The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
LQQWKVGDKCSAIWSEDGCIYPATIASIDFKRETCVVVYTGYGNREEQNLSDLLSPICE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High Resolution X-ray and NMR Structures of the SMN Tudor Domain:
conformational variation in the binding site for symmetrically dimethylated arginine residues
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Survival motor neuron protein
|
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
14
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-08-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EQJ A; 5D6Y A; 2EQU A; 3OMC A; 5KCO A; 3OYN A; 5J39 A; 2RI3 A; 4LD6 A; 1H3Z A; 3DB4 A; 3PFS A; 3S3O A; 4BD3 A; 2GF7 A; 2IG0 A; 2RHU A; 3C4S A; 3L42 A; 1OI1 A; 2QQS A; 3QBY A; 4II1 A; 3O8V A; 3FDR A; 2O4X B; 2MWP A; 5D6X A; 3E9G A; 2LRQ A; 3MP6 A; 4IUV A; 4FL6 A; 4L59 A; 3OYG A; 2XDP A; 4C5H A; 2L8D A; 3MEA A; 4QQ6 A; 4Q5W A; 4A4H A; 5KH6 A; 2R5A A; 5IAY A; 4E7L A; 3H8Z A; 2LDM A; 2MWO A; 3BDL A; 3OY9 A; 4B9X A; 3OQ5 A; 3QKJ A; 3OYA A; 4ZTF A; 2RI2 A; 4QVZ A; 2LTO A; 1WGS A; 5M9O A; 2FHD A; 3OA6 A; 3OYI A; 2VYT A; 2RHZ A; 2EFI A; 3NTK A; 2K3Y A; 2RJE A; 3LYI A; 3PNW C; 4PL6 A; 2DIQ A; 4A4G A; 3OB9 A; 1G5V A; 1WJQ A; 1KHC A; 3ME9 A; 2R57 A; 4A4F A; 4C5I A; 5KE2 A; 3OYC A; 2RJC A; 4IUR A; 4B9W A; 3L2Q A; 4ZTJ A; 4RG2 A; 3OYF A; 2JTF A; 3P8H A; 3UT1 A; 4N4H A; 4X34 A; 4IUU A; 2L3R A; 3L2R A; 2R5M A; 2F5K A; 3CEY A; 4N4I A; 4C5G A; 2RO0 A; 3DB3 A; 5CIU A; 3S6W A; 4EDU A; 5C6S A; 3MP8 A; 3SD4 A; 4E7J A; 2GFA A; 2M16 A; 3Q1J A; 4BAC A; 2X4X A; 5J26 A; 3OYJ A; 3E9F A; 4NS5 A; 4QQD A; 3OS1 A; 1MHN A; 2D9T A; 4IUQ A; 2BKD N; 3FLG A; 3LX7 A; 3OS2 A; 3MP1 A; 3LH0 A; 3UWN A; 4CRI A; 4E7K A; 3LLR A; 2X35 A; 3M9Q A; 4C5E A; 1OZ3 A; 3ZEH A; 3OYE A; 2G3R A; 5C0M A; 2NLU A; 1WJR A; 