1MSMA

The hiv protease (mutant q7k l33i l63i) complexed with kni-764 (an inhibitor)
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1msmA00
1BXQA 1OD1A 4LC7A 3QVIA 3U6AA 3KT5A 5P8CA 4K4QA 5P5BA 2WECA 4J54A 4FSLA 4ZIPA 3S43A 5P59A 3VUCA 3VG1A 4BFDA 3GGUA 3PLLA 3SACA 4ER1E 2RSPA 3DV1A 5P8LA 4GJAA 5P11A 2BPYA 2NPHA 4Y6MA 5P8QA 1A9MA 3MSLA 5OZMA 5P5HA 4D8CA 4NPUA 2APRA 4JP9A 3HAUA 1EC3A 4YDGA 4NJSA 4NJUA 2PYMA 4A6BA 3TOHA 4Z2ZA 3EM4A 5P4VA 3NR6A 2BQVA 4DJOA 1K6PA 1B6PA 5P2EA 5P00A 3PWWA 3S54A 5HE4A 3KFPA 2NMZA 1K1TA 4Y36A 2NR6A 4GJ7A 1FB7A 5P7SA 2AOGA 5P44A 4FM8A 2WJOA 5P2VA 5P3LA 5P6MA 3GGAA 5KR2A 3SFCA 3O9AA 1TSQA 3PI0A 5DQ2A 3OTSA 1JLDA 3APRE 5P6HA 5P2IA 3SM2A 4I10A 2AQUA 1APVE 3GGXA 5P5VA 1EEDP 4Y44A 3IN4A 3QBFA 4YA8A 5P3YA 5P17A 3HDKA 3KYRA 6UPJA 3KDDA 5KAOA 3IGBA 1AJXA 5P3XA 3SLZA 4GIDA 5HE5A 4Y3XA 5P0HA 1ENTE 4TVGA 3F9QA 2PSUA 3OXXA 1RL8A 4YOBA 3OK9A 3URIA 5P08A 4CPTA 4YBIA 1T3RA 2AVOA 4DJPA 2NTRA 5P2UA 4Y41A 2QI3A 3PWMA 1ZTZA 1HTRB 5CLMA 3QROA 1AM5A 4FCOA 1LS5A 4Y50A 1YM4A 4KB9A 5P4XA 1D4IA 4Y3RA 2B60A 1APUE 5P4MA 5P88A 3OQDA 5OZBA 5P7NA 5P3SA 4H3JA 4YDFA 5P0WA 1ZJ7A 4Y3NA 1KZKA 5HDUA 1HVSA 5DPZA 3ZLQA 1EBKC 4RLDA 4EWOA 5P24A 3GI4A 1ZBGA 5P5FA 3EM6A 1D4KA 3NUJA 1SBGA 5P40A 3LPKA 5OZYA 5KR0A 1T7KA 1IVPA 5OZQA 3UDKA 2QNPA 4F76A 1K1UA 4Y4EA 5JFUA 5P7VA 5I3XA 1D4HA 2PC0A 4D85A 1C6XA 3BUFA 2SAMA 2JJIA 2QD6A 4KE0A 5P3NA 1E80E 1EBYA 5DR8A 5P5AA 1U8GA 3EKXA 2F80A 2ZHSA 1TSUA 2QZWA 2V11C 5P5WA 3AUPA 3CKTA 2QHCA 1HVHA 2AOEA 2RKFA 4WTUA 5P3TA 4FSEA 4DQFA 4I11A 2HIZA 3RTMA 5P2NA 3DV5A 3ZKGA 3OUAA 4Y5NA 2I4WA 5P1JA 5P13A 5DQ1A 4FLGA 2VNNA 5P3RA 4OC6B 1HPVA 5P87A 3RTNA 4ZSMA 2AZ9A 5P33A 2P4JA 4I8WA 3T7XA 3S85A 2PWRA 5P06A 5SZ9A 5DR1A 1T7JA 4FM6A 1HTEA 4B78A 5P0IA 3FIVA 3RVIA 1BV7A 2QMGA 1IZEA 1HRNA 2WEBA 4J1CA 4YD6A 3QVCA 2OF0A 3EL4A 2ZHRA 2R5PA 5P8IA 4Y39A 5P69A 3C9XA 1FF0C 5SXNA 3UDMA 4RCFA 5P3AA 1SH9A 2P8HA 1PPKE 3G6ZA 1BDLA 