1MQDA

X-ray structure of the glur2 ligand-binding core (s1s2j) in complex with (s)-des-me-ampa at 1.46 a resolution. crystallization in the presence of lithium sulfate.
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title GluR2 ligand-binding core complexes: Importance of the isoxazolol moiety and 5-substituent for the binding mode of AMPA-type agonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor subunit 2
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA01
3KN3A 4XKPA 3H7MA 1VFEA 4HS7A 3RT8A 4BDMA 1B4HA 3KBRA 4AB6A 5IAIA 1B58A 5L9MA 5AA4B 3B6TA 3PPRA 2DXRA 2NOOA 3V5AA 3Q27A 4N6PA 2OCUA 5EHMA 2AL4A 1QKAA 1LGBC 4R73A 1USYH 4R72A 3CRBA 3R7XA 3TCFA 1B3LA 4PP0A 4K3FA 3T9HB 1AMFA 1Z7NE 3TTLA 4BLAA 4DXCA 2F78A 2F6GA 3N6TA 1UIVA 2DQVA 1N04A 1N84A 1LLSA 4HCYA 3GXAA 4QFKA 3PGFA 4Z7EA 3VVEA 2DOJA 3FASA 1MQGA 4X48A 5H8QB 5DEXA 1B0LA 2CZLA 3T93B 3JZJA 2QS4A 3M3FA 2DS9A 2I58A 1UIUA 3MZBA 1Y3QA 4EF2A 4NF5A 2HFBA 3U72A 3VVFA 5B7DA 2F5XA 2LAOA 2I3VA 4WEDA 4LUBA 2O84X 1N3WA 4IO7A 1NL5A 1M5CA 3W9WA 1FTJA 4Q5TA 2XXHA 3K00A 4JBZA 1DPPA 1JETA 1MQHA 3H6VA 3PUXE 3IOWA 4O3AA 4YKJA 1YPNA 4YKKA 2I49A 3AXFA 2ZYOA 4BDNA 4N13A 4GIZA 3FJMA 3Q26A 4OWDA 2V25A 4JDFA 4KI0E 1DPEA 3U94A 2ZYKA 1SW2A 4OEUA 3IORA 1D3KA 1B05A 3MP1A 2P0SA 3OEKA 4F3GA 1BIYA 1A99A 5L9OA 4XKNA 2P1SA 4RY1A 4IB2A 1B40A 2HAUA 3LSWA 1FTOA 4RJZA 4IO5A 2HAVA 3PPQA 5F7VA 5AA2B 3LSXA 5AA4A 3WAFA 3KZGA 3TKDA 1N76A 4IGTA 2OBGA 4KYDA 3FATA 3KSJA 2O1MA 1SYHA 1B3HA 3FIRA 1GR2A 5H8NB 2XXQA 3ILTB 3KSXA 4FATA 3RT6B 4X9TA 4JSOA 3N26A 3G3GA 1A8FA 3KJTA 4JB7A 3O66A 5BUUA 4R6HA 2E1SA 3DELB 1CB6A 3U1OA 5DVJA 3VV5A 4GWOA 1LFIA 4R9GA 2ZXTA 4FE8A 5H8QA 4F18A 4LZ5A 1D4NA 3EHSA 4LVQA 3OOAA 3IR1A 