1MVPA

Structural studies of the retroviral proteinase from avian myeloblastosis associated virus
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
124
structure length
112
Chain Sequence
LAMTMEHKDRPLVRVILTNTGSHPVKQRSVYITALLDSGADITIISEEDWPTDWPVMEAPMRKSRDMIEVGVINRDGSLERPLLLFPAVAMVRGSILGRDCLQGLGLRLTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(aspartic proteinase)
molecule keywords MYELOBLASTOSIS ASSOCIATED VIRAL PROTEASE
publication title Structural studies of the retroviral proteinase from avian myeloblastosis associated virus.
pubmed doi rcsb
source organism Avian myeloblastosis-associated virus
total genus 22
structure length 112
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1990-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mvpA00
1DPJA 1HSHA 5KQFA 2Z54A 1FKNA 3K4VC 3NLSA 3TPJA 2FIVA 5CONA 2QNNA 5P2BA 2FXDA 1CZIE 3ZPUA 1PSAA 4FGXA 4L7GA 5P8HA 1ZJ7A 1GVXA 2JE4A 4Y5MA 5P4BA 4Y4DA 5OZ0A 5OZOA 5P45A 5P5JA 5P7WA 4GJ5A 5P8MA 4NPTA 5P1YA 5OZHA 3JVWA 4OBZB 4RVJA 5P2JA 2V13A 3TPRA 2AZ8A 5P5GA 1HVSA 5P8IA 1DIFA 2V0ZC 1ME6A 1AVFA 1K1TA 5P07A 5P1XA 3U71A 4N00A 4EPJA 1LF2A 3T7XA 5P5UA 5OZLA 1W51A 1C6XA 3CKRA 3UDKA 2G20A 4ZSRA 3K4VA 2FXEA 2VIJA 1YT9A 3HVPA 4ZIPA 2HAHA 5F00A 3PWRA 5P7MA 5SZ9A 1FG6C 2I4DA 4DH6A 5P8VA 5P2YA 3ER3E 4Y58A 3MXEA 5P04A 3WZ7A 3LPKA 5P31A 5P1NA 1EC3A 5P7XA 5OZPA 5P4PA 4B77A 3VSWA 4I8ZA 5P3OA 4EJKA 5P3AA 5P14A 3VEUA 2VIZA 5P1ZA 2HPFA 5OZ5A 5IVRA 4NJUA 4CPSA 3NXEA 5P2EA 5I3YA 5P2QA 1XL5A 5P2XA 1YM4A 4KUPA 5OYUA 3R1GB 3BGCA 5P82A 3ZKSA 1EPQE 1TSQA 3QBFA 2VNNA 2R38A 3EMYA 4F74A 4PHVA 5P6MA 4Z4XA 5P1RA 5P57A 3ZKXA 3HZCA 1MERA 4Z2ZA 1HVHA 5P7KA 3TLHA 5P3FA 3O9AA 2OF0A 5DQ2A 1XN3A 4PEPA 4CKUA 5P0LA 3L5EA 2NXDA 4TRWA 1EPRE 2WHHA 1ZLFA 5OZSA 1BDLA 4Y38A 1AXAA 5P3LA 1BDRA 1HOSA 1T3RA 1TSUA 3VYEA 5P87A 3LZYA 3I6OA 5P5DA 2I4XA 2BPYA 4AA9A 4PZXA 4J0TA 5HE4A 5ER2E 2IS0A 