1MESA

Hiv-1 mutant (i84v) protease complexed with dmp323
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mesA00
5OZPA 5P2OA 2IQGA 1YX9A 4Y43A 2PMAA 1W50A 2R5QA 3PSUA 5P1WA 2P3BB 3KFNA 4Q1XA 5AHAA 3S54A 4HDFA 3PI0A 3PBZA 5P0TA 2AVMA 2V11C 5P00A 2I4XA 2ZGAA 4Y4TA 4PHVA 4HZTA 2ER7E 1LYWA 4M8YA 5P7ZA 3SFCA 3OU4B 4LBTA 5P0FA 4OC6B 3ZKXA 4OBDA 3RTNA 5DR7A 2RMPA 2PYMA 3TTPA 5P1JA 3GGXA 1UH8A 5KQZA 5TOLA 2QP8A 3QROA 3S2OA 5OZ3A 1W5VA 3ZPTA 2ER0E 4FIVA 1ZPKA 1K6CA 3F9QA 4YD5A 5P35A 3TOFA 1SIVA 2BPXA 1FMBA 5AH7A 3UF3A 1LYAB 1B11A 1SDUA 5P3VA 1YTJA 2G69A 2HB3A 4AUCA 4RGHA 1CZIE 2VNMA 3UFLA 1MRXA 4ER2E 3PWWA 3LIVA 1C6YA 3D1YA 5OZAA 3O9CA 3UQRA 1A8GA 4YDFA 1META 1U8GA 1ZP8A 1NSOA 1SDVA 2P3DA 1LYWB 2ZJMA 1LYBA 3EKXA 5P1EA 2WF3A 1W6HA 5P8SA 4CPXA 3EL9A 3OUBA 5P3RA 3IXKA 4DPFA 2QNPA 4Y3HA 5JG1A 5P7TA 4CPTA 2WF2A 1EC2A 5P5FA 3QBHA 5P8EA 8HVPA 5BRYA 2ZHTA 3OAGA 5P04A 3NDWA 3APPA 1TW7A 5P08A 5P7AA 2AOJA 5P5DA 3NU4A 1GVVA 5P1YA 5P33A 1HIHA 1M0BA 5P61A 2NNPA 5P0SA 3OHFA 2PYNA 1JLDA 4GJ9A 5P48A 5P16A 1GVTA 3NUOA 4Y41A 4TRWA 3SACA 4Y48A 4TRZA 5P0YA 2Z4OA 2JYSA 5P6PA 1IVPA 3FV3A 5OZLA 3JW2A 3TKWA 5P5TA 1APVE 5JFUA 2R38A 4X7IA 5P1BA 5P0QA 2G1RA 1LYBB 3NYGA 5P31A 1IIQA 1W5XA 5P1VA 5P68A 3OQ7A 1QBTA 5OZVA 5OZFA 5P56A 4D85A 3ZKGA 5P38A 3CICA 1EBYA 5P6OA 4PZXA 1DP5A 1FQ6A 2NXMA 5P6UA 4DQCA 3KYRA 5T4SA 3KFPA 3OAGB 5P0CA 2O4LA 2PSUA 2G1YA 3PI5A 3OTYA 4AZYA 1BILA 2ZHRA 4YCYA 1NH0A 1SGZA 4FSEA 5OZDA 3RSVA 1XL2A 4L7GA 5IS4A 4ACXA 5P1IA 3K5GA 3LZSA 1HVSA 3CIBA 5P0VA 2ZJJA 5OZGA 3KM4A 3ZKIA 2QZXA 2BJUA 1ODXA 4YHQA 5P1NA 1FG6C 2VJ9A 4NKKA 3KN0A 5P3KA 2F3FA 5P6SA 1EBWA 3S43A 5P1XA 2ZJNA 4H3GA 2ZE1A 4Y4XA 7UPJA 1BBSA 2R43A 5EZZA 5P2CA 1HTRB 5F01A 4Y56A 