1MEUA

Hiv-1 mutant (v82f, i84v) protease complexed with dmp323
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1meuA00
4HDFA 5OYZA 5OZBA 5P7QA 4XX4A 5I3WA 3RTHA 5P47A 1W51A 4NPUA 1MERA 4Y5LA 1VIJA 4FSLA 4QJ2A 2I0AA 1EC2A 1ME6A 3SACA 2HB4A 2VIJA 3GI4A 3OUDA 3QROA 2BPYA 3APRE 3B80A 5AGZA 3SA4A 2F8GA 5P2CA 5P4WA 2WEDA 3ZLQA 1B6PA 4DFGA 5P8OA 3I6OA 3KDBA 2APRA 2JJIA 5P7GA 4DJRA 4CKUA 2PSVA 1K1UA 5I3XA 1OD1A 1PSAA 1G0VA 1MT7A 3OGQA 3PSGA 2HC0A 4B00A 2HPFA 5P7IA 4NKKA 1MTRA 4QJ8A 5OYTA 5OZFA 3BC4A 5P26A 3OXWA 2Q64A 2XFIA 5P2ZA 5DQ2A 4Y5NA 1ZP8A 5P3EA 3O9DA 2G1RA 1QBTA 3PMYA 3FIVA 3UDKA 5P4CA 5P3KA 5P3DA 4K8SA 5P04A 4YBIA 5P0EA 5P32A 4FRKA 5P2QA 4KE1A 3JVYA 5P1DA 5P8VA 2QP8A 4DQBA 5DQ1A 5OZNA 1Z1HA 5P8TA 4B1DA 1ER8E 2VIEA 1E82E 3SA6A 1MRWA 3TOFA 5ER1E 4Y5GA 1NSOA 1QBRA 4R95A 1MIQA 3UDYA 2G26A 2Q15A 3QI1A 5OZ0A 5P5LA 3OOTA 2ZE1A 4XKXA 3VV7A 1D4LA 3O9BA 3GW5A 4DJYA 5ISJA 3UQPA 1IDBA 2RKGA 3ZKGA 2V13A 5P6JA 2PYMA 2CEJA 5P8MA 4E43A 3JVWA 5P25A 3ZPUA 3SA5A 3EM6A 3NXNA 5HU0A 1A8KA 2R3TA 2PC0A 3S56A 4Q5MA 2JE4A 1EC1A 3QPJA 5P19A 3FNTA 1PPKE 2I4VA 4QJ7A 2VS2A 4B1EA 1D4YA 4Y4BA 2VJ9A 1HTEA 5P5EA 5P0OA 3G6ZA 5P84A 3AIDA 1C6YA 1HWRA 5P24A 1SMRA 3OQDA 3S8IA 2Q54A 4Y3TA 4Y38A 3SKFA 5P43A 5P6BA 3D20A 2IGYA 2JJJA 3VLAA 4I12A 4M8YA 5P34A 5P8NA 3SM1A 5P5PA 2ER9E 3PSYA 3TKGA 5P6LA 2AZCA 3WZ7A 4OBZA 3NDWA 1D4IA 2B7FA 2J9KA 2O4NA 3KFPA 5P1HA 3SO9A 2AZ8A 4Y5AA 5P89A 5P5QA 1IVPA 5IVTA 5P15A 5P14A 1IIQA 5P85A 5P70A 4AUCA 2G1OA 4GJDA 5AH6A 4YHQA 4LAPA 5HE4A 2FDPA 3ER3E 5AH7A 2O4SA 3PBZA 1MSMA 3PJ6A 2QU3A 4DPFA 4EQ0A 4Y3MA 4LHHA 5DR7A 2BPWA 4OBFA 2ANLA 3LIXA 2QI0A 1PPLE 3EL9A 2VJ6A 5P28A 5OZ2A 4Y54A 1CMSA 3KT2A 2WF0A 2P8HA 2BBBA 3IVHA 3HVPA 1W5WA 