3ECGA 5P78A 2QMDA 3BXRA 3SA9A 4RYGA 2WF4A 3VV8A 1W6IA 4Y3GA 1BXOA 4Y4GA 1D4IA 5P1KA 2BBBA 5OZYA 4COEA 1WBKA 5T4SA 3VFBA 5P25A 3LIYA 3L59A 1IVQA 2WF1A 5P17A 4GJCA 3PB5A 3FNSA 5DR1A 2JXRA 1HTGA 3PLDA 2QD6A 5P13A 4GMIA 2AVMA 3VYFA 4LC7A 5OZBA 2IL2A 4Y5BA 4K9HA 2P3BA 5P3RA 4ZPFA 3O9CA 3VF3A 5OZVA 4NPUA 1HHPA 3S45A 1ZAPA 2ZJKA 2ZJHA 3ER5E 4Y3TA 5P33A 2NR6A 4FSEA 5P5SA 5HCOA 5P5TA 1QBTA 3EKTA 2HIZA 1C70A 5P26A 1FQ5A 5IE1A 5P7SA 4YCKA 5IS4A 5P34A 3VF5A 2I1AA 1B6KA 5P52A 6FIVA 2J9JB 3T11A 4MC2A 1W6HA 2IDWA 1U8GA 2AIDA 3UHLA 1SBGA 3OU4A 3PVKA 5PEPA 4YDFA 4S1GA 1KJGA 4J1IA 1MSMA 2R5PA 1K1UA 5P4CA 4RVXA 1FGCC 1ODXA 1HVRA 2QMPA 2VA6A 1HSIA 2PH6A 5P3WA 2B8LA 5P6WA 5P2NA 5P5PA 5P39A 5P68A 2VJ6A 5P7OA 3FKTA 2AVVA 1OHRA 3ZKIA 5P3YA 5SY2A 4EQ0A 1NH0A 1T6GA 2V00A 5AH9A 2HB4A 4HDBA 1BDQA 2OHNA 2ZGAA 5P0ZA 5P0VA 4OD9B 1Z8CA 4EP3A 3FX5A 1T6EX 2BKSA 3Q5HA 1HIVA 4CPUA 2BPWA 5P8CA 5DR0A 1HVKA 5HTZA 3L5BA 3JW2A 4FIVA 3OHFA 5OYRA 1IZIA 4YA8A 4RRSA 1FQ4A 4Y4BA 3KMYA 1XL2A 3NDUA 2JYSA 3OQDA 2OHQA 4R93A 4RZ1A 6UPJA 3GW5A 4FCOA 3CIDA 3JVYA 5HDUA 4Y50A 5P0NA 5OZKA 5JODA 4U7QA 3CKTA 2ZHVA 2P4JA 5P88A 1SGUA 4Z22A 1FEJC 4K4PA 5P3XA 3CICA 1LYWA 1PSNA 5DR3A 4X7IA 4OBHA 5P8EA 2AZCA 5P83A 1ODYA 5P3MA 3EL4A 5P4UA 5P6PA 2QI0A 5DGWA 2QD8A 5P6TA 5P4KA 5ISKA 2VNMA 2G21A 2ZHUA 4FRSA 4XX3A 5P3VA 4ER2E 3HBOA 3HVGA 1EBYA 2R5QA 1K2BA 3OWNA 5P8KA 3L5CA 4DFGA 4U8WA 5E5KA 5DPZA 4Y53A 5P0YA 3DOXA 5P8OA 1N49A 2ZDZA 3PHVA 5P5FA 4Y3QA 3VUCA 5P1FA 1G2KA 4F73A 1LEEA 1SDTA 5P4FA 4ZPGA 3UDRA 1MRWA 3PSYA 1K2CA 3IN4A 5P2AA 1TZSA 1IDBA 5OZGA 5P7DA 5P5XA 1MRXA 1HIHA 3NU5A 2FDPA 2Q64A 5P7QA 4Y41A 5P6FA 3O9LA 5P7GA 2B42A 5P0UA 5P1JA 1EAGA 2VS2A 2HS2A 4RCEA 3UDPA 5P32A 5B18A 4Y45A 5P53A 5P6JA 4EHCA 5FIVA 5CLMA 3R2FA 3TL9A 4QJ6A 1RL8A 5P6SA 4WY6A 5P7NA 5P3ZA 2XYEA 5P8DA 2FS4A 5P8JA 3UQPA 1RPIA 4L7JA 4RCFA 2NPHA 2B8VA 3PCWA 5OZ7A 1IZDA 5HU1A 3H5BA 3OQ7A 3S7LA 2FGUA 