1MRXA

Structure of hiv protease (mutant q7k l33i l63i v82f i84v ) complexed with kni-577
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mrxA00
1BDQA 3EC0A 4XX3A 5P8BA 1MERA 1XL2A 5P04A 3KT2A 5P1GA 5OZNA 4DQGA 2FS4A 5P1AA 4RCEA 3TPRA 5P11A 3EL0A 1GVVA 2V10C 2Q64A 5APRE 1IZIA 1AIDA 5P70A 4Y5PA 5P67A 5C9BA 2RKGA 1DP5A 3EKQA 4I11A 1D4SA 1XN2A 2ZHVA 5P15A 2OHTA 1WBKA 3VF7A 1HVSA 3QP0A 1TCXA 1WKRA 2R9BA 5P7FA 1GNOA 3BGCA 4Y37A 1EC3A 5OZ3A 5P4JA 3ZPUA 2WF0A 2P3BA 1OEXA 2QI7A 2O4KA 2PK5A 4Y51A 3QRVA 4CPWA 4FRJA 1JLDA 2P83A 2BPYA 4F74A 1YG9A 5P5ZA 1Z8CA 4Y57A 3MSLA 5P4IA 1MSMA 3O9HA 3GGUA 3C9XA 3OU4A 4U7QA 3G6ZA 5P8UA 5P69A 1FG6C 3RTNA 1E82E 3VYDA 1PSNA 5P5PA 4I8WA 5P1DA 1KZKA 4A6CA 1MT9A 2QD6A 5P85A 2BPZA 1LYWB 1W5WA 3SFCA 3O9EA 5P51A 2HB2A 4PEPA 4FLGA 2NMZA 4FIVA 5P05A 5DGUA 5P0IA 1K2CA 3ZL7A 5HTZA 2FGVA 4Y35A 2PSGA 5HDZA 2RMPA 3BGBA 5OZXA 5P2ZA 5OYTA 1EPNE 5P56A 3O9FA 3D91A 4OC6B 3T6IA 4B78A 3EKPA 1EBZA 5P25A 1EBYA 1FQ8A 2G26A 5DR3A 5DR4A 2V00A 2QI1A 1APWE 3HVGA 5P6MA 5OZVA 3UTLA 3EKYA 1NH0A 4OBJA 2B42A 5IVRA 3BUGA 2QU2A 2QCIA 1HTGA 4Y5NA 3UCBA 4YD4A 1A8GA 1GKTA 5OZ2A 5P0UA 1LF4A 4DQHA 3FNUA 2IGXA 3OTYA 5P8VA 2IL2A 4DJXA 5DQ5A 4DPFA 1SGZA 3GI0A 3OUDB 2HM1A 4Y4XA 5P6QA 4ZSMA 2O4PA 3NWQA 5P3QA 3VSXA 5P6NA 3ST5A 1ZTZA 1Z1HA 4Y4WA 4QJ2A 2QZKA 2G1RA 2PMAA 2R5QA 3S45A 3BUFA 3UDHA 4Q1XA 3S54A 4ZSPA 5P2AA 3PRSA 2QHCA 2B7ZA 2AVSA 2HPEA 5UPJA 5ISJA 1BXOA 5OZ7A 3RTHA 5P0SA 1HVIA 2Q55A 2VS2A 9HVPA 5HCOA 5DR8A 3MXDA 2AZ8A 3ZPTA 5P16A 1ZBGA 3FV3A 4YOAA 2IQGA 5P2JA 2XYEA 4I0JA 3KDDA 3O99A 5P3BA 5HDXA 1KJHA 3OU3A 1DW6C 3VLBA 3VYEA 3QN8A 2HC0A 5OZSA 3QPJA 2R43A 3ZLQA 5P5EA 5DQCA 1RQ9A 4NJSA 5P0GA 3OU1A 1GNNA 3O9GA 2G20A 3OUCA 4RYGA 4M8YA 1KJGA 