1NOZA

T4 dna polymerase fragment (residues 1-388) at 110k
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
346
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA POLYMERASE
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
molecule tags Nucleotidyltransferase
total genus 113
structure length 346
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1nozA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1nozA02
1BIZA 3NGZA 1IG9A 1GOAA 2FBXA 3KLIA 4FCYA 1VSFA 4AH9A 1JLEA 3ASMA 3OVNA 4DU3A 1EETA 1NKBA 4DU4A 4IKFA 4Y1DA 3L2WA 1VSMA 4DFPA 2F8TA 4DTJA 1TKDA 1JLGA 4LSNA 4BE0A 1JKHA 1RBRA 2EX3A 3VQ8A 3ITHA 4L8RB 3KKSA 2EHGA 2IDOA 4DFMA 1UA0A 2KZZA 3IRXA 4H8KA 4BDPA 1NJYA 1ZBUA 2VWKA 3AVGA 1HRHA 1SUQA 1EX4A 1VSJA 4FW2A 4AHSA 3L2RA 3LWLA 3HVRA 2PZSA 1YTUA 3OYLA 1FKOA 2XY8A 1WN7A 2OYQA 3AA4A 3G10A 3ZSOA 1D9DA 3RTVA 5KGWA 1NK6A 1BHLA 1TL1A 4M3RA 3SQ0A 3V1QA 4E7IA 4CJRA 1LAVA 2G8VA 4J2DA 2Y1JA 4CEEA 4FM0A 3QNOA 1JL2A 4DLGA 1VRTA 2OPQA 1DTTA 4B3OA 4B9VA 1BGXT 4BDZA 2WOMA 3NF9A 4H4MA 4DTPA 3AVKA 4FZXC 2YHAA 5HBMA 1DTQA 4N47A 1QHTA 4FLTA 1REVA 4I9LA 2B6AA 2YNGA 4CEBA 3DLBA 4M3UA 4GMJB 3AVLA 1RNHA 3AVJA 4BDYA 4BE2A 3MXMA 1HJRA 1IKVA 4CFBA 4CGDA 1Q8IA 4RG8A 4RW9A 4DMNA 4E7HA 4DQIA 2IOCA 3ZT1A 4UQGA 4LSLA 3HK2A 5T7BA 4DTOA 4DS5A 2QK9A 4FJJA 2HNZA 5HRPA 1KVBA 3SUPA 4OPKA 3SJJA 3RWUA 1G15A 3C6TA 1XHZA 4B9MA 2HHVA 3EZ5A 2HVIA 4W5TA 1WAJA 3IS9A 4CHZA 1NKCA 4NCAA 3HL8A 4LH5A 4M45A 2X74A 2HVHA 4O5BA 4JS4A 5JS1A 2P51A 2ITGA 1T05A 3O3FA 4KTWA 4CJVA 3D45A 3HXMA 3HJFA 4NCBA 4K8ZA 4M3TA 4CHOA 1RILA 2OPRA 4FK4A 3DLEA 1D9FA 5KRSA 5D3GA 3V4IA 3M8SA 2ATQA 5HLFA 4DTXA 3AV9A 2IS3A 3PO5A 1KFDA 4N41A 4KO0A 1BQNA 4DS4A 1BQMA 3KIOA 1SV5A 