1ME6A

Crystal structure of plasmepsin ii, an aspartyl protease from plasmodium falciparum, in complex with a statine-based inhibitor
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Plasmepsin II
publication title CRYSTAL STRUCTURE OF PLASMEPSIN II, AN ASPARTYL PROTEASE FROM PLASMODIUM FALCIPARUM, IN COMPLEX WITH A STATINE-BASED INHIBITOR
rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 79
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2002-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1me6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1me6A01
3KMYA 4DJXA 4I8WA 5P2MA 3QVCA 4GJ7A 4LL3A 1C6ZA 5P34A 2VNNA 3EKXA 1BVEA 3ZKXA 5B18A 4YDGA 4J17A 3NU9A 1KZKA 5P3IA 1EC0A 2HB4A 2I0DA 4Y58A 1MRWA 3KN0A 5P4MA 3EL0A 1HTGA 3OXVA 3PLDA 5P09A 5OZ9A 1BDQA 5P00A 4KE0A 4YD5A 4BFDA 4WTUA 1B6JA 1FQ7A 1XDHA 3DM6A 3NDTA 5P4XA 5P6OA 4HA5A 1UPJA 1HSHA 5P1LA 4J5JA 4ZPFA 1D4JA 5P17A 1CPIA 5P44A 4XX3A 2P3DA 3RVIA 3K5DA 3OY4A 3PVKA 3OUDA 3PRSA 4J1EA 4Y44A 1FB7A 3INDA 3OQKA 3VV8A 5P6KA 5P5XA 5OZZA 2F3KA 4Y3JA 5P27A 1HOSA 3VG1A 3VEUA 5P2AA 3UDKA 1C70A 5P16A 3NSHA 3O9EA 1DW6C 3EC0A 3JVYA 3K4VA 2VS2A 5C9FA 5COPA 4RRSA 5P6UA 3BVBA 4AMTA 4D83A 4B72A 2VJ7A 4QJ8A 2B7FA 5P86A 3KMXA 4RROA 3URIA 3D3TA 1C6YA 4Y3HA 3EL5A 3NWQA 1GNMA 3UQPA 4I0IA 1HIVA 2G1YA 4YCTA 4B0QA 5P1FA 1U8GA 4DJUA 1K6CA 4I0FA 3CIBA 4NPUA 2G27A 2OHSA 4FM8A 2ANLA 2AOHA 5P2HA 4F74A 4GJ5A 5P5IA 1EPRE 5P4PA 2BPVA 5P29A 4YCKA 3S8IA 6APRE 5AH8A 1SGZA 1HEGE 3O9FA 2VNMA 1DPJA 3DK1A 3SA9A 4Y4AA 2G26A 4Y5EA 4K4RA 3PMUA 3SA4A 5P3WA 2RKFA 5P2OA 1FGCC 3D20A 4Y5KA 4J55A 4Y53A 2OHKA 5P2SA 4RRNA 1GVVA 5OZVA 5P81A 4EYRA 5P1GA 1RNEA 5P8JA 6FIVA 4EXGA 4D88A 5OYRA 2ZHVA 3L5FA 5P5ZA 3UFLA 4I10A 2AZ9A 4YD4A 5P6WA 1EPLE 1HEFE 2Q3KA 1TW7A 5P3MA 5P8NA 3PJ6A 3O9IA 1FFFC 1GVXA 1RPIA 