1NOZA

T4 dna polymerase fragment (residues 1-388) at 110k
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
346
Chain Sequence
b'DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA POLYMERASE
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
molecule tags Nucleotidyltransferase
total genus 113
structure length 346
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1nozA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1nozA02
3TAMA 3SUOA 4ZTFA 1JLEA 4AH9A 5HRNA 3HVTA 4E7IA 1NKEA 2PYLA 1VSEA 4F8RA 5HLFA 3L3UA 1RT3A 5CYMA 2KQ2A 1TL1A 3IS9A 3VQ4A 3L3VA 3E01A 3ZT3A 1EXQA 3PX0A 4IKFA 2HHTA 3T19A 3V6DA 3L2UA 4KHNA 4ELVA 3QLHA 3S3NA 3RMDA 1KFDA 4QCLA 1S6QA 4J2BA 1CXQA 2X78A 2YNHA 4ID1A 3TR8A 3TAQA 1WNSA 1IKXA 2F8TA 3DLRA 1YTAA 4MQ3A 4AHRA 1REVA 3KLEA 3P1GA 4KHYA 1HQUA 2X6SA 4CEDA 5SWMA 3M8RA 2GV9A 3HVRA 3CM6A 4CGDA 3K5NA 3ZSZA 1QHTA 3TWHA 1EX4A 4B9UA 2BDPA 1QE1A 1NKBA 1RCHA 3CFRA 4CECA 3F9KA 4M3WA 4CJ3A 3JYTA 3ZSWA 1F21A 3ISNC 1RBVA 4DLGA 2VG7A 1VSMA 4K8XA 3VQAA 2IS3A 4QOZB 1RBRA 4FLUA 3QNNA 4H4MA 2YKMA 1XC9A 1S9GA 4E19A 4BE2A 4B9VA 3HPOA 2P5GA 3AVGA 4CIGA 4CJVA 3V9SA 1NK6A 1U4BA 2XY6A 2X74A 4B9TA 1QS4A 1SUQA 4FVMA 3AA5X 3G0ZA 3O4NA 4KI4A 1JLBA 2QXFA 5CY4A 2OPPA 3EY1A 2Q3SA 1JKHA 2JLEA 3RRGA 1BI4B 1C1BA 3ZT1A 4R5PA 1A5WA 2Z1JA 3TABA 2ITGA 3IRXA 4ICLA 4CFBA 2GUIA 2DY4A 2RN2A 4LH5A 4PA1A 4OGCA 2GBZA 5C25A 2KZMA 5DMRA 4FJGA 4KKOA 1J5OA 2QKBA 3DI6A 3ZT2A 4CGGA 3NGZA 3OYAA 1RDDA 4M3UA 2Z1GA 2HNYA 1HNIA 4CJUA 2YKNA 4KHQA 3O3GA 1IO2A 4KI6A 1GOAA 5FDLA 4OPKA 4DSFA 3KLIA 1DLOA 4Y1DA 1ITGA 4DSJA 3QINA 4FLVA 3L2QA 3HXMA 4FJ5A 1IKYA 1QQCA 4KB1A 1RTDA 4DTSA 4CE9A 5J2NA 3RMBA 3DRPA 4EZ6A 1WLJA 2Y1IA 2G8FA 2G8WA 1K6YA 