1MTRA

Hiv-1 protease complexed with a cyclic phe-ile-val peptidomimetic inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Substrate-based cyclic peptidomimetics of Phe-Ile-Val that inhibit HIV-1 protease using a novel enzyme-binding mode.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mtrA00
2XFKA 2QI6A 4Y3ZA 4F74A 5OZKA 4M8YA 1FEJC 2MIPA 3QBHA 3PMYA 3FNTA 4E43A 4APRE 4Y3TA 4COEA 2G1NA 4Y56A 5P5XA 3QBFA 2G24A 2QHZA 2VJ7A 5P5YA 5OZ1A 3LPJA 1G0VA 3F9QA 1IZDA 4RRSA 1E80E 4N00A 3TOGA 2WECA 4LL3A 5P52A 5I3YA 2NXLA 2AZBA 4YOAA 3OK9A 3S45A 1SDVA 3DOXA 1IDBA 2BPWA 3ZKSA 4L7HA 4EJKA 2JYSA 3IAWA 4Y9WA 5P7XA 3OGPA 5P0MA 5P76A 2VA7A 4CPUA 5EZZA 4R95A 1ODYA 1D4LA 4GYEA 3D1XA 3OTSA 4CPQA 2NTRA 5P6HA 1HIHA 1F34A 1GNOA 3VSWA 4EPJA 4NJVA 1GKTA 5P3RA 2Q54A 2FXEA 4J17A 3ER3E 5OYUA 5DPZA 1ZSFA 5P70A 2IKUA 3EL0A 3HDKA 4RVIA 4F76A 3MXDA 2R9BA 5HE5A 5P3YA 5P3XA 1E81E 5P1AA 2J9KA 4DV9A 1B5FB 4FRKA 5P0LA 4Y6MA 4EJDA 3UHLA 3VG1A 2FMBA 3EM6A 4K4QA 1NPWA 1PPME 3SACA 4I0EA 4GJCA 5P3MA 1LYWB 5P51A 5HCTA 4QJ6A 1EPPE 4RYGA 3D1ZA 3FIVA 4JPCA 5IVRA 4TRYA 5P0WA 5OZAA 2IQGA 5P1YA 3PBDA 3N3IA 4B77A 5HTZA 1HWRA 2G1YA 1W5XA 5OZEA 5P7JA 1MPPA 3O9EA 2P3DA 3BXRA 3QI1A 5P46A 3SABA 1LZQA 4Y53A 5P2MA 1AJVA 4XKXA 3UDKA 4B05A 4I12A 5P6TA 3LITA 2FDEA 5P6FA 5IVTA 2P3AA 2QD7A 5P5SA 1E5OE 4DJYA 2ASIA 5P8PA 3PMUA 1HTGA 5OZSA 5P02A 5P0PA 3UDYA 5P1WA 3LZUA 4Y3QA 1K2BA 5P6KA 5P60A 1HXBA 3FV3A 2BKTA 3O9CA 3L5DA 2IGXA 2I4DA 5P1GA 4Y3NA 4Y3MA 1EC1A 4L7GA 4GJDA 5SZ9A 5P8CA 3PI0A 5P5QA 4Y3WA 5P8RA 4LBTA 4YE3A 3PI5A 4Y5NA 4KE1A 2I0DA 3IN4A 3NUJA 4TRWA 5P06A 3Q3TA 5OZLA 5KOQA 5P0SA 3APPA 4KE0A 2WHHA 1HVCA 5P5OA 2UPJA 3QROA 4PEPA 5P4GA 3URJA 3VSXA 3DCRA 6FIVA 4CKUA 3S53A 5P42A 5P53A 2AZ8A 2A1EA 3U6AA 1NPVA 4A6BA 3BUFA 3D3TA 5CLMA 5P4EA 5P8TA 3OGQA 4DJQA 2PK6A 1T7IA 4I0FA 4M8XA 5AHCA 1A30A 3ZKQA 5F01A 3KMXA 3K5FA 4J5JA 1AAQA 4HE9A 5P44A 4HDFA 5JFUA 5P7FA 5OZ7A 5P5PA 4Y44A 3NU9A 3NU6A 4Q1WA 3QS1A 3O9AA 4FSLA 1APTE 3CMSA 