1MQDA

X-ray structure of the glur2 ligand-binding core (s1s2j) in complex with (s)-des-me-ampa at 1.46 a resolution. crystallization in the presence of lithium sulfate.
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title GluR2 ligand-binding core complexes: Importance of the isoxazolol moiety and 5-substituent for the binding mode of AMPA-type agonists.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor subunit 2
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA01
1SW4A 1LB8A 3B7DA 3ILUB 2I4BA 1DTGA 1OMPA 4GVOA 3RTWB 3V83A 3KBRA 5ICTA 4ND9A 1RKMA 4HCYA 1OVTA 1WVJA 3HHFA 5F1QA 2NVUB 3H03A 2I0CA 3IOUA 5I58B 3TPAA 4H67A 5AA2B 5JK4A 1B9JA 1NH8A 2VHAA 4NWCA 4NF5B 3USDA 4F19A 3K6WA 3EHUA 4Q8RA 4RPNA 4HW8A 4H8JA 2BJJX 5DVJA 2OJTA 2R71A 1B0HA 1ZKBA 2O1MA 3VVEA 2OWTA 2THIA 5H8SA 2VOZA 4PETA 1FQDA 3I6VA 4RA1A 4IGTA 1QULA 1XVYA 4FEDA 1TXFA 2QS4A 2VD3A 2VP1A 5I56A 4ZEIA 3C31A 3RQTA 4YICA 1BTJA 2HCAA 3LSFB 3U93A 3DP6A 3Q26A 4GLIA 3FIRA 4XKPA 2WKYA 4ZEDA 4F3PA 2Q2CA 2FA7A 4O3AA 1M5CA 1N7WA 4OXVA 3SETA 3TTRA 5I57A 2O7IA 3TUSA 3FVGA 1D4NA 3K02A 2FNCA 1PEBA 1PB7A 2CZLA 3PUZE 4HTGA 4JSOA 4R74A 4DXBA 4C0RA 4OVJA 1QKBA 3TCHA 3WAFA 4ZE8A 3ONMA 4R72A 4NEDA 4U23A 4XKQA 5M2VA 1UQWA 2D21A 1RYXA 3D4CA 4JSDA 3EHSA 2LAOA 2XXIA 3BBRA 4ZEKA 3TCGA 1HSLA 3V89B 1IQ7A 1A54A 3FUZA 3R26A 4JDFA 4NF5A 1TFDA 2DYXA 3ECRA 4O3CA 1MM7A 1P1OA 5AA4A 1FTOA 2F7AA 3KN3A 3MQ9A 5EYFA 2ZNSA 1Y4CA 4IO2A 3TYHA 3VXBA 2E1SA 2DWJA 3H6VA 3HV1A 3OOAA 3SESA 4AB5A 1LAGE 3M3KA 1BKAA 1I6QA 1B51A 1R1NA 1WODA 1FQFA 3T9HB 5CRYA 4Q0CA 5I56B 3CFZA 1BP5A 2YLNA 1S50A 4QSCA 3PPNA 5L9SA 3PPPA 1ZU0A 3PPQA 3THIA 4PFWA 4EUOA 1Y1MA 4QFLA 1DPEA 2Q89A 3HN0A 3RY3A 1EZ9A 3B6WA 4YB7A 1A99A 