5F01A 3UDHA 2HB2A 4Y3TA 5P1PA 2XFIA 5P0FA 4YCKA 5P5SA 1TZSA 4FM7A 3URLA 2AODA 3WB5A 1K2BA 3OU4A 5P6CA 2QMFA 5P54A 3CKRA 5B18A 5P89A 4CPSA 3FSMA 2Z54A 3ZOVA 5P8MA 1EC1A 1HPOA 1HVLA 3INEA 3NXNA 5P3DA 3O99A 4Y47A 4D89A 5P5UA 3VLAA 1G6LA 4EJLA 4GYEA 4I0HA 3TNEA 5P03A 3LZVA 3SKGA 5P6OA 7HVPA 4PHVA 4EQ0A 5P4KA 5P78A 2H6TA 1ZSFA 5P20A 1E81E 1QBSA 3SQFA 7UPJA 3VF7A 5P6TA 4Y4ZA 2G1OA 1UH7A 5P76A 1BWBA 1META 5P73A 4OC6A 1RPIA 2ZJJA 2Z4OA 3GGVA 4ZSRA 4ZLSA 2B7FA 1VIJA 5P61A 3NU5A 5P7QA 5P6ZA 5IS4A 1HWRA 2I0DA 5AGZA 5P0EA 3N4LA 5P1FA 5P6AA 4QJ7A 3OWNA 3BHEA 1K6TA 5P1DA 4LXAA 5OZSA 2AOFA 2V10C 5KQXA 5EZZA 5E5KA 5IVQA 5P7EA 1EPQE 2OHUA 5P1MA 1FQ7A 4AA8A 2Q64A 1BBSA 3CIDA 4I12A 2QNNA 5KQYA 2F81A 2I4UA 5P3KA 5P86A 2HS2A 3B80A 5P1KA 2ASIA 3PLDA 5P3BA 2CEJA 3ZKQA 2FGUA 2PMAA 1WBMA 2AOCA 2NXMA 2J9JB 2VIZA 4Q1XA 1BIMA 5P83A 4DV9A 4Y5GA 2AZCA 2QI6A 1ODWA 5P5LA 3UFLA 2QZKA 1B6JA 4GJCA 5OYUA 1W6HA 5JODA 1ME6A 5P1AA 5P53A 4L7JA 4EHCA 5P8NA 1KJGA 3NLSA 1ZLFA 3NWQA 3VV7A 1SGUA 2NXLA 4R92A 4HZTA 4Y58A 2P3AA 3RSXA 4Q5MA 1A8KA 5BRYA 1GVVA 2IKUA 1MTRA 1UH9A 5P3UA 2HPFA 1TCXA 2BKTA 3HLOA 5P1IA 1M4HA 1YTHA 1HSGA 5P0KA 5P4ZA 2FDDA 1SIVA 3PBDA 1LF2A 4I0ZA 3IN3A 5P4PA 3I6OA 4HDPA 2FS4A 4J17A 3TOGA 3UDNA 5P8FA 3D20A 5P4LA 5OZ3A 4K9HA 2XFKA 3MXDA 4ZEAA 3WZ6A 5P2RA 5P71A 5P68A 1BWAA 2OHRA 1LF3A 4Q1WA 2ER6E 4CPQA 2G1NA 1Z1HA 3CIBA 3DJKA 5P79A 3DOXA 1PSOE 4YHQA 4B77A 1FMUA 2QU2A 5P0BA 5DQ5A 4Y5LA 5P5OA 3IXOA 3HAWA 5P2HA 5P15A 4F74A 3EL1A 5P5KA 2ZJHA 1M43A 3DM6A 4J1IA 4Y48A 3FV3A 2AVQA 2XYFA 2G22A 1TQFA 5DGWA 2RENA 3VFBA 2IENA 2V16C 4EJKA 5P1EA 3UF3A 5OYVA 5OZ2A 3RU1A 3SO9A 1UH8A 3EXOA 3UDPA 2J9JA 3BGBA 5PEPA 5P85A 1CMSA 3R0WA 1IDAA 2G24A 5P82A 4Y3YA 5P6FA 3GI6A 5OZEA 5P72A 1GNMA 1XE5A 2QI4A 3TPLA 2Q54A 2AVMA 3IXKA 3QS1A 4LL3A 5AHBA 4RRNA 4QJ2A 1EPRE 1EC0A 4Y37A 5P0TA 5P7XA 2G20A 2FMBA 2OHTA 5P81A 3BXRA 4GJ8A 5P6JA 4XX4A 1NPWA 1FG6C 5HDVA 3K5CA 3QP0A 5P42A 3QI1A 2ZHTA 