4Q1NA 3ZPTA 3QRVA 5SY3A 3T6IA 1LS5A 5P4AA 3KT5A 3IXJA 5P89A 5P6CA 3APPA 1B5FB 1M4HA 5P2UA 2O4NA 3OU3A 3U6AA 1BWAA 5P7BA 5KQXA 1BAIA 4DJUA 5P2LA 3AIDA 5IVTA 2XYFA 3OUBA 5P1LA 5P67A 2EWYA 4J1EA 5OZZA 2QMGA 1IIQA 1NPWA 3PLLA 4YOBA 1BBSA 5JG1A 5P7FA 3FV3A 1HWRA 3IAWA 3UQXA 5P7CA 4R5NA 1FMXA 4QJ8A 4KB9A 2G1RA 3OHHA 3WSJA 5P74A 4XX4A 3CMSA 3A2OA 4PPHA 1E5OE 5P70A 3INEA 3PRSA 2ER6E 5P8SA 4WY1A 5I3VA 3N3IA 2P3CA 2VA7A 4Q5MA 3TKGA 2I4WA 4L1AA 4Y3YA 5KQZA 1W5WA 4ER4E 4FRIA 5P1MA 4QJ7A 2Q5KA 5DR7A 4I1CA 5P5AA 1LYBB 5P59A 5P22A 4LP9A 5P86A 4NJVA 3T3CA 3NUJA 4Y54A 4Y3SA 5P1HA 5P76A 1SIVA 4OBZA 5P40A 5P75A 4YD6A 3D1ZA 4GJAA 5P5IA 4OBGA 4Y3FA 5I3XA 5P3GA 4A4QA 3UF3A 5P3SA 5P0KA 5P5ZA 1CPIA 3EKYA 4H3FA 5P0JA 4GJ8A 3KA2A 4Y44A 4DPIA 1T7JA 2H6SA 1B6LA 5AGZA 5IVSA 5P2SA 3OTSA 3INDA 5COPA 2QI7A 5P3BA 3L3AA 5P7YA 4CPXA 3S43B 3LPJA 5P2RA 5P5VA 4Y3MA 1MSNA 2APRA 3ZKNA 1HTEA 5P1EA 1MTRA 5P2IA 4IVSA 1XDHA 3ZKMA 3KFNA 4ZSPA 5JFPA 1MESA 1WKRA 5P0HA 3T7QA 3EKQA 2AVQA 5JFUA 2CEMA 3UTLA 4BEKA 3NR6A 5P7LA 1SMEA 2ZE1A 5P7AA 5P8RA 3K5DA 4Y39A 5HDVA 2HPEA 3OTYA 4Y47A 1EC1A 3CIBA 5P8FA 2HM1A 3OUDA 2IQGA 5P6DA 5P2DA 3B7VA 3QIHA 4J1KA 3BVAA 3O9BA 1GNMA 4X2LA 3OOZA 4TRZA 1FQXA 2G24A 1QRPE 3EM6A 3S7MA 4CPWA 4MC6A 4JECA 1VIKA 4AMTA 5P8BA 5UPJA 3UCBA 5P2ZA 1YTHA 5P06A 5F01A 4Y3ZA 5P38A 2AOJA 1W5XA 2AZ9A 2FMBA 1HXWA 1PPLE 1BV9A 4QJ2A 3VG1A 1OEWA 4DV9A 4I11A 1K6TA 1D4LA 3LZUA 1F34A 3QP0A 3NU6A 1KZKA 3Q70A 3DK1A 3K5GA 3NDWA 2F81A 4FAEA 2UPJA 4WTUA 5P85A 5I3WA 5P5WA 3DCKA 1AJXA 3QBHA 1APUE 5P4RA 4GJ9A 5EZZA 1HIIA 4FSLA 4B05A 3WB4A 4GJ6A 4Y9WA 3BC4A 2PSVA 4I12A 2G1SA 3BUHA 4H3GA 4HE9A 4DJPA 4KE0A 4I10A 5BRYA 3KFRA 3GI4A 4I0DA 4EXGA 4ZSMA 3TOHA 3APRE 2I4UA 5P16A 4J0ZA 4ACUA 5P5QA 5ISJA 1BWBA 1HTFA 2G22A 5P1TA 2NNKA 2ZJIA 3K5FA 4QLHA 3WZ8A 3BGBA 4J0PA 4R8YA 3OXXA 5P0TA 1BILA 5OZDA 2QK5A 5OZ2A 1QDMA 2I0AA 4J54A 5OZTA 4DJYA 5COOA 1BVEA 3NU3A 4NKKA 