1N49A

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease variant: structural insights for better anti-viral therapy
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Viability of a Drug-Resistant Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant: Structural Insights for Better Antiviral Therapy
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1n49A00
4OBJA 2OHMA 5P7YA 3TOGA 5P71A 5P5WA 4Y53A 1PFZA 2P3BA 5P6YA 1D4KA 4Y3WA 5P4WA 4DJWA 2Z54A 2QI4A 5P10A 4DPFA 5DQ5A 3Q4BA 4RCEA 5P34A 4YCYA 3FNTA 3UFLA 3TPRA 2ER0E 3ST5A 4Y54A 4J1KA 2IKOA 2WF1A 1UH9A 4MC9A 2QZKA 6UPJA 3NDUA 2IGXA 3EKTA 3JW2A 5P1IA 5HE4A 1VIJA 1AAQA 1LV1A 5OZVA 3UDRA 3EL0A 2IRZA 2I4DA 4HDBA 3LNKA 5HDZA 2PMAA 3UFNA 1QBUA 2G26A 2QD6A 2QI7A 3NDTA 4D8CA 1MVPA 4NJSA 1ZBGA 4R91A 4NPUA 2R8NA 4B1DA 3ZKQA 4AMTA 5P7EA 7UPJA 5P4NA 1E81E 4YD4A 1MT8A 4A4QA 2ZGAA 4Z4XA 1TZSA 5P5BA 2VA6A 2ZJJA 5P2LA 4ZSPA 1TQFA 3SPKA 4Y4DA 3PMYA 4QJ9A 1EAGA 5P5RA 5P8TA 1K6PA 3BUHA 3RSVA 5P1SA 4YA8A 1KZKA 3SKFA 5OZYA 1T6GA 1GNMA 2BPVA 5HU1A 3ZKSA 2CEJA 1EC3A 5BWYA 2A4FA 5I3XA 5IE1A 1SBGA 5OYSA 2O4PA 4F73A 5P1HA 4Y38A 4RCFA 1APUE 1JLDA 4LBTA 1HOSA 2WHHA 4TRYA 4B72A 1YG9A 3OU1B 1ODXA 1EBZA 1QBRA 3KN0A 1M43A 3NLSA 4Y43A 3UDQA 1BWAA 2ZJMA 5AHAA 4Y3TA 1G6LA 5P6VA 3TOFA 1IBQA 4GB2A 1N49A 5P6FA 5DQ1A 3EKPA 3UTLA 1D4LA 5OZTA 5P7RA 3BC4A 4I0FA 5P58A 2Q54A 5P77A 2AOGA 1PPLE 5OZHA 5HU0A 1K6TA 3HBOA 5IVTA 2Q11A 4B70A 1HTEA 1W5YA 3MXDA 5HTZA 5P7UA 2JE4A 3CYXA 5P48A 5OZ6A 1IVQA 4LXAA 5P0EA 1TCXA 3LZYA 1FQ4A 5P00A 3UQWA 3VFAA 5P1BA 4U8WA 1M4HA 4YE3A 4Y58A 5P4IA 5EZXA 5P4ZA 4RZ1A 1LYAB 4HZTA 3TOHA 3LHGA 5P89A 4GJAA 1LYBB 3QAAA 4ZPFA 1M0BA 5P65A 2VIJA 5P5DA 3FNUA 5P1OA 3SA3A 3T7QA 1GKTA 1WBMA 5OYXA 3D1YA 4K4QA 5OZ4A 3JVYA 4J0ZA 1ZPAA 5EZZA 