1J71A 4XKXA 2VA5A 2BJUA 5P2GA 2O40A 3ZKXA 4YD4A 4Y5KA 4J1FA 4I0IA 5P7IA 1ZSRA 3H5BA 4IVTA 5P2KA 1XL5A 4CP7A 2AZ8A 3OUDA 5P1LA 3Q70A 2V12C 4Z22A 2WEDA 2Q63A 1FQXA 2WHHA 5P4DA 5P7CA 1DMPA 4JPEA 5OZXA 5P2DA 1BDQA 4ACXA 3EKTA 5P6GA 3QPJA 4OBKA 5P6SA 6FIVA 5P8VA 1AZ5A 3HW1A 1IZIA 4H3IA 4QGIA 4B05A 2Q3KA 4I0JA 3PVKA 2AOHA 1BV9A 4HDBA 5DR7A 1FMXA 1DIFA 1IZHA 5P0AA 1B6MA 5HTZA 2PYNA 4FRSA 2P83A 2O4LA 5P47A 2BPWA 3IVHA 4JOOA 4DJYA 4J1EA 4YD3A 4FIVA 5OYSA 5P4UA 1QBUA 3BVAA 5P2QA 5I3WA 1DP5A 3NSHA 1KJFA 2G1SA 3WZ7A 4TRZA 2ZE1A 2F3EA 5UPJA 5P8OA 3SAAA 3R0YA 4LBTA 5P0GA 3OGQA 1F7AA 2VNMA 1W5WA 1IIQA 1MVPA 1OEWA 5P7LA 5P8GA 3D1YA 5P2FA 3ZKSA 1D4SA 1MESA 2HM1A 3VFAA 4TRYA 3VV8A 1FLHA 3O9LB 5P6VA 1W51A 3K4VA 4J55A 4L7GA 5P1TA 2IGXA 4M8YA 5OZWA 1SMEA 2FNTA 4HE9A 5AH7A 1G0VA 1AVFA 3DUYA 2QHZA 4Y5BA 4Y3FA 3ST5A 3NU4A 2IKOA 2VIYA 5P07A 5OZKA 5P84A 5P8EA 1LYAB 4B00A 2JE4A 5OZCA 5P50A 2NNPA 3I2LA 5P49A 4YCYA 1VIKA 4J0VA 1FEJC 1MSMA 5P0PA 5P2JA 4DVFA 5P0OA 5P7UA 1HEFE 3QIHA 4Y3QA 5DR4A 3PWRA 4Q1YA 2WF3A 2B8LA 3SA4A 4FRIA 5ENKA 3LIXA 2IEOA 2J9KA 3QN8A 1UPJA 5OYXA 3OXCA 5P67A 3NYGA 3OUBA 1EPPE 3S45A 5P51A 3HBOA 5OZGA 5P8AA 5P8JA 3KT2A 3ER3E 2FDPA 5P4OA 1IBQA 3SA3A 4Y9WA 1A8GA 5P7KA 2VIJA 3KFSA 5OZDA 2XYEA 2IS0A 3OXWA 3FX5A 3OU4B 2NMYA 2P3DA 2BKSA 3I8WA 4H3FA 4RVIA 4Q1NA 3PMUA 5P7RA 2PSGA 1W5XA 3G70A 1NSOA 5COKA 3NUOA 1GVUA 5P02A 2OHQA 2I1AA 3O9LA 2PK6A 4ZPEA 5JFPA 5P7FA 2VIEA 5P75A 3K4VC 3T3CA 5P1SA 5P6XA 1SDVA 3TPPA 3R1GB 3UFNA 1KJHA 2R9BA 2ER0E 5P4QA 5EZXA 2WL0A 3N3IA 1FG8C 2R5QA 4LHHA 1HVJA 4OD9A 5P3PA 1LYAA 5P0XA 3FKTA 3L5EA 2Q11A 5P36A 5P65A 3BVBA 5P0NA 3KA2A 5OZOA 1MRWA 3UDJA 3R4BA 2OHKA 4GJBA 3LHGA 5P8KA 2HS1A 2BPXA 5P29A 4TRWA 5P1QA 3UDYA 5APRE 4JECA 1AIDA 4B1EA 4DQCA 3UQUA 5P5RA 3WZ8A 2HPEA 3OADB 3UDQA 1MTBA 2G21A 3KM4A 2JJJA 3NDUA 4Y4AA 1HIIA 2FLEA 4OBGA 1PFZA 5P3FA 5P1CA 3NXEA 1B6KA 1GVXA 2FXDA 2QU3A 4U7QA 3VF5A 5OZ8A 5ER2E 4DJWA 3ECGA 