1MEI | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	482
structure length	351
Chain Sequence	AKYYNEPCHTFNEYLLIPGLSTVDCIPSNVNLSTPLVKFQKGQQSEINLKIPLVSAIMQSVSGEKMAIALAREGGISFIFGSQSIESQAAMVHAVKNFKAHNELVDSQKRYLVGAGINTRDFRERVPALVEAGADVLCIDSSDGFSEWQKITIGWIREKYGDKVKVGAGNIVDGEGFRYLADAGADFIKIGIGGGSICITREQKGIGRGQATAVIDVVAERNKYFEETGIYIPVCSDGGIVYDYHMTLALAMGADFIMLGRYFARFEESPTRKVTINGSVMKEYWGEGSSRARNWSFEEGVDSYVPYAGKLKDNVEASLNKVKSTMCNCGALTIPQLQSKAKITLVSSVSI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structures of Tritrichomonas foetus Inosine Monophosphate Dehydrogenase in Complex with Substrate, Cofactor and Analogs: A Structural Basis for the Random-in Ordered-out Kinetic Mechanism pubmed doi rcsb
molecule keywords	INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Tritrichomonas foetus
total genus	114
structure length	351
sequence length	482
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2002-08-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
A	PF00571	CBS	CBS domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1meiA00

5HWJA 2I9EA 4DBDA 1AK5A 3MBFA 1OFAA 3IVSA 2A6LA 3TU9A 5L6UA 3LRMA 1ZFJA 1FWWA 3LDVA 1M7PA 2QDHA 3ATYA 1SU5A 4PC8A 2QAFA 3S0CA 4GE8A 3RK8A 5E0KA 1JCJA 1OK6A 3MHUA 3LCFA 4IXXA 4RR4A 3PUDA 1JRCA 4ZQNA 2ZZ2A 4HN4A 4AHOA 2ZZ5A 3CHVA 3GDLA 1LZOA 1P4CA 4LVAA 1VC4A 5EBUA 3HQ1A 3GNNA 3FEMA 1J2WA 4UTUA 2RH9A 3SFKA 3FJ6A 4NZFA 4HHPA 4Y9AA 4OU1A 3P7YA 1B4EA 4ADUA 3C2EA 3W88A 4DELA 4DF0A 2QCCA 4BI7A 3MO7A 2NV2A 5CPOA 3N9RA 5BNKA 1VQTA 4O15A 4FXRA 1QMLA 2Z2UA 1W1ZA 5I3FA 3F03K 1YTEA 3BK0A 3GNDA 4O19A 3NQGA 4LUIA 5HWMA 4IWWA 3W22A 1TIMA 2ZFAA 3W70A 3GB6A 1KTNA 2FB3A 3LCXA 3P67A 1JCYA 1VZWA 2CLLA 4S2BA 1GVFA 2B4GA 3LRLA 3PBWA 4FO4A 5U4NA 1F7BA 2FQIA 1F73A 4FHAA 4OHQA 5CPMA 5FEXA 1JUKA 1MSSA 2Y7DA 5C54A 3LCIA 1FWRA 2H3DA 3W74A 2B0MA 3W2LA 2OJPA 4LC6A 1DV7A 2CLFA 3HB9A 3ATZA 4E0CA 1YADA 1S3HA 2QCMA 3O05A 1TRDA 3N3MA 1NAL1 3TQVA 3PB0A 3W6YA 3S5NA 4DPQA 5J5DA 1DHPA 1I4NA 4IUOA 3PF3A 4UNKA 5CPLA 4U4MA 4RXGA 1W3IA 1KFBA 2EAWA 4TU1A 3LM7A 3N14A 1LLWA 2YYUA 2ZRXA 3O16A 4E2BA 4NVTA 3NQEA 