5J2QA 1U47A 4FW2A 5C42A 2P1JA 3K2PA 2P51A 2D0AA 1HJRA 4CERA 3KLFA 3KK1A 3TI0A 1X9WA 4DQIA 4J2AA 4FJ8A 1ASUA 4OGEA 1S1VA 3ZSXA 1KRPA 4PWDA 4PUOA 4GW6A 1A5XA 2E4LA 3LP2A 3SZ2A 3DLHA 2KW4A 4B8AB 4CEAA 2I5JA 4EP4A 1L3SA 2Z1HA 4M41A 4CK3A 2WOMA 1S9EA 5FROA 3HP6A 3HO1A 3I0SA 3SQ2A 4ID5A 2XO7A 3LP0A 3QEVA 2XY5A 3LAMA 3AVLA 4UQGA 2OZSA 2OPSA 4CF2A 1U45A 1TGOA 1KVBA 3OYCA 4ELUA 3DYAA 5KGWA 4F4KA 1TV6A 1NOZA 3EZ5A 4DTJA 3MEDA 1BGXT 3SUPA 2E6LA 5J2PA 4DSIA 3LZJA 1RDAA 3M8PA 1X9SA 1S1XA 4CGHA 4AHUA 4YNQA 4FJMA 3SV4A 2IC3A 3C94A 1ZBUA 3AVHA 3O4QA 2VWJA 4FK2A 2HB5A 4CFAA 5D3GA 3U3YA 1HQEA 3P5JA 3NBPA 5JS2A 3NE6A 1J9AA 4F3TA 4CFCA 4KAZA 4MFBA 3L2VA 3PX6A 4M3RA 1T03A 2HHVA 1C1AA 1NK7A 4W5NA 5SZTA 3DRRA 1TVRA 4KHUA 2Y1JA 2G8VA 2YNFA 4DQSA 2BGGA 4CIEA 4CEEA 4B08A 3EYZA 4NCGA 1D8YA 1WN7A 2BANA 4I9QA 3QEPA 3PY8A 3AVAA 4DFKA 1RT4A 3MEGA 1RILA 3AO2A 4DS5A 2ZE2A 2VWKA 4KO0A 4PQUA 2YHBA 4AHSA 3SV3A 4CJSA 4OJRA 1HYSA 5KRTA 4FJHA 2ZD1A 1NOYA 1WSEA 4CGIA 1HRHA 3AO3A 3OYBA 4HVJA 1CLQA 1WSIA 3I8DA 3NH2A 2F96A 1KVCA 3NCIA 2OYQA 3WNGA 4CJ5A 4DSLA 4E3SA 4DU3A 3QETA 3RMCA 1UOCA 3K5OA 1LV5A 3AO4A 3DLBA 4RW6A 4O4GA 3HM9A 3NGIA 3QERA 2YV0X 3AO1A 2B4JA 1C0UA 2IAJA 3C6UA 1SL1A 4DTMA 2HNZA 4JS5A 1SKRA 3LPUA 2HHWA 4Z4IA 5J1EA 4OKKA 3G10A 2IOCA 1WAFA 1B9DA 3TAGA 1RDCA 3CM5A 1U49A 1L3UA 4Z0UA 3SUQA 3K57A 3KKRA 1B92A 3SNNA 3BGRA 1QTMA 4E7KA 4E89A 2LSNA 2ETJA 3LZIA 1GOBA 3B6PA 4CFDA 3OYGA 4HUEA 4BDYA 2XY8A 5KGXA 1JL2A 4CHQA 1G15A 2DFEA 3MECA 2YNGA 3WNFA 1I3AA 3QIOA 3KD1E 2IGIA 3V9UA 5KI6A 3SYZA 1UA0A 1NJZA 1U04A 1TKZA 1BQMA 3LANA 3TAEA 3MEEA 3NAEA 1BQNA 1FKOA 1NJWA 1BISA 1J54A 4HUGA 3PV8A 4J2EA 4BE0A 4M3TA 1XHZA 2QKKA 2W42A 1VSFA 3DOKA 1O1WA 3S9HA 1IKVA 4AHCA 