1MIQA

Crystal structure of proplasmepsin from the human malarial pathogen plasmodium vivax
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
HLTLAFKIERPYDKVLKTISKKNLKNYIKETFNFFKSGYMKQNYLGSENDVIELDDVANIMFYGEGEVGDNHQKFMLIFDTGSANLWVPSKKCNSSGCSIKNLYDSSKSKSYEKDGTKVDITYGSGTVKGFFSKDLVTLGHLSMPYKFIEVTDTDDLEPIYSSVEFDGILGLGWKDLSIGSIDPIVVELKNQNKIDNALFTFYLPVHDVHAGYLTIGGIEEKFYEGNITYEKLNHDLYWQIDLDVHFGKQTMEKANVIVDSGTTTITAPSEFLNKFFANLNVIKVPFLPFYVTTCDNKEMPTLEFKSANNTYTLEPEYYMNPILEVDDTLCMITMLPVDIDSNTFILGDPFMRKYFTVFDYDKESVGFAIAKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords plasmepsin
publication title Structural insights into the activation of P. vivax plasmepsin.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium vivax
total genus 80
structure length 373
sequence length 373
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1miqA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1miqA01
2QZLA 5OZ2A 5HDZA 3UQPA 4J1EA 2FXDA 3UDKA 5P2BA 2I1AA 5P03A 3IGBA 5OYYA 2FS4A 4H1EA 3D1ZA 1A94A 2QD8A 5I3VA 5P6PA 4K4QA 1MEUA 4EQ0A 3UFLA 4BELA 1BWAA 4R92A 5HDUA 2IKOA 5F01A 5P1JA 1AM5A 4RRSA 3L3AA 5SZ9A 4I0HA 2JYSA 4XX3A 4ZLSA 2SAMA 2WJOA 1FFIC 3QPJA 4PHVA 1YTGA 1NPAA 4YCTA 5P2AA 3BVBA 4EJDA 4CP7A 5P12A 4PEPA 2I4QA 4FSEA 2PYMA 7UPJA 2G1OA 5DR4A 5P0OA 3KMXA 2Q55A 4R91A 3INEA 3VV6A 3NSHA 3OWNA 5P3KA 2VIEA 2HPEA 5OZQA 3FX5A 5P6QA 2J9JB 3OU4A 5P3XA 3OUBA 5P8FA 5P5JA 5OZZA 3ZKGA 2FXEA 1B6KA 3OQDA 4YA8A 2RSPA 4YCYA 4ZPGA 5P49A 2ZJJA 1ZPAA 3UFNA 3NU9A 1KJGA 1G2KA 5P1MA 4Y53A 5P6YA 1T6EX 5P51A 4TVGA 3UPJA 5P0KA 4JPCA 3DUYA 2QAKA 3EKPA 3D3TA 5P7LA 1K6PA 4BEKA 5P61A 4D89A 2V10C 3S56A 4QLHA 4YD6A 2G1SA 5ER1E 5OZJA 3VF3A 2ASIA 2RENA 1MVPA 5IVSA 4CPWA 3MXDA 3GI4A 3IN3A 5OZXA 3PSYA 2VNNA 1QRPE 2WF2A 3VEUA 4ER1E 3NUJA 5P1KA 1K6CA 5P4ZA 5P09A 1HOSA 2OHKA 4LHHA 1PPME 3IVIA 5P45A 3UQXA 1AXAA 5P5CA 2Q5KA 