1MS8A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
633
structure length
624
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 185
structure length 624
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms8A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms8A01
1LHWA 2DVFA 1FYUA 4WVVA 1UN1A 1ZM1A 5CB7A 4BOWA 3WDYA 1EUSA 4UW5A 3A0KA 1YXWA 2WT2A 3POYA 2WSUA 1R1ZA 5M1ZA 5JLVA 3QCWA 1NNCA 1LHNA 1VCUA 3AX4A 4XILA 3A72A 4P9XA 4GDIA 1GZWB 4GZXA 2ZGUA 2DU1A 1PZ8A 4P14A 4XHBA 1A78A 4FPYA 5GJ6A 5IUQA 4WEFA 3WDXA 4PCRA 4PF5A 1V0EA 1USXA 1QF3A 4YM1A 4YW3A 2ERFA 1DQ6A 1LEMA 4BMBA 4HZXA 4DQAA 4M4VA 1KDKA 5HUKA 2JD4A 5H9PA 3H73A 3AYEA 4Q27A 1X50A 1UPSA 5HUNA 1V0ZA 2F28A 5H9RA 2XZIA 1N47A 3IKWA 1LGBA 1OFSA 1NNAA 2JDZA 1IOAA 3SH3A 2F12A 4R9CA 1LESA 1LOCA 3D6EA 4WA3A 5DXDA 1W1XA 3PVOA 4JRAA 5IK7A 4MWUA 3W09A 4HL0A 4ISQA 5T52A 1EURA 4GKYA 1BXHA 4XDQA 4K1HA 2CWSA 3RSJA 1LCLA 3IN9A 4WEGA 2HT8A 1ULFA 3AXEA 5CA6A 3ZXEA 2EXJA 4GWMA 2OW4A 3M3OA 2VK7A 1V6JA 2W20A 4Z8BA 2F11A 3ZVXA 1SACA 1WBLA 3RMXA 4MWXA 4XJ9A 3GVJA 1S0BA 2VUAA 4SLIA 4AGVA 1SCSA 3TI3A 4K1KA 1XOGA 1VIWB 4GJTA 1MS4A 1GZWA 3M2MA 3T1EA 4WVWA 3SANA 1HLCA 1LHUA 5CAZA 2AREA 1CQ9A 2AENA 3WV6A 1N1TA 4AVSA 3A71A 1W8NA 4QN5A 1V6OA 3PVNA 4Y20B 2QWDA 3POWA 3IMNA 2VU9A 4YFZA 4GWNA 2QWIA 4YZ3A 3RG0A 2X9MA 1DIWA 2HYKA 1NSDA 2PHUA 4YZ1A 3B69A 1QDCA 1CR7A 2CTVA 2SILA 5F5QA 1WW5A 1Z4YA 4RL7A 2V5YA 1JUIA 1NMAN 1ULGA 1SBDA 2ZGTA 3R4SA 3SLIA 4X49A 3ZXKA 2YY1A 4H53A 1NLSA 1AVBA 1F8BA 4XIOA 3T1LA 2HTWA 4MX0A 4K20A 3WDUA 4XZPA 5EWSA 3GVKA 2YV8A 2A75A 1N1SA 5T5JA 1Z4WA 1WLCA 2DURA 1LENA 1Q8VA 1IS3A 2PELA 5GLTA 1MVEA 2DVAA 4WZFA 4I30A 3PJQA 2WJSA 2FMDA 2AGSA 1HQLA 5T5LA 5GZEA 1YYNA 1LEDA 4IQPA 5T5OA 5EXOA 1GKBA 2G4IA 1W6NB 3GALA 4UW6A 2D6OX 1C57A 1G9FA 1Y7BA 2YZ4A 1SLLA 3N36A 4M4UA 4K3YA 4FOVA 3OYWA 1KQRA 3SITA 2HTQA 2DV9A 2P37A 5GZFA 5DG2A 2A5ZA 1QKQA 1HKDA 4YM3A 1Z78A 2PHXA 1A14N 2ZMKA 1F5FA 1E8VA 1S0FA 1DGLA 4FJ6A 1G86A 4GALA 3WG3A 4UW4A 1RIRA 1V6LA 2P3KA 3UL2A 1V3CA 2DWRA 1NN2A 4FOYA 2VH9A 2D44A 1V0FA 3AJYA 4M01A 4Y20A 2A71A 