1MDKA

High resolution solution nmr structure of mixed disulfide intermediate between human thioredoxin (c35a, c62a, c69a, c73a) mutant and a 13 residue peptide comprising its target site in human nfkb (residues 56-68 of the p50 subunit of nfkb)
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPAKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDAQDVASEAEVKATPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Complex (electron transport/peptide)
source organism Homo sapiens
publication title Solution structure of human thioredoxin in a mixed disulfide intermediate complex with its target peptide from the transcription factor NF kappa B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 21
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1mdkA00
3H93A 5CNWA 2GVPA 1ACVA 2PUKC 2HYXA 2X64A 1B9XC 1XXUA 1W4VA 4Q5NA 2YV9A 3FZ5A 5KN0A 3TJFA 5EY6A 2E7PA 4KDUA 3E3EA 2O85A 20GSA 5KEJA 1SK0A 2YZUA 3EURA 2K6VA 3QCPA 4K8MA 4V2MA 2GS3A 1GRXA 2GSRA 2VLUA 5B8AA 1JHBA 3TGZA 1F6MC 1KTEA 3TJKA 1AQXA 2WDUA 1KBNA 2OE1A 3IOSA 5G2ZA 1PMTA 1EWXA 4J56E 4O92A 5IO2A 2LS5A 3D0ZA 1GSDA 3ZMLA 1I9DA 2IPAA 2P5QA 1LU4A 1ERWA 1HQOA 1UA5A 3G7JA 3C1SA 1M9AA 4XS4B 4ACSA 5ECIB 4EXJA 2LQOA 2IFQA 1GULA 4AJ8A 1Z7RA 2K8VA 1XBSA 2ZCTA 1OKTA 2YZHA 2LRNA 3TOTA 4BA7A 5ECSA 4G2EA 3TRPA 1HD2A 1JLWA 4KUNA 1X5EA 5DBQA 4DSSA 3US3A 3ZREA 3D5JA 2C0GA 4YAVA 3VURA 2B7JA 2TRXA 5C04A 1FW1A 2M46A 2DJJA 2L59A 3GKMA 1TK8B 3N5OA 5ECOB 3TKRA 14GSA 1A0RP 22GSA 2V6KA 2V2GA 1R26A 5D9VA 3G7IA 1V58A 3LG6A 5B7CA 1PD21 3G7YA 3M1GA 1MTCA 1TJDA 3GMFA 5FT3A 5IMZA 2IMEA 1A2JA 4PURA 5G5EA 5ID2A 5ECKB 3GN3A 5J41A 1F9MA 2IMKA 3KM6A 3PINA 1HNAA 4DVCA 1SYXA 2E2MA 2VL2A 3WT2A 4KSOA 2GSTA 2OA7A 4MK3A 1TK5B 3QMXA 1AW9A 2LKUA 4ZB9A 4K0GA 4OCEA 2TRCP 4POLA 3CTFA 2L5LA 1A23A 2Z9SA 1CQGA 1UVZA 1YKCA 4HJMA 5J3RA 2VCWA 3M9JA 3GSSA 4JE1A 4LA1A 1ERUA 1ERTA 2QC7A 3QFBC 4MZCA 1A0FA 1URMA 2CX4A 2AJQB 3FW2A 2YPMA 4X1UA 4OFNA 4GTUA 4PNGA 1GH2A 1V57A 4XS1A 3WT1A 4MJBA 3CTGA 5H5RA 2H72A 2NVLA 5HR0A 4WKWA 4IW9A 