1MDKA

High resolution solution nmr structure of mixed disulfide intermediate between human thioredoxin (c35a, c62a, c69a, c73a) mutant and a 13 residue peptide comprising its target site in human nfkb (residues 56-68 of the p50 subunit of nfkb)
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
b'MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPAKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDAQDVASEAEVKATPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution structure of human thioredoxin in a mixed disulfide intermediate complex with its target peptide from the transcription factor NF kappa B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
source organism Homo sapiens
molecule tags Complex (electron transport/peptide)
total genus 21
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1mdkA00
2CVBA 6GSWA 5H5RA 9GSSA 2H6YA 1VF4A 2V2GA 3KM6A 2FWEA 4ILFA 2IN3A 5A5KA 4D73B 3VI5A 4V1Ag 5B8AA 1JZWA 4OD7A 4X0XA 3UBKA 5DCGA 4MJBA 4TR1A 5B7CA 2KP2A 4MJCA 5ECSA 3WGXA 3UVHA 1GSDA 2HRNA 4V1Ap 2DIYA 5ECHB 1KBNA 2HRFA 3UOMA 4YAPA 2MZCA 4D73A 2M72A 5JCGA 1XWAA 3GYKA 2MBTA 1PRXA 3CBUA 4TKYA 4ECIA 5ECOB 4IHUA 14GSA 2IMFA 5J9BA 2YJ7A 4FIWA 1BQ7A 3QDNA 3I43A 1AAZA 2KHPA 5HR0A 2GSRA 2E0QA 3G7YA 1A24A 3F8UA 2YZUA 2H6ZA 4JBBA 5JWOB 5IMCA 3HDCA 2V41A 3C8EA 4EC0A 1V9WA 4BWQA 3FR3A 3DXBA 2FA8A 1J0FA 4NAXA 3F6DA 2LRTA 1AXDA 1WOUA 4O92A 5AISA 2YWMA 2B5EA 4XS6A 3GH6A 3ZIJA 2IJYA 5ECMB 3DGQA 1M2DA 1TU7A 3LG6A 2PGTA 1LBKA 3FZAA 4KH7A 1XVWA 2B5XA 1R7HA 17GSA 5J9CA 1E2YA 2X8HA 2R5GA 3TKRA 3FR9A 3G7IA 3DYRA 3FZ5A 1QGVA 4K0NA 2YWNA 1PA3A 2PBJA 4CW9A 4HQSA 5JCUA 2VL9A 4NPBA 4EKZA 1T4YA 3TKPA 1SD8A 2E2MA 2H19A 1LU4A 5COHA 3DVXA 3A5WA 5ID2B 3GKKA 3TOTA 4F0BA 1ZCPA 3BJ5A 1EWXA 1HNBA 1O8XA 1MTCA 5HR2A 1GNEA 4IBPA 1G0TA 3J7Yk 1EOHA 3GHAA 2OA7A 1GSEA 2HSYA 4MPGA 3KTBA 4PQIA 1PSQA 5G2ZA 5EY6A 3F3RA 3D22A 5HFIA 1K3OA 1TU8A 4HEA2 3FHKA 5IPHA 4EXJA 3WD6A 1RK4A 3GKMA 2DIZA 4QQ7A 2G2QA 1QXHA 2HXKA 3L9SA 1EEMA 2MMAA 1U87A 2AHEA 2YANA 4XRDA 1ACVA 2VCQA 3ZFBA 1X9WB 