5P70A 2QI7A 2NXMA 1LYBB 5OYYA 3NDUA 1XL5A 1SBGA 2HAHA 4B78A 5P7LA 1NPWA 4Y3SA 1ENTE 4FAFA 4HDFA 5P1SA 5OZWA 5P13A 1N49A 1GNNA 2O40A 3KA2A 4CPQA 1FQ6A 5FIVA 3R2FA 4GJCA 3U6AA 4EJKA 5DQ2A 1LS5A 2FLEA 2IKUA 5IVQA 5OYVA 2HB2A 4HE9A 3KYRA 1NH0A 2IS0A 5OYUA 1BIMA 1G35A 3NDXA 4LXAA 1HVKA 3OXCA 5KR2A 4Y5CA 5P77A 3O99A 1B5FA 5OZ5A 3NU5A 2QZWA 2QI6A 1HTRB 3VF7A 2AVQA 5P3KA 3EKYA 5PEPA 3PB5A 2G1SA 2G21A 5P7JA 3LINA 1B6KA 3KM4A 1SMEA 4DPIA 2Q15A 4FRJA 4Y35A 1ER8E 4RYGA 2I4UA 4YOBA 4CP7A 5P1TA 2B7ZA 5KAOA 5P2QA 4KUPA 2AVMA 1SGUA 4FRIA 4CMSA 5P8KA 3S7MA 1FQ5A 3PMYA 2WJOA 4DFGA 4HZTA 2P3CA 1HSGA 3EM3A 3APPA 3GW5A 4OBFA 5OZCA 4J1FA 2AIDA 1M0BA 3K4VC 3OK9A 3UDNA 3A2OA 3O9DA 5P5CA 8HVPA 1PSNA 4LXKA 2WF1A 2BQVA 5P8PA 1K2BA 2NNKA 5AHAA 3MSKA 4RZ1A 3BC4A 5P2LA 2FNSA 1EPNE 3K5GA 3DJKA 5P7IA 3TOGA 3INEA 5P7XA 5I3YA 1DIFA 5P1YA 4J1HA 1PROA 3DOXA 4L7GA 3Q5HA 3Q6YA 5KQZA 1WKRA 3B7VA 4FSEA 4WY6A 5P54A 1XL2A 4Q1NA 5P2RA 1EBZA 5UPJA 5P89A 5P19A 5P0SA 4Y36A 3ECGA 4R91A 1EPOE 4I8ZA 5P5JA 4N00A 2AVSA 3G72A 5P49A 5P2BA 5P0BA 3O9AA 2XFJA 2FDEA 4DQCA 4PZWA 2O4NA 5P6HA 5HDZA 2RMPA 2PYMA 5OZ2A 3EM4A 1KJFA 1QDMA 4Y54A 4EP2A 5P50A 4DV9A 3WZ7A 2OAHA 4U7QA 3OTYA 3EKWA 2AOCA 1HXWA 5DQCA 5P5KA 5HU1A 4U8WA 4I0ZA 5BWYA 5P80A 4ZSQA 1FEJC 4RVIA 4GJDA 5P2WA 1GVTA 3UQWA 4ZE6A 1EBYA 5P3ZA 3R0YA 5P23A 4CKUA 3GGUA 3PCZA 4ZPGA 2CENA 1MT8A 5P5WA 4EJ8A 4DQEA 1OD1A 4M8XA 1DMPA 5P6SA 3TNEA 3FKTA 5KR0A 5P5PA 5IVSA 4F76A 3BRAA 3QIHA 3MSJA 2HPEA 2F8GA 4AA9A 4NJSA 1W5WA 1K1TA 1TCXA 2QU3A 1SP5A 4DVFA 3VLAA 1A9MA 1AIDA 4MC9A 5P8BA 4J0PA 4HDPA 5P3SA 5P1CA 5OZTA 3SM1A 3LZYA 5P4QA 3S54A 2XFKA 1MRXA 4K4QA 1T3RA 2JE4A 2Z54A 2B8LA 2Q11A 5HDUA 3BUGA 3QS1A 3ZPSA 1IDBA 3I2LA 1RV7A 3UDJA 2B42A 3IA9A 3PM4A 1BDRA 4RYCA 4UPJA 1AAQA 2G22A 5DR4A 4OBKA 4IVSA 5P1OA 2HM1A 1QBUA 4Y3NA 4FM7A 