5P46A 5KOSA 5P67A 5P66A 3K1WA 5HE7A 1K2CA 3O9FA 5AH9A 4DJXA 2AVQA 3ZKXA 3U71A 1A94A 3QVCA 5P7MA 2VA5A 3NDWA 4J0VA 1K6VA 3U7SA 3O9LB 5P6HA 3BVBA 5P3SA 3PVKA 2AZBA 1W6HA 4HDPA 5OZKA 1A9MA 5P1RA 4TVGA 5P4RA 1BBSA 1KJFA 5P8KA 5P25A 4NJTA 2BQVA 1FLHA 2QZLA 4EJDA 4Y4GA 1AJVA 1HVHA 1XDHA 5P7FA 4M8XA 5P1LA 1AZ5A 4Q1NA 4Y5LA 3LPKA 5P7ZA 4DJRA 3QROA 3ER3E 3UDJA 4Y3DA 4DVFA 5P5KA 1YTHA 3T3CA 1QDMA 1GVWA 4CPUA 5P2WA 5P1GA 4QGIA 3HVPA 4RLDA 5P2JA 2OHNA 4QJ8A 2OAHA 3EM6A 5P8QA 1BDQA 3URIA 4KE0A 1MT9A 3I2LA 3DCKA 4B1EA 3NR6A 2PH8A 2IDWA 2FDEA 5P3LA 5BS4A 5P5OA 4J1EA 5P16A 2AVMA 1FQ7A 2AOCA 4XX3A 2QMPA 3PSGA 2ER6E 4EYRA 3CICA 3VYEA 4F74A 5P1EA 3RVIA 5P4BA 3QS1A 5P8EA 1PSOE 4J55A 1OEWA 5P28A 3OADB 4Y3QA 1PPME 5P62A 1BDLA 2RKGA 5P8HA 5P5GA 5P7DA 3Q70A 4X2LA 5OYTA 2QHCA 4J5JA 4L7GA 3OQFA 4YD7A 5P09A 3WB5A 2QU3A 5OZAA 2G24A 4CPRA 1EPQE 2P83A 3QRMA 4DQCA 2NXDA 1LZQA 3K5DA 5P3OA 3KT5A 4YD6A 4YD5A 1HIVA 1BDRA 1IZHA 5P08A 1LYWA 4L7HA 4PPHA 1SDTA 5P7CA 2QI1A 5P12A 4XX4A 2I4WA 5P3MA 5P41A 5IS4A 3HVGA 5P8RA 4Y5GA 2ZJIA 4YBFA 5KR8A 4DJPA 4Y3EA 4Y3JA 2FGVA 1APWE 4LXMA 3VLBA 5P5AA 4YOBA 3QN8A 5P70A 3DOXA 2J9KA 3EL1A 3MWSA 4KB9A 2ZHRA 3PJ6A 1HXBA 2R9BA 5P1KA 1EC1A 5ER1E 4RVIA 5P19A 5OZQA 1RV7A 3NU5A 4EXHA 3DK1A 3VF7A 4TRZA 3HW1A 5P75A 5P01A 4B77A 5P7OA 5DGUA 5P26A 5OZ5A 2B7FA 3EKXA 2XFJA 4ER4E 5P32A 1HSGA 1FB7A 4Q5MA 4PHVA 2ER9E 5P8IA 2R43A 2RMPA 4DUSA 4Y3PA 5I70A 3VFBA 1DIFA 2AOIA 5P0HA 4BEKA 4LL3A 3BXSA 2QZXA 4B05A 2Q5KA 3QPJA 4LXKA 5P8MA 4WTUA 1BXQA 2PK5A 2WJOA 1BAIA 5P43A 5P1UA 1YX9A 4Z22A 2G27A 2BKSA 4MC2A 1J71A 5I3VA 3OXWA 5P40A 1EPME 5IVQA 3RU1A 5OZDA 1BVGA 2FIVA 3VF5A 3ECGA 5P6TA 1EC0A 9HVPA 2WEDA 5OZLA 2XYFA 2AZ8A 2FDPA 1T7IA 5P0WA 4HE9A 5E5JA 5OZPA 1T3RA 2F8GA 5P23A 1QS8A 1MT7A 4GJCA 4Y5CA 