1AMFA 2V84A 1SW5A 3K6XA 3OSQA 1PB8A 3MUQA 1UTHB 1FTLA 1ZIUA 4H0WA 4BDOA 4BDMA 3ILTB 3H6WA 1IITA 2XXTA 3IK6B 3UGWA 2E0SA 1B3GA 2Z8FA 1NL5A 2V3UA 1MG1A 1O63A 1VSOA 3OD7A 4I62A 4U22A 5HM4B 1LFGA 3IJXB 4I9DA 3TQWA 3LSXA 2B3BA 2XD2A 2PVUA 2ANJA 2ZNUA 4F1VA 5AA4B 4TLMB 3GBAA 1JW4A 2ZXTA 3U8QA 4G4PA 3G3GA 3W15C 3ZSFA 1EZPA 4P0GA 3H3GA 3FJ7A 2F34A 3FGSA 4G2ZA 3G7WA 4POXA 5L9MA 4DIGA 2NUVA 1NNPA 4DXCA 1WDNA 1FQCA 3K00A 3ODBA 3FJMA 4F1UA 5DVFA 3GBBA 5A5XB 3MZ9A 3KOTA 2UYFA 3SKPA 1SYIA 3QUJA 2Z22A 3HHGA 4LVQA 1ATGA 4X9TA 2V25A 4XTCQ 2IEEA 3B6QA 1IXGA 3P7IA 2NWJA 1SDXA 4GXAA 3MW0A 3V5AA 4H65A 1LFHA 3GLBA 1SW2A 2ZNTA 1II5A 2Q9TA 4XXUA 1B2HA 1UTHA 2REJA 3C4MA 2ZMBA 3VFJA 1VFDA 1YAEA 2I0BA 3FJGA 4KHZE 4GOTA 3VLUA 1BLFA 2HZKA 1H43A 1N76A 3IORA 2V93A 3LR1A 2XXHA 4FE8A 1MH4A 2Y84A 1ZTYA 2O51A 3OELA 1GGGA 4U4SA 3DLNA 3KSJA 1QUJA 2Z23A 2QJEA 5DEXB 2IA4A 3VE1B 2I3VA 4OHNA 3SEWA 4OFJA 4YAHX 2HAUA 4KYDA 2DP8A 4F3SA 1T0KA 2RCAA 4EF2A 3O9PA 1Q1KA 3UN6A 1EZOA 4NTLA 4U1ZA 3H06B 1MQIA 4TLLB 3S9EA 1CB6A 2ABHA 5A5XA 1FTJA 1Z7ME 2REGA 4MF3A 3IOWA 2HFBA 3BFUA 4OMBA 1NNFA 1ZJLA 1ZMGA 3AXFA 1H76A 1S9TA 2ZYMA 2DE4A 3JYRA 3OSRA 4FJPA 4I8CA 4IO3A 4JB7A 2D5WA 5H8HB 1TWYA 2UXAA 1B4ZA 1B3LA 4H6DA 4R73A 5ELVA 4YZZA 1PBQA 1O64A 4OZ9A 4YMAA 1PC3A 2XXUA 3KZGA 3Q25A 4GQOA 4HS7A 1DMBA 2QS1A 2RC7A 4PFUA 1UIVA 3IAZA 3K01A 1LCFA 1JVYA 2RF1A 4U4XA 3B6TA 3TTNA 4RNSA 3UK4A 4JWOA 4E0WA 1Y9UA 5ITPA 4FATA 1B05A 1MQJA 1MXUA 1R9QA 2I6EA 3IO4A 3N94A 5DEXA 2F7BA 4OENA 3QUFA 4YKPA 4KR5A 3CI8A 3C35A 3VXCA 4RK9A 1URDA 1XOCA 1JW5A 3Q28A 2I3WA 3QYTA 4GFRA 2XXWA 4MLVA 1GVCA 1AOVA 3PUYE 4WEPA 1OLCA 4R75A 4EXKA 3GXAA 4NMYA 4F31B 3HO7A 4ECFA 1MM6A 1P99A 1NNKA 3FV2A 1JNFA 3JV9A 3M3LA 3QSLA 2DE2A 