1MUIA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with lopinavir.
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords protease
publication title X-ray Crystallographic Structure of ABT-378 (Lopinavir) Bound to HIV-1 Protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2002-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1muiA00
5P3GA 4U7QA 5AH8A 2G1YA 1ZJ7A 4GJ6A 2PK5A 4GJ7A 3VUCA 3O9DA 3I7EA 4J55A 4CPWA 2QMGA 4J5JA 1MPPA 1PPME 4Y4TA 4Y37A 5P5KA 1SGUA 3K4VA 1ER8E 4FRKA 5P1YA 5P54A 3INDA 3PLLA 5P56A 3FNUA 5P75A 1UH7A 3GGAA 1HTFA 1XN3A 1BDQA 2NPHA 1W5YA 5P61A 2A1EA 3IXKA 5P6XA 4Q1NA 2AVVA 1PSOE 3I25A 3HAUA 3PEPA 5P5CA 5P5DA 1UH8A 5P3VA 5P7UA 3VFAA 4B78A 5OZWA 1D4KA 3K5GA 2IS0A 2J9KA 5P4AA 3I8WA 5P0PA 3NDTA 1EPLE 4Y4XA 3EL1A 5IVRA 4RYGA 1GVXA 4Y3GA 1K6CA 3SA9A 1AJXA 5KAOA 3M9FA 3KM4A 3LZVA 5DR8A 2AVQA 3I6OA 2OHQA 3KYRA 2FMBA 2AOEA 1KZKA 3BUFA 3BXRA 4JPCA 5DGWA 3URIA 1LYAA 4XKXA 5P1RA 1IDAA 3GI5A 1KJGA 2WEZA 5OZRA 4EJ8A 3VSWA 3EL4A 4PEPA 5P3CA 3UDPA 4D8CA 1B6LA 3PWRA 5P3RA 2ER9E 2JXRA 5P77A 2NMYA 1FFIC 4K9HA 5P6QA 1K6VA 5P7FA 1IZHA 2PC0A 3NU3A 5P85A 4COEA 3MXEA 4FS4A 3T7PA 3BXSA 4EP2A 5AH7A 1J71A 2BPWA 3ZKXA 5P84A 4I10A 5JODA 2UPJA 2G27A 1EC3A 2ZHTA 1W6IA 4APRE 2F81A 3DV5A 2QZLA 3U71A 2IENA 5P1GA 2VNMA 2O4PA 2QZXA 3GGUA 1E5OE 2I4QA 4Q5MA 3TTPA 1EAGA 4LXMA 3UDJA 2OHNA 5P6KA 3QBHA 3MWSA 4R8YA 5P64A 3RVIA 1MTBA 5P2MA 1EPOE 5OZZA 5KOSA 5P0AA 5P52A 4FL8A 1K6TA 5OZPA 5P4MA 3O9BA 5UPJA 5P6PA 5P5IA 4Y53A 2JYSA 1YTHA 5C9BA 1B6PA 1HVCA 4H1EA 2QNQA 5BRYA 5P3YA 5P4KA 2V00A 1K2CA 5P89A 1META 3GI4A 3HD8A 2FXEA 1HVIA 5P4BA 2PMAA 3EKTA 4I0EA 4Y54A 3UQPA 4I0IA 5SY3A 3Q70A 3LZYA 3VF5A 4I0JA 1IVQA 1BBSA 5P3ZA 5P6TA 4TVHA 5P6DA 4JECA 4J17A 1ODYA 1PROA 4HDFA 1HEGE 1MVPA 