2LCC A; 2E5Q A; 3OYH A; 3FC3 A; 2L89 A; 3EAE A; 3OYB A; 2WAC A; 4A4E A; 2P0K A; 3QJ6 A; 3OYK A; 3NTH A; 3ASK A; 4E7H A; 4IKF A; 2HQX A; 3P8D A; 5KE3 A; 2R58 A; 2RJF A; 2EKO A; 2X4Y A; 2K3X A; 1XNI A; 3FEO A; 2JZ2 A; 2GFU A; 2EQM A; 1RI0 A; 3MO8 A; 3NTI A; 3PMI A; 4E7I A; 2B8A A; 3MEU A; 3DLM A; 2RHX A; 4OVA A; 4Z02 A; 4UC4 A; 2DAQ A; 2RHY A; 3L2W A; 3L2U A; 3GOX A; 1N27 A; 2CKK A; 2EQK A; 4BDZ A; 5IN1 A; 4QQG A; 1OZ2 A; 2RHI A; 4FU6 A; 2BIV A; 2RI5 A; 2M0O A; 2X4W A; 3F70 A; 5KCH A; 3OS0 A; 3S3M A; 5FRO A; 4IUT A; 2RJD A; 2XK0 A; 3S3N A; 4PLL A; 3KUF A; 3MET A; 2M1H A; 4BE2 A; 3OYD A; 2E6N A; 4QW2 A; 2HQE A; 2DIG A; 3MEW A; 3PMT A; 3LGL A; 4PLI A; 2O4X A; 5FRN A; 3H6Z A; 4IUP A; 2LVM A; 4N4G A; 3OYL A; 4HCZ A; 2PQW A; 3OMG A; 2BUD A; 4GY5 A; 4BE1 A; 3OYM A; 5D6W A; 3QII A; 2QQR A; 4BDY A; 3MEV A; 3L2V A; 3LGF A; 4BE0 A; 1OYX A; 5FRM A; 2YRV A; 1SSF A; 1WJS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JVV A; 3EGX A; 5D6Y A; 3THK A; 4AG2 C; 1E6G A; 5GAN f; 1KG1 A; 1WHJ A; 4C92 C; 1RAD B; 1H3Z A; 2D8H A; 3JB9 H; 3L42 A; 5CVI A; 1OI1 A; 2O4X B; 4J9G A; 5CAI A; 3MP6 A; 3I56 Q; 1RAA B; 4LDW A; 2JS0 A; 4QQ6 A; 5IAY A; 3M59 A; 3CC2 T; 1VQL T; 4A63 B; 2FRY A; 2PVG B; 2RH2 A; 3PGG A; 1K73 C; 1RAG B; 3CME Q; 3JCM b; 2VYT A; 1UG1 A; 4A4G A; 1WJQ A; 1KHC A; 3CC7 T; 2DYI A; 3RER A; 1MV0 B; 3M54 A; 2CP7 A; 4M77 F; 1V76 A; 1W4S A; 1K9M C; 1TTH B; 1FXX A; 1BI2 A; 2A37 A; 1IZ6 A; 2BE7 D; 2FZC B; 4FSS A; 3TEE A; 3CCU A; 2EKH A; 5C6S A; 2GFA A; 1WLP B; 2CYZ B; 5LJ5 j; 2LNV A; 4D8D A; 3G1J A; 3DLL A; 3M0Q A; 4E7K A; 2E4H A; 2MCN A; 1YWO A; 1O9S A; 4F16 A; 2LCC A; 3FC3 A; 1MGQ A; 2F5T X; 1VQP A; 4HCB A; 5D7U A; 4M7A F; 4EPC A; 1WHM A; 3FRN A; 2L3S A; 4RTU A; 1UGS B; 1FMV A; 2ZGW A; 2VXE A; 3DKM A; 3DLM A; 1JJ2 P; 3J7A F; 2NUZ A; 5HCK A; 3L2U A; 