1N76A

Crystal structure of human seminal lactoferrin at 3.4 a resolution
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
690
structure length
690
Chain Sequence
b'RRRSVQWCTVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNDAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of human seminal lactoferrin at 3.4A resolution
pubmed rcsb
molecule keywords LACTOFERRIN
molecule tags Antimicrobial protein
total genus 193
structure length 690
sequence length 690
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A03
5H8QB 3PU5A 1MXYA 3IO6A 1O7TA 4JWXA 2CZLA 5ISUA 1N7WA 4R2BA 1NFTA 4F39A 3GBBA 1UIUA 4ZE8A 5AA2A 5JEIA 3N6TA 4NWCA 3G3HA 3RPWA 4P11A 4E0XA 2UVIA 4LVQA 4YMAA 4ELQA 1F9BA 1ZU0A 5HPQA 3OSQA 3PUVE 1A99A 4TLLB 4X48A 4F3GA 4F2QA 1MS7A 2Z8FA 2D3IA 2ALUA 4IO7A 2GHAA 1M5FA 3M3FA 2Y7IA 1MXZA 3RNNA 3HN0A 1SW2A 4OFOA 4H8JA 3CRBA 5FHNA 5ICTA 3IORA 4Q5TA 2XHDA 4PFWA 1OMPA 1VFEA 3K6WA 1PB8A 3FATA 3TODA 3PUYE 4OHNA 3SEWA 4X1BA 1B4HA 1GGGA 3MPLA 4H65A 5I2KB 3W15C 2ZYKA 4GQOA 5ICQA 5J1DA 4WKMA 3V83A 1Y4TA 2ONRA 4U21A 2F6GA 5L9SA 1NL5A 1PEBA 4XKQA 1I6BA 4IGTA 4NF5B 5A5XA 1FQAA 2I4CA 4LATA 2W7YA 1MY1A 5CBSA 1MXXA 2R6GE 3OO6A 3SEXA 4KCCA 2Q8JA 2DWHA 1XT8A 4OXVA 2Q88A 2O84X 2XX7A 2ZYMA 1B52A 1IUDA 1ZJLA 4OEVA 4R6HA 2F7CA 4IO6A 3FGSA 1AL3A 4F22A 1BTJA 3T93B 4RPNA 2ZNTA 3WAFA 2I48A 4FECA 4GD5A 5TP9A 3FASA 4TLMB 1P1OA 3G3JA 4ECFA 3TEPA 4H8IA 2XXYA 2PT1A 3T66A 2YJPA 4E0WA 4NWDA 4POXA 3MP8A 2GH9A 1EU8A 2I4BA 2AYSA 1LCFA 4F29A 2ZNUA 3OO9A 2G93A 4RK2A 1FTKA 1DTZA 2P2AA 5L8DA 4KCDA 1ANFA 2DP8A 1B1HA 4R2FA 3UIFA 3FUZA 4JSDA 3RT8A 4YICA 1EZ9A 2A5TB 3TTRA 4EUOA 2O7IA 1D4NA 1XC1A 4JXIA 3ECRA 4GRKA 3FV2A 5CM6A 4M1VA 3FD3A 1HSLA 3TCFA 4JBZA 2HCAA 5IKBA 3B6TA 3K1MA 2H98A 4GXSB 1PBPA 3LR1A 4HS7A 3T9VA 4O3CA 4DCXA 1LCTA 1NMUA 2R71A 4GIZA 3OD7A 4IB2A 3V89B 3OO7A 2Q9TA 1SYHA 3L6HA 1SI0A 1YCJA 4U23A 4IO4A 3RGYA 4KI0E 4LUBA 3CIJA 4YB7A 2Z8EA 2O69A 1DPPA 3C36A 3VV5A 