1MS0A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)and lactose
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 168
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms0A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms0A01
2W52A 4MC7A 1S0FA 5T50A 3ATGA 4BLIA 5DG1A 4HZXA 3AYDA 1WCSA 1W20A 4ITCA 2GNDA 1ZA4A 2UU8A 5DUUA 5H9SA 2F25A 4UW3A 2VUAA 1FAYA 1FYUA 2R1BA 2D6PA 4YGCA 1LULA 1I1EA 1YRZA 3V0AA 1JW6A 2AYHA 3WNXA 3FLPA 4XJWA 5T5JA 3ZSMA 1GZCA 4UW4A 4Q26A 1SO7A 2BF6A 5E89A 4YZ3A 2F10A 3USUB 2DVBA 1AX0A 5M1ZA 2ZGQA 1W8OA 2ARBA 1SNTA 2SILA 1LHVA 1E8UA 3TI5A 2CL2A 1CVNA 2A3YA 5GZCA 5JOWA 1QOSA 4FPHA 1AF9A 1NCAN 5CA6A 1SFYA 1BQPA 1B9VA 4XIOA 4FPKA 1V3DA 1H30A 1MS1A 4IQPA 1CPNA 1INYA 1Q8PA 4L8QA 4Q8KA 4FQZA 2ZGPA 2HU4A 1ULEA 1DFQA 2QWEA 1R1ZA 2W08A 2NMNA 3ILFA 1FNZA 1C1FA 4BMEA 1QDOA 1QOTA 5JYYA 2ZAAA 1WCQA 2F0ZA 3MEPA 3N7LA 4GXLA 2JE7A 4YZ2A 3AP9A 1E8VA 2WJSA 5HUMA 1N1SA 3CKZA 2GNTA 3VV1A 4WA5A 4K3YA 3C2UA 5GJ6A 3ZYRA 3BOPA 4U2AA 3WG3A 2YMZA 3AX4A 2QWKA 1SLLA 1MR5A 3RSJA 1DQ0A 3AZYA 2CY6A 3H72A 1RINA 4QNPA 2ZGUA 2B8HA 1IVFA 4R9AA 3K36A 3WDVA 1DYKA 3SH5A 5EYYA 5IK5A 1AXKA 5DZGA 5T5OA 1AXZA 1IVDA 4JCKA 4NC5A 4PCRA 1Q8SA 1V0FA 2QWCA 3NV4A 2DYCA 4BM8A 3ZXKA 5HCBA 3N7JA 4YZ1A 2C4LA 1IS3A 3ZXFA 1LTEA 3POYA 4YZ5A 5EWSA 1INHA 4KS2A 2FHRA 4R9BA 1DIWA 4FOWA 1W6NA 3NSSA 1V3EA 1G9FA 3WZ1A 3R4SA 2DWRA 4XIKA 4LBQB 2A6YA 3D5OA 4GWMA 4BQ1A 2A3WA 1URXA 2OUJA 1SLTA 2VW0A 1PZ7A 3M2MA 3T2TA 1AX2A 4XXPA 2ZGNA 2ENRA 4Y1ZA 4GZQA 1LGNA 3TB0A 4BMBA 1LODA 4B7RA 4AVVA 4M01A 3N7MA 1DZQA 1QF3A 3D4KA 3BEQA 2YZ4A 1UMZA 1AJKA 4Y22B 1W21A 3INBA 1C4RA 1UZYA 2OVUA 1V6KA 3U4XA 2PHTA 2C9AA 1NNAA 3PMEA 2PELA 2YV8A 3M3CA 5JDBA 4R9DA 1F8BA 4WEFA 2VXRA 1A4QA 3RMXA 3AP6A 3UJQA 3D6EA 4FPEA 1Q8VA 2F26A 2AEQA 4PBOA 2D43A 1LOAA 1JUIA 2DU0A 4KS1A 3W09A 2QWIA 4DRRA 2P2KA 4ATFA 5NN9A 1G9BA 2WKKA 