1EBZA 3QIHA 1QBUA 2VKMA 1A9MA 1FFIC 4B77A 5P8PA 1ENTE 1RPIA 1HRNA 3K5FA 3TPRA 5P5NA 5P1OA 4Y51A 4DJQA 4L7HA 4K4RA 5P4LA 1RV7A 3DCKA 5P3BA 3MSKA 4OBHA 5P1GA 4LC7A 4QJ7A 1BVEA 3IN4A 4OBZA 3UPJA 5P2HA 4XXSA 2Q54A 4Y35A 5P2ZA 1C70A 3L5EA 1EAGA 2VS2A 1T7IA 4ZSPA 5IVTA 4ER1E 4FS4A 2PK6A 3S43B 4M8XA 5P7HA 1T6EX 3O9BA 4OD9A 3O9HA 5AH9A 5OZHA 4B0QA 2PH8A 2XYEA 5I3YA 4DVFA 4Y4WA 3R1GB 5P3IA 5P8RA 5P8LA 3Q3TA 2F3KA 1GVWA 3CKTA 3SM1A 2G26A 3RVIA 3OXVA 3HAUA 3IXJA 4DJXA 4OBZB 4S1GA 4PZWA 2B42A 3OQKA 3O9FA 3KDBA 1OEXA 1SGUA 3DM6A 3KDDA 2Z54A 5P4UA 1YM4A 3TPLA 5OZJA 1B6LA 1YG9A 5I3XA 1HHPA 2QMDA 2B8LA 5P3XA 2QK5A 5P3FA 3UDJA 3O9DA 5OYWA 5P8MA 3UTLA 3NDXA 1HVJA 3URLA 3AUPA 2XFIA 3IVHA 5AHCA 4OD9B 5AHBA 4A6CA 2ER9E 4JOOA 1QRPE 3PMYA 3VUCA 4J0VA 5HU1A 5P6ZA 5P6HA 5P4TA 1IVQA 2QD7A 2F80A 5P7WA 4RCEA 3OGQA 5P5UA 2AZ9A 3VYEA 5P13A 2V0ZC 5P7OA 5P22A 4RCFA 5P07A 2HS1A 3EL0A 5P1UA 2PC0A 5P2XA 5AH8A 1AVFA 3IGBA 3I6OA 2WF0A 5P5QA 4F75A 4FM8A 5OZOA 5P3TA 4Y3YA 1GVXA 2VIEA 5P4DA 3N4LA 4Z50A 3NDUA 3L5CA 4J1FA 2WECA 5ER2E 3PCZA 4EP2A 1BXOA 5HE5A 5P6FA 1ZBGA 3VSWA 1HIIA 4Q1NA 4J55A 1MTRA 3EKWA 2QZKA 3NXNA 3EBZA 4HLAA 5OZSA 5P40A 5OYSA 1HVCA 4GJBA 3PLLA 5OZ7A 4Y44A 5P7YA 2FDDA 5P6GA 3VLAA 4EJ8A 4Y3EA 2Q64A 3MSJA 3ZPSA 5HDVA 5P7IA 1AAQA 1HVLA 1LEEA 3VF5A 4CKUA 5P6JA 4B00A 4QJ9A 5P4CA 3IXOA 2HAHA 5OYUA 5F00A 1VIJA 1MEUA 3TNEA 3LHGA 1UH7A 3EL5A 5P3NA 2Q15A 1HTFA 4DJVA 4EXHA 3WB4A 2QHCA 4YA8A 1FQ8A 4ZSRA 5P85A 3UQXA 5P5IA 4GYEA 2G1SA 5P4KA 2HS2A 5HU0A 3SLZA 4QJ6A 1QBSA 5P1DA 3TPJA 3LZYA 3IVIA 2QHZA 5OYVA 5P4VA 2UXZA 2NMZA 1EPRE 3I2LA 4Y3LA 3DOXA 1T3RA 4YD4A 4FAFA 5P5EA 1HPVA 2RKFA 1FEJC 2XYFA 3BUFA 5P4IA 2PH6A 3MXEA 3SKFA 2VIZA 1K6PA 4RCDA 4R95A 1HWRA 4H3JA 