2WF2A 5P8UA 4Y4DA 3OTYA 1XN3A 2QMDA 3PWWA 5P4HA 2WEBA 3URIA 4B1CA 5P0VA 3HBOA 3FNUA 3I2LA 4NJUA 5P7QA 5P2YA 4XX3A 2OHQA 1AM5A 4J1HA 5P8BA 4H3IA 5DR7A 5OZOA 1NPAA 1HTEA 1FQ7A 7HVPA 2VIJA 4CPRA 1BVEA 5P7AA 1FFIC 3ECGA 2F3FA 4J0ZA 5P5VA 4OBKA 4PZWA 5OYSA 4HDPA 1BWAA 3GGAA 3D91A 5P3NA 3OXWA 2IEOA 1EBZA 1W6HA 5P4IA 5P7MA 1TQFA 5P22A 4PHVA 4Z22A 2QHCA 4FRSA 5AH7A 4EQJA 5P6DA 3OQDA 5EZXA 5P4PA 2Q55A 5P4WA 3DM6A 4H3FA 5P73A 2VJ9A 3FX5A 3LINA 1PPLE 5OYXA 5HE4A 5P3TA 4Q1YA 4I10A 2P4JA 4ER1E 5P10A 4YOBA 2PYMA 3L59A 1D4HA 3OHHA 4R5NA 5HU0A 3NUOA 5P16A 2F81A 3UFNA 1KJHA 3TNEA 1UPJA 3ZKNA 2BKSA 3UQRA 2BPXA 5IS4A 4RROA 3VUCA 2WF0A 4JP9A 4YHQA 5SY2A 4YD5A 1QBSA 3CIBA 3D1YA 3Q70A 3BUHA 2P8HA 1HVIA 3O9FA 5P08A 3EL1A 5P2VA 1YM4A 3AIDA 1B6MA 4Z2ZA 1LF4A 3KYRA 1M0BA 3PB5A 5P0CA 5E5KA 1Z8CA 4OBZA 2CEMA 4EWOA 5P43A 5P2AA 5P3IA 3OHFA 5BWYA 3EKTA 2ZHSA 2R5PA 3OUCA 2Z54A 5P2ZA 4RZ1A 5P2QA 1ODXA 5P57A 1J71A 2OHSA 5P2RA 1NSOA 3OUDA 1MT9A 4AUCA 5P2GA 4X7IA 3OADA 1EBYA 5P0UA 2O4NA 5P2KA 3S7MA 3T7QA 3Q5HA 2QMPA 5DQ4A 5P2UA 2HPEA 4Y5PA 3TKGA 3PLLA 2BJUA 3GW5A 3OQ7A 2ZDZA 5OZDA 5P58A 5P49A 3Q4BA 1HEFE 1A8GA 2WJOA 4Y3HA 4B72A 3EM3A 1KJFA 1MT7A 5OZBA 2ZJMA 3VF3A 1F7AA 3UDNA 4QJ2A 4B78A 4D85A 3SA3A 2PC0A 1CZIE 2O40A 1YM2A 3BXSA 5P3AA 5P4RA 1XE6A 1XN2A 5T4SA 5IE1A 1AIDA 2AOIA 5P7TA 1HSGA 5P03A 1ZSRA 5P47A 3CICA 4J1EA 1FQ5A 2PH6A 5P82A 2ZHRA 1TCWA 5P64A 3RTMA 2BPZA 5ENMA 6APRE 3ZLQA 3KDBA 3BUGA 2G1RA 2SAMA 2R38A 1MERA 2HC0A 2WEAA 5P4QA 1DMPA 1HTRB 2FGVA 5P1IA 3O9HA 5P7WA 1SH9A 2NXMA 3GGVA 5P3VA 5J25A 3NDTA 3OWNA 5P8SA 2WF3A 3DV1A 2ER7E 3IXJA 2XFJA 2QI1A 3OU1A 4I1CA 3S7LA 1PSAA 3VEUA 3SA4A 1QDMA 1KZKA 5P13A 3EL5A 5HVPA 2VIZA 4OBGA 3RTNA 3ST5A 1HVKA 4AMTA 5I70A 1HEGE 4Y4JA 3OXXA 4Y57A 2I1AA 3CYXA 4OBZB 5P84A 3KF0A 4H3JA 2PYNA 4PPHA 2V12C 3K4VC 2IDWA 5P7SA 1G6LA 2IRZA 5P63A 1QRPE 1KJ4A 3KMYA 5DQ1A 5P6GA 8HVPA 5P2OA 1D4SA 4Y58A 5P23A 2O4KA 2OHLA 3OUDB 5OZIA 3UDHA 5P07A 3O9IA 1IZEA 1FIVA 5P1QA 5P65A 1TCXA 