1GLPA 2CVKA 4JEDA 4NV5A 2FY6A 4P3YB 4BWSA 1SK0A 1F37A 3QR6A 3MWHA 2E2GA 4F9ZA 4KX4A 4MA9A 4WF4A 4WETA 1SKSB 3P7XA 3TB2A 1IYHA 3HY2A 3KGKA 2N5FA 4MK3A 1K3LA 1K0BA 2YNXA 1YZXA 20GSA 5CREA 5ENUA 2F9SA 2DLXA 2AYTA 3E9JB 3LYKA 2KLXA 1H4OA 5CO3A 3EURA 2HNLA 1GTBA 3D4MA 3ZMLA 4YQMA 5DAKB 3DMLA 22GSA 1GTIA 2H0IA 4TR0A 4WKWA 3VWVA 2TIRA 2LUSA 4N0VA 1X5DA 4XHMA 3GSTA 1EEJA 4GQCA 2WDUA 5DAKA 3GN3A 4IP1A 1ON4A 1TK8B 3N5OA 1UVZA 1PL1A 4X43A 4MZWA 5IMVA 4G9HA 3VI7A 1Y6EA 4O7HA 5B6MA 1Z5YE 5GSTA 1NSWA 4PGTA 3Q74A 2C1YA 1S3CA 4IW9A 4MP4A 5KEJA 3QPMA 1SENA 2VCWA 4IGJA 1A2JA 2NDOA 3UMAA 4IELA 3A2WA 4OCFA 2GVPA 1O8WA 5DQSA 5IMZA 4JR6A 2LQOA 3EMXA 4ML1A 3BOAA 2DMLA 2K8VA 3NIVA 4MJAA 1ST9A 3FY7A 3I9V2 2PPTA 1GSUA 3ZITA 3F6FA 2LRNA 1K0AA 4DVCA 3LXZA 3L0HA 3M8NA 2A2RA 2C4JA 2H8LA 1T4ZA 1MD4A 1YEXA 4NWYA 3UVTA 1T3BA 3D5JA 3VPTA 1TRVA 2AUVA 2VM1A 4FYCA 1MEKA 2D2ZA 3LJRA 3QD9A 1AW9A 3RHCA 1ZYEA 1K0CA 1TRUA 4I5QA 5ECPB 2AAWA 2L4CA 1OKTA 1GWCA 2GT6A 2N5BA 5B6NA 4MMMA 1XWCA 2DBCA 1XW5A 2VL2C 5CRDA 4KW6A 1XW6A 3L78A 3IV4A 3I69A 3RPPA 1K0MA 3HZ8A 3P8WA 4WF5A 2CX3A 1JHBA 5GZZB 1YDKA 4ZBDA 3CXGA 4RI6A 1EP7A 3CSIA 1WWJA 1EGOA 2VLTA 3ZIVA 4KDUA 3H4KA 1W4VA 3C1SA 3F63A 3PINA 2L6DA 3KZQA 4TXOB 1VF1A 1S3DA 3QAVA 1V2AA 5L71A 3VLNA 4RQXA 4L8EA 4MF5A 3O6TA 5AIVA 5D9TA 2H01A 3IDVA 3KXOA 1YF1A 1U3IA 4V2NA 2RUFA 4L5LA 1ERUA 2ZUPA 3HJPA 3RDWA 2CQ9A 2J23A 3IK7A 1F9MA 3C73A 2I9HA 4RUVA 5EVOA 3GX0A 1X0RA 4EVMA 4ZL9A 1RW1A 8GSSA 4OMVA 1OC9B 2FD3A 3A3TA 3PR8A 5G5FA 3Q19A 6GSXA 1J9BA 2O87A 2VLVA 3KD0A 1SJIA 1ZYQB 3KTLA 3ZTLA 1LJRA 3D4TA 2HLSA 2KUCA 3VPQA 1GH2A 4POKA 1FO5A 4JR4A 2ZCTA 3EYTA 3GUSA 1N2AA 3IBHA 5FT3A 3TOUA 4TXVA 1GTAA 4IQAA 1YEPA 1XBSA 6GSTA 4IJIA 4FYBA 4PQ1A 2F51A 4ZIJA 1X5EA 5FHIA 1AC1A 1QUWA 2LJKA 4YH2A 1NW2A 3FEUA 4HDEA 1O81A 1FVKA 4MF6A 5HR1A 5IMFA 3EU4A 2EC4A 3EMPA 2AJQB 1OC8A 4G2EA 3KMNA 6GSYA 1THXA 1XIYA 1YKCA 4WEYA 3A2VA 2H0GA 2FLSA 4H86A 5ECKB 3DD3A 2YP6A 1TRSA 3SBCA 2ON7A 1XXUA 2I1UA 1SKRB 3LSZA 2JZSA 3QOUA 3TJJA 4KCEA 1OKDA 1JLWA 1XW9A 3IOSA 1HNAA 1JFUA 2GQLA 3QFBC 3DKSA 