1N1YA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with sialic acid
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
total genus 172
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1yA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1yA01
4YGDA 2A70A 2RHPA 1N3PA 2TEPA 4YZ4A 2ZBJA 1LECA 1INGA 4FP2A 3AZXA 4XJUA 2F27A 2NYYA 1QGLA 6NN9A 1YO8A 1CQ9A 1B9VA 1DZQA 1W8NA 5M1ZA 4Q1PA 1V6OA 1QMJA 3ZSJA 3NWKA 1GBGA 2ZB5A 5NN9A 3MW3A 4XTMA 3OY8A 3H72A 2E7TA 1FV3A 3BIWE 1MVQA 1LOCA 5HX0A 4XOGA 3VUOA 4KS3A 1HQWA 4QNPA 1MS9A 2E53A 1AX1A 1LODA 4FOQA 4Y26A 2HU4A 4FPHA 2HTQA 2DWRA 2HU0A 2PHWA 3V0AB 1IS4A 3WDYA 3SLIA 1NNAA 1NCBN 1Q8QA 1KQRA 2DVBA 1IVBA 4C1WA 5DUUA 2VSMA 1C4RA 3GALA 1MS8A 4C1XA 4ZXKA 3AZVA 1N1VA 4U2AA 2JJ6A 2VH9A 4I30A 5H9QA 1V3EA 4D69A 1W1XA 4Y1ZA 2R1BA 4FPGA 2D6PA 1E8VA 3ZVXA 4LBQA 3WZ1A 1TEIA 1C57A 2EXKA 2PHXA 4XXPA 5JOWA 1DQ5A 1Z50A 4CZSA 5JDBA 5T5LA 2EXIA 1EUUA 2FMDA 1DILA 4GZOA 2WNEA 4HZYA 2WQZC 2ZB6A 1CESA 4FPKA 2HT8A 5CB7A 2VK7A 5HUMA 2Z42A 5T50A 4KS5A 1JUIA 3D5OA 1SLAA 3RG0A 3JU9A 2VK5A 5HCAA 1WLCA 2ARBA 1AX2A 4FVKA 1G9BA 2D6MA 2WT0A 4TYSA 1NNBA 4Y1VA 2D6NA 3AP7A 2ZA9A 2VWDA 3L2YA 1DQ0A 3OYWA 4X6KA 2CL2A 4HZXA 2R0FA 3SNMA 3PVNA 4BQ1A 1Z78A 2DTWA 4CPLA 4FPJA 5F9TA 1JYCA 1FV2A 1G9FA 4XXAA 5T5PA 1F8BA 2W52A 1LOBA 1LTEA 2YA6A 1G8WA 1XOGA 4HZWA 2GNMA 3INAA 3ZXFA 3D12A 4MWXA 3GNEA 4XBQA 3UJQA 3A0KA 1AXKA 3NV3A 1UZYA 2VW1A 1SBEA 4NCSA 1HQLA 5CA6A 4BM8A 5KXDA 1MZ6A 1IS6A 4FPCA 1VCJA 1SNTA 1DYPA 1INWA 2W5OA 5T5OA 5GZDA 4BOWA 2P3JA 2VVZA 1CJPA 3CKZA 1ULFA 4K1YA 3B7EA 1S0DA 5AVAA 3QCWA 1N1TA 3MEPA 5CBLA 3FLTA 2R0HA 3AYDA 2QWGA 5HCFA 3AXDA 1G9AA 4NO4A 2DV9A 4ZKTB 3V0BB 1A4QA 1W8OA 1CVNA 2G4IA 1ULDA 3T1EA 2VSKA 2QWDA 1GV9A 3WCRA 2BATA 1YI7A 2GNBA 1CONA 5BYNA 1RINA 3A72A 5JOXA 2P34A 3B69A 1S0GA 3TI5A 2NP0A 3SITA 1A3KA 3WDUA 4YM2A 2ZMLA 1S0CA 1BJQA 2A3YA 2AYHA 2ZGQA 3O12A 3AXEA 2F13A 5JMCA 2QWIA 2LALA 2AREA 1NMBN 4RL7A 1INXA 3FBYA 2C4AA 4QN7A 1YYNA 4Y22B 3RS6A 4GDIA 3UK9A 4HZZA 2JD4A 1WLDA 3OBRA 3AP4A 1LU2A 4JRAA 2A3XA 2ZGMA 1WW5A 1DQ1A 2QWFA 1O4YA 