1L7HA 3BEQA 2EXHA 2JKBA 2CNAA 4R9BA 1IS6A 1RITA 2PHWA 3AZVA 2YXSA 1DYPA 1DQ5A 2NZ9A 3O0WA 1HQWA 4HZWA 4YG0A 2EXKA 2W5OA 2A6ZA 5DG1A 2F27A 2SIMA 3CL0A 3H0OA 1QOSA 2A70A 2AEQA 1NMBN 2W08A 1L7GA 5DZFA 3CL2A 1QNWA 3RMYA 1GYKA 2VW1A 2UU8A 4K21A 3LSDA 1JN2P 2DYCA 2DU0A 3USUA 3HMYA 1INFA 1KITA 3K37A 2EXIA 4CPNA 2R0HA 1VAVA 4Q1PA 5JDBA 4XE9A 1D0HA 3WNXA 3FBYA 3AZYA 1W0OA 4CRQA 2ZB5A 5JOWA 4H55A 5T50A 3UJQA 5E89A 3SALA 2GNBA 3AYCA 1AXZA 3VKOA 1VLNA 1W6NA 2YA7A 1SLCA 4JCKA 4XJRA 1S0GA 4X4AA 1JW6A 4YW5A 1V6KA 1DIMA 1IS5A 2TEPA 2ZZJA 4ATFA 4LBLA 1WBFA 4FP3A 5IK5A 1W6PA 4XOGA 1CONA 3WHUA 4YGCA 4K1ZA 1AX1A 2DUOA 4RA0A 2R49A 3KM5A 4LBQD 1ENQA 4XJ8A 4U36A 1W6QB 4R9DA 4DRRA 1JHNA 3WUCA 2F13A 1GICA 2D3PA 2B7YA 5CBLA 3O9KA 1NSBA 4UF7A 2EALA 1WD3A 4B7NA 1F31A 1W6OA 2UURA 4MJVA 1MVQA 3BIWE 3WG1A 4LBQB 3WUDA 2EAKA 1F8DA 3ZXLA 4M3MA 4LBOA 1V3EA 4CTEA 1W6MB 1NCBN 3U4XA 2XZKA 5GZCA 1W21A 1JBCA 1S0JA 1BQPA 1WCSA 2D3SA 4DS0A 4C1XA 3N35A 1BKZA 2YA4A 4Y1XA 5GLVA 2WT1A 1ULEA 4XJWA 4JC1A 4XTMA 2BF6A 2LALA 3UJOA 3OPZA 4YW1A 4ATEA 1J1TA 4XJUA 2V73A 2D6LX 4B7MA 3M1HA 3CKZA 1AX2A 5JVVA 1PZ7A 1DQ0A 2R16A 2ZKNA 3ZYPA 3AFKA 1G9CA 1NNBA 4XJZA 3K3AA 2D6PA 1JYIA 3IPVA 5JOZA 3TAYA 1GNZA 2AUYA 2VK5A 3NN9A 2ZGNA 5DZGA 4NO4A 1USRA 1MWEA 2GNDA 5EYYA 3FLTA 4M3CE 1E8UA 4FVVA 1DFQA 4YZ4A 2CY6A 4FVKA 3V64A 1MS1A 3M3EA 1N3QA 1CESA 3ILNA 1SBEA 5JOYA 2JE9A 1S0EA 3D12A 2WSVA 2A7AA 3H71A 1LODA 1W0PA 1NCAN 1W6QA 5GM0A 4YM0A 3FFZA 4GEZA 2A6YA 4MWYA 4L8QA 1XOEA 4FPGA 4XHXA 3ZXJA 3WZ1A 3JU4A 1EUTA 4UW3A 1CPNA 1KDMA 1NCCN 3AK0A 3OYWB 2XCYA 2D6KA 4LBQA 1C4RA 6NN9A 5GZGA 3QLQA 5T54A 1W6MA 1JXNA 2ZGQA 1ONAA 1GSLA 2GN7A 1WW7A 1UZYA 4WA4A 1DYKA 1HDKA 3JUUA 1CJPA 2OVUA 4Y1YA 3IM0A 2WNEA 1UKGA 4HANA 2D7FA 4NN9A 4CPOA 3T2TA 2B8HA 4MWWA 2EIGA 3AZZA 4HIZA 3MW2A 1INHA 1NSCA 2HU4A 4M3CA 4AGRA 1Z0HA 2NMOA 3AZWA 5H9SA 4JF7A 2OUJA 1ZA4A 2DTYA 4B7RA 1DILA 2YDPA 2QWEA 5JOXA 2W68A 2D3RA 3ATGA 3N7JA 1C1FA 2WQZC 1LGNA 3K39A 2ZHLA 1LOFC 1W8OA 2QWGA 2ARXA 4ISRA 5GLZA 4ASMB 1WLWA 4LBMA 1F8EA 2VVZA 3USUB 1DHKB 2RHPA 4GZOA 4NC5A 3ZPYA 4FQ4A 3AP6A 