3WZ8A 4B0QA 5P0PA 4B1CA 1AM5A 4NJVA 3DCRA 4H3FA 2I0AA 1XDHA 5DPZA 3O9BA 2AOCA 2Q5KA 5P82A 5P50A 5AHBA 5P5UA 3MSKA 5P0JA 4ER1E 5BRYA 5HDVA 3Q5HA 5P57A 4FSLA 4I10A 4U7VA 3O9IA 4YDGA 1HVCA 2F8GA 4FRIA 1BIMA 5P2GA 1FF0C 5OZ1A 3L5BA 4LXMA 5P7UA 2HAHA 5P4UA 4Y43A 4Y4AA 3KFSA 5P26A 5P5LA 5FIVA 1YTIA 3LIZA 3HAUA 3IGBA 5P2OA 5P7VA 3TH9A 5KR1A 2VJ9A 5F01A 4I0HA 2R5PA 1NPVA 1RNEA 5P02A 5P12A 4HDBA 6APRE 4FAEA 3BHEA 1W5VA 3O9DA 4Y44A 1SMEA 1BWBA 3KFNA 2OF0A 5OYWA 5P4HA 5P5YA 1TZSA 5P71A 1QBUA 1NPAA 4S1GA 3IN3A 5IVTA 4Y50A 2P8HA 1CPIA 3PWMA 4FM6A 4DJQA 2G1SA 5P1ZA 5P8MA 5P78A 3OXWA 4MC6A 5P1EA 3UDJA 1HPSA 1ZSFA 5P8EA 3LIQA 5P8RA 4F73A 2XYFA 4Q5MA 3EMYA 1FFIC 5P52A 5P42A 1MT8A 5I3YA 3BXSA 3DV5A 5P40A 5P7JA 3SABA 3B80A 3T7QA 3T3CA 5JG1A 3BXRA 2B7FA 4LC7A 1BXQA 3DM6A 2APRA 4I0FA 3TL9A 1SDVA 2JJIA 5P7EA 5I70A 3S7MA 5P4QA 3SAAA 1IZHA 2NTRA 3CKTA 2QZXA 3LITA 1D4JA 5P7BA 5P77A 3R0YA 3OAGB 4PZWA 5KOSA 5J25A 5P28A 3JVYA 4Y4EA 3NLSA 4B00A 5HVPA 5P7QA 3CYWA 3NDTA 2FXDA 1TSUA 4IVTA 5OZFA 3EKVA 2WEZA 4B1DA 5P6XA 3KMYA 4KE1A 2FIVA 3ZKMA 5KOQA 5P5MA 1LF2A 4J0YA 3OXXA 1FIVA 2MIPA 2PWCA 3LINA 2VJ7A 4EXGA 5P8KA 3EL1A 5C9DA 1D4YA 5P4ZA 4J1CA 4HE9A 5OZCA 4PHVA 1QBRA 1VIJA 1HSGA 1M0BA 2WECA 5P2SA 2AIDA 4CPXA 1ZPKA 2NXLA 3UQRA 4FL8A 3UDNA 2CENA 1K1UA 2PYNA 1HTRB 4H3IA 3SA8A 5IVQA 5P2MA 2VA7A 5P2EA 1PPME 2QMDA 1IVQA 4Y54A 3VF3A 1XE6A 2BPXA 4NPTA 2I4QA 5P63A 5P72A 5P1KA 5P3XA 4Y5AA 5P1JA 3OTSA 4J0ZA 2QI6A 5P00A 1IZDA 4J1HA 5P55A 4FAFA 5P8IA 5P7GA 1BAIA 4I0ZA 1BV9A 4CMSA 4BELA 4CPSA 2F80A 2AOIA 3PEPA 3D1YA 3LZYA 2NNPA 1SP5A 2R3TA 3EKXA 4D83A 4OD9A 5P1TA 3APPA 4JOOA 5P0CA 5P84A 4LAPA 4Z4XA 5P4TA 2QHZA 5P0TA 1GNMA 3VCMA 5P7ZA 3OOTA 5P1HA 2ZHSA 3GGVA 5P1NA 5P5AA 4NPUA 