1MSNA

The hiv protease (mutant q7k l33i l63i v82f i84v) complexed with kni-764 (an inhibitor)
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1msnA00
5P1WA 5P1ZA 4J0VA 5P0GA 5P3UA 2ZHTA 1E81E 3OQKA 1VIKA 5P83A 5P87A 5P09A 5P0IA 1U8GA 5DR4A 4ZSRA 5P6DA 3RTNA 2WEAA 5P8PA 5P1KA 4Y4GA 3UDYA 4OBJA 2J9JB 5OZIA 1LYWB 4Y41A 2AOFA 3S56A 1K6VA 4QJ7A 5P0EA 2VJ6A 4DQFA 5P5FA 2OHSA 5P3DA 3L5CA 3EKXA 5P8UA 2QMPA 5OZTA 3T6IA 3OTYA 4Y54A 2QCIA 3ECGA 5P5JA 1MT8A 3FV3A 5P6QA 4EHCA 5P56A 1MPPA 4EWOA 5P4AA 4Y37A 1MTBA 1JLDA 1NSOA 1XN3A 2HPFA 6FIVA 5DR8A 4ER2E 5P0WA 2R43A 1IZHA 5P5GA 3KM4A 4RYGA 5P3NA 1GVVA 5DR7A 5OZYA 5OZLA 4NPUA 3DV5A 5KQZA 1CZIE 1T6EX 1FKNA 1FMBA 5P2EA 5OZDA 3PSYA 4Y4JA 3RSVA 5P16A 5P8AA 2EWYA 4DQGA 5P0HA 3BUGA 5P0JA 2ZE1A 3OUCA 2QI0A 2I4WA 3ZKXA 1EAGA 4RVXA 5P44A 2PYMA 3OU4B 5OYYA 3H5BA 5P3ZA 5DR1A 3I25A 3S7MA 1EPRE 4YHQA 5E5JA 3HBOA 2BKTA 1LYAA 5P7TA 2BPYA 1FF0C 5ENMA 5P3JA 3EL9A 3PMYA 3NU9A 1ZBGA 2P3BB 5P0OA 4NJSA 2R3TA 4DVFA 2FGVA 1CPIA 3O9DA 4Y5KA 4Y4AA 5P73A 2BQVA 2F81A 4I0ZA 5SY3A 4I0IA 5OZXA 5P2OA 3NDWA 4DJXA 5E5KA 4K4PA 2PC0A 3IA9A 2OHLA 2NXDA 5P1RA 2VJ7A 5P5ZA 4Y45A 1CMSA 1K2CA 5P6MA 3Q6YA 5P1BA 2HB3A 1B6PA 5P4JA 3NYGA 5P3FA 2I4DA 5P1JA 3PMUA 3L58A 2OHQA 1EBWA 3K4VC 4L1AA 1SGUA 3KYRA 3N4LA 5AHBA 3TPJA 2QHCA 4Y3WA 2APRA 3CYXA 4I0HA 5P5HA 5P2LA 4DJRA 1MTRA 4B0QA 3OXVA 1XDHA 2V0ZC 4Y5GA 5P6NA 3M9FA 5P3EA 1W51A 3EM6A 1LF2A 4PHVA 2QHZA 1G0VA 3PLDA 3PVKA 3HW1A 5OZQA 3TNEA 4KUPA 4Y3FA 1K6PA 3BGCA 4DJYA 4I10A 5P7GA 1K1UA 5J25A 5P1SA 4N00A 2QI7A 3WB4A 5P32A 2FDPA 5P4DA 4EXGA 5P6OA 5P6ZA 4ACUA 3INDA 1EEDP 2VKMA 3PRSA 2QD6A 1LF4A 2O4PA 3MSJA 3SFCA 3PWMA 4Y4TA 3VFBA 5COOA 4TRWA 1D4LA 2QI4A 5P7YA 3OADA 3URJA 1HVKA 4DPFA 4ACXA 3OGQA 4OD9B 5P3BA 3EKYA 1AJXA 2I4QA 4K8SA 1SIPA 4F73A 3VV6A 3PLLA 5P5DA 5P6JA 3LZUA 4Q1XA 2QI5A 4BELA 1FMUA 4K4QA 1C6YA 4GJ8A 1EPQE 5P5VA 2WF2A 5P0RA 4FCOA 2G1YA 1FG6C 4Q5MA 4J0ZA 4BFDA 4Y48A 3VYDA 2QZKA 