1BIMA 2QMGA 5AGZA 1Q9PA 3LIYA 1YTIA 3OOZA 3U71A 4Y5AA 2HPEA 3IN3A 5P7PA 3BXSA 2AOHA 5P78A 5P17A 5P7LA 1AXAA 5P10A 5P2IA 3GGVA 4KE0A 2I0AA 5P4OA 5BS4A 5IVRA 3PWMA 2QAKA 4OBKA 4DFGA 5P64A 5P47A 1YM2A 5P74A 3L5DA 3D20A 1SMRA 2G94A 1PFZA 5P7SA 3EL4A 3LIQA 2B60A 5P28A 5JODA 2IENA 5HE4A 4KB9A 5P0OA 4FM6A 3VFAA 1MSMA 5P51A 4Y3XA 5P3SA 4ZSQA 5P59A 5P7UA 4I8ZA 5KQXA 5OZUA 4Z4XA 1FLHA 1XN2A 4JPEA 1D4YA 1F34A 3VG1A 5P37A 1MT9A 2VJ6A 1WKRA 3CYXA 4RVXA 5P2UA 3ZKQA 3GGUA 3FNSA 5P3UA 5P5WA 3OXWA 1EEDP 5P1HA 1MESA 5HD0A 2I4QA 5KR1A 4Y4EA 5OZIA 4Z22A 4I0JA 5P20A 1BAIA 2WEZA 5P8FA 3D91A 2FGVA 3IAWA 3SABA 3AIDA 5P7RA 4EQJA 1W5YA 4FRIA 1DPJA 3PSGA 2AIDA 4Y5CA 3OHHA 5DR4A 5P8NA 1ER8E 3OADB 4Y3SA 1T7JA 5P66A 5P0XA 4DJRA 3ZKSA 2PWRA 3OU3A 5P3QA 2OHTA 5P0KA 1ME6A 5P6CA 3S7LA 3PGIA 4TRYA 3S53A 3G70A 3BC4A 3KT2A 2CEMA 5P5GA 5P6YA 4ZLSA 2J9JA 5OYTA 2G21A 4QGIA 5P12A 1C6XA 3INFA 4RLDA 4EPJA 3A2OA 4CPQA 1Z1HA 1B6KA 3Q70A 4HE9A 3EKVA 4DJYA 3PBDA 1HEGE 3C9XA 5P3AA 4Y53A 2OHRA 2ZDZA 5OZ2A 4PYVA 1UPJA 3UDQA 1IZEA 3TPPA 1ZAPA 4YOAA 5OZ8A 3UDKA 1MT7A 4Y5PA 4B1DA 2WKZA 2UY0A 2G24A 5P7FA 5P5PA 1BWAA 5P23A 4EP3A 2VA7A 2OHSA 5I3VA 5P4RA 5P4NA 4YD3A 5OYZA 4CMSA 3VYFA 2UPJA 4AA9A 1MRWA 1MVPA 1SMEA 2QNQA 2NPHA 3KMXA 1RL8A 5ER1E 2I4UA 3L5BA 5P60A 5P7EA 1E80E 1KJGA 2J9JB 4B1CA 3T7QA 3U6AA 4I11A 5CLMA 5P4XA 5OYXA 3OQAA 5P09A 4FRKA 5P41A 5EZXA 4B78A 2VA6A 3CIDA 3TH9A 5DR1A 4IVSA 4DQGA 5P2JA 2B8VA 1HEFE 4CPWA 3INDA 3QVCA 2Q5KA 5P8AA 4Y6MA 4HVPA 4Y5GA 2QI1A 3FNTA 3VFBA 5P18A 5P5ZA 3QS1A 4NJVA 5P15A 5P6IA 3DV5A 5P4SA 4CPRA 2G20A 2NXDA 5P8QA 4EJKA 4D89A 4DJUA 3FSMA 3BUGA 1EPQE 5JFPA 2ZYEA 4Y3NA 3QI1A 3S7MA 3OUCA 2FXDA 1CMSA 5P65A 4ACUA 5P0DA 5P6VA 2CEJA 5P8HA 5HE7A 3PCWA 