3WSJA 4ZSQA 3ECGA 3PMUA 5P1VA 4CMSA 4DPFA 4ER4E 2OF0A 5DQ5A 4GZFA 2B7FA 4Y39A 5PEPA 3PI5A 3PSYA 4FSEA 5DR3A 5P00A 1Z8CA 5P0UA 3DUYA 5P47A 1BILA 3K1WA 2XFKA 2ZYEA 1GNOA 3OTSA 3KDBA 2QI4A 2VA7A 1W50A 1GVUA 5P5BA 3R2FA 5P0CA 3L5BA 5E5KA 4Y44A 3QRVA 5P6SA 2FNSA 2F3KA 2AVSA 1IDBA 2R3WA 2R5PA 2P8HA 5P5VA 4Y5EA 5KOQA 2R3TA 4L1AA 2F80A 5P83A 3LIVA 3TLHA 4ZSMA 4ZSRA 5P67A 1RV7A 5OZGA 5KR2A 5ENKA 3O9HA 3WB5A 1TCXA 5P3OA 5P2LA 4F74A 4LXAA 5P1PA 3EKWA 4EWOA 5HCTA 2OHRA 4AUCA 1M0BA 5ISJA 2J9JA 3MXDA 1OEXA 4DQEA 3O9IA 2OAHA 1B6KA 4OD9A 2AOHA 2SAMA 3UQXA 3UF3A 2P3BA 5I3XA 5OZBA 5P1LA 1D4SA 2ANLA 4ZIPA 3QRMA 1FQ5A 2HPEA 4NJTA 3OQAA 5P28A 3LHGA 4OBZB 2IEOA 5P4UA 3IXJA 1APWE 1EC0A 4Y3LA 3R0WA 5P7JA 3KDCA 2G21A 5T4SA 5P88A 2RSPA 1XL2A 3ST5A 2J9JB 1D4YA 4PPHA 3OQFA 4TRZA 4OD9B 5P7YA 4ZSPA 4B1EA 3NU4A 4YCKA 2HIZA 2P3BB 3QS1A 3O9FA 3OAGA 1D4HA 1SH9A 5P17A 4E43A 1EPNE 5HU1A 3UDYA 3TPJA 5P13A 4Y56A 4PHVA 1K2BA 2VA6A 4DJXA 3C9XA 3NDWA 4Y3HA 4Y41A 3UDMA 4J1CA 1GKTA 5P86A 3S56A 2JJJA 3VF3A 2WJOA 5P3LA 1Z1HA 5P6NA 3UFLA 5SXNA 1DIFA 4TRWA 1YG9A 2IQGA 2ZHRA 3IXOA 1W5WA 3OAGB 5OYVA 4Y3XA 1NPAA 4HEGA 1SGZA 4HLAA 2I4XA 4YD7A 4JP9A 3SA8A 3OXXA 1MSNA 3VYDA 2JE4A 5P79A 2Q64A 3ZPSA 1TQFA 5P4SA 1CZIE 2P83A 2Z54A 1FMXA 3L38A 5P3EA 5P8SA 1RL8A 3B80A 2Q54A 4JPEA 4GJ8A 3BUHA 5P80A 1IBQA 2VS2A 4FIVA 3VYEA 1SBGA 4GJAA 5P3MA 4DJYA 5COPA 1MEUA 1HVHA 1GNMA 5P5AA 5P65A 4EXHA 5P7ZA 2HB2A 2AOCA 5P0TA 3CICA 4J0VA 4FM7A 5OZEA 5KR8A 4DI2A 5P3XA 5P4WA 2RENA 1FB7A 1HSHA 5P0XA 2QI6A 3RU1A 5P3NA 4DQBA 1EPQE 2R5QA 4ER1E 1HVSA 1DPJA 3QRSA 5P7WA 3NU5A 3TKGA 5P0JA 1UPJA 5OZXA 1PSAA 1AXAA 5P5NA 5P0WA 1D4IA 5P6CA 5P7QA 2HPFA 1XL5A 3K5FA 3ZKGA 1B11A 2I0DA 4DJWA 5P11A 1A9MA 2R9BA 1EEDP 1XN2A 1HSGA 4Y3RA 4DH6A 5OZCA 5P0RA 4MC9A 1OD1A 