4FAFA 4RYCA 1PSNA 1SDUA 1SH9A 1LF3A 1TSUA 7UPJA 2QHZA 2O40A 3QRVA 5KR8A 1PPME 3L3AA 2PH8A 3TKWA 4MC1A 1HHPA 1KJ7A 3FV3A 4RVJA 5P59A 3FSMA 1LYWB 1XE6A 5P8RA 3LIZA 2BPZA 5DR0A 1ZSFA 4B78A 1MVPA 5P1MA 5P22A 3HLOA 1SIPA 2QMGA 4RRSA 3IA9A 1ZPKA 1MEUA 2I4XA 2VA7A 4DJPA 3OXVA 4ER4E 5P68A 5OZDA 1LYWA 5P23A 4B0QA 2F81A 2QHYA 2R5PA 3LHGA 4PHVA 5P6OA 4TRZA 4Y3FA 3DCRA 2BQVA 3KYRA 4Y3XA 5C9FA 3L38A 3SABA 3EKQA 1HSHA 4Y4XA 5OZ9A 3PI0A 4APRE 5P1CA 5P0IA 2QZLA 3HW1A 5P3CA 3EM3A 5P1XA 3ZKNA 2G21A 3NSHA 5P75A 3ECGA 5P37A 5P4LA 1K6VA 3EMYA 2AVQA 4YOBA 4FSEA 1K2CA 3GGXA 1MPPA 4L7HA 5P1TA 1Z1RA 1LYAB 1TQFA 3EKXA 1M4HA 5OZMA 4L7JA 1W5VA 4Z22A 5P6QA 1HTFA 5APRE 3INDA 2R5QA 4Y3DA 2ER0E 2FGUA 4I8ZA 1W5YA 4JP9A 2QZKA 5P2DA 1ODYA 2QZXA 4DQHA 5KQXA 3TOGA 1ZSRA 5OZYA 2OHMA 4Z50A 2FLEA 2Q63A 1W6HA 3QRMA 1WBMA 3S43A 4Y3SA 3SA9A 4DI2A 5P1YA 4YCTA 5P5XA 2AODA 2QCIA 4LXAA 5P3FA 5P55A 5P7FA 3OXXA 5P3NA 3UCBA 2WEZA 3EL4A 5P0MA 4R93A 3VF3A 1T3RA 1BBSA 1HVJA 5P2BA 5DQCA 3VLBA 5P7NA 1HSIA 3S7MA 5P3HA 4GYEA 5P63A 3DK1A 5P5DA 5P7HA 1HVCA 5KR1A 2R8NA 1ZPAA 2IEOA 3EBZA 1FMXA 4Y3EA 1W50A 2G94A 3L5EA 4Y36A 5P0RA 3QBFA 3LZSA 3OAGB 1GVWA 5P40A 4CPWA 2QHCA 5P0TA 3MXDA 5P11A 4EJKA 1C6ZA 5P27A 5P7MA 2Q3KA 2PMAA 3K5GA 4K4QA 1FLHA 3RSXA 5P41A 5AHAA 4ZSQA 3K4VA 2AOGA 3VYDA 5P2IA 3O9AA 5P78A 3D1ZA 3PMUA 5P76A 3Q6YA 5P0JA 3Q70A 1RPIA 1FQ7A 5P06A 5P1EA 3NWXA 5OZ4A 4YD6A 5P50A 3OHHA 5P0QA 5P3YA 2PQZA 5P79A 2Z54A 4Y57A 3ZMGA 4YCKA 5P36A 5P1AA 3ZKXA 4I0JA 3L59A 5P7KA 3URLA 4Y4DA 3T11A 2FXEA 5C9DA 3KDCA 4Y43A 2IKOA 4J0PA 2OHTA 3GGUA 5P18A 1UH7A 5P38A 1AIDA 2R38A 2FNTA 2V12C 1IZEA 4CPSA 2ZJMA 5HDXA 2P83A 3I7EA 4Q1NA 2B8LA 5IVRA 2OHSA 4KE0A 5P5AA 3OU1B 1EBZA 1HOSA 2V0ZC 1BVEA 3QIHA 3KA2A 