1N76A

Crystal structure of human seminal lactoferrin at 3.4 a resolution
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
690
structure length
690
Chain Sequence
RRRSVQWCTVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNDAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of human seminal lactoferrin at 3.4A resolution
pubmed rcsb
molecule keywords LACTOFERRIN
molecule tags Antimicrobial protein
total genus 193
structure length 690
sequence length 690
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A03
3PV0E 1IXHA 1S50A 1R6ZA 3FD3A 3O6IA 3ILUB 4WEPA 2UXAA 3GXAA 4PQJA 2XX8A 4F18A 3PMVA 3OOAA 3V8XB 4DXUA 3LSFB 4OEUA 5IAIA 2D3IA 4ZEDA 1MY3A 2XD3A 3MQ9A 3H3GA 4TLLB 4G8MA 1N84A 1MM6A 2DYXA 4KYDA 4GWOA 4QFPA 5H8HB 2ALUA 3K6XA 4YKKA 2I3WA 3TUSA 3MP8A 3K4UA 2QJEA 3SEXA 2BJJX 5J1DA 4LP2B 3GBBA 3B6TA 1B3FA 4MFIA 3Q28A 4XKNA 2Y7IA 1OQGA 4EUOA 1VR5A 3LUYA 5CMCA 3VLWA 2DWJA 3SEYA 1QKAA 2NVUB 5I84A 3RLFE 4NF8B 3PUXE 1B51A 2XXWA 1POY1 1FW0A 4OWDA 5CRYA 3CR9A 2QRYA 4KR5A 1A7LA 3B6WA 1EU8A 1Y3QA 1SYIA 3E9XA 1ANFA 3OO9A 4OENA 1FQFA 2FNCA 1RKMA 4WKMA 1M5BA 1OQHA 4GD5A 3T96B 4C1UA 2RCBA 5DVFA 5I59A 4N07A 5TPAB 3TTNA 2Q2AA 5A5XB 1B40A 5AA2B 2IEEA 3EPEA 3MPLA 3K6UA 1AMFA 5DEXA 3H6WA 2NXOA 2XXIA 4POWA 1GR2A 3OSQA 1ELJA 2V93A 3FVNA 1AIVA 3C35A 1DPPA 4RXLA 1URDA 2I4CA 2HCAA 2O1MA 3TZAA 4BDLA 2OCUA 4R2BA 3U94A 4DXBA 3S9LC 2R9JA 4H67A 4F29A 2RINA 1SW1A 3T22A 1WODA 4PFTA 1POTA 2ZYOA 2O84X 2O7UA 3HCQA 2F6PA 4DLDA 1RYXA 4PE5B 3OD7A 3QXMA 4KFQA 4ZECA 2F34A 2QS1A 3O9PA 3OSRA 2O68A 3CFZA 5I58B 4G2ZA 4I1DA 1LFHA 3KN8A 3RT8A 5CI5A 1LGBC 4E0XA 4EDPA 4XXUA 2O1LA 1I6AA 3DP8A 1URSA 3OELA 3KGCA 3A09A 3C33A 5JTYB 4F1VA 2WKYA 3V5AA 4R74A 5TU0A 4PFUA 4HS7A 5KDTA 2ZYKA 3KOTA 3HHFA 3MP6A 1FQEA 1NNFA 5CMMA 2F7CA 4QSDA 4FECA 1OMPA 2F78A 3GZGA 3H7MA 4X1BA 4FAJA 3ZS6A 4ND9A 1H43A 2ONKE 1B3GA 1EH3A 3BFUA 3MW0A 3K02A 2H99A 3PUZE 1GVCA 2ZNSA 4HCYA 1YPNA 2QS4A 4R6KA 4F39A 