3P90A 1TK0B 4ZL8A 1BJXA 4NXIA 2H1GA 3ISOA 1NHOA 1BYEA 3IPZA 5GSSA 3S9FA 2V1MA 4JU5A 2YV7A 4MZCA 1G7OA 2LV3A 2XBQA 1VRSD 5A4WA 4HZ2A 3UARA 4KSOA 1TKDB 2H71A 2GDRA 1WMJA 1AUCA 4IVFA 5G30A 4F0CA 2OACA 4HUAA 4G10A 3IHQA 2LRCA 2VO4A 5ECQB 3GL3A 2VOCA 2IFQA 3VK9A 2P0GA 5E4WA 4IQ1A 2GLRA 4GSSA 2VL2A 3U6VA 3BCKA 3HKRA 4DEJA 2L5LA 2LKUA 2GZZA 4GRFA 3BCIA 2IMKA 2OKAA 1GSYA 1PL2A 5IO2A 2GQMA 2OBIA 2OADA 2Z9SA 4K8MA 4K2DA 2YN1A 4LA1A 3LWAA 4BVXA 3P2AA 1TXXA 1YQ1A 10GSA 2PUKC 3Q18A 3LORA 4LLRA 2YWOA 3QAWA 4KAEA 2HI7A 2VAFA 3G9BA 5CRGA 3VWWA 2QGVA 3DEXA 2I3YA 4WXTA 1TI3A 3KIJA 1ML6A 4KB3A 4YQVA 2FGXA 5JWQB 2LSTA 3J7Yb 4BVYA 4Z7XA 2H1BA 4L0WA 3TKSA 1SYXA 2K6VA 1O85A 3GFKA 1WIKA 3F0IA 6GSSA 2B1KA 1XFLA 2XPDA 3F9UA 2WFCA 5HFKA 2F8AA 2WGRA 5C04A 5HQPA 3H1NA 1SYRA 1SK1A 2MBSA 1B9YC 2KOKA 2O8VB 3ZL5A 2V6OA 4KA0A 2IMIA 1PKZA 3CSHA 5J4UA 1OVNA 3KP8A 2JU5A 1M9BA 2K18A 1OE7A 1DBYA 3UEMA 4MABA 3TRQA 2JACA 1I5GA 2PWJA 4OO5A 4ZBBA 3MSZA 1Z6MA 4L0UA 4TN8A 2QSIA 2OJLA 2DJJA 2VCXA 1MDIA 3TJGA 3K8NA 2GTUA 4E8EA 7GSSA 1UA5A 4HU7A 2DJ2A 1Z3EA 4LL4B 5GAND 1GSSA 2QKEA 2HYXA 4ZXGA 1A0RP 3GMFA 2H1AA 2VCZA 1GP1A 3GURA 1XZOA 2B5YA 3LQ7A 5DDLA 4EE0A 4MJEA 3KEBA 4X1UA 5CAXA 3TDGA 2JADA 3HD5A 2IMDA 2P5RA 5IQYA 1HD2A 1BG5A 1IYIA 4JE1A 4PURA 3W6GA 4EDZA 2EIOA 5A4VA 2BJXA 2XHFA 4AF2A 3KJYA 1TDIA 4POMA 4DSSB 4OO4A 4POLA 5F07A 3APQA 2ON5A 3DVWA 1Y25A 3CSJA 1NM3A 1K0NA 3UIWA 4EUYA 1PGTA 4E8HA 3IAM2 3W8JA 3RHBA 2C3QA 2L59A 3QMXA 2R3XA 1M7TA 1PD21 2FWFA 2OE0A 1EP8A 1FG4A 1XCCA 3IA1A 1G6YA 4DSSA 1V40A 5HFGA 3HVVA 3ERFA 5INYA 3M9KA 1Z7RA 3CMIA 1K3YA 2X8GA 2B1LA 4KE3A 3GKXA 2MMNA 1ZGNA 1R4WA 2PMTA 2ZNMA 1EV9A 2H70A 2ALBA 5D8IA 5HR3A 4GWRA 3D6IA 1B4QA 2FCHA 6GSVA 1ZL9A 3C1RA 1T00A 3DIEA 2OE3A 2YJHA 1THOA 2WZ9A 3H8QA 5J5NA 4FYUA 1TW9A 3FW2A 4MPFA 1TK5B 1FB6A 4WR5A 4N10A 2X99A 5D9VA 1ERWA 1GL8A 4K1FA 5KN1A 4AJ7A 3R2QA 3VWXA 5ELAA 3PGTA 16GSA 4G19A 1WRYA 3F4RA 4TRXA 3IE3A 2P5QA 3V1WA 3HVSA 4IJ3A 4CHSA 2WRTA 3U5RE 1BAYA 1GRXA 3TUEA 2B7JA 1W89A 3EE2A 5IM9A 4O5RA 3EC3A 4HI7A 1GUKA 3F4SA 2GSSA 4HJ2A 4YAVA 