1YJ9 Q; 2OX7 A; 2RHI A; 1Q82 U; 3CCJ A; 2O9S A; 4OMN A; 2WSC E; 1VQM T; 1HJD A; 1S72 Q; 1RAB B; 1ABQ A; 1TUD A; 5FU6 B; 2AKK A; 3UF4 A; 2BUD A; 1WI7 A; 3VS0 A; 2NUT B; 1M90 U; 3BFM A; 1OYX A; 2DRM A; 2RQW A; 1W1F A; 2HDA A; 1WHH A; 1I1J A; 2EQU A; 3QO3 A; 4K11 A; 3VKI A; 3X24 B; 4HCC A; 1G3Y A; 2RB6 A; 2EJ9 A; 3RIR A; 4BD3 A; 4X9D A; 1X2K A; 1HXD A; 2DL3 A; 1K0X A; 1H64 1; 2MWP A; 1VQO Q; 4C5H A; 2L8D A; 2DD4 A; 2JMA A; 2YRC A; 1XTD A; 1IRE B; 4AFU C; 4ZGD B; 4CC3 A; 3JCM d; 2QDY B; 1PKS A; 4F7U A; 2PU9 B; 2DTI A; 4RUG A; 4A4K A; 2HAX A; 4C92 D; 3LYI A; 5KYY A; 4HA8 A; 5I11 A; 3JB9 J; 4DBF A; 3G6E A; 1B34 A; 2DJZ A; 1WX6 A; 1YBY A; 3CPF A; 3CCU T; 2XD0 A; 2DEQ A; 1AHJ B; 2JS2 A; 2R5M A; 2JTE A; 4C0F A; 2RO0 A; 4X9C A; 4EDU A; 1CKB A; 5IHK A; 4M7D G; 5GAN 5; 3CCV Q; 2X3X D; 2IPO B; 1VQP T; 3OYE A; 2XID A; 2L0A A; 3CMA A; 4PJJ A; 5FU6 C; 2FZG B; 3VRZ A; 1Y7X A; 3QJ6 A; 2RD1 A; 3OYK A; 1KQS A; 4IKF A; 1JXO A; 1N9R A; 1BCO A; 3QDF A; 5CKB A; 3CCJ T; 4PJO E; 2AZS A; 2V1R A; 3RDV A; 3R6N A; 5GAO p; 2AZV A; 4XTU A; 4CC7 A; 2DVE A; 3V7R A; 3G71 Q; 1QWF A; 4J7I A; 3ZFJ A; 2E64 A; 3OYD A; 2E6N A; 1AWX A; 2HQE A; 2DIG A; 1U06 A; 3LGL A; 3HFN A; 4N4G A; 1M3C A; 1SHF A; 2HBP A; 2CSI A; 4OGC A; 3NPF A; 4BDY A; 5GAN h; 3ZBD A; 3N5B B; 3OYY A; 1TG0 A; 4CI0 C; 2QQA A; 3NFC A; 5DM7 R; 4C92 A; 2D8J A; 3M53 A; 4PJL A; 2PVO B; 1Y96 B; 3QBY A; 3M0T A; 4LD9 K; 1WHG A; 4ESR A; 5A0G A; 4L59 A; 3JCM c; 2R5A A; 1N9S A; 1VQ6 A; 3QKJ A; 1PSF A; 4J9C A; 2JMC A; 3G6E T; 1I8F A; 1J3T A; 3EFR A; 8AT1 B; 1LNX A; 3CCQ T; 2AKL A; 2RPN A; 1N8R U; 3WXM B; 4FIB A; 3CCE A; 3UA6 A; 1NLO C; 4IUU A; 2L3R A; 2I0N A; 4PJO F; 1UFF A; 3CEY A; 4N4I A; 3WVD B; 1M90 C; 2DLP A; 3EFO B; 3A8H B; 4PJN A; 1YIJ A; 2J05 A; 3CMA T; 2EYX A; 1MMA A; 2GGR A; 2QEX Q; 4KGX B; 1H3H A; 2E3I A; 1T0H