2EALA 2HYKA 1LGBA 2VW0A 1MWEA 2YA7A 3AP5A 4BLJA 2EXHA 3TIAA 3R4SA 1UN1A 2OW4A 1AX0A 1LHVA 5GLVA 3ILNA 1USRA 4K1HA 3MW4A 2DU1A 1V6IA 2XZIA 3O0WA 1Z4XA 1BZWA 5EYYA 1E8TA 4UW5A 4YW1A 4XJ9A 3GVLA 4Y20A 2A6ZA 1SLCA 4QN6A 1V3BA 1NNCA 5GZGA 3WDXA 4XZPA 3W58A 4XHBA 1VLNA 4NN9A 1LENA 2GN7A 2PHUA 4GZPA 1DBNA 1LULA 4CPMA 1LOFA 2YDPA 1H9WA 3A4UA 1FNYA 3POWA 1F8DA 2F29A 1FAYA 4Q26A 2P3IA 1PZ9A 4LBQB 3CYEA 3NV4A 1DYKA 2YDTA 4YW3A 4CPOA 2W39A 4FPYA 3HR9A 4XJAA 1BQPA 4DGRA 1ENSA 1LHUA 2NZ9A 4KS4A 2R1DA 1EPWA 2ZGSA 1NCAN 3ALWA 2AR6A 3AYEA 3RMXA 4XHXA 2BZDA 2ERFA 1JW6A 4GALA 2DVFA 5GLZA 4YZ1A 4R9CA 2A5ZA 3ZXLA 2ZACA 1NMCA 1W0OA 1S0EA 4H53A 4YM0A 3H6JA 4JF7A 1WBFA 4X49A 2V73A 5HUNA 1APNA 1U0AA 4LBQD 3ZXJA 4K21A 1Q56A 4HZVA 4MZEA 2FHRA 5GLWA 1NN2A 4BMEA 3SALA 1W6NB 2DUOA 5T52A 4CTEA 1SBDA 4YM3A 1DHKB 5CNAA 1Z4VA 1IKQA 2ZAAA 3W59A 2JKBA 2DVDA 1YIFA 4Y1YA 2VUAA 3W09A 5F5QA 1W6PB 2I2SA 3ASIA 3USUB 1F31A 4K1KA 5JYYA 4Q27A 4BMBA 1GZWA 2ZGKA 5H9RA 1LGNA 3PMEA 4R9AA 3TIBA 4XMIA 4MC7A 1NLSA 2W68A 2HT5A 5IK5A 1WBLA 4R9BA 3IM0A 1PZ8A 1OKQA 1H9PA 3PVOA 5FRAA 2HTWA 1Z4WA 2SIMA 1DQ6A 4W65A 2NN8A 1W6QA 2WT1A 3B00A 4WA4A 1LOFC 5IK4A 2HTVA 1A78A 1V3DA 5GLTA 1V6KA 4NC5A 4QN4A 1XQNA 3WHUA 3WNXA 1VCUA 1ULGA 1S0FA 3FLPA 4HIZA 2V5YA 2CNAA 2A6XA 4YFWA 4Z8BA 4M3CA 3ZSKA 1A8DA 5E8AA 4Q1RA 3K37A 1V6NA 3WG2A 2F0ZA 1LCLA 4AVVA 4YW2A 4CPYA 1NSCA 1NCCN 4B7MA 5IT6A 1A14N 2ARXA 2KM2A 4IQPA 2ZHKA 4M4NA 1URXA 4FOYA 3IPVB 1QOOA 3VKMA 3O9JA 3ATGA 4D8SA 1J1TA 1S0JA 3AFKA 2BF6A 1DIMA 1KJLA 5DUVA 1QF3A 1GZ9A 4CPZA 1LHNA 1GYKA 3TI6A 2EIGA 1G9DA 4MWVA 3T1LA 1V00A 2DUQA 2YMZA 4GB1A 4K3YA 2C4LA 4BBWA 2EAKA 2PHFA 1SBFA 2D6KA 3RQ0A 4P9XA 2GMEA 4K1IA 2HTRA 1NMAN 5E88A 4LBMA 4F83A 1NXD1 2VW2A 3BODA 4Q8LA 1SACA 2CTVA 1WLWA 1B09A 2SBAA 4YM1A 1W21A 4GEZA 4DRVA 1DGLA 2ZKNA 2F11A 4MWLA 4X47A 1D2SA 1QOSA 2OVUA 1DFQA 3AZZA 4YG6A 1W6MA 1S0IA 5LK5A 1O4ZA 5B2CA 2B8HA 3TI8A 5GJ6A 2F12A 4GZXA 3N36A 3M3CA 4MWRA 3CL0A 4XJRA 4BPZA 1V0EA 4B7JA 2QWCA 5DG1A 4DQAA 2P37A 4WVVA 1AJKA 3M3QA 2HT7A 4GZQA 1GANA 4XILA 4XDQA 4ASMB 2OUHA 4DPNA 2EF6A 