The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
176
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sequence length |
634
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structure length |
628
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Chain Sequence |
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Trypanosoma rangeli
|
| publication title |
The high resolution structures of free and
inhibitor-bound Trypanosoma rangeli
sialidase and its comparison with T.
cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Sialidase
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| total genus |
176
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| structure length |
628
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| sequence length |
634
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase. |
| pdb deposition date | 2002-10-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13859 | BNR_3 | BNR repeat-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Jelly Rolls | ||
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2R1D A; 1LOB A; 4RA0 A; 3INB A; 3ZXE A; 2XCY A; 5CNA A; 2E6V A; 2PHX A; 3FFZ A; 1V00 A; 4M4U A; 4YG3 A; 1INF A; 2A6X A; 2YDP A; 2UWB A; 1QNY A; 2D6L X; 2F29 A; 1G8W A; 4YGE A; 2WT0 A; 4XBN A; 4GXL A; 1DQ4 A; 5IT6 A; 1UPS A; 4I30 A; 4XIK A; 2ZML A; 1V6K A; 1FNZ A; 1UZY A; 2GN7 A; 3SH3 A; 1CQ9 A; 4B7M A; 4BME A; 1IKP A; 5IK7 A; 1JOJ A; 1G9B A; 4R9B A; 1DQ0 A; 2R0F A; 3TI8 A; 2ZHM A; 4FPF A; 2YDT A; 2ZA9 A; 1O4Y A; 2EXJ A; 1AX0 A; 4KS3 A; 3A4U A; 2W5O A; 1NMC A; 2WQZ C; 4FPL A; 3AP7 A; 1DIM A; 5CAZ A; 2AUY A; 1EPW A; 3I8T A; 3PJQ A; 1J1T A; 4XJA A; 3AYE A; 1V6M A; 2P3J A; 2W39 A; 5GZE A; 3VKM A; 4B7N A; 3WG4 A; 2SBA A; 1N1T A; 1OQ1 A; 1HDK A; 3PME A; 3R4U A; 3PVN A; 1WLD A; 5GM0 A; 3A0N A; 1V3E A; 1W6P A; 4XYX A; 2WSU A; 3LCP A; 2QWJ A; 2W68 A; 2ZGU A; 2ZGQ A; 3T1M A; 1AXY A; 2XB6 C; 3IKW A; 4Q27 A; 4HAN A; 5DUV A; 2BQP A; 3B01 A; 3WHU A; 5DZG A; 3ZSL A; 2ZBJ A; 4Q1R A; 2WSV A; 3O0X A; 4BMB A; 3WDV A; 1IVE A; 4XJW A; 1VLN A; 