1SJ6A 2O7KA 1TI1A 4V2LA 3A2VA 1GSYA 4IELA 3L9VA 5F8BA 4ZL9A 3EC3A 3P2AA 4ZIJA 4MMMA 3RPNA 2BMXA 4PQHA 1AQWA 1MD4A 3CMIA 3GYKA 10GSA 1YQ1A 3F6FA 2YJHA 1NW2A 1HNBA 2R6KA 2PVQA 1JFUA 3TKPA 5HR3A 1QMVA 1GSEA 1QK8A 1TRSA 4IKHA 1OC3A 2H76A 1VF3A 2VAFA 1C72A 2LJAA 5G31A 5DVBA 3KEBA 3DMLA 5EPFA 5CRGA 2IN3A 5AIVA 4WR4A 5CRDA 2VM1A 4EDZA 3GNJA 1PRXA 3L9SA 2LTKA 1AXDA 4MH3A 4XCSA 4MH2A 4K7NA 1YZXA 1ABAA 3I69A 2XBQA 1EEJA 1YEXA 4E8HA 5LCZA 2VCVA 2XPEA 4QQ7A 5EVOA 1FB6A 2B3SA 4I2TA 1QFNA 2GSSA 4XS4A 3MDKA 1B4QA 1BJXA 3HVVA 4EVMA 4ZL8A 1NM3A 3FY7A 4JEDA 1M7TA 5IPHA 2YWMA 4XRAA 1ON4A 4WF5A 1B9YC 1MDKA 2LV3A 1GNEA 1AIUA 2LNSA 5IMCA 4IJ3A 2LNTA 1FOVA 1G7OA 3IK7A 3Q6OA 1X5DA 1K0DA 1TTZA 3BJ5A 1KNGA 3TOUA 4HEA2 4EKZA 2A2SA 3DGQA 2CV4A 4CW9A 4POKA 4RI6A 4HS1A 3ZFBA 4GSTA 2ES7A 2DIZA 2RUFA 1M2DA 4POMA 1V40A 1SL2B 3AY8A 4ZB6A 1R5AA 1AC1A 8GSSA 2CZ3A 2L5OA 3HCZA 3QAVA 2H19A 1GTIA 4TVEA 2AV4A 1Z7PA 4F2IA 2VD1A 1PSQA 3EU4A 2RLIA 3FR9A 2EIOA 5JWQB 4LL1B 3CXGA 1TW9A 1ST9A 1SL1B 4MJAA 3W8SA 1IYHA 2K18A 1X9WB 4FO5A 3TJBA 2RUEA 4G9HA 2H75A 3LORA 3Q19A 4TW5A 3R2QA 2F8FA 2DJ1A 3LEFA 5JCGA 2ZNMA 2IWTA 4NMUA 5HFGA 3UL3A 2PERA 3UBKA 4NV2A 5HFKA 2DJ2A 4KX4A 3TB2A 2F3MA 2HRNA 4TRXA 2BTOT 3GH9A 4TXOB 1NHYA 6GSSA 4TR3A 19GSA 4LMVA 2CT6A 4KCAA 3WYWA 1Z5YE 3HZ4A 2AAWA 1G7EA 2O87A 4IQ1A 5ENUA 1FB0A 2MMNA 2FY6A 2OBIA 1SK1A 1K0NA 4IS0A 1AAZA 1SK2A 1Y25A 2K8SA 2FA4A 1B48A 6GSXA 1SKRB 3VI5A 3KGKA 1SYRA 1U3AA 1XVQA 3ZZXA 2B5YA 1XWGA 2YOIA 3EWLA 3DXBA 4ECJA 5HQPA 2HE3A 1JZRA 3HA9A 2H71A 2EIQA 1TU7A 3KIJA 2VLTA 1WJKA 1LJRA 3SWLA 1PL2A 5JWOB 2CVKA 3BBYA 1ZYQB 1FAAA 4V1Ag 2F9SA 1XWAA 2NPBA 2H1GA 2KHPA 5A5KA 1O85A 4KCEA 4XRDA 1IYIA 2E0QA 3HDCA 1MD3A 2H6XA 2V6OA 4ULXA 2YWNA 4X0XA 3TKSC 4JBBA 4ILFA 2PPTA 2WZ9A 2GZZA 3WGDA 3ISOA 3O6TA 3H79A 3VWVA 3UMAA 1V2AA 4AF2A 2GGTA 1TKDB 4WBJA 1JZDA 2XBIA 3EMXA 1UC7A 2DMMA 2IMDA 4ZBBA 5IPGA 2J9HA 2I3YA 4ZXGA 2FNOA 1THXA 1GWCA 4JU5A 2R2JA 2WJUA 4I97A 2WFCA 5IMFA 2P5RA 1A24A 2PN8A 1M0UA 4OWYA 2FHEA 3QR6A 3I9V2 4GQFA 3GRXA 2KUCA 1OVNA 3L4NA 3W6GA 2DJKA 