5P12A 5P2VA 3OGQA 5P5LA 3B7VA 4DJOA 2I4DA 4PYVA 5P0OA 3VFBA 5F00A 1W6HA 3R0YA 5AGZA 1AAQA 5P8JA 1ZPKA 1HIIA 2PYMA 3UPJA 4Q1WA 4HVPA 3KFSA 5ENMA 1TZSA 5P6RA 2QCIA 4D88A 5P4IA 4Y38A 5DQCA 3TPPA 1RQ9A 4K4RA 3ZKMA 3PCZA 4YCYA 5P1OA 5P68A 1BXOA 1OEWA 4S1GA 5P2DA 5P2KA 4OBDA 3EL5A 2ZJJA 5P5FA 3NDXA 4L6BA 5DQ4A 5OZQA 2CEJA 2FGUA 4FE6A 5P39A 5P1QA 3GI6A 4ZE6A 1HPOA 1ENTE 4NPTA 5OYTA 3UTLA 5P3KA 3OOTA 5JFUA 1DMPA 4OBHA 3NDUA 1BWAA 2P3CA 3ER3E 4RLDA 4I0GA 1WKRA 1BVGA 1DAZC 1JLDA 4YBIA 1G6LA 5OZTA 1HXBA 3Q6YA 5P63A 5P6GA 5P0VA 5FIVA 4EJDA 1UH9A 5P0YA 3URJA 5IVQA 3NWQA 3UQRA 5P16A 2PSUA 2NNPA 2XYEA 5P53A 3H0BA 2HAHA 3O9AA 2QU3A 4OBJA 5P59A 3S8IA 2XYFA 4RYCA 1LF4A 4K8SA 5P7PA 4J1HA 3TH9A 1HHPA 1A30A 3UDQA 4H3JA 5P5JA 5P8EA 3ZMGA 1F7AA 5P6LA 5HDXA 3ZKSA 5OZIA 5DR4A 4R95A 3PMYA 3PRSA 5P1IA 5APRE 2VIZA 1B6JA 2NTRA 4YCTA 3LIYA 4UPJA 2WECA 4J1IA 5P5UA 4AA8A 5P8IA 1FFFC 1YM2A 5P3FA 1PSNA 3WB4A 3PLDA 5P0DA 3VF7A 3LPKA 4RVIA 3RTNA 4QJ9A 3OUDA 3CMSA 3PCWA 5F01A 1HVJA 3APPA 3VV6A 8HVPA 2FDDA 3BVBA 1YTGA 4Y3TA 4GYEA 4I1CA 4RGHA 2WL0A 5P27A 4NKKA 3OUBA 2ER6E 1TSQA 2QHCA 5P0IA 2QZKA 5P0QA 1T3RA 3PB5A 1IZEA 1RNEA 1AJVA 4L7GA 5P7BA 5EZZA 1SMRA 5C9FA 5I70A 3ZL7A 1APTE 2P3DA 2WF0A 3OUDB 4DFGA 2WF3A 5SY2A 3KDDA 2G69A 3HBOA 3GI0A 5P1FA 1FQXA 1EC2A 3EM3A 5P5YA 3PI0A 4Y5LA 3NXEA 5P2RA 4QGIA 3OTYA 5OZ4A 4GJDA 1MSMA 5P3PA 5IVSA 5P1NA 2Q15A 5P8PA 3ZKIA 1HEFE 1T7KA 1IZDA 2O4LA 4Y50A 3KMYA 4YOAA 2QD8A 1FMUA 2BPZA 2Q3KA 1LYAB 4Y58A 2QU2A 4RCFA 2PYNA 2Q5KA 3O9GA 2V12C 2A4FA 3EBZA 4F76A 2PQZA 5P19A 1B5FA 5P4JA 5P1AA 5P62A 1SDTA 5P8RA 4X2LA 3SA5A 2XFJA 3OY4A 5P8TA 2QNNA 3F9QA 5DQ1A 5HD0A 2AODA 4Y3WA 4YOBA 4B70A 1FLHA 3D20A 4RVJA 5OZ0A 5P07A 4CPXA 1LF2A 1FKNA 4J1KA 3T11A 2QI7A 9HVPA 5P8KA 3EKYA 2IDWA 2FDEA 1C70A 