2A3YA 3BOPA 2ZGKA 2BZDA 3TIAA 2DUPA 1EPWA 5DUXA 4YGBA 1WUVA 1JOJA 4Y22B 5H9QA 1Q8QA 2D43A 4MWQA 1B9TA 1LU2A 2AYHA 4BLIA 5SV8A 1O4YA 1UX6A 1MACA 4K1YA 2F29A 2VSMA 1LHOA 4CPLA 1UAIA 1Z4VA 2SBAA 1MZ6A 4BQ1A 3POSA 4GXLA 2KM2A 2CMLA 3OBTA 1N3OA 4XJAA 3TI4A 1S0DA 2A6XA 1Q56A 1H9WA 2NYYA 2W38A 2YA5A 2PHFA 1GANA 4KS5A 1LOEA 1AF9A 5CNAA 4BM8A 1W6PB 1WW6A 4ITCA 5KXDA 1O4ZA 4OZXA 4FPOB 4TZDA 3AYAA 2VK6A 4D8SA 5HUMA 5DZEA 2AH2A 2ZGOA 2PHRA 4H52A 2UWAA 4FOQA 2D6MA 1DQ2A 4QN4A 3ALWA 4Y1UA 2ZAAA 4Q2FA 1GNHA 1XQNA 3RRDA 5FREA 2F10A 2GNTA 1S0CA 1W6OB 2R1BA 1YI7A 2E6VA 3W59A 1L7FA 1BJIA 1KJRA 1GZCA 3WLUA 3WHTA 4Y1ZA 1MZ5A 3AZXA 2XB6C 1AX0A 4FQZA 1SLBA 4C1WA 1QGLA 3AJZA 1V2IA 4LBKA 5HCAA 1GV9A 2NM1A 4YGEA 3L2YA 2QWJA 1INXA 3B3QE 1DLLA 4DPNA 3ENRA 4R9AA 3TB0A 4K1IA 5HCFA 3OJBA 2RKCA 1YO8A 4ZKTB 2SLIA 3V65A 1CIWA 1B9SA 3OY8A 5IK4A 1C1LA 3NV4A 1QDOA 2YMZA 2OUHA 1G8WA 3OBRA 3VKMA 1I1EA 5EYXA 4Y22A 1Z4XA 3WVJA 4GZPA 1INGA 1SLTA 1FX5A 4J9TA 1LOFA 5F9TA 1SLIA 2ZGSA 2AR6A 4YG3A 2VW2A 1V3DA 3IPVB 3VKFC 3N7KA 2QWCA 5L73A 1LOBA 3DUIA 1QOOA 1INYA 3KQRA 1SCRA 1Q8OA 1VAMA 4AVVA 1KJLA 1LJ7A 1WLDA 2CWMA 2JE7A 4KS2A 1Z50A 4XMIA 1Q8PA 5GZDA 1TEIA 1MS8A 3HR9A 3B01A 4GB1A 4GZWA 2HU0A 2HTVA 1WD4A 4WA5A 3NV2A 1H9PA 4LBNA 3ZSKA 1GLHA 4DRVA 4PBPA 2CYFA 4MC7A 4X47A 4YZ5A 1INVA 2ZABA 3A4UA 2WLQA 4YW4A 2DVGA 5IT6A 3A0NA 3GNEA 1LHVA 2VXRA 3D4KA 1MS0A 3N7LA 1LOAA 1IVCA 4CPZA 1DQ4A 1DZQA 1IKPA 3O5SA 3RQ0A 4YM2A 1RINA 2F25A 2A3WA 3TI5A 4CZSA 1ENRA 2GMEA 4F83A 1VALA 4GZQA 3TICA 2E7QA 3ZYRA 4Q8KA 1MS9A 4CPMA 1INWA 1SLAA 4AYUA 3LSEA 3R05A 2A6WA 2HTYA 2VSKA 3FLPA 3VUOA 1UMZA 3NV3A 1IVFA 3GVLA 4M3CB 4I00A 4MWVA 3B9CA 4QN7A 2P3IA 2NP0A 4X6KA 3ZXFA 3O0XA 1S0IA 2WKKA 1SNTA 3CYEA 2QWAA 1CPMA 2ZGRA 3N7MA 2UWCA 4GA9A 4QNPA 4FPHA 1IKQA 4DFSA 4M3CF 5B2CA 4MWJA 3MW4A 4MZEA 4WV8A 4MWLA 3VKNA 1IVGA 3VKLA 2ZGLA 2H0BA 3K36A 3FLRA 1G9AA 4B7JA 1B9VA 5GALA 1VCJA 1MR5A 4BBWA 2WT0A 1BZWA 5NN9A 1LU1A 5IK8A 2E7TA 5E8AA 3ALXA 2P3JA 1Q8SA 2ZHMA 2GMMA 4AGGA 2P2KA 2GNMA 1AJKA 1U0AA 3CNAA 1Z4ZA 2ZMNA 4HZZA 4NOTA 3RS6A 1ENSA 5GLUA 1WCQA 