4XX4A 5P6FA 3JW2A 5P5XA 4QJ7A 4RCFA 5P6TA 2QMGA 4ZLSA 3NSHA 4D85A 5PEPA 3TLHA 5P8CA 3HBOA 4ZIPA 5P6ZA 4ER2E 5ER2E 3UDKA 5P3RA 1GVXA 3MSJA 5P89A 3SM1A 5P7TA 3ZOVA 2AZBA 2F3FA 5P0NA 2G24A 4DJWA 3GW5A 3I8WA 5P03A 5P0AA 5P2DA 3KF0A 5P1WA 1EPQE 1HIHA 5HU1A 5P6UA 5P2WA 1FG8C 4Z50A 3SA3A 5P4YA 2G1NA 3O9CA 4DI2A 3SKGA 3S2OA 4FRSA 5OZEA 5P2UA 4HA5A 1LEEA 2FDEA 1Q9PA 2I0DA 2OHPA 3L5CA 4K9HA 5E5KA 2NPHA 1EBKC 3B7VA 3PSYA 5P88A 5P2QA 1MESA 3VV8A 5P8PA 3EBZA 4CPRA 3UHLA 5OYXA 3U71A 3N3IA 2AZ9A 4L7GA 2F3KA 4A4QA 3EL4A 3IVIA 5P7CA 4Y3PA 1HVKA 3HZCA 4Y3ZA 2QZLA 4OBZB 1SMRA 5P24A 3SO9A 4FSEA 1C6YA 2BKTA 1BILA 5P1UA 1ODYA 4FM8A 4CPUA 3NXEA 4B70A 4GJCA 3KN0A 5KQFA 5HU0A 3OY4A 4FS4A 4QJ9A 5P0OA 5P1IA 5P10A 2IEOA 3ER3E 3PMUA 3OQKA 1LYWA 2PWRA 1YTHA 1BDRA 5SZ9A 1EPOE 3KA2A 5P0VA 5DR1A 5P5WA 5P0KA 1OEWA 4Y5BA 5AH8A 5P8OA 5CLMA 4A6BA 2WF3A 3HLOA 5P36A 4JPCA 3NDXA 1VIKA 3TKWA 2FDPA 4RVJA 5P1MA 3OUAA 5OZBA 1FGCC 2ER6E 4I8ZA 5OZJA 5OZIA 5P08A 5TOLA 2G1YA 3NU5A 3ZKXA 5P38A 3EM6A 4KUPA 4ACXA 4H1EA 5BS4A 2XFIA 5P3EA 1HSHA 4ZPEA 4J1IA 2WJOA 3DV1A 1LF3A 3OQFA 1G2KA 3WSJA 4RRNA 4Y58A 2QZWA 5P2YA 3OADB 4DH6A 5P0EA 4Y3WA 2IKUA 4TVGA 2ZJKA 4L6BA 4L1AB 2PH8A 4DJUA 1KJ4A 1XN3A 2JE4A 3SA9A 3TPPA 4HDFA 1M4HA 4Y3DA 7UPJA 1BV7A 3UDMA 1RV7A 1TSQA 3ZKNA 3OUDA 3CIBA 5P1CA 5P5BA 4CKUA 1SH9A 5P6GA 4H3GA 5P6EA 3INHA 5HE5A 5P3PA 5P4MA 5P5TA 1YTJA 1ENTE 1HBVA 4I0GA 4B05A 5P22A 2IRZA 2QK5A 5P46A 2WF2A 5P8SA 1HVJA 5DQ4A 5P5DA 5P2NA 1OD1A 4B77A 5P7KA 1FQ6A 4J0VA 1HXWA 3PBZA 3KT5A 2AQUA 3QS1A 1SIVA 5P6OA 5OZOA 4GB2A 3KFRA 2B8LA 2I4XA 3FX5A 1IVPA 1UH9A 5AH9A 4AA8A 1EBWA 4LL3A 1A94A 1BDLA 3APRE 1MPPA 5P1BA 3LNKA 3SA4A 1YTGA 3N4LA 3I25A 5OZKA 5OYRA 2ER7E 5OZWA 2ASIA 1DAZC 5P5OA 5OYVA 