4KE1A 4Y45A 1EPME 2VA6A 5P0SA 1BVEA 1KJ7A 4PPHA 2BPZA 5P4FA 4I1CA 5P7PA 1FMBA 2WEZA 2AVVA 2UY0A 5P0QA 5OZJA 5P4RA 3O9FA 1PSAA 5P0LA 5FIVA 1XN3A 3BRAA 5OZIA 1DAZC 1IZDA 4QJ8A 4EPJA 2R43A 3EL9A 2MIPA 2F8GA 3IAWA 5P5IA 3OU1B 2QMPA 3O9BA 2FXEA 5OZRA 4A6CA 5OYWA 3UQRA 3BUGA 3BGCA 5DR3A 3RTHA 2BPVA 3NDWA 5P0DA 2RMPA 3A2OA 2NNKA 4N00A 3U7SA 5P7WA 1FFFC 1BILA 4JPCA 3L5BA 1AXAA 3JVWA 2JYSA 3KN0A 3IA9A 1QBRA 5OYTA 4AMTA 1ODXA 2QZXA 5COPA 3K5GA 4EXHA 3ER5E 5P27A 5P1HA 5ISKA 4S1GA 2WF1A 3ZKNA 5OZTA 3D1ZA 4R93A 3PI5A 3NDXA 3TOFA 2Q55A 1QBTA 1XL2A 3OXVA 5IVTA 3D1XA 5P6KA 1DPJA 2BB9A 1ODYA 2FDEA 2OHSA 4I0GA 5P4SA 1QS8A 4EQJA 3VYFA 2O4PA 3PEPA 3O9CA 3FNSA 5C9FA 1C6YA 4FRKA 4DQBA 3OADA 4RZ1A 3SM1A 1PPME 4DPIA 1K2CA 2QZLA 5OZ7A 3PB5A 4CPWA 1SP5A 1SDTA 2F3FA 3M9FA 4HA5A 3VYEA 3LIQA 2F3KA 1YTIA 1ZP8A 1NPVA 3HVPA 5P4GA 4Y3DA 3KF0A 4I0FA 1MEUA 4J5JA 2AOIA 5I3VA 5OZ1A 1YX9A 3WB4A 3OU1A 3KDBA 5DQ4A 5P5XA 4GB2A 1XN2A 5P6LA 4D88A 3LNKA 2ZDZA 5KOSA 1MT9A 4ZPGA 5OYQA 3TTPA 4LP9A 3EL0A 5E5JA 3LZSA 4Y3SA 5P1GA 5P1YA 5P6YA 3D91A 3VYDA 4GJDA 2ZJMA 4GZFA 3SPKA 5OYRA 1SMRA 3OUDB 3FNTA 5P7HA 4Y4WA 3OOZA 1EBZA 4DQGA 4X2LA 1FGCC 1XDHA 3EL5A 1BXOA 2P3BB 2G94A 5I3YA 1HEGE 5P58A 3BC4A 5P48A 4FRJA 5J25A 4Y3HA 1HIVA 3LIVA 2ZJNA 2ZJKA 4XX3A 4HVPA 4K8SA 5P46A 5P4AA 3NU6A 3INDA 2AIDA 3PJ6A 1GVWA 3CICA 1MPPA 3VLBA 3D3TA 3Q3TA 4YE3A 5P5NA 5OZUA 5P01A 5P0VA 4H3GA 4RVXA 4Y5CA 2H6SA 4APRE 3HD8A 5P1WA 4OBHA 4LAPA 5P80A 5TOLA 3EKQA 2G27A 5OZ9A 4Y4DA 3UPJA 5IE1A 2I4QA 1G35A 1LEEA 4ZE6A 3HVGA 4L1AB 3L58A 2QMDA 4I8ZA 3OQKA 5P35A 3KFRA 3T11A 5P3VA 5P0RA 5P10A 5I70A 5P1NA 4EYRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BXQ A;  1OD1 A;  4LC7 A;  3QVI A;  3U6A A;  3KT5 A;  5P8C A;  4K4Q A;  5P5B A;  2WEC A;  4J54 A;  4FSL A;  4ZIP A;  3S43 A;  5P59 A;  3VUC A;  3VG1 A;  4BFD A;  3GGU A;  3PLL A;  3SAC A;  4ER1 E;  2RSP A;  3DV1 A;  5P8L A;  4GJA A;  5P11 A;  2BPY A;  2NPH A;  