1LTEA 3WDWA 1IVEA 4KS3A 2CL2A 3I4IA 1G9DA 5BYNA 1B09A 3M3QA 2C4AA 2QWBA 4FPCA 3O12A 2ZGPA 2ES3A 3V0AB 1V00A 4FPJA 3BODA 2JECA 2ZBJA 3OGGA 2R0FA 1OKQA 1F8CA 1UL9A 2YROA 2GMPA 1JYCA 4YW2A 1N1VA 3UK9A 1E8TA 3BTAA 3ASIA 3WG4A 4B7QA 3M3CA 2VW0A 4Y26A 2D6NA 3AP7A 1AXKA 1YIFA 4YG6A 4FPEA 3INBA 4MYEA 4LBJA 5KXBA 1GBGA 2YA6A 4D69A 1QNYA 1V3BA 2ZB6A 4Y1VA 3V0BB 1FNZA 1N1YA 3WG2A 1CVNA 4XJQA 1NXD1 2F24A 4Q6KA 7NN9A 3T1MA 1SFYA 2PHTA 1FNYA 1H30A 2ENRA 3NWKA 4QN3A 3MW3A 1EUUA 1AZDA 1QU0A 4GDJA 2HT5A 3Q9OA 2DVBA 4AWDA 2AEPA 2QWHA 1BJQA 3OY8B 2C9AA 4FZHA 5LK5A 1NCDN 3I8TA 4XBLA 1V6NA 3K38A 4XXPA 4BMEA 3D5OA 2DUQA 3AP9A 2QWKA 2W5NA 4P9WA 3WCSA 3ZSLA 5JMCA 1FV2A 2Z42A 3W58A 5E88A 1APNA 2HTRA 1DBNA 4YFWA 4AVTA 1OQ1A 1URXA 2DVDA 1ULDA 2GDFA 2ZHKA 2EF6A 4XMAA 5JYYA 4Q8LA 4ZXKA 3WCRA 1MS5A 1QMJA 4K1JA 4W65A 2E51A 3SILA 4FPFA 2ZGMA 3N3HA 2ZA9A 2GALA 1KRIA 4XYXA 3V0AA 5HUGA 1MS3A 2I2SA 4BLJA 2NN8A 3WDVA 2BATA 4YZ2A 2JJ6A 3ILFA 1NMCA 1V6IA 1GZ9A 1N3PA 2A3XA 2YDTA 3H72A 4YLZA 3NV1A 2F26A 1V6MA 4GZSA 2NMNA 5KXEA 3O9JA 1A8DA 2ARBA 4BPZA 3ZSMA 4GZTA 1D2SA 3SNMA 1BYHA 2HTUA 3LCPA 5KXCA 1G7YA 1LGCA 5HCBA 3HN1A 5AVAA 3PMEA 2P34A 4QN6A 3D11A 2FHRA 3ILRA 1F9KA 3NSSA 2ZACA 2QWFA 3INAA 4GKXA 3JU9A 4XIKA 4TYSA 2C4LA 3PVEA 3VV1A 3V0BA 4PBOA 4YGDA 1LOGA 2BERA 3AP5A 2VWDA 1IVBA 2F0ZA 4Q1RA 3AXDA 4Q26A 1AJOA 4DGRA 4KBBA 1FATA 1G9BA 1SBFA 1IVDA 3APBA 4PQ9A 2LTNA 2Q5TA 1FAYA 1A3KA 4FP2A 5B2DA 2W39A 2XZJA 4XBNA 1LULA 1A4GA 1QOTA 1YRZA 3B7EA 1WW4A 2DTWA 4XXAA 4HZVA 4M00A 5HX0A 5DUUA 1UZZA 1AXYA 3SH4A 4NCSA 3O0VA 2ZMLA 4MWRA 4Y24A 3AP4A 4KS1A 3FUQA 1PZ9A 5DUVA 3H6JA 2VY0A 1LECA 3R4UA 3B00A 5GLWA 3WOGA 2W52A 3MEPA 3DGTA 5DUWA 2UWBA 2XG3A 3C2UA 4M4NA 2YA8A 3MPPG 4FPLA 2R1DA 1CN1A 2A6VA 4FOWA 1IS4A 4KS4A 2GN3A 4CPYA 2HT7A 2ZHNA 1SO7A 1FV3A 1A4QA 1W20A 4XTPA 1DQ1A 3FUOA 4MJUA 5FRAA 3TIBA 3WDTA 4XBQA 3SISA 1S1AA 2C5DA 3TI6A 2BQPA 5T5PA 4HZYA 2E53A 3TI8A 4MZAA 1ULCA 4FPKA 1I3HA 4U2AA 3ZSJA 5T55A 3SH5A 4P9YA 3AYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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