The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
281
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sequence length |
1023
|
structure length |
1023
|
Chain Sequence |
MPNLLLNPDIHGDRIIFVCCDDLWEHDLKSGSTRKIVSNLGVINNARFFPDGRKIAIRVMRGSSLNTADLYFYNGENGEIKRITYFSGKSTGRRMFTDVAGFDPDGNLIISTDAMQPFSSMTCLYRVENDGINFVPLNLGPATHILFADGRRVIGRNTFELPHWKGYRGGTRGKIWIEVNSGAFKKIVDMSTHVSSPVIVGHRIYFITDIDGFGQIYSTDLDGKDLRKHTSFTDYYPRHLNTDGRRILFSKGGSIYIFNPDTEKIEKIEIGDLESPEDRIISIPSKFAEDFSPLDGDLIAFVSRGQAFIQDVSGTYVLKVPEPLRIRYVRRGGDTKVAFIHGTREGDFLGIYDYRTGKAEKFEENLGNVFAMGVDRNGKFAVVANDRFEIMTVDLETGKPTVIERSREAMITDFTISDNSRFIAYGFPLKHGETDGYVMQAIHVYDMEGRKIFAATTENSHDYAPAFDADSKNLYYLSYRSLDPSPDRVVLNFSFEVVSKPFVIPLIPGSPNPTKLVPRSMTSEAGEYDLNDMYKRSSPINVDPGDYRMIIPLESSILIYSVPVHGEFAAYYQGAPEKGVLLKYDVKTRKVTEVKNNLTDLRLSADRKTVMVRKDDGKIYTFPLEKPEDERTVETDKRPLVSSIHEEFLQMYDEAWKLARDNYWNEAVAKEISERIYEKYRNLVPLCKTRYDLSNVIVEMQGEYRTSHSYEMGGTFTDKDPFRSGRIACDFKLDGDHYVVAKAYAGDYSNEGEKSPIFEYGIDPTGYLIEDIDGETVGAGSNIYRVLSEKAGTSARIRLSGKGGDKRDLMIDILDDDRFIRYRSWVEANRRYVHERSKGTIGYIHIPDMGMMGLNEFYRLFINESSYQGLIVDVRFNGGGFVSQLIIEKLMNKRIGYDNPRRGTLSPYPTNSVRGKIIAITNEYAGSDGDIFSFSFKKLGLGKLIGTRTWGGVVGITPKRRLIDGTVLTQPEFAFWFRDAGFGVENYGVDPDVEIEYAPHDYLSGKDPQIDYAIDALIEELRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Navigation Inside a Protease: Substrate Selection and Product Exit in the Tricorn Protease
from Thermoplasma acidophilum
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermoplasma acidophilum
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
tricorn protease
|
| total genus |
281
|
| structure length |
1023
|
| sequence length |
1023
|
| chains with identical sequence |
C, E, G, I, K
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2002-11-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03572 | Peptidase_S41 | Peptidase family S41 |
| A | PF07676 | PD40 | WD40-like Beta Propeller Repeat |
| A | PF14684 | Tricorn_C1 | Tricorn protease C1 domain |
| A | PF14685 | Tricorn_PDZ | Tricorn protease PDZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Tricorn protease N-terminal domain | ||
