1N8RM

Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin m
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 31
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1n8rM02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1n8rM01
1N8RP 1K8AP 1N8RM 1K8AM 1VQKL 3CC7O 1YJ9L 1VQ8O 3CCLL 1VQ9O 2OTLO 3CC2O 1K73M 3I55O 1VQPO 1QVGN 1VQ7L 1VQ4L 3CPWK 3G4SL 1VQLO 3OW2K 1VQNO 3CCQL 1YIJO 1K9MM 1YHQL 1VQ5O 2QEXO 1YITO 1QVFN 3CCMO 3CCRL 1JJ2K 3CXCN 3G6EL 1YJNL 3CD6O 3CCVL 3CMAO 3CCJL 1M1KM 1VQ6O 1VQKO 3CCSO 1KQSK 3CCUL 3CCLO 1Q81P 3CMEL 1YI2L 1NJIP 1W2BN 1Q81M 1VQMO 1NJIM 2OTJO 3G71O 3CCQO 1VQOO 1M90P 1S72O 1KD1P 3CCEL 1M90M 2QA4O 3I56L 1Q7YP 1QVGK 3CCJO 3CC4L 1Q7YM 1YI2O 1QVFK 1YJ9O 3CPWN 3CXCK 1VQ7O 1YJWL 3CC7L 1VQ8L 1VQ9L 1VQ4O 2OTLL 3G4SO 3I55L 1VQPL 1YHQO 1Q82P 1W2BK 3CC4O 1VQNL 3CCRO 3G6EO 1YJNO 1YIJL 1Q82M 1KD1M 3CCVO 1VQ5L 1YITL 1KC8P 3CCML 3CCUO 1KC8M 3CD6L 3CMEO 3CMAL 1VQ6L 1YJWO 1K73P 3CCSL 3OW2N 1Q86P 1K9MP 1JJ2N 1Q86M 3CCEO 1VQML 3CC2L 2OTJL 3G71L 3I56O 1VQOL 1S72L 1KQSN 1M1KP 1VQLL 2QA4L 2QEXL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N8RP 1K8AP 1N8RM 1K8AM 1VQKL 3CC7O 1YJ9L 1VQ8O 3CCLL 1VQ9O 2OTLO 3CC2O 1K73M 3I55O 1VQPO 1QVGN 1VQ7L 1VQ4L 3CPWK 3G4SL 1VQLO 3OW2K 1VQNO 3CCQL 1YIJO 1K9MM 1YHQL 1VQ5O 2QEXO 1YITO 1QVFN 5DS5A 3CCMO 3CCRL 1JJ2K 3CXCN 3G6EL 1YJNL 3CD6O 3CCVL 3CMAO 3CCJL 5DS4A 5FCLA 4P6IC 1M1KM 1VQ6O 1VQKO 3CCSO 1KQSK 3CCUL 3CCLO 4XTKA 1Q81P 3CMEL 1YI2L 2YZSA 1NJIP 1W2BN 1Q81M 1VQMO 1NJIM 2OTJO 3G71O 3CCQO 5DQZA 1VQOO 1M90P 1S72O 1KD1P 3CCEL 4WJ0A 1M90M 2QA4O 3I56L 1Q7YP 1QVGK 3CCJO 3CC4L 1Q7YM 3GODA 5DS6A 5DLJA 1YI2O 1QVFK 1YJ9O 3CPWN 4W8KA 4N06A 3CXCK 5DQTA 1VQ7O 1YJWL 3CC7L 1VQ8L 1VQ9L 1VQ4O 2OTLL 3G4SO 3I55L 1VQPL 1YHQO 1Q82P 1W2BK 3CC4O 1VQNL 3CCRO 3G6EO 1YJNO 1YIJL 1Q82M 1KD1M 3CCVO 1VQ5L 1YITL 1KC8P 4QDLA 3CCML 3NKDA 3CCUO 1KC8M 3CD6L 3CMEO 3CMAL 1VQ6L 1YJWO 1K73P 3CCSL 3OW2N 1Q86P 1K9MP 1JJ2N 1Q86M 3CCEO 1VQML 3CC2L 2OTJL 3G71L 3I56O 1VQOL 1S72L 1KQSN 1M1KP 1VQLL 2QA4L 2QEXL
chains in the Genus database with same CATH topology