4E7JA 2O4IA 5HP1A 3IG1A 4DTOA 1BIZA 2ATQA 3KD5E 4O55A 3OJUA 1FK9A 5I3UA 3KK2A 1RBUA 2DFFA 2WONA 5KTQA 2RPIA 1A5VA 1HPZA 5K14A 3HT3A 3PO5A 3O3FA 2XHBA 1LWEA 2YHAA 3KLGA 1B9FA 1EKEA 2ZQBA 1BIUA 1RT6A 2B6AA 3D45A 4E0DA 4BACA 2RKIA 3VN5A 4BDZA 2PYJA 3ZT4A 4F2RA 4FJ9A 1L5UA 3AVNA 1VK0A 2G8KA 5FRMA 3KKSA 2OPQA 2RF2A 3M8QA 4FW1A 4O5BA 3K5MA 1WAJA 3L8BA 4HHTA 3SPZA 3HPHA 3WNHA 1X9MA 3F73A 3VQ7A 4JS4A 1KLMA 4OLBA 2D0BA 3VQBA 4CF9A 3D0PA 4DQQA 4PY5A 1EETA 3ASMA 2XRIA 1FKPA 3ZCMA 4CCHA 4FJ7A 4AILC 3DM2A 3O3HA 1KTQA 1S1TA 1VSKA 4B9NA 4FM0A 4FM1A 4O0JA 2HHSA 4JRQA 4KHSA 1LW0A 4LSLA 4CJLA 4Z4HA 3KLHA 1S5JA 4CK1A 3VA3A 3ITHA 4Q5VA 3U6FA 4KB0A 1JLAA 3TARA 4DTRA 3AVFA 3V9XA 4FJXA 4N76A 3AVJA 5JS1A 4DTNA 4G1QA 2PZSA 3C95A 3V9WA 1UAXA 2KTQA 5HBMA 5HRRA 3V1QA 3RWUA 4FCYA 1YTUA 4IG3A 4DF4A 4CJKA 1TK8A 3LP3A 1NKCA 1X1PA 4RW7A 2AJQA 3SQ4A 1DTTA 1ZBHA 1ZBFA 4E7HA 3DLEA 3MXJA 3KTQA 3ZT0A 4E1MA 4HTUA 3V9ZA 4OPJA 1S6PA 4DSKA 4DTXA 4CGFA 1EP4A 3DOLA 1RT1A 1TK5A 1XI1A 4I2PA 1TAUA 1Y97A 3B6OA 1Z26A 4C8NA 3OYFA 2JGUA 4CF1A 3OYEA 2D5RA 2FBXA 3V1RA 4O0IA 4B9MA 4Z4GA 5HRPA 4Y1CA 2OZMA 1YVUA 3NF9A 1BCOA 4M42A 3OYLA 1XHXA 3LDSA 1U48A 4CJ4A 2BE2A 4C8OA 4OVLA 4EZ9A 4RW8A 4KHWA 3KJVA 4F3OA 3SUNA 4CHZA 4IFVA 4CHPA 3H08A 4DFPA 1VSHA 5J2MA 1TKXA 4KV8A 4N5SA 1R0AA 1SL0A 1BL3A 1UA1A 3NH1A 1C0TA 1WSFA 1T05A 3M8SA 1XWLA 1IKWA 4DMNA 4CJTA 3MXMA 2QK9A 5FRNA 4W5OA 2HVIA 1VRTA 3AO5A 3MAQA 1C1CA 3CG7A 3VQQA 3K5LA 4FK0A 4CEQA 3LP1A 4DLEA 1SKSA 4DWIA 4NYNA 1C6VA 1HNVA 4F2SA 3QEWA 4DU4A 1JLCA 3LALA 3AVMA 3HL8A 3SJJA 4E1NA 3OYNA 1SKWA 3ZSQA 4L8RB 3RTVA 2FC0A 1KLNA 4DG1A 1JLGA 4CEZA 4LY7A 2XY7A 4GVMA 3L2WA 1L3VA 1VSLA 4OLAA 1HMVA 3ULDA 4DS4A 4RW4A 2HNDA 1D5AA 1WSJA 4N56A 