1NHBA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1nhbA00
3G3VA 3GUKA 144LA 1L60A 2RAZX 148LE 1OVJA 1C6IA 3HWLA 1QTVA 139LA 1I6SA 138LA 3GULA 2Q9DA 1L21A 1LYDA 2OE9X 1KY1A 168LA 1JQUA 1OVKA 3HTFA 197LA 1L10A 180LA 1L30A 1QUHA 1L84A 1L57A 4I7SA 1PQJA 2O7AA 1L16A 1L66A 1T8FA 1C6EA 4W52A 1QTBA 2IGCA 2B73A 1L50A 1C6BA 176LA 1L11A 3C7ZA 3C82A 142LA 4W54A 1G0PA 4I7RA 4ARQA 1L71A 125LA 162LA 258LA 1CU3A 1L58A 4EJ4A 1L97A 155LA 1L46A 4E97A 120LA 1SWYA 3EMLA 1LGWA 4EKRA 1L23A 146LA 161LA 1L38A 2LC9A 2ANVA 234LA 185LA 163LA 1DYAA 1CV5A 4ARQB 183LA 1C6PA 1L54A 1K28A 1L92A 1G06A 3HH6A 3DKEX 3RUNA 145LA 1LPYA 3DN6A 1L52A 4ARJA 1LI6A 3DMZA 2RB0X 2NTGA 1DYBA 1L18A 1L88A 214LA 1C63A 1T8AA 1EPYA 189LA 1L36A 3DMVA 1KNIA 137LA 2B6XA 2O4WA 6LZMA 1SX2A 1P2LA 2OTYX 4IAPA 1L03A 2B70A 1D3JA 1C6GA 250LA 3FA0A 1DYFA 1CV3A 1PQOA 3SB9A 159LA 195LA 1L67A 1LWGA 1C60A 3RZEA 181LA 1CV1A 123LA 141LA 188LA 1JTNA 1SX7A 170LA 1D3NA 3NY9A 219LA 199LA 1L07A 3HU8A 1L95A 3DN0A 3SB5A 198LA 4LDOA 3NYAA 2RBQA 2RBNA 1G0LA 108LA 2RBRA 1G07A 1PQDA 112LA 1OVHA 225LA 232LA 184LA 1LYIA 4EKQA 2QARC 171LA 1QUGA 1CUQA 2NTHA 1QSBA 103LA 1G1WA 1C6HA 1L62A 253LA 196LA 4I7NA 4I7OA 5LZMA 2HULA 1L48A 1L15A 218LA 1CUPA 1L61A 4I7PA 244LA 1L80A 2OU0X 1PQMA 1KY0A 1QTDA 4OO9A 1L63A 3HH5A 173LA 3PBLA 1KW5A 1L01A 1L12A 237LA 186LA 3GUMA 104LA 3SN6R 3DN2A 2RBSA 3UONA 262LA 1CTWA 1OWYA 1L32A 1C6LA 1L74A 1L43A 165LA 220LA 4YX7C 1DYDA 2B6TA 2RAYX 1L64A 1L26A 3ODUA 1P6YA 192LA 3FI5A 248LA 4ARLA 1D9WA 229LA 224LA 1L93A 1T6HA 1QS9A 245LA 1L19A 3C81A 1CX6A 130LA 1XJTA 3L64A 257LA 223LA 3C80A 4LZMA 3K2RA 1SWZA 3C7YA 4I7QA 1L13A 1L29A 3C8QA 239LA 2B6WA 1T97A 1C6TA 1OYUA 216LA 3HTBA 243LA 1C62A 1L56A 1LYGA 1L06A 1P37A 1XEPA 1L72A 127LA 215LA 1PQIA 235LA 3DMXA 1QTZA 1L77A 1L81A 1L28A 1QT5A 1L55A 2ANXA 175LA 4ARMA 3DN3A 1LGXA 4DKLA 151LA 1C6NA 1LYHA 3DNAA 4GRVA 3VW7A 109LA 256LA 3V2WA 128LA 1L27A 3C8RA 1P46A 2L78A 177LA 3HUQA 111LA 1L04A 1OV5A 4I7JA 4W55A 205LA 3JR6A 1C6KA 4ARMB 3HTDA 1P36A 3HT7A 3HDEA 2RH1A 3QAKA 1DYEA 1SSWA 