3SCXA 3K57A 4DTUA 4DF8A 4IFVA 3WNFA 1CXUA 4PY5A 3NCIA 4Z0UA 1L3UA 1RDDA 3VQ6A 1EKEA 3SUQA 4RW8A 1U04A 5FROA 3VQAA 3K59A 3OYKA 2Z1GA 3KK3A 3TWHA 3TAGA 1UWBA 4FJKA 2OPSA 3CFRA 1S6PA 1ZYQA 2QKKA 1BI4A 2HHWA 1O1WA 5E41A 4DSFA 4FJGA 3NFAA 1L3TA 4OLBA 4FLXA 2DY4A 3LDSA 4W5OA 4G1QA 4DWIA 4KI4A 1HNIA 2FBYA 2A1SA 2RF2A 4KKOA 4PA1A 2O4IA 4CGIA 3G0ZA 4CEOA 4M41A 2BDPA 4CK1A 4DG1A 4NCGA 2Z1JA 2KFNA 4GW6A 4CF0A 2JGUA 1WSGA 4DSJA 3OYJA 2HHQA 5CY4A 2P5OA 2Z1HA 4MFBA 4DF4A 3AVMA 4DLEA 3AO5A 1C0TA 1X9MA 3L3UA 2G8HA 4FXDA 1WSJA 2JLEA 1MU2A 2P1JA 5HRRA 3AVNA 3T1AA 2G8KA 1I39A 5FRNA 4DFJA 4J2AA 4CEZA 3DLGA 3L3VA 2OZSA 3O3GA 1WAFA 4CJKA 3TAQA 4E0DA 3RRHA 4KHWA 3IG1A 4Q5VA 4MQ3A 2FBVA 4CECA 4WE1A 4OKJA 3K5OA 3ZSXA 4ZTFA 2OA8A 4CGFA 2BE2A 1ZBLA 3PX4A 5CZ1A 4ID1A 4K8XA 1RT4A 1LWCA 3VQDA 2D0AA 1RDAA 1B92A 4N5SA 3I0RA 3LWMA 4CJWA 3LP1A 4B9NA 4KB0A 2F8SA 3DOLA 2HW3A 3OJSA 3NDKA 4CGHA 3VQQA 4F3OA 3SUNA 2LSNA 4FLUA 4H4OA 3KLEA 3QEPA 4F3TA 1SL2A 3TI0A 3LZJA 2DFFA 1JXEA 4AHTA 5KI6A 3AVHA 5I42A 1JXBA 4CHQA 4ELTA 1C0MA 4CE9A 3SUOA 3NH0A 1GOCA 4KRFA 3KD5E 1LV5A 1RTDA 1RBVA 2HNYA 4F2SA 3VQ5A 4FLYA 1HQEA 1ITGA 4AILC 1VSLA 3ZT3A 1S9EA 1RDBA 1X1PA 2I5JA 3AA5X 3ZSWA 4E1NA 1ASUA 1BI4B 2BANA 4EP5A 5HRSA 2YKNA 3LPTA 4Q0BA 3BGRA 4HUGA 1EXQA 1HYZA 4HCCA 5SZTA 4Z4FA 1VSDA 1VRUA 1XI1A 2D5RA 3HPGA 4CEQA 4DTRA 2O4GA 4C8OA 3AO3A 3VQ7A 4LH4A 3U3GA 4HTUA 3ZT2A 1FK9A 4C8MA 1S5JA 1TVRA 3QESA 1TL3A 4DFKA 1D5AA 2ZQBA 4O4GA 4FJNA 1U45A 4I2PA 4FM1A 3OYMA 3VA3A 1YT3A 4PWDA 2KTQA 3LZIA 3ZSRA 4DSKA 4JLHA 1JLAA 3CM6A 1NK0A 3HP6A 1S1TA 5JS2A 2ETJA 4RW6A 1T8EA 2KZMA 1HYVA 1KVAA 4CJ3A 4CK3A 4E1MA 1S1UA 1LW0A 3SQ1A 1TK5A 5EU7A 4M3WA 1JLCA 1IKXA 3NE6A 4OKEA 3D0PA 3UIQA 2YKMA 