5P0WA 5P1IA 3NUOA 2PYNA 5P5NA 5P4YA 3SA4A 3VV7A 5OZ1A 1T7IA 3SACA 4I0GA 3EM3A 4DJRA 1EBWA 1FMUA 1G35A 2FNTA 2BB9A 3EKVA 3NXNA 5KOQA 5P0IA 1HPVA 4Y4JA 3NSHA 3S8IA 4Z50A 4Y5NA 5P71A 3LPIA 2P3AA 4R92A 3EKWA 4B00A 4RCDA 2J9JA 4EXHA 5P5CA 3IXKA 5IVQA 1QBSA 4R95A 2HC0A 5TOLA 5P60A 4LBTA 4A6BA 5P0AA 4DQCA 4FS4A 5P19A 1SP5A 4Y3RA 4I0HA 3PGIA 1MPPA 5DGUA 5P4VA 2QHZA 4I0JA 5OZXA 5AHBA 5P50A 3IVIA 2VIEA 1VIJA 2CEJA 5P5BA 3ZLQA 1PPKE 4FLGA 4NJSA 1E80E 4JPEA 1RV7A 3QROA 3OAGB 3EC0A 5P3NA 5P1SA 4I0EA 5P1BA 1K6VA 3LNKA 5P8PA 1OEXA 3BRAA 3O9EA 4YBFA 1KJFA 4Y3AA 4MC9A 2B7FA 1E81E 5P0MA 2QZXA 4EQJA 2QI6A 4OD9A 4Y3JA 4EP2A 5C9BA 3QS1A 1T7KA 4DQFA 2G69A 3SKGA 5OZQA 4U7VA 5P77A 3N4LA 5P4QA 5P7UA 5P02A 8HVPA 5P65A 3G72A 1NPVA 4Y3PA 3MSLA 5OZ6A 4A6CA 5DQCA 4OBKA 2R9BA 5P6VA 1ZTZA 4CPTA 4RGHA 4J1HA 1FQ6A 5E5JA 1W5VA 3VLAA 2F3KA 2WF2A 5P6LA 5AH6A 3URLA 3IGBA 1F7AA 1HEGE 1PSOE 2OHLA 5P2CA 4I0IA 5P8NA 3UPJA 2Q3KA 1UH7A 3QRSA 3ZKQA 3GGVA 5P84A 3VF7A 4FRKA 2IGYA 5P6KA 2R43A 3OU4B 4TRYA 5P49A 4D88A 4YD4A 4PZWA 3ZOVA 5KR8A 1A8KA 3DJKA 3PM4A 3NU9A 5P80A 1LF4A 4FM8A 4OBFA 3OU1A 2PK5A 1ZBGA 5P64A 5P7JA 1ENTE 1EPOE 1FG8C 3EL5A 5P7EA 4DUSA 3PMYA 4H1EA 2BPXA 7UPJA 4Y3DA 1GVUA 3OADB 4Y5KA 5OYYA 3O9DA 2NXMA 4Y43A 4TVHA 3VLBA 2QAKA 2QI3A 1KJ4A 3R0YA 4TVGA 3UQRA 2VKMA 4RROA 1MT8A 3NDTA 5DQ1A 1APTE 3I7EA 4HVPA 5P41A 3IA9A 2IRZA 2G94A 4R91A 5P1GA 3MWSA 4HZTA 5P8QA 5P1VA 2AOEA 1K6PA 1TCXA 5P6YA 2VJ7A 3OK9A 1MVPA 2G1YA 3KF0A 2BJUA 5P55A 1IZEA 5DR8A 4Y51A 3S53A 4YCTA 2WKZA 4D83A 3SA8A 3IN3A 2FDDA 2Q63A 1A30A 5P0SA 4FAFA 1WBMA 5P4XA 3UDYA 2QD7A 3TPPA 1IDAA 4B1DA 5P5HA 4EJDA 2UXZA 3KT2A 3D3TA 2OHPA 3UQUA 3PCZA 3PI5A 4GYEA 1AM5A 5P3UA 4KE1A 4B1EA 5HE7A 1G0VA 1ODWA 5P8LA 4YD3A 4UPJA 4ZSQA 4Y3WA 4Y4ZA 1RQ9A 5HCTA 1D4KA 2ZJLA 2ZJNA 1PPME 4YE3A 4Y4AA 3OQAA 2VIYA 4OBJA 4DQEA 3QVCA 5OYSA 3KN0A 3UDHA 1Q9PA 3I25A 4B1CA 3OY4A 4Y6MA 1ZSRA 3UDJA 4YDGA 3BHEA 