4LL4B 2NTOA 1T8EB 1Z6MA 5F05A 2VCTA 3ZFLA 4OFMA 4BL7A 3KMNA 3TUEA 2O8VB 1R7HA 2H0IA 16GSA 1G6WA 3A2WA 2B5XA 1WRYA 1F3BA 4PQIA 1X0RA 3QPMA 4O32A 4AJ7A 4K6XA 1THOA 1E2YA 3F3QA 3F9UA 1XOAA 3APSA 3KMOA 1GUMA 2CA8A 3P90A 4L8EA 1WPIA 1NSWA 3GTUB 3KP8A 2B7KA 3GX0A 1XW9A 1B8XA 1ZZYA 5GAND 1K0BA 2ON7A 3EE2A 5COHA 5JWRB 2C3NA 4BWQA 3F0IA 4N10A 2C4JA 4KSMA 3JCML 2G2QA 3ZTLA 1BYEA 3IC4A 1ZOFA 2PWJA 3NIVA 2L6CA 5ECRB 3UEMA 1A2MA 4V1Ap 5GAPD 1Y6EA 2HZFA 3GV1A 3ZYWA 1K0AA 4DSRA 5FWGA 2XHFA 1SKSB 2DJ3A 3RHCA 3O76A 4ML6A 3QDNA 6GSVA 2MBTA 4TXOA 1QXHA 4ZL7A 4LMWA 2WGRA 4IP1A 3GL5A 1OE7A 4HZ2A 3ERGA 1QGVA 6GSWA 1K3YA 3G9BA 5IO0A 1DUGA 4XS6A 3QD9A 5D93A 1GSSA 1OAZA 3P7XA 5AIXA 3APQA 2H0HA 1EEMA 1TP9A 3H1NA 4ZB8A 4WBRD 3BCIA 6GSYA 3FRCA 2HXKA 2DSAA 1J08A 5IMAA 1XCCA 1BG5A 1V98A 2WCIA 2JADA 2H6ZA 3IE3A 3Q74A 1GNWA 1UN2A 3GUSA 3VFIA 5D73A 1GSUA 3RDWA 3TDGA 3RHBA 1NHOA 2FUG2 1DE1A 3F6DA 3P8WA 4Q5QA 4GQCA 1ZGNA 1USBA 4MPFA 5CP1A 2H6YA 2VM2A 4TXVA 2M72A 4MDCA 1PKWA 3ZLPA 4WR5A 3ZITA 1SJZA 3GX8A 2HZEA 2A2RA 3HXSA 2LQQA 5H5SA 2C3TA 1XPVA 2ALBA 1O73A 2IL3A 5G30A 4NAXA 3HVSA 5KN1A 4MLYA 5CRHA 2JSYA 5DALA 1GTAA 2LJKA 5ELAA 1GP1A 2AUVA 4PGTA 4X43A 3ZL5A 4K7IA 1RK4A 1VRSD 4PUAA 4V2NA 1EOGA 1FVJA 4I5QA 3RAZA 4TR0A 4BWSA 5KN2A 4MCUA 2M80A 3UBLA 2H73A 4D73A 3E0UA 3C7MA 5CO3A 3F63A 3EMPA 3OR5A 4NV5A 3QAGA 2DBCA 5D9XA 3GFKA 2KLXA 1ILOA 4KAEA 3UARA 4ID0A 2EC4A 4MABA 2YCDA 2REMA 4RQXA 2IJYA 2DC5A 3NZNA 5ECLB 1WE0A 1EP8A 5DQSA 2JL4A 2FLSA 1A2LA 4EE0A 3KP9A 5DJLA 2NDOA 2VUPA 1B4PA 4GXZA 4BVYA 2RM6A 2YP6A 4JRRA 2GQLA 1GUKA 3D21A 1Q4JA 3KCMA 3MAKA 5L71A 3IAM2 3S9FA 1FVKA 4TN8A 4EF0A 2HFDA 2TIRA 2ZUPA 4HU7A 2H66A 4HZ4A 3GTUA 1OC9B 2YN1A 4DEJA 3DYRA 4G10A 1S3CA 1XZOA 3HJPA 2PMTA 1TRWA 2YWIA 4FYBA 3UVHA 2MMAA 1EP7A 3CSIA 6GSUA 2VCQA 3WGEA 3D6IA 3D4MA 1I5GA 3IRAA 3WD6A 3GHAA 5HR1A 4YQUA 3LJRA 1GLPA 1YKAA 2H8LA 4TKYA 3GKXA 1QUWA 2LJRA 4H86A 3DVWA 4F9ZA 1T1VA 2H1BA 1RW1A 2C1YA 2L6DA 1YF0A 3EU3A 4K1FA 3DRNA 1GTUA 2XPDA 2IIYA 9GSSA 1ZL9A 5F0GA 3VI7A 2R5GA 1HYUA 1OC8A 4F03A 3QFAC 4F0CA 