1HWRA 2I4VA 3K4VC 4HZTA 4Y4JA 5T4SA 3H5BA 1B6JA 2R38A 5EZXA 4Y36A 1K6PA 1HRNA 4DJRA 4YD7A 5P2BA 1EEDP 3NU3A 4TRYA 2PSVA 4FE6A 3GGXA 3L38A 5OZDA 2ZHTA 1XE5A 4Y47A 5P62A 4F76A 5P5HA 2QMPA 2IENA 3R0WA 5P1PA 4RROA 3LZUA 5OZMA 4JPEA 4Y4ZA 5P3FA 5P5KA 3TNEA 2V13A 5P86A 5OZRA 1HPOA 3VYFA 3S7LA 3OUBA 5KQZA 2ZHUA 4GJ8A 4QJ6A 4RVIA 1FQXA 4YA8A 4YD5A 1EPLE 3EKWA 5IE1A 5I3WA 1HIVA 1J71A 3DUYA 5P6LA 4DUSA 8HVPA 1BBSA 4EJKA 5P7LA 1ODXA 5P4RA 3S53A 5P07A 4EHCA 2P4JA 4HVPA 3DOXA 5P7AA 5P0LA 3HDKA 5P5QA 3CMSA 4Y3MA 1MTRA 1YX9A 1GVTA 1ZAPA 1F34A 2CEMA 4YBFA 3WZ7A 1EC1A 3PI5A 2ZYEA 2P3DA 5P7WA 5P6JA 3PHVA 2AVQA 2FXEA 5P44A 2JXRA 4LXKA 3NU4A 3EL9A 4DVFA 1D4LA 4CPQA 3PLDA 5P5CA 3UPJA 2RSPA 3VSWA 2Q63A 1LYAB 5ENMA 3CKPA 5P0ZA 3URIA 5P3HA 3K5FA 5I3XA 3NDUA 2R8NA 3OHHA 1PPKE 3PM4A 1META 4UPJA 3VFAA 3VUCA 1MEUA 1LS5A 4D89A 5P66A 3Q4BA 3OAGA 3OU1B 5P0QA 1M43A 3BUHA 3SKFA 4Y5KA 5P8LA 2Z54A 4WTUA 4LBTA 3IXJA 3OQAA 1A30A 2AZCA 4TRWA 3LPIA 2ZJJA 4J0PA 2ER0E 5P5IA 1PFZA 4Y3RA 1C6XA 2BB9A 1YM4A 1QRPE 1B5FB 2VIYA 5P30A 5P87A 2WL0A 1IIQA 5P5SA 1APTE 3M9FA 3L5EA 1FFFC 1RL8A 1LYBB 3U6AA 2P3AA 2NNKA 1HHPA 2HS1A 1G35A 5P0WA 5AGZA 1NPWA 4TVHA 1E81E 2OHMA 2Q54A 3PCWA 1YT9A 4Y5MA 4J55A 5P73A 4QGIA 3D1ZA 3NU9A 4J1KA 5P14A 3KM4A 3IXKA 5P4BA 5P7PA 4GJBA 4RYCA 1EPPE 5P6VA 2O4SA 2QP8A 1IBQA 1W5XA 5DR0A 3K4VA 5P75A 2A4FA 2V11C 2VIEA 4X2LA 4ER4E 1B11A 1ER8E 2OHQA 3LIXA 1AAQA 4B1EA 3LIVA 5P23A 5HDUA 4Q1YA 1FQ5A 4FM7A 4R93A 2J9JB 3EXOA 3KDBA 2NMYA 3EKTA 4YCTA 3VF5A 5P3ZA 4I12A 3PGIA 5P06A 5AH6A 5P5VA 2UY0A 5KR8A 1CZIE 3HAWA 5P4AA 5C9FA 4KB9A 2J9KA 4I0DA 5P18A 3K5GA 5P0MA 5P1YA 1HOSA 4Y53A 5P6KA 3T7PA 5P45A 2V12C 3TOHA 3UQXA 1ZLFA 2AODA 3FNSA 4EQJA 3FNTA 5P4OA 2FMBA 1FQ4A 3WZ6A 