1N8RP

Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin m
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 37
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1n8rP00
3G4SO 3CMEO 1YIJO 1VQNL 3G71O 1S72L 3CCSO 3CCQL 3CCVO 3CPWN 1KC8M 1VQ6O 3CMAL 3CCEO 3CCUO 3CPWK 1QVGN 1VQKO 3CC2L 1KD1P 3CXCN 2OTLL 3CC7O 1VQ4L 3CCRO 1N8RP 1Q7YM 1QVGK 3CCLO 3G4SL 3CXCK 1YJWO 1QVFN 3CC4L 1YJ9L 3I56L 1VQMO 2QA4O 1KQSN 3CCUL 1YHQO 1VQOO 1YITO 1KD1M 1K8AP 1Q82P 1N8RM 1K9MP 1YJNL 3OW2N 1JJ2N 2QEXO 1YI2O 1VQLL 1VQ5L 1VQ7O 2OTJL 1VQ8O 3CCMO 1K73P 3CMEL 1VQPO 1M1KP 1YIJL 3G71L 1VQNO 3OW2K 1JJ2K 1S72O 3CCSL 3CCVL 3CD6O 2QA4L 1VQ9O 3G6EO 3I55O 1VQ6L 1W2BN 1YITL 3CCEL 1Q81P 3CMAO 1QVFK 3CCJO 1M90P 1VQKL 1NJIP 1K8AM 1Q82M 1K9MM 3CC7L 1W2BK 1KQSK 2OTLO 3CCRL 3CCLL 1K73M 1Q86P 1VQPL 1M1KM 1YJWL 3CD6L 3CC4O 3CCQO 1YJ9O 1VQ9L 3G6EL 3I55L 3I56O 1VQML 1KC8P 1Q81M 1YHQL 3CCJL 1VQOL 1M90M 1NJIM 3CC2O 1YJNO 1Q86M 1YI2L 2QEXL 1VQLO 1VQ4O 1VQ7L 1VQ5O 1VQ8L 2OTJO 3CCML 1Q7YP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G4SO 3CMEO 1YIJO 1VQNL 3G71O 1S72L 3CCSO 3CCQL 4N06A 3CCVO 3CPWN 1KC8M 5DQTA 1VQ6O 3CMAL 3CCEO 3CCUO 3CPWK 1QVGN 1VQKO 2YZSA 3CC2L 1KD1P 3CXCN 2OTLL 4W8KA 3CC7O 1VQ4L 3CCRO 1N8RP 1Q7YM 1QVGK 3CCLO 3G4SL 3CXCK 1YJWO 5DS5A 1QVFN 3CC4L 1YJ9L 5DS4A 3I56L 1VQMO 2QA4O 1KQSN 3CCUL 1YHQO 1VQOO 1YITO 1KD1M 5DQZA 1K8AP 1Q82P 1N8RM 1K9MP 1YJNL 5DS6A 3OW2N 1JJ2N 2QEXO 1YI2O 1VQLL 5FCLA 1VQ5L 1VQ7O 2OTJL 1VQ8O 3CCMO 1K73P 3CMEL 1VQPO 1M1KP 1YIJL 3GODA 3G71L 1VQNO 3OW2K 1JJ2K 1S72O 3CCSL 3CCVL 3CD6O 2QA4L 1VQ9O 3G6EO 3I55O 4P6IC 1VQ6L 1W2BN 1YITL 3CCEL 1Q81P 3CMAO 1QVFK 3CCJO 1M90P 1VQKL 4QDLA 1NJIP 1K8AM 1Q82M 1K9MM 3CC7L 1W2BK 1KQSK 2OTLO 5DLJA 3CCRL 3CCLL 1K73M 1Q86P 1VQPL 1M1KM 3NKDA 1YJWL 3CD6L 3CC4O 3CCQO 1YJ9O 1VQ9L 3G6EL 3I55L 3I56O 1VQML 1KC8P 1Q81M 1YHQL 3CCJL 1VQOL 1M90M 1NJIM 4WJ0A 3CC2O 1YJNO 1Q86M 1YI2L 2QEXL 1VQLO 1VQ4O 1VQ7L 1VQ5O 1VQ8L 2OTJO 3CCML 1Q7YP 4XTKA
chains in the Genus database with same CATH topology