1XT8A 2QSXA 3PD9A 4MFIA 5K2YA 4KQPA 3TTRA 5TP9B 1A8EA 1DTGA 4OFOA 4OEVA 1QVSA 4R75A 4QFPA 1SW1A 2RC8A 1ZJLA 3HPIA 3PPNA 3DP6A 2I3WA 5ITOA 2ZNUA 3KG2A 1Y3NA 4RPOA 4RPNA 1LAXA 3MBPA 2REGA 4F22A 1Q1KA 4F1UA 2Q8JA 1ELJA 3IX1A 3A09A 1Y1MA 3G7WA 5ICTA 4GRKA 1XC1A 5I84A 2Z8DA 2VD3A 4RK9A 3VVDA 2H4IA 4OESA 3JV9A 3V83A 1SBPA 3M3LA 4MF3A 3TEPA 4EF1A 3MP8A 4GXSB 3QSLA 2A5TB 2ZYMA 4YB5A 5H8FB 4E0WA 3LR1A 4OYVA 4EQ7A 4ND9A 1MXVA 3Q29A 5AA2A 5I59A 3H4ZA 5B70A 1GV8A 2BJJX 2NVUB 3JYRA 4YZZA 4X1BA 2YJPA 1MQJA 1QUKA 2AL5A 4OHNA 3K1PA 2GRVA 3MAMA 4M1VA 3TTMA 3TODA 4BDRA 2IEEA 4ZZEA 4DXBA 4OMBA 3UA8A 3EQ1A 3THIA 2X7QA 5CMBA 5L9SA 5H8NA 3FD3A 4G8MA 3PD8A 4M4GA 3UORA 1MM6A 1Y3PA 2QMWA 2XXWA 5DVIA 3H6WA 4XKQA 2H5YA 2ZNSA 1QUIA 1FQAA 3LSFB 2VOZA 3PUWE 4ECFA 1Y4CA 4H0WA 2G29A 3RN8A 4L17A 2Q88A 3BBRA 2AIXA 1LCFA 3OO7A 4YB7A 1OLCA 2OJTA 1S9TA 4HW8A 3CVGA 4KFQA 1B32A 3I6VA 2Q2CA 1OVTA 1GTKA 2QS1A 1ZBMA 5TP9A 4ONYA 1FW0A 3U92A 5ICQA 1S7YA 2XXRA 2Y7RA 1TWYA 5J1DA 1NFTA 3OXNA 2Y7WA 3L6GA 3MVXA 2FYIA 1B7UA 4H1XA 1PDAA 1ZLQA 4YKPA 1Y1ZA 5DTBA 1B5IA 3ILUB 2O51A 1ZIUA 4ZEKA 4NF6A 1OLAA 3FVKA 1MDP1 1B5JA 1AOVA 1FQEA 4QSEA 2KLFA 5HBCA 4OFLA 4NF5B 1H76A 4IY6A 1IITA 1EH3A 1N7WA 4H5GA 4OXVA 2OWSA 2UVHA 3GBAA 4OQOA 1PEBA 2DWHA 3K6XA 2VGQA 1PB8A 1UTBB 5ISUA 4Z0IA 4F3PA 1MRPA 4U1ZA 2P2AA 2V93A 3IB0A 2A5TA 3C31A 1H45A 5H8FA 4RNSA 3MVZA 2QS3A 3N94A 1O63A 3G3IA 3FXUA 4KR5A 5CI5A 1B52A 2Y7IA 3P7IA 3HSTA 1FTMA 3O2AA 1HSEA 3T66A 1MM7A 2XHDA 2R71A 5CM6A 2OLBA 3OEMA 3C35A 4LQ2A 3EHTA 5AA2D 1UTHB 5H8HB 3FJGA 1PBPA 1OQGA 3DM0A 4U2RA 2Z8EA 2VHAA 3TELA 1MXUA 3IOVA 4U1OA 3FV2A 4ELRA 3O97A 2GHBA 3ZKLA 3FZVA 5DVFA 4RK2A 3H3GA 3PMVA 1N7XA 4FEDA 4POXA 2RCBA 1NH8A 3MJNA 2AYSA 2PMSA 1POY1 