3CIJA 1A55A 3RPWA 2OK2A 3K1NA 1PBPA 3OO9A 2OWSA 5FTHA 1B7UA 2OZZA 2GHAA 3N6UA 1OQHA 3O66A 5H8HA 1M5BA 3OEMA 2HEUA 2RKMA 1MQHA 1D9VA 3A3CA 5KDTB 3RTFB 3RGYA 1URSA 1VE4A 3CG3A 4LQ5A 4YKIA 4POWA 2XX9A 1M5FA 1MXYA 2XXVA 4DE8A 5CBSA 2OLBA 2QMWA 3DP8A 3L6GA 5CMMA 1I6BA 1VR5A 3SDFA 3OXNA 4P11A 2Q2AA 3KN7A 4NF6A 4E0XA 1LLSA 1QW0A 2H5YA 1GR2A 3G3KA 1TT1A 3BKIB 3D4GA 4N07A 4EXLA 1Z7NE 4PFYA 4MH5A 4UA8A 2PT1A 2QL3A 1XVXA 2XD3A 1QKAA 1Y20A 4GF8A 4LA9A 2NXOA 2O6AA 3U92A 3UORA 4X1DA 1YTVA 4LP2B 3RN8A 2DVZA 3E9XA 3N5LA 4RXLA 4G8NA 3FZVA 3MVWA 2W7YA 3LSLA 5KCJB 1JQFA 1LAXA 3KOSA 1HSJA 3O6HA 4IO4A 4N6PA 1QJMA 4QF9A 1KWHA 4FEBA 4IGRA 1M5EA 4Q30B 1YPNA 4N13A 1LBBA 1MQDA 5DVIA 3RT6B 1MS7A 3UA8A 1UIUA 4ISUA 4QFKA 1LBCA 4BDQA 5KDTA 3I3VA 3S4UA 2F6GA 4OFOA 3PGFA 5TU0A 5I59B 2AL5A 2Z8EA 1B32A 4HCWA 1B1XA 4OWDA 4Z0IA 3PUVE 5CC2A 4KCDA 3O2AA 2R9JA 2GRVA 4ZECA 4C1UA 2A5TA 3PPRA 3C9HA 4G77A 4F1YA 3OO7A 2P1SA 4H1XA 4JBZA 2F8DA 4KI0E 3MPLA 3C36A 4NF6B 3MPKA 2ZYOA 3O29A 5L8DA 1B5IA 2XXQA 4R6YA 2YPNA 4K3FA 3ZKKA 3T66A 1NFTA 1SW1A 2HAVA 3C34A 3EQ1A 5IKBA 2H4IA 2Q8JA 3TCFA 4DZ1A 1MQGA 3O97A 2QRYA 1IXCA 1JEUA 4LZ5A 4U1OA 2RC9A 4ZDMA 1B40A 2PBWA 1MY4A 5ICQA 5KCJA 4BDRA 1MY1A 3DELB 1SD3A 4Q5TA 2PMSA 4WKMA 4BDLA 1A7LA 1OQGA 3QK6A 4QFPA 1BIYA 2VD2A 1DSNA 4I1DA 3MJNA 4F29A 5BWJA 3IR1A 3IX1A 4TQUQ 4MFIA 3FV1A 1PDAA 3PD8A 1NNTA 5DT6A 1FTKA 3V8XB 1N3XA 3BFTA 3FXQA 3W9WA 5CMKA 4F3BA 5I59A 1FW0A 2I48A 3PD9A 3PUWE 1P1QA 5BUUA 2ONKE 1XT8A 3W9VA 1MY3A 3O6GA 1B58A 4RK2A 3VDFA 3TZAA 2F78A 2DSFA 3K6UA 3LC8A 3MVXA 2A5TB 4JWYA 1GV8A 3RLFE 5H8FA 3FXUA 4OETA 1Y1ZA 4PFTA 2AL4A 2DWHA 2CMOA 3PU5A 4TOZA 1A8FA 5AA3A 1Y4TA 1MXWA 2XXXA 3IB1A 2DXRA 4R2FA 1OIBA 4FECA 1DOTA 4ZS9A 3T9UA 3EF7A 