1MQDA

X-ray structure of the glur2 ligand-binding core (s1s2j) in complex with (s)-des-me-ampa at 1.46 a resolution. crystallization in the presence of lithium sulfate.
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
b'KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor subunit 2
publication title GluR2 ligand-binding core complexes: Importance of the isoxazolol moiety and 5-substituent for the binding mode of AMPA-type agonists.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA01
3SESA 5H8SA 3VLVA 3MPLA 3TFLA 4QHQA 2OBGA 3SEWA 4EXLA 4OTEA 5KCJA 3G3KA 1N3XA 5CBSA 1B3LA 4EUOA 2H99A 3HHFA 5H8NB 1NMUA 3EPEA 3TEPA 1F9BA 1II5A 1UIVA 3RPWA 1LGBC 1AIVA 2M8CA 3OSQA 2DWHA 4GQOA 5CMKA 2OCUA 4Q0CA 5L9SA 4NMYA 3R6UA 3O28A 5JK4A 3KN7A 3OXNA 1BLFA 3KSXA 3RGYA 2QJEA 1QJMA 3KGCA 4LP2B 1I6AA 4F2OA 1MQDA 1B1HA 3FV2A 2O7IA 2RC8A 3O6HA 5I58B 3DELB 3EHSA 2H4IA 3RLFE 3IO4A 4AB5A 2OK2A 4TLMB 5EHMA 4U1OA 4EDPA 4WEDA 3K6XA 2ABHA 3IAZA 3PPRA 2V93A 1FTOA 4LZ8A 3VXCA 3ODBA 1MXVA 1IUDA 2GH9A 3IB2A 5H8HA 3S9MC 3D4CA 4DXUA 1MY4A 1JQFA 4LVQA 4JDFA 4R75A 4NF4B 5I58A 1SDXA 2XXXA 3P7IA 5HPQA 3RT6B 5A5XA 1JETA 3A09A 4O3BA 3HN0A 4PFTA 1IXIA 1B0HA 2HXWA 5BUUA 3LSFB 3HSTA 2PBWA 2I0BA 2XXUA 2XXYA 4R6HA 4RK2A 1QUKA 3K6UA 2HEUA 3V8XB 5B7DA 4U1ZA 1GTKA 3M3FA 4DCXA 4QFPA 3K01A 5I57A 1OLCA 1R6ZA 4NF4A 1FW0A 3FJMA 3KSJA 1ZKBA 3QAXA 2QMXA 4QFOA 4KFQA 4X48A 4MLVA 1LAXA 5M2VA 1NNFA 2FYIA 1XHYA 3USDA 2H98A 1EZPA 5KDTA 1B5IA 3T9UA 4O3CA 4ND9A 2F34A 1POTA 3T9HB 1A55A 4M4GA 2Y7RA 3H7MA 4R72A 3UN6A 3OO7A 1S9TA 5IAIA 2OJTA 4HW8A 1M5FA 2UVIA 3BKIB 3KEIA 4PFWA 3O2AA 3MJNA 4LZ5A 3RNNA 1XC1A 1A99A 4QFKA 3IJXB 1B52A 1ZU0A 2Q88A 1USYH 1GV8A 4NF8A 2P0SA 3SEXA 1USYE 3OEMA 1LAFE 1URSA 2Z22A 2O1MA 4OWDA 5B70A 5DVIA 4GL8A 3DP8A 1MXWA 5JEIA 4H6DA 4R73A 4F1UA 2AYSA 2OWTA 2V3QA 2AL5A 4F39A 3FJ7A 1I6BA 2I6EA 4QFNA 3TTNA 2I58A 4F1YA 4I9DA 4M1VA 1O64A 1IXGA 4FEDA 1PEBA 1B7UA 3C35A 2XXWA 1B9JA 