2OTZX 1L02A 1L34A 3HT8A 1CU6A 1C64A 166LA 1C65A 1L73A 3G3WA 1NHBA 3HUKA 1L47A 1L0JA 1C68A 3HT9A 261LA 231LA 3L2XA 147LA 1QT6A 255LA 3F9LA 3CDTA 1C6MA 1L76A 3CDVA 3GUNA 1P56A 206LA 191LA 5I14A 200LA 1QT3A 3F8VA 2CUUA 1L96A 246LA 113LA 2OU8A 1QTCA 156LA 1L82A 1L79A 1P5CA 1L08A 3CDRA 4YXAC 1ZYTA 254LA 102LA 4LDLA 209LA 2LZMA 211LA 3NY8A 1G0QA 1L25A 3HH4A 1D3MA 1C69A 3D4SA 122LA 4W53A 160LA 1LLHA 2OE4X 174LA 1L69A 149LA 1P3NA 1CV0A 1G0MA 3HU9A 1C61A 140LA 3DN1A 3PDSA 1L89A 1C6JA 4EPFA 1C66A 252LA 3CDQA 4W57A 169LA 1QS5A 1LWKA 2F32A 1P2RA 115LA 1L22A 1D2YA 1CU2A 4K5YA 1C6DA 217LA 4LDEA 1C67A 1L99A 2F47A 143LA 3SB6A 3FADA 249LA 4EKSA 119LA 1WTHA 3C83A 3GUIA 4AQNA 2RB1X 2F2QA 2A4TA 3LZMA 1L53A 228LA 172LA 164LA 1L87A 1SSYA 1PQKA 210LA 1CV4A 1KW7A 1QUDA 1G0GA 1QT4A 1CVKA 4W51A 2OU9A 4ZPUA 4W59A 110LA 1CU0A 1L83A 1LYJA 226LA 4W58A 2OEAX 1L44A 3SB7A 1P64A 1L94A 227LA 2B74A 1L70A 1LI3A 2RBPA 3C7WA 3HH3A 3SBAA 3SB8A 1L14A 3HTGA 4YXCA 3GUOA 152LA 1QTHA 1L37A 2B75A 1L09A 1B6IA 1L98A 1L42A 1L00A 1G0KA 240LA 3OE8A 230LA 3DN4A 2B6ZA 2B72A 2O79A 1JTMA 1L41A 150LA 1KS3A 1CV6A 236LA 242LA 4S0WA 4EXMA 3CDOA 2Q9EA 212LA 4I7MA 1XJUA 3OE6A 178LA 158LA 233LA 2OE7X 260LA 1QUOA 131LA 3HUAA 1OV7A 1L24A 1C6QA 3SBBC 1C6AA 2B6YA 1G0JA 1L45A 1P7SA 2HUMA 2B7XA 222LA 1L85A 3GUPA 238LA 4I7LA 1TLAA 129LA 1DYGA 247LA 4GBRB 1L86A 1D3FA 2LCBA 157LA 1L39A 1L51A 1C6CA 1L59A 1L40A 2QB0B 3HT6A 4EPIA 3DN8A 2HUKA 1L05A 1OWZA 201LA 259LA 3GUJA 4DJHA 126LA 1CX7A 221LA 213LA 3C8SA 1LW9A 1L0KA 2RB2X 3OE0A 1L68A 1QT7A 3OE9A 1LGUA 1C6FA 167LA 187LA 4I7TA 4DAJA 241LA 4PK0A 4PJZA 1L49A 1ZURA 7LZMA 4ARPA 1L65A 1G1VA 1L33A 118LA 1L91A 1T8GA 1L75A 251LA 2Z6BA 3HDFA 1LI2A 1DYCA 1ZWNA 4I7KA 1LYEA 1QSQA 1L31A 190LA 1LYFA 1QT8A 114LA 1L17A 1L90A 182LA 1D2WA 4EKPA 4W56A 1L20A 2RBOA 1L35A 107LA 3V2YA 3G3XA 1CU5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z2EA 4A7DA 1QSAA 3G3VA 3GUKA 4W96A 3TMUA 139LA 1I6SA 3MGWA 5FSTA 2OE9X 4YENA 4L41A 2RSCA 4I7SA 1PQJA 3TXFA 1P2CC 1KIPC 5EBHA 4NHSA 1XGTC 1C6BA 1RI8B 3C7ZA 1NHEA 