4RUVA 4EO3A 4OMVA 4RQRA 2X8CA 5EL8A 4MZBA 2I81A 4NXIA 2HLSA 2OJLA 2H01A 1O8WA 5KN3A 3I6AA 2PU9C 4TR4A 1J9BA 1GTBA 2OE0A 1A8YA 2I9HA 3VPTA 1PQNA 1SENA 2RM5A 4NHWA 1Z3EA 1O6JA 4N0ZA 5CAXA 1T3BA 4EUYA 2LRCA 2OBKA 2VCXA 1O81A 5JCWA 3KJYA 5LD0A 2GTUA 3C1RA 3DKSA 5B8BA 1VF2A 4POBA 2N5FA 3W8JA 2XC2A 4EL1A 1E6BA 4F82A 1TRVA 2YNXA 2R37A 2FD3A 4MP4A 1VF4A 4GSNA 3ZIJA 2K9FA 2OE3A 2I4AA 1O7UA 4ECBA 1OKDA 3FZ4A 3FR3A 4HQZA 2VL2C 3H4KA 2R4VA 4HDEA 1ZMAA 5LNKe 2KP2A 1ML6A 1XWCA 3PGTA 4OFTA 4HUAA 2QSIA 1F37A 2DIYA 2FWGA 2FCHA 1SKWB 4I6XA 4IBPA 4NHZA 3DVXA 4KDYA 2BJXA 1PKZA 4GSSA 2I1UA 4KH7A 3GKKA 2H0GA 1PN9A 1GSQA 4FH8A 3QAWA 4N30A 1YJ6A 2H70A 2QGVA 3CSJA 3F3RA 2HZEB 3N9JA 2YV7A 3BD2A 2PBJA 4CDOA 4AGSA 1AUCA 2H74A 1XOBA 4ZILA 1LBKA 1TK0B 3KTLA 3IAS2 5DALB 1T4ZA 4JR6A 4KDXA 2JACA 3ZMKA 3GL3A 5ECMB 2C8UA 4BPYA 1S3DA 2JZSA 2AB6A 4E8EA 2H1DA 2FGXA 1K3LA 4JR4A 1G0TA 4KE3A 5G5FA 5H5QA 5IIZA 2YANA 4D73B 3IDVA 2VCZA 2B1LA 4JZQA 3IV4A 1T4YA 2GT6A 2CQ9A 1ZCPA 1JLVA 3I43A 2MBSA 4P3YB 4GRFA 2V32A 3KD0A 5DQYA 1U88A 5J9BA 3TCOA 1OC9A 3A3TA 2NBSA 5DJMA 1SJIA 3IPZA 4FYUA 2KOKA 3LYPA 3IA1A 4YQMA 5IOWA 1OE8A 1BQ7A 5J9CA 2WB9A 3MSZA 5A4UA 3K8NA 3KH9A 3HY2A 5CYYA 3DD3A 3HJMA 4GLTA 2LRTA 2LSTA 1FHEA 4WF4A 5IM9A 1SU9A 3TRXA 5B6NA 1BEDA 1BAYA 2CAIA 3RPPA 3L0HA 4ISDA 3LYKA 1M99A 3TKSE 1R5PA 2DJ0A 1H4OA 1SD8A 1HNCA 1T00A 3H8QA 3TJJA 2CZ2A 2N5BA 3CYNA 2L57A 2HI7A 5E59A 3TKQA 5IMDA 1YF1A 2H1AA 2P31A 3HZ8A 4O5RA 1XW6A 4K9ZA 1BX9A 1WMJA 1U6TA 1YY7A 4GWRA 5ECQB 2HRFA 2GSQA 5ECPB 2G0FA 4WEYA 5FHIA 3NOFA 4Q5FA 3IHQA 4L0UA 5AN1A 4KW6A 4OO5A 3J7Yk 2X8HA 2C0DA 1EZKA 3IK9A 1MDIA 3LXTA 2V1MA 4OO4A 5CRWA 5INYA 4TOPA 3D22A 3KTBA 2VOCA 2JU5A 3FHKA 3FKFA 3FZAA 5C00A 5GSSA 4EC0A 4WXTA 1QQ2A 1H75A 1U3IA 5IOXA 4L5OA 1Z6NA 5DAKB 4BVXA 5ECHB 4MF5A 1PX7A 1TXXA 5D8IA 3UOMA 1YDKA 1JZOA 3LGCA 2CVBA 4ML1A 4YQVA 2JZRA 3VK9A 2PVOC 3ME8A 3CSHA 3ZRDA 3HJOA 3ME7A 5AISA 5JCUA 2IMIA 1F2EA 4ZBDA 1Q98A 1YEPA 3IR4A 2VIMA 5ECNB 2HSYA 1R4WA 2C80A 4MF6A 4HOJA 1GSFA 2MMOA 1XIYA 4MA9A 4ECIA 3D4TA 3LQ7A 2C0EA 4Q5RA 