5P7NA 1IZDA 1FGCC 1LF3A 3B7VA 3LIXA 4BFBA 2O4PA 1C6ZA 4L6BA 3KFRA 1D4JA 4MC1A 4A6BA 3NXEA 3G6ZA 3KMYA 1GVUA 1ZTZA 3VF3A 3ER3E 2BKSA 2ASIA 4MC2A 1MIQA 5P5XA 3VCMA 2WEAA 5P11A 5P3JA 3L5FA 3U7SA 2I4DA 4YD7A 1NPWA 2NXLA 2Q63A 3QVIA 2I1AA 3LIZA 4GB2A 4QJAA 2F81A 2NMYA 5HTZA 3B80A 4FAEA 3GI0A 1D4KA 4K8SA 4GIDA 1UH9A 2AOIA 1AJXA 2QZWA 4R92A 4OBGA 4JP9A 1D4HA 3APRE 1W51A 3OU1A 3ZMGA 2HIZA 5OZMA 3VSXA 3OOTA 5P7XA 4I0FA 2NNKA 3BUHA 1HSHA 4I0EA 2QU2A 5UPJA 1SBGA 2BKTA 2IS0A 2XFKA 2V16C 5P0RA 4J1CA 5P2MA 5P5SA 2NTRA 3MXDA 1K2BA 4Q5MA 1BV9A 3OUAA 5P4ZA 3VV7A 5P2RA 2Q3KA 4Y5MA 3HLOA 4Y3JA 1M4HA 5KR0A 4Y37A 2AVVA 1SIPA 3GGAA 1TZSA 5P2FA 4EQ0A 2ZHVA 4GZFA 1M43A 5OZ5A 2P8HA 5P32A 2G22A 4DQHA 6FIVA 2G1NA 5P14A 1TCWA 2O40A 2VIJA 4B1EA 5ISKA 3PHVA 4ZPEA 5P4YA 5SZ9A 4RRNA 3N3IA 4Y5EA 5APRE 1APUE 5P45A 5P63A 1FFFC 3R0YA 1ZSRA 5OZTA 2QI0A 1PSNA 3WZ8A 4QLHA 2RSPA 5P0NA 3OU1B 2OHKA 4J0TA 4YOBA 2V10C 5P4JA 4FSLA 2WL0A 5DQ5A 1EPME 2HB2A 5P0LA 3FKTA 3OTSA 3PWRA 4APEA 5P0HA 2P4JA 4Y5KA 5P0EA 4R91A 3SA6A 5P6MA 5P1TA 1E5OE 5P4QA 3NU9A 3UHLA 1BWBA 5P0BA 2XFJA 4R93A 3HAWA 3PMUA 2BPWA 1FQ4A 4GJAA 3OWNA 5P01A 5P1KA 4CPSA 5P77A 2IEOA 5OZZA 4COEA 4DJPA 3UFNA 2O4KA 5P6BA 5P2QA 4TVGA 3PRSA 4I0HA 4F73A 3QRVA 4Y3DA 5DR8A 5P3MA 5P87A 3O9GA 3LNKA 5P2EA 5P5HA 2WF1A 4Y57A 3ZPUA 4JECA 4J1IA 3Q4BA 3NWQA 4HA5A 5DR0A 5OZBA 3SA7A 5P6RA 3NSHA 1ODYA 1BVGA 5P2NA 1PPLE 2QI5A 5COKA 1ODWA 2H6TA 4LHHA 3ZOVA 3O9EA 4U7VA 3TKGA 2IRZA 3BXRA 5P84A 3SM2A 3UDYA 4AMTA 3NR6A 1HPOA 4GJ7A 3D3TA 4J0PA 3OUDA 5P5AA 1FIVA 5P3CA 2PWCA 5OZRA 4EWOA 5P2KA 1IZHA 5P5VA 2F3EA 4BEKA 4K4PA 5OZWA 1GNOA 4Y3PA 5P4HA 1B6PA 2QD6A 3EKQA 5HDUA 3WZ7A 1ZSFA 5P8TA 1OD1A 3HBOA 5P57A 4RVJA 2OHNA 4DJOA 1YT9A 1HXBA 