3NU3A 4IVSA 2PWCA 4Y37A 3APRE 1LYBB 4OC6A 4Y3LA 1FQ4A 3VFBA 1GVTA 5P7RA 2AVOA 5P42A 4OBJA 1KJHA 3FNUA 3I2LA 3VV7A 4YOAA 5P0ZA 4GZFA 3VCMA 1OHRA 5P48A 1T3RA 3K5CA 5COOA 2XFJA 1Z1HA 1FG8C 3SLZA 5P53A 4DFGA 3BUHA 1IDBA 5P1AA 1XL2A 3LZUA 5P85A 4B1EA 3QP0A 3S45A 3UDMA 3NU5A 3BHEA 1MPPA 1YT9A 5P79A 5P15A 5P8QA 2AZ9A 3LNKA 4OBDA 5P0RA 3UDHA 3OQKA 1LEEA 5P88A 4I0IA 5P0UA 2QD6A 1FMBA 2AZCA 1JLDA 2G22A 4Y3YA 5KOSA 2OHSA 5P5ZA 3KMYA 3TPPA 1SDTA 2O40A 5P5EA 5CLMA 4A6BA 1FLHA 2QMFA 2PWRA 1NPWA 4PZWA 4Y6MA 3SQFA 4OBKA 4RCDA 3NLSA 5HU0A 3S54A 2O4LA 5P72A 3QRSA 5DR1A 4H3GA 5DQ2A 3S7MA 1RL8A 5P6OA 4NJUA 5P4UA 5P40A 5P63A 5P5DA 1TQFA 1E82E 4GJ9A 5P8DA 3LPJA 2IS0A 1D4LA 4FM7A 3O9IA 2VIYA 5P2DA 2BB9A 5P4SA 1EPOE 4R5NA 1FEJC 3O9AA 1A9MA 3EL9A 5P5HA 5KOQA 5P7FA 4JOOA 2AVSA 5P2RA 2QZKA 3CYWA 5P4YA 5P28A 2JXRA 5P36A 5P86A 5P60A 2FDEA 5OYRA 1LYAB 3R1GB 4UPJA 4ACUA 5P66A 1PPKE 5P0EA 3LIQA 3OUDB 5P05A 4RVXA 5P8PA 5ISKA 4DVFA 5PEPA 3BVAA 3ZKIA 4B1DA 4I11A 1HEGE 2BQVA 5OZNA 5TOLA 1LYWB 2P3CA 1FIVA 2ER7E 5DR8A 5P6ZA 3WSJA 4L1AA 3TOFA 3KFRA 5P1OA 3PEPA 1G6LA 2WECA 4EJ8A 1APWE 2AOIA 1APVE 4Q1XA 3JW2A 1LS5A 2WL0A 1EBZA 5P1WA 5FIVA 2QI7A 5P13A 5KR2A 1M43A 1WKRA 5KQZA 3CKTA 3GI0A 1FGCC 5P1QA 5P7NA 3FKTA 3UF3A 1W5YA 2ANLA 3RVIA 2G24A 3N4LA 5HD0A 5P6DA 1Z8CA 1HPVA 2FLEA 3QAAA 4DQGA 4F76A 3DV1A 2NMZA 5P3PA 3QIHA 1LF4A 1GKTA 2R5QA 1B5FB 3LINA 5P0QA 5HDXA 3JVWA 3CYXA 5P3NA 5P8NA 3KYRA 4AUCA 2G94A 3OXXA 3TPLA 4D85A 2QD7A 5ISJA 3OADA 2I4WA 2VJ6A 5P2YA 1EBYA 3PWMA 1HVRA 1LF3A 5OZ6A 4J0TA 1MT9A 5P7JA 2AVMA 4Y3SA 5HDVA 4HA5A 3G6ZA 1EPPE 5P2FA 4HEGA 5P64A 4JP9A 5P7HA 4RYGA 5P5LA 4WY6A 3C9XA 5P0CA 4YBIA 2NPHA 5P6HA 4FL8A 5OZ9A 3ZPUA 4Q1NA 3SAAA 2V16C 5P41A 3DM6A 3HLOA 3KM4A 5OZOA 1HVIA 4BFDA 4YCKA 3NYGA 1ZSRA 1OEXA 1HHPA 2NXLA 5P3JA 5P5IA 4Y58A 1DAZC 1ODXA 2OHPA 1FF0C 5P38A 4Y3HA 1XL5A 2G27A 5OZEA 3PHVA 4YD7A 1HVLA 2R9BA 4ACXA 