5P6AA 5P36A 4Y4WA 3SAAA 1BWBA 2HIZA 2WL0A 5P25A 4UPJA 5P8SA 2O4SA 4I0FA 1IBQA 5AH8A 3LPJA 1GKTA 3I7EA 3EKTA 1F34A 3KDBA 4AZYA 4EXHA 2OHUA 4AA9A 4Z50A 3BGBA 4GIDA 3Q4BA 3PBDA 2J9KA 5P4UA 5I3YA 1QDMA 1FB7A 3R2FA 3B7VA 4HLAA 4EJ8A 4Y50A 2VNMA 4Z2ZA 5P33A 3VF7A 5P88A 3IXKA 1MUIA 4GJCA 4Y35A 1T7KA 1A8KA 4HDPA 3K5CA 5P7JA 4ZIPA 4Y4DA 3R1GB 3VEUA 3D3TA 3FNTA 3QAAA 5IVRA 1MSMA 5P51A 4M8YA 4OC6B 2QMFA 5P8GA 2PWCA 3VG1A 4Y47A 4I1CA 1APTE 3C9XA 3NU6A 4EQJA 1KJ7A 5P5YA 5P7FA 4Y6MA 5KQYA 5P8JA 1TSQA 3OAGB 4R8YA 5P6IA 4FIVA 3UDRA 1MESA 2ANLA 1HVLA 3LZYA 5P7IA 2R38A 5P4WA 4F74A 5P14A 5P1QA 3I8WA 5P7NA 3ZKSA 4Q1NA 3EL4A 5IVQA 2F3KA 5P4GA 1QBUA 1FIVA 2HPEA 4I12A 2CEJA 2NXLA 3ZKNA 5OZ4A 3SO9A 3WZ8A 3R0YA 2AVSA 4OBDA 1EC1A 5P7DA 3CKRA 5OYVA 5P82A 2PK5A 1DAZC 4B05A 4L6BA 3SA4A 3B80A 2HB2A 4EJLA 1EC3A 5AH9A 3NDUA 3F9QA 1A8GA 5OZ3A 3O9IA 2B8VA 2XFIA 5OYZA 5P54A 5BRYA 2ZYEA 1M4HA 4FSLA 5OYQA 3JW2A 4U7QA 1GVXA 3O9GA 4LHHA 3LINA 1BBSA 4KE0A 4GB2A 2ZHRA 4Y39A 4Y3EA 1XN2A 1C6ZA 5P1YA 3D20A 4BFBA 4Y4XA 4R93A 2PH6A 3O99A 1IIQA 2WEBA 1YG9A 1LYAB 1D4IA 5P47A 1KJ4A 1FLHA 2OHKA 2QMGA 4H3IA 5P1LA 4QGIA 4CMSA 1GVWA 3UQRA 4F76A 5P4CA 5P65A 3EL1A 5P4VA 5P3RA 5P0BA 1EC0A 4GJ9A 3LIYA 3SACA 5FIVA 3RVIA 4AMTA 5P1UA 5P2XA 4I0GA 3AUPA 2AOGA 5P2YA 5P0QA 1BWAA 1BXQA 3TKGA 5AH7A 5P4MA 3TLHA 1HWRA 5JG1A 2QAKA 1MIQA 5P3VA 1Q9PA 5P0PA 4D89A 4XX3A 5P18A 1LF3A 5P2QA 5P58A 5IVTA 3WB5A 4L1AB 4RRNA 3INEA 5OYRA 4Y3SA 1WBKA 3HVGA 4X7IA 3U71A 3R4BA 5DQCA 3HDKA 5P1PA 2AZ9A 3SPKA 5P8HA 3VYFA 5P59A 2WF1A 4LXKA 2XYFA 4YD6A 5P60A 1MT7A 5HDXA 2QI1A 4XX4A 4CPXA 2IS0A 4U7VA 4NPTA 5P46A 2AQUA 3DV1A 4FE6A 4JP9A 1MERA 3SA3A 4FLGA 1LS5A 5P63A 4R95A 5OZOA 2PSGA 5P4ZA 3BC4A 4GYEA 3LIVA 4DJQA 3UDJA 1E80E 5P3CA 4YE3A 3TPRA 2Q55A 2R5PA 4YOAA 4F75A 4FM7A 4J0TA 2NMZA 3AIDA 2Z4OA 4PZWA 5OZMA 3KA2A 5P0VA 5DQ4A 3RSXA 3OADB 4FM6A 2I4XA 2FNTA 2H6TA 3WZ6A 3N3IA 4B70A 5P5LA 3VUCA 3T3CA 2I0DA 3FKTA 5P5RA 5JFPA 