3SZ8A 3S6DA 4QSHA 3S1XA 1PHQA 2D73A 3CT7A 5IBXA 1LBFA 3DZ1A 4ORMA 3DI1A 4LVGA 3HG3A 3TA6A 2PRHA 4ML9A 3UPBA 2GJLA 1ZAHA 3S5YA 1YYAA 4KFNA 2YFOA 3UNDA 3W84A 1YDNA 1WBJA 3HIJA 2YXGA 4MKNA 2JKAA 2XN1A 2B7NA 1UASA 4UUIA 3UWYA 3R2GA 1LOQA 1YDOA 2E6YA 5D2XA 1KFLA 1QPNA 2NLIA 4LRTA 3IRDA 3CM4A 2HS6A 2KZHA 3U8GA 4DO6A 1MEIA 3T78A 4JX6A 1DJNA 3L67A 4FX6M 5DBTA 4GUIA 1ICQA 4A2RA 4K6AA 3M6YA 3HPSA 1P1XA 1WAUA 3WFAA 1G4PA 2DJXA 4HSNA 3CEPA 2VXNA 2B7QA 1K03A 4K37A 1KM1A 4IPJA 3NDOA 4TR9A 2ZA3A 4PL2A 4UFMA 1Q6RA 3DFNA 3VFLA 2WKJA 1H5YA 4ORIA 5HUPA 2PRMA 3BLFA 3HPXA 4HPXA 3M44A 3NL6A 4M19A 4M7SA 5H91A 3W1MA 4RLIA 1H7NA 1JUEA 3HOJA 1MEWA 2ZRWA 3GR8A 3QRHA 4JY8A 1Y0EA 4XZ9A 5HMSA 4UFIA 4WY0F 1SW0A 5LNWA 1IGSA 3L0NA 2A4AA 3E0IA 1XFBA 1FXPA 4N6EA 3TNOA 2NWSA 3LHVA 3W2NA 1P0KA 4AF0B 1YLVA 3NR0A 3N2XA 3CB8A 2ZZ3A 1U83A 4RKAA 1VYSX 1H7RA 2GOUA 2HMCA 1AMKA 2OCZA 4N9CA 3MHFA 4IX2A 4JX5A 4K39A 3F4NA 5K4ZA 1I8JA 3S5OA 3KX6A 5G5IA 4WY0A 5AC8A 3L2IA 4O10A 3QSRA 3OBKA 1ALDA 4M6QA 1GVRA 5KINA 1JVNA 2ZQ0A 3FA5A 3DENA 1EB3A 3SGZA 3W2JA 4YMZA 1EWDA 3W7MA 3SECA 5L9FA 3NNTA 1DKWA 5D09A 2ZRZA 1YXDA 4UIOA 3HO8A 1G7UA 3PULA 3R12A 1DQXA 5GVJA 4CCCA 4IMFA 3TJXA 1T99A 3W1LA 2DZUA 2UV8G 2Y7EA 1LRTA 5E1QA 3LI1A 3LHUA 1FBAA 1VR6A 5D30A 5KSWA 1SZNA 1A50A 2NX3A 1TPH1 3QH2A 2BXVA 4QAIA 3UD6A 3Q2DA 5LNRA 1QNVA 3CWNA 1C9DA 3ANYA 3G1DA 3PSWA 4EOUA 3SR7A 3G1VA 1GOXA 2QJHA 4UMBA 4O1DA 5I3KA 3B04A 5FF0A 4O14A 2BTMA 2FPVA 4MLJA 4HPJA 1ME7A 4W9TA 3EX3A 1I2NA 3HPZA 1EPXA 4N2YA 3RLUA 1A5AA 5DN1A 3W7HA 2W79A 3M47A 4O1AA 4LWWA 3KXQA 2GQ9A 3NM3A 4NX0A 4JTKA 2E68A 1P5BA 4P61A 3P61A 4XTIA 2VC6A 5EA9A 5HINA 2QCDB 3G1AA 2C1HA 4ZQOA 1VHNA 1TTQA 2TYSA 3P82A 1G67A 4ONVA 1AL7A 5K9DA 3I6RA 4OQVA 2A7PA 2WOQA 3NPXA 4LS0A 3NEVA 3F4WA 4Z1CA 1PCKA 1TPB1 3GDRA 3UZJA 1X8FA 4FIRA 3TROA 1XM3A 1AG1O 4AWTA 3A21A 4LVFA 3P5YA 4MY9A 5CSRA 4GNJA 2E77A 3WJYA 4POCA 4L4LA 1LOLA 2VEIA 3LHTA 1F6KA 3WJZA 3TSDA 1W8SA 1I2RA 5E93A 1DQWA 3C2OA 4MUZA 1F5ZA 1TJRA 1WOAA 5FI8A 1IXNA 1OF6A 4UTIA 3LCLA 3S8HA 4CLMA 3HJZA 3C52A 3LGEA 1B3OA 3LV6A 3B06A 1TPDA 5LSMA 3GXTA 5CGQA 4K7VA 3MYOA 4N9DA 1W5MA 