4DDBA 1DKKA 3QE8A 4NHIA 2I26L 5KXXA 3AGGG 162LA 2D4JA 3CQLA 1OUFA 1BVKC 4EJ4A 1B7SA 4ML7A 1L46A 1HHLA 3M3UA 4WO9A 120LA 4WG1A 1LHIA 4DT3A 1IP6A 1GF6A 1TAYA 5LYZA 2CJLA 1IP3A 4XJBA 1K28A 1LZDA 3RUNA 4D9ZA 4Z98A 1LPYA 3DMZA 1XGPC 2RB0X 4LYBA 1DYBA 1KXWA 4RW1A 214LA 4CJ2A 1G7MC 1T8AA 1I56A 1F10A 5IHGA 1KNIA 137LA 2B6XA 1NDMC 1JJ1A 4UWNA 1FKQA 5HLLA 2DQFC 4U3XB 1XSFA 1HERA 5I53A 3FA0A 1DYFA 5L9JA 1PQOA 4TUNA 4YEOA 4NGZA 1GWDA 1LJKA 2ZIKA 141LA 1REZA 4N9RA 1BVXA 1SX7A 4QEQA 4BAPA 1LZCA 4LYMA 1LJEA 3NYAA 2RBNA 1LSPA 1G0LA 1WTNA 108LA 2XTHA 1LZBA 2Z12A 2D91A 1IWWA 1OVHA 1IWYA 2PC2A 1LJGA 4NSGA 3TMXA 1NKHA 4EKQA 1JJ3A 2BQBA 2QARC 5LVKA 5LYTA 2YBNA 1QSBA 4GCEA 4HTQA 3ZEKA 253LA 2FBBA 3LYOA 1JTTL 2HU3A 1L48A 1L15A 218LA 1CUPA 244LA 2OU0X 4WO6A 1PQMA 1QTDA 1YL1X 4OO9A 1L12A 5DM9A 237LA 3AB6A 3GUMA 5J7CA 262LA 2YSSC 1GBZA 1BWHA 1C6LA 1L43A 1DYDA 2B6TA 1L64A 1L26A 3ODUA 4WM2A 1LZGA 4IASA 1JWRA 1B7LA 3W6BA 1GFJA 1IC5Y 3C81A 4QGZA 1JSFA 130LA 3K2RA 1LMOA 1SWZA 3C7YA 1XGRC 5F16A 1T97A 3RT5X 1C6TA 216LA 5HMVA 4H9BA 1L56A 127LA 235LA 3DMXA 4DD9A 2F30A 1L77A 5LAGA 2Z2FA 3ULRA 4B49A 1EL1A 1LYHA 4H8ZA 4Z41A 3DNAA 1LYZA 4DD1A 1L27A 3A94A 1P46A 177LA 4BAFA 1GF3A 1AM7A 111LA 1GB5A 1LSEA 1LYOA 1VDTA 3A96A 1C6KA 4I0CA 3HDEA 5F14A 4LFPA 1CJ7A 2OTZX 4WM5A 1L02A 1DZBX 2DQAA 1GF8A 1BWJA 3G3WA 1L47A 3QY4A 1CKCA 1KXXA 255LA 4HP0A 4H92A 5I14A 3A34A 1L82A 1JISA 1CKFA 4LDLA 209LA 1AT5A 4NEBA 1VEDA 3AJNA 3TXEA 1G0QA 1ZVHL 1V7SA 1L25A 1D3MA 3AZ4A 122LA 4GCCA 149LA 3HU9A 4WLXA 1CJ8A 3DN1A 1A4VA 1JUGA 2GV0A 1GAZA 4W57A 169LA 1QS5A 115LA 3LHMA 5FHWA 1CU2A 4K5YA 217LA 1GBXA 4RDSA 1C67A 1UIDA 4NSJA 3GUIA 2N5ZA 2F2QA 2A4TA 1LSYA 4DQJA 4AGAA 210LA 2BQAA 4H94A 4OWCA 3RZ4A 4PGJB 1XFPL 1LSZA 1KW7A 1QUDA 1YILA 3WU9A 2OU9A 4W59A 5B07A 1JHLA 2Z37A 5APFA 3HBHA 5A3EA 4W58A 2ZNWY 3SB7A 1P64A 1L94A 1GFTA 1BHZA 1JEFA 1D0MA 4CFOA 3HH3A 3SB8A 1GFRA 1TEWA 1GFAA 1QTHA 2B75A 1B7RA 4DDAA 1LSBA 3N9EA 1G0KA 4GN4A 2ZQ3A 3TMVA 1HEOA 1DI4A 4ETCA 1IR8A 3CDOA 212LA 2LYOA 1LHLA 2HECA 158LA 233LA 2WARA 1IY3A 5IELA 260LA 2YBHA 