3FEUA 5HFIA 2GDRA 4MPGA 2YJ7A 5DCHA 3VWXA 3ZVJA 3KH7A 4TR1B 1JZWA 3GIXA 2D2ZA 3TKSA 1GUHA 2R3XA 4XHMA 5G1KA 1W89A 4MJEA 1XWKA 2HT9A 2MZCA 4AJ6A 3ZIVA 2FWEA 1VGLA 3LXZA 4J57E 2WS2A 4K2DA 1O8XA 2X8GA 1M9BA 4HU9A 3KZQA 1ZYEA 3UVTA 2IMFA 2B5EA 1MEKA 11GSA 3U5RE 4IP6A 4OD7A 5DDLA 1DE2A 4IGJA 3EINA 2CAQA 12GSA 1TRUA 5D9TA 5GSTA 4NPBA 3RBTA 2N5AA 1PX6A 3EVIA 3PH9A 4L0WA 3IBHA 2JZTA 4HQSA 2YWOA 4XTSA 1WP0A 3TRQA 4PX1A 5D96A 4MJCA 3WGXA 4KNDA 1SL0B 4KA0A 1J0FA 2GZPA 5F06A 4IQAA 4ECCA 2VO4A 4I2UA 1WIKA 4HI7A 5A4VA 4LLRA 3CRTA 3F8UA 5D9WA 2WRTA 1K0CA 2HNLA 1DSBA 4F0BA 5ABRA 3KXOA 1K0OA 2A4VA 1G6YA 1ERVA 4RI7A 3BCKA 1WOUA 1TU8A 1DBYA 1PA3A 1PL1A 3FK8A 4WETA 3HKRA 2O89A 3GURA 1XFLA 3CBUA 2MYGA 3L9UA 3APOA 3U6VA 3FZ9A 4KB3A 2WULA 1A8LA 3HHVA 3M0FA 4GCIA 3LFLA 3LWAA 4PQ1A 1S3AA 2MMZA 2F8AA 4CHSA 18GSA 4OCFA 3IXRA 4NWYA 4FIWA 1RQMA 2B1KA 1GL8A 5AGYA 3TJGA 1XVWA 4IN0A 1M2AA 3QOUA 4FYCA 2X99A 2QKEA 1X5CA 3MWHA 2EIRA 4QL7A 5F07A 2GZYA 3HVXA 3UIWA 3ERWA 5IQYA 3GKNA 2F51A 2JSZA 3L78A 1T7PB 3CRUA 1M2BA 1X9MB 5CREA 2FWFA 2IFQB 3VWWA 3J7Yb 1TDIA 1TOFA 4PXOA 2OKAA 2FWHA 2GT5A 5E4WA 2VLVA 5GZZB 5ELGA 2PGTA 1TI3A 2DMLA 3EYTA 1V9WA 3VLNA 2GLRA 3F4RA 4QL9A 1N2AA 2C0FA 2AHEA 3VWUA 13GSA 3BOAA 4DSSB 2LUSA 4K7OA 2B6MA 2DLXA 5DAKA 5IMVA 1FO5A 3ZVJD 3FR6A 3A2XA 2LEGA 4J2FA 1MDJA 5J4UA 1U87A 2AYTA 2J23A 4DSQA 1F3AA 1SD9A 3C73A 2HSHA 1AQVA 2VL9A 5G1LA 4MF7A 4IVFA 4KGIA 2H30A 4IJIA 5A4WA 1X9SB 4MZWA 5J5NA 1EV4A 3M3MA 1VF1A 4N11A 3DIEA 2C3QA 4IHUA 4PUFC 4I8BA 5ID2B 3HYPA 2L4CA 3C71A 3PR8A 3M8NA 1OYJA 3GA4A 3HD5A 4TR1A 1K0MA 4PNFA 3SBCA 2GQMA 3DWVA 4O7HA 3C8EA 1Z9HA 2CX3A 1XWBA 1EGOA 1PGTA 17GSA 1FG4A 4YAPA 1N8JA 2OADA 4ZBAA 2E2GA 2ON5A 4EDYA 2L4QA 1EV9A 3A5WA 3F4TA 2VD0A 4G19A 4XIHA 4Z7XA 4L5LA 4K0NA 1CQHA 2KP1A 5B6MA 2V41A 3VPQA 2OACA 3DEXA 4HJ2A 7GSSA 3GH6A 2FA8A 6GSTA 1GLQA 3UJ1A 3F4SA 3V1WA 4N0VA 3M9KA 4GF0A 1EGRA 4YH2A 5DCGA 3UAPA 1K3OA 2VL3A 1KEBA 2P0GA 1WWJA 3E9JB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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