4Y3ZA 4B05A 1B5FB 5P2FA 4Y51A 4Y43A 2ZHSA 6UPJA 2NMZA 3K5DA 2HB4A 3FNTA 5P8MA 3DOXA 2IGXA 4Y3EA 5P8QA 3OUCA 2AZ8A 1F34A 5P2OA 4Y48A 2ZJHA 4I0FA 2G1NA 3FIVA 2WF1A 3GGVA 1ZBGA 4MC1A 5P40A 5P7NA 1ZAPA 1T7JA 3HDKA 2B60A 3OXCA 5P0NA 1MT9A 3O9CA 5P8CA 1KJ4A 4B00A 1ZLFA 4R92A 5P4YA 5P73A 3DV1A 3CIBA 2BKSA 3LIZA 3MSLA 4RVXA 5P8VA 3NLSA 2PWRA 3T3CA 1HRNA 2OHTA 4Y5KA 4MC2A 5OZDA 3FKTA 5P45A 1ZSFA 4DJVA 3R1GB 2EWYA 4Y4JA 4Y3QA 4A6BA 4X7IA 5P2QA 4DQGA 4OBGA 4WY6A 4FLGA 4NJVA 5P5GA 1XS7D 5E5JA 4RRSA 1MESA 2G22A 1FF0C 2WHHA 3L5DA 5P7GA 4EXGA 2G1RA 2VNNA 3T6IA 4LXKA 5P7XA 4Y9WA 5P5RA 1LF3A 1QBTA 2FLEA 4YA8A 5P50A 3FX5A 5P57A 4A6CA 5P3TA 3CIDA 1GVWA 4Q1YA 5HCOA 3VYFA 3EC0A 3A2OA 2ZJIA 4N00A 4AZYA 1FQ4A 4FM8A 5P37A 2AZBA 2OHLA 2WEAA 5P0SA 5P4FA 4DPIA 5KQFA 1ZTZA 2QI1A 3G72A 4EHCA 3VEUA 2WEDA 2WF4A 4Y3PA 1E80E 4Y5MA 4L1AB 3D1ZA 5P34A 5OZSA 5P10A 4YBFA 5P22A 5P01A 1TCWA 7HVPA 1ME6A 5P8LA 3VLBA 3BHEA 2VIJA 2V11C 3TPRA 3NU9A 4OBFA 5P2YA 5P38A 1NPVA 5P24A 3RSXA 2Q63A 3DJKA 1SMEA 4Q1XA 3IGBA 4OC6A 2WF2A 3OQDA 1FG6C 2FNTA 5P5QA 1BIMA 1BAIA 2O4SA 5P4HA 4K4PA 4Y4DA 4EQ0A 2IL2A 3TKWA 3NR6A 5OZOA 2NXDA 2FXDA 3IA9A 5AHBA 3D1XA 2G20A 3U7SA 5ISKA 1BV9A 5DGUA 4GJ5A 5P7RA 1NPWA 3G70A 2BPVA 3PVKA 5P7TA 2BPXA 4OC6B 5OZHA 1FQ6A 4Y5BA 4Z22A 4Y36A 1FQ7A 5P5OA 3OU4A 1APUE 5P2IA 1QBRA 5JG1A 3EXOA 3N3IA 5KR0A 4NPUA 4B1DA 5P70A 1G35A 3KT2A 3INHA 5P7AA 1YT9A 5P2HA 5P09A 4R91A 5P1DA 2ZGAA 3SKGA 1DP5A 4BFDA 2FS4A 3EM4A 3APRE 4FRJA 5OZJA 4B72A 5CLMA 5P1ZA 7UPJA 5KQZA 5BWYA 3KFPA 1LEEA 5P3HA 3BRAA 3GW5A 3HW1A 2QI3A 2F3FA 3SM2A 3VSXA 3DCKA 5P3DA 4FCOA 4GJBA 3QP0A 5HVPA 5P1JA 5P2CA 3LIXA 3ZPTA 5P6BA 1T6EX 1HBVA 5P8NA 1XE5A 5P3AA 1HOSA 1ODWA 4J1FA 3CYWA 4Y5AA 1HWRA 3UDHA 5P6VA 3L59A 3NU6A 3ZKNA 3JVWA 5P1KA 5OZ1A 