3OADB 4WY6A 5DR0A 5DR8A 1KJGA 2QI3A 3UTLA 4GJ6A 1YTHA 3UPJA 2BB9A 3T7XA 3L5EA 4RVJA 4S1GA 5P09A 4BELA 1T6EX 1SGZA 3HVPA 5C9DA 3R4BA 4YCTA 5P3OA 5P6QA 3T11A 1FQ8A 2JXRA 1CMSA 5P1LA 3ZOVA 5P3UA 5P1JA 3UDQA 2ZJNA 4Y43A 4Y4AA 3SAAA 5P0TA 4ER2E 1HSIA 5P8NA 2J9JA 4EXGA 3SPKA 5P0HA 3SA9A 4LXAA 3TOHA 4FLGA 5P7RA 3QPJA 4DQGA 4X2LA 3SA7A 5P7PA 5P7UA 2Q5KA 5P7DA 2ZHVA 1SGUA 1XDHA 3LZSA 2AVMA 3OU1B 5P24A 3M9FA 2QU2A 4Y3LA 2BPYA 5IVSA 5P3JA 5P5WA 2ZJHA 4YA8A 2I4WA 4J1KA 1W6IA 5P0AA 1A8KA 1C6XA 3OU3A 4YD4A 4YD7A 5AH8A 2WL0A 1BWBA 4Y39A 3A2OA 5HDXA 5P81A 1G35A 3ZKMA 4PZXA 1HBVA 1QS8A 3KT5A 3VFAA 2AQUA 3ZL7A 5P4AA 4R93A 3TPLA 2H6SA 5P4ZA 5P0BA 1EPOE 4D8CA 3S8IA 5B18A 2I4UA 1GVUA 3QRMA 2G26A 3RU1A 4YCYA 3QRVA 3LPIA 4DJVA 1BIMA 3QVIA 5OYQA 3VF5A 2PK5A 1T3RA 2IKOA 2B42A 4RCEA 5P5DA 1DPJA 2WKZA 3LIZA 2AZ9A 4EP3A 3EL9A 2R8NA 4ZPFA 5DQ5A 5KQYA 5P3BA 3LZYA 5P1VA 5P0EA 4RGHA 5P6AA 5I3XA 1MRWA 3LZVA 1META 1ER8E 2F3EA 3CKPA 3R2FA 4FAEA 5P7OA 3GI5A 2J9JB 1ZPKA 2V16C 3LPKA 1BXQA 4FM8A 5P41A 4I0IA 4UPJA 2QCIA 4U7VA 2NMZA 5P7LA 2OHTA 1TSUA 1K6PA 4Z50A 1XS7D 3WZ7A 4Y51A 2VIEA 4I0GA 4JECA 1IIQA 2AOFA 4ZLSA 3S54A 3TTPA 3INEA 3HAWA 5KR2A 4AA9A 1QBTA 5P6RA 4Y45A 1MTBA 3CKTA 3H0BA 5P25A 5P4CA 1A9MA 3T7PA 5P15A 5P8OA 5P0NA 1BDRA 4LXMA 5P33A 2Q11A 3I8WA 2FIVA 1D4YA 2ER6E 2FLEA 3K5CA 4Y3GA 2BPVA 5OYZA 3URLA 4LHHA 3EKVA 4FAFA 1ZAPA 3K4VA 4L6BA 5P12A 2AOGA 1QBUA 3VFBA 5P2XA 4QJ9A 2QZWA 4ZE6A 1WBKA 1ENTE 2VKMA 3TH9A 5JODA 1MUIA 5P00A 4RVXA 5P0IA 4ZPEA 2RMPA 5P83A 3R0WA 3CIDA 1BDLA 5DQ2A 4GZFA 5P36A 4FS4A 5P62A 4OBJA 3IXKA 3NWQA 5P8JA 3LIYA 5DR3A 1RNEA 4H1EA 4OBHA 5P31A 4D89A 3K1WA 4Y3FA 4ZSRA 1JLDA 2RSPA 4IVSA 5P05A 5KR8A 5P5ZA 3UF3A 4Y3YA 4DQEA 1XL5A 1FFFC 2QNQA 3APRE 3PCZA 5P5HA 5P37A 4RLDA 5P1HA 5P3EA 1RPIA 5P1TA 1W5VA 5P39A 3IA9A 3PWMA 4TVGA 2NR6A 2QZKA 2ZE1A 2AOEA 2G27A 5P2LA 3KDCA 2HB4A 3NYGA 5P5IA 4K8SA 3SA6A 3NR6A 3PSGA 5P0JA 3ZMGA 5OZ3A 5P1MA 5P2CA 1YTGA 5OZFA 5P3GA 5P1OA 5DQCA 4CPSA 2ZHTA 3NDWA 