2XZIA 1UL9A 1GZ9A 5T5LA 5DUXA 3H6JA 2NP0A 1V2IA 3RMYA 2BQPA 4XHBA 3BIWE 1PZ8A 1LHNA 1KRIA 3ALWA 3A0KA 3VKFC 2GDFA 3SISA 1CONA 5GZGA 3O0VA 1BJIA 3NV2A 1IKPA 1LCLA 1LHOA 5KXEA 1INXA 4Y1VA 1INFA 4CZSA 1Z4WA 1A3KA 2BATA 1LOCA 1WLWA 1SLIA 6NN9A 4H52A 3A4UA 1NNBA 1N1YA 5JOZA 2RKCA 2A5ZA 1JHNA 2D6NA 4WVVA 5E88A 1Z50A 3TIBA 4XE9A 2WSVA 3ZSKA 2WT0A 2VW1A 2ZMLA 2D6OX 2E6VA 3SALA 4XMAA 3PJQA 3B9CA 1I3HA 2ARXA 5LK5A 2P3IA 1W0PA 1BYHA 4FPJA 1LOFA 4FPFA 1F31A 3A0NA 2EXJA 1C57A 3M3QA 1YXWA 1LGBA 4Y24A 3TI4A 4FQ4A 1GYKA 1LU2A 3R4UA 4FPOB 4MX0A 3GVJA 1KQRA 3T1LA 2E7QA 4FVKA 1D2SA 2YA8A 4XHXA 3ZVXA 3TI3A 5KXDA 4YG6A 4XBLA 3O9KA 1LOBA 5BYNA 2DV9A 2YROA 2DTYA 4M4VA 4XJZA 1Q56A 1IVEA 7NN9A 4X4AA 1YO8A 3A72A 3LSDA 1V3BA 1CPMA 2BERA 3OPZA 3OYWA 1OFSA 2HT8A 4F83A 1W6PB 1BKZA 3V0BA 4YG0A 4RL7A 1VCUA 1S0CA 1QNYA 1KDMA 1V0ZA 1G7YA 3CL2A 4GKYA 4LBQA 5JOYA 1EUTA 3WG1A 4XOGA 1BJQA 1E8TA 3SANA 3WDTA 2AEPA 2SIMA 5HUKA 2GNMA 4RA0A 4MWUA 4YW1A 4X49A 1L7HA 1Z0HA 4MYEA 2ZMKA 5E8AA 1N3PA 4GKXA 5DG2A 4KBBA 4Y20B 1JBCA 1GSLA 3AFKA 1MS9A 5HUNA 1MS8A 3CYEA 4BLJA 3MW3A 4Y22A 4FPLA 4YFZA 1NMCA 1MACA 2XG3A 4I30A 4NN9A 3GVKA 5H9PA 3JUUA 1GBGA 4JC1A 2WSUA 3WOGA 3K3AA 4MWLA 2DU1A 1XQNA 4Q6KA 2NN8A 1O4ZA 2EF6A 4R9CA 3ZYPA 1AXYA 2W5NA 4YW3A 1CIWA 2VSKA 3TAYA 4YW4A 5KXCA 1UN1A 1AJOA 2UWCA 1LEDA 2P3KA 3B3QE 1MS4A 4AGVA 2VK5A 4DQAA 1MWEA 2AR6A 4M00A 2JD4A 3T1MA 1WW5A 3WCRA 3HMYA 2UURA 1WUVA 1N3OA 1Z4VA 2PHXA 3ASIA 3SH3A 1ENSA 1CR7A 3N36A 5IT6A 4MWWA 4FPGA 1G9AA 4GZPA 2W20A 1DYPA 3QLQA 1NCBN 2VVZA 4BBWA 4P9YA 2PHRA 3M3EA 2QWDA 5KXBA 3CNAA 4GDIA 2A70A 2VK6A 2LALA 1AVBA 1Q8QA 4GJTA 1NMAN 3PVEA 4FOYA 1INWA 1S0DA 1BZWA 1GNZA 4Y1UA 2P34A 4AGRA 4SLIA 4XJAA 4DPNA 3O5SA 1YI7A 2A6VA 4B7JA 1MS0A 4WV8A 4HZWA 1SBDA 2R1DA 4C1WA 2HTRA 2WT2A 4XILA 4MWQA 1RIRA 1HQLA 4B7QA 4WZFA 2C4AA 1KITA 3WCSA 1VALA 2ZGMA 3WDXA 4HZVA 2F28A 