3MZ9A 2F36A 2ZMBA 4HCWA 3RUMA 4MF3A 2YJPA 3T22A 3TELA 3RT8A 2Y7IA 3KN3A 4C1TA 2F6GA 4H1XA 3PGFA 3RY3A 1JVYA 4NE4A 4YKIA 1LAHE 2F8DA 3PUWE 3KJ7A 4C1UA 5CC2A 3OSRA 3IR1A 1BKAA 3RQTA 1B3HA 4G8HA 4ZE8A 1FTLA 3H06B 3O29A 5H8QB 4G2ZA 3QXMA 4YICA 1URDA 2O68A 4G8NA 5I2KA 4TLLB 4R6KA 1MXUA 1GVCA 2DXRA 4IO2A 1IEJA 3KJTA 2DE3A 1LFHA 4YU0A 1SW2A 3T96B 3PPNA 3HO7A 3QK6A 5I56A 1SI1A 5DT6A 3GXAA 1H44A 2HAVA 1QKBA 2IA4A 5K2XA 3TODA 5AA2D 3SEYA 3B7DA 1JW5A 3IJOB 2UYFA 3VVFA 3JV9A 3O6IA 2QS2A 1CB6A 4ESXA 4U23A 1LAGE 3TTKA 3PMWA 2ZYMA 1MQIA 2E1SA 2H9BA 4XKQA 4G68B 4AB6A 3T66A 3IB1A 5AA1A 2I3WA 5DEXB 4KR5A 4DXCA 4F3BA 3PMVA 2OZZA 5AA2B 4KPTA 2Y7WA 5TP9A 1QKAA 4H8JA 1MM7A 3TCHA 1NL5A 1B51A 5EYFA 2WKYA 2RINA 3C33A 3DM0A 2Q2AA 2Z23A 1MQGA 1N7XA 1BTJA 1HSJA 2O1LA 1RKMA 4ZEKA 4H65A 2DWAA 1JW4A 4BDNA 3S4UA 1D4NA 3ZKLA 3B6WA 1NKXA 4IO7A 3WAEA 2I0CA 3K1MA 1B3FA 3R26A 5AA4A 4FJPA 3IOUA 3IOVA 4NF6A 4YMAA 1EZOA 3TQWA 1B5JA 3E4RA 3RN8A 2G29A 3ILUB 3I6VA 3LR1A 4XIGQ 1JW1A 1XVYA 3MUQA 4QF9A 2V25A 3E13X 3FD3A 5KCJB 1L5TA 3H6UA 4IY5A 4QFLA 2DSFA 3FASA 5K2YA 1HSEA 4RJZA 3O97A 1QUJA 1R9QA 4YB7A 1LSTA 3FVNA 2PMSA 1N76A 3CSGA 5L9OA 3MVWA 3FVGA 1B7HA 1LBBA 4YAHX 2I3VA 3QYTA 4FEBA 1OMPA 3KG2A 1ZTYA 1M5CA 1B3GA 3N6UA 3CFXA 3CFLA 3FV1A 2XD2A 3PUZE 3TUSA 4DCYA 4LUBA 3T93B 4F22A 1N7WA 2RCAA 1I69A 2ANJA 3LC8A 2Z8FA 4H5GA 3K4UA 1EU8A 2QS3A 3N94A 1B4ZA 2RC9A 3VDFA 1MXZA 3PU5A 3TCGA 1UTBA 1MXXA 1Z7ME 5ITPA 1B5HA 3FZVA 1B05A 2VD2A 3FUZA 1FTKA 1NNKA 3Q29A 2ONKE 3VVDA 4N13A 5CBRA 3PMXA 3HHGA 5H8HB 4NF5A 2ZNUA 4OHNA 4P0GA 3G3HA 4FE8A 4Q30B 2XXIA 5DYHA 5FTIA 1IIWA 4R2FA 4OFOA 1UIUA 5A5XB 3U92A 1MQJA 4XXUA 2DYXA 3TAJA 4OENA 5JTYA 2H25A 1ZMGA 1T0KA 1US4A 4UA8A 1M5EA 1WDNA 2R71A 3G3IA 3UORA 4IO6A 4X1DA 1TT1A 3SEUA 5CM6A 3LUYA 4I1DA 3TMGA 4KI0E 4KYSA 5I57B 2YPNA 2VP1A 3M8UA 3C32A 2I4CA 1ZLQA 2ONSA 3KBRA 2HZKA 3PPPA 1P1WA 3FJGA 4F3SA 1DPEA 5AE4A 1PB7A 3PUVE 3CIJA 5KDTB 2HFBA 4RA1A 2XX9A 3MP6A 