3VKL A; 3N35 A; 1AXZ A; 2DVG A; 1GZ9 A; 3WCS A; 2YRO A; 4BBW A; 1MS9 A; 2P37 A; 4CPO A; 3TI3 A; 1DYK A; 1Q56 A; 4D69 A; 2VH9 A; 2SLI A; 1D0H A; 3IN9 A; 1Q8P A; 2OUH A; 5GZF A; 5DG1 A; 2R49 A; 3SIL A; 4M4V A; 2P3K A; 4AGR A; 2CYF A; 1W6O B; 1S0E A; 2ZGL A; 4WA5 A; 4AGV A; 1LU1 A; 4XIL A; 2ZGT A; 1F8D A; 3OYW A; 4YW4 A; 3B69 A; 1IKQ A; 2Q5T A; 1DQ1 A; 3ZVX A; 1VAV A; 1SCR A; 3DGT A; 1LEN A; 4BQ1 A; 4SLI A; 1N1Y A; 5JOZ A; 1MZ5 A; 4XOG A; 2HTR A; 4FPJ A; 5JOY A; 1LHW A; 3VUO A; 1N3Q A; 1GV9 A; 4XTP A; 4YZ2 A; 5B2C A; 5E89 A; 4ASM B; 2EXK A; 4XJ9 A; 2A6V A; 5H9S A; 1W6Q B; 3OJB A; 1LHV A; 3M2M A; 1QDC A; 1INH A; 4ISR A; 3QCW A; 5JOX A; 1QOO A; 1N3O A; 5H9Q A; 5KXC A; 3H6J A; 3M3Q A; 1B9V A; 2ZHN A; 3INA A; 2WJS A; 4DGR A; 1BJI A; 1BYH A; 2CNA A; 4CPY A; 2A3Y A; 1NMA N; 3AZW A; 1ZA4 A; 5HX0 A; 1W8O A; 1UN1 A; 4QN7 A; 4R9D A; 2ZKN A; 1ULF A; 5HCB A; 4GWN A; 5GLU A; 3A72 A; 3USU B; 4QN4 A; 5F5Q A; 3GAL A; 2E7T A; 3K37 A; 1Z0H A; 4PQ9 A; 3WUD A; 3WG3 A; 3WOG A; 2DUO A; 2YA5 A; 1B09 A; 7NN9 A; 3JU9 A; 2QWF A; 1W21 A; 2LTN A; 4U36 A; 1QGL A; 3DUI A; 1QF3 A; 1XOE A; 4MWY A; 4Y22 B; 4FPH A; 5GLZ A; 1DQ5 A; 2DYC A; 3AK0 A; 4TYS A; 1Q8S A; 3AZV A; 1V6L A; 3SIT A; 2F12 A; 2HU0 A; 4CTE A; 3WDX A; 5CBL A; 4XJ8 A; 1W6M A; 1GKB A; 5CA6 A; 2UWA A; 4C1W A; 1AVB A; 3B3Q E; 4XJQ A; 2A3W A; 1V0Z A; 4FPY A; 1R1Z A; 2AYH A; 2ARB A; 1MS8 A; 1LU2 A; 1YI7 A; 3NV2 A; 3WG2 A; 4YM1 A; 4FOQ A; 2YV8 A; 3OBT A; 2GDF A; 5IK8 A; 1WBF A; 2VW0 A; 3VKF C; 4LBL A; 4LBQ D; 5DG2 A; 1FNY A; 3N7J A; 5E88 A; 3V0A A; 3RMY A; 5M1Z A; 4AVT A; 4NCS A; 1KIT A; 1IVD A; 4B7R A; 4H52 A; 2BER A; 4GEZ A; 1GNZ A; 3V65 A; 3ZSJ A; 4NO4 A; 3RMX A; 4XMA A; 2C4L A; 1LCL A; 1CR7 A; 2E53 A; 2DVB A; 1E8V A; 4QN6 A; 3GVL A; 4X47 A; 3AXD A; 5T5L A; 3H72 A; 1JUI A; 1NSC A; 4K20 A; 4JF7 A; 1JN2 P; 4WEG A; 2W08 A; 1DYP A; 1JYC A; 2QWH A; 1WW4 A; 2CML A; 1WW5 A; 5BYN A; 4Q6K A; 2HT5 A; 4Y1Z A; 4ISQ A; 1SLC A; 4P9X A; 2AR6 A; 3POS A; 2DTY A; 3A71 A; 5EXO A; 3MEP A; 5T52 A; 3TAY A; 4K3Y A; 2SIM A; 2W38 A; 3AP6 A; 1UX6 A; 2NMO A; 1INW A; 4GZT A; 4FOW A; 1YIF