5DR7A 3H0BA 3APPA 5P69A 5P6SA 6UPJA 5P3MA 3OU1B 1GNOA 3TPJA 5OZRA 4J0YA 3KF0A 3NR6A 1FQ6A 5P7OA 3PCZA 5P6UA 3OU3A 5DPZA 2OHMA 5P4AA 4I0ZA 5IVRA 5P26A 3O9CA 4CPRA 5F00A 3IAWA 4RYCA 2QHCA 1D4JA 2OAHA 3VSXA 5AH6A 2FNSA 3QRVA 5AH9A 1SDVA 1FFFC 3OY4A 5P80A 3KFNA 3RTMA 5OZCA 4R93A 4I0FA 2CENA 2ZYEA 4ZSPA 2VIZA 1QBUA 5OYZA 3OXCA 2IRZA 1NSOA 3L5EA 4HZTA 2FDPA 5P6TA 3WZ8A 1HTEA 4JECA 1QBTA 2V12C 4Z4XA 5OZVA 5P50A 5P5XA 4RZ1A 5HE5A 3TLHA 1N49A 2I4VA 5P17A 4Y5KA 3S2OA 5P25A 1BDLA 1AJVA 4Y57A 5P7KA 2WF0A 5P2LA 3BGCA 3NXEA 3UQUA 2P3DA 1XE6A 2J9KA 4A4QA 4H3JA 4Y3EA 5OYQA 3IA9A 5P2UA 1BILA 2WF4A 4LAPA 3IN4A 1B11A 4L7JA 1KJ4A 1FKNA 5AHAA 2B7ZA 4TRYA 3OHFA 2FNTA 5P4MA 5P24A 3S43B 1AJXA 3VG1A 2QU3A 3TH9A 2QK5A 1FG6C 1W5VA 5P4BA 2AODA 4F73A 3G70A 3TKWA 4QGIA 3PI5A 1ODYA 4CPQA 2BBBA 5AHCA 5P52A 4QJAA 1YTIA 3ZL7A 5P0LA 5P8TA 2O4SA 3HZCA 1HVCA 2Q11A 5ENKA 5P62A 3UDJA 1IZIA 5P8KA 3KT5A 5P08A 5P1VA 1BVGA 5P07A 5P82A 3IXOA 1HWRA 2AOCA 3PSUA 4RGHA 3INDA 4FRKA 2A1EA 2MIPA 3PMYA 4Y48A 4OBZB 3ZPSA 4Q5MA 2HB3A 2HPFA 1AAQA 3EBZA 3SM2A 2AZBA 5OZYA 2OHTA 5OZ7A 3VV8A 4YBFA 2PC0A 2QNNA 3M9FA 5P14A 3ST5A 5OZ3A 2ZJMA 3L59A 5P19A 2IGXA 5P4GA 5P4OA 5P0NA 1IVQA 5P84A 1Q9PA 5P2JA 1HPOA 1EC0A 1EAGA 2BKSA 4NJTA 1YG9A 3ZMGA 3O9HA 4MC2A 5P7YA 2H6TA 3D1YA 1SDUA 1HVHA 5P0JA 3RSXA 1MT8A 1HSGA 3Q3TA 4LP9A 1HSHA 3OUAA 5C9DA 1BV9A 3O9EA 5P77A 3GGXA 2P3BB 4KE0A 3OXWA 3NXNA 3L5CA 4EXGA 5AH8A 3O9LB 4Y5LA 3O9BA 1FQ7A 3UDQA 5OYWA 2VS2A 3GI5A 2BKTA 3OAGA 2HIZA 5P87A 3SA9A 3RTHA 1GVUA 3OU1A 5P5PA 5P06A 4YD4A 3PWRA 3ZKNA 3ER3E 5P0DA 3EL4A 3ECGA 4Y3ZA 5P0WA 4GJCA 1MSMA 4GJ6A 2IQGA 1TSQA 5P5FA 4OD9B 5OZIA 5P4NA 3SFCA 3T6IA 1ZBGA 2AZ8A 1VIJA 2QI1A 5P73A 3VYFA 5P74A 1DMPA 1HVSA 5P8IA 4Y4AA 4Y39A 1OEWA 3EKVA 5P22A 1BIMA 3S7LA 1MTBA 1TZSA 1C70A 5OZKA 1ER8E 3SA7A 4B78A 5OZUA 5P7QA 5P7SA 3DJKA 4K9HA 2IDWA 4I0JA 3OK9A 4CPTA 4J0ZA 5IVQA 5HU1A 