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Transcription Regulator spoIIAA | Transcription Regulator spoIIAA | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K32 A; 2Z17 A; 1VAE A; 3E17 A; 4IC6 A; 2HE4 A; 2P9S C; 4KFM B; 1UYV A; 1Y7O A; 5FKS A; 1P1D A; 1W9Q A; 2P3W A; 3CBX A; 4QQE A; 3SWX A; 1RJN A; 4J8G A; 1LCY A; 2GNQ A; 2CO0 C; 4JOK A; 2ZL2 A; 3SXT D; 1UM1 A; 2CE8 A; 3V5E A; 2BZR A; 3SHU A; 4CZV A; 1RY4 A; 1WIF A; 4Q3H A; 3WKM A; 2DUB A; 1WI2 A; 3LNX A; 2IUQ A; 5HE2 B; 5DU6 A; 5CTB A; 4HDJ A; 2QBW A; 3VQF A; 4E35 A; 2H6N A; 3E0C A; 4FWW A; 2X58 A; 4CY3 A; 2VWR A; 3R0O A; 2DJT A; 5GXI A; 3T8B A; 2PKT A; 1VA8 A; 3OKY B; 3TSW A; 2IAA A; 3I89 A; 4ZDF A; 3EI2 B; 2JIL A; 3PV4 A; 4J82 A; 2UZF A; 1R6J A; 1NTE A; 1WFG A; 4LMM A; 3HFQ A; 3VA6 A; 4BH6 A; 4L8K A; 3GF7 A; 2CSJ A; 3GSL A; 1S4U X; 2QKT A; 2W7R A; 3JRP A; 2X7Z A; 5THA A; 2M0T A; 4JWV A; 4WCZ A; 1DUB A; 3FF6 A; 4NXP A; 1FCF A; 2LC7 A; 2CE3 A; 2Q35 A; 3P4F A; 3I47 A; 2KG2 A; 3R68 A; 2QXV A; 3HE2 A; 4FB8 A; 2KOH A; 2OQS A; 3QXI A; 1J7X A; 4Z8J A; 4Q0G A; 2ZL3 A; 3G64 A; 5HEY A; 5E6P B; 2QG1 A; 4JOR A; 3DJ3 A; 3AH8 B; 3FRX A; 2OIZ A; 3MXX A; 1UEQ A; 1GG2 B; 1GP2 B; 1R5M A; 3DWL C; 3RN0 D; 2I0S A; 1MJ3 A; 2JIN A; 1V6B A; 1PEV A; 3C99 A; 2DLU A; 2VZ5 A; 1U38 A; 2V1W A; 1EY3 A; 4FAV D; 1TG6 A; 4J86 A; 2JWE A; 3RLE A; 3IJ1 A; 3ID1 A; 3I7H A; 4QRJ A; 1X0U A; 5IKL B; 2YB8 B; 4F8K A; 3I4W A; 1SQJ A; 3P85 A; 2JXO A; 2HKM A; 2HJB A; 4NNQ A; 2EGN A; 4L6W A; 5H1M A; 4UI9 R; 5GXH A; 3RFH A; 2ZPM A; 2EHR A; 1X5N A; 1W9O A; 3NVX A; 5H14 A; 4ZN4 A; 3GKB A; 5HJ1 A; 1OBY A; 3O46 A; 2ZL0 A; 4JOG A; 4JFC A; 4KD6 A; 1MG3 A; 3PE7 A; 4Z0M A; 2QQ3 A; 2XL3 A; 5GSA A; 4Z8L A; 4CY1 A; 5AFU 3; 3JAM g; 4MPA A; 3IKO A; 3ID4 A; 4LG8 A; 2QKV A; 3PXW D; 3GRE A; 3V7D B; 4JCQ A; 1IHJ A; 1UJV A; 4FA4 D; 4OEP A; 4H11 A; 3OME A; 5DU4 A; 2PNT A; 1FWX A; 1TE0 A; 1MG2 A; 2CN2 A; 3EI3 B; 3IIW A; 4J77 A; 4JSX C; 4MK0 B; 3SFZ A; 4EDJ A; 2J5G A; 4GMB A; 1JXZ A; 3V5I A; 2YBA A; 3L4M D; 4J8B A; 3K1R A; 2H6Q A; 5I5I A; 1WH1 A; 1X5Q A; 2PA1 A; 4O3T B; 3HRX A; 3TT7 A; 2H14 A; 4FHL A; 5G1D A; 2EEI