2OJTA 4NEDA 3KOSA 1URSA 3FJGA 1TFDA 4DXCA 1NNPA 3D4CA 4MBPA 3CFXA 3MP6A 3IJOB 4PQJA 4YKJA 3K4UA 1A8EA 4ZZAA 5DVJA 5FHMA 2I6EA 2Y7PA 3BFTA 3PPOA 2QPQA 1PB9A 3PPNA 3GBAA 3KN7A 3E9XA 5FTHA 1US5A 3U1OA 1TT1A 1RYXA 2YPNA 4GXAA 3M3LA 4QRZA 1QUIA 4LZ8A 4G77A 4F3SA 2P0SA 3T96B 3OEMA 1B3EA 2UXAA 4BDNA 5AA4A 5I58B 1TWYA 4EDPA 4OESA 4MFIA 3FV1A 1Y3NA 5I56B 5H8SA 3LSXA 1LAGE 4WEDA 1B3HA 4HW8A 1SW5A 3LSLA 1O64A 3LBSA 3O66A 4RA1A 2H5YA 1SQYA 1BKAA 1I69A 1MM7A 4XXUA 3PMXA 3LUYA 3FIRA 1B32A 1QULA 3K00A 2VOZA 2PT2A 5AA2D 4YB6A 3TTLA 4RYAA 1FCKA 2ABHA 4G8HA 3SEVA 3FXRA 2ZXTA 4C1TA 4Q8RA 4OFJA 3O2AA 2DWIA 5H8FA 3LSWA 3U72A 2LAOA 4ZDMA 1N3XA 2H25A 3CSGA 1FQDA 5H8QA 5DEXB 4BLAA 2F97A 2XXHA 3TDJA 2NOOA 1MDQA 3MW0A 3MZ1A 3OO8A 2KLFA 1WVJA 2Q89A 4U1ZA 3D4GA 1AIVA 2QS2A 4FATA 5F1QA 2NVUB 4HCYA 3USDA 4P0GA 5JTYB 3K6VA 3KG2A 1B9JA 1MXWA 2DWAA 1H43A 4DDDA 3QSLA 3I5OA 1M5DA 4U1OA 3O28A 2H4IA 4LQ5A 2RC9A 3IOWA 2O6AA 2F8DA 2O68A 2ZYNA 1D9VA 4I9DA 3JV9A 4G8MA 1NH8A 3E4RA 3KJ7A 4N07A 5EHSA 3OEKA 1B2HA 4ZEIA 1N7XA 1ELJA 4I1DA 1IXGA 1MQHA 2PBWA 4G68C 2RINA 1AH5A 5I2KA 1B58A 5KCJB 2RC8A 4H0WA 4EQ9A 4EXLA 3IK6B 3FJMA 1MY2A 3LSFB 3EPEA 3K1PA 4RXLA 1IXCA 3RTWB 3KJTA 3VXCA 3VE1B 4DCYA 3HV1A 4WXJA 4IGRA 4NF5A 5DVFA 2GFEA 4GWOA 2QMXA 1L5TA 1QW0A 3G3IA 5CC2A 4XIGQ 2VHAA 4X1DA 1LBCA 3U8QA 2V3UA 3PD9A 3R6UA 4ISUA 2NUVA 3TQLA 3UP9A 4I62A 5I2NB 1D3KA 1B5HA 4ZEKA 3TYHA 3B6QA 4Q0CA 4YAHX 3DELB 3SETA 2Y7WA 4U4SA 4MH5A 1B05A 4XTCQ 1D9YA 4EQ7A 4X9TA 1A40A 3OENA 1JVYA 2OZZA 1R6ZA 1LBBA 1EZPA 3BBRA 2RKMA 1SBPA 2V25A 1CB6A 3PGFA 1J1NA 4NTLA 3S9NC 4BDMA 3TTMA 1POTA 1Y3PA 1R9QA 1A54A 4NF4B 5ELVA 4GL8A 5I59B 1FW0A 2HZLA 3TUSA 3MAMA 4GOTA 1P1QA 3O29A 4ESWA 3H06B 2Q2CA 1Y9UA 3H3GA 4BDOA 2I49A 5CMKA 3C33A 1UTHB 1B51A 1XVYA 2FA7A 3QUFA 3V5AA 4BDLA 1LB9A 2UVGA 3WAEA 1LFGA 3I6VA 4IO5A 4IY5A 4LP2B 4F3PA 1B1XA 3DP6A 2A5TA 3GXAA 4H67A 4DIGA 2XXXA 2O51A 4ONYA 3OMBA 1GTKA 4OWDA 4ZEDA 1S50A 3KFMA 2GRVA 2E1SA 4H5FA 