1ZKBA 4XIGQ 5EYFA 4BDNA 2UVIA 4QRZA 1N04A 4JBZA 4QFLA 1MXUA 1N3WA 1B2HA 1DSNA 1EZOA 4ZEIA 3SETA 1NFTA 3C4MA 5I2NB 4OMBA 5K2XA 1XOCA 3VV5A 4XTCQ 2P2AA 4RNSA 3G3KA 1CE2A 1Y3PA 5F1QA 3VXCA 3RT6B 4QFKA 3RNNA 1S7YA 4G8HA 4FE8A 4NF4B 2XXHA 1I6QA 3WAEA 5A5XA 1IXGA 3PPPA 1B6HA 3RPWA 4LQ2A 4F1UA 1AOVA 4U23A 2OK2A 1B4HA 1NMUA 3I5OA 1ZLQA 4GXSB 4DZ1A 3B6QA 5F7VA 4JDFA 1XS5A 3RGYA 2ZXTA 4ESWA 3IOUA 1FQCA 4XKRA 3VVEA 3VFJA 3IJOB 4UACA 2HZKA 2O51A 4LA9A 5H8FB 1PBQA 3RTWB 1OVTA 1AL3A 3UN6A 3IK6B 4Z7EA 4R73A 1Y3NA 3H4ZA 1HSEA 2XHDA 3UP9A 2RKMA 2H25A 2Y7WA 3T9VA 4EF1A 2CMOA 2NWJA 4UA8A 4IO2A 1USYE 5I58A 4U22A 1USYH 3T66A 2V84A 1YCJA 2V25A 5KCJB 3U1OA 3I3VA 3CG3A 3FJMA 4IO5A 4IY5A 4G4PA 2XXYA 3LC8A 3Q27A 1MXYA 3O97A 5CMBA 3L6HA 3JZJA 4HW8A 3TPAA 3ZSFA 2HZLA 1H45A 1FTMA 2ZNTA 1A8EA 3KJTA 3R7XA 1LAFE 3HO7A 4PFWA 5CC2A 4Q0CA 3RY3A 3U72A 3UK4A 3IB0A 4O3CA 3IO4A 4O3BA 1LAHE 5M2VA 5I2KA 1B0LA 4IY6A 2HXWA 5ISUA 4DCYA 4PP0A 1UTBA 2F7AA 4YB7A 1P1UA 3H6VA 1IXIA 1D4NA 2V3TA 2IA4A 3O6HA 5EHSA 3PGFA 2DXYA 2I58A 4ZEKA 4RK2A 2H9BA 2A5SA 5HM4B 3TTMA 3U93A 3MVYA 1B3EA 4NTLA 2OWTA 2H4IA 2X26A 4I9DA 1J1NA 4F3GA 4JSDA 3JYRA 3FV1A 4PETA 2PMSA 3SEVA 2B3BA 1Z7NE 1SD3A 4PFYA 5I56B 3FJ7A 1B7UA 3G3IA 3FIRA 4R2FA 3TMGA 4R72A 4H6DA 2HAVA 4GLIA 4DDDA 4R9GA 4DXCA 4RPOA 2XXUA 3ZKKA 4QFNA 3EQ1A 5LOMA 3M3FA 4EQ9A 2DQVA 3SDFA 5H8QB 1H76A 5DYHA 4LATA 2THIA 3HSTA 5TP9B 4U4SA 2QPQA 4G68A 3IX1A 3PPOA 4JXIA 2NUVA 5DVIA 5H8SA 3TQWA 3QUFA 1JVXA 2FYIA 2AL5A 3K1MA 1BTJA 3N6UA 4NMYA 1SI1A 5CMKA 1TWYA 2XXXA 1US4A 2XXQA 4F3BA 3BBRA 3K01A 1FTKA 4ESXA 1NNKA 1B5IA 3PPNA 1PB7A 4ZE8A 1US5A 2YJPA 4GRKA 1N7WA 4JB7A 4MBPA 4RYAA 5AA2D 1FCKA 4EXKA 3TTLA 1JETA 1LB8A 1BKAA 2M8CA 3S2VA 4OHNA 5K2YA 2FA7A 3VE1B 1SQYA 4IO4A 1Y20A 1UTHA 2RC7A 1S9TA 2O6AA 1MQGA 4M1VA 5I57B 3OENA 3TTKA 5IKBA 5AA4B 4QHQA 1SYHA 1JEVA 3VVFA 3RN8A 1P1QA 3PPRA 1MXXA 2HAUA 2ZYMA 2DSFA 1IUDA 1MXWA 3Q25A 3OMBA 2PBWA 1SVXB 4IO6A 1JQFA 1MQJA 1SW4A 1QKBA 