3OTSA 4S1GA 2QNQA 5P2UA 1FMUA 4KB9A 5P48A 1BXOA 2VIZA 2NMYA 1EPQE 3AIDA 4EXHA 3LHGA 1RQ9A 5KOQA 5OZ1A 2QMGA 3UDRA 1W5XA 3SQFA 1W6HA 3CMSA 3EKPA 4Y3ZA 3NU3A 4YDFA 2G94A 5P01A 3BXRA 4QGIA 5OZYA 1HVRA 4BEKA 3QROA 5P8CA 1MPPA 5JODA 1PFZA 5P10A 1EEDP 5P3QA 2ZHRA 2ZJHA 3HZCA 4WY1A 5P8LA 1QBRA 1A30A 1DAZC 3UDPA 2PSVA 3VFAA 5P2KA 5P7KA 1HIHA 3SKFA 4HLAA 3QN8A 4NKKA 5P0LA 5P0NA 3CICA 1Z8CA 5OZ0A 5P2VA 5P6AA 3NU4A 2Q64A 5P7YA 4R92A 3KFNA 5P7VA 3KDBA 2UPJA 4NJUA 5OZMA 5P8GA 1B6LA 4Y51A 5P7DA 5P30A 5OZHA 4DJYA 3R1GB 4PHVA 2Q55A 2WEZA 4K4PA 3UQXA 1LYBA 3RTNA 5P4YA 5SXNA 3TKGA 3IXJA 3KT2A 2BPXA 2P83A 2PQZA 5P2GA 4YBFA 2QI1A 1AXAA 5P2DA 1CZIE 1GVWA 1IZEA 2BKTA 1EAGA 2OHTA 3UCBA 3NUOA 1C6XA 4GMIA 4Y38A 5P4HA 5P4RA 5T4SA 5P8QA 5OZLA 3PSYA 2AVVA 2IQGA 3MXEA 3PLLA 5P6GA 3LPKA 2CEJA 1MTRA 5P2XA 5P1VA 5HE7A 3GI5A 4CPRA 4Y4GA 4FLGA 1BV9A 3INFA 2G20A 5P75A 3S7LA 2PWCA 5ENMA 3EKQA 1FFIC 2PH8A 4ACXA 1BXQA 3IAWA 3L5EA 1QS8A 2R8NA 3PWMA 3OQ7A 1HPSA 2PYNA 3LZSA 1IDAA 2R3WA 1APUE 5P8IA 5P65A 3R4BA 3Q3TA 2FS4A 5EZZA 1AVFA 5P0DA 1ZJ7A 2F80A 4DI2A 2ZGAA 1LEEA 5P0WA 5SY2A 3HVPA 5P1ZA 3K1WA 4Y45A 4LBTA 1T7KA 4I0HA 4LXMA 5P41A 5P5DA 5P0GA 4TVGA 5P0KA 5P02A 5OZDA 2ZJMA 4L6BA 5OZKA 3APRE 3EL9A 2Q54A 4OBHA 3WZ8A 5OYXA 3S53A 5KQFA 4CPXA 2I0AA 4Y5MA 5P7GA 2F3EA 4TRWA 1APTE 5AH7A 2QU2A 3FIVA 2VIJA 2P4JA 4RVJA 5P1WA 2HS2A 2NPHA 5P82A 5HDXA 1LF3A 5P3HA 5P2EA 4Y3WA 4HVPA 5P3GA 3VSWA 2JYSA 5P20A 1EC2A 4AZYA 1K2CA 3OQFA 5F00A 4Y3TA 3UHLA 5P6MA 3LITA 1FQ8A 2B8VA 2WF0A 5P5BA 3I8WA 3EMYA 5P08A 3LIZA 2PMAA 2FXEA 3PBZA 5DQ4A 1B6PA 4GJ6A 3G70A 3MSLA 1E80E 3T7PA 3BUHA 5TOLA 5HCTA 5P3EA 3D1XA 2I1AA 2ZHTA 3LZVA 5P6TA 5P31A 5KQYA 1MSNA 1KJ7A 5P5HA 4MC6A 3CKPA 3KFPA 4J0YA 5OZ8A 4ER4E 5P06A 3VF5A 1HPOA 1SDTA 5P5LA 5P43A 2QHZA 2ZHUA 1YTIA 3TL9A 2VKMA 5P83A 5P73A 2QD8A 