3NWXA 3WB5A 2AVOA 5HCTA 2WKZA 1G0VA 2VKMA 4J5JA 1SGUA 3ECGA 4GYEA 1HEFE 3UDRA 3SA6A 5HE7A 4DJPA 5P8NA 1APVE 4RVXA 2BKSA 5COPA 5P4SA 1MUIA 4Q1NA 2V16C 3I6OA 3Q6YA 2ZHRA 4MC2A 1DMPA 2EWYA 4Y3NA 3R1GB 3O9LA 3RTMA 1AJXA 2F81A 5P5GA 2IS0A 3PJ6A 4GMIA 4BEKA 5OYSA 3G72A 5P7XA 4YE3A 5P4CA 3T11A 3PLLA 3TOFA 4RLDA 5AH7A 1D4IA 5P8DA 4Y5LA 3MXEA 2G22A 1EPME 4CP7A 3PSUA 2NR6A 4YCYA 1HVLA 4JP9A 5P0FA 3DJKA 2QI0A 5P29A 2QI5A 3FIVA 5P4FA 3DCKA 3Q70A 4OBFA 3R4BA 4OBZA 3TPJA 2QI3A 2JYSA 2G94A 3ZPSA 4J17A 4Y3SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BDQ A;  3EC0 A;  4XX3 A;  5P8B A;  1MER A;  1XL2 A;  5P04 A;  3KT2 A;  5P1G A;  5OZN A;  4DQG A;  2FS4 A;  5P1A A;  4RCE A;  3TPR A;  5P11 A;  3EL0 A;  1GVV A;  2V10 C;  2Q64 A;  5APR E;  1IZI A;  1AID A;  5P70 A;  4Y5P A;  5P67 A;  5C9B A;  2RKG A;  1DP5 A;  3EKQ A;  4I11 A;  1D4S A;  1XN2 A;  2ZHV A;  5P15 A;  2OHT A;  1WBK A;  3VF7 A;  1HVS A;  3QP0 A;  1TCX A;  1WKR A;  2R9B A;  5P7F A;  1GNO A;  3BGC A;  4Y37 A;  1EC3 A;  5OZ3 A;  5P4J A;  3ZPU A;  2WF0 A;  2P3B A;  1OEX A;  2QI7 A;  2O4K A;  2PK5 A;  4Y51 A;  3QRV A;  4CPW A;  4FRJ A;  1JLD A;  2P83 A;  2BPY A;  4F74 A;  1YG9 A;  5P5Z A;  1Z8C A;  4Y57 A;  3MSL A;  5P4I A;  1MSM A;  3O9H A;  3GGU A;  3C9X A;  3OU4 A;  4U7Q A;  3G6Z A;  5P8U A;  5P69 A;  1FG6 C;  3RTN A;  1E82 E;  3VYD A;  1PSN A;  5P5P A;  4I8W A;  5P1D A;  1KZK A;  4A6C A;  1MT9 A;  2QD6 A;  5P85 A;  2BPZ A;  1LYW B;  1W5W A;  3SFC A;  3O9E A;  5P51 A;  2HB2 A;  4PEP A;  4FLG A;  2NMZ A;  4FIV A;  5P05 A;  5DGU A;  5P0I A;  1K2C A;  3ZL7 A;  5HTZ A;  2FGV A;  4Y35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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