3OYJA 3PO4A 1L3TA 3VQ5A 4IFYA 1NK9A 4DTUA 1Q8IA 1SL2A 4DTPA 3HSTB 2OA8A 1RTIA 4KRFA 1GOCA 1ASVA 3VQ9A 1KSPA 2HVHA 5CYQA 2KFNA 4CHNA 3KK3A 4CEFA 4M3ZA 3HP9A 1NJYA 4KTWA 4OKJA 3NDKA 3AA4A 4DF8A 3DMJA 2G8IA 3HK2A 2A1SA 1LAVA 3HPGA 1TK0A 4LD0A 1T8EA 3RMAA 2EHGA 5T7BA 4ZTJA 3CYMA 4IDKA 4KFBA 2E6MA 4FZZA 1WSGA 2VG5A 3TANA 4CF0A 4FJNA 1KFSA 1QSLA 4Z4FA 3TAFA 4I2QA 1HYZA 4EP5A 3VQ6A 3S3MA 3OYMA 4FZXC 1SV5A 1LAWA 3VQEA 1NK4A 4CJEA 3CFPA 3KIOA 4HCCA 3PUFA 1VSJA 3K59A 2FBVA 3AA3A 5DK5A 3NF7A 3QO9A 4ELTA 1UWBA 1N6QA 4FXDA 3FFIA 1S1WA 2PY5A 1TKTA 3T3FA 3AVIA 3V1OA 4YFUA 1D9FA 3QESA 1YT3A 2EX3A 1QSYA 4FJIA 4BWJA 1RDBA 4LH4A 4OKEA 4CJFA 1NJXA 1JL1A 3OYKA 3VQCA 1CZ9A 1BCMA 2G8HA 3ALYA 3UIQA 2O4GA 2R7YA 1RBTA 1LWCA 4JRPA 4DQPA 4NCBA 1D9DA 1MU2A 4KTZA 1NK5A 4M45A 2X6NA 4FLXA 4WE1A 2DTUA 3AVBA 4FJJA 4W5QA 3NHGA 4FLWA 4CJPA 1VSDA 4B3OA 2VG6A 1LWFA 5CZ1A 1RTJA 1HYVA 3VQDA 3AVCA 3OS0A 1CXUA 1C0MA 4XIUA 4CIFA 1RTHA 4CGJA 3QIPA 4K8ZA 1ASWA 1ZBLA 4Z4EA 1JLQA 3OY9A 4FYDA 3SQ0A 3CQ8A 4FJLA 4CESA 1W9HA 3SI6A 3LWMA 1RT5A 3ZSYA 5I42A 4FK4A 3WNEA 4HCBA 2HHQA 4ZHRA 3NF6A 3U3GA 4FLTA 4FJKA 4DSEA 3DLKA 3LPTA 1RT2A 3OYIA 3PX4A 5E41A 2Z1IA 3LWLA 4W5TA 4H8KA 3A2FA 2A1RA 4FZYA 3I0RA 2FBYA 4IBNA 1VRUA 4H4OA 1KCFA 3JSMA 1ZYQA 3OJSA 2HHUA 2IDOA 1TAQA 3VQ8A 3CFOA 1RBSA 2G8UA 4C8LA 3QEXA 1JLFA 3BDPA 3NH0A 4KREA 4CJQA 3QEIA 4IG0A 4NCAA 1RT7A 4DFMA 3HYFA 4CEBA 2DFHA 5KRSA 3TAPA 4CHOA 2D0CA 4C8MA 1BI4A 3OS2A 3QNOA 4FLZA 3T1AA 4CJRA 3VQPA 3NFAA 1NK8A 1DTQA 3MXIA 1N5YA 4I7FA 4N47A 4CF8A 3SCXA 2FBTA 1S1UA 2P5OA 4TSXA 3ZSOA 4CK2A 3L2RA 3V81A 1QSSA 3IAYA 4RG8A 3ZSVA 2HW3A 1IG9A 1I39A 2KZZA 4AHVA 4CEOA 3RRHA 1Z25A 4W5RA 5CZ2A 3AVKA 3DRSA 4LSNA 1RNHA 3RR8A 4FM2A 5C24A 