4RVIA 5P2OA 3DCRA 3EM4A 5P4LA 5COKA 4DI2A 1EC2A 3OQFA 2P8HA 2FGVA 1EPPE 2WEDA 5P1AA 5P2MA 4FE6A 5P5EA 3LHGA 5P0FA 2BKTA 5P56A 1GNNA 3I8WA 4I0ZA 2O4KA 3LZVA 1MT9A 5P4NA 5P72A 2JJJA 1W5YA 3SO9A 3VCMA 1B11A 2Q11A 4DJOA 1ZP8A 5P6GA 5P6UA 3TPLA 5P44A 2I4QA 4J5JA 5OZEA 1GVVA 3PSUA 5J25A 4I8WA 3Q6YA 1GNOA 2VA5A 4YD7A 3L5DA 2V10C 5P0CA 2V16C 3S85A 3LIZA 4HDFA 1HBVA 3VFAA 1TW7A 3OXVA 4MC1A 3TKWA 1SIPA 4JOOA 4LXKA 5P29A 2UY0A 3O99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DPJ A;  1HSH A;  5KQF A;  2Z54 A;  1FKN A;  3K4V C;  3NLS A;  3TPJ A;  2FIV A;  5CON A;  2QNN A;  5P2B A;  2FXD A;  1CZI E;  3ZPU A;  1PSA A;  4FGX A;  4L7G A;  5P8H A;  1ZJ7 A;  1GVX A;  2JE4 A;  4Y5M A;  5P4B A;  4Y4D A;  5OZ0 A;  5OZO A;  5P45 A;  5P5J A;  5P7W A;  4GJ5 A;  5P8M A;  4NPT A;  5P1Y A;  5OZH A;  3JVW A;  4OBZ B;  4RVJ A;  5P2J A;  2V13 A;  3TPR A;  2AZ8 A;  5P5G A;  1HVS A;  5P8I A;  1DIF A;  2V0Z C;  1ME6 A;  1AVF A;  1K1T A;  5P07 A;  5P1X A;  3U71 A;  4N00 A;  4EPJ A;  1LF2 A;  3T7X A;  5P5U A;  5OZL A;  1W51 A;  1C6X A;  3CKR A;  3UDK A;  2G20 A;  4ZSR A;  3K4V A;  2FXE A;  2VIJ A;  1YT9 A;  3HVP A;  4ZIP A;  2HAH A;  5F00 A;  3PWR A;  5P7M A;  5SZ9 A;  1FG6 C;  2I4D A;  4DH6 A;  5P8V A;  5P2Y A;  3ER3 E;  4Y58 A;  3MXE A;  5P04 A;  3WZ7 A;  3LPK A;  5P31 A;  5P1N A;  1EC3 A;  5P7X A;  5OZP A;  5P4P A;  4B77 A;  3VSW A;  4I8Z A;  5P3O A;  4EJK A;  5P3A A;  5P14 A;  3VEU A;  2VIZ A;  5P1Z A;  2HPF A;  5OZ5 A;  5IVR A;  4NJU A;  4CPS A;  3NXE A;  5P2E A;  5I3Y A;  5P2Q A;  1XL5 A;  5P2X A;  1YM4 A;  4KUP A;  5OYU A;  3R1G B;  3BGC A;  5P82 A;  3ZKS A;  1EPQ E;  1TSQ A;  3QBF A;  2VNN A;  2R38 A;  3EMY A;  4F74 A;  4PHV A;  5P6M A;  4Z4X A;  5P1R A;  5P57 A;  3ZKX A;  3HZC A;  1MER A;  4Z2Z A;  1HVH A;  5P7K A;  3TLH A;  5P3F A;  3O9A A;  2OF0 A;  5DQ2 A;  1XN3 A;  4PEP A;  4CKU A;  5P0L A;  3L5E A;  2NXD A;  