1A8FA 1MQGA 3VLUA 3QAXA 1I6AA 3ODBA 3Q29A 1NNFA 1GV8A 3O6GA 1TXFA 4OEUA 1ZIUA 5H8HB 3F11A 2DQVA 2REJA 3MC2A 1M5CA 3RTFB 1KWHA 3G3KA 1JETA 2V93A 1LAXA 1WODA 1Y3QA 2XD3A 2PYYA 4OTEA 5H8NB 3KBRA 2WKYA 1NKXA 3T9XB 3A3CA 2XXWA 1JW4A 2DSFA 2P1SA 4OYVA 2QL3A 4P0IA 1CE2A 5CRYA 2ZNSA 3LC8A 4ESXA 4FEBA 1MRPA 5B70A 4O3AA 1MPCA 2UYFA 3EF7A 1B5IA 2YLNA 4U2RA 5HBCA 5LOMA 1R1NA 4F1UA 3IR1A 1LSTA 3MVZA 3S2VA 2AL4A 4PE5B 2QS1A 1UIVA 2OLBA 1MM6A 1MXUA 1YAEA 2M8CA 5I58A 4OFLA 5I56A 1FTLA 1QVSA 3DP8A 3O6HA 1XOCA 2I3WA 2O1MA 3RN8A 4DXUA 1O63A 2H99A 3JZJA 3VLVA 3TTNA 3HPIA 1P1UA 3IB2A 3QIMA 2O7UA 4XKNA 4RK9A 2XXQA 3TPAA 1OVTA 4FE8A 4KYEA 3TTKA 2BJJX 2H9BA 1BIYA 3MWBA 4FORA 3H03A 4XKRA 3MUQA 5EYFA 1B7ZA 3EHTA 4RNSA 4KR5A 5IAIA 2F36A 2ONKE 1UTBB 1HSEA 2X7QA 3G3FA 4QSCA 4LONB 3Q27A 1SW1A 5DEXA 4NF6B 4TOZA 3U93A 5B7DA 3MVXA 1VE4A 3VVFA 1A7LA 5M2VA 3C35A 4KQPA 4KFQA 4MF3A 1ZLQA 2QSXA 1FTOA 4PETA 4G68B 5K2XA 2VP1A 5ITOA 4G2ZA 1IQ7A 4PP0A 3ILUB 4ZE9A 3TAJA 2RF1A 5JTYA 3MJNA 1UQWA 2HQ0A 3T9HB 3R7XA 4PFUA 4UACA 5KZTA 3THIA 3K1NA 3FVGA 5TPAB 4U4XA 2OWSA 2F5XA 4R72A 5AA3A 3DM0A 3DLNA 3MBPA 2XXIA 4I8CA 3K2DA 4KYDA 1YTVA 3K01A 3FJ7A 1IIWA 2UYEA 1MQIA 3U94A 4FIMA 2E0SA 2DXYA 1ZMGA 2OK2A 1EZOA 1MXVA 2Q2AA 1OQHA 3MVWA 4GVOA 1XS5A 2F7AA 1LB8A 4FAJA 1B40A 3QUJA 1P1WA 3K6UA 1B4ZA 1JW1A 1YPNA 5KCJA 3EN3A 3H6UA 1LAHE 3OELA 1MQDA 5EHMA 3PUWE 4OMBA 3TELA 3PUZE 4XKPA 3Q26A 3UK4A 4LZ5A 1JW5A 5KDTB 3A09A 3U92A 1BP5A 3SDFA 3M3KA 4H1XA 2CMOA 3SEUA 2IEEA 2OBGA 4R6KA 1IXHA 2F78A 5I2NA 4YKIA 3G3GA 1XHYA 3FXQA 3FZVA 3OOAA 3IL1B 4GLIA 2V3QA 3UGWA 2I0CA 1B3GA 2V3TA 4RJZA 1II5A 4YKPA 4KPTA 2V84A 1N84A 2F35A 1USYH 3Q25A 4LQ2A 2RC7A 4QSEA 2DS9A 4TQUQ 3H6WA 1I6QA 3IB1A 4AB5A 1QUJA 1VFDA 4AQ4A 3HO7A 2X26A 5DTBA 1GR2A 5FTIA 2DWJA 5DVIA 3EHUA 5ITPA 1N76A 2NWJA 1DPEA 3KZGA 1SI1A 2DOJA 4L17A 3RY3A 2OCUA 3K0VA 3ZSFA 4NF4A 1IXIA 4BDQA 5I59A 2HXWA 4LA9A 4F1VA 5FHOA 1NNTA 4OQOA 2HEUA 3K6XA 2ESNA 4UA8A 4DXBA 