3I2LA 1EPRE 3S54A 5P4QA 2R3WA 2ZHRA 4ACXA 5P7TA 4UPJA 1ZLFA 5P00A 3OQFA 4YDGA 2V10C 3OU1A 1NPAA 4Q1WA 5P3WA 5P42A 2I0DA 5P5CA 1KJ4A 1HVSA 4FRJA 3HAUA 2P3AA 3RTMA 5EZZA 5P3SA 5P74A 5P5UA 4X7IA 4Y41A 5P3RA 2B60A 2HS1A 3OUCA 3WZ8A 3TLHA 5P4OA 5P5GA 1CZIE 4FL8A 2IL2A 1CPIA 5P5BA 2R43A 5P6HA 4GJ5A 5HE5A 5P8LA 5HCOA 3HDKA 4QJAA 3JW2A 5P7SA 4GJ7A 1APUE 3OK9A 5P6EA 4HDPA 1BDQA 3PGIA 5P5MA 3SA3A 3IN3A 1FG8C 5P7UA 4TRYA 5P6YA 2HM1A 3H0BA 5P71A 5OZ7A 5IE1A 1AZ5A 4AA8A 1KZKA 3TL9A 2QMFA 4HA5A 2H6TA 4EXGA 2OF0A 2A4FA 1MRXA 2RENA 3OADA 2AOJA 3R0YA 3Q4BA 2XFJA 3DUYA 4EJDA 3K4VC 3EKYA 3G70A 4A6CA 4WY6A 4L1AB 3UDPA 5KOQA 5ENKA 1N49A 5HTZA 2A1EA 2VNNA 2VKMA 4DV9A 5P5RA 3UQWA 3HZCA 5P5ZA 5P2EA 2SAMA 4GZFA 4D88A 3PLDA 4ZPFA 2AOFA 4J1EA 5P87A 4CMSA 1NPVA 1OEWA 5P5VA 3VYFA 2PSUA 5P5HA 2RMPA 2AZ9A 5OZ1A 4L1AA 6UPJA 3NDUA 2BJUA 4OBJA 5P1BA 5P8HA 3IGBA 3RSVA 4S1GA 1HVLA 5OZ5A 1QBUA 3NDXA 2AOCA 5P66A 3OY4A 4EQJA 5P57A 2F80A 4Y3RA 5P09A 1ODWA 1EPOE 2WF3A 3OUAA 2WF1A 1YT9A 3TOHA 5P6IA 3LPIA 1MSNA 3NWQA 5FIVA 5P8CA 4J1IA 5P6SA 4I8WA 5AH8A 4TVGA 4DJWA 1QDMA 5P1ZA 5DGWA 5P5WA 5T4SA 1XDHA 5P7PA 3PBDA 4NPTA 2ER7E 3IN4A 3ZL7A 1HVHA 2O4KA 3EKVA 5P5NA 5P2RA 1SBGA 2BKSA 1PFZA 3DV1A 4HE9A 3HBOA 4Y53A 3MXEA 1MESA 3QS1A 4Y4EA 3VG1A 3HVGA 5P1SA 5I3VA 2CENA 2VIZA 4AA9A 3PSUA 4L7GA 3K1WA 2QI1A 5P3GA 3Q5HA 2P3DA 4PPHA 5OZKA 5P0XA 1A94A 1FF0C 2HAHA 4OBZB 5P4PA 3FNUA 2G69A 1PSOE 3MWSA 5IS4A 4U7VA 2ZJHA 1EAGA 5OZGA 3SA7A 2VIYA 3K5DA 1OEXA 5CONA 4Y9WA 4ZSPA 3RTNA 4EHCA 4GMIA 2IDWA 4DQEA 5P5YA 3OGPA 1APWE 1B6LA 1HEFE 4GJ6A 4LP9A 4Y3HA 3L5FA 4AZYA 1XS7D 5P2XA 1BDLA 3BGCA 4WTUA 5P44A 3CYWA 4F76A 3DJKA 2PSGA 4TRWA 2VNMA 3TPRA 2V00A 5P12A 1Z8CA 5P1FA 4QJ9A 3OU4A 5P0CA 3HAWA 