A; 4ITC A; 1OKQ A; 2G4I A; 1INX A; 2PEL A; 3VV1 A; 4JC1 A; 1NLS A; 2ZGR A; 4Z8B A; 1Z4V A; 1RIT A; 3CKZ A; 5NN9 A; 1N1V A; 1SLI A; 3UJO A; 2DTW A; 4XZP A; 1LJ7 A; 1KJL A; 3CYE A; 2AEP A; 4YG0 A; 3O9J A; 2DU0 A; 2DVA A; 1H30 A; 4RL7 A; 1Z78 A; 5DXD A; 3SLI A; 3FUO A; 1W0O A; 3ZYR A; 5GLW A; 3IPV A; 1G9C A; 1Q8V A; 2VWD A; 3D4K A; 2CWM A; 1W6N A; 4XIO A; 1EUT A; 1VCJ A; 1MS0 A; 1Z4W A; 1MZ6 A; 1WBL A; 3FLP A; 1PZ9 A; 1CVN A; 1RIN A; 2ZGS A; 4M3M A; 4M01 A; 3ZXL A; 1KDK A; 3K3A A; 1Q8Q A; 2JJ6 A; 3NN9 A; 4M00 A; 1ONA A; 5HCA A; 1AX2 A; 3WV6 A; 5GJ6 A; 2VSM A; 2AEN A; 1G7Y A; 4CPZ A; 1W6P B; 4Y20 A; 1LTE A; 1V3D A; 2WKK A; 1APN A; 4FPC A; 2YY1 A; 4K1H A; 1S0C A; 1AJK A; 4XXA A; 4I00 A; 1WLW A; 2D6M A; 1LGN A; 4KS5 A; 1CES A; 1Z50 A; 1V2I A; 4K1Z A; 2GNB A; 4MWV A; 3CNA A; 1NCD N; 1L7H A; 3AYD A; 4WV8 A; 4L8Q A; 4KS2 A; 5T54 A; 3ATG A; 2PHW A; 3M1H A; 5HUM A; 4GZS A; 4HZW A; 4PBO A; 1WW6 A; 2DVD A; 1LOA A; 1V6I A; 4M3C A; 4YZ5 A; 4HZZ A; 1GYK A; 2W20 A; 1B9T A; 1WLC A; 2XZI A; 3WDY A; 3QLQ A; 3PVE A; 1O4Z A; 4JRA A; 2V5Y A; 4GJT A; 4Q8L A; 5DUU A; 3LSE A; 4YM3 A; 1FYU A; 4R9A A; 2QWC A; 1IVF A; 1SLL A; 1RIR A; 1ING A; 1IS5 A; 3O5S A; 5IK5 A; 1L7G A; 1MAC A; 1Z4X A; 3OYW B; 4CPN A; 5JDB A; 5T5P A; 1F8B A; 1AJO A; 4MC7 A; 2YA8 A; 3UJQ A; 2EF6 A; 1USR A; 4IQP A; 3ALW A; 3B7E A; 3O12 A; 1AF9 A; 1LUL A; 1PZ7 A; 2HYK A; 4GZX A; 2F27 A; 1DQ2 A; 4UW4 A; 4YW3 A; 3K39 A; 1EUU A; 1YYN A; 1LEM A; 4Y1X A; 1N1S A; 1IS4 A; 3NSS A; 1BKZ A; 1NXD 1; 4XMI A; 2TEP A; 3HMY A; 1OFS A; 3WVJ A; 3MW4 A; 4FQZ A; 4D8S A; 3ENR A; 1LOE A; 5EWS A; 2VVZ A; 2W5N A; 1SFY A; 3WLU A; 2ZGM A; 1G9F A; 1QOS A; 4FP3 A; 1GBG A; 5DZF A; 1INY A; 3L2Y A; 1A4G A; 5T50 A; 4AVV A; 1USX A; 3D6E A; 3AYC A; 2UU8 A; 4H55 A; 1V0E A; 1GAN A; 3N36 A; 1AX1 A; 2OUJ A; 4FPK A; 2VUA A; 1MVQ A; 2GME A; 4GZO A; 4K1I A; 2F24 A; 3V64 A; 4DPN A; 1CPM A; 5H9P A; 5JLV A; 3UL2 A; 4FPE A; 4K1J A; 3UK9 A; 2AEQ A; 1MVE A; 1VCU A; 4Y24 A; 4ZKT B; 4K1Y A; 4AYU A; 2ES3 A; 2F11 A; 1LED A; 1X50 A; 4QN3 A; 4AWD A; 4Y26 A; 2NM1 A; 4WEF A; 1W6M B; 2B7Y A; 3AJZ A; 