3ZS6A 1HSJA 1MDP1 2PVUA 4KYSA 3OSRA 1UTHA 4OETA 1JNFA 4THIA 2RCAA 3MP1A 4EXKA 4GF8A 2AIXA 3CG3A 3O9PA 3Q28A 5I57B 1DMBA 1WDNA 1EH3A 2HAVA 3PD8A 4RPOA 1JQFA 1MY4A 2F6PA 3T22A 1IEJA 4NF8B 3VVDA 1Q35A 4QFKA 3MPKA 1B0LA 3PPRA 3TZAA 1FTJA 4RY1A 1Q1KA 2HFBA 1USYE 4N6PA 1FTMA 3W9WA 5CI5A 2DVCA 4QFPA 3K02A 1NNKA 3OXNA 5H8HA 4ZZEA 4O3BA 3N6UA 3MZBA 4H5GA 1LAFE 2UVJA 1JEUA 5BWJA 1NH7A 3H6TA 4F31B 3L6GA 5F7VA 5H8NA 1MQJA 3ZKKA 1S9TA 4IO3A 4YZZA 4R9GA 3SERA 2UVHA 3S4UA 4NMYA 4Z7EA 1M5EA 5TU0A 3KSXA 1ZTYA 4WEPA 3B6WA 4U22A 2X7PA 4R9FA 2B3BA 3C4MA 5AA2B 2ONSA 3PV0E 3GLBA 1FQEA 4F1YA 1SVXB 3TQWA 3KN3A 3TMGA 2I0BA 4YU0A 2QS3A 2D5WA 4BDRA 2Z8DA 2QRYA 4OERA 1JVXA 3MZ9A 4QFLA 4NE4A 4JWYA 3TCHA 3UN6A 4ELOA 4G8NA 3CVGA 4K3FA 4LZ7A 3N94A 1DSNA 3UA8A 1XVXA 1MH4A 4F2OA 2A5SA 1SYIA 1Z7ME 4ZS9A 4GL0A 4EQBA 4H6DA 1OLAA 3M8UA 1H3DA 3S9MC 3ONMA 2PX1A 1QKAA 1IITA 4YMBA 2O1LA 2Y7KA 3UORA 3FVKA 3O97A 3FVOA 3S9EA 3FVNA 4ELRA 2XX8A 2QJEA 4G4PA 4F3BA 3VVEA 1SW4A 1ZKBA 3G7WA 2XXVA 1MH3A 4F18A 3PPQA 1UTBA 4MLVA 4MLQA 1B7UA 3IB0A 3MVYA 2FYIA 2Y84A 3FXUA 3CFZA 1US4A 1FQCA 2DE3A 4M4GA 5CMCA 2FNCA 5A5XB 4NF6A 1PC3A 5JK4A 4ZEFA 3TKDA 3SEYA 3H7MA 4PFTA 1N0TA 1DOTA 3HCQA 4DLDA 3C34A 1VSOA 3KGCA 4FEDA 3RT6B 4DZ1A 3BKIB 1QUKA 3IAZA 3CSBA 5AE4A 1S7YA 4JWOA 2VGQA 4G68A 5AA1A 2AL5A 2HAUA 5K2YA 1SD3A 3IX1A 1POY1 3PMWA 1QKBA 3I3VA 5TPAA 4HTGA 2XX9A 1LFHA 1B6HA 3W9VA 1MG1A 1QJMA 5L9OA 4IO2A 5TP9B 1SDXA 4ND9A 1LLSA 3H6VA 2I58A 1PBQA 2I3VA 3VLWA 4N13A 3ZKLA 1URDA 4EF2A 2DE4A 3VXBA 4ZEBA 4AB6A 1H45A 1P99A 4F19A 1DTGA 3RLFE 2F34A 5L9MA 5DYHA 4QFOA 1RKMA 2PMSA 1OLCA 3HHFA 3H4ZA 1B3LA 4R74A 1AOVA 3PPPA 4EF1A 3E13X 4R6YA 1JEVA 2DVZA 1T0KA 5KDTA 4Z0IA 3T9UA 2XD2A 1FQFA 2F7BA 3VFJA 2B65A 2QMWA 2Z23A 4ZECA 4R73A 3C9HA 3HSTA 2VD2A 4KD5A 2XXRA 3C31A 5HM4B 1MPBA 1N04A 1H44A 1H76A 3RQTA 3P7IA 3PUXE 2Z22A 2XXUA 5I84A 1MY0A 3CR9A 4C1UA 3IOTA 3KOTA 1MPDA 1Y20A 3HHGA 1P1NA 1Y1ZA 3CFLA 1TFAA 3O6IA 3A3UA 1MY3A 