4YM1A 1SBEA 3AZXA 4HANA 2CYFA 5IUQA 4HIZA 3ZXEA 4YGDA 1G9DA 1MVEA 3K39A 1VIWB 3WV6A 2FMDA 1GZWB 1HKDA 4K1HA 3AZZA 2AH2A 1MS3A 2W68A 1HQWA 2DVAA 4M4UA 3WUCA 1S0BA 2AREA 2F12A 5GZDA 4CPZA 2ES3A 2D6LX 1W6PA 1ENRA 3ZSLA 2HT5A 3M1HA 3OYWB 4DGRA 1DGLA 2QWJA 3O0WA 3ZSJA 2ZBJA 4GWNA 1ULDA 3V0BB 1JN2P 1S0GA 3WG4A 4W65A 4Y1YA 5HUGA 4YG3A 2A75A 1YIFA 4Q8LA 3POWA 1G86A 2YA7A 5JOXA 2UWAA 1IVCA 3FBYA 2EXKA 2NM1A 4OZXA 3WHTA 1LESA 1WW4A 2EAKA 5B2DA 2CNAA 3MPPG 1CN1A 5L73A 1AZDA 1DILA 1KDKA 1V0EA 4Y20A 1WBLA 2JJ6A 4XDQA 2VW2A 3INAA 3WDWA 3ZPYA 2GMEA 1X50A 3AZWA 1LEMA 2JE9A 3W59A 4Q1RA 2DTWA 1NMBN 3IPVB 4LBLA 2AGSA 3B7EA 4LBOA 4K1YA 1LHWA 3V65A 3AZVA 1UKGA 1LOEA 3FUQA 1U0AA 4MWVA 4ISQA 1GICA 2YA5A 1FNYA 1LENA 2WNEA 1Z4XA 5CAZA 1V6IA 2HTUA 1KJLA 3AJZA 4YM0A 1ULGA 1WD3A 2JKBA 4MJVA 4FVVA 2W39A 2CWSA 5AVAA 4JF7A 2ERFA 1Z4ZA 4AVSA 1DQ5A 4AGGA 3AYCA 4QN4A 2VK7A 2Q5TA 4CPMA 2HTWA 1N1VA 1VCJA 1Z78A 3R05A 1W0OA 3H71A 2D44A 3H0OA 4LBJA 1VLNA 3AXDA 1F8DA 1YYNA 4YGEA 1V3CA 1A14N 4AYUA 2A7AA 4LBNA 2CMLA 1JYIA 2QWGA 1NN2A 5EYXA 5B2CA 1F8EA 1DQ6A 1IS6A 4XZPA 1A4GA 1GNHA 3AJYA 5GM0A 3NV1A 1MZ5A 4Z8BA 2BZDA 1LJ7A 1LOGA 3N7KA 3B00A 2A6ZA 2G4IA 3PVNA 5GLTA 1B9SA 1INVA 4FP2A 5JLVA 1NXD1 2JECA 2Z42A 4X6KA 4XBQA 1G8WA 2VY0A 4QN6A 4UW5A 3DUIA 1USRA 2B7YA 1OKQA 3MW2A 1A78A 3GVLA 4KS4A 3UK9A 2XZJA 1IKQA 4C1XA 1W1XA 1D0HA 3NN9A 1GZWA 1CESA 3FLRA 2E53A 2GNBA 2R0FA 3IMNA 1DQ1A 5IK8A 2VWDA 4BPZA 4JRAA 4M3CA 5GLUA 4XMIA 3AP4A 2ZB6A 1WLDA 2F13A 1L7GA 4XJUA 4B7MA 4D8SA 4M3CE 2UWBA 4FPCA 3WDUA 4YM3A 4P9XA 1ULFA 3OY8B 2HTQA 5GALA 1V6JA 1DLLA 2JDZA 2ZMNA 4FP3A 4Y1XA 1APNA 2ZGTA 4YGBA 2HU0A 2KM2A 1H9WA 3VKLA 2HTYA 2EXHA 3Q9OA 3NWKA 2F29A 1F8CA 3RG0A 1QOOA 1C1LA 3V64A 5GLZA 2D6MA 1NNCA 1EUSA 2GN7A 2ZHNA 2CWMA 2AUYA 3RQ0A 1EUUA 4NCSA 4TYSA 1KJRA 5EXOA 1EPWA 2A71A 2F11A 3B69A 2QWBA 2CTVA 4MWRA 1V6MA 2QWAA 3IPVA 1F5FA 