4JEQA 4UXDA 1JQXA 2V81A 3UWWA 5LHFA 4TMBA 1WX0A 2WJZA 4Y8FA 2Z6IA 3W75A 5HJLA 5EPDA 3L65A 2H6RA 1PVNA 1EX5A 4QISA 4BWLA 3TW7A 4JD4A 1LOSA 3DFSA 4O17A 1H60A 3UWZA 4O12A 5LGXA 3DFPA 4UTWC 5F4SA 3GX9A 5TIMA 1H7XA 2DZPA 3VKJA 3MHGA 3HGJA 5EMUA 1VLIA 3GK0A 3W23A 1DL3A 1VGAA 3BVJA 1W54A 4WD0A 1B9BA 4K7YA 1L9WA 5D2WA 4DO4A 4MVAA 3C8FA 3TFXA 1XUUA 2V0TA 5F2MA 1BWLA 1F05A 3W7QA 3DHFA 3STCA 2H3BA 4J9JA 3LLDA 3NYZA 1YTDA 4HIBA 1XC4A 4LS2A 3EB2A 1KM5A 2A7RA 3D0CA 4WQ6A 2PRLA 5DXYA 1OX5A 1KFCA 3PBVA 5CPNA 1VS1A 1M6JA 3UWVA 1SO6A 3L0GA 1TMHA 2E1DA 3RMJA 1Q3NA 2CWNA 1OFDA 5SWUA 1XBZA 1XKYA 4MOZA 1LCOA 1FCUA 1GG1A 2F7FA 1KTCA 1W37A 5BOOA 3A5VA 1LORA 3ZWSA 1ICPA 4TX9A 4NJKA 2G97A 2J88A 2H8XA 3WJSA 3ABOA 1JRBA 3W7RA 3E9AA 2RHGA 2QJIA 2VELA 3P8IA 1LBLA 1QAPA 1K3UA 1RPXA 1W31A 3QZEA 1AW1A 4MY8A 2XFWA 3UXDA 3QMSA 3UZ5A 1XCFA 5LHEA 4JNMA 3DAQA 1N8FA 5F4XA 5CG7A 4LUJA 3NL3A 3HF3A 2O7SA 1QR7A 3LTPA 2QKFA 4MYAA 1L6YA 1O5KA 5AHEA 1NF0A 2EPHA 4Q33A 1GTHA 2Z1BA 6ALDA 1OABA 2A85A 1B4KA 1LLZA 1ZNNA 2OT1A 3PAJA 4N9BA 4NT0A 3SW6A 4LY8A 2C3ZA 1G7VA 2ZRYA 4JIQA 2ABBA 1PIIA 3HG4A 4RK8A 1XBXA 3GDTA 1TPC1 5FF7A 1OHLA 4XKYA 1UB3A 1Z41A 3IV3A 5FEPA 1FWTA 2QCHA 1W5OA 4A3UA 4UTHA 1OX6A 4YXGA 4ZQCA 1OK4A 4E2DA 1NF7A 3THQA 1K8XA 5D2VA 3HG5A 2Y7GA 2CW6A 2PC4A 3W1AA 3H54A 1O95A 1ME9A 3QC3A 3OG3A 3OEXA 5IBXC 2V5LA 4JS3A 3R13A 4DF2A 1DOSA 4LT9A 5D37A 3QSTA 1EUAA 4LW7A 3E02A 4O11A 2J9YA 3W7IA 1MXSA 2GVLA 4RV8A 1G4EA 4NJHA 3G0UA 1K8YA 1OX4A 3C61A 3TKFA 4GFSA 1H50A 6TIMA 2WNQA 2PURA 1GWJA 5F4WA 4AAJA 1A5CA 2V2DA 1YXCA 4M7TA 1KBIA 3OVPA 4GC4A 3P81A 5CSSA 3TX9A 5DCEA 2C6QA 2DZVA 3GZ3A 4LV9A 1RR2A 1GVQA 5I3HA 3LXAA 3CEUA 1OVDA 1NEYA 1JQVA 5DLCA 3HMJG 2ZCGA 4YCOA 2DP3A 2Z0IA 3P62A 3DI0A 2C16A 2Y85A 1W3NA 3Q58A 4UTMA 2HSAA 3G1XA 3LTYA 4UFJA 3TMLA 4Y96A 1H7WA 3NQVA 4GJ1A 4LU0A 1SPQA 1GEQA 1QO5A 1SQ7A 2YGYA 3R5EA 3L5MA 2NXIA 1GVSA 1SO3A 2R8WA 3OVRA 4AMAA 5D05A 3THAA 3ABQA 3T4CA 2Y88A 4A22A 3GR7A 1X1OA 4ZQRA 3ABSA 1Z42A 3IIZA 3BLEA 1CW2A 2GUUA 4QNWA 1JULA 5AHMA 2ISSA 1NFBA 3FS2A 3QW3A 3FLUA 5FF3A 4UTKA 3T44A 3N2MA 4DEFA 1VH7A 3L5LA 4O0ZA 1SZEA 4K8HA 3O6YX 