4TOZA 1XOCA 4FORA 4BDLA 3USDA 1LB9A 3IL1B 4LONB 4N07A 2XXUA 4R9FA 3SEUA 1SI1A 1EU8A 3SKPA 1BLFA 2DVCA 2VD2A 4O3CA 2M8CA 3HHGA 3FVOA 4NF8B 3IOTA 4YMBA 1B7HA 1B51A 3TFLA 1M5DA 3DLNA 4H8JA 3O6GA 1JW1A 3KFMA 1FQBA 1H3DA 2UYEA 4WXJA 5FTIA 3M8UA 4KHZE 1URDA 2I4BA 2XXYA 1MY0A 5BWJA 1QW0A 2Y7PA 3SERA 4H65A 4YU0A 2DSFA 2H9BA 2I0BA 3I3VA 3V8XB 3RUMA 3C36A 3ECRA 1UTBA 1DMBA 1H44A 4G8NA 5M2VA 5ITPA 1FQFA 4H5FA 2RF1A 4NWCA 3T9XB 4RYAA 1PC3A 2PT1A 4JWOA 3RPWA 1RYXA 3R6UA 4ZEDA 1LAHE 2RKMA 2PBWA 1B3EA 4UACA 1PB9A 4PFTA 3T9UA 1P1OA 3T22A 4F3BA 3C33A 5I2KA 1MY2A 1Q35A 2F7BA 3TAJA 2ZMBA 4JWXA 3O9PA 3E4RA 4OENA 1FQDA 1UTHA 5H8HA 3UP9A 3HHFA 2QL3A 5K2XA 4R2BA 1LBBA 5I59B 1ANFA 4PFUA 1LSTA 3IJXB 4GLIA 4NWDA 2ANJA 1SW4A 3TQLA 4FJPA 4LA9A 1IXGA 4P11A 2DE2A 3PU5A 4GL0A 1NNTA 2GFEA 2Y7KA 3U8QA 1A54A 3RY3A 2Z22A 4ZS9A 2REJA 4H67A 1DTZA 1MPBA 1VSOA 3K6VA 2OWTA 4LP2B 2DP8A 3FJ7A 3MPLA 1ATGA 3ZSFA 2XD2A 4OTEA 3GLBA 4NF8A 5I2NB 1ZU0A 2ALUA 1QKBA 2V3QA 1OVBA 3CI8A 3MZ1A 3HO7A 3KN7A 3RLFE 1AH5A 1Y9UA 1YAEA 3MP6A 4NE4A 1IXCA 1B5HA 1B4ZA 3M3KA 4Q30B 3VLUA 1US4A 1IQ7A 1NNFA 3TCHA 3FXRA 3QUJA 1JW4A 2Z8FA 1EZOA 3E3KA 2THIA 3CFXA 2HQ0A 1VR5A 2HZKA 3O29A 4GF8A 4R6YA 5FHMA 1XS5A 4NF6B 4PFYA 5EHSA 1GVCA 1IEJA 1D9YA 4TQUQ 1XVYA 4IO3A 1MQDA 5CBSA 4ESXA 4ELQA 4MLVA 1AIVA 3VXBA 4PE5B 1XVXA 5TU0A 1EZ9A 3B7DA 3SEXA 2FNCA 3PPOA 1YCJA 4GD5A 3CR9A 2X26A 2XXIA 4PETA 3CFLA 1H43A 2XX7A 3QUFA 3UIFA 2IA4A 1N0TA 1PB7A 3I5OA 3TPAA 4RA1A 3VLVA 2F36A 1I6AA 1NH7A 2E0SA 5IKBA 4JSDA 2RC7A 3RQTA 2QS2A 3MC2A 4WKMA 3CG3A 5L8DA 4IO4A 5LOMA 1SYIA 4F2QA 5JEIA 3ZKKA 1MH4A 4LZ7A 3K6WA 1MG1A 5I56B 4R2FA 2F7AA 1JVXA 4R6KA 2GH9A 1B3FA 2QMXA 5KCJB 3EHUA 1IIWA 3PUZE 5I2NA 2B3BA 3O6IA 1R9QA 4BDOA 4ZE9A 