The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
150
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structure length |
145
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Chain Sequence |
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
145
|
| sequence length |
150
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-11-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF00828 | Ribosomal_L27A | Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 | Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K9M P; 1VQP O; 1NJI P; 1QVG K; 1YJN O; 1NJI M; 1VQ6 L; 3CCV L; 1YIT O; 1KC8 P; 3CXC N; 3I56 O; 1M90 M; 1VQO O; 3CCQ O; 1VQM L; 1VQ4 O; 1VQ7 L; 1K73 P; 3CCL L; 1K73 M; 2OTL O; 3CCE O; 3CC2 L; 3CCR L; 1YI2 O; 3G4S L; 3CC7 L; 1QVF N; 3CCS L; 1VQ5 O; 1VQ8 L; 3CCJ L; 1JJ2 N; 2QA4 L; 3I55 L; 1W2B K; 1M1K M; 1VQK L; 2QEX L; 1K9M M; 3OW2 K; 1KQS K; 1VQP L; 3CMA O; 1KC8 M; 3CD6 L; 1YHQ O; 1S72 L; 3CC4 L; 1KD1 P; 3CCU O; 3I56 L; 1YJW O; 3G6E L; 3CPW N; 3CCM O; 3G71 O; 1Q82 P; 1YIJ L; 1VQL L; 2OTL L; 1VQ6 O; 3CCV O; 2OTJ L; 3CXC K; 1VQM O; 1YJ9 O; 3CME O; 3G71 L; 1QVG N; 3CCL O; 1YJN L; 1VQN O; 3CC2 O; 1YIT L; 3CCR O; 3G4S O; 3CCS O; 1VQO L; 1KD1 M; 1VQ9 O; 1QVF K; 3CCQ L; 3CCJ O; 3CCU L; 2QA4 O; 1VQ4 L; 3I55 O; 2QEX O; 1JJ2 K; 1K8A P; 1Q82 M; 1Q7Y P; 3CCM L; 3CCE L; 1YI2 L; 1VQ5 L; 3CD6 O; 1S72 O; 3CC4 O; 1W2B N; 1M90 P; 1VQ7 O; 3G6E O; 1Q86 P; 3OW2 N; 1Q86 M; 1YJ9 L; 3CME L; 1KQS N; 3CPW K; 1Q81 P; 1Q81 M; 1YIJ O; 1VQL O; 3CC7 O; 1VQN L; 3CMA L; 1VQ8 O; 1YHQ L; 1N8R P; 2OTJ O; 1YJW L; 1VQ9 L; 1N8R M; 1VQK O; 1K8A M; 1M1K P; 1Q7Y M; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FCL A; 1K9M P; 1VQP O; 1NJI P; 1QVG K; 1YJN O; 1NJI M; 1VQ6 L; 3CCV L; 1YIT O; 1KC8 P; 3CXC N; 3I56 O; 1M90 M; 1VQO O; 3CCQ O; 1VQM L; 4P6I C; 1VQ4 O; 1VQ7 L; 1K73 P; 3CCL L; 1K73 M; 2OTL O; 3CCE O; 3CC2 L; 3CCR L; 1YI2 O; 3G4S L; 3CC7 L; 1QVF N; 3CCS L; 1VQ5 O; 1VQ8 L; 5DS6 A; 3CCJ L; 1JJ2 N; 2QA4 L; 2YZS A; 3I55 L; 1W2B K; 1M1K M; 1VQK L; 2QEX L; 5DQT A; 1K9M M; 5DLJ A; 3OW2 K; 5DQZ A; 4WJ0 A; 1KQS K; 