1XVXA 3PD8A 3VE1B 1NH7A 3TCFA 3IO6A 1OQGA 2QS1A 4NEDA 2Y7KA 3VV5A 4GOTA 2DS9A 3G7WA 2F6PA 3MVYA 1MH4A 1YTVA 3U94A 4IO3A 4NTLA 3C31A 1FQFA 3UP9A 4H67A 4OXVA 2I4BA 4YB5A 1LCFA 1MDQA 4NF8B 3UIFA 4FAJA 3S9LC 3OENA 1SW5A 1B4HA 4IGRA 1D9YA 1DOTA 1KWHA 3OEKA 5ICTA 1H43A 3EF7A 3KOTA 3SEVA 2DQVA 4E0WA 3CI8A 2GHAA 5LOMA 1B6HA 4Z0IA 1VFDA 1QVSA 5F1QA 5TPAA 4MFIA 1S50A 3MVXA 1FQBA 2ZXTA 1P1QA 2XXTA 4E0XA 3PUYE 4R6YA 4K3FA 3QSLA 3Q27A 3DP6A 3N5LA 1M5BA 4GL0A 5ICQA 4Q8RA 5I59A 1PB8A 1BIYA 2Z8DA 4NWCA 2F35A 1O7TA 3FXQA 4LQ2A 4F2QA 3THIA 5CI5A 1POY1 1LLSA 2O7UA 2XHDA 4JSDA 4OEVA 4EF2A 3PD9A 1QULA 3BBRA 5DVFA 1US5A 2FA7A 2ZYNA 1TFDA 2F7BA 3OELA 4TOZA 2AIXA 1A54A 1SQYA 1JVXA 1FTJA 3ZS6A 1JEUA 5I2KB 1JNFA 1MY3A 2REGA 2OWSA 1MM6A 1MY0A 5FHMA 2X7PA 2VOZA 3C4MA 4U4SA 4OYVA 4DXBA 3MP8A 4N6PA 5I56B 1SYIA 4DZ1A 3EN3A 2W7YA 4GF8A 2VHAA 2ZYOA 1MDP1 1H3DA 2IEEA 4TQUQ 2Q2CA 3Q28A 4GWOA 4IO5A 3MC2A 1B3EA 3JYRA 1Q1KA 2F5XA 2QRYA 4BDMA 4F19A 2DWIA 4R9GA 4THIA 4UACA 1PBQA 3LSWA 3OOAA 1FQDA 3S9EA 2ZYKA 4OEUA 3FIRA 3SETA 3LSXA 1DSNA 3W9VA 2VGQA 2CZLA 1MG1A 3H6VA 3EHTA 1FCKA 3H6WA 1OQHA 5TP9B 2UVHA 1MPCA 3R7XA 2V3UA 4N07A 4EQBA 1PDAA 2I49A 2E0SA 3PV0E 4ELPA 4DIGA 4ONYA 3K1PA 4GIZA 4POWA 4JBZA 4G8MA 2Z8EA 2RCBA 2X26A 1BP5A 2UVGA 5J1DA 1OVBA 4OFLA 1Y9UA 2UXAA 4EQ7A 3G3JA 4PFUA 3RTFB 1P1UA 2P2AA 3GBAA 5AA4B 1B2HA 1FTMA 2HQ0A 2O6AA 4MH5A 1S7YA 1IQ7A 4NF6B 3T9XB 2P1SA 1FQCA 3OD7A 3TQLA 3OO6A 2HAUA 1LB8A 3N26A 3IL1B 1FQEA 3C34A 2R6GE 3KN8A 5CMMA 4GVOA 1A7LA 3A3CA 5I2NA 2F78A 3IOTA 3QIMA 5H8FB 3JZJA 4MLQA 4RY1A 3ONMA 2NVUB 1Y1MA 3W9WA 1RYOA 3MP1A 3TZAA 4LA9A 2V3TA 3E3KA 4C0RA 4QSEA 3K1NA 3VFJA 2ALUA 3CFZA 3SERA 1ATGA 4ELRA 2GHBA 2RC7A 4EXKA 1LFGA 4LATA 3L6GA 5KZTA 3M3LA 4OMBA 5ITOA 5IKBA 5H8FA 3IK6B 3TTRA 4GLIA 3S2VA 2REJA 1TWYA 3SDFA 3MQ9A 3SKPA 1UTBB 2Q89A 2HCAA 1MH3A 4ZEBA 2H5YA 4KCCA 5L9MA 3IB0A 2PYYA 4OESA 1R1NA 1UTHB 1SI0A 4H0WA 1H45A 1Y3NA 2O69A 5EHSA 1NH8A 1PC3A 2G93A 4IY6A 