4CPUA 5OZ6A 5P2BA 1YTGA 2JYSA 4MC6A 5P35A 5P8DA 4Y3LA 1LYBA 2G1SA 2FNSA 2I0AA 3TKWA 3ZPSA 2QMDA 2VIJA 4DQEA 4OBHA 5P8KA 4QLHA 2IGXA 4ZE6A 2HC0A 3KDDA 4A6CA 1HXWA 5ER1E 1VIJA 5P7WA 3KT5A 2QU2A 5P6CA 3OOTA 2VS2A 2PWRA 3VV7A 4Y3JA 5DQ5A 4BEKA 5P1DA 2G20A 5P57A 5P2DA 5HCOA 4OC6A 2PK6A 4QJ8A 4TRZA 5HD0A 3TOHA 4M8XA 5P1GA 5P61A 2SAMA 2Z54A 1E82E 4JPCA 3UDQA 3O9BA 5P3MA 3CMSA 4Y38A 3OAGA 4FM8A 1BAIA 3VSWA 3VV8A 4L7JA 4HVPA 2IKUA 3PB5A 1FQ6A 5P01A 5OZVA 5OZBA 2ZGAA 4GMIA 4Y3MA 5ENKA 1FFIC 4NJTA 5P07A 5P1VA 2UXZA 4Z4XA 2G27A 2MIPA 4PZXA 5P31A 5P0ZA 5P0AA 3K5FA 5P5WA 3UDHA 5T4SA 3OGPA 1PROA 3PI5A 1MEUA 3D1YA 1HSGA 1YTHA 1YX9A 5P1OA 5DR0A 5P86A 4APEA 4WTUA 1EPME 4Y56A 3OTSA 3PSGA 1IZDA 3OXXA 1KJHA 2ZJMA 4QJ9A 2QU3A 3ER5E 2QD7A 5I3VA 1META 3KFSA 1BXOA 2F3EA 2ZJKA 1APWE 1YT9A 2PSVA 5OYTA 1PPKE 3UQPA 3NU4A 2ZJHA 3CIBA 5P41A 2QHYA 4Y43A 1ME6A 3DUYA 3HD8A 5P3YA 4Y3RA 8HVPA 2QZLA 3KFRA 3PSUA 3OQFA 4EP2A 4Y5BA 3T11A 1HRNA 4DQCA 2QI3A 1RQ9A 5HDVA 1K6TA 5CONA 3IXJA 1K6CA 2HS2A 2AOCA 1HTEA 4RVIA 5HE7A 2AIDA 3TPPA 5P2CA 4DH6A 1EC2A 2B60A 2BJUA 4J1KA 5P4EA 4DJUA 5HTZA 1ODWA 3INHA 3VF5A 5KR1A 5P7HA 2R5QA 3UFNA 4S1GA 2OHRA 1NPAA 5P4QA 2P3DA 3O9LA 4X2LA 4ZPEA 3OQ7A 2G22A 4L7HA 1BDQA 4I8WA 5P5OA 5P05A 4Y3DA 4I0DA 2PQZA 5OZSA 3MWSA 5P77A 2XYEA 1SDTA 1HOSA 1BVGA 1FG8C 1XE5A 3G6ZA 4AUCA 1DIFA 3O9HA 5P6FA 2BB9A 5OZGA 1FQ7A 2OAHA 3UPJA 4E43A 4J1FA 5I70A 3NSHA 3GI5A 5KOSA 1A30A 2VJ9A 4GJ5A 5P6XA 3CKTA 3UDMA 4CPSA 5P6PA 2I4VA 5P5UA 2FLEA 3O9FA 4RZ1A 4D8CA 3GGXA 4CKUA 3UTLA 3QRVA 1TQFA 4A6BA 4I0JA 3D1XA 2FDEA 2O4NA 5P78A 3JVYA 3UDNA 1ZJ7A 1B11A 1SGZA 3MXDA 3OUBA 2ER0E 2QI6A 3NLSA 5P6VA 3KDCA 1C70A 4I11A 3DK1A 1B5FA 5OZPA 5OZAA 4HEGA 1EPNE 2VIYA 5P40A 3OXWA 2O4LA 1SIVA 5P2WA 2NNKA 3UQXA 3D1ZA 5P6KA 4Y53A 5OYSA 4Y3QA 1LV1A 4RYCA 5P7BA 1N49A 4WY1A 3PEPA 5OZJA 1B6LA 5P64A 3QRMA 4EJKA 1YTIA 1BDLA 4YA8A 3CYWA 5P7AA 3ZKQA 3DM6A 2G21A 4JECA 3JVWA 1ZP8A 2FXDA 5P2ZA 