A; 4NMT A; 2P9P C; 4FN7 A; 4A0B A; 1XHM A; 2FW2 A; 4A0A A; 5EAP A; 3C9C A; 3TVU A; 2ENO A; 4G56 B; 4KPK A; 5FUS A; 5HED A; 4PXW A; 4J81 A; 4ERY A; 3JB9 L; 1SOZ A; 2CO0 A; 1SOT A; 3ZW9 A; 4Q2Q A; 2D92 A; 2J5I A; 2O2T A; 4JL7 A; 2AGL A; 2IWF A; 5IGO A; 4E5Z B; 3QRE A; 4JSB A; 3SLE D; 1OLZ A; 3R9S A; 3UVO A; 1X6D A; 3TSV A; 2I3T A; 2P9I C; 5FXY A; 3RL7 A; 4L8N A; 2Q3G A; 4L3H D; 2KBS A; 4X3E A; 3IB9 A; 3EI1 B; 4U0G H; 3EG6 A; 4OZU A; 2OS6 A; 2M10 A; 2PM6 B; 1N99 A; 1JOF A; 1MFL A; 3UR4 A; 2L4S A; 1QAV B; 2B5M A; 4H5J A; 2C8T A; 5C2V B; 1BE9 A; 2VRF A; 4GM3 A; 1QAU A; 2GTR A; 5HQG A; 1PI6 A; 4Y7R A; 5TEF A; 1UEZ A; 1VJ6 A; 4X61 B; 5KDO B; 3U9S B; 5KDR B; 2H3M A; 2HE2 A; 4CZX A; 2UZX B; 3CIK B; 4FB1 D; 2P9L C; 2IWQ A; 3KTG A; 4JOE A; 3QYR A; 1K39 A; 5GND A; 2EV8 A; 4BUJ C; 2VSS A; 4NEK A; 4NMS A; 1X8S A; 4YLH A; 3H81 A; 4U19 A; 1RZX A; 5EYZ A; 2H9M A; 4ERZ A; 4IA9 A; 3KTK A; 2EDV A; 3QO6 A; 1WZ8 A; 2F6I A; 2V90 A; 3OTT A; 4ZDC A; 4FJW D; 1I16 A; 2J5I B; 5G1S A; 3AL9 A; 3TLF A; 2GC7 A; 3L4F D; 1RGW A; 3WKL A; 3ORV D; 5EMM B; 3K8X A; 1RI6 A; 2WL7 A; 5DUF A; 4CI8 A; 4DI1 A; 1FC7 A; 1SG4 A; 1UYT A; 2B4E A; 3PV2 A; 2OCS A; 3H02 A; 3Q0G A; 3Q0J A; 5CXC A; 2IEX A; 2PDZ A; 3GGE A; 1B9Y A; 3MZL A; 2DB5 A; 2EEJ A; 4JCT A; 5HFE A; 3NJB A; 3I2N A; 1Z86 A; 1JJU B; 5C90 A; 2VSU C; 2I6V A; 4Q6H A; 1JMZ B; 4K72 A; 3C5M A; 5I5M A; 1TYF A; 3PS4 A; 4NXR A; 3EU7 A; 3LKE A; 5KDR A; 1L6O A; 1OZI A; 3DIW A; 3GLM A; 3SCY A; 3KTI A; 4J84 A; 1P22 A; 5TEE A; 5IJ8 E; 4Q1I A; 4YDP A; 2DM8 A; 5EAM A; 4CI3 A; 2EXG A; 3PSC B; 4FA9 D; 3L4O D; 3GDU A; 1Q52 A; 1XNV A; 3QK8 A; 5E0S H; 3STJ A; 5SXM A; 3NFL A; 2B5N A; 2F9I A; 3JRO A; 1NZY B; 4RI0 A; 1YBO A; 2KL1 A; 3ULE C; 1WF8 A; 4NMR A; 3NVQ A; 2EDZ A; 4FA5 D; 3BPP A; 2CN3 A; 4GHN A; 1T2M A; 2HKR A; 2Z2P A; 2VSV A; 5CYK A; 5DTP A; 4UU6 A; 3MZK A; 1IU2 A; 3GFC A; 3MYB A; 4FZW C; 2LA8 A; 1UF1 A; 2EDP A; 4NMV A; 2BCJ B; 3HP0 A; 2KAW A; 3QDO A; 1VYH C; 3IJC A; 2BYG A; 3EI2 A; 4U18 A; 5DU8 A; 2YT8 A; 3RRV A; 1PDR A; 1EF8 A; 5KJP A; 3PDV A; 2VSU F; 1KWA A; 4GVC A; 5E21 A; 2H9L A; 1UYS A; 2P9N C; 4QT8 A; 1P1E A; 2FE5 A; 