4E3SA 2ZD1A 4CF2A 4KB1A 5C24A 4Z4HA 3JYTA 1KLNA 3QEXA 1VSEA 2G8IA 2YNIA 3DLKA 3AA2A 4QAGA 4KFBA 3PO4A 3QIOA 1JLFA 3THVA 4Z4GA 1RTJA 3VQCA 3E01A 2RPIA 1F21A 1TAUA 5J1EA 4BWMA 3V81A 5J2PA 3HM9A 4JRQA 5I3UA 3PV8A 2D0BA 1RCHA 3OS1A 4KV8A 4DTMA 4CFCA 4YFUA 1U47A 4AHRA 4FVMA 3KLGA 2OPPA 3L2QA 3QEVA 2YHBA 1Z26A 3OYIA 3KK1A 3V1RA 3ZT0A 3KKRA 3NBPA 4CJSA 4OJRA 4FJ5A 4ZTJA 3FFIA 4ELUA 2BGGA 5C42A 1QSSA 3F73A 3NGIA 4EP4A 4E7JA 1NK4A 1TK8A 4PUOA 3C6UA 4CJTA 3KK2A 4FK0A 3RMDA 2HHXA 4C8KA 3NF7A 1TAQA 4CJUA 2YNFA 3K5MA 4B9LA 1A5VA 1C0UA 3P83D 4GVMA 3MAQA 4ELVA 3KLHA 3WNGA 4JRPA 1FXXA 2GV9A 3SYZA 4XIUA 1RT6A 2IC3A 4CEDA 1RT1A 3RR8A 3K58A 1QSLA 3DRPA 4KHQA 1NJZA 3B6PA 1HPZA 2YV0X 4DSIA 1KCFA 3ZSZA 1JLBA 4O0IA 4LD0A 4DSLA 3OS2A 2XY6A 4F2RA 4CESA 4FZYA 1A5XA 3TAEA 3MEEA 3NHGA 2RN2A 4KTZA 2HHSA 3WNHA 2GBZA 4AHCA 3OYGA 3OYAA 2PYJA 4CEAA 3NGYA 1R0AA 4CIEA 4Z4IA 3QETA 4DU1A 5KRTA 3SNNA 5KTQA 4CIGA 1ZBFA 3OS0A 3QEWA 3KLFA 2A1RA 1N6QA 1ZBHA 1S1XA 1RT2A 3QNNA 1IKYA 4B8AB 1IO2A 3CYMA 2XHBA 2F96A 3K5LA 4CERA 4Z4CA 3RR7A 1BCOA 4DQQA 4DQRA 4IBNA 3ZSYA 4FJHA 1BISA 1WLJA 2KQ2A 5SWMA 4DTSA 3A2FA 1RTHA 3NH1A 3HO1A 3OYCA 4YNQA 3LPUA 4FM2A 4OKKA 3O3HA 4OVLA 1T7PA 1D8YA 1RBSA 3ULDA 1W9HA 3CG7A 3M8RA 3S3MA 1QE1A 1NK9A 4CHNA 3TABA 4IFYA 3PX6A 1TKXA 1JL1A 1RBUA 2HMIA 3VQ9A 1BCMA 4R5PA 1J9AA 2G8FA 1X9WA 1RDCA 1IH7A 5FRMA 1KTQA 3RMCA 1BL3A 4QOZB 2HHTA 2P5GA 1K6YA 3OJUA 1SL0A 2HHUA 3U3YA 4FZZA 4RW4A 3C94A 5K14A 4KREA 1J54A 1RTIA 4HHTA 3VQEA 1ASVA 3VQPA 3IAYA 2E6LA 3V9ZA 3T3FA 2KFZA 1S1WA 2AJQA 2XRIA 1ZBIA 1B9FA 2D0CA 4FW1A 4CF1A 4I2QA 3K5NA 2HB5A 2RKIA 1VSKA 2Y1IA 4Z4EA 3NAEA 2X78A 4BE1A 1LW2A 2VG6A 2NUBA 1LWEA 3CFOA 4LY7A 1LAWA 4N76A 4ICLA 4IG3A 4BACA 4EZ9A 