3EHTA 5HPQA 1A8FA 3PMXA 5FTHA 2D21A 3K0VA 3LSXA 2UYEA 1O63A 4KCCA 3FXQA 4QSCA 4ELPA 1NL5A 3DM0A 4YAHX 3M8UA 1DTGA 2DP8A 4X1DA 2O69A 3H6UA 2NOOA 4NF5A 3MP1A 4F2QA 4RPNA 5DVJA 5H8NA 2LAOA 5I56A 2P0SA 3LBSA 3N94A 1P1WA 4GFRA 4AB6A 3CSBA 4R9FA 3TCFA 1URGA 4QSEA 1BLFA 4QFOA 4M4GA 3O2AA 4OVJA 2A5TA 1PEBA 1YAEA 1GGGA 3VLVA 5FTIA 4I8CA 4LZ8A 4U1OA 5L9SA 5CBRA 3CI8A 5AE4A 4X9TA 3Q26A 3TCHA 3U92A 1D9YA 2X7QA 1IEJA 1ZTYA 3IOTA 4F31B 5H8HA 4RK9A 2Q89A 4OERA 3K6VA 5HBCA 3MUQA 3TTRA 3F11A 3O29A 1LCFA 4JSOA 1LB9A 3VVDA 1Y1ZA 4ZE9A 4H5GA 4LUBA 3FVOA 4F3SA 4FIMA 1ZBMA 1MDP1 1PBPA 3C9HA 4NF8A 4OEVA 1MY4A 4Z0IA 4FJPA 2QS3A 3WAFA 4H5FA 3TAJA 3L6GA 1H44A 4YB5A 4GL0A 4R6YA 1LFIA 4OFJA 1TFDA 2AIXA 1XHYA 3IOVA 2R6GE 3TELA 1ATGA 3K6WA 1MY1A 3MPKA 4KQPA 1B7ZA 3HPIA 3KOSA 3T9UA 1EZ9A 4N6PA 3TEPA 3E13X 3BKIB 4OYVA 4AB5A 3G3JA 3FXUA 1ZU0A 5TPAA 4RJZA 5AA2A 3PUYE 2DE4A 1SW2A 1ZIUA 2HQ0A 2YLNA 1ZMGA 3ONMA 5ITPA 1B1HA 1FQDA 1UIUA 4U4XA 3IL1B 3T9XB 3RTFB 4POXA 4X48A 1NNTA 4NF6B 2I3VA 1D3KA 2Y7KA 4ELQA 3QUJA 1PB8A 2O7IA 4WEDA 3N6TA 3O6GA 3CFLA 3MC2A 1F9BA 1B5HA 2Z22A 1YTVA 1B05A 4OQOA 4N13A 3D4GA 1JEUA 1HSJA 2PT1A 4OFLA 2QMWA 2VOZA 1LAXA 2DE3A 1N0TA 3K1NA 1IQ7A 2F7BA 4LZ5A 2I0BA 3HHGA 3C36A 4FATA 3OEMA 4E0WA 2PYYA 4F1YA 5JTYA 3KSJA 1A99A 3LSLA 2ONSA 4GOTA 2X7PA 1MY0A 3DLNA 4U1ZA 1RYOA 4H0WA 2V3QA 1OLAA 5ELVA 1QJMA 1VE4A 3MZBA 5BUUA 1MS7A 4K3FA 4OESA 5DT6A 3KBRA 1OVBA 4GQOA 3T93B 3N26A 1FTLA 1D9VA 1PDAA 2RC9A 4GIZA 4YKJA 2AL4A 3K1PA 3JV9A 4C0RA 3KJ7A 2PT2A 4P0GA 2G93A 4KCDA 3C34A 1B52A 1B4ZA 1MPDA 3QK6A 1UIVA 4U21A 1XVXA 2HEUA 3ECRA 3MVXA 2UYFA 3VLUA 4G8NA 4GXAA 5I59B 1LAGE 4EQ7A 3R6UA 5I2NA 3N5LA 5CBSA 3W9WA 4LONB 3DP4A 2OZZA 5DEXB 3W15C 1Q1KA 1DMBA 4NF4A 3MBPA 3VXBA 1SW5A 4BLAA 1M5EA 3S9MC 1IITA 3ODBA 3P7IA 1IIWA 2OBGA 3GBAA 1WVJA 1GV8A 3H06B 2F8DA 2VD3A 3UA8A 3THIA 2UVHA 1QUKA 1B1XA 1QUIA 3A3CA 5FHMA 4BDQA 4NF6A 4JWOA 2DVCA 1B9JA 3EHSA 1DPEA 1H3DA 1QULA 5H8FA 4H65A 3UORA 