A; 1FMW A; 4FSX A; 2L89 A; 4RTV A; 3TSW A; 1D1C A; 1BYM A; 1YJW A; 2HL3 A; 3EG0 A; 3NTI A; 3LW5 E; 1WNL A; 2P0P A; 3I55 Q; 2RHY A; 2BE9 B; 1XJW B; 5KCH A; 3F70 A; 5FRO A; 2XK0 A; 3AT1 B; 2DFU A; 1YIT Q; 4QW2 A; 2O4X A; 2KYM A; 2XI9 A; 3SWN B; 4FT4 A; 1VQ4 A; 3CD6 Q; 3CXC P; 3M55 A; 1Q7Y U; 4LUE A; 1N6A A; 2DET A; 1Z9Z A; 4M4Z A; 2AIR B; 3GF5 A; 4JLI A; 1VQ8 A; 3UA7 A; 3DB4 A; 3C4S A; 1VQ6 T; 1X6G A; 3EH2 A; 3UAT A; 2HNI A; 2YXY A; 1WXB A; 5IH2 A; 1YI2 Q; 2LT4 A; 4C8Q C; 1M3A A; 1ZA2 B; 5GAN d; 4J9B A; 1KD1 U; 4XTX A; 1ZLM A; 3GNF B; 2KNB B; 4PFZ A; 4HXJ A; 1GCQ C; 3JV3 A; 2K5F A; 1WXT A; 2LQ8 A; 3OYF A; 3INZ A; 1ZHI A; 2EAY A; 2GNC A; 4J9H A; 4ORZ A; 1R8O B; 4KH0 B; 4AMC A; 3TSZ A; 4HVU A; 2DXB A; 2F1L A; 4BAC A; 5IT9 E; 2DTO A; 2HEQ A; 5J26 A; 2RF0 A; 1MNE A; 2OI3 A; 3L1A A; 4QVD A; 1U1T A; 3OS2 A; 4M78 C; 2COW A; 1TSF A; 2ZPG B; 3UWN A; 1PNJ A; 2GCX A; 2RK2 A; 4A54 A; 2LNH B; 3LLR A; 1ZBJ A; 3HRS A; 1YJW T; 2KSS A; 2RM4 A; 1IGU A; 2XIC A; 1MMG A; 5L23 A; 1QP3 A; 3SWN C; 2CH4 A; 1D3B A; 2ZCF B; 1QCN A; 3A8M B; 4JPB W; 1VOM A; 2YLB A; 4RKU E; 1SEM A; 3MO8 A; 4XU1 A; 2EQM A; 2P84 A; 4RTY A; 4L5G A; 1VQN Q; 1UEC A; 3MEU A; 5AT1 B; 3GOX A; 1BK2 A; 2YRD A; 2JT4 A; 2K5I A; 3CCL Q; 3HSB A; 4M77 B; 2RMO A; 2RJD A; 1N8R C; 2VKN A; 2OTJ Q; 4XTW A; 1VQ4 T; 2JTM A; 3CME A; 3H6Z A; 1NEB A; 4TVR A; 4R56 A; 2P0Q A; 4EMK B; 4M75 C; 2FPE A; 2JNG A; 2W10 A; 4P5N A; 1VQ8 T; 3KBG A; 3CC4 Q; 5HK0 A; 1VA7 A; 2D0Q B; 4J5Y A; 1NJI R; 5IXB A; 2WSF E; 4DEY A; 2GQI A; 4OB3 B; 1YHQ Q; 1PG5 B; 1AT1 B; 3V8L A; 2DTH A; 1VQK Q; 4E7L A; 2V8I A; 2PTK A; 3OYI A; 3IQL A; 2AT1 B; 2RHZ A; 2YUP A; 2YWW A; 4J9F A; 2E65 A; 3PNW C; 4PL6 A; 1X2Q A; 3RR6 A; 3JCM W; 5GAN 6; 1QVG P; 2K79 A; 2KRM A; 2OTL Q; 2CP6 A; 2MK5 A; 1U1S A; 4ZTJ A; 1T0J A; 4AT1 B; 1QVF A; 2LQK A; 1RAH B; 