4TRW A;  1EPR E;  2WHH A;  1ZLF A;  5OZS A;  1BDL A;  4Y38 A;  1AXA A;  5P3L A;  1BDR A;  1HOS A;  1T3R A;  1TSU A;  3VYE A;  5P87 A;  3LZY A;  3I6O A;  5P5D A;  2I4X A;  2BPY A;  4AA9 A;  4PZX A;  4J0T A;  5HE4 A;  5ER2 E;  2IS0 A;  3ECG A;  5P78 A;  2QMD A;  3BXR A;  3SA9 A;  4RYG A;  2WF4 A;  3VV8 A;  1W6I A;  4Y3G A;  1BXO A;  4Y4G A;  1D4I A;  5P1K A;  2BBB A;  5OZY A;  4COE A;  1WBK A;  5T4S A;  3VFB A;  5P25 A;  3LIY A;  3L59 A;  1IVQ A;  2WF1 A;  5P17 A;  4GJC A;  3PB5 A;  3FNS A;  5DR1 A;  2JXR A;  1HTG A;  3PLD A;  2QD6 A;  5P13 A;  4GMI A;  2AVM A;  3VYF A;  4LC7 A;  5OZB A;  2IL2 A;  4Y5B A;  4K9H A;  2P3B A;  5P3R A;  4ZPF A;  3O9C A;  3VF3 A; 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 3NDU A;  2JYS A;  3OQD A;  2OHQ A;  4R93 A;  4RZ1 A;  6UPJ A;  3GW5 A;  4FCO A;  3CID A;  3JVY A;  5HDU A;  4Y50 A;  5P0N A;  5OZK A;  5JOD A;  4U7Q A;  3CKT A;  2ZHV A;  2P4J A;  5P88 A;  1SGU A;  4Z22 A;  1FEJ C;  4K4P A;  5P3X A;  3CIC A;  1LYW A;  1PSN A;  5DR3 A;  4X7I A;  4OBH A;  5P8E A;  2AZC A;  5P83 A;  1ODY A;  5P3M A;  3EL4 A;  5P4U A;  5P6P A;  2QI0 A;  5DGW A;  2QD8 A;  5P6T A;  5P4K A;  5ISK A;  2VNM A;  2G21 A;  2ZHU A;  4FRS A;  4XX3 A;  5P3V A;  4ER2 E;  3HBO A;  3HVG A;  1EBY A;  2R5Q A;  1K2B A;  3OWN A;  5P8K A;  3L5C A;  4DFG A;  4U8W A;  5E5K A;  5DPZ A;  4Y53 A;  5P0Y A;  3DOX A;  5P8O A;  1N49 A;  2ZDZ A;  3PHV A;  5P5F A;  4Y3Q A;  3VUC A;  5P1F A;  1G2K A;  4F73 A;  1LEE A;  1SDT A;  5P4F A;  4ZPG A;  3UDR A;  1MRW A;  3PSY A;  1K2C A;  3IN4 A;  5P2A A;  1TZS A;  1IDB A;  5OZG A;  5P7D A;  5P5X A;  1MRX A;  1HIH A;  3NU5 A;  2FDP A;  2Q64 A;  5P7Q A;  4Y41 A;  5P6F A;  3O9L A;  5P7G A;  2B42 A;  5P0U A;  5P1J A;  1EAG A;  2VS2 A;  2HS2 A;  4RCE A;  3UDP A;  5P32 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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