1G9O A; 3B76 A; 4X63 B; 4A08 A; 2GZV A; 4U0H A; 3J81 g; 3PSL A; 2X24 A; 5IGQ A; 3M6M A; 4FGM A; 2CNX A; 3WG5 A; 4D6V A; 5FA5 B; 4AOW A; 1NZY A; 5G1E A; 2F9I B; 3LAO A; 5HFD A; 2OVP B; 3BEZ A; 4KFV A; 3ID3 A; 2K1Z A; 4Q2P A; 3H0U A; 3KRW B; 5G1Q A; 5JBX A; 2H6K A; 3IIY A; 5CYK B; 5EML B; 4FAN D; 2J5I I; 1Q3O A; 3M6N A; 3NFK A; 3PDZ A; 2QT5 A; 2HGA A; 5B6L A; 2ZQR A; 4PSW B; 3H0Q A; 1WJL A; 4JCR A; 5MGB A; 3B7F A; 2E7K A; 2W3P A; 3KTJ A; 4KWB A; 2B5L A; 3PXT D; 4E3B A; 2LOB A; 4GZ8 A; 2I0T A; 3SLL A; 2KPL A; 3DJA A; 2Z2N A; 1X5R A; 2DLS A; 2YUY A; 2HES X; 3AL8 B; 1EF9 A; 3GMA A; 3T89 A; 4A08 B; 4Q6S A; 2H47 A; 5A2Q g; 5INF A; 5A2P A; 2I4S A; 3TSZ A; 5TF2 A; 2G2L A; 1KY9 A; 3I1E A; 4IZD A; 5TDH B; 4GGA A; 1KEF A; 2KOJ A; 1RJM A; 2G99 A; 2KPK A; 1U37 A; 2XYI A; 2M3M A; 2H2C A; 4OG1 A; 4A09 B; 3PEA A; 4K3I D; 2PKU A; 2KQF A; 2PPY A; 2OJY A; 5EM2 B; 4GQB B; 2JRE A; 3PXS D; 3K82 A; 3UVL A; 4BL0 A; 4MXI A; 2EBS A; 1SZO A; 5HFF A; 3P2L A; 1N6F A; 4CZY A; 4ELX A; 4ZDD A; 3KRX B; 3EI3 A; 4JYL A; 4JXM A; 2IWN A; 4L3G D; 3CYY A; 2GC4 A; 4IMM A; 4I52 A; 1IU0 A; 2EEH A; 3HVQ C; 1U39 A; 5HDY A; 1B8Q A; 3QIK A; 3GDV A; 4OAJ A; 2IUP A; 3QGL A; 3EMH A; 2CBY A; 3PVW B; 2VSU A; 4I79 A; 5EAR A; 2ZL4 A; 4OEO A; 3A0F A; 5IT9 g; 4XYH A; 2LUI A; 2KOM A; 3CBZ A; 4CC9 A; 1NEX B; 3AL8 A; 3F3G A; 2MX6 A; 3KZE A; 1XO6 A; 2H68 A; 3PZK A; 3T88 A; 1N7E A; 4GQ1 A; 4HNK A; 2ZQQ A; 4Q2O A; 4A0A B; 3OC7 A; 4WYO B; 3QJN A; 5G1R A; 2OMJ A; 2Q34 A; 3ST9 A; 4QL1 A; 2I04 A; 2IUR A; 1MDA H; 1I92 A; 3FM0 A; 3HPK A; 4XHV A; 4L9O A; 3OU0 A; 4O1Q D; 4LGN A; 1OBZ A; 2KRG A; 5AJA A; 4JSV C; 3OTP A; 2H13 A; 4PC0 A; 1ON9 A; 3LNY A; 2FZS A; 5E0S A; 2PZD A; 3RN1 D; 2VSU E; 3BWS A; 4A09 A; 4RYF A; 5HE0 B; 2AWU A; 3AFC A; 1A0R B; 4GGC A; 4U1E I; 3VIV A; 5FKT A; 5I5J A; 2KJP A; 3RSE C; 4IZC A; 3TT6 A; 4F47 A; 2YMU A; 3PE8 A; 1V1T A; 2AGZ A; 3EI1 A; 4ELW A; 2M0U A; 3HIN A; 4K2N A; 2XU7 A; 5CXB B; 2TRC B; 2YTW A; 3W15 A; 1UJD A; 4K3W A; 1FC9 A; 2WTB A; 3HLN 1; 3O5N A; 2MTA H; 3UKR C; 1PGU A; 4OWR A; 1NR0 A; 5HFB A; 2PG8 A; 2VSS F; 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