4EPJA 1PPLE 5B18A 2AZCA 1RV7A 3K5DA 3KFNA 6APRE 5P4NA 1W6IA 5P5XA 3GI0A 5P4BA 4Y36A 1RNEA 5P30A 3K1WA 1UH8A 1HPOA 3NXNA 5P42A 3DCRA 5CLMA 3URIA 2IGYA 3ZPUA 5P6BA 4GZFA 1NPWA 5SXNA 3BRAA 1B6MA 5P2SA 1SH9A 5P11A 3CIDA 5P8FA 3ZPTA 5P4PA 2ER7E 4Y9WA 3PM4A 5P45A 1BV9A 3BUHA 4B77A 2OHTA 4ER4E 1FQXA 3PJ6A 1LYBB 1PSAA 4LBTA 3VF3A 1DW6C 3LZSA 5OZ1A 4FS4A 5P43A 5P70A 2ZJIA 3T7XA 3HVPA 3OU3A 3U7SA 2P3CA 5ER2E 3SA7A 1DMPA 1HXBA 4R92A 5P0XA 3DOXA 3BHEA 3RTMA 1APUE 2ZDZA 5OZ2A 4J55A 5C9BA 3UQUA 5OZNA 4YD5A 3TH9A 3KT2A 5DR3A 1T7JA 4A4QA 2WHHA 1HVRA 2VA6A 4GJ7A 4DPIA 5P71A 2BBBA 2R8NA 1HHPA 5P8CA 2RKFA 4EQ0A 5P53A 5EZXA 2IDWA 4K4RA 1IZIA 1PFZA 1HEGE 3ZKGA 3L38A 4IVSA 3QIHA 5AHCA 3INFA 1IVQA 2BPZA 4R91A 5P19A 1G35A 2AZ8A 4J54A 5P79A 1LZQA 3DCKA 2FXEA 5P0TA 4YCYA 4EYRA 2V00A 2HB4A 4LP9A 4FSEA 5P03A 2A1EA 5P7LA 3QVCA 5ISKA 5P26A 5P2VA 1UPJA 5P2MA 4XXSA 4RGHA 5HDUA 2AZBA 2G1RA 1F7AA 5P3LA 4ZLSA 3GGUA 3PGIA 2P8HA 2AVQA 2P3AA 2PMAA 3OU1A 3VYEA 2B42A 2XFKA 1UH9A 5P7PA 5DGWA 4DJOA 5P10A 3T7QA 1DP5A 3ZKMA 1G6LA 3OK9A 2BPVA 2AOHA 3LIQA 4RCEA 3OUAA 5PEPA 1KZKA 2WEZA 1APVE 4D88A 3L5DA 1W5YA 3LNKA 4DV9A 2ZHUA 3HLOA 4HE9A 4Y4ZA 1D4JA 3WZ7A 1MRWA 3FNSA 5HE5A 3APPA 3PWRA 3QVIA 5P8RA 4J0PA 3G70A 2IRZA 2Q11A 1HTFA 1W5XA 3O9LB 3VLAA 3Q3TA 3EXOA 1FQ4A 1ZLFA 3IXOA 3KMYA 4FRJA 4LL3A 5P7QA 5P2NA 2QZXA 2CEMA 2RSPA 5P5IA 3UDKA 2PYNA 5P3HA 5P6TA 3RTHA 3S54A 4DFGA 4B1CA 4Q1WA 4FAEA 5P38A 5P06A 3L5EA 3PHVA 3L59A 1SP5A 2ASIA 1FFFC 5KQXA 5C9FA 5P3WA 2P83A 5P52A 3H0BA 5P66A 3ZOVA 5P4KA 2CENA 2Q64A 3LHGA 2AOJA 4KE1A 4HZTA 2VIZA 3NDTA 3KMXA 3EBZA 4HDFA 2WF0A 1TCXA 3OHFA 5P74A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1W A;  5P1Z A;  4J0V A;  5P0G A;  5P3U A;  2ZHT A;  1E81 E;  3OQK A;  1VIK A;  5P83 A;  5P87 A;  5P09 A;  5P0I A;  1U8G A;  5DR4 A;  4ZSR A;  5P6D A;  3RTN A;  2WEA A;  5P8P A;  5P1K A;  4Y4G A;  3UDY A;  4OBJ A;  2J9J B;  5OZI A;  1LYW B;  4Y41 A;  2AOF