2R6GE 2XX9A 2RCAA 3S9EA 1AL3A 4DIGA 4KYEA 1Y20A 1NNPA 3VXCA 3MW0A 3IO4A 4Q8RA 4XXUA 5CBRA 4EUOA 3SEYA 3C9HA 3RTFB 2UVGA 1ZTYA 4QHQA 4YICA 3E13X 2QRYA 1BTJA 5DT6A 5FHNA 3ZS6A 4XIGQ 3QXMA 2V3UA 3N6UA 1GGGA 3TUSA 4TLMB 5AE4A 4ZE8A 4NF4B 3KN8A 2UYFA 1LCTA 3A3UA 3QAXA 3H06B 4DLDA 4YMAA 1BKAA 4F2OA 5AA3A 4F19A 3PMXA 2F6PA 4G77A 2G93A 2I4CA 3OENA 2UXAA 3SEVA 4ELPA 1WVJA 3TTNA 4U4SA 2Q89A 1B1HA 4NMYA 3TDJA 3T96B 4JXIA 4MH5A 3H6UA 4ISUA 1JNFA 1MQIA 3B6QA 1D9VA 3RTWB 2RC9A 3U93A 1TT1A 3W9VA 1I69A 2XXTA 1FTLA 3WAEA 4FEBA 3VE1B 4GOTA 3HCQA 3K6UA 4F39A 5HPQA 3OELA 2O7IA 4R74A 4OZ9A 1B2HA 3K0VA 1TXFA 4QSDA 4QRZA 1USYE 4O3BA 3E9XA 4E0XA 4G4PA 1KWHA 4GQOA 4U23A 3F11A 4QSCA 3HV1A 5I2KB 3Q28A 4PFWA 3PUYE 5I56A 2F35A 3L6HA 1A55A 2DE4A 3K02A 3OO9A 1FCKA 1P1QA 5A5XB 2A5SA 3G3KA 1FTKA 1Y4TA 5KCJA 3PMWA 4BDQA 2O1LA 1MXWA 1Z7ME 4H8IA 3FGSA 4YKIA 1P99A 3CG1A 4I9DA 3C32A 2B65A 3EPEA 5DYHA 3KEIA 4ELOA 2H25A 3TZAA 1SD3A 1N3XA 1B6HA 4IGRA 4DZ1A 2DYXA 3HN0A 4I8CA 1LB8A 3QYTA 2PYYA 4G8HA 1NMUA 4I62A 2NWJA 4U4XA 2O6AA 3MZ9A 3VFJA 4P0GA 3G3JA 1SDXA 5KDTB 1BP5A 3N5LA 4NF4A 4OETA 2CMOA 4F31B 4OVJA 2XXXA 2YPNA 4LQ5A 3GBBA 3IOUA 1A7LA 3TTKA 3CSGA 3K2DA 2O69A 2NUVA 4AQ4A 1MH3A 2Q2AA 4IO6A 1OQHA 1A40A 1M5BA 3ODBA 1LFGA 5CRYA 3O6HA 3OSQA 4GL8A 4F1VA 3G3HA 3SESA 1EZPA 3K1MA 2DVZA 2PX1A 3K1NA 3W15C 3MVWA 4DDDA 2OZZA 5JK4A 3DP8A 2O7UA 4ZZAA 5EYFA 3MQ9A 2O68A 2X7PA 5KZTA 1MY1A 4I1DA 3OO6A 2H98A 3OO8A 3VDFA 3TCGA 2Y84A 1WDNA 4G68B 4HCWA 3CIJA 4ZECA 3B6WA 1QULA 3FXQA 2B3FA 3T9VA 2DWJA 1MXXA 5A5XA 1JVYA 3UGWA 2PT2A 4QFNA 1MPCA 3C34A 4YB6A 2HCAA 3S9LC 1P1WA 4QFOA 4GVOA 1MY4A 5FTHA 1SW5A 4POWA 3S2VA 1WODA 4F1YA 3O28A 1RYOA 4XKRA 2I0CA 5I57B 3TYHA 1S50A 3EF7A 2GHAA 3FUZA 4LATA 