5P6VA 4Y9WA 1J71A 3SPKA 4HEGA 2ZYEA 2WHHA 1TSUA 5COOA 5P68A 4D8CA 5P6RA 1TSQA 5I3VA 2IENA 2G1RA 5P8AA 3RSXA 4GIDA 2NTRA 2QD6A 2Z4OA 3TOFA 2BBBA 2UY0A 5P0EA 5P57A 4Y4DA 1HHPA 2OF0A 3TPLA 3SA6A 4H3IA 1BWBA 1HVJA 5P7OA 3UQRA 3K5FA 5P4UA 2AZCA 5HE5A 5P3YA 5P3OA 4TVHA 1ZPAA 1MVPA 5P4VA 3KF0A 5P0HA 3TH9A 3LZUA 1QBSA 5SY3A 4FGXA 4DUSA 4DJRA 2J9KA 3L58A 2WECA 5P22A 4GJ8A 5P1RA 4NJVA 3OAGB 1SH9A 2F81A 1LV1A 5P4JA 2VA6A 4J1KA 2HB3A 1Z1RA 4DPFA 5ISKA 2R9BA 1A8GA 4HDBA 1BAIA 1M43A 5P1QA 9HVPA 5P69A 4FM6A 2AOEA 1A94A 4PYVA 4APRE 3ER5E 1FIVA 5P3LA 2ZJKA 5P3UA 5P5EA 1ODXA 3RU1A 2WF2A 3IN3A 5ER2E 3FX5A 4H3JA 3O9CA 1ZAPA 5P0MA 5P3JA 2MIPA 4EP3A 3VF3A 1B6MA 3OXXA 5P1DA 7HVPA 4Q1WA 5DR0A 2QMDA 4DJOA 4K9HA 5P74A 3TKWA 5P8RA 3SA7A 1UH9A 3OHHA 5P4AA 4RCDA 3UQUA 5I70A 5P24A 1AJVA 2QI0A 4RCFA 4J1CA 3H0BA 5AHBA 4Y5BA 5E5KA 4QLHA 3HDKA 5P5OA 4AA8A 2V13A 3KFRA 2R3TA 2P3BA 4I0EA 4Z22A 4CPWA 5P6IA 3EKVA 4A6CA 1AJXA 5P66A 5P0CA 2BPZA 2QZKA 3TPRA 2B60A 2WKZA 4FS4A 5OYTA 3UTLA 2I4VA 5P4CA 3ZPTA 2WF4A 2FDDA 5DR1A 2VA5A 3HAUA 4J0TA 5IVRA 4CPSA 5DR3A 4GYEA 4Y50A 1LYWB 3GI4A 4L7JA 1W6IA 5P8UA 3QRSA 2Q63A 3I7EA 5IVTA 3INHA 4J1IA 3N4LA 2RSPA 2XFIA 4FRSA 4Y4JA 2AOIA 4YA8A 5P0YA 3HD8A 3ZKNA 1VIKA 5P37A 4Y3GA 2SAMA 4FCOA 2V12C 4Y5LA 3DUYA 4Y4BA 3C9XA 5P0VA 3SKGA 3Q70A 5I3XA 2NMZA 3LPJA 4ZPEA 1T7JA 4DJQA 3TPPA 3D1YA 2IKOA 5P4ZA 3DV5A 3OHFA 3LNKA 1UH8A 2I4XA 1MERA 3BUFA 3VYEA 3T3CA 1YX9A 2WEDA 1K6TA 5P05A 5P0ZA 5P4DA 3L5BA 3L5DA 1M4HA 3DV1A 5P88A 3SABA 1LZQA 4YOAA 3URLA 3WSJA 3OU1B 1MSMA 1F7AA 5P8EA 4FL8A 5P3AA 3S56A 1IVPA 1HWRA 3GI6A 4J54A 4DJPA 5P3DA 4IVTA 1FKNA 3CKTA 5P84A 4J0VA 4Z2ZA 3R0WA 5P6EA 2O4LA 3H5BA 3PWWA 4KE1A 2R38A 3NR6A 3TPJA 3B80A 3QPJA 4ER2E 3K5CA 2V16C 5E5JA 5P25A 2XYEA 3IXOA 3NXNA 5OZOA 1LYAB 2NR6A 5P5AA 5P2ZA 3O9LB 2ER6E 4Y5AA 5DQ1A 5P71A 