3QVCA 3LZUA 4Y4AA 5P2WA 3I25A 3QP0A 3KFNA 3FNSA 1AJVA 3UHLA 3LIYA 1AAQA 3LZYA 4F74A 4CPTA 1MTBA 3UFNA 2ZJKA 1BV9A 5P4KA 3O99A 4J5JA 5P0LA 2OAHA 4OBKA 3O9IA 4A4QA 5P1KA 3WB4A 2B42A 2QD7A 5OZLA 2P3CA 4X2LA 3INHA 3ZKMA 3HD8A 2NMZA 5UPJA 1YM4A 1T7KA 3INFA 3RU1A 5P7JA 5P4SA 1FMBA 5P6ZA 1A9MA 4Y47A 3U6AA 5P0VA 4K4RA 2QI5A 1HPOA 2PK5A 4Y4GA 5P2YA 4Q1YA 5OYWA 3EC0A 4RCFA 2ZJNA 1HIVA 4ZSRA 2WF4A 5SZ9A 1BVGA 5OYQA 1GNNA 4RZ1A 3VV8A 3DM6A 4J17A 4COEA 3AUPA 4R8YA 2G1NA 1D4JA 4PZWA 3U71A 3KFRA 1AXAA 5P7ZA 5P4DA 3EL5A 1G2KA 4FAEA 3CIBA 4BFDA 4Y3PA 1FB7A 1YTIA 5P51A 2QU2A 5P7OA 3K5CA 3QBHA 4XXSA 5P0GA 3CIDA 2AVSA 3Q3TA 4AMTA 3VEUA 5P1JA 4D89A 4N00A 5OZRA 6APRE 5HE7A 2WL0A 3PCWA 4K4PA 5P0PA 4J0ZA 5P54A 2V11C 2QZWA 4R91A 3T7QA 5P16A 4NJSA 4FM8A 2QNPA 1UPJA 2HB3A 5P30A 1EBKC 5DR4A 1BV7A 2QI4A 3ZKSA 4I0DA 1B6KA 2NXDA 3IXJA 4Y3AA 2ZHVA 1BAIA 4DJUA 2WEBA 1FQ5A 1IZIA 2NPHA 3LPJA 5BS4A 5SY3A 3IXOA 3CKRA 5P1WA 3S7LA 4J1CA 3KN0A 4Y45A 3UDRA 5P4UA 1HPSA 2NTRA 4Y4ZA 2IKUA 5P4VA 1AVFA 1K6CA 1QRPE 3BUFA 3ZKQA 3H5BA 3KMYA 3S43B 1EPQE 5P2MA 4EP3A 5DR3A 5P3BA 4R5NA 5P3JA 5P61A 4ZLSA 4Y3LA 5P1LA 1HVRA 2QD8A 1FIVA 3IVIA 2FMBA 2QI6A 1Q9PA 5P5IA 2AVVA 5P6VA 2FDDA 4BELA 4I0ZA 5P69A 1DW6C 2PWRA 1HBVA 5P7EA 5TOLA 2PWCA 4FRIA 3NYGA 5P4ZA 4DQGA 1F34A 4GB2A 1B11A 5HDUA 5C9BA 2FDEA 2I4UA 3S2OA 1J71A 2XFKA 2WKZA 5P52A 4DQCA 5OYUA 2RSPA 4YA8A 4H3FA 4J0VA 5OZCA 5E5JA 5P17A 2ZYEA 2I1AA 5P13A 3UF3A 4Y37A 2ZHSA 2QK5A 3L5BA 4K9HA 3S53A 3SAAA 3OTYA 5P6WA 5HU1A 3ZOVA 1SGZA 1ZTZA 1SDVA 4BEKA 1FMUA 1YG9A 5P1OA 3PWWA 1FFIC 1K6PA 5OZHA 5P83A 2P3BB 5AHCA 5P1UA 2FIVA 2AVOA 4FGXA 2V16C 1SDTA 3FX5A 1XL5A 5P4AA 1BIMA 5P5SA 5KAOA 1WBKA 1EC0A 5P53A 5P2VA 5P31A 2ZGAA 3BVBA 2ZHUA 5OYYA 