3MEDA 3P1GA 3TARA 3DI6A 4HUEA 4FLZA 2XY7A 1WSHA 2IGIA 4Y1CA 2B5JA 4M3XA 2XO7A 2W42A 2VWJA 3HP9A 3LP0A 4B9UA 4W5QA 1DLOA 3SV3A 1U48A 1UOCA 4FJLA 1FKPA 4CGJA 3EY1A 4B9TA 3M8QA 3B6OA 4CIFA 3OYHA 3RRGA 5KGXA 5DMRA 5C25A 1KRPA 3S9HA 4IDKA 5CYQA 1CZBA 4CJLA 3TAPA 1U49A 4DTNA 4CCHA 3KTQA 4KTQA 4E7KA 3MECA 5DK5A 4OLAA 2QXFA 4OGEA 1NJWA 1Q9YA 4CJPA 3CFPA 1B9DA 3ISNC 1J5OA 1Q9XA 3PUFA 4B9SA 3SV4A 1S9GA 2E6MA 3QEIA 3ZCMA 1YVUA 1C1BA 1VK0A 3T19A 1CXQA 3AO4A 1ASWA 4EZ6A 4FJ9A 1N5YA 3AVAA 1Y97A 3RMBA 2PYLA 2DTUA 1W0HA 4NYFA 3OYBA 4HCBA 2DFHA 3NF8A 4DSEA 4E7LA 4FYDA 2WONA 3OYFA 1QTMA 3WNEA 3KJVA 1EP4A 3JSMA 1JLQA 3C95A 3TANA 3OYDA 4TSXA 3SQ4A 3VQ4A 1WSEA 1VSHA 3DM2A 2X6NA 2OZMA 3F9KA 1WSFA 3O4QA 3LP2A 2HNDA 1TK0A 4CJQA 3SZ2A 2ZE2A 3H08A 1S1VA 3EYZA 3U6FA 2FC0A 4BWJA 3I8DA 1LWFA 4CK2A 5CZ2A 4NYNA 3PX0A 1T03A 1J53A 1Z25A 3I0SA 4C8LA 4FJMA 3AVFA 5HROA 1NOYA 1KSPA 3AVCA 2DFEA 4IG0A 3K2PA 3TAFA 3HPHA 1BIUA 1KLMA 1RT5A 4N56A 1RT3A 3DYAA 4HVJA 4O0JA 2X6SA 4HUFA 4FLVA 3TR8A 2VG7A 3V9UA 2YNHA 3CM5A 3S3NA 1X9SA 1L3VA 2PY5A 1C1CA 4B8CA 1NK7A 2Z1IA 3V9SA 4E19A 3AA3A 2KW4A 2IAJA 3AO1A 4ZHRA 1NKEA 3SPYA 3VA0A 4J2EA 1HMVA 4RW7A 4F8RA 3HPOA 3AO2A 3SPZA 3MXIA 3QERA 2FBTA 2G8UA 1TKTA 1QS4A 3DRRA 4OGCA 4CF8A 1NK5A 2QKBA 3HSTB 1SKSA 4AHUA 3V9XA 1RT7A 1L3SA 1KFSA 2GUIA 3HYFA 4CJEA 3AVIA 2E4LA 3ZT4A 4KHSA 3HVTA 4KPYA 4FJXA 1C6VA 3DOKA 5HRNA 4PQUA 1QSYA 4B08A 2XY5A 3L2VA 3LANA 4KHUA 5HP1A 3BDPA 4FK2A 4CHPA 3QLHA 4F4KA 3OYEA 2B4JA 4O55A 1SKWA 1WSIA 4OPJA 1NJXA 4DQPA 1YTAA 4KAZA 3SQ2A 3LAMA 4AHVA 3NF6A 3VN5A 2R7YA 1XWLA 3MXJA 4FLWA 3ZSVA 4QCLA 4KHNA 4W5RA 5J2NA 4I9QA 1XC9A 3KD1E 3LAKA 1HQUA 3LALA 1I3AA 1C1AA 1IKWA 4C8NA 1TKZA 4CEFA 2G8WA 5J2MA 1TGOA 