1VQP L; 1Q7Y M; 3CMA O; 1KC8 M; 3CD6 L; 1YHQ O; 1S72 L; 3CC4 L; 1KD1 P; 3CCU O; 3I56 L; 1YJW O; 4W8K A; 3NKD A; 3G6E L; 5DS4 A; 3CPW N; 4N06 A; 3CCM O; 1Q82 P; 1YIJ L; 1VQL L; 2OTL L; 3GOD A; 1VQ6 O; 3CCV O; 2OTJ L; 3CXC K; 1VQM O; 1YJ9 O; 3CME O; 3G71 L; 1QVG N; 3CCL O; 5DS5 A; 1YJN L; 1VQN O; 3CC2 O; 1YIT L; 3CCR O; 3G4S O; 3CCS O; 1VQO L; 1KD1 M; 1VQ9 O; 1QVF K; 3CCQ L; 3CCJ O; 3CCU L; 2QA4 O; 1VQ4 L; 3I55 O; 2QEX O; 1JJ2 K; 1K8A P; 1Q82 M; 1Q7Y P; 3CCM L; 3CCE L; 1YI2 L; 1VQ5 L; 3CD6 O; 1S72 O; 3CC4 O; 1W2B N; 1M90 P; 1VQ7 O; 3G6E O; 1Q86 P; 3OW2 N; 1Q86 M; 1YJ9 L; 3CME L; 1KQS N; 4QDL A; 3CPW K; 1Q81 P; 1Q81 M; 1YIJ O; 1VQL O; 3CC7 O; 1VQN L; 3CMA L; 4XTK A; 1VQ8 O; 1YHQ L; 1N8R P; 2OTJ O; 1YJW L; 1VQ9 L; 1N8R M; 1VQK O; 1K8A M; 1M1K P; 3G71 O; #chains in the Genus database with same CATH homology 5FCL A; 1K9M P; 1VQP O; 1NJI P; 1QVG K; 1YJN O; 1NJI M; 1VQ6 L; 3CCV L; 1YIT O; 1KC8 P; 3CXC N; 3I56 O; 1M90 M; 1VQO O; 3CCQ O; 1VQM L; 4P6I C; 1VQ4 O; 1VQ7 L; 1K73 P; 3CCL L; 1K73 M; 2OTL O; 3CCE O; 3CC2 L; 3CCR L; 1YI2 O; 3G4S L; 3CC7 L; 1QVF N; 3CCS L; 1VQ5 O; 1VQ8 L; 5DS6 A; 3CCJ L; 1JJ2 N; 2QA4 L; 2YZS A; 3I55 L; 1W2B K; 1M1K M; 1VQK L; 2QEX L; 5DQT A; 1K9M M; 5DLJ A; 3OW2 K; 5DQZ A; 4WJ0 A; 1KQS K; 1VQP L; 1Q7Y M; 3CMA O; 1KC8 M; 3CD6 L; 1YHQ O; 1S72 L; 3CC4 L; 1KD1 P; 3CCU O; 3I56 L; 1YJW O; 4W8K A; 3NKD A; 3G6E L; 5DS4 A; 3CPW N; 4N06 A; 3CCM O; 1Q82 P; 1YIJ L; 1VQL L; 2OTL L; 3GOD A; 1VQ6 O; 3CCV O; 2OTJ L; 3CXC K; 1VQM O; 1YJ9 O; 3CME O; 3G71 L; 1QVG N; 3CCL O; 5DS5 A; 1YJN L; 1VQN O; 3CC2 O; 1YIT L; 3CCR O; 3G4S O; 3CCS O; 1VQO L; 1KD1 M; 1VQ9 O; 1QVF K; 3CCQ L; 3CCJ O; 3CCU L; 2QA4 O; 1VQ4 L; 3I55 O; 2QEX O; 1JJ2 K; 1K8A P; 1Q82 M; 1Q7Y P; 3CCM L; 3CCE L; 1YI2 L; 1VQ5 L; 3CD6 O; 1S72 O; 3CC4 O; 1W2B N; 1M90 P; 1VQ7 O; 3G6E O; 1Q86 P; 3OW2 N; 1Q86 M; 1YJ9 L; 3CME L; 1KQS N; 4QDL A; 3CPW K; 1Q81 P; 1Q81 M; 1YIJ O; 1VQL O; 3CC7 O; 1VQN L; 3CMA L; 4XTK A; 1VQ8 O; 1YHQ L; 1N8R P; 2OTJ O; 1YJW L; 1VQ9 L; 1N8R M; 1VQK O; 1K8A M; 1M1K P; 3G71 O;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