A;  3S56 A;  1K6V A;  4QJ7 A;  5P0E A;  2VJ6 A;  4DQF A;  5P5F A;  2OHS A;  5P3D A;  3L5C A;  3EKX A;  5P8U A;  2QMP A;  5OZT A;  3T6I A;  3OTY A;  4Y54 A;  2QCI A;  3ECG A;  5P5J A;  1MT8 A;  3FV3 A;  5P6Q A;  4EHC A;  5P56 A;  1MPP A;  4EWO A;  5P4A A;  4Y37 A;  1MTB A;  1JLD A;  1NSO A;  1XN3 A;  2HPF A;  6FIV A;  5DR8 A;  4ER2 E;  5P0W A;  2R43 A;  1IZH A;  5P5G A;  3KM4 A;  4RYG A;  5P3N A;  1GVV A;  5DR7 A;  5OZY A;  5OZL A;  4NPU A;  3DV5 A;  5KQZ A;  1CZI E;  1T6E X;  1FKN A;  1FMB A;  5P2E A;  5OZD A;  3PSY A;  4Y4J A;  3RSV A;  5P16 A;  5P8A A;  2EWY A;  4DQG A;  5P0H A;  3BUG A;  5P0J A;  2ZE1 A;  3OUC A;  2QI0 A;  2I4W A;  3ZKX A;  1EAG A;  4RVX A;  5P44 A;  2PYM A;  3OU4 B;  5OYY A;  3H5B A;  5P3Z A;  5DR1 A;  3I25 A;  3S7M A;  1EPR E;  4YHQ A;  5E5J A;  3HBO A;  2BKT A;  1LYA A;  5P7T A;  2BPY A;  1FF0 C;  5ENM A;  5P3J A;  3EL9 A;  3PMY A;  3NU9 A;  1ZBG A;  2P3B B;  5P0O A;  4NJS A;  2R3T A;  4DVF A;  2FGV A;  1CPI A;  3O9D A;  4Y5K A;  4Y4A A;  5P73 A;  2BQV A;  2F81 A;  4I0Z A;  5SY3 A;  4I0I A;  5OZX A;  5P2O A;  3NDW A;  4DJX A;  5E5K A;  4K4P A;  2PC0 A;  3IA9 A;  2OHL A;  2NXD A;  5P1R A;  2VJ7 A;  5P5Z A;  4Y45 A;  1CMS A;  1K2C A;  5P6M A;  3Q6Y A;  5P1B A;  2HB3 A;  1B6P A;  5P4J A;  3NYG A;  5P3F A;  2I4D A;  5P1J A;  3PMU A;  3L58 A;  2OHQ A;  1EBW A;  3K4V C;  4L1A A;  1SGU A;  3KYR A;  3N4L A;  5AHB A;  3TPJ A;  2QHC A;  4Y3W A;  2APR A;  3CYX A;  4I0H A;  5P5H A;  5P2L A;  4DJR A;  1MTR A;  4B0Q A;  3OXV A;  1XDH A;  2V0Z C;  4Y5G A;  5P6N A;  3M9F A;  5P3E A;  1W51 A;  3EM6 A;  1LF2 A;  4PHV A;  2QHZ A;  1G0V A;  3PLD A;  3PVK A;  3HW1 A;  5OZQ A;  3TNE A;  4KUP A;  4Y3F A;  1K6P A;  3BGC A;  4DJY A;  4I10 A;  5P7G A;  1K1U A;  5J25 A;  5P1S A;  4N00 A;  2QI7 A;  3WB4 A;  5P32 A;  2FDP A;  5P4D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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