3VLWA 4NF5B 3CVGA 4LONB 3HPIA 3ILTB 2NOOA 1OVTA 2B3BA 3VLUA 3O6GA 5L8DA 4U21A 1YAEA 3H03A 3VXBA 4EQ9A 2R9JA 5JTYB 2D21A 2XX7A 1RYXA 3H4ZA 4G77A 2ONRA 3ZKKA 1UTHA 4PQJA 4MBPA 1B0LA 3MBPA 4BLAA 2Y7PA 4RK9A 4KQPA 5F7VA 1LFIA 1VE4A 1Y20A 3D4GA 3FVKA 1TFAA 4XKPA 4GRKA 3HCQA 2D3IA 5BWJA 2ESNA 4NWDA 1QUIA 1SVXB 1XS5A 3Q25A 4FIMA 4ZEDA 5H8NA 4QRZA 1OIBA 1WODA 3MW0A 3MAMA 4ZZEA 1PBPA 4OZ9A 1DTZA 4ISUA 4BDLA 1NFTA 4H5FA 1Z7NE 1R9LA 1M5DA 3CSBA 4RPOA 4ELQA 3S9NC 1B7ZA 3EQ1A 1AL3A 4JSOA 3TPAA 4JWYA 5CRYA 4KCDA 3M3KA 3I5OA 4WXJA 4G4PA 2GFEA 1N0TA 1GR2A 1MXYA 1Q35A 2PVUA 2NUVA 1ELJA 1LCTA 1AH5A 4OQOA 1MQHA 1D9VA 2ZNSA 2BJJX 5TU0A 2B65A 3V89B 2XXVA 4R9FA 4OFJA 1A8EA 5DVJA 3K6VA 4IO4A 1ZJLA 3VVEA 1MPBA 3K0VA 1B58A 4U2RA 3MZ1A 1VFEA 1A8FA 1EZ9A 1MS7A 4YZZA 2DWJA 3UGWA 5ELVA 1CE2A 3G3FA 3MPKA 3O66A 5ISUA 1FQAA 2ZNTA 4YMBA 1IITA 3TTLA 3QUFA 4FATA 5TPAB 1MPDA 3QUJA 3L6HA 1I6QA 4ZDMA 2RKMA 2XXQA 2DVCA 1AMFA 4F29A 4KD5A 4FECA 5I59B 4RXLA 3WAFA 4O3AA 3UK4A 4I8CA 3BFTA 2XXRA 2Q9TA 3C36A 1SD3A 4XTCQ 2AL4A 4DLDA 4ZECA 2X7QA 4HTGA 2QS4A 1B32A 5HBCA 4Z7EA 4F31B 3H6TA 4U22A 3GLBA 4IB2A 3IX1A 4GXSB 4RPNA 3FXRA 3GBBA 1NNPA 4YKKA 3OO8A 3PPQA 2DVZA 4H8IA 1DMBA 1ANFA 3TYHA 1VSOA 2PX1A 4KYEA 1SW1A 1AOVA 4ZS9A 5FHOA 3DP4A 3MVZA 4JB7A 3LBSA 4HS7A 2QSXA 3T9VA 4L17A 4HCYA 1Y4TA 3HV1A 1OLAA 3TDJA 3AXFA 1N3WA 3IOWA 4XKRA 1B40A 3OMBA 1NNTA 1SW4A 4I62A 4DE8A 4EF1A 3CRBA 3N6TA 4P11A 2F7AA 2V84A 4Q5TA 2F7CA 4WKMA 3TKDA 4G68C 1DTGA 2DOJA 1XT8A 1D3KA 5CMCA 1MRPA 1WVJA 1P99A 2OLBA 3EHUA 4OVJA 3U93A 3F11A 4U4XA 4ZE9A 3CG3A 1J1NA 1JEVA 2QL3A 1UQWA 4BDRA 1HSLA 1P1NA 4OERA 1IXCA 1A40A 4KYDA 1PB9A 3KOSA 1DPPA 3PUXE 4QSCA 3W15C 1URGA 1Y3PA 4DDDA 1Y4CA 4PETA 4PFYA 2NWJA 3MZBA 3Q26A 1QW0A 1LBCA 2FNCA 3B6TA 3OO9A 4BDQA 4R74A 4F1VA 3FXUA 3V83A 1XOCA 3U1OA 2RF1A 3FATA 1LB9A 5FTHA 1SBPA 5I84A 4YKJA 1N04A 4PE5B 3A3UA 2XXHA 4ZEFA 4POXA 4PP0A 1TXFA 2DP8A 1N84A 4JXIA 4OETA 4WEPA 5I2NB 4P0IA 3K02A 