4Y6M A;  5P8Q A;  1A9M A;  3MSL A;  5OZM A;  5P5H A;  4D8C A;  4NPU A;  2APR A;  4JP9 A;  3HAU A;  1EC3 A;  4YDG A;  4NJS A;  4NJU A;  2PYM A;  4A6B A;  3TOH A;  4Z2Z A;  3EM4 A;  5P4V A;  3NR6 A;  2BQV A;  4DJO A;  1K6P A;  1B6P A;  5P2E A;  5P00 A;  3PWW A;  3S54 A;  5HE4 A;  3KFP A;  2NMZ A;  1K1T A;  4Y36 A;  2NR6 A;  4GJ7 A;  1FB7 A;  5P7S A;  2AOG A;  5P44 A;  4FM8 A;  2WJO A;  5P2V A;  5P3L A;  5P6M A;  3GGA A;  5KR2 A;  3SFC A;  3O9A A;  1TSQ A;  3PI0 A;  5DQ2 A;  3OTS A;  1JLD A;  3APR E;  5P6H A;  5P2I A;  3SM2 A;  4I10 A;  2AQU A;  1APV E;  3GGX A;  5P5V A;  1EED P;  4Y44 A;  3IN4 A;  3QBF A;  4YA8 A;  5P3Y A;  5P17 A;  3HDK A;  3KYR A;  6UPJ A;  3KDD A;  5KAO A;  3IGB A;  1AJX A;  5P3X A;  3SLZ A;  4GID A;  5HE5 A;  4Y3X A;  5P0H A;  1ENT E;  4TVG A;  3F9Q A;  2PSU A;  3OXX A;  1RL8 A;  4YOB A;  3OK9 A;  3URI A;  5P08 A;  4CPT A;  4YBI A;  1T3R A;  2AVO A;  4DJP A;  2NTR A;  5P2U A;  4Y41 A;  2QI3 A;  3PWM A;  1ZTZ A;  1HTR B;  5CLM A;  3QRO A;  1AM5 A;  4FCO A;  1LS5 A;  4Y50 A;  1YM4 A;  4KB9 A;  5P4X A;  1D4I A;  4Y3R A;  2B60 A;  1APU E;  5P4M A;  5P88 A;  3OQD A;  5OZB A;  5P7N A;  5P3S A;  4H3J A;  4YDF A;  5P0W A;  1ZJ7 A;  4Y3N A;  1KZK A;  5HDU A;  1HVS A;  5DPZ A;  3ZLQ A;  1EBK C;  4RLD A;  4EWO A;  5P24 A;  3GI4 A;  1ZBG A;  5P5F A;  3EM6 A;  1D4K A;  3NUJ A;  1SBG A;  5P40 A;  3LPK A;  5OZY A;  5KR0 A;  1T7K A;  1IVP A;  5OZQ A;  3UDK A;  2QNP A;  4F76 A;  1K1U A;  4Y4E A;  5JFU A;  5P7V A;  5I3X A;  1D4H A;  2PC0 A;  4D85 A;  1C6X A;  3BUF A;  2SAM A;  2JJI A;  2QD6 A;  4KE0 A;  5P3N A;  1E80 E;  1EBY A;  5DR8 A;  5P5A A;  1U8G A;  3EKX A;  2F80 A;  2ZHS A;  1TSU A;  2QZW A;  2V11 C;  5P5W A;  3AUP A;  3CKT A;  2QHC A;  1HVH A;  2AOE A;  2RKF A;  4WTU A;  5P3T A;  4FSE A;  4DQF A;  4I11 A;  2HIZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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