA 3ISOA 1SL0B 2V6KA 2ZNMA 4K0NA 3UVTA 2R37A 3TJBA 3IC4A 3H79A 2NTOA 4IJIA 1NSWA 3HY2A 4OO5A 3G9BA 4N0VA 1AUCA 1X5CA 5DJLA 1TK5B 2M72A 1Y25A 1DUGA 3M9JA 1ZZYA 2IL3A 1XW5A 3UIWA 3PR8A 3KZQA 4ML1A 2GSQA 2RUEA 1URMA 4AJ7A 1SL1B 4PGTA 1FOVA 3FZ5A 4ZIJA 4WETA 1TP9A 1QXHA 3QPMA 1BX9A 4NV2A 1GUHA 3KIJA 1H75A 5GZZB 2L6DA 3F8UA 2O8VB 2R6KA 2YJ7A 4NAXA 1TKDB 5A5KA 3N5OA 4DSRA 3HD5A 1Z5YE 1LBKA 1JZDA 4EDYA 4ZL9A 2C4JA 5H5QA 3IK7A 3DIEA 3P7XA 3M9KA 3WT2A 2L6CA 4EXJA 17GSA 2HRFA 2VM1A 2E2MA 3CSJA 1SK1A 2VL3A 4V2NA 4PNFA 1ON4A 1SYXA 3GKNA 4IW9A 2H70A 5KN2A 2DC5A 1OVNA 5IMVA 14GSA 2LJKA 4J56E 1HQOA 3IAS2 3ZL5A 5JWOB 3IA1A 1FB6A 4OMVA 1T8EB 4GQFA 4EDZA 3RAZA 1GTAA 2M46A 3GRXA 5DALB 2LSTA 2LQQA 1ZGNA 5D93A 3FY7A 4TOPA 1MTCA 1E2YA 4KNDA 1R26A 5IOWA 3F4SA 4MABA 4ZB8A 1YF1A 4I2UA 4LLRA 4XS6A 3EC3A 1WPIA 2VD1A 1FHEA 2VLUA 5F06A 2RUFA 2VL2A 4ILFA 5DALA 5FWGA 4EUYA 4PQHA 2I9HA 2X64A 2H0IA 1JLVA 2CX4A 1QMVA 1VF3A 3FZAA 4OFNA 2XPDA 1A2JA 1K0DA 2YN1A 3FRCA 2VCTA 5HR1A 2XBQA 3TKSC 2IN3A 1R5AA 3FZ9A 1PMTA 5J9CA 5ENUA 1UN2A 4L0WA 3VK9A 3F6FA 2OBKA 4K9ZA 5G5FA 1U3AA 1KNGA 2YCDA 2E2GA 1AQXA 1GNEA 1TU7A 2X8CA 1G0TA 1TK0B 5DQSA 1QQ2A 1B8XA 1B9YC 2H74A 1GSEA 4X43A 2L5OA 1WOUA 2DSAA 4V1Ap 2WULA 3KMOA 1IYIA 3GX0A 3TKSE 2IWTA 1PGTA 1Y6EA 1YKAA 2GSTA 2F8AA 2VOCA 3D4TA 1ERTA 2HXKA 3O6TA 2IMEA 4AGSA 1PX6A 4PQIA 4KCEA 2B7JA 3L9UA 1PQNA 2MBSA 3DEXA 3WGDA 2P0GA 2YJHA 2O89A 2FA4A 1T7PB 5ECKB 3IR4A 1GH2A 2GZZA 3AY8A 4MMMA 4HQZA 3MSZA 3UEMA 1G7OA 4OO4A 3EVIA 3UOMA 1EP8A 5CRGA 2AB6A 2QC7A 4GLTA 2KP2A 5CYYA 2FWGA 1V98A 3CSHA 1O73A 4ISDA 1N8JA 3VLNA 1JLWA 1SKWB 4LMWA 3LGCA 3LXTA 5CRWA 2FUG2 2B5EA 4GXZA 2N5AA 5G1KA 2XPEA 4MH3A 2H8LA 2VCWA 5F0GA 4ZL7A 5EY6A 4ZB6A 3CSIA 1GUMA 1TRSA 4RQXA 1F6MC 5IPHA 3IBHA 3BJ5A 4ZBDA 2CQ9A 4BA7A 1J0FA 5H5RA 4PUAA 4CW9A 4FO5A 1LJRA 4OFMA 3VI5A 2H1GA 1JHBA 2FD3A 3A2WA 1A2MA 3PH9A 1TOFA 1TU8A 1OKTA 18GSA 2YPMA 1AAZA 1PX7A 2OE3A 3VPTA 3LXZA 5ELGA 5DQYA 