3JU4A 3WDWA 4FJ6A 1W6OA 1SCRA 1NSBA 4LBNA 4GDJA 1SLLA 3V0AA 2ZGLA 3BOPA 4YG3A 4DS0A 3D6EA 3WV6A 1S0BA 3HMYA 4K1JA 3C2UA 1CR7A 3TAYA 1RITA 2QWKA 3O0VA 2F10A 2GDFA 3FUQA 1I1EA 3LCPA 5H9PA 1AXZA 1WD3A 1UX6A 4HANA 1FATA 1QNYA 1C1LA 1V6MA 4FPLA 1L7FA 3SH4A 3BTAA 4LBKA 2NMOA 3INBA 1HKDA 5B2DA 3NSSA 2E51A 1OFSA 4P9YA 4XTPA 4I00A 1CPMA 1AF9A 2W08A 4K1ZA 4CRQA 4Q2FA 2ZHNA 1B9SA 4HL0A 1SFYA 4YLZA 1JHNA 2F26A 2SLIA 1QNWA 4ATEA 5JOZA 1GNZA 3SH5A 3POSA 3M3OA 3WLUA 4Y1XA 3AYAA 3UJOA 3OY8B 4UF7A 2R16A 1MS3A 5SV8A 2P3KA 4PBPA 5KXBA 3IN9A 2UWBA 1WW6A 2XG3A 3H73A 3K36A 1KITA 4Q8KA 5EYXA 4MJVA 3IMNA 3JUUA 5FREA 1LJ7A 3FUOA 4NOTA 1LEMA 2GNDA 3ZSLA 1UKGA 4FVVA 4MWUA 1ZA4A 4X4AA 1N1SA 4B7QA 2BQPA 5GALA 2ZZJA 3PVEA 4GZTA 2W20A 4YW4A 1GSLA 1Y7BA 5JOYA 4SLIA 4M3CB 1DIWA 2NM1A 5JVVA 2DVGA 3O0XA 3VKNA 4AGVA 2W38A 2XZKA 3K39A 1BJIA 3V65A 1F8EA 2NMNA 4MWJA 1QKQA 2JE7A 2YXSA 7NN9A 4UW3A 1A4GA 2UU8A 3TICA 3Q9OA 4GWMA 2D3SA 4XMAA 3WG4A 3T2TA 2VK6A 1V2IA 1DLLA 2YY1A 3A0NA 3IKWA 2GNTA 4Q6KA 5IUQA 3AYCA 2A6WA 3SH3A 4P14A 1JN2P 1IVDA 5IK7A 3WOGA 3V0BA 3M3EA 2P2KA 1GKBA 4H55A 2D3PA 4AVTA 4XJ8A 1ENQA 3OYWB 2DVAA 3ENRA 5GZCA 1KDMA 1JXNA 4XBNA 1N3OA 4R9DA 2ZGUA 3U4XA 1CPNA 2QWBA 2AGSA 1RIRA 1UZZA 2DUPA 1L7GA 4GZWA 1LEDA 4GKXA 2DTYA 3SISA 4MWQA 3LSDA 2A7AA 4GZSA 1AZDA 1MS0A 3VKOA 3POYA 2D3RA 3DGTA 3D11A 4JCKA 3B3QE 2ES3A 4XIOA 2CWSA 1N47A 1LOGA 4KS2A 5HUGA 1WW4A 4Y22A 1WCSA 2CYFA 1MZ5A 2JECA 5DZEA 4GA9A 3AX4A 4LBLA 2A3WA 2AENA 3RRDA 4H52A 3M1HA 5EXOA 1ZM1A 2D43A 5JLVA 1VALA 3SILA 1IVFA 3OPZA 3KM5A 4YZ3A 4RA0A 4YZ5A 1EUSA 3MPPG 1BKZA 1ONAA 2GN3A 3T1MA 3M2MA 2JDZA 2WLQA 2YZ4A 4YGCA 2WT2A 1NCDN 5T54A 1MS5A 2XB6C 2X9MA 3H71A 4U36A 4WA5A 1W6OB 4MWWA 4AGRA 2DURA 3AK0A 1I3HA 4M4UA 4PCRA 4AVSA 1ENRA 3N7LA 1LHWA 2EXJA 2ZHMA 3N7JA 2XCYA 2PHRA 1Q8SA 1F9KA 1MR5A 3QLQA 1WD4A 1FYUA 2ZGPA 3AP9A 4QN5A 1ULEA 5KXCA 1V6LA 2SILA 1XOEA 2QWEA 1YXWA 1V6JA 1F5FA 5L73A 4Y1UA 2GALA 3FLRA 1VAVA 1DQ2A 2YV8A 3CL2A 3OBTA 5DXDA 4B7NA 4XJZA 5GLUA 3O5SA 1BXHA 2VY0A 4KBBA 4FQZA 4TZDA 1WUVA 1G7YA 2XZJA 3K3AA 1C1FA 4L8QA 1S1AA 2Q5TA 