1M99A 2N5AA 3FKFA 5ECNB 4POBA 5D73A 3VWUA 1H75A 1B4PA 2GZYA 4JZQA 1AQXA 5LNKe 1F3AA 3APOA 3HVXA 2PVQA 1R26A 4NHWA 4HU9A 3L4NA 1YY7A 1GNWA 2JSYA 4K9ZA 3MNGA 3HHVA 5JWRB 3ZVJD 3QCPA 4EL1A 2FWGA 1OC3A 1X9SB 3HYPA 1SK2A 1FB0A 1CQGA 3TKSE 1X5CA 2PVOC 4XS4A 2GSTA 3OR5A 1SL0B 4KCAA 1XWKA 2YWIA 4ZB6A 1YJ6A 5IO0A 6GSUA 3CTGA 2X64A 4RI7A 4XRAA 5EPFA 2YZHA 3LYPA 1HYUA 1JZDA 2I81A 4AJ8A 3ME7A 2A2SA 4MZBA 1XOAA 4GSNA 1FOVA 4AJ6A 5CP1A 1XPVA 2CAIA 2HSHA 2VCTA 2LEGA 5DVBA 1URMA 2L5OA 4K0GA 3IAS2 2C0GA 2HT9A 5CYYA 3WGEA 4I6XA 2RLIA 2RM5A 3ED3A 3APSA 4EF0A 4ULXA 2G0FA 3GIXA 4XS1A 3KP9A 3CYNA 3I6AA 1QMVA 1ABAA 3MDKA 1GTUA 4Q5NA 4PUAA 3C71A 1GSFA 4LMVA 3L9VA 2MMZA 1CQHA 1JZRA 3ERWA 1PMTA 3TJKA 4AGSA 3FRCA 2WJUA 1SKWB 1R5PA 1Z6NA 4TR4A 5IPGA 3GX8A 4ZILA 1EOGA 2DJ1A 2H74A 2B6MA 1Q98A 1U3AA 2C0DA 2RM6A 3F4TA 5DQYA 4I2UA 5GAPD 2LJAA 2DJ0A 1A8YA 3CRUA 4ECBA 4KNDA 4J57E 3G7JA 3HJMA 2P31A 1PKWA 2WCIA 3GKNA 1DUGA 1M2BA 2PN8A 3GNJA 1A8LA 2VD0A 1SJ6A 4FO5A 3ZFLA 3WYWA 2O7KA 2XPEA 1Q4JA 4DSQA 2IFQB 3EINA 3UAPA 2O89A 3GTUA 5D96A 3QAGA 2HFDA 5F05A 1VF3A 4F03A 2WS2A 4N30A 4PNGA 4WBRD 4NMUA 1K0DA 4GQFA 4HOJA 3JCML 1V58A 2C3TA 5D93A 5D9XA 5F8BA 2KP1A 1C72A 3EU3A 4MCUA 4MH2A 3GV1A 4YQUA 1B9XC 1XVQA 4QL7A 4ZBAA 2TRXA 2XBIA 4TW5A 1T7PB 4PX1A 2LQQA 1I9DA 3IR4A 2R37A 3IXRA 1SL1B 4KDXA 1V57A 3TGZA 1WPIA 2YOIA 2MYGA 3FZ4A 3GSSA 2FA4A 5DCHA 4PNFA 1M2AA 4OFMA 4V2LA 4OFTA 2JL4A 3Q6OA 2GT5A 3H79A 1N8JA 1UN2A 3BD2A 4N11A 3F3QA 3KH7A 2CX4A 4TVEA 1K0OA 1NHYA 4J56E 3NZNA 5KN0A 2FHEA 2HZEB 4F82A 3LEFA 1PQNA 2LS5A 2WULA 1V98A 1U6TA 3KMOA 3ZREA 1GUHA 3UBLA 5ECLB 2AV4A 2C0EA 1T8EB 1O73A 1Z7PA 2GSQA 4HS1A 1O7UA 2HZEA 4HZ4A 5IOWA 3D21A 1G6WA 5EL8A 2OE1A 3H93A 4GTUA 4KSMA 2IPAA 1F3BA 2H30A 3TKQA 4J2FA 1U88A 3GA4A 3VFIA 1SL2B 2E7PA 4GF0A 2M80A 3W8SA 5ABRA 3GL5A 1HNCA 13GSA 4XTSA 2CAQA 3C7MA 1F2EA 1F6MC 1TJDA 11GSA 1TOFA 4HQZA 1A0FA 4IP6A 5C00A 4PQHA 4WBJA 4IKHA 4GXZA 4N0ZA 2GZPA 3US3A 4XCSA 1YKAA 1PX6A 5ID2A 2IL3A 1UC7A 5B8BA 2IMEA 2H66A 3HA9A 5KN3A 2MMOA 3TRPA 2GQKA 3O3TA 1M9AA 4QL9A 5ELGA 4OCEA 2HZFA 