1MY1A

Crystal titration experiments (ampa co-crystals soaked in 10 nm brw)
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Probing the Function, Conformational Plasticity, and Dimer-Dimer Contacts of the GluR2 Ligand-Binding Core: Studies of 5-Substituted Willardiines and GluR2 S1S2 in the Crystal
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-10-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1my1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1my1A01
4JSOA 1PC3A 1TWYA 3SDFA 3S9NC 4MLVA 4JBZA 4F2OA 1KWHA 1LAXA 4U1OA 3IO4A 2F7AA 4ELOA 1MM6A 1UTHA 3QAXA 4OYVA 4WKMA 2F6GA 1QKBA 1PEBA 1BKAA 1OLAA 3KG2A 4NF5B 1IZ1A 4ZEFA 3N26A 1SW2A 3OSQA 5TP9A 4KYSA 2ZNUA 3SEWA 2OK2A 3T9VA 4ZDMA 3PD8A 4GL8A 4C1TA 1MXYA 3G3IA 5K2YA 3LC8A 3GZGA 1YTVA 3MPLA 3HO7A 3JYRA 3FV2A 4MH5A 1USYE 2DE2A 4QFNA 1OMPA 3HN0A 1JVXA 3SESA 1T0KA 2DS9A 2A5TA 4BLAA 1I69A 3IX1A 5DTBA 4O3CA 5AA4A 3O6GA 2GH9A 3Q29A 1M5BA 3TCFA 2I3VA 4QFPA 1N3WA 1URSA 3E13X 1BLFA 4QSEA 1WDNA 2XXRA 3VVDA 1M5FA 2UYEA 3Q25A 2HZKA 2O1MA 1D9VA 5FTIA 5AA2D 1HSEA 4DCYA 3G3JA 4PFYA 2UVIA 3LR1A 4MF3A 4KHZE 5I56B 3FGSA 2Y7RA 1TFDA 3PUVE 3DLNA 2XHDA 4FORA 3TUSA 3KN7A 2F7CA 3SETA 5H8HB 5H8FA 1LFGA 1DPEA 3H03A 1AIVA 3TTMA 5I2NA 3KFMA 3L6GA 1MQIA 5I58A 2O7IA 4LP2B 3TTNA 1JW4A 1POY1 3OEMA 4O3AA 1N7XA 3SEYA 2X7PA 3FJMA 3B6QA 2ONKE 1JW1A 1XT8A 4OQOA 4N13A 2OBGA 1AOVA 2RF1A 3A3UA 1BTJA 1LLSA 5HBCA 3O66A 1F9BA 5I57A 3OEKA 1UTHB 1GGGA 5H8SA 4U4SA 1Q35A 2VHAA 1S50A 3GLBA 1VFDA 1ZMGA 2QS1A 1ZTYA 1P1NA 4NWCA 4PQJA 3W9WA 2H98A 1LFHA 2RCAA 4ZEIA 2ZXTA 2NVUB 5FTHA 1IXHA 3PMWA 2IA4A 1B40A 3K6XA 2YPNA 2Y7WA 5CMCA 4FECA 1MPDA 5M2VA 2A5TB 4H8IA 1LBCA 3H6UA 4POWA 3IORA 4F29A 3SEUA 4DE8A 5CBSA 1NKXA 1BP5A 1R6ZA 3O2AA 3EHSA 3JZJA 5A5XA 3S9LC 3RTWB 2O68A 3TTRA 1IEJA 3TAJA 4FIMA 4NF6A 4R6YA 2G29A 4F19A 4NF4B 3FVOA 4ZE8A 2O1LA 1A8FA 5JK4A 1LB9A 3RLFE 5CRYA 5I2KA 1AL3A 4XKQA 2P1SA 3IOTA 1FTOA 1GR2A 1ATGA 2V3TA 2DE3A 4NEDA 4RK2A 1MDQA 3K6VA 1ZJLA 4NF8A 4WXJA 1TFAA 3K00A 3G3HA 3QSLA 4POXA 3C34A 5H8FB 1OLCA 3FXRA 1AH5A 3M3KA 5JEIA 3W9VA 3O6IA 3IJOB 1O7TA 3PUZE 1Y3NA 3A09A 3GBAA 1B0LA 3PV0E 4DZ1A 1SYIA 4KYEA 2QRYA 3U94A 1IXIA 2Q89A 3IOVA 2RKMA 2AL5A 2FA7A 3T93B 2HCAA 3MC2A 2RINA 1B0HA 1A7LA 1A8EA 4R9FA 4EF1A 2H25A 1MQHA 4BDQA 4HW8A 1XOCA 2NOOA 2I49A 1B3GA 2ABHA 1HSJA 5CC2A 4R72A 4DXUA 2VD3A 1QVSA 3EN3A 1RYOA 3RN8A 3CG3A 4F39A 4BDMA 2IEEA 3ZKLA 1Z7NE 3BBRA 3MZBA 1B1XA 4GRKA 1NNKA 1QJMA 3OMBA 4G8HA 4PE5B 1MY3A 4AQ4A 4H8JA 1ZLQA 1D4NA 4TLLB 1ELJA 1LCTA 1MM7A 5IAIA 2UVHA 3DP8A 2Q9TA 3H3GA 4ESWA 2I0BA 4EXLA 4ECFA 5DVFA 1S7YA 3U92A 4YU0A 2NWJA 4QRZA 1MXUA 4YKPA 3PU5A 4TLMB 4Q8RA 1FQDA 2QS3A 4KI0E 3FJ7A 1QUKA 5CMKA 5TPAB 4QHQA 3RT6B 5L9OA 4IGRA 4WEPA 4KCDA 1LBBA 1EZPA 2GHAA 1XS5A 1DOTA 1JNFA 4NF6B 2F36A 3Q27A 4GIZA 3RTFB 1Y4CA 3PUXE 2V25A 5I2KB 4HS7A 3OD7A 3C9HA 3T9HB 2V3QA 4Q30B 1II5A 3O6HA 4EQ9A 5L8DA 4ELRA 4NF8B 2ZMBA 1XHYA 4LZ5A 2DP8A 4OENA 3T22A 3G3KA 2QS2A 4X9TA 1URGA 3PMVA 4XKNA 1LB8A 1VR5A 4KPTA 3KSXA 1IUDA 4R73A 2QS4A 2REJA 2F7BA 4GFRA 3RPWA 4JB7A 3IL1B 2O51A 4JDFA 1MY0A 3ZKKA 4JWXA 2Q8JA 3TQWA 3MP8A 2DWIA 2UVGA 4H65A 2P2AA 3VVEA 1B7UA 4F2QA 4IY6A 4I1DA 2HZLA 4H5GA 3TCGA 2Z8FA 3R7XA 1PBQA 2M8CA 2AIXA 1IIWA 3U1OA 4L17A 4F3PA 1O64A 2DWAA 2OZZA 2XX8A 5KDTA 4K3FA 1URDA 4FEBA 1LGBC 3C31A 4LUBA 1LAGE 5DEXB 1YCJA 1PB8A 3TQLA 4GXAA 3HPIA 2AL4A 5AE4A 2D21A 5EHMA 3O9PA 1WODA 4MBPA 3B6WA 3LUYA 2G93A 1OQHA 5F7VA 1SW5A 3MWBA 1UQWA 1MQGA 5JTYA 3HV1A 1B5IA 2ONSA 1RYXA 3T66A 2HQ0A 3Q28A 1I6BA 2UXAA 2QJEA 2VP1A 1Y20A 1QUIA 3VLWA 4H6DA 1Z7ME 4JSDA 2V84A 2Q2AA 3T9UA 3C32A 5I84A 5CMMA 2PVUA 3ZS6A 2E1SA 2H5YA 2Y84A 1I6AA 3MVYA 3MQ9A 4GL0A 4R2FA 4ZE9A 3CVGA 1EZ9A 3VXCA 3VLVA 3SERA 4Z7EA 3IB2A 1B3FA 3H06B 3R6UA 5BWJA 3FATA 4G4PA 1MXZA 1B1HA 2R9JA 3KN8A 3I3VA 1MY4A 3TTLA 4PFWA 2THIA 4YMAA 4X1BA 1MH3A 1D9YA 4IGTA 2O6AA 3MPKA 1B51A 4GVOA 3RQTA 2XXTA 2REGA 3M3FA 4EF2A 1FQCA 3PD9A 4FAJA 2DXRA 3D4GA 3MVZA 2BJJX 3EF7A 1FQEA 3V5AA 4U23A 1L5TA 2VGQA 4IY5A 2DSFA 1B6HA 1N0TA 1UIVA 2HAVA 3V89B 4IO6A 4XTCQ 3TKDA 4OFJA 2VOZA 4IB2A 4F31B 3GXAA 1UTBA 4PP0A 1TXFA 3O29A 4ZZAA 4KFQA 1B46A 4U22A 3C36A 4LQ2A 3K6UA 4M4GA 4IO3A 5TP9B 1DPPA 3HHGA 1TT1A 4NTLA 1H43A 3TMGA 3M8UA 4GD5A 4RXLA 2P0SA 3PMXA 4GWOA 5TU0A 4F3SA 4IO7A 1US5A 3N94A 4N6PA 3S4UA 3FXUA 2LAOA 5CM6A 1IXGA 3ODBA 1B5HA 2DVZA 2RC8A 1SI1A 5AA4B 2XD3A 4OMBA 3IAZA 1SQYA 4F3BA 1QUJA 3KOTA 1CE2A 1P1UA 3KEIA 4I62A 2PBWA 4GOTA 2AYSA 4YB7A 4QSDA 3FZVA 4OERA 3RY3A 3ILUB 1US4A 1BIYA 4FJPA 1M5DA 4LONB 2Z8DA 3FVNA 1JEVA 3F11A 2DQVA 4MFIA 4RK9A 2KLFA 1MQDA 4RYAA 5KCJA 3MW0A 5CMBA 4F22A 1NNFA 3K1NA 1MH4A 3K1MA 3HHFA 2B3BA 4ZEKA 2V93A 1GVCA 1B5JA 1S9TA 1XVXA 5DVIA 1B58A 2F35A 1NFTA 4H1XA 5BUUA 4NWDA 3BFTA 3TELA 3H6VA 3G3FA 3KBRA 3UK4A 3SEXA 5F1QA 1POTA 2F97A 5L9SA 3TPAA 3T9XB 5I2NB 4ZZEA 1JETA 2F5XA 1M5CA 5I58B 3I6VA 4OTEA 3VDFA 3G7WA 3BFUA 2XXVA 5K2XA 2I0CA 5EHSA 3ECRA 1OIBA 1P1QA 3ZSFA 3CG1A 3P7IA 3VFJA 2A5SA 4PFUA 5H8QA 4G77A 4JWOA 3HSTA 5I59A 3WAFA 4ZEDA 1H44A 2ONRA 2I4BA 5I57B 4GLIA 1FW0A 2DE4A 4OEUA 4F1UA 3S9EA 2I6EA 1QKAA 1B9JA 2Q2CA 1Y3PA 3DM0A 3UN6A 1NH8A 2UVJA 1B05A 4RJZA 4H5FA 3N5LA 3R26A 2I3WA 4NF5A 2XXIA 3IOWA 4TOZA 4R75A 2ZYKA 5DVJA 1R9QA 4DLDA 3RNNA 4Z0IA 2R71A 4OEVA 4ZS9A 2ALUA 1NNTA 4M1VA 4BDNA 4U4XA 3SEVA 5A5XB 4NE4A 1SYHA 3RT8A 2QMWA 1OQGA 1R1NA 1JW5A 5H8NA 4O3BA 4DIGA 2XX9A 4X48A 3PPPA 1MPBA 4OFLA 3U72A 4OHNA 1SW4A 3OO7A 4YICA 1QULA 4ELQA 3MZ9A 1USYH 1N84A 4Q5TA 1ZU0A 3OXNA 3CIJA 4NMYA 3TYHA 1MPCA 3V8XB 1ANFA 4RPOA 2H9BA 3RUMA 3CFZA 1VFEA 1YPNA 5I56A 2OCUA 2HFBA 4F1YA 1DTGA 4H67A 3CSBA 4QFOA 1MRPA 1CB6A 3K2DA 5H8HA 4ISUA 1DMBA 1DSNA 1MY1A 1A54A 1NH7A 2O69A 1PBPA 1IXCA 3H7MA 4FE8A 3KGCA 4XXUA 3FD3A 2RC9A 4R6HA 3S2VA 1SVXB 3MUQA 4RY1A 4F3GA 2I48A 5I59B 1YAEA 1B7ZA 4WEDA 2V3UA 2NUVA 3UP9A 3QYTA 2Y7PA 2XXPA 3TZAA 4R74A 1OVBA 3E4RA 3PPNA 3KN3A 3N6TA 1SDXA 2Y7IA 2H4IA 2F78A 3N6UA 1HSLA 3VE1B 4DXBA 1N04A 1EH3A 3MAMA 4R2BA 2Q88A 4KR5A 1H45A 1Y1MA 3IJXB 3UGWA 3FV1A 3TODA 2HEUA 4ESXA 3L6HA 3QK6A 2YJPA 4OXVA 4U21A 5FHNA 4KD5A 1FQBA 3K1PA 3PGFA 5ITOA 3THIA 4EXKA 4THIA 3H6WA 2GRVA 3KSJA 2ESNA 4H0WA 4LZ7A 1XC1A 2XXUA 1PB9A 3C4MA 2Z23A 3KZGA 4PFTA 5LOMA 3W15C 3B6TA 4C1UA 5H8NB 3DELB 3TDJA 1MY2A 5EYFA 4AB6A 3FUZA 4G68A 4E0WA 3EQ1A 4E0XA 1A99A 3G3GA 1FQAA 3SKPA 1H76A 2NXOA 1AMFA 1FQFA 1FTJA 2Z22A 3FJGA 3TCHA 3K6WA 3A3CA 1SD3A 2ZYMA 4HCYA 3BKIB 4NF4A 3VV5A 4Q0CA 3U93A 1VSOA 2PX1A 3OO9A 3QUJA 5HM4B 2ZYNA 4KCCA 1IITA 4HTGA 2O7UA 3WAEA 1MQJA 4EQ7A 5L9MA 1N76A 2RC7A 4YB6A 1MXWA 3CI8A 4LZ8A 4BDLA 4OZ9A 3H6TA 1MS7A 3OSRA 1B3HA 4U2RA 1B7HA 3GBBA 4IO5A 4OESA 1FCKA 2B65A 4BDRA 2O84X 2OLBA 2PMSA 1OVTA 4YMBA 3FVKA 5KZTA 4TQUQ 3OENA 4GXSB 4G8NA 1JVYA 5FHOA 1ZBMA 1JQFA 3QUFA 4XKRA 1IQ7A 1B4ZA 3IK6B 3VLUA 2W7YA 3LSLA 5KDTB 3TEPA 4GQOA 3RGYA 5DT6A 3OO8A 4QFKA 2QPQA 4OVJA 4YKKA 4YKIA 1MDP1 4RNSA 3IB0A 2F6PA 4QF9A 3V83A 1Q1KA 1PDAA 1ZKBA 3LSFB 3PUYE 5ICTA 1FTKA 2FNCA 5ELVA 1D3KA 2ZNTA 1XVYA 4BDOA 5DYHA 5JTYB 4LA9A 5B7DA 2UYFA 2D5WA 4ELPA 3KJTA 3QXMA 4JWYA 1LFIA 4F1VA 5B70A 3O97A 4UACA 4LVQA 4YAHX 2I4CA 3CRBA 3AXFA 1SI0A 2QMXA 4I9DA 1JEUA 2YLNA 2X26A 4ZECA 4C0RA 5FHMA 2H99A 4G68B 2XXYA 4PETA 2DVCA 4GF8A 2ANJA 5J1DA 5TPAA 4AB5A 4MLQA 2HXWA 2XXHA 1LAFE 2VD2A 1B3LA 3MVWA 5CBRA 4N07A 4DXCA 3DP6A 1B52A 3IR1A 2R6GE 5CI5A 4P11A 2QSXA 3K02A 2Z8EA 3QIMA 1I6QA 3E3KA 3MP6A 3ONMA 4P0IA 4LATA 4R9GA 4EUOA 3EPEA 4EQBA 2PT1A 3VVFA 4IO4A 3C35A 1N3XA 3TFLA 1P99A 3IB1A 1LAHE 4OFOA 4OWDA 2XX7A 4YB5A 3U8QA 2DXYA 3LSWA 1Y4TA 1SBPA 4IO2A 4R6KA 3I5OA 5AA2A 3FVGA 3UA8A 3PUWE 4F18A 4G68C 1FTMA 3K0VA 4EDPA 1UTBB 3MBPA 5ISUA 2OWSA 2F8DA 1PB7A 1P1WA 2DYXA 2FYIA 3UIFA 3OO6A 1N7WA 2Y7KA 1EZOA 1SW1A 1VE4A 3D4CA 1A40A 3IO6A 3PPRA 4KQPA 3EHTA 1RKMA 1Y9UA 2I58A 4X1DA 3TTKA 1M5EA 4QFLA 4DDDA 3CR9A 2D3IA 1DTZA 5ICQA 3T96B 5IKBA 4HCWA 4YKJA 2OWTA 1O63A 2RCBA 1H3DA 5DEXA 1B4HA 3CFXA 4ONYA 4I8CA 3JV9A 5HPQA 1EU8A 1QW0A 1NMUA 2XXXA 3IOUA 3K01A 2GFEA 2OJTA 3Q26A 2PT2A 1Y3QA 2XXWA 4DCXA 3EHUA 2XD2A 2PYYA 2X7QA 1A55A 3FIRA 4QSCA 2DWHA 3KOSA 1LCFA 4LQ5A 1B3EA 1NL5A 1MG1A 1WVJA 3VXBA 3UORA 3MP1A 3PPOA 3CFLA 3LSXA 4G8MA 1MXXA 5KCJB 4JXIA 3PPQA 2XXQA 2E0SA 3DP4A 5AA1A 1GTKA 2WKYA 2CZLA 4ND9A 3H4ZA 3S9MC 2DWJA 3OELA 1MXVA 2DOJA 3FXQA 4FATA 5ITPA 3E9XA 1GV8A 2ZYOA 2HAUA 1Y1ZA 3MJNA 4KYDA 4UA8A 4RA1A 4G2ZA 3KJ7A 3ILTB 3C33A 2B3FA 3O28A 1B32A 4U1ZA 4P0GA 1B2HA 3CSGA 4XKPA 2QL3A 3FASA 1UIUA 5AA2B 4OETA 3K4UA 1J1NA 4FEDA 1NNPA 3USDA 1P1OA 4RPNA 3OOAA 2ZNSA 2F34A 3M3LA 3MZ1A 2GHBA 3MVXA 1R9LA 1FTLA 3LBSA 5H8QB 4YZZA 3B7DA 4ZEBA 1LSTA 5AA3A 4XIGQ 3HCQA 2CMOA 1ZIUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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