1QUJA 3HN0A 3EF7A 1LSTA 4ELOA 1B3LA 2P1SA 3OXNA 1KWHA 3G3HA 3CSGA 3KZGA 1II5A 2GFEA 4EQBA 2ABHA 2RC8A 1I6BA 1SI0A 3TCGA 1LBCA 4GL8A 1JW4A 3V89B 4LZ7A 2RCAA 1MQHA 3HV1A 4OFOA 5KCJA 5KDTB 4H1XA 1XVYA 2Z8EA 1M5DA 1EZPA 4THIA 1GTKA 2Q88A 2DOJA 1OLCA 1R9QA 2F6GA 3W9VA 1L5TA 2Y7RA 1MG1A 1NNPA 4KHZE 1JW5A 4TQUQ 4YKPA 2DWIA 1LLSA 4YZZA 5L9MA 2GH9A 3LR1A 4KYSA 4GF8A 4G77A 4H8IA 3MVZA 3MWBA 1B5JA 3EN3A 4ISUA 3MAMA 2Z8FA 1TT1A 1VFEA 3FVGA 3IR1A 4DIGA 4C1TA 1FQAA 4HCWA 2I49A 3CFXA 4Q5TA 3SKPA 2Z8DA 4F22A 3KSXA 1B46A 4OZ9A 4BDMA 3G3GA 4YMAA 4NWDA 4ZEBA 1OIBA 5AA3A 3E4RA 4IO7A 2D5WA 4ZZEA 1CB6A 2I48A 3V83A 1FTJA 4YMBA 3FZVA 1MH4A 3EHUA 4KYEA 3OO7A 3PMWA 4P11A 4MF3A 4EXLA 3O28A 2KLFA 4F2OA 3IOWA 4R75A 3UIFA 3USDA 1MY2A 1MQDA 1NH7A 3FV2A 2F97A 4H8JA 1MRPA 5CM6A 3VDFA 4MLQA 3BFTA 3S9NC 2VP1A 1NH8A 4G68C 3IO6A 1R9LA 2Y84A 4FORA 1MPBA 2ESNA 4I62A 1P99A 5H8QA 4ZDMA 4Q8RA 3UGWA 2OJTA 5ICQA 2OLBA 5TP9A 3PUVE 4KPTA 1Z7ME 3SESA 3S4UA 2H5YA 3MJNA 1B32A 3ILTB 2QSXA 3C32A 1WDNA 3M3KA 4HTGA 3IB2A 4RY1A 3QSLA 3D4CA 2H98A 2DXRA 2F35A 1JW1A 1B0HA 2VHAA 4AQ4A 4BDOA 1QVSA 1MH3A 3DP6A 4FEBA 4O3AA 2RF1A 3TODA 4ELRA 3PUWE 3K00A 4IB2A 3R26A 3RQTA 3K2DA 4ZEFA 1O7TA 3ZKLA 3PPQA 4RA1A 1O64A 3IORA 4YICA 3GLBA 5ITOA 5L9OA 5I2KB 1Q35A 2UVGA 1Y9UA 5KZTA 2ZNUA 1IXCA 1VSOA 1FTOA 5I57A 1UTBB 5JK4A 1MDQA 5AA4A 4YKIA 1Y1MA 1UQWA 3OO6A 2Q8JA 1ZJLA 4EF2A 3FATA 3Q29A 1QW0A 3IB1A 2Q2CA 3MZ9A 4U2RA 1JVYA 2DS9A 4JWYA 3OO8A 2B65A 2PVUA 2Z23A 1M5FA 2QL3A 5DTBA 1LFGA 3U8QA 2Q9TA 2REJA 1HSLA 2DWAA 1A54A 4NWCA 2VD2A 2GRVA 1P1NA 2I0CA 2GHAA 4ZZAA 4XKQA 3OEKA 4TLMB 3TQLA 3FXRA 1Y4TA 3SEWA 3TDJA 4LVQA 4MH5A 1LBBA 3QYTA 1VFDA 3MVWA 1AH5A 1MXVA 4NEDA 3A3UA 3H03A 1P1OA 1R1NA 4YU0A 4YB6A 4L17A 3TKDA 1MQIA 4KD5A 4R6HA 5ICTA 3T9HB 3PU5A 3SERA 4G68B 4BDRA 3CIJA 3TFLA 2REGA 2YPNA 5FHOA 1XT8A 3CVGA 4KI0E 2GHBA 3IAZA 1PC3A 1IZ1A 1BIYA 2G29A 2HFBA 3G7WA 2QMXA 4ZS9A 2ONRA 1NKXA 4ONYA 1DOTA 3O66A 4OETA 2QS2A 4DCXA 