4S1GA 4F74A 3OOTA 5HE4A 4Y5AA 3PWWA 1C6YA 4DH6A 2ZGAA 2AOHA 2NR6A 2QHZA 3HVPA 4WTUA 4EJKA 2F80A 4YDGA 2QI4A 1XS7D 5UPJA 5I70A 3GW5A 3FSMA 3INHA 5P1LA 2V00A 1U8GA 4R8YA 2R43A 1K2BA 5P3AA 4ZSRA 1AIDA 1DPJA 5P1DA 3OOZA 1KJ7A 5OYVA 2ZJKA 3TTPA 1D4KA 5P5VA 2FGVA 4Y41A 1UH9A 4Y4BA 5KR8A 1SMRA 1ZLFA 3KFPA 4NPTA 3I6OA 3I8WA 5OZMA 3WB5A 1HRNA 3CIDA 4I8ZA 5P1BA 4WY1A 2OHLA 4RCEA 2F3FA 5HVPA 5OZHA 5P8JA 3QRMA 1W6HA 1HVJA 2WEDA 3SA8A 3OTYA 3MXEA 1XN2A 5P6RA 4ZSMA 5P1XA 3FV3A 3LITA 7HVPA 2NXDA 4YHQA 4DPIA 4OBHA 3B7VA 5OZWA 3UCBA 5P7BA 2FIVA 3S8IA 1AVFA 3NDUA 2OHQA 3PM4A 1FB7A 4Y5CA 6APRE 5P76A 5E5KA 1EPNE 5P78A 4QJ8A 3MSKA 5OZ5A 2Z4OA 5P8CA 2XFKA 4ER4E 5P5RA 4F75A 5P18A 5AHBA 2WEBA 3VF5A 2IENA 3R2FA 1ENTE 3UDYA 2NNPA 5P3WA 4J0VA 2WHHA 4U7QA 4XKXA 4DI2A 5OZTA 3PGIA 2NTRA 5P3SA 5SY2A 5T4SA 4JPEA 1HPXA 1IVPA 5P6CA 1T6GA 2HS2A 2Q54A 3OHHA 5P1UA 4Y38A 5P4WA 1W50A 1HTGA 5P1PA 4FCOA 4FGXA 5P4DA 3VYDA 4Y5PA 1RQ9A 1BXOA 2AQUA 4L6BA 2I0AA 3SKGA 2R3TA 2O4PA 3R0YA 5P1EA 4ER2E 4DJPA 4APEA 3KFSA 3EMYA 4Y4GA 5OZBA 5P2IA 4EHCA 2AIDA 5P4JA 4AA9A 2B42A 5P23A 5P3RA 5P3YA 3CKRA 4PPHA 4A6CA 2J9JA 3SA6A 3DCKA 5P7GA 1M4HA 5P2XA 1Z1RA 3PRSA 4Y56A 4EWOA 5P6JA 4QJ2A 5P3ZA 1EC2A 4TRZA 5P4HA 5J25A 4IVTA 3CMSA 2QMDA 3QI1A 4CMSA 2IL2A 3OXVA 1K1UA 5P4TA 2PQZA 4DJXA 3HAUA 4H3FA 2ER0E 3GI6A 3LIXA 4CPSA 3EC0A 2F3EA 5P3FA 4Y3MA 1YTHA 3NUOA 4B70A 1EEDP 1MSNA 4FLGA 5ENMA 3S85A 4RRNA 4OBFA 5P0TA 5B18A 4ZPFA 3ZKMA 1SBGA 4QJ6A 3DOXA 3D91A 5P44A 5P3CA 2HB2A 5P8AA 3D20A 4DJQA 1FMUA 4KUPA 1EPRE 4DQCA 5OZLA 4RROA 4LC7A 1D4SA 5P2HA 3BRAA 2G1NA 1MTRA 2VA5A 5P7ZA 4COEA 5AGZA 5OZ1A 3UHLA 1LYBA 2R3WA 5P81A 4L7GA 4RCFA 3SPKA 4Y3WA 3VSWA 1D4YA 2QI0A 3O9GA 3PBDA 4Q1WA 2QMGA 2B8LA 5P5GA 3CICA 4MC6A 1QBRA 4GJDA 2F8GA 4N00A 2VA6A 3DV5A 2VJ9A 2WF1A 4LXAA 1GVVA 2VKMA 1K6TA 4AA8A 3LHGA 2OF0A 4I1CA 4B77A 2V11C 3BXRA 3MSJA 1PROA 5P2NA 2I4UA 3UTLA 