3CYNA 1CQHA 2HNLA 3Q6OA 1ZYEA 4O92A 3SWLA 1WP0A 3MAKA 3ZVJA 3W6GA 2V1MA 4CHSA 5J41A 1VGLA 3QOUA 4LA1A 1OC9B 2GDRA 1A8LA 3H1NA 1V9WA 4KGIA 4EVMA 2HE3A 1K3YA 2BMXA 2LJRA 2HSYA 1ERUA 2LV3A 2JZRA 3E0UA 2LRNA 2O7KA 1GSUA 5ECRB 4ECJA 2GSRA 1J9BA 4JE1A 2GGTA 1PSQA 4K0GA 3QAVA 2HYXA 2B1KA 4KW6A 3KEBA 1FO5A 1OC9A 3GKMA 1R5PA 3ZZXA 1FVKA 2CT6A 2VL9A 4BL7A 1Q4JA 4X0XA 5G31A 5ELAA 1X9SB 1O8WA 1T4ZA 4L5OA 3L78A 2CAIA 4K8MA 5B8AA 2GZPA 3DVWA 1M2BA 4YAVA 5HR2A 3O76A 5IMZA 3N9JA 2GQKA 4MPFA 4IJ3A 2MMNA 2FA8A 4NPBA 4OWYA 1YJ6A 1T1VA 3TRQA 1ZMAA 2HT9A 3FK8A 2OADA 1EOGA 3HJMA 3P90A 1USBA 3V1WA 2PGTA 1FB0A 5ECQB 2L57A 2YV7A 5IM9A 1KEBA 1YY7A 1HYUA 3L0HA 5J5NA 2A4VA 2VAFA 3TB2A 4IVFA 1K3LA 1GSDA 1O6JA 2H76A 3CRTA 4MLYA 4G9HA 1M2AA 2X8GA 4Q5NA 5CREA 1JZRA 4I6XA 3WT1A 3FKFA 4JZQA 1A2LA 3TUEA 4WR4A 7GSSA 2C1YA 2YOIA 3I69A 2AUVA 4FYCA 2MMZA 5ECIB 1HNBA 1GSFA 2C0EA 4F82A 2YV9A 1K0BA 1PKZA 2VL2C 2C8UA 4G10A 3FZ4A 3A2XA 4EO3A 2WB9A 2QSIA 3APOA 1XFLA 1S3DA 4ECBA 4JBBA 3A3TA 2WRTA 3RPPA 3LWAA 2LEGA 1UC7A 1OKDA 1GTBA 3I9V2 2KUCA 1G6WA 2L4QA 2K9FA 3BBYA 1TI3A 4HJ2A 2H1DA 4DSQA 1V57A 6GSSA 5HFIA 3Q18A 4D73B 5E4WA 5G5EA 1ERWA 2LJAA 3EURA 2FWHA 3L9VA 2RM5A 1OC3A 3GURA 2L4CA 4O5RA 1F37A 4V2LA 3LQ7A 2HFDA 5HQPA 2IJYA 4BWSA 4YAPA 3DD3A 2P31A 2HRNA 4K2DA 4K1FA 12GSA 4MJAA 4QQ7A 5ECHB 3ERWA 3WD6A 5J3RA 4ZBBA 1GRXA 4D73A 5B8BA 4N30A 3KP8A 1V40A 2Z9SA 4G2EA 1YQ1A 2CVKA 2XC2A 3GX8A 1KTEA 1XCCA 1EGOA 4MF7A 2H0HA 4L8EA 1EV9A 3IV4A 5CAXA 1A24A 1PRXA 4WBJA 5IO0A 4IS0A 3UL3A 2C80A 3TRXA 2H75A 2GTUA 1GSQA 4HS1A 3KP9A 2E0QA 3ED3A 1XOAA 3LORA 5ECPB 4O32A 1X5DA 3U5RE 2R4VA 2P5RA 4HOJA 3FR3A 5DJMA 2G2QA 4TXVA 2PERA 5IMDA 3SBCA 1MDIA 5DCGA 2M80A 1ILOA 4WF5A 3LFLA 3ERGA 3H4KA 1ERVA 4POMA 5IPGA 1X0RA 1EWXA 3D21A 4Z7XA 2KP1A 2GVPA 4MPGA 1XOBA 3NOFA 4E8EA 3F9UA 4GSNA 3DKSA 2P5QA 4GF0A 1WMJA 2V2GA 4XS1A 5IOXA 3FR6A 4FIWA 2H6XA 1A0FA 1NM3A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite