1MZ5A

Trypanosoma rangeli sialidase
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVATADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVGSNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRFIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPGAPTDSRVTVTNIVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Structural basis of sialyltransferase activity in trypanosomal sialidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords sialidase
total genus 175
structure length 622
sequence length 631
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1mz5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1mz5A01
2ZMNA 4CPYA 4DPNA 1ZM1A 2ZGPA 2ZGSA 4GEZA 4B7QA 2GMMA 4GZPA 2EAKA 4U36A 2WT2A 3WG2A 2GNDA 3VKFC 4HZZA 3D12A 3ZSMA 3R4UA 4MX0A 5EYXA 1NSDA 4FPEA 4M3CE 3AYDA 1V6OA 3OBRA 1LU1A 2D44A 4YGBA 1KRIA 2DVGA 4AGGA 2CNAA 4FQZA 5DZGA 5HCFA 1GV9A 2D6LX 1RIRA 3RMYA 1ULGA 2WKKA 4UW4A 1MR5A 2NP0A 2NMOA 1LHWA 4KS4A 1LJ7A 1CJPA 1WW7A 1I1EA 1G7YA 2ZKNA 4H55A 2E6VA 1KJRA 3OJBA 1B9SA 2VSKA 4M3CF 1C57A 3OGGA 4Q8KA 3H72A 1AVBA 2XZKA 4BM8A 2CL2A 1CONA 3O12A 2P3KA 2C4AA 2ZB5A 5DG2A 5EYYA 3T1LA 1A14N 4XIOA 5KXEA 5IK5A 1ULFA 4MWYA 3N7JA 1V00A 4YM3A 1W6MA 4Q26A 4R9CA 1N1SA 2CTVA 1PZ8A 3H6JA 2BQPA 2WSUA 5GLTA 1GYKA 3MPPG 5T5OA 4BOWA 2DU1A 4YFWA 2A3WA 4GKXA 2D6MA 4F83A 3WCSA 3ZXEA 4YW2A 4AGVA 1LULA 3T1MA 4MJVA 2B7YA 2A7AA 2A6ZA 4H52A 4NCSA 5E88A 4FPJA 1W6PB 1W6OA 1D2SA 2ZGRA 1VLNA 3ZSKA 4XJZA 4Z8BA 4MJUA 4NOTA 1DZQA 4NC5A 4KS1A 2VK6A 4KS3A 1SCRA 3N35A 1H9WA 4QN4A 2HTYA 1GLHA 1MZ6A 4GZQA 1V6NA 1QF3A 3LSDA 1WLDA 2B8HA 4GZOA 1BYHA 3V64A 1S0EA 2D6KA 4HZVA 4QN5A 1DILA 2ZZJA 2PELA 4M3CB 4KBBA 1V6IA 1LEDA 4YW1A 2YA5A 4D69A 2BERA 3V65A 2PHRA 1Z0HA 5GLZA 3CL0A 1IVCA 3AZZA 2D3PA 1HQWA 1CVNA 2GMEA 1VIWB 2W39A 1DGLA 2ZHKA 4FPGA 1MS5A 1GZWA 1A4GA 2DVAA 3UK9A 1AX1A 3FBYA 4DGRA 5DXDA 5JOXA 2HTUA 2EXKA 3LCPA 3WLUA 5SV8A 1QDOA 4FOQA 4BQ1A 4XJ9A 4CTEA 1W6QB 2ZA9A 3UL2A 5CBLA 3MEPA 2ZAAA 4WVWA 3USUA 4OZXA 4TYSA 1NNAA 3SALA 2AH2A 2R0FA 1FV3A 2D6NA 2G4IA 1NNBA 5GLUA 1RINA 3RS6A 3UJOA 1KJLA 1B9TA 2ENRA 3V0BB 3ALWA 1DQ4A 1B09A 2QWEA 3RQ0A 1UZZA 1UMZA 4PQ9A 2UURA 3PVOA 2YY1A 2NZ9A 5T5LA 4YG0A 3JU9A 2PHWA 5FREA 5CNAA 3AZWA 1U0AA 4WZFA 3NV4A 4MWWA 1S0DA 4YM0A 2HTVA 2VUAA 5CAZA 5JOZA 3CL2A 2HT7A 1LOCA 1EUTA 1V6MA 3ILNA 4XJRA 2DU0A 2KM2A 4R9AA 4HIZA 4YG3A 1BJIA 4Y22A 3ALXA 4GZXA 3SH3A 1UN1A 3V0AB 4P14A 3TAYA 1LOAA 1LHNA 3L2YA 4XHXA 1V6LA 4UW6A 2VW1A 3H71A 4GZTA 3BOPA 4ATEA 3O5SA 1W6NB 2H0BA 1MS9A 1VALA 2VH9A 2QWIA 2ZABA 3TI8A 4ITCA 1WW5A 3VKMA 1LGBA 1QNYA 5NN9A 4C1XA 4XE9A 5JLVA 4Y26A 2YMZA 2SILA 1ZA4A 5HCBA 3TB0A 1INFA 1INYA 3TI3A 3IPVA 1NMBN 1L7HA 4GZWA 3K37A 3IM0A 3O9JA 3WDUA 1F8CA 3VKNA 1FNZA 1IKPA 4U2AA 1WBLA 3OYWA 3NN9A 4XJWA 1IVFA 4YZ3A 2YZ4A 2FMDA 3WG3A 1QMJA 5GZGA 4Y1UA 2ARBA 1QDCA 4YZ5A 4ATFA 5L73A 4GZSA 5B2CA 2E7QA 3AP5A 1F5FA 1IVBA 4C1WA 4WA3A 4Q6KA 2FHRA 3NSSA 3WCRA 1S0BA 1N3OA 5DZFA 3AJZA 4AVTA 3TICA 2GMPA 1XOEA 3OPZA 1KITA 3M2MA 4DFSA 1YO8A 2AREA 4FJ6A 4QN6A 2QWDA 1Q8VA 3BTAA 3H0OA 4LBJA 4MYEA 5H9QA 3M3EA 1WD3A 2ZMKA 3ILFA 2HT8A 3GALA 3AK0A 1ONAA 3OY8B 3MW3A 4MWRA 1N1TA 1MS0A 1KDKA 1GICA 1JBCA 7NN9A 1NLSA 1VAVA 2DVDA 1Q8QA 3MW4A 4PF5A 3AYAA 1F8EA 5GZFA 1I3HA 1MS8A 2WT1A 3NV3A 1B9VA 4XJUA 2AUYA 2XZIA 1F31A 5HCAA 1RITA 2SIMA 4K1HA 3TI4A 4BPZA 5IUQA 4AVVA 2PHUA 3H73A 3VKOA 2WLQA 1SBEA 4FPHA 3JUUA 4ASMB 2QWCA 1GKBA 4LBMA 2WJSA 4ZKTB 2DUQA 5GZDA 1GANA 4CPMA 1V2IA 1JHNA 1URXA 1JXNA 1Q8PA 3O0VA 4QN7A 4PBPA 3VUOA 4WA5A 5IK4A 1LHOA 3ZYRA 3B00A 3KM5A 2JECA 1IVEA 3HMYA 3WDXA 3WDVA 4UF7A 1G8WA 3ZPYA 4M4UA 1NMCA 3B3QE 3IKWA 2YROA 1E8TA 4CPNA 1CN1A 4K1JA 1CESA 1NCAN 2NYYA 1E8UA 4GALA 6NN9A 1S0CA 5JDBA 1OKQA 3AZVA 2D6OX 2ZHNA 4Q1PA 1AJKA 5KXCA 4FQ4A 1V6KA 3AP7A 1QKQA 1WLWA 2F24A 4DS0A 2F12A 1F8BA 3WDYA 3GVKA 3CKZA 4DQAA 2EALA 4B7JA 3AJYA 5M1ZA 1W6PA 1AXKA 1NCBN 2C5DA 2HU0A 5F9TA 1QNWA 4M4VA 4WEGA 3I8TA 4MWJA 5BYNA 1N47A 4BLIA 4Y20B 1SNTA 3NV1A 4YW4A 4K20A 4HZXA 2SBAA 4MWLA 4ISRA 5HUKA 1V3EA 1NMAN 2D3RA 3D6EA 1UPSA 1V6JA 1INXA 2HU4A 4Y1VA 1V0FA 2CY6A 1A8DA 4JCKA 2ZGKA 4MWXA 1W6MB 1ULDA 2W52A 5DUUA 1MS4A 2JE7A 2A5ZA 4M3CA 1VCJA 2XG3A 1EUUA 4HZWA 4YW3A 1EURA 1FX5A 4DRVA 2DYCA 1Z4XA 5EWSA 1CQ9A 5T54A 3QCWA 4Q8LA 1XQNA 4YGDA 1Q8SA 2LALA 3U4XA 2YA4A 4K1IA 1IS5A 4HZYA 2HYKA 1SO7A 4AYUA 1AX2A 3M3CA 1ULCA 3SANA 3IMNA 1DYKA 1EPWA 2VSMA 3OBTA 1QU0A 3ZXFA 1SLLA 4HL0A 1BZWA 4FOYA 1IKQA 1LOBA 1INHA 4XMAA 4MC7A 1QGLA 1W6QA 2PHFA 1WLCA 1N3PA 2WSVA 5HUNA 1V0ZA 3B69A 2YXSA 2WT0A 3SITA 1LOGA 3FUQA 4B7MA 5H9PA 3FFZA 1IS6A 3A0KA 2VU9A 3PVNA 5GZCA 2F13A 3DGTA 2W5OA 3V0BA 2C4LA 2JKBA 2CYFA 4YZ2A 2WQZC 3INAA 4X6KA 1A4QA 1MWEA 5GALA 4Q1RA 3WHTA 1S1AA 1L7GA 1NSBA 4XHBA 3POWA 1S0FA 3KQRA 4XDQA 3A71A 1GZCA 3M1HA 1D0HA 3VV1A 3A0NA 2VWDA 4XTMA 5DUXA 2C9AA 1QOOA 1O4YA 4CPZA 1JOJA 4CZSA 5GLVA 4XJAA 3WG4A 3RRDA 4GXLA 3D5OA 4HANA 2P3IA 1WW6A 4WA4A 4FPCA 4XBLA 1LESA 3V0AA 4MWVA 4YLZA 4QN3A 2TEPA 3WVJA 2HTWA 1LOFC 1USRA 2HT5A 2VY0A 1MS1A 4Q27A 4SLIA 1DQ2A 4R9DA 1APNA 2A6WA 2PHXA 2YV8A 1W6NA 4WEFA 2ZGNA 1W8NA 1C4RA 1W8OA 4GDJA 2XCYA 4NO4A 3JU4A 1YYNA 3UJQA 2ZGOA 4CPOA 4KS5A 2E51A 3POSA 1AX0A 5T50A 2CWMA 4BMEA 2R49A 2F28A 1LOFA 1V3BA 1L7FA 3R05A 4IQPA 2A75A 2V73A 1UZYA 4LBQD 4NN9A 3ATGA 3AZYA 1DQ5A 1Z50A 4JF7A 2I2SA 2NM1A 4B7RA 1BKZA 2YDTA 4MZEA 1HLCA 4MWQA 1GNHA 5CB7A 4FPYA 4UW5A 4YM1A 4X47A 1IVDA 3T1EA 4FP2A 5B2DA 4XIKA 1F9KA 2A3XA 4RA0A 2ZHMA 3N36A 3ZXLA 4FVVA 1DFQA 4Y1XA 3CNAA 3N7KA 2NN8A 2R16A 1KDMA 1SLTA 2VVZA 1G9DA 1ULEA 1S0IA 5DG1A 1LGCA 3TI6A 2UU8A 4YG6A 1Z78A 1LHUA 2R0HA 2DURA 4MWUA 2F11A 1GSLA 4LBLA 3AXDA 1W1XA 4FVKA 2RKCA 2ZGQA 2GNBA 1YRZA 3OYWB 3ZSJA 3WDWA 2YA6A 2EIGA 2RHPA 4L8QA 4LBQA 3R4SA 5JOYA 4GA9A 4AVSA 3PMEA 3N3HA 3OY8A 4GJTA 1YIFA 3BIWE 1H30A 3AZXA 1S0GA 1A78A 1G9FA 4FP3A 3ZXJA 1MVQA 1S0JA 3A4UA 3LSEA 1V3CA 1Z4WA 1DIWA 2WNEA 3N7MA 4FZHA 3PJQA 2XB6C 3WV6A 2HTRA 5DZEA 1SLCA 2DV9A 2GNTA 4M01A 2F10A 3MW2A 1AXYA 2DWRA 1FNYA 3TIAA 1HDKA 2A6XA 1JUIA 3NV2A 4ZXKA 3TIBA 4DRRA 1LTEA 1YI7A 2P37A 2DTWA 3HN1A 1LU2A 3SILA 5AVAA 2VK5A 3AFKA 4K21A 1LGNA 5FRAA 4MZAA 4RL7A 1W21A 1VCUA 2ZGUA 1USXA 2D6PA 4XBQA 1BJQA 1A3KA 3ILRA 1JYCA 1NSCA 4YGCA 4R9BA 4XZPA 4XJQA 2YA8A 1WUVA 1NN2A 2NMNA 2A3YA 4WV8A 4M3MA 4GB1A 4Y1ZA 5E8AA 1WBFA 4Y1YA 3PVEA 1SCSA 1JYIA 4FPLA 4PBOA 1W0OA 3INBA 4XOGA 1SBDA 1DHKB 1WW4A 4B7NA 2UWCA 3WOGA 4PCRA 2D3SA 1Z4ZA 2QWGA 4XXPA 2A6VA 1DIMA 2QWAA 1W20A 1DQ1A 3A72A 2F29A 3HR9A 5IK7A 2W08A 2CWSA 3BEQA 1XOGA 3Q9OA 1KQRA 1ENQA 1GNZA 3FLTA 2DUOA 2CMLA 1INVA 2ZGTA 2ZACA 5E89A 4K3YA 4Y20A 4UW3A 