1B5YA 1BWIA 1L24A 3W6FA 1C6AA 1L45A 1NDGC 2HUMA 2LZTA 222LA 129LA 1LKSA 4TWSA 1C46A 1B9OA 3A6CY 2LCBA 157LA 1C6CA 2DKVA 1L40A 2QB0B 1IORA 1YKXX 1FKVA 3J4GA 2RB2X 5E4PA 5E9RA 3OE9A 1CKHA 2CWIA 2CDSA 4HV1A 4XENA 3RW8A 4DD3A 4LT2A 3WXUA 5KJ9A 2MEIA 1L49A 1L65A 1LJ3A 2HU1A 1G1VA 3AW7A 1YIKA 1L75A 2I6ZA 1B7OA 1DYCA 4WLYA 4I7KA 4G4BA 1LYEA 1REYA 1LZTA 1LYFA 4NWEA 114LA 182LA 5C6JA 1GB6A 3A67Y 1L35A 3OK0A 3B72A 4HV2A 4I7TA 4H8YA 4WMGA 1B5VA 1OUHA 1RE2A 4ET9A 4NIJA 3HWLA 2DBTA 2Q9DA 1L21A 1LYDA 3WU7A 197LA 2MEHA 1QUHA 4ANRA 1LJHA 1L66A 1T8FA 3ZVQA 1QTBA 2IGCA 1YKZX 2B73A 2YBJA 1L11A 4LFXA 1HSWA 142LA 3AZ5A 1L71A 2BQFA 1CU3A 2BAAA 1L58A 1FLQA 2W1LA 4E97A 1SWYA 3B0IA 3A93A 4NGWA 5HQ1A 4AXTA 4DWXA 4GCBA 5KXZA 1BGIA 4ARQB 4ZEEA 1T3PA 3DKEX 2EIZC 4ARJA 1GB7A 2NTGA 1L18A 1OUEA 1C63A 1UIBA 3FI7A 189LA 5AMYA 2W1MA 1QTKA 5C6LA 3VWOA 3WH1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z2E A;  4A7D A;  1QSA A;  3G3V A;  3GUK A;  4W96 A;  3TMU A;  139L A;  1I6S A;  3MGW A;  5FST A;  2OE9 X;  4YEN A;  4L41 A;  2RSC A;  4I7S A;  1PQJ A;  3TXF A;  1P2C C;  1KIP C;  5EBH A;  4NHS A;  1XGT C;  1C6B A;  1RI8 B;  3C7Z A;  1NHE A;  4DDB A;  1DKK A;  3QE8 A;  4NHI A;  2I26 L;  5KXX A;  3AGG G;  162L A;  2D4J A;  3CQL A;  1OUF A;  1BVK C;  4EJ4 A;  1B7S A;  4ML7 A;  1L46 A;  1HHL A;  3M3U A;  4WO9 A;  120L A;  4WG1 A;  1LHI A;  4DT3 A;  1IP6 A;  1GF6 A;  1TAY A;  5LYZ A;  2CJL A;  1IP3 A;  4XJB A;  1K28 A;  1LZD A;  3RUN A;  4D9Z A;  4Z98 A;  1LPY A;  3DMZ A;  1XGP C;  2RB0 X;  4LYB A;  1DYB A;  1KXW A;  4RW1 A;  214L A;  4CJ2 A;  1G7M C;  1T8A A;  1I56 A;  1F10 A;  5IHG A;  1KNI A;  137L A;  2B6X A;  1NDM C;  1JJ1 A;  4UWN A;  1FKQ A;  5HLL A;  2DQF C;  4U3X B;  1XSF A;  1HER A;  5I53 A;  3FA0 A;  1DYF A;  5L9J A;  1PQO A;  4TUN A;  4YEO A;  4NGZ A;  1GWD A;  1LJK A;  2ZIK A;  141L A;  1REZ A;  4N9R A;  1BVX A;  1SX7 A;  4QEQ A;  4BAP A;  1LZC A;  4LYM A;  1LJE A;  3NYA A;  2RBN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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