3TELA 4QSDA 1NKXA 5AE4A 1UTBB 4F3GA 4EDPA 2XXPA 4JXIA 5ITOA 4MLQA 1B4HA 1AH5A 3MBPA 4H8IA 4WXJA 4QFNA 1MXVA 2DS9A 3KJTA 3TFLA 4LUBA 2DE3A 1A8EA 1I6AA 1MXXA 4RYAA 4LZ7A 4NF4A 5K2YA 1IZ1A 4OYVA 2GFEA 2V3QA 4IO7A 3S9NC 4OESA 3KFMA 1JETA 1Q35A 3OO8A 3TTKA 1RYOA 5AA1A 1IEJA 2QS2A 3H6UA 2XHDA 3IL1B 4U2RA 1FQEA 3T93B 4X1BA 4KPTA 4R6HA 4YB6A 3VLWA 1OLAA 2QSXA 3FVNA 1F9BA 4BLAA 1QUIA 3E13X 5AA2D 1B7ZA 1MPDA 4KQPA 1POTA 3PMWA 1LGBC 5H8FB 2O1LA 2RC8A 3IOVA 2KLFA 3LBSA 3SERA 1SBPA 2HQ0A 3VVDA 3Q27A 5JEIA 2B65A 2Y7KA 3U72A 2UYEA 4F22A 5HBCA 1B0LA 3KEIA 3T96B 4G8MA 1N7XA 1USYE 1CE2A 2RCBA 3TKDA 2A5SA 2B3FA 4FORA 3UIFA 5TPAB 1UTBA 3U1OA 1YCJA 4ZE9A 3CFLA 2DWAA 4C1TA 3C33A 4EQ9A 1JVXA 1SVXB 3JZJA 3MP6A 4ELOA 4OFLA 3OMBA 1ELJA 4MBPA 3VLVA 4G68B 4IO5A 4NF4B 4FAJA 1ZLQA 4IO6A 4ZEFA 2F36A 3CRBA 4ESXA 5LOMA 2Y7WA 4YKJA 3H7MA 4QSEA 3F11A 3RNNA 4DDDA 1ANFA 1J1NA 3MP1A 4YU0A 3LUYA 5I84A 1FTMA 4ELPA 5JTYB 4R9FA 2P0SA 3IB2A 1SYHA 4FIMA 3O28A 5H8NB 3SEUA 1N84A 3MVYA 3K4UA 3PPOA 1JW1A 4YMBA 3CSBA 5I2NA 1B5JA 2UVHA 3T22A 4R2BA 5J1DA 3I5OA 5L9OA 1Y3PA 2XXRA 3HCQA 4OQOA 2YJPA 1LFIA 4NWDA 1SQYA 1OVBA 3DM0A 3G3IA 3RT8A 3LSWA 3MVZA 1IIWA 1IUDA 4IB2A 4NF8B 3S9MC 1PB9A 3MP8A 4QHQA 1FQAA 2GH9A 4XIGQ 5FHOA 2AYSA 5KZTA 4PE5B 3K1MA 5TPAA 4GXSB 5CMBA 1IXIA 3C32A 1POY1 4LONB 2GHBA 3H4ZA 5FTIA 4GIZA 3IOTA 1B3EA 2O7UA 4ELRA 3IJOB 4LZ8A 4ESWA 3L6HA 3RUMA 1I69A 1O7TA 3SEYA 3CG1A 4G68A 1IXHA 1DPPA 1US5A 3FASA 3M3FA 2DOJA 2PT2A 2QPQA 3QXMA 4GWOA 2F5XA 1VFEA 3R7XA 4Z7EA 2Y7RA 3IO6A 3MZ1A 2G29A 1L5TA 1S7YA 3G3HA 4IY5A 2ZYKA 5H8NA 1P1NA 4U21A 4WEDA 4GL0A 3CR9A 5I2NB 1R9LA 3EN3A 3CVGA 2ESNA 1MXZA 3OENA 3M8UA 4KD5A 1US4A 2X7QA 4ONYA 3MZBA 3G3JA 4ZEBA 3S2VA 4NF8A 1TFAA 1XHYA 4G8HA 