3L8BA 4M42A 1XHXA 4CJ5A 1CLQA 4FJIA 4M3ZA 3NH2A 4JS5A 1GOBA 1UA1A 1U4BA 5CYMA 4KI6A 4CJFA 4CFAA 3LP3A 1HNVA 3MEGA 4O44A 3S3OA 3OY9A 1VSIA 3M8PA 3QINA 3ZSQA 3V9WA 4FJ8A 3QIPA 4M3YA 4CF9A 4DQSA 3AVBA 3QO9A 4J2BA 1NK8A 4CJ4A 1NOZA 4KHYA 3TAMA 3O4NA 1SL1A 3PY8A 3SI6A 3DMJA 3OYNA 3DLHA 1QQCA 3ALYA 1RBTA 3RMAA 1CZ9A 1UAXA 5J2QA 4W5NA 1A5WA 3CQ8A 2Q3SA 3DLRA 3V1OA 2VG5A 1WNSA 3L2UA 4I7FA 5FDLA 1SKRA 4ID5A 3V6DA 1L5UA 1TV6A 4E89A 4CHYA 3HT3A 4FJ7A 3P5JA 1HYSA 3VQBA 1KVCA 1S6QA 3DRSA 4CFDA 4CGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIZA 3NGZA 1VSFA 1EETA 4Y1DA 3P38A 1BOTO 4DFPA 4MO5A 4LSNA 1RBRA 2EX3A 1BA1A 1IBMK 4DFMA 1UA0A 2YHYA 3IRXA 4BDPA 1NJYA 2A42A 3AVGA 1HRHA 1VSJA 4FW2A 4AHSA 2PZSA 3CJAA 3T7ZA 3OYLA 5KGWA 1VQKN 5AZJB 1T6CA 3M5RA 4C23A 1Q82O 1LAVA 2VGMA 3RVCA 2NRZA 3OTOK 2OPQA 1DTTA 4NB4A 2O8CA 2WOMA 5TKYA 5HBMA 5FPMA 4JI0K 5KPZA 4U7BA 2YNGA 3O5BA 4M3UA 5AZIB 2NRRA 1RNHA 4BDYA 1IKVA 4CFBA 2VQEK 4JI6K 4RG8A 5BR8K 5KPTA 4UQGA 2HNZA 3SJJA 3C6TA 5IWAK 5FPNA 2HHVA 3EZ5A 2Q1NA 4LF6K 1WAJA 4CHZA 2HVHA 3HL8A 4LH5A 3N4QA 2P51A 4GVEA 4A59A 3HM8A 4K8ZA 4M3TA 2E2QA 1V4SA 2NLXA 1RILA 2OPRA 4DR6K 3DLEA 3MN6A 4WFAL 4B3TK 2ASMA 3G71N 2V7ZA 3PO5A 3I8BA 1BQMA 1SV5A 3SCXA 4DF8A 1WUAA 4IFVA 1CXUA 3NCIA 4Z0UA 1L3UA 4B9NA 2P9LA 2QKKA 5E41A 5LJVA 4DSFA 4FJGA 3NFAA 5I9EB 1L3TA 4DV6K 4FLXA 4KI4A 2RF2A 4PA1A 1NGBA 1MA9B 4H0TB 2BDPA 4NCGA 4FWNA 2Z1JA 4GW6A 4DCHA 2P5OA 4DF4A 2I7PA 3AVMA 4DLEA 4JD2A 1BG3A 5FRNA 1I39A 3KWIA 4J2AA 3QICA 4EHTA 3DLGA 3L3VA 3O3GA 4BY9C 4E0DA 1NWKA 2PAVA 1OH8A 3RRHA 4Q5VA 4MQ3A 2FBVA 2V7YA 2GEMA 1C0FA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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