1UAIA 2PHTA 3K38A 2ZGTA 2QWAA 3AP6A 2W5NA 3I8TA 3NN9A 2D6LX 3ZYRA 1B9TA 1IKPA 4FPFA 4PQ9A 5EWSA 2CWMA 2GMMA 1AJOA 4MJUA 1G9CA 2VU9A 3RMYA 4GWNA 1H30A 2D6OX 4Y20B 4WV8A 1LESA 2C9AA 4FQ4A 1QDCA 1BYHA 3N3HA 4UW4A 4BLIA 1V0FA 1JOJA 1UL9A 2AH2A 5KXEA 2A71A 4YG0A 1DQ4A 3ZPYA 1AVBA 2PELA 3H0OA 3HN1A 1LHOA 1VAMA 4FOWA 2LTNA 1UPSA 4PF5A 3GVKA 2ZHLA 5T55A 3WHTA 3NV1A 1W6NA 2ZABA 5CAZA 4DFSA 1HDKA 3WG3A 5DUWA 4LBJA 3PJQA 2HTYA 4FPOB 1VIWB 3DUIA 4YFZA 3ZXEA 5DG2A 4B7RA 3A71A 1WW7A 4FPEA 3TB0A 3VKLA 4OZXA 4ATFA 1GNHA 2OUJA 4GJTA 1W6PA 2YROA 1INVA 5HCBA 1V3CA 4XE9A 1W20A 3USUA 2YA4A 5DUXA 2A6YA 1AXYA 2DYCA 3V64A 3KQRA 3OGGA 1WCQA 1N3QA 2CMLA 4XJWA 4Y24A 1V0ZA 1OQ1A 4XJQA 2CY6A 1Z4ZA 1Q8OA 1QU0A 3N35A 3O9KA 1KDKA 1IVGA 4CPNA 3ZXKA 4M01A 1IVCA 4YZ2A 2ZMKA 3RSJA 1EURA 4WVWA 1HLCA 4WZFA 4P9WA 1GZCA 3CNAA 4WA3A 3FFZA 1YRZA 3WUDA 4M4VA 1Q8VA 2WKKA 5H9SA 1LU1A 3WVJA 4XYXA 4GXLA 5DZGA 2D7FA 5DZFA 3VV1A 4FP3A 4MWYA 4MZAA 2YA5A 1MS1A 1IVEA 1FX5A 1MACA 4AWDA 5GM0A 1SLTA 1FNZA 2UURA 2ZGNA 1ULCA 3BEQA 3TI3A 2WJSA 2ENRA 2UWAA 3AJZA 1Z4YA 2E7QA 2HTUA 4AGGA 4FZHA 1GICA 3TI4A 3N7KA 2H0BA 3IPVA 1IOAA 5GZEA 3WDVA 2JE9A 2YA8A 5E89A 3ILFA 1D0HA 3LSEA 3VKFC 3ILRA 1MS4A 2R49A 1GZWB 3APBA 1QOTA 3AZYA 4KS1A 1IS5A 2D44A 3ALXA 2AEQA 1SLBA 1Q8PA 2ZGOA 4YW5A 1N1YA 3AJYA 1E8UA 3GVJA 2F24A 1CIWA 3R4UA 2F25A 1GLHA 1W6QB 1G86A 4UW6A 3WCSA 3AZWA 1JBCA 5IK8A 3UL2A 4GKYA 2GMPA 1KRIA 1INYA 3I4IA 3MW2A 5T5JA 4K20A 1USXA 4M00A 5HUKA 1KJRA 2VXRA 2ZGRA 2QWJA 4ISRA 4M3MA 4DRRA 4MX0A 2QWHA 1SO7A 1F8CA 3WUCA 1INHA 3B9CA 1LOAA 3NV2A 1JYIA 3ZYPA 4AYUA 1W0PA 3R05A 2UWCA 4M3CE 2DU0A 2AEPA 4YGEA 4JC1A 1UMZA 1LGCA 4WEFA 3D4KA 1EUTA 3WDTA 1SLIA 2WSUA 3N7MA 4J9TA 4MYEA 3ZSMA 2AUYA 4M3CF 1L7HA 4PBOA 4XIKA 3B01A 4FOVA 1NSDA 1SCSA 1CN1A 1QDOA 2B7YA 4ISQA 1R1ZA 4LBOA 1Z0HA 4YGBA 5GZFA 1IS3A 4ITCA 1LOEA 2RKCA 1INFA 2BERA 2C5DA 2F28A 1PZ7A 3WG1A 2A6VA 2E6VA 4XBLA 4WEGA 3OJBA 2WSVA 1X50A 2ZMNA 2A75A 1MVEA 4QN3A 3SANA 1W6MB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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