2B8LA 5OZWA 5P11A 5P8DA 4F73A 2FNSA 4I11A 1BDQA 5P8IA 2HS1A 3KFSA 3PLDA 5P0GA 2HM1A 1GVWA 5OZRA 5P5BA 5P7YA 1LYAA 5P26A 4J1CA 4D88A 4MC6A 1YTIA 1DW6C 3UDJA 5P2DA 3LNKA 3QAAA 5P3FA 1OEWA 3HAUA 2APRA 2CENA 3QN8A 1T7JA 2AVSA 5OYWA 5P2IA 4YDGA 2AIDA 1UH9A 4MC1A 5P75A 5ENKA 2V00A 2UXZA 2ZJLA 4I0ZA 5OZNA 3VLBA 4I0HA 2QMGA 3VYDA 1HRNA 5C9FA 1IZIA 1IBQA 2F8GA 5P68A 3RVIA 2O4LA 2OHMA 5HCOA 3ZKIA 3BGCA 4DQFA 1FG8C 5OZYA 2OHUA 5P6MA 5OZXA 5P55A 5AH9A 2CEJA 3EMYA 3PVKA 3NSHA 5P80A 3UDPA 2QNNA 5P4DA 4DPIA 1AXAA 1LS5A 2VA5A 4Y38A 5P72A 5P1CA 5P1FA 5P2SA 5P0KA 3PRSA 1HPSA 2VJ6A 5PEPA 1ZJ7A 2ER9E 5P6SA 3FSMA 5P5KA 5P7NA 5P6VA 5OZ5A 4DUSA 1ZBGA 5P3ZA 5COOA 1LV1A 2H6TA 5P6WA 3VV8A 4F75A 1FGCC 4KB9A 5P17A 1EC0A 4EXHA 3IGBA 4GMIA 1MESA 5P8QA 2FGUA 1HXWA 5P3LA 3K5DA 1K2CA 4JOOA 3OOZA 4GJ8A 5P5RA 5P78A 1B6JA 5P6CA 5P67A 1C6YA 4JPEA 1EEDP 2V0ZC 5P8GA 1SDTA 4K4RA 1C6ZA 1EBKC 4Y5EA 5P28A 1ZPAA 5P3QA 1LYAB 1B11A 1D4IA 4RCFA 1DIFA 1DAZC 3L38A 2QK5A 4Y5BA 1XL2A 5P8EA 4RRNA 1TSQA 1M4HA 2NMYA 3TPRA 1B6LA 2AODA 4ZPGA 1EPNE 4WY1A 1B6PA 5P18A 2RENA 5P7GA 3DJKA 5OZGA 3NWXA 1SIPA 2IL2A 4Y5GA 1UH8A 4QJ8A 3G70A 3SA8A 5P74A 5IVQA 5P1NA 4Y5KA 5KQXA 1PFZA 2ZJIA 1RV7A 2VIYA 2VNNA 4Z4XA 3MSLA 1MSNA 5P4UA 2NNKA 4Y47A 4CPXA 5OZJA 1MVPA 3IVHA 3SM1A 3MWSA 5P4BA 3NU5A 3K5GA 5AH6A 3OY4A 4OC6A 2G1SA 5P2TA 3DUYA 1IZHA 3L3AA 5P7IA 3OUAA 5P0DA 3VV6A 1FKNA 4I0DA 4Y48A 5P7KA 2F3KA 2HPFA 5ISJA 2R3TA 4ER4E 1Q9PA 4YBIA 5P6OA 5P1DA 1K1TA 4RYCA 2Q64A 4R8YA 2QAKA 2RKGA 4ACUA 2FDPA 5P56A 5APRE 3UDRA 1OD1A 5OZ9A 3ZPSA 4I8WA 4MC2A 5P6JA 3VLAA 4QLHA 4GIDA 5COPA 2QI7A 5P4XA 3UFLA 3PBZA 1AJXA 2G22A 4K4PA 2P3BA 5P4YA 5P45A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XFK A;  2QI6 A;  4Y3Z A;  4F74 A;  5OZK A;  4M8Y A;  1FEJ C;  2MIP A;  3QBH A;  3PMY A;  3FNT A;  4E43 A;  4APR E;  4Y3T A;  4COE A;  2G1N A;  4Y56 A;  5P5X A;  3QBF A;  2G24 A;  2QHZ A;  2VJ7 A;  5P5Y A;  5OZ1 A;  3LPJ A;  1G0V A;  3F9Q A;  1IZD A;  4RRS A;  1E80 