1N8RP 1K8AP 1N8RM 1K8AM 1VQKL 3CC7O 1YJ9L 1VQ8O 3CCLL 1VQ9O 2OTLO 3CC2O 1K73M 3I55O 1VQPO 1QVGN 1VQ7L 1VQ4L 3CPWK 3G4SL 1VQLO 3OW2K 1VQNO 3CCQL 1YIJO 1K9MM 1YHQL 1VQ5O 2QEXO 1YITO 1QVFN 5DS5A 3CCMO 3CCRL 1JJ2K 3CXCN 3G6EL 1YJNL 3CD6O 3CCVL 3CMAO 3CCJL 5DS4A 5FCLA 4P6IC 1M1KM 1VQ6O 1VQKO 3CCSO 1KQSK 3CCUL 3CCLO 4XTKA 1Q81P 3CMEL 1YI2L 2YZSA 1NJIP 1W2BN 1Q81M 1VQMO 1NJIM 2OTJO 3G71O 3CCQO 5DQZA 1VQOO 1M90P 1S72O 1KD1P 3CCEL 4WJ0A 1M90M 2QA4O 3I56L 1Q7YP 1QVGK 3CCJO 3CC4L 1Q7YM 3GODA 5DS6A 5DLJA 1YI2O 1QVFK 1YJ9O 3CPWN 4W8KA 4N06A 3CXCK 5DQTA 1VQ7O 1YJWL 3CC7L 1VQ8L 1VQ9L 1VQ4O 2OTLL 3G4SO 3I55L 1VQPL 1YHQO 1Q82P 1W2BK 3CC4O 1VQNL 3CCRO 3G6EO 1YJNO 1YIJL 1Q82M 1KD1M 3CCVO 1VQ5L 1YITL 1KC8P 4QDLA 3CCML 3NKDA 3CCUO 1KC8M 3CD6L 3CMEO 3CMAL 1VQ6L 1YJWO 1K73P 3CCSL 3OW2N 1Q86P 1K9MP 1JJ2N 1Q86M 3CCEO 1VQML 3CC2L 2OTJL 3G71L 3I56O 1VQOL 1S72L 1KQSN 1M1KP 1VQLL 2QA4L 2QEXL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1N8R P;  1K8A P;  1N8R M;  1K8A M;  1VQK L;  3CC7 O;  1YJ9 L;  1VQ8 O;  3CCL L;  1VQ9 O;  2OTL O;  3CC2 O;  1K73 M;  3I55 O;  1VQP O;  1QVG N;  1VQ7 L;  1VQ4 L;  3CPW K;  3G4S L;  1VQL O;  3OW2 K;  1VQN O;  3CCQ L;  1YIJ O;  1K9M M;  1YHQ L;  1VQ5 O;  2QEX O;  1YIT O;  1QVF N;  3CCM O;  3CCR L;  1JJ2 K;  3CXC N;  3G6E L;  1YJN L;  3CD6 O;  3CCV L;  3CMA O;  3CCJ L;  1M1K M;  1VQ6 O;  1VQK O;  3CCS O;  1KQS K;  3CCU L;  3CCL O;  1Q81 P;  3CME L;  1YI2 L;  1NJI P;  1W2B N;  1Q81 M;  1VQM O;  1NJI M;  2OTJ O;  3G71 O;  3CCQ O;  1VQO O;  1M90 P;  1S72 O;  1KD1 P;  3CCE L;  1M90 M;  2QA4 O;  3I56 L;  1Q7Y P;  1QVG K;  3CCJ O;  3CC4 L;  1Q7Y M;  1YI2 O;  1QVF K;  1YJ9 O;  3CPW N;  3CXC K;  1VQ7 O;  1YJW L;  3CC7 L;  1VQ8 L;  1VQ9 L;  1VQ4 O;  2OTL L;  3G4S O;  3I55 L;  1VQP L;  1YHQ O;  1Q82 P;  1W2B K;  3CC4 O;  1VQN L;  3CCR O;  3G6E O;  1YJN O;  1YIJ L;  1Q82 M;  1KD1 M;  3CCV O;  1VQ5 L;  1YIT L;  1KC8 P;  3CCM L;  3CCU O;  1KC8 M;  3CD6 L;  3CME O;  3CMA L;  1VQ6 L;  1YJW O;  1K73 P;  3CCS L;  3OW2 N;  1Q86 P;  1K9M P;  1JJ2 N;  1Q86 M;  3CCE O;  1VQM L;  3CC2 L;  2OTJ L;  3G71 L;  3I56 O;  1VQO L;  1S72 L;  1KQS N;  1M1K P;  1VQL L;  2QA4 L;  2QEX L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1N8R P;  1K8A P;  1N8R M;  1K8A M;  1VQK L;  3CC7 O;  1YJ9 L;  1VQ8 O;  3CCL L;  1VQ9 O;  2OTL O;  3CC2 O;  1K73 M;  3I55 O;  1VQP O;  1QVG N;  1VQ7 L;  1VQ4 L;  3CPW K;  3G4S L;  1VQL O;  3OW2 K;  1VQN O;  3CCQ L;  1YIJ O;  1K9M M;  1YHQ L;  1VQ5 O;  2QEX O;  1YIT O;  1QVF N;  5DS5 A;  3CCM O;  3CCR L;  1JJ2 K;  3CXC N;  3G6E L;  1YJN L;  3CD6 O;  3CCV L;  3CMA O;  3CCJ L;  5DS4 A;  5FCL A;  4P6I C;  1M1K M;  1VQ6 O;  1VQK O;  3CCS