3UL2A 4ATEA 2D6KA 2ZKNA 4XJRA 4FJ6A 2SBAA 4Y26A 1N1TA 3AXEA 1OQ1A 4AWDA 2YA6A 4CPLA 1JXNA 3AP7A 2QWFA 4MWJA 1VAMA 3FFZA 4YFWA 4GZWA 1WD4A 4CPNA 1HDKA 1WLCA 1WW6A 3GNEA 3I4IA 4XTPA 1Q8OA 1NSCA 2WQZC 4P9WA 2DVDA 3H73A 1QMJA 1SCSA 1SBFA 1HLCA 3ILNA 4M3CF 1V00A 2V73A 5DUWA 4M3MA 1USXA 2DURA 2A3XA 4TZDA 4K1KA 5DZEA 3TICA 2ZGSA 1Y7BA 1UX6A 3FLTA 4MZEA 1QDCA 2HTVA 1N3QA 5DUVA 3VUOA 2XCYA 4BOWA 4HL0A 1RITA 1LHUA 1S0EA 4D69A 5F9TA 2DUQA 1IOAA 1N47A 4YLZA 1QGLA 4K1IA 2YDPA 3I8TA 2WT1A 1FATA 5T54A 5T5PA 4XYXA 4LBMA 2D3PA 3WG2A 4K1JA 3UJOA 4XJQA 3VKNA 4XJ8A 3M3OA 1IVBA 2EIGA 3AP5A 2AENA 2V5YA 2YXSA 2PHWA 4GZXA 2DVFA 1MVQA 1A8DA 3JU4A 2ZGKA 3IN9A 4WVWA 4YM2A 5CB7A 4GALA 4Q27A 2PHUA 1UPSA 4K20A 5IK7A 1W6QB 3AK0A 2ZA9A 4LBQD 2DVGA 1LOFC 1W6OA 2YA4A 2XB6C 1NSDA 2GN3A 3LSEA 4HZYA 4WA3A 2R49A 4FPYA 2QWHA 2ZGRA 1BXHA 4AVTA 3HN1A 5T55A 3TI8A 2WLQA 4CPOA 2ZHLA 1LU1A 3FUOA 1W6MB 4FOQA 4MWXA 2H0BA 4Q1PA 2VU9A 4M3CB 1EURA 4YZ4A 4J9TA 4XTMA 1JOJA 3OY8A 1LGCA 1FV3A 4PQ9A 3KM5A 1FX5A 1ZM1A 4ASMB 4GA9A 4X47A 1F9KA 1DQ4A 3NV3A 3IKWA 2ZB5A 2OW4A 1INGA 3VKOA 1Z4YA 3IM0A 4UW6A 4FOVA 3RRDA 1S1AA 4DRVA 2W38A 3SITA 2SLIA 3DGTA 1DQ2A 5DZFA 1IVGA 1FV2A 2ZHMA 4MWYA 3AYEA 2P37A 2GMMA 1B09A 4MZAA 5H9QA 5GLVA 3BODA 3O12A 3ENRA 2D3SA 4I00A 3RS6A 1AX1A 4CPYA 3D12A 4K21A 4Q2FA 2W5OA 3B01A 4LBKA 4XJ9A 3MW4A 1WBFA 3ILRA 4GDJA 3OBRA 3WHUA 2VH9A 5GLWA 1CJPA 1UAIA 1TEIA 2F27A 1DIMA 1SACA 3GALA 1DHKB 2YY1A 3ZXLA 2XZKA 2PHFA 3QCWA 4MJUA 2RHPA 5FRAA 5HCAA 2ZABA 1LECA 2R16A 3WUDA 1NCCN 5T52A 1JYCA 4WA4A 1S0IA 1V6LA 4CTEA 5GZEA 2F24A 3O9JA 1DBNA 3N35A 3V0AB 3A71A 4NO4A 4H53A 1SLBA 2GMPA 3USUA 3CL0A 2HT7A 3APBA 5JVVA 4ZXKA 3SLIA 3OJBA 3ZXJA 2ZACA 1SLAA 4K1ZA 4QN5A 1XOEA 2D3RA 3K38A 2A6XA 5F5QA 5SV8A 4M4NA 4CRQA 4PBPA 4QN3A 3OGGA 2EALA 1PZ9A 3BTAA 5FREA 4ZKTB 1W8NA 3WLUA 2ZZJA 2GALA 4YW2A 2DUPA 1UZZA 1GV9A 1XOGA 4B7NA 