1YTGA 1FQ6A 2QAKA 2AZCA 1HEGE 3OAGA 3H0BA 4J1IA 2ZHVA 5P7AA 1ZLFA 5P81A 3SFCA 3TTPA 3RSXA 2VIEA 5P5CA 1DW6C 1W6IA 1LEEA 5OZUA 2BPWA 4HLAA 4Q1WA 3EL5A 2R3TA 3PRSA 5T4SA 3LITA 3NU4A 2QI0A 3KDBA 5P8GA 2JYSA 3L5FA 3KMXA 3OTSA 4I0JA 3NWQA 1HSHA 3BHEA 3OU4A 2ZJLA 4JP9A 2P8HA 1HHPA 5SXNA 5P0DA 2NNPA 2HB2A 2IENA 3EM3A 5KR2A 2OHTA 1ER8E 3FIVA 4N00A 3VUCA 3ZPSA 5P5IA 4ACXA 4OD9A 4GJDA 5P60A 1B6MA 2NNKA 4Y3YA 3HD8A 5P79A 2VJ9A 3QBFA 3BGCA 3PHVA 2HS2A 5P4CA 2AOHA 5P2OA 3WZ6A 3OUDA 3INEA 2AQUA 3LIXA 4IVTA 1NPWA 3R0WA 2HIZA 2F3FA 3L5BA 3ER5E 4J0YA 5P6SA 2VNMA 3EXOA 1RQ9A 3LZVA 3UQPA 1EBWA 5JFPA 5DPZA 2I4XA 2I0AA 1HPSA 5KR1A 5P3QA 4J1FA 1B5FB 1EC2A 1D4IA 2R5PA 2AVOA 5DQCA 5P6RA 5CLMA 2HPEA 5P3PA 2J9JA 4GJ8A 2UXZA 4YCTA 1D4SA 3KM4A 1FIVA 1LF3A 3INHA 3LIYA 3GW5A 4Y4JA 3OUCA 1SH9A 4J1HA 3BUGA 4Y56A 3CKRA 2QMDA 3OQKA 2QU2A 1IIQA 5P15A 3S53A 1MUIA 4CMSA 4I1CA 3R4BA 2PWCA 5P05A 5P36A 5P1AA 2VNNA 3GI6A 4ZSQA 4DPIA 2AOJA 4HEGA 5IVSA 5P1DA 4ZSRA 3NDXA 3FSMA 2H6SA 4F75A 4Y3SA 4I0ZA 4QLHA 3PWWA 5P2UA 5OZIA 5P6WA 4H3JA 5P0TA 3WSJA 1MSMA 4LHHA 3FV3A 5P3ZA 2FXDA 3IN4A 1KJ7A 3HAUA 5SY2A 5P1ZA 3ZPUA 3IVHA 1HXWA 2IS0A 2G1NA 5OZEA 1LF2A 5P4PA 2AZ9A 1W5VA 5P7KA 3QP0A 1IVPA 4PYVA 1SGZA 1MSNA 1TCWA 4ZEAA 5P6GA 4OC6B 5ISJA 4CKUA 3OY4A 4FAEA 2V11C 5P06A 1A30A 5P8DA 2ZHUA 3DUYA 4DJYA 4I8WA 2B60A 5P7HA 2FNTA 1PPKE 3DM6A 4J54A 5P3YA 5P2BA 5P5JA 4K9HA 4EP3A 1MESA 3EKQA 2ASIA 3EMYA 5P0JA 5P0OA 4LC7A 5P0AA 1FQ8A 3GI5A 4ER2E 5P6MA 2I4UA 1HRNA 5P4MA 2WECA 5P2AA 5HD0A 3INDA 4ZPEA 1W50A 5P4EA 4YOAA 4Y3ZA 3INFA 3OGPA 4FIVA 4R93A 2HM1A 2AODA 5KAOA 1G0VA 2G1SA 2G1YA 5P57A 3PLDA 4FM6A 1ZAPA 5P0XA 3EC0A 4LP9A 5P8FA 4Y3HA 4QJ7A 5OZ7A 1OD1A 1YT9A 3O9DA 3OOTA 5P8CA 5P6LA 5P38A 1GVVA 5AH7A 4YHQA 3IGBA 2OHRA 3CKTA 4Y3LA 4BFBA 5P0IA 