4M3XA 1JXBA 4BE1A 4J2DA 4GMJB 4RW9A 1ZBIA 4M3YA 3NGYA 1KVAA 5EU7A 2HHXA 2F8SA 2HMIA 3RR7A 4DU1A 2NUBA 4I9LA 4NYFA 1TKDA 1JXEA 4CJWA 4BWMA 4DQRA 4O44A 3OYDA 3K58A 4B9SA 3OS1A 4B9LA 4KPYA 4AHTA 1VSIA 3THVA 3SQ1A 4B8CA 4KTQA 1NK0A 4N41A 5HRSA 3OYHA 3LAKA 3HJFA 4BDPA 3S3OA 1WSHA 1IH7A 4Q0BA 4FLYA 4DFJA 4CHYA 2B5JA 2OPRA 4Z4CA 3OVNA 4QAGA 1FXXA 3NF8A 3AV9A 3P83D 3DLGA 1J53A 1TL3A 4HUFA 2KFZA 1Q9YA 1W0HA 3ZSRA 1BHLA 4E7LA 1T7PA 2YNIA 3SPYA 1Q9XA 3AA2A 3VA0A 3C6TA 4C8KA 4JLHA 1LW2A 3V4IA 5HROA 1CZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAMA 4ZTFA 5CR4A 4F8RA 5HLFA 3A5LC 4BR7A 3ZX0A 4B1ZA 3E01A 1WBBA 1OVYA 4IKFA 2HHTA 5BN8A 3NMUA 2P9IB 1XMOK 3RMDA 1YITN 4QCLA 4ID1A 4J2BA 4K41A 2F8TA 3DLRA 4MQ3A 3ATVA 4F4KA 2X6SA 4CEDA 4BGAA 5SWMA 3IFRA 3ZSZA 1RCHA 4M7YA 3LDNA 3ZSWA 1ATNA 4JKAA 3VQAA 3AVGA 3D2FB 1S3XA 2X74A 3C65A 1SUQA 4JKBA 3AA5X 3G0ZA 4KI4A 4X62K 5LMNK 4WFAL 1TYQA 3ZT1A 4R5PA 1A5WA 2Z1JA 3TABA 2ITGA 2GBZA 4GV3A 1S72N 3ZT2A 4CGGA 4RWTA 4WF9L 1VAZA 2E5LK 1Q81O 4DSJA 4FO0A 3QINA 4IO8A 4FLVA 1NGAA 2E8AA 4FJ5A 1QQCA 4DTSA 3DRPA 2Y1IA 3TTFA 4JK9A 3O9QA 5AZJA 4IWVA 5C42A 2KHOA 2P51A 3TI0A 4J2AA 4FJ8A 1KRPA 4DB3A 4ISGA 3ENOA 1A5XA 4BGBA 1Y64A 3DLHA 4B8AB 4M41A 4FWRA 3G71N 1S9EA 5BN9A 2W6KA 5FROA 3MCPA 4UQGA 1TGOA 1KVBA 4ISEA 4ELUA 4A5BA 1TV6A 4DTJA 4CZHA 1BGXT 4BRCA 2E6LA 4H0YB 1S1XA 4YNQA 5EXWA 2OANA 3IUCA 3AVHA 2VWJA 5BPMA 3ENHA 3CJAA 4BRHA 5JS2A 2ZM6K 4JI5K 5IWAK 4CFCA 1VQKN 1T03A 4KHUA 1DGKN 2Y1JA 2BGGA 1EWQA 4JI1K 4B08A 3EYZA 4NCGA 3CC4N 2BANA 1GLCG 3A8YA 4DFKA 1RILA 5H1SQ 3FZLA 4DS5A 2VWKA 4KO0A 2E2OA 1NGJA 3UKUB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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