5P00A 3GGUA 5P71A 3BUFA 4Y43A 3PBZA 5P5WA 2IKUA 5P0HA 3AIDA 1KJFA 1SGUA 1C6XA 2ZJHA 2ZJIA 5P3QA 4Y5NA 3TOGA 5DR3A 2R5PA 4XXSA 3PMUA 4GB2A 5P7EA 4D83A 5P2MA 2NNKA 4YE3A 3ZPTA 3T11A 1ZSFA 2B8VA 1QS8A 2ER6E 5P3HA 5P55A 4Y3XA 4GJ5A 4EJLA 1B6PA 1LV1A 3OU4B 1META 3UDNA 5SXNA 3HVGA 2G69A 3Q6YA 5P4CA 5P8HA 3LZVA 3FNTA 5P1GA 1NH0A 1MUIA 1ODWA 4BFBA 3U71A 2PSUA 5JFUA 1G0VA 2FGUA 1E5OE 5P70A 2PH8A 5P3OA 4FRJA 1AZ5A 4LL3A 3TKGA 1HIHA 4B0QA 1HVKA 5P04A 3R0WA 5P10A 3KDCA 1HBVA 3Q5HA 4CPXA 4APRE 4I10A 3FNSA 4ZE6A 5OYUA 1YM2A 4RVIA 3QVCA 1LYAA 4LXMA 2B7FA 3SABA 2ER9E 3HAWA 1OD1A 5P8LA 1BDQA 5P5AA 3WZ7A 3OUDA 4DV9A 4DJRA 2AVVA 1CPIA 5P01A 1EBKC 4L7HA 1LYWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QZL A;  5OZ2 A;  5HDZ A;  3UQP A;  4J1E A;  2FXD A;  3UDK A;  5P2B A;  2I1A A;  5P03 A;  3IGB A;  5OYY A;  2FS4 A;  4H1E A;  3D1Z A;  1A94 A;  2QD8 A;  5I3V A;  5P6P A;  4K4Q A;  1MEU A;  4EQ0 A;  3UFL A;  4BEL A;  1BWA A;  4R92 A;  5HDU A;  2IKO A;  5F01 A;  5P1J A;  1AM5 A;  4RRS A;  3L3A A;  5SZ9 A;  4I0H A;  2JYS A;  4XX3 A;  4ZLS A;  2SAM A;  2WJO A;  1FFI C;  3QPJ A;  4PHV A;  1YTG A;  1NPA A;  4YCT A;  5P2A A;  3BVB A;  4EJD A;  4CP7 A;  5P12 A;  4PEP A;  2I4Q A;  4FSE A;  2PYM A;  7UPJ A;  2G1O A;  5DR4 A;  5P0O A;  3KMX A;  2Q55 A;  4R91 A;  3INE A;  3VV6 A;  3NSH A;  3OWN A;  5P3K A;  2VIE A;  2HPE A;  5OZQ A;  3FX5 A;  5P6Q A;  2J9J B;  3OU4 A;  5P3X A;  3OUB A;  5P8F A;  5P5J A;  5OZZ A;  3ZKG A;  2FXE A;  1B6K A;  3OQD A;  4YA8 A;  2RSP A;  4YCY A;  4ZPG A;  5P49 A;  2ZJJ A;  1ZPA A;  3UFN A;  3NU9 A;  1KJG A;  1G2K A;  5P1M A;  4Y53 A;  5P6Y A;  1T6E X;  5P51 A;  4TVG A;  3UPJ A;  5P0K A;  4JPC A;  3DUY A;  2QAK A;  3EKP A;  3D3T A;  5P7L A;  1K6P A;  4BEK A;  5P61 A;  4D89 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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