4QJ6A 4R8YA 4RYCA 5AHCA 3LPIA 5P37A 5P6PA 3NWXA 1NPVA 2WL0A 4Y5AA 1IZEA 2H6TA 5P6IA 3L3AA 3B80A 3UDYA 1HIIA 4Y3NA 5P6OA 1KJHA 1T7KA 5P33A 3GI0A 5P5EA 3S8IA 1Q9PA 5P0MA 3KYRA 4CPXA 5P8PA 4RVXA 2NPHA 5P8LA 5P4AA 5B18A 2V10C 5P2NA 2ZHSA 4RYGA 3OOZA 3CIDA 2PYNA 3B7VA 5P35A 3PSUA 4Y36A 1IZDA 5P2GA 3OXVA 3KT2A 1WBKA 4D88A 1E80E 3OXCA 4D85A 1HVIA 5HCOA 5P3CA 3VV6A 1W5WA 5OZXA 4EP2A 2WEBA 3UPJA 5P84A 1BILA 4L1AB 4XKXA 5P5XA 5P1YA 5P3IA 2WEAA 3SABA 2PWRA 3PEPA 3DJKA 3OQAA 2QNNA 4FCOA 5P7SA 1B6KA 3S45A 4DV9A 1QRPE 5P2FA 4YD3A 2QHZA 2QNQA 3WB4A 4OBDA 4Y9WA 3UDPA 1SP5A 1EPPE 3O9BA 5OZGA 5P0VA 3SA8A 4OBZA 3TKWA 3FNSA 2BJUA 4Y5EA 1TSQA 3EKVA 1SMEA 5P20A 3KFSA 5P4OA 4S1GA 1XL5A 5P5LA 1BV7A 1BWBA 3IA9A 3PBZA 3UDHA 1XE5A 3DV1A 1D4YA 4GJ6A 3KDDA 3QVIA 5C9FA 3KMYA 1NPAA 4Q1YA 5P39A 4RRNA 3PWMA 4AA9A 5SY3A 5IVRA 5OZ2A 4ER1E 3WZ7A 3VYFA 4QJ2A 4Y5PA 3ZOVA 4DI2A 3OXXA 3GGXA 2ZHTA 1T6EX 4CP7A 3WZ8A 5P04A 2OHSA 2VJ7A 5P6ZA 4Y4TA 1BV9A 2HAHA 5P69A 4L7JA 4I0EA 5OZWA 3QRVA 2QP8A 2Q55A 5P11A 2QZWA 5BRYA 4Z2ZA 1MTBA 3CMSA 4I0GA 5P45A 5P7IA 5P0CA 3QRSA 1IDAA 3NYGA 3LZSA 1AVFA 1K2BA 4WY1A 3I6OA 4H3IA 5P31A 5P3VA 4JPCA 2HC0A 2AVSA 5P3JA 2QI6A 5P7PA 3K5FA 3EBZA 2RENA 3S2OA 3TPJA 2CENA 4Y4XA 2QMFA 3PB5A 4KE1A 4R95A 5P4GA 2WF0A 4PZXA 2G21A 3UQRA 5AH8A 5P07A 3KFRA 5P5ZA 2G94A 5F00A 5P2ZA 4EJKA 4R5NA 1RPIA 4OBKA 1SIVA 1YTIA 3L59A 2QNPA 2XYEA 2NMZA 5P5SA 4EWOA 2PC0A 3OQ7A 4HA5A 5P86A 5AGZA 4YDFA 3RTNA 2ZJKA 4DQBA 2AOEA 1HVSA 5P2SA 4I11A 3S85A 3I25A 5P2MA 3ZKIA 4AZYA 4GIDA 5P2HA 4EHCA 3S54A 1G35A 5P1VA 5P5NA 5C9BA 3K5CA 5P83A 5P4XA 4DJVA 3N4LA 2CEMA 5P2KA 2IKUA 4RGHA 1NSOA 1ODYA 3PMUA 5P4QA 5OZZA 3MSLA 1GVUA 3T7PA 2V16C 2Q15A 3MSKA 1ME6A 1W51A 4LAPA 5OZSA 5P30A 1UH8A 2QMGA 5P4YA 1XE6A 2QD8A 2SAMA 2ZDZA 2P4JA 