4FECA 3SEWA 1I6BA 1T0KA 3Q25A 1B9JA 4WEPA 2QJEA 5JTYB 4QF9A 3EN3A 4ZEFA 3KOSA 1VE4A 3ONMA 5KDTA 1SI0A 4NTLA 3OD7A 3PUVE 2F34A 5TPAB 4IY5A 1JEVA 3SETA 2DE3A 2XXVA 3H6TA 3K01A 3IB2A 1DOTA 2Q9TA 3GZGA 1IZ1A 4JWYA 4KPTA 4AB5A 1LFHA 5H8SA 1F9BA 3PPPA 3RNNA 4ZDMA 1ZMGA 3QIMA 4F29A 3S9NC 5I58B 3DP4A 2YLNA 4OFJA 1TFDA 2OK2A 1J1NA 4H6DA 4IO2A 2UVJA 3KOTA 1SVXB 1R1NA 3TQWA 4FAJA 2XX8A 1HSJA 4EDPA 1VFDA 3SDFA 1MPDA 1NNKA 3IB1A 3C4MA 1B1XA 2F7CA 4G68C 1JEUA 4EQ9A 1MS7A 3LBSA 5ELVA 1L5TA 4GFRA 4G68A 4KCCA 3D4CA 1P1NA 3IJOB 4U22A 1TFAA 3BFUA 3LC8A 2VP1A 1O7TA 3UK4A 5HM4B 2NXOA 1LAFE 3FVNA 4EXKA 2ZYNA 1JQFA 3MVYA 3BFTA 1QJMA 1XHYA 2W7YA 2F97A 1DSNA 4HTGA 1OIBA 4P0IA 3R26A 4Q0CA 4UA8A 2D5WA 3TMGA 3UN6A 4X1DA 5I57A 3S4UA 4NEDA 5CMMA 3S9MC 3RGYA 5JTYA 4THIA 4DXUA 4QFLA 2V3TA 3K4UA 4LZ8A 2RINA 3D4GA 1B46A 2ONRA 3QK6A 1FQCA 1ZKBA 4FIMA 2WKYA 3OSRA 4C1UA 4F3SA 3LSLA 5TPAA 2I48A 3FV1A 5F1QA 4EXLA 1US5A 3IAZA 2ESNA 3MPKA 1OMPA 2H99A 3MWBA 4XTCQ 4DCXA 1I6QA 3IK6B 2Z23A 5CMKA 3MUQA 1JW5A 4G2ZA 4ZEIA 2I6EA 2UVIA 4RXLA 2HZLA 4KCDA 1O64A 5I58A 1RKMA 1B3GA 4ZEBA 4U21A 3LUYA 5CMCA 1M5EA 2HXWA 3VLWA 1POTA 1LBCA 1IUDA 1II5A 1UQWA 2F8DA 2XXPA 4DCYA 2HEUA 2FA7A 1MXZA 1YTVA 2DWIA 4C1TA 2XD3A 1MDQA 4KYSA 4DE8A 3CFZA 5DEXB 3H03A 3BKIB 1P1UA 1URGA 4YAHX 2ONSA 2DWAA 4MLQA 1MXYA 4OERA 2ZNTA 4EQBA 1HSLA 2R9JA 2D3IA 2QPQA 3G3FA 1B0HA 1URSA 5CC2A 2ABHA 3KJ7A 1NKXA 4MBPA 1R6ZA 3FVGA 5FHOA 3OMBA 1SQYA 3PV0E 2V84A 4TLLB 1M5FA 1LAGE 1B7ZA 1CE2A 1MY3A 1IXHA 1R9LA 4C0RA 2PVUA 3CSBA 3A3CA 1PBQA 3KGCA 4ESWA 3V89B 2ONKE 4GXAA 1IXIA 5AA1A 4KD5A 1QUJA 2DXYA 4PQJA 3IO6A 2D21A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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