3BGCA 4AMTA 3KT5A 1PPLE 3NYGA 5OYYA 2P3AA 5BS4A 2IKUA 3KN0A 4Y3NA 5J25A 5IE1A 2BBBA 3K5CA 3SM1A 1HPSA 5OZ8A 1HPVA 5P2EA 5P71A 1MT8A 2FIVA 3UDKA 3Q5HA 5P6UA 3U6AA 5P3SA 4TRYA 4ZLSA 2HC0A 3QVIA 1FGCC 5OYXA 4Y35A 2QI5A 5OZUA 2HS2A 4EJLA 5P6HA 2Q55A 1C6XA 1PFZA 4RRNA 5OZ7A 3ZLQA 5P1XA 2I4VA 1SP5A 3NWXA 2QNPA 3IVIA 4GJCA 4Y3AA 1M4HA 3IN3A 5OZLA 4QJ7A 5P02A 2ZHVA 2P4JA 5P8BA 1N49A 2G94A 5P20A 3VCMA 4NJSA 1A94A 4Y4GA 2Z4OA 1W51A 5P32A 2PH8A 4Y3JA 3UDNA 5P1SA 2V13A 1W5XA 4FAEA 3SA6A 5OYWA 3HVGA 2R8NA 3UHLA 2OHKA 4J0TA 2V0ZC 3EKPA 4YE3A 1ZP8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3G A;  4U7Q A;  5AH8 A;  2G1Y A;  1ZJ7 A;  4GJ6 A;  2PK5 A;  4GJ7 A;  3VUC A;  3O9D A;  3I7E A;  4J55 A;  4CPW A;  2QMG A;  4J5J A;  1MPP A;  1PPM E;  4Y4T A;  4Y37 A;  5P5K A;  1SGU A;  3K4V A;  1ER8 E;  4FRK A;  5P1Y A;  5P54 A;  3IND A;  3PLL A;  5P56 A;  3FNU A;  5P75 A;  1UH7 A;  3GGA A;  1HTF A;  1XN3 A;  1BDQ A;  2NPH A;  1W5Y A;  5P61 A;  2A1E A;  3IXK A;  5P6X A;  4Q1N A;  2AVV A;  1PSO E;  3I25 A;  3HAU A;  3PEP A;  5P5C A;  5P5D A;  1UH8 A;  5P3V A;  5P7U A;  3VFA A;  4B78 A;  5OZW A;  1D4K A;  3K5G A;  2IS0 A;  2J9K A;  5P4A A;  3I8W A;  5P0P A;  3NDT A;  1EPL E;  4Y4X A;  3EL1 A;  5IVR A;  4RYG A;  1GVX A;  4Y3G A;  1K6C A;  3SA9 A;  1AJX A;  5KAO A;  3M9F A;  3KM4 A;  3LZV A;  5DR8 A;  2AVQ A;  3I6O A;  2OHQ A;  3KYR A;  2FMB A;  2AOE A;  1KZK A;  3BUF A;  3BXR A;  4JPC A;  5DGW A;  3URI A;  1LYA A;  4XKX A;  5P1R A;  1IDA A;  3GI5 A;  1KJG A;  2WEZ A;  5OZR A;  4EJ8 A;  3VSW A;  3EL4 A;  4PEP A;  5P3C A;  3UDP A;  4D8C A;  1B6L A;  3PWR A;  5P3R A;  2ER9 E;  2JXR A;  5P77 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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