4GFRA 4LQ5A 2O51A 5FHNA 4F3PA 4RNSA 4IGTA 3V5AA 2A5SA 2KLFA 5H8QA 3K00A 4FORA 5CMBA 3K6WA 4RYAA 1MY1A 3E9XA 2A5TB 1EH3A 1MY2A 2XXPA 4LZ7A 4KHZE 4GD5A 1P1OA 1H76A 4ECFA 4GXAA 4ELOA 4ESWA 1SYHA 2XD3A 3G3GA 3ZSFA 3PPOA 3H3GA 4ZEIA 3U72A 3ECRA 2VD3A 1B1XA 3CR9A 2UYEA 2Q8JA 1IXHA 1IZ1A 2DXYA 2PT1A 2F97A 2QMWA 3CG1A 3KFMA 1YCJA 4JWOA 1GGGA 1O63A 3C9HA 4X1BA 4F3GA 4BDOA 4G68A 1ZIUA 2A5TA 2LAOA 4YKPA 3RTWB 2QPQA 4QSDA 3K2DA 2DE4A 3MWBA 4XKNA 2NXOA 2XX8A 5DEXA 3I3VA 1YPNA 3FGSA 5AA2A 1ZBMA 3U8QA 2I48A 1VR5A 2DE2A 4R2BA 4ZZAA 2Y84A 4F18A 4X9TA 2O84X 4AQ4A 3BFUA 3IORA 5HM4B 3GZGA 2THIA 3TTMA 2YLNA 2HZLA 2PT2A 3KZGA 3UA8A 3LSLA 1Y3QA 1B46A 3DLNA 5AA3A 1Y1ZA 3O9PA 3B6QA 2CMOA 5DTBA 4YB6A 2GRVA 4JWXA 3FVOA 2B3FA 2D5WA 2UVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NI9A 3SESA 5H8SA 3VLVA 3MPLA 3TFLA 4QHQA 2OBGA 3SEWA 4EXLA 4OTEA 4MHFA 5KCJA 3G3KA 1N3XA 5CBSA 1B3LA 2CEXA 5ET8A 4EUOA 2H99A 3HHFA 5H8NB 1NMUA 4MAGA 3EPEA 3TEPA 1F9BA 1II5A 1UIVA 3RPWA 1LGBC 1AIVA 2M8CA 3OSQA 2DWHA 4GQOA 1YYZA 5CMKA 2OCUA 4Q0CA 5L9SA 4NMYA 3R6UA 3RPLB 3O28A 5JK4A 3KN7A 3OXNA 1BLFA 3KSXA 3RGYA 4N4UA 2QJEA 1QJMA 3KGCA 4LP2B 1I6AA 4F2OA 4NF0A 4PFBA 1MQDA 3RYDA 1B1HA 3FV2A 2O7IA 2RC8A 3O6HA 5I58B 3DELB 3EHSA 2H4IA 3RLFE 3IO4A 4AB5A 2OK2A 4TLMB 5EHMA 4U1OA 4EDPA 4WEDA 3K6XA 2ABHA 3IAZA 2F3BA 3PPRA 2V93A 1FTOA 4LZ8A 3VXCA 3ODBA 1QGXA 1MXVA 1IUDA 2GH9A 3IB2A 1FJ6A 5H8HA 3S9MC 3D4CA 4DXUA 1MY4A 1JQFA 1IMFA 4LVQA 4JDFA 4R75A 4NF4B 5I58A 1SDXA 3PTYA 2XXXA 4I3YA 3LUZA 3P7IA 5HPQA 3RT6B 5ESYA 5A5XA 1JETA 3A09A 1FPLA 4O3BA 3HN0A 4PFTA 1IXIA 1B0HA 2HXWA 2WX9A 5FBPA 5BUUA 3LSFB 3HSTA 2PBWA 2I0BA 2XXUA 2XXYA 4R6HA 4RK2A 1QUKA 3K6UA 2HEUA 3V8XB 4U1ZA 5B7DA 1GTKA 3M3FA 4DCXA 4QFPA 3K01A 5I57A 1OLCA 5IZ3B 1R6ZA 2FBPA 4NF4A 1FW0A 3FJMA 2WBDA 3KSJA 1ZKBA 2P3VA 3QAXA 2QMXA 4QFOA 4KFQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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