O;  1KQS K;  3CCU L;  3CCL O;  4XTK A;  1Q81 P;  3CME L;  1YI2 L;  2YZS A;  1NJI P;  1W2B N;  1Q81 M;  1VQM O;  1NJI M;  2OTJ O;  3G71 O;  3CCQ O;  5DQZ A;  1VQO O;  1M90 P;  1S72 O;  1KD1 P;  3CCE L;  4WJ0 A;  1M90 M;  2QA4 O;  3I56 L;  1Q7Y P;  1QVG K;  3CCJ O;  3CC4 L;  1Q7Y M;  3GOD A;  5DS6 A;  5DLJ A;  1YI2 O;  1QVF K;  1YJ9 O;  3CPW N;  4W8K A;  4N06 A;  3CXC K;  5DQT A;  1VQ7 O;  1YJW L;  3CC7 L;  1VQ8 L;  1VQ9 L;  1VQ4 O;  2OTL L;  3G4S O;  3I55 L;  1VQP L;  1YHQ O;  1Q82 P;  1W2B K;  3CC4 O;  1VQN L;  3CCR O;  3G6E O;  1YJN O;  1YIJ L;  1Q82 M;  1KD1 M;  3CCV O;  1VQ5 L;  1YIT L;  1KC8 P;  4QDL A;  3CCM L;  3NKD A;  3CCU O;  1KC8 M;  3CD6 L;  3CME O;  3CMA L;  1VQ6 L;  1YJW O;  1K73 P;  3CCS L;  3OW2 N;  1Q86 P;  1K9M P;  1JJ2 N;  1Q86 M;  3CCE O;  1VQM L;  3CC2 L;  2OTJ L;  3G71 L;  3I56 O;  1VQO L;  1S72 L;  1KQS N;  1M1K P;  1VQL L;  2QA4 L;  2QEX L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1N8R P;  1K8A P;  1N8R M;  1K8A M;  1VQK L;  3CC7 O;  1YJ9 L;  1VQ8 O;  3CCL L;  1VQ9 O;  2OTL O;  3CC2 O;  1K73 M;  3I55 O;  1VQP O;  1QVG N;  1VQ7 L;  1VQ4 L;  3CPW K;  3G4S L;  1VQL O;  3OW2 K;  1VQN O;  3CCQ L;  1YIJ O;  1K9M M;  1YHQ L;  1VQ5 O;  2QEX O;  1YIT O;  1QVF N;  5DS5 A;  3CCM O;  3CCR L;  1JJ2 K;  3CXC N;  3G6E L;  1YJN L;  3CD6 O;  3CCV L;  3CMA O;  3CCJ L;  5DS4 A;  5FCL A;  4P6I C;  1M1K M;  1VQ6 O;  1VQK O;  3CCS O;  1KQS K;  3CCU L;  3CCL O;  4XTK A;  1Q81 P;  3CME L;  1YI2 L;  2YZS A;  1NJI P;  1W2B N;  1Q81 M;  1VQM O;  1NJI M;  2OTJ O;  3G71 O;  3CCQ O;  5DQZ A;  1VQO O;  1M90 P;  1S72 O;  1KD1 P;  3CCE L;  4WJ0 A;  1M90 M;  2QA4 O;  3I56 L;  1Q7Y P;  1QVG K;  3CCJ O;  3CC4 L;  1Q7Y M;  3GOD A;  5DS6 A;  5DLJ A;  1YI2 O;  1QVF K;  1YJ9 O;  3CPW N;  4W8K A;  4N06 A;  3CXC K;  5DQT A;  1VQ7 O;  1YJW L;  3CC7 L;  1VQ8 L;  1VQ9 L;  1VQ4 O;  2OTL L;  3G4S O;  3I55 L;  1VQP L;  1YHQ O;  1Q82 P;  1W2B K;  3CC4 O;  1VQN L;  3CCR O;  3G6E O;  1YJN O;  1YIJ L;  1Q82 M;  1KD1 M;  3CCV O;  1VQ5 L;  1YIT L;  1KC8 P;  4QDL A;  3CCM L;  3NKD A;  3CCU O;  1KC8 M;  3CD6 L;  3CME O;  3CMA L;  1VQ6 L;  1YJW O;  1K73 P;  3CCS L;  3OW2 N;  1Q86 P;  1K9M P;  1JJ2 N;  1Q86 M;  3CCE O;  1VQM L;  3CC2 L;  2OTJ L;  3G71 L;  3I56 O;  1VQO L;  1S72 L;  1KQS N;  1M1K P;  1VQL L;  2QA4 L;  2QEX L; 
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