4W65A 1YXWA 1MS3A 3FLRA 2Q5TA 2W68A 1SLIA 3TI5A 2F0ZA 2P3JA 4BLJA 2ZGMA 1SLBA 5JVVA 2JDZA 3AP6A 1AXZA 1NCDN 5HUMA 3RG0A 1WCSA 1HKDA 1AZDA 3SLIA 2GALA 1OQ1A 4YM2A 5KXDA 3B7EA 2BATA 2UWAA 4K1ZA 1E8VA 1VAMA 4KS2A 4BMBA 2DVBA 2GN3A 1V3DA 5F5QA 4P9YA 4I00A 1Q8OA 3B01A 3ENRA 1QOSA 4FPKA 5T52A 2EXHA 1MVEA 2ES3A 3ASIA 1BQPA 2W38A 1SLAA 1MZ5A 5HX0A 1PZ9A 2ZHLA 1JW6A 1NXD1 4QNPA 3W09A 1N3QA 2W5NA 3D4KA 1IVGA 1W6OB 1PZ7A 4AWDA 2AEPA 4XTPA 2OVUA 3SNMA 4FPOB 1CPNA 3B9CA 3FLPA 2R1DA 1V0EA 4TZDA 2EF6A 1UAIA 1F8DA 5EXOA 3APBA 1R1ZA 3O0XA 2UWBA 2X9MA 5DUWA 3N7LA 3BODA 2ZBJA 3O9KA 3SH5A 1O4ZA 1INGA 1GZ9A 4LBOA 1DBNA 2OUJA 5H9RA 3O0WA 2JJ6A 1LHVA 2XZJA 2DUPA 2VW2A 1FAYA 1MACA 4K1KA 1WCQA 1J1TA 2OW4A 3IN9A 2YA7A 4P9XA 2ZB6A 2E7TA 5CA6A 2P2KA 5GLWA 1C1LA 1GZWB 4FOWA 1G86A 1UKGA 3WUCA 1QOTA 2ARXA 1SFYA 4X49A 4XJ8A 1C1FA 5HUGA 2QWJA 3SISA 1N1VA 4XBNA 1IS3A 5H9SA 4WVVA 1BXHA 3WNXA 2DVFA 2LTNA 1HQLA 3USUB 2SLIA 2E53A 3ZYPA 1G9BA 4LBKA 3NWKA 3RSJA 5JYYA 3I4IA 1INWA 4JRAA 4M4NA 3W58A 2VK7A 3DUIA 3WUDA 3WHUA 3T2TA 1CPMA 2AENA 1Y7BA 1LODA 2YDPA 2F27A 3D11A 5KXBA 2EXJA 2BF6A 3K36A 1OFSA 1LEMA 2AEQA 2F26A 4FPFA 2R1BA 4I30A 1GBGA 3GNEA 4AGRA 1N1YA 2AGSA 2GDFA 1DYPA 3GVJA 3K38A 4LBNA 2D43A 4Y22B 5JMCA 4Y24A 2EXIA 1CR7A 4GKYA 1TEIA 1EUSA 1ENRA 4GWMA 3K3AA 1Q56A 1NCCN 1W0PA 3QLQA 5LK5A 3VKLA 1Z4VA 4YGEA 2QWBA 2DTYA 2GNMA 3AP9A 1DQ6A 1SBFA 1Z4YA 2A71A 4D8SA 4YZ4A 4K1YA 4BBWA 1FATA 4CRQA 4Q2FA 3RMXA 1LENA 2ZGLA 2AR6A 3GVLA 4X4AA 4P9WA 4YW5A 2AYHA 3AXEA 4H53A 1DLLA 2Z42A 1UX6A 3AX4A 3IPVB 2PHTA 5GZEA 1LOEA 4GWNA 1WD4A 1FV2A 2V5YA 3AYEA 4GDIA 1X50A 1IS4A 2D7FA 3WDTA 4YZ1A 4J9TA 2BZDA 3ZXKA 5GM0A 2VW0A 1IOAA 4XYXA 3ZSLA 4XMIA 5IT6A 5T55A 4CPLA 2W20A 2A70A 2QWHA 1LCLA 1SACA 2VXRA 1NNCA 1LECA 5DUVA 4ISQA 1DQ0A 1CIWA 2A6YA 2QWKA 4YFZA 2ZMLA 1ENSA 1AJOA 5IK8A 3CYEA 3POYA 3WG1A 4XXAA 2JE9A 3K39A 2QWFA 1G9CA 3AP4A 4LBQB 2OUHA 5T5JA 3M3OA 5T5PA 4XILA 3WZ1A 1G9AA 3SH4A 3FUOA 3W59A 4JC1A 5GJ6A 3M3QA 2GN7A 2P34A 1JN2P 4M00A 5JOWA 4FOVA 2JD4A 1AF9A 3ZVXA 3C2UA 2HTQA 1FYUA 1H9PA 2ERFA 1UL9A 2F25A 3AYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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