2VA7A 5P85A 2A1EA 4Y3MA 5P7NA 4LP9A 1ZPKA 4YD6A 1HRNA 5OZJA 5P15A 2IEOA 1OHRA 2QI3A 3OXWA 2ZE1A 2R43A 4Y41A 2RKGA 5P5FA 4Q1XA 5P6DA 4OC6B 4CPTA 4QJ7A 3NWXA 2AZBA 1GVUA 2VJ6A 1MUIA 2NXDA 3EL4A 1EBKC 5P4LA 4RLDA 3ZKMA 4K8SA 1ODYA 4Y3RA 5P3NA 5P53A 3PEPA 2FNTA 5P1NA 3LIVA 1QBTA 5P8HA 1ME6A 3QRVA 1HXBA 3OGQA 4ZSPA 4YD7A 1GKTA 3QVIA 5P55A 2QP8A 5P5RA 3HVGA 5P5UA 1W5VA 2O4KA 4Y4UA 4EQ0A 5ER1E 2QK5A 4L1AB 5P4NA 3UDHA 2VIEA 4JPEA 2UXZA 1XE5A 3ZOVA 5OZ6A 4XKXA 2IGYA 4CPUA 5P7FA 5P8DA 1EC3A 2A4FA 2APRA 4U7VA 5P3CA 4QJ9A 4NPTA 4Y5PA 4QJ6A 4Y39A 5P04A 1K6PA 1HPXA 5DR7A 4EQJA 5P6YA 4Z50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KMY A;  4DJX A;  4I8W A;  5P2M A;  3QVC A;  4GJ7 A;  4LL3 A;  1C6Z A;  5P34 A;  2VNN A;  3EKX A;  1BVE A;  3ZKX A;  5B18 A;  4YDG A;  4J17 A;  3NU9 A;  1KZK A;  5P3I A;  1EC0 A;  2HB4 A;  2I0D A;  4Y58 A;  1MRW A;  3KN0 A;  5P4M A;  3EL0 A;  1HTG A;  3OXV A;  3PLD A;  5P09 A;  5OZ9 A;  1BDQ A;  5P00 A;  4KE0 A;  4YD5 A;  4BFD A;  4WTU A;  1B6J A;  1FQ7 A;  1XDH A;  3DM6 A;  3NDT A;  5P4X A;  5P6O A;  4HA5 A;  1UPJ A;  1HSH A;  5P1L A;  4J5J A;  4ZPF A;  1D4J A;  5P17 A;  1CPI A;  5P44 A;  4XX3 A;  2P3D A;  3RVI A;  3K5D A;  3OY4 A;  3PVK A;  3OUD A;  3PRS A;  4J1E A;  4Y44 A;  1FB7 A;  3IND A;  3OQK A;  3VV8 A;  5P6K A;  5P5X A;  5OZZ A;  2F3K A;  4Y3J A;  5P27 A;  1HOS A;  3VG1 A;  3VEU A;  5P2A A;  3UDK A;  1C70 A;  5P16 A;  3NSH A;  3O9E A;  1DW6 C;  3EC0 A;  3JVY A;  3K4V A;  2VS2 A;  5C9F A;  5COP A;  4RRS A;  5P6U A;  3BVB A;  4AMT A;  4D83 A;  4B72 A;  2VJ7 A;  4QJ8 A;  2B7F A;  5P86 A;  3KMX A;  4RRO A;  3URI A;  3D3T A;  1C6Y A;  4Y3H A;  3EL5 A;  3NWQ A;  1GNM A;  3UQP A;  4I0I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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