3O9EA 4PEPA 3B7VA 1A30A 4Y3JA 5BWYA 2P3BA 4EJLA 4J1KA 1HPVA 2ZDZA 5P65A 2OHPA 4JPCA 5OZWA 4EP2A 4B77A 2F3EA 4CPQA 1M0BA 4YD5A 2H6SA 2NNPA 3R2FA 3NLSA 3TPLA 1TCWA 5OZPA 3NXEA 2AOHA 2OHQA 3BRAA 2ASIA 3BXSA 1WKRA 4J0YA 1RV7A 4OD9B 1ZBGA 1EPNE 4YOAA 5P4JA 2G20A 4KB9A 1FQ4A 4Y51A 5P4EA 4CPRA 1XL2A 3SFCA 2WHHA 5P3AA 1SMEA 5P0UA 4HVPA 2Q11A 1FQ6A 2QNQA 3PVKA 2B7ZA 5P4TA 5B18A 3OQKA 5OZIA 3VUCA 4DQFA 4B1CA 1B6MA 1YM2A 1AJXA 4H3IA 5P4RA 5P1IA 3OU3A 5P8AA 3UDMA 1RQ9A 3EL0A 4YCYA 3QRSA 2WF2A 4OD9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HDF A;  5OYZ A;  5OZB A;  5P7Q A;  4XX4 A;  5I3W A;  3RTH A;  5P47 A;  1W51 A;  4NPU A;  1MER A;  4Y5L A;  1VIJ A;  4FSL A;  4QJ2 A;  2I0A A;  1EC2 A;  1ME6 A;  3SAC A;  2HB4 A;  2VIJ A;  3GI4 A;  3OUD A;  3QRO A;  2BPY A;  3APR E;  3B80 A;  5AGZ A;  3SA4 A;  2F8G A;  5P2C A;  5P4W A;  2WED A;  3ZLQ A;  1B6P A;  4DFG A;  5P8O A;  3I6O A;  3KDB A;  2APR A;  2JJI A;  5P7G A;  4DJR A;  4CKU A;  2PSV A;  1K1U A;  5I3X A;  1OD1 A;  1PSA A;  1G0V A;  1MT7 A;  3OGQ A;  3PSG A;  2HC0 A;  4B00 A;  2HPF A;  5P7I A;  4NKK A;  1MTR A;  4QJ8 A;  5OYT A;  5OZF A;  3BC4 A;  5P26 A;  3OXW A;  2Q64 A;  2XFI A;  5P2Z A;  5DQ2 A;  4Y5N A;  1ZP8 A;  5P3E A;  3O9D A;  2G1R A;  1QBT A;  3PMY A;  3FIV A;  3UDK A;  5P4C A;  5P3K A;  5P3D A;  4K8S A;  5P04 A;  4YBI A;  5P0E A;  5P32 A;  4FRK A;  5P2Q A;  4KE1 A;  3JVY A;  5P1D A;  5P8V A;  2QP8 A;  4DQB A;  5DQ1 A;  5OZN A;  1Z1H A;  5P8T A;  4B1D A;  1ER8 E;  2VIE A;  1E82 E;  3SA6 A;  1MRW A;  3TOF A;  5ER1 E;  4Y5G A;  1NSO A;  1QBR A;  4R95 A;  1MIQ A;  3UDY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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