2V6KA 3D0ZA 5DJMA 2WB9A 2GGTA 1MD3A 3TRXA 4DSRA 2VCVA 4K6XA 5IMAA 5DALB 1EV4A 3N9JA 1OAZA 4KUNA 4OWYA 5IOXA 2DC5A 3GRXA 5IMDA 1USBA 1GULA 2VD1A 3RPNA 1WP0A 5DBQA 2VLUA 5LCZA 2VUPA 5CNWA 4WR4A 5G5EA 5DALA 4EO3A 5G1KA 2C80A 1RQMA 2K8SA 3LXTA 3WT1A 1A2LA 3LGCA 5G31A 1KTEA 2R2JA 1SJZA 2H72A 2NPBA 5H5SA 4TOPA 1A2MA 5AN1A 5FWGA 1M0UA 2LNTA 1DE1A 1TP9A 3DRNA 2NTOA 1JLVA 4LMWA 1T1VA 4NHZA 3WT2A 1ZMAA 2K9FA 2AB6A 3LFLA 2F8FA 2YCDA 4ZB8A 2NBSA 1GSQA 2IIYA 1AQVA 1FVJA 5D9WA 5J41A 5AGYA 4V2MA 1EZKA 2VIMA 1X9MB 1VGLA 3PH9A 4GCIA 2DJ3A 2DSAA 4I8BA 12GSA 5H5QA 1O6JA 1B48A 1ERTA 3TCOA 2H6XA 3HXSA 1R5AA 2TRCP 1YF0A 1WE0A 5A4UA 4KGIA 3HZ4A 1DE2A 3FZ9A 3E3EA 1OE8A 3UJ1A 5AIXA 3AY8A 4PXOA 4BA7A 4ACSA 1QFNA 4F2IA 4GLTA 1BX9A 3CRTA 1PX7A 4HJMA 2R6KA 5G1LA 2YPMA 1PN9A 2LNSA 2X8CA 5IIZA 3UL3A 3E0UA 1B8XA 2R4VA 2RUEA 3GH9A 3ZLPA 4MLYA 2H73A 2DJKA 2REMA 4ISDA 4ID0A 2H1DA 1GUMA 2C8UA 4BL7A 2PERA 2J9HA 2GS3A 3NOFA 2XC2A 1BEDA 1KNGA 2DMMA 2O85A 2A4VA 2ES7A 2VL3A 2BMXA 3VURA 4GSTA 3BBYA 4CDOA 5ECIB 3ZRDA 4MH3A 3IRAA 2FNOA 1SD9A 1QK8A 4K7IA 3A2XA 3MAKA 3QFAC 4LL1B 4JRRA 4FH8A 1FW1A 2JZTA 5DJLA 2FWHA 3EWLA 3ZVJA 4PUFC 3ZZXA 4Q5QA 2OBKA 1A23A 4Q5RA 3ZYWA 3ZMKA 2JSZA 2PU9C 2B3SA 2H76A 2C0FA 4ZL7A 1ILOA 4O32A 2CVDA 2HE3A 2VM2A 4NV2A 5E59A 1S3AA 5KN2A 2CA8A 3FK8A 1MDKA 4XS4B 1XOBA 2LTKA 1HQOA 1XWGA 3TJBA 2RIIA 1OYJA 1EGRA 4ML6A 5F06A 2I4AA 4Q5FA 1AIUA 3M0FA 4I97A 3WGDA 2C3NA 3HJOA 4RQRA 4TR3A 2IWTA 5CRHA 3HCZA 4ZB9A 3TJFA 1E6BA 1MDJA 1SU9A 1XWBA 1ERVA 3DWVA 3L9UA 2EIRA 3TKSC 1TTZA 4TXOA 2CT6A 5LD0A 5ECRB 3ME8A 5CRWA 4BPYA 2H0HA 2L4QA 1GLQA 2EIQA 3IC4A 5F0GA 3ERGA 5J3RA 3RAZA 3RBTA 2B7KA 1WJKA 5JCWA 1FHEA 3CTFA 1Z9HA 2CZ2A 1G7EA 2V32A 2L57A 4ECCA 3SWLA 4IS0A 1OC9A 4K7NA 4IN0A 2CV4A 4KDYA 1FAAA 1QQ2A 3FYGA 2JZRA 4L5OA 1KEBA 1ZZYA 2FUG2 2NVLA 3KH9A 4I2TA 1J08A 3M1GA 4K7OA 2F3MA 2LJRA 4XIHA 1ZOFA 3M3MA 3EVIA 1TI1A 2M46A 2YV9A 2CZ3A 4ECJA 1TRWA 18GSA 4EDYA 3IK9A 3KCMA 2BTOT 1JZOA 1VF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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