3G4SO 3CMEO 1YIJO 1VQNL 3G71O 1S72L 3CCSO 3CCQL 4N06A 3CCVO 3CPWN 1KC8M 5DQTA 1VQ6O 3CMAL 3CCEO 3CCUO 3CPWK 1QVGN 1VQKO 2YZSA 3CC2L 1KD1P 3CXCN 2OTLL 4W8KA 3CC7O 1VQ4L 3CCRO 1N8RP 1Q7YM 1QVGK 3CCLO 3G4SL 3CXCK 1YJWO 5DS5A 1QVFN 3CC4L 1YJ9L 5DS4A 3I56L 1VQMO 2QA4O 1KQSN 3CCUL 1YHQO 1VQOO 1YITO 1KD1M 5DQZA 1K8AP 1Q82P 1N8RM 1K9MP 1YJNL 5DS6A 3OW2N 1JJ2N 2QEXO 1YI2O 1VQLL 5FCLA 1VQ5L 1VQ7O 2OTJL 1VQ8O 3CCMO 1K73P 3CMEL 1VQPO 1M1KP 1YIJL 3GODA 3G71L 1VQNO 3OW2K 1JJ2K 1S72O 3CCSL 3CCVL 3CD6O 2QA4L 1VQ9O 3G6EO 3I55O 4P6IC 1VQ6L 1W2BN 1YITL 3CCEL 1Q81P 3CMAO 1QVFK 3CCJO 1M90P 1VQKL 4QDLA 1NJIP 1K8AM 1Q82M 1K9MM 3CC7L 1W2BK 1KQSK 2OTLO 5DLJA 3CCRL 3CCLL 1K73M 1Q86P 1VQPL 1M1KM 3NKDA 1YJWL 3CD6L 3CC4O 3CCQO 1YJ9O 1VQ9L 3G6EL 3I55L 3I56O 1VQML 1KC8P 1Q81M 1YHQL 3CCJL 1VQOL 1M90M 1NJIM 4WJ0A 3CC2O 1YJNO 1Q86M 1YI2L 2QEXL 1VQLO 1VQ4O 1VQ7L 1VQ5O 1VQ8L 2OTJO 3CCML 1Q7YP 4XTKA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G4S O;  3CME O;  1YIJ O;  1VQN L;  3G71 O;  1S72 L;  3CCS O;  3CCQ L;  3CCV O;  3CPW N;  1KC8 M;  1VQ6 O;  3CMA L;  3CCE O;  3CCU O;  3CPW K;  1QVG N;  1VQK O;  3CC2 L;  1KD1 P;  3CXC N;  2OTL L;  3CC7 O;  1VQ4 L;  3CCR O;  1N8R P;  1Q7Y M;  1QVG K;  3CCL O;  3G4S L;  3CXC K;  1YJW O;  1QVF N;  3CC4 L;  1YJ9 L;  3I56 L;  1VQM O;  2QA4 O;  1KQS N;  3CCU L;  1YHQ O;  1VQO O;  1YIT O;  1KD1 M;  1K8A P;  1Q82 P;  1N8R M;  1K9M P;  1YJN L;  3OW2 N;  1JJ2 N;  2QEX O;  1YI2 O;  1VQL L;  1VQ5 L;  1VQ7 O;  2OTJ L;  1VQ8 O;  3CCM O;  1K73 P;  3CME L;  1VQP O;  1M1K P;  1YIJ L;  3G71 L;  1VQN O;  3OW2 K;  1JJ2 K;  1S72 O;  3CCS L;  3CCV L;  3CD6 O;  2QA4 L;  1VQ9 O;  3G6E O;  3I55 O;  1VQ6 L;  1W2B N;  1YIT L;  3CCE L;  1Q81 P;  3CMA O;  1QVF K;  3CCJ O;  1M90 P;  1VQK L;  1NJI P;  1K8A M;  1Q82 M;  1K9M M;  3CC7 L;  1W2B K;  1KQS K;  2OTL O;  3CCR L;  3CCL L;  1K73 M;  1Q86 P;  1VQP L;  1M1K M;  1YJW L;  3CD6 L;  3CC4 O;  3CCQ O;  1YJ9 O;  1VQ9 L;  3G6E L;  3I55 L;  3I56 O;  1VQM L;  1KC8 P;  1Q81 M;  1YHQ L;  3CCJ L;  1VQO L;  1M90 M;  1NJI M;  3CC2 O;  1YJN O;  1Q86 M;  1YI2 L;  2QEX L;  1VQL O;  1VQ4 O;  1VQ7 L;  1VQ5 O;  1VQ8 L;  2OTJ O;  3CCM L;  1Q7Y P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G4S O;  3CME O;  1YIJ O;  1VQN L;  3G71 O;  1S72 L;  3CCS O;  3CCQ L;  4N06 A;  3CCV O;  3CPW N;  1KC8 M;  5DQT A;  1VQ6 O;  3CMA L;  3CCE O;  3CCU O;  3CPW K;  1QVG N;  1VQK O;  2YZS A;  3CC2 L;  1KD1 P;  3CXC N;  2OTL L;  4W8K A;  3CC7 O;  1VQ4 L;  3CCR O;  1N8R P;  1Q7Y M;  1QVG K;  3CCL O;  3G4S L;  3CXC K;  1YJW O;  5DS5 A;  1QVF N;  3CC4 L;  1YJ9 L;  5DS4 A;  3I56 L;  1VQM O;  2QA4 O;  1KQS N;  3CCU L;  1YHQ O;  1VQO O;  1YIT O;  1KD1 M;  5DQZ A;  