3K1PA 5IAIA 4GRKA 4DCXA 2XX8A 1FQBA 1EH3A 2X7PA 3MC2A 2O84X 1B46A 4KFQA 3PMXA 5CI5A 2O68A 3MAMA 4GD5A 4UACA 2QS3A 4X48A 2F35A 3KSXA 4ZZAA 2O69A 2I4CA 4F2QA 2VGQA 4JWXA 4RY1A 1Y3QA 3FATA 2M8CA 3G3FA 4LATA 2G93A 4GL8A 3K6VA 1N0TA 3H6TA 4H5FA 4O3BA 4ELQA 5B70A 1H44A 4L17A 1MRPA 1MH3A 1JEVA 2Y7IA 4DCYA 3S9LC 2NOOA 2OBGA 2RINA 4OEVA 2D3IA 2XX7A 3TMGA 4RPOA 4AQ4A 2PYYA 2ONRA 3FXRA 3TAJA 3HPIA 1LAHE 1D9YA 5JTYA 1A40A 1LB9A 3TQLA 3KG2A 1MY0A 1SI1A 2V3TA 3EPEA 5EHMA 4DLDA 4EF1A 1ZBMA 1LCTA 3E4RA 5TP9B 2DVCA 1B52A 1N3WA 1NMUA 3K0VA 1B5HA 2ZYNA 3U94A 4BDNA 2P2AA 4DXUA 1MPCA 3E3KA 2UVIA 2F7CA 4M1VA 1NH7A 3KJ7A 4OERA 3N6TA 5CM6A 2H99A 1USYH 3VV5A 2H98A 1H45A 1M5DA 2HZLA 3FD3A 4M4GA 5H8QA 1H3DA 3ZS6A 3IB0A 2AIXA 4F18A 5B7DA 5ISUA 2I49A 3HSTA 4AB6A 2Y7PA 4PP0A 1MPBA 4YB5A 3TDJA 3ZKLA 5I2KA 1HSEA 1FCKA 2DQVA 4P0IA 4NE4A 2H9BA 1AIVA 3TODA 3O6IA 4KYSA 3QAXA 5EHSA 4R6KA 1XC1A 1URGA 3TTMA 4THIA 1B7HA 3WAEA 5HPQA 3OEKA 1B1HA 2F6PA 2H25A 2Q88A 4G68C 1P1WA 4IY6A 4KCCA 3N26A 2Z8DA 4OTEA 5DTBA 1XS5A 4KYEA 4ZZEA 1R6ZA 3CSGA 3SEXA 3MWBA 2HXWA 3UP9A 3DP4A 3T9XB 1DTZA 1QVSA 5FHMA 4F39A 3FVOA 5I58A 3EHTA 1EU8A 2DXYA 2ALUA 3PV0E 4LQ2A 5F7VA 5AA2A 1MDQA 2PX1A 1GTKA 2OCUA 3GZGA 4RJZA 1LSTA 3T9VA 4YKKA 5CBRA 1Y3NA 2R6GE 4R9GA 5TP9A 1SI0A 1N04A 5CMCA 3VVFA 2UVJA 4H5GA 2XXYA 5FHNA 1MY2A 4XKNA 5K2XA 4F2OA 4EQ7A 3FVKA 3K2DA 4OEUA 4QRZA 1B3FA 3QIMA 5H8QB 3TTLA 2ONSA 1D3KA 2UVGA 2FYIA 3KN8A 1LAFE 3R6UA 3PUXE 4PQJA 3CFXA 5I2KB 3TEPA 2I58A 5DYHA 4QFOA 1MDP1 1P1UA 2F97A 2QMXA 3KGCA 4EQBA 1QUKA 3A3UA 3A09A 5I57B 2X26A 1B3HA 3PMVA 3OO6A 1B6HA 4XKRA 2DWIA 3SEVA 3Q29A 1AL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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