4I8WA 5P1SA 1TCXA 6APRE 5E5KA 1FKNA 4YDGA 4DQFA 5P71A 1BV7A 4ER4E 2FS4A 3LZVA 1AJVA 4HDPA 3DUYA 3CYWA 5OZQA 3TOHA 4YE3A 5P88A 3BVAA 5P36A 3CKRA 4Y4ZA 2V12C 5P70A 1XE5A 4H1EA 1EC1A 3OUDB 4XX3A 4PEPA 3D1XA 1B5FA 1EC0A 4RZ1A 4HEGA 4YCKA 2PSVA 3EKPA 2JJJA 5P2BA 4LL3A 5P7CA 1B6JA 2CENA 3OGPA 3SA9A 5P8JA 4Y4GA 5P7QA 3O9AA 5P4GA 1EBKC 1GKTA 4MC9A 1PSAA 4J1EA 3QAAA 4YBFA 2FMBA 5P8UA 1ZLFA 5P5JA 5P0GA 4J1KA 4Y4AA 4RYGA 3R2FA 3EM6A 2QU3A 5P4WA 1VIKA 3EM4A 4Y3ZA 3PSYA 4AA8A 2OHPA 1TSQA 4Q1YA 1FQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZP A;  5P2O A;  2IQG A;  1YX9 A;  4Y43 A;  2PMA A;  1W50 A;  2R5Q A;  3PSU A;  5P1W A;  2P3B B;  3KFN A;  4Q1X A;  5AHA A;  3S54 A;  4HDF A;  3PI0 A;  3PBZ A;  5P0T A;  2AVM A;  2V11 C;  5P00 A;  2I4X A;  2ZGA A;  4Y4T A;  4PHV A;  4HZT A;  2ER7 E;  1LYW A;  4M8Y A;  5P7Z A;  3SFC A;  3OU4 B;  4LBT A;  5P0F A;  4OC6 B;  3ZKX A;  4OBD A;  3RTN A;  5DR7 A;  2RMP A;  2PYM A;  3TTP A;  5P1J A;  3GGX A;  1UH8 A;  5KQZ A;  5TOL A;  2QP8 A;  3QRO A;  3S2O A;  5OZ3 A;  1W5V A;  3ZPT A;  2ER0 E;  4FIV A;  1ZPK A;  1K6C A;  3F9Q A;  4YD5 A;  5P35 A;  3TOF A;  1SIV A;  2BPX A;  1FMB A;  5AH7 A;  3UF3 A;  1LYA B;  1B11 A;  1SDU A;  5P3V A;  1YTJ A;  2G69 A;  2HB3 A;  4AUC A;  4RGH A;  1CZI E;  2VNM A;  3UFL A;  1MRX A;  4ER2 E;  3PWW A;  3LIV A;  1C6Y A;  3D1Y A;  5OZA A;  3O9C A;  3UQR A;  1A8G A;  4YDF A;  1MET A;  1U8G A;  1ZP8 A;  1NSO A;  1SDV A;  2P3D A;  1LYW B;  2ZJM A;  1LYB A;  3EKX A;  5P1E A;  2WF3 A;  1W6H A;  5P8S A;  4CPX A;  3EL9 A;  3OUB A;  5P3R A;  3IXK A;  4DPF A;  2QNP A;  4Y3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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