E;  4N00 A;  3TOG A;  2WEC A;  4LL3 A;  5P52 A;  5I3Y A;  2NXL A;  2AZB A;  4YOA A;  3OK9 A;  3S45 A;  1SDV A;  3DOX A;  1IDB A;  2BPW A;  3ZKS A;  4L7H A;  4EJK A;  2JYS A;  3IAW A;  4Y9W A;  5P7X A;  3OGP A;  5P0M A;  5P76 A;  2VA7 A;  4CPU A;  5EZZ A;  4R95 A;  1ODY A;  1D4L A;  4GYE A;  3D1X A;  3OTS A;  4CPQ A;  2NTR A;  5P6H A;  1HIH A;  1F34 A;  1GNO A;  3VSW A;  4EPJ A;  4NJV A;  1GKT A;  5P3R A;  2Q54 A;  2FXE A;  4J17 A;  3ER3 E;  5OYU A;  5DPZ A;  1ZSF A;  5P70 A;  2IKU A;  3EL0 A;  3HDK A;  4RVI A;  4F76 A;  3MXD A;  2R9B A;  5HE5 A;  5P3Y A;  5P3X A;  1E81 E;  5P1A A;  2J9K A;  4DV9 A;  1B5F B;  4FRK A;  5P0L A;  4Y6M A;  4EJD A;  3UHL A;  3VG1 A;  2FMB A;  3EM6 A;  4K4Q A;  1NPW A;  1PPM E;  3SAC A;  4I0E A;  4GJC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2FNT A;  3LIX A;  1EBW A;  3I7E A;  5OZ2 A;  4ACX A;  1UH7 A;  1AVF A;  5JG1 A;  1CPI A;  4QJA A;  5BS4 A;  3GI4 A;  5OZU A;  4CP7 A;  4HLA A;  5P20 A;  1HVR A;  3EKW A;  2QMF A;  3EL4 A;  1MEU A;  4Y3J A;  1K1U A;  4EHC A;  5TOL A;  4H3G A;  5OYT A;  3GGU A;  3KT2 A;  5P6Z A;  4FGX A;  5P7E A;  3R1G B;  5P0F A;  2AZC A;  5P3K A;  3NXE A;  1K6V A;  3VYE A;  5P2J A;  3IXO A;  5FIV A;  4FM7 A;  5P1E A;  4J0P A;  3G6Z A;  5P77 A;  4CPT A;  4Y36 A;  1T6G A;  2HAH A;  3SA5 A;  2IEN A;  5P5L A;  1SBG A;  5P1X A;  4GJ5 A;  2NXD A;  2FDD A;  3PM4 A;  1BIL A;  2V10 C;  3QRS A;  5P5C A;  2FS4 A;  3IN3 A;  3LIV A;  3PGI A;  5P19 A;  4YCK A;  4Y4G A;  3S85 A;  4D83 A;  2OHR A;  2QHY A;  5P7B A;  3G72 A;  2AOJ A;  2AVQ A;  5P04 A;  2AVV A;  3TLH A;  5P2H A;  4FE6 A;  5C9B A;  1W5Y A;  3I25 A;  4Y3R A;  4FIV A;  5P2E A;  2HB3 A;  1MSM A;  4QGI A;  1ZTZ A;  3EBZ A;  1PPK E;  2OHN A;  3PSY A;  4I8Z A;  5AHB A;  3EKY A;  5P7V A;  5P5E A;  3KDD A;  3SLZ A;  1FMB A;  2V13 A;  3KFP A;  2NPH A;  5P4L A;  4L1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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