1YJ9 A; 5CKF A; 2RN8 A; 3L2R A; 2E12 A; 4C8Q D; 3SHW A; 3SD4 A; 4HKE A; 1S72 A; 2ECZ A; 4NS5 A; 4QQD A; 1NYF A; 4HVV A; 4M77 C; 2LX9 A; 1K8A R; 5CCA A; 4C92 G; 3LH0 A; 2DPP B; 5FWC A; 5GJV B; 5C0M A; 2E5Q A; 2CH4 W; 1Q95 G; 4EMK C; 1JBM A; 2HQX A; 2PZ1 A; 1RAF B; 1YFN A; 1KD1 C; 1E6H A; 1YJN T; 4E7I A; 4OVA A; 4M78 D; 1VQO A; 1SHG A; 3CME T; 7AT1 B; 1LOJ A; 1OZ2 A; 1YWP A; 4OML A; 1Y57 A; 3H0I A; 4M7A C; 5GAM g; 1Q86 C; 2FVU A; 1Y96 A; 3PIO A; 1I07 A; 3PIP A; 3OYL A; 2MIO A; 3VU3 C; 2C0I A; 3KXT A; 1SF9 A; 1K76 A; 4DOW A; 4JJC A; 4OB2 B; 4GLK A; 2ZPI B; 1NEG A; 4E7Z A; 5LJ3 g; 3M4Y A; 1F1B B; 2GTJ A; 1W2B S; 3HTR A; 2DKG A; 3WVE B; 1M9S A; 3M0R A; 4HVW A; 1B7T A; 1G3S A; 4NL2 A; 4IIM A; 3QWX X; 2H3J A; 3R6O A; 4OMQ A; 1PD0 A; 3CCV A; 3OBW A; 1B3Q A; 2VXF A; 3HHT B; 4M75 D; 5GAO r; 3EHR A; 4OMM A; 2ED0 A; 1WYX A; 1X6O A; 3VYG A; 4DQ2 A; 4C8Q A; 4QVZ A; 2KAF A; 1AWJ A; 5CKE A; 2JM9 A; 5CQY A; 5CQX A; 1SRL A; 1YJ9 T; 2VC8 A; 4DOV A; 2R57 A; 4C5I A; 5KE2 A; 1AEY A; 4XTV A; 1NG2 A; 3L2Q A; 3HRT A; 3CCS Q; 1S72 T; 2DM1 A; 2GQV A; 3G71 A; 4JUV A; 4A53 A; 2DBM A; 2J6O A; 3OYJ A; 3OS1 A; 2VGM A; 2DXC A; 2NUP B; 4M78 A; 1TOV A; 9ATC B; 2NLU A; 3UPU A; 3JCM e; 1UHF A; 4E7H A; 2QGF B; 3SWN A; 2DZC A; 5KYW A; 1VQO T; 2YUN A; 1IXD A; 4C0D B; 4XQ3 A; 4M77 D; 4Z02 A; 5GAO n; 1SPK A; 2KVQ G; 2PNI A; 3I5S A; 4KGZ B; 4PJM A; 4EIK A; 2FYK A; 2RI5 A; 2X4W A; 1YN8 A; 3RKY A; 1X6B A; 2XKO C; 4JZ4 A; 4PJO B; 1FYN A; 2DEU A; 4BY6 B; 2KK4 A; 4FYY B; 1M1G A; 4BE2 A; 4XK8 E; 4MZT A; 3CXC S; 1IHV A; 2GTO A; 1V29 B; 3M0U A; 3V7S A; 4C92 E; 4J83 A; 4X1V A; 3EGD A; 1JO8 A; 3MEV A; 4M75 A; 4FYX B; 3EH1 A; 4Z8A A; 5GMK h; 2YRV A; 4J6X A; 3MCA B; 5LJ5 g; 1SSF A; 5LJ5 e; 4C0Z A; 4M7A D; 1LVK A; 3OSS C; 1LCK A; 2X3W D; 3CCV T; 3S3O A; 2DF6 A; 2CP0 A; 5LL6 S; 1YCS B; 