1K8A P;  1Q82 P;  1N8R M;  1K9M P;  1YJN L;  5DS6 A;  3OW2 N;  1JJ2 N;  2QEX O;  1YI2 O;  1VQL L;  5FCL A;  1VQ5 L;  1VQ7 O;  2OTJ L;  1VQ8 O;  3CCM O;  1K73 P;  3CME L;  1VQP O;  1M1K P;  1YIJ L;  3GOD A;  3G71 L;  1VQN O;  3OW2 K;  1JJ2 K;  1S72 O;  3CCS L;  3CCV L;  3CD6 O;  2QA4 L;  1VQ9 O;  3G6E O;  3I55 O;  4P6I C;  1VQ6 L;  1W2B N;  1YIT L;  3CCE L;  1Q81 P;  3CMA O;  1QVF K;  3CCJ O;  1M90 P;  1VQK L;  4QDL A;  1NJI P;  1K8A M;  1Q82 M;  1K9M M;  3CC7 L;  1W2B K;  1KQS K;  2OTL O;  5DLJ A;  3CCR L;  3CCL L;  1K73 M;  1Q86 P;  1VQP L;  1M1K M;  3NKD A;  1YJW L;  3CD6 L;  3CC4 O;  3CCQ O;  1YJ9 O;  1VQ9 L;  3G6E L;  3I55 L;  3I56 O;  1VQM L;  1KC8 P;  1Q81 M;  1YHQ L;  3CCJ L;  1VQO L;  1M90 M;  1NJI M;  4WJ0 A;  3CC2 O;  1YJN O;  1Q86 M;  1YI2 L;  2QEX L;  1VQL O;  1VQ4 O;  1VQ7 L;  1VQ5 O;  1VQ8 L;  2OTJ O;  3CCM L;  1Q7Y P;  4XTK A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3G4S O;  3CME O;  1YIJ O;  1VQN L;  3G71 O;  1S72 L;  3CCS O;  3CCQ L;  4N06 A;  3CCV O;  3CPW N;  1KC8 M;  5DQT A;  1VQ6 O;  3CMA L;  3CCE O;  3CCU O;  3CPW K;  1QVG N;  1VQK O;  2YZS A;  3CC2 L;  1KD1 P;  3CXC N;  2OTL L;  4W8K A;  3CC7 O;  1VQ4 L;  3CCR O;  1N8R P;  1Q7Y M;  1QVG K;  3CCL O;  3G4S L;  3CXC K;  1YJW O;  5DS5 A;  1QVF N;  3CC4 L;  1YJ9 L;  5DS4 A;  3I56 L;  1VQM O;  2QA4 O;  1KQS N;  3CCU L;  1YHQ O;  1VQO O;  1YIT O;  1KD1 M;  5DQZ A;  1K8A P;  1Q82 P;  1N8R M;  1K9M P;  1YJN L;  5DS6 A;  3OW2 N;  1JJ2 N;  2QEX O;  1YI2 O;  1VQL L;  5FCL A;  1VQ5 L;  1VQ7 O;  2OTJ L;  1VQ8 O;  3CCM O;  1K73 P;  3CME L;  1VQP O;  1M1K P;  1YIJ L;  3GOD A;  3G71 L;  1VQN O;  3OW2 K;  1JJ2 K;  1S72 O;  3CCS L;  3CCV L;  3CD6 O;  2QA4 L;  1VQ9 O;  3G6E O;  3I55 O;  4P6I C;  1VQ6 L;  1W2B N;  1YIT L;  3CCE L;  1Q81 P;  3CMA O;  1QVF K;  3CCJ O;  1M90 P;  1VQK L;  4QDL A;  1NJI P;  1K8A M;  1Q82 M;  1K9M M;  3CC7 L;  1W2B K;  1KQS K;  2OTL O;  5DLJ A;  3CCR L;  3CCL L;  1K73 M;  1Q86 P;  1VQP L;  1M1K M;  3NKD A;  1YJW L;  3CD6 L;  3CC4 O;  3CCQ O;  1YJ9 O;  1VQ9 L;  3G6E L;  3I55 L;  3I56 O;  1VQM L;  1KC8 P;  1Q81 M;  1YHQ L;  3CCJ L;  1VQO L;  1M90 M;  1NJI M;  4WJ0 A;  3CC2 O;  1YJN O;  1Q86 M;  1YI2 L;  2QEX L;  1VQL O;  1VQ4 O;  1VQ7 L;  1VQ5 O;  1VQ8 L;  2OTJ O;  3CCM L;  1Q7Y P;  4XTK A; 
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