2ZGOA 4XXAA 2OUHA 1GKBA 5IK4A 1NCDN 1W6QA 1IS4A 4UF7A 1QU0A 4HZZA 4PF5A 1H9PA 3N3HA 4KS3A 2NYYA 3SH4A 1W6OB 2R0HA 1O4YA 3K37A 2D7FA 3O0XA 2YDTA 1S0JA 4YW5A 3JU9A 5CNAA 1QNWA 4DFSA 1VAVA 1MS5A 2DUOA 5JMCA 3HR9A 2ZGLA 3WVJA 2ZHKA 1G9CA 4XBNA 1W6MA 3VKMA 3W58A 1ONAA 1CQ9A 4P14A 2E7TA 3KQRA 4KS5A 1V6OA 1SCRA 1NLSA 5H9RA 1WW7A 1SLCA 4GZSA 4FZHA 3AYAA 2E51A 1MZ6A 2NZ9A 2LTNA 3D11A 2EXIA 1NSBA 5HCFA 4ISRA 3OBTA 2VSMA 2NMOA 4QN7A 1ULCA 5GZFA 5DXDA 5HX0A 4H55A 1GLHA 1QKQA 4GEZA 3TI6A 1B9TA 3LCPA 4U36A 1IS5A 4GZTA 1W6NB 2I2SA 1V6NA 3POSA 1GANA 4WEGA 4GZOA 3L2YA 1J1TA 2C5DA 3TIAA 2TEPA 3T1EA 4DS0A 3SNMA 2A6WA 5CBLA 3SILA 3WDYA 1L7FA 2X9MA 1ENQA 4NOTA 2P3JA 3PVOA 3ALXA 4GB1A 2HYKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4Z92 B;  1ND2 A;  2W52 A;  5FFO C;  4MC7 A;  4CDU C;  2WQ4 A;  2WII B;  1ZNP A;  4H7L A;  4KH9 A;  5JPM B;  1S0F A;  5T50 A;  3ATG A;  3JD7 1;  4BLI A;  5DG1 A;  1NA1 B;  4HZX A;  2QQP A;  2D5H A;  3E5X A;  4OLL A;  3AYD A;  1WCS A;  1W20 A;  5CFD B;  4ITC A;  1LRH A;  2GND A;  3QH7 A;  2R06 3;  1ZA4 A;  1QQP 3;  2VMG A;  4IV3 A;  4C0B A;  3NJZ A;  4QGM A;  1XU1 A;  3JZV A;  2UU8 A;  1TME 1;  5DUU A;  5H9S A;  3HBZ A;  1R1A 3;  4Q4X 2;  2F25 A;  4E9K A;  4UW3 A;  2RS3 3;  4ORF A;  2VUA A;  4QQ2 A;  1FPN 2;  1FAY A;  3RJR A;  1H2M A;  4RQP C;  3NVC A;  4RR3 B;  1FYU A;  2R1B A;  4LNV A;  2VOX A;  5DDJ 1;  3ZN6 B;  2D6P A;  4YGC A;  1LUL A;  1OLR A;  3U11 A;  3VBS C;  4MET A;  4J6G A;  5K9Y A;  1I1E A;  3KT4 A;  1AYM 1;  3ZYJ B;  1YRZ A;  4HKW A;  2B39 A;  1VP6 A;  3V0A A;  1JW6 A;  3ST7 A;  1EPZ A;  2AYH A;  5AC9 1;  3MYX A;  2CV6 A;  3WNX A;  3LB9 A;  2DCZ A;  4D94 A;  3FLP A;  4XJW A;  5T5J A;  3ZSM A;  1GZC A;  4UW4 A;  4YVW C;  4Q26 A;  4XFI A;  1SO7 A;  2BF6 A;  5E89 A;  1HRI 2;  3VBO A; 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