2REGA 3DP4A 2QS4A 4DE8A 3B7DA 3ILTB 3JYRA 3KSJA 1A55A 2GHBA 3PMVA 4YKKA 2NXOA 1BLFA 4QHQA 2ZYOA 3MQ9A 1Y1MA 4C0RA 4POWA 3CG1A 3IO4A 1VR5A 3VDFA 1B46A 4KHZE 4QFNA 1Z7NE 4QSDA 2R9JA 2XXTA 4R75A 1FQBA 4GFRA 5CMMA 1LGBC 4YB5A 1LFIA 3R26A 3BFUA 4QF9A 2D21A 1ATGA 2RCBA 5CBRA 3GZGA 4JB7A 3SKPA 1IZ1A 3N5LA 1ZBMA 4HCWA 3EQ1A 3IOVA 5I57A 4Q30B 3AXFA 1N3WA 3RUMA 1GVCA 1M5BA 2DE2A 5CMBA 3E3KA 5AA4B 1B3FA 4NF8A 3QYTA 3TCGA 4IY6A 1URGA 2ZMBA 2DXRA 2THIA 5BUUA 1OQGA 1RYOA 3QK6A 4ELPA 4OENA 1AMFA 2ANJA 2DYXA 1PB7A 3KEIA 5DT6A 3IJXB 3KN8A 2IA4A 3V8XB 4FJPA 3TFLA 4OZ9A 3IOUA 4JDFA 3QXMA 2XXPA 1B5JA 1PDAA 4PFYA 3EHSA 3C32A 1OVBA 1R9LA 1Y4CA 2Y7RA 1B0HA 3S9LC 4OVJA 2G29A 1OIBA 1B7HA 2VD3A 5H8FB 3CI8A 3N26A 3SESA 2OWTA 2B3FA 2HZKA 4JSOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H8QB 3PU5A 1MXYA 3IO6A 1O7TA 1NUZA 4JWXA 2CZLA 5ISUA 1N7WA 4R2BA 1NFTA 4F39A 2JJKA 3GBBA 1UIUA 4ZE8A 5AA2A 5JEIA 2F3DA 3N6TA 4NWCA 4OVRA 3G3HA 3RPWA 4P11A 1FSAA 4E0XA 2UVIA 2WBDA 4LVQA 4YMAA 4ELQA 1F9BA 1ZU0A 5HPQA 3OSQA 3PUVE 1A99A 4TLLB 4X48A 4F3GA 4F2QA 1MS7A 2Z8FA 2D3IA 4XFEA 2ALUA 4IO7A 2GHAA 1M5FA 2Q74A 3M3FA 2Y7IA 1MXZA 3RNNA 3HN0A 1SW2A 4OFOA 4H8JA 3CRBA 5FHNA 5ICTA 3IORA 4MEVA 4Q5TA 2XHDA 4PFWA 1OMPA 5ET7A 4OA4A 1VFEA 3K6WA 1PB8A 3FATA 3TODA 4PDHA 3PUYE 4N6DA 4OHNA 1G0HA 3SEWA 4X1BA 4O7IA 1B4HA 1GGGA 1FBPA 3MPLA 4H65A 5I2KB 4N15A 3W15C 2ZYKA 4GQOA 5ICQA 5J1DA 4HE2A 4WKMA 3V83A 1Y4TA 2ONRA 4U21A 2F6GA 5L9SA 1NL5A 1LEVA 4JVIA 1PEBA 4MIJA 4XKQA 1I6BA 1NV5A 4IGTA 4NF5B 5A5XA 1FQAA 2I4CA 4LATA 4GBWA 2W7YA 1MY1A 5CBSA 1MXXA 2R6GE 3OO6A 3SEXA 4N6KA 4KCCA 4UABA 2Q8JA 2DWHA 4MNIA 1XT8A 4OXVA 2Q88A 4PE3A 2O84X 2XX7A 4OVPA 1EYKA 2ZYMA 1B52A 1IUDA 1ZJLA 4OEVA 1KZ8A 2CEYA 4R6HA 2F7CA 4IO6A 3FGSA 1AL3A 4F22A 1BTJA 3T93B 4RPNA 1FPKA 2ZNTA 3B50A 3WAFA 2I48A 4FECA 4GD5A 1FBGA 5TP9A 1FTAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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