3AXE A; 4XJU A; 1KQR A; 3MW3 A; 2CTV A; 4UW3 A; 1SLB A; 3B9C A; 2PHR A; 2EIG A; 4FQ4 A; 1C57 A; 4ATE A; 1SLA A; 4YM2 A; 4GKX A; 3JUU A; 4YLZ A; 2NN8 A; 2D44 A; 1ENR A; 3OGG A; 4B7Q A; 5GZC A; 1AZD A; 5IK4 A; 2OVU A; 2WNE A; 1V3B A; 1DQ6 A; 2VU9 A; 4YM0 A; 2F25 A; 3ZXJ A; 3V0A B; 2D3R A; 1UKG A; 3H0O A; 1W8N A; 2VK6 A; 1N47 A; 1KRI A; 1HQL A; 1QNW A; 3TI6 A; 1V6N A; 5GZD A; 2F28 A; 4WA3 A; 1WUV A; 5HCF A; 4GZW A; 3LSD A; 3NV4 A; 4ATF A; 2AGS A; 3ASI A; 3D11 A; 2NP0 A; 1G86 A; 4LBM A; 1F8C A; 4B7J A; 3WDW A; 2A6W A; 3ILR A; 5EYY A; 1G9A A; 1Z4Y A; 1DIL A; 5KXE A; 3T2T A; 1LOF C; 1LEC A; 2JE7 A; 4LBK A; 1W0P A; 3GNE A; 1S0I A; 4AVS A; 3OY8 A; 2GMP A; 1DFQ A; 2NZ9 A; 3H71 A; 4GKY A; 2A75 A; 2AH2 A; 1JBC A; 2KM2 A; 2PHU A; 1CIW A; 3I4I A; 2R16 A; 5E8A A; 3M3O A; 1YO8 A; 1E8U A; 2H0B A; 3RS6 A; 3Q9O A; 1HLC A; 2ENR A; 1IOA A; 1E8T A; 4YGD A; 2VK7 A; 5JOW A; 4OZX A; 2YA4 A; 4M3C E; 4FVK A; 2P2K A; 1NMB N; 5CB7 A; 2BZD A; 2HTV A; 4U2A A; 1MWE A; 3U4X A; 5L73 A; 5GLV A; 2OW4 A; 3FLR A; 5DUW A; 4MX0 A; 1DZQ A; 4MWJ A; 4AGG A; 2GNM A; 3ZSM A; 3GVJ A; 1ULD A; 3AP5 A; 2ZGO A; 1JYI A; 4W65 A; 4LBN A; 4KS4 A; 1VAM A; 3RSJ A; 3K36 A; 2A6Y A; 5EYX A; 1SO7 A; 3V0B A; 1JHN A; 3ZXF A; 3SIS A; 3A0K A; 2YA6 A; 2QWK A; 3ILN A; 1V0F A; 1W6N B; 3NV3 A; 4XDQ A; 3RQ0 A; 1GZW A; 3TIB A; 3HR9 A; 1NCA N; 3SAL A; 1LOC A; 2PHT A; 2JEC A; 2HTQ A; 2I2S A; 1TEI A; 1LES A; 4GDJ A; 1UL9 A; 3D5O A; 3IMN A; 2CL2 A; 3WNX A; 3B00 A; 3ALX A; 1Y7B A; 1CPN A; 3K38 A; 2ARX A; 4CZS A; 3WHT A; 4MWW A; 2V73 A; 2QWD A; 2ZAB A; 4Y20 B; 4XTM A; 2BAT A; 5SV8 A; 2C5D A; 2E51 A; 4K21 A; 3SNM A; 1F8E A; 3BOP A; 1U0A A; 3R05 A; 3ZSK A; 1SLT A; 3BIW E; 3H73 A; 4NN9 A; 2GND A; 2XG3 A; 1HQW A; 3W59 A; 2ZGN A; 4FPG A; 1WW7 A; 2WT1 A; 1ZM1 A; 2XZJ A; 2JD4 A; 5JYY A; 2D7F A; 3WDU A; 4UF7 A; 1GIC A; 1LHO A; 1NSD A; 2ZGK A; 1S0G A; 3VKO A; 4M3C B; 4XJZ A; 4XE9 A; 2YZ4 A; 4CRQ A; 2GNT A; 3BOD A; 5DUX A; 3MPP G; 4ZXK A; 1BJQ A; 4PF5 A; 4KBB A; 5GAL A; 3PVO A; 5KXD A; 1URX A; 3FUQ A; 4X6K A; 2A71 A; 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