1B7HA 2XXPA 2XX7A 2DWHA 3S9EA 3FASA 1Y4CA 3SEUA 2XX9A 3FVKA 4FEDA 5FHNA 1PB9A 4WXJA 2XXTA 4QF9A 5B70A 1A55A 1MM7A 2Y7PA 1T0KA 2W7YA 1XC1A 3IJXB 1N7XA 1UTHB 2F5XA 1TFAA 3FGSA 3KG2A 1SDXA 3C31A 1FQBA 4NE4A 1DTZA 4OTEA 3PD8A 3KFMA 2XXRA 2PX1A 1SBPA 4XKPA 5JEIA 2AYSA 3CG1A 5L8DA 3KN7A 2UVJA 4Q30B 2VGQA 4IGTA 4TOZA 3I6VA 2E0SA 4IO3A 2ZYNA 1M5CA 3MZ1A 4F3PA 2ANJA 1MXZA 5EHMA 3LSWA 2I4BA 1LCTA 3CRBA 3QIMA 2B3FA 2E1SA 3TYHA 2ZMBA 2XD2A 1I69A 1B58A 1TXFA 2R71A 4LQ5A 3KN3A 1A40A 3QAXA 2OWSA 4OXVA 5BWJA 2DE2A 5AA1A 4NF5B 3DELB 4MLVA 5H8NB 1BP5A 3FUZA 3B7DA 3M3LA 3E3KA 3PD9A 4P0IA 4JWXA 1B3HA 1JNFA 1N3XA 4F19A 2I6EA 2F36A 3H6TA 4DE8A 3FJGA 1N76A 4ECFA 1MPCA 3RUMA 5B7DA 2V3UA 4IGRA 3AXFA 2A5TB 2CZLA 2DVZA 3G3FA 4GVOA 3KEIA 2XXVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JVIA 3PV0E 1IXHA 1S50A 1R6ZA 3FD3A 3O6IA 3ILUB 4WEPA 2UXAA 3GXAA 4PQJA 2XX8A 4F18A 3PMVA 3OOAA 3V8XB 4DXUA 3LSFB 4OEUA 5IAIA 2D3IA 1NUXA 4ZEDA 1MY3A 2XD3A 3MQ9A 3H3GA 4TLLB 4G8MA 1N84A 1MM6A 2DYXA 4KYDA 4GWOA 5I7IA 5EQ7A 4QFPA 5H8HB 3U65A 2ALUA 3K6XA 4YKKA 2I3WA 3TUSA 3MP8A 4PDDA 4PC9A 4GWXA 2F3BA 3K4UA 2QJEA 3SEXA 2BJJX 5J1DA 5IGAA 4N8GA 1NV2A 4LP2B 3GBBA 3B6TA 1B3FA 4MFIA 3Q28A 4PE3A 4XKNA 2Y7IA 1OQGA 2Y5KA 4EUOA 1VR5A 3LUYA 5CMCA 3VLWA 2DWJA 3SEYA 1QKAA 2NVUB 5I84A 3RLFE 3QMFA 4NF8B 3PUXE 1B51A 4N8YA 2XXWA 2HPGA 1POY1 4PFRA 4NF0A 1FW0A 4OWDA 5CRYA 3CR9A 2QRYA 4KR5A 1A7LA 3B6WA 4DI4B 1EU8A 1Y3QA 1SYIA 3E9XA 1ANFA 1BK4A 3OO9A 4OENA 1FQFA 2FNCA 1RKMA 4WKMA 1M5BA 1OQHA 4GD5A 3T96B 4C1UA 2RCBA 5DVFA 5I59A 4N07A 5TPAB 3TTNA 2Q2AA 5A5XB 1B40A 5AA2B 2IEEA 3EPEA 3MPLA 1EYJA 3K6UA 1AMFA 5DEXA 2QVVA 3H6WA 2NXOA 2XXIA 4POWA 1GR2A 3OSQA 1ELJA 2V93A 3FVNA 1AIVA 3C35A 1DPPA 4RXLA 1URDA 2I4CA 2HCAA 2O1MA 3TZAA 4BDLA 2OCUA 4R2BA 3U94A 4DXBA 3S9LC 2R9JA 4H67A 4F29A 4PGNA 2RINA 1SW1A 3T22A 1WODA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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