5JG1A 4HVPA 1A8KA 4JPEA 5P6AA 5P6QA 5OYVA 3O9CA 3OU1A 1F7AA 5APRE 5P17A 5OZ9A 3L5CA 1MRXA 4Y3XA 5P2CA 4TRWA 3PBDA 5P7VA 3S43B 3EKWA 3U6AA 1RNEA 3OUBA 3D3TA 3SLZA 5P68A 4XXSA 4WY6A 5HDUA 3NUJA 5P5MA 3QIHA 4GYEA 2V13A 4ZSMA 2WF3A 5DGWA 1E5OE 5P14A 4I0IA 3MXEA 6FIVA 5P3EA 1HTGA 3L38A 5P1XA 3IN3A 4U7QA 1HVCA 3KFPA 5KQZA 3O9AA 1HPXA 1PSNA 1FMXA 5P0GA 3N3IA 1LS5A 2QK5A 4Y4EA 2G20A 4FSLA 3GGVA 5P44A 1LYAA 5E5KA 2V0ZC 2FLEA 1A8GA 2EWYA 2PYMA 3CKPA 5P56A 1EEDP 1ZTZA 4U7VA 5OYQA 1U8GA 5P7GA 1LYBA 3ZLQA 5P0SA 3VYDA 2FDDA 5P61A 1C6ZA 3T6IA 4I12A 3D1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBJ A;  2OHM A;  5P7Y A;  3TOG A;  5P71 A;  5P5W A;  4Y53 A;  1PFZ A;  2P3B A;  5P6Y A;  1D4K A;  4Y3W A;  5P4W A;  4DJW A;  2Z54 A;  2QI4 A;  5P10 A;  4DPF A;  5DQ5 A;  3Q4B A;  4RCE A;  5P34 A;  4YCY A;  3FNT A;  3UFL A;  3TPR A;  2ER0 E;  3ST5 A;  4Y54 A;  4J1K A;  2IKO A;  2WF1 A;  1UH9 A;  4MC9 A;  2QZK A;  6UPJ A;  3NDU A;  2IGX A;  3EKT A;  3JW2 A;  5P1I A;  5HE4 A;  1VIJ A;  1AAQ A;  1LV1 A;  5OZV A;  3UDR A;  3EL0 A;  2IRZ A;  2I4D A;  4HDB A;  3LNK A;  5HDZ A;  2PMA A;  3UFN A;  1QBU A;  2G26 A;  2QD6 A;  2QI7 A;  3NDT A;  4D8C A;  1MVP A;  4NJS A;  1ZBG A;  4R91 A;  4NPU A;  2R8N A;  4B1D A;  3ZKQ A;  4AMT A;  5P7E A;  7UPJ A;  5P4N A;  1E81 E;  4YD4 A;  1MT8 A;  4A4Q A;  2ZGA A;  4Z4X A;  1TZS A;  5P5B A;  2VA6 A;  2ZJJ A;  5P2L A;  4ZSP A;  1TQF A;  3SPK A;  4Y4D A;  3PMY A;  4QJ9 A;  1EAG A;  5P5R A;  5P8T A;  1K6P A;  3BUH A;  3RSV A;  5P1S A;  4YA8 A;  1KZK A;  3SKF A;  5OZY A;  1T6G A;  1GNM A;  2BPV A;  5HU1 A;  3ZKS A;  2CEJ A;  1EC3 A;  5BWY A;  2A4F A;  5I3X A;  5IE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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