3CWOX 5D04C 1TRIA 2QCEA 4DBEA 4KKXA 1G4TA 4JYDA 3S1UA 3WK0A 4Z08A 3DXIA 2GPTA 2CU0A 2E5DA 2CZDA 3H55A 3U6WA 3OA3A 5CKSA 3N9SA 5D2YA 4N02A 1SO4A 4HSOA 3PBUA 5C55A 5AHNA 2NX9A 3MP5A 3TC6A 1SSDA 4O8RA 4O28A 4ZMGA 1K7FA 2YX0A 5G4WA 2Y7FA 3NQFA 3GAKA 2VOMA 1O94A 4OGZA 2C0AA 3FIGA 1YXYA 1JJKA 5K7JA 4WZHA 1EP1A 2V5BA 4NJJA 4FNRA 1H51A 2QUTA 2TPSA 5LZLA 1IIGA 1TPEA 4U28A 2RDUA 2BWGA 3BG3A 2TRSA 2VFEA 1WOBA 1SFJA 5CZSA 5D02A 2Q3OA 3GYEA 3WK2A 3W2KA 2E6FA 2ZTJA 5HR6A 2Y62A 3M5ZA 4XTDA 5KITA 4ZQMA 3KAOA 3M5YA 3F1QA 3B0PA 4JDYA 1IXPA 2ATMA 2VFGA 5EY5A 4FXSA 2J27A 1TQJA 3FFSA 1ME8A 1XDLA 5AFDA 4NNAA 3ELFA 1SO5A 3MMTA 1THFD 3A5FA 5BMXA 3M9YA 4ICNA 1VYPX 2NXHA 1OFPA 4FNQA 2CFFA 4HKPA 2VFFA 1OF8A 4O16A 1ZY9A 3NM1A 4QJ1A 1G4SA 3EX4A 2XN0A 3PUEA 1J4EA 1UUMA 4AWUA 1P0NA 3M1ZA 1FQ0A 4UR8A 3C3NA 1QO2A 4ZQPA 1HO1A 1FUYA 3TSMA 5D38A 1KM0A 4JTSA 2A7NA 4Y6GA 1ZCOA 5HR7A 2A2IA 4MY1A 4OV9A 5G4EA 4N4QA 3NQAA 2YW4A 1KTBA 4LTSA 5FEWA 3DU0A 3WJWA 4O18A 3G3DA 1Z48A 1I2QA 2AGKA 1FCBA 3S9YA 2A1YA 4D2JA 3KRSA 3AO0A 2ZZ7A 1I2PA 3FOKA 4UC5A 1RVGA 4CQ8A 3BG9A 4UFLA 2X30A 3PM6A 3K30A 1KV8A 1VCGA 4ALDA 3CIWA 4JICA 1OFOA 5C6MA 2QJGA 1RQEA 3IEBA 3TJLA 3T40A 4CQAA 3FYOA 2ZZ4A 4AXKA 1HFBA 4M5PA 2OT0A 3AJXA 1SFLA 5TBOA 3PB2A 1A5SA 2WSYA 3LLFA 4O1BA 3BGJA 3FKRA 5BW6A 1Q6QA 5DY3A 1R2TA 3W73A 3EEGA 3S1VA 1E51A 3Q94A 3UWUA 4E38A 2GVJA 2ABAA 3NXFA 1GZGA 4BWLC 2LLEA 3IIOA 3G8EA 2X2GA 2QR6A 5G1TA 4EIVA 3EWWA 2OZ0A 3WK1A 4GUJA 1SUXA 4O1CA 1BEUA 3TIMA 1JCNA 3EXSA 2Z6JA 1OFQA 1JCMP 1H7PA 4I7WA 3TSBA 3I7SA 4NZJA 3DKLA 1T0OA 3A24A 4FF7A 4DQWA 3ZFHA 2O7QA 3QQ0A 4Q4KA 1XDMA 1RV8A 1IXQA 1WV2A 3SJ3A 4BI5A 5HNRA 3W07A 2I14A 1XUZA 1XL9A 4KWVA 3YPIA 1TTIA 3QPYA 3L66A 4PTNA 4JTGA 2YYTA 3PR2A 2WPBA 3HGOA 4IMGA 4MFDA 3USBA 1K7EA 3PG9A 1ZAIA 1RD5A 1VCVA 3EXTA 3ZS4A 3IGUA 2ZZ6A 1W5NA 2GVGA 4K36A 3RFAA 4L4MA 3W1TA 4DPPA 3W1QA 3CLMA 1K02A 4LC8A 2XN2A 2WNZA 4YL2A 4RZ5A 4FB7A 3VCRA 1SZFA 1OFBA 3MWAA 1KFJA 1R30A 2YDAA 1KW1A 4JTLA 3V1PA 1NVMA 3G1HA 4FIQA 3LHWA 3B0UX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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