3JB9 I; 5EC7 A; 4ATO A; 2QEX A; 4FL6 A; 1WA7 A; 1IHW A; 4EMH A; 2M51 A; 3A5Z B; 2MWO A; 3BDL A; 1K73 R; 1FWZ A; 3OQ5 A; 2O31 A; 3V7C A; 6AT1 B; 2E3H A; 3VS2 A; 1M1K U; 3QZ5 B; 3OB9 A; 3JSC A; 3OYC A; 2VAS A; 1GCP A; 3G71 T; 1K9M R; 3I55 A; 2JTF A; 2EPD A; 4JDS A; 2OAU A; 1VQL Q; 2F5K A; 2CZ6 B; 4Z88 A; 3S6W A; 4C0D C; 3I9Q A; 1V1C A; 2RNA A; 1YIT A; 1OPL A; 2O9V A; 3TCJ A; 4M77 A; 4J8O A; 1AWW A; 3CD6 A; 4PJO C; 3OW2 A; 3PTA A; 2LP5 A; 4BY6 C; 1TUG B; 3MPU B; 1RLQ C; 1QMC A; 3GNG A; 1M30 A; 4OB0 B; 1OU8 A; 4F04 B; 2D1X A; 1G83 A; 2SRC A; 2WAC A; 3M5A A; 3J81 E; 3NTH A; 3ULR B; 4F17 A; 5KE3 A; 3MHX A; 3O5Z A; 2EKO A; 1WHK A; 3EG9 A; 1CKA A; 3PMI A; 4PFO A; 1BIB A; 3V8K A; 4UC4 A; 1KC8 U; 5DY9 A; 3M57 A; 4M7A A; 1UB4 A; 1QVP A; 1ZBX A; 1KQS S; 3MEW A; 3QJY A; 3CCR Q; 4HCZ A; 2EIF A; 4MML A; 1Q81 U; 1B07 A; 3CPW P; 1SG5 A; 3KFV A; 3JB9 F; 3RKW A; 4EMG A; 1Y0M A; 4RG8 A; 4OGE A; 2EYZ A; 8ATC B; 5J39 A; 1U5S A; 4Y92 A; 3EFS A; 2QEX T; 3PFS A; 4AG1 C; 2LQW A; 3O8V A; 4RCB A; 4R55 A; 4IUV A; 1KK7 A; 3MEA A; 1R0B G; 2A36 A; 5KH6 A; 1MMD A; 1GXI E; 3H8Z A; 4FYW B; 5A0D A; 2M9U A; 3QSU A; 2CUB A; 2BZY A; 3I55 T; 3HL8 A; 3QYH B; 1QVG S; 1X69 A; 2C06 A; 3ME9 A; 1W2B P; 3G7Z A; 4WF2 A; 1VQN A; 2CS7 A; 2OAW A; 4N4H A; 2E5K A; 3SDZ A; 1UGQ B; 1YIT T; 5GAN j; 1D0Z A; 3CCL A; 3VUB A; 4MZM A; 4ZGJ B; 2OTJ A; 3CD6 T; 5GMK m; 2X4X A; 4PKC C; 2DJQ A; 2MF2 A; 2QAZ A; 3JCM J; 2FL7 A; 1Q82 C; 4PNO A; 4CRI A; 4IIO A; 1X43 A; 1WJR A; 3CC4 A; 3EAE A; 3CCM Q; 5GAN e; 2Y90 A; 5IHI A; 1OX8 A; 5FLX E; 2X4Y A; 4C8Q G; 2BZ8 A; 1CSK A; 1JB0 E; 1YHQ A; 1PSE A; 1UE9 A; 1M1K C; 4MMK A; 2LJ1 A; 2KGT A; 4BDZ A; 4PJO D; 2HKQ B; 3OS0 A; 1K8A U; 1QCO A; 1G8X A; 4J7F A; 1AD5 A; 2L2P A; 5ECA A; 2X4J A; 1ZX6 A; 2XDD A; 2ZPF B; 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