1NOZA

T4 dna polymerase fragment (residues 1-388) at 110k
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
346
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
total genus 113
structure length 346
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1nozA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1nozA02
5C25A 4DTOA 3HVRA 4C8OA 5CZ2A 3NH0A 4M3XA 3LP3A 4DQQA 2Y1IA 4FJXA 3AV9A 3QNOA 1KFDA 3SUOA 4FK2A 4Z4IA 3VQCA 4DQRA 3LANA 3U3GA 4EZ9A 4F2SA 1WAFA 4KTWA 4RW4A 4KRFA 3SUPA 1C0MA 2IC3A 5KGWA 1S5JA 2BANA 1A5XA 3AO4A 3KLHA 1IKWA 1ASVA 1XWLA 3NE6A 1LWEA 4CEBA 3LPUA 1WSFA 4DWIA 3DRSA 1VK0A 3NBPA 4C8KA 4KB1A 4IG0A 1VSDA 1RDAA 3OYFA 1UA0A 3V9UA 1XC9A 4FXDA 1A5WA 4KI4A 1C1CA 3F73A 1VRTA 4F8RA 1W9HA 2D0CA 3DRRA 5CZ1A 4BDYA 4B9SA 3VA3A 4DU4A 1BISA 4BE2A 3LZJA 3MXMA 4FYDA 4CJLA 4DSFA 3HJFA 3TI0A 3C95A 3HPOA 4MFBA 4JRPA 1WAJA 4AH9A 2YKNA 2HMIA 4QCLA 3RR8A 1TKZA 4ICLA 3KLEA 4CJTA 2KFNA 3IAYA 4KHWA 4FJIA 3RTVA 1N6QA 4FZYA 4CJUA 4Z0UA 1RBUA 2YHBA 3TAMA 2G8VA 5T7BA 2BDPA 5CYMA 3VQEA 1FK9A 4FLYA 4CF0A 4CEOA 2VWJA 4Z4CA 1NJXA 4FLXA 3AA2A 3OVNA 3V1OA 4B8CA 3DLGA 1F21A 2IGIA 1QSLA 1HYSA 5HROA 4DF8A 2OA8A 3LDSA 1BCMA 4KO0A 4ID5A 4M45A 1LAVA 4C8MA 1NKEA 4F2RA 4F4KA 4FM2A 2YKMA 4ELVA 1ZBIA 1D9FA 4C8LA 3LWMA 2HW3A 1HNIA 3V1RA 4CECA 3S3MA 4B9UA 5HRPA 2YV0X 1RT7A 4E19A 5HRRA 2HVIA 4DU1A 1XHXA 2WOMA 2B4JA 4BWJA 4CK3A 4B8AB 4O0IA 2KZMA 4FJLA 1NOZA 2YNFA 1ZBFA 2I5JA 4H8KA 1HQUA 3OYEA 1NK7A 4FK4A 1Q8IA 4FJ5A 3JYTA 4CJPA 3LAKA 4G1QA 4JLHA 3KK2A 4OLBA 3OJSA 3SJJA 2QXFA 1KCFA 3AO3A 3CG7A 1HYVA 1Z26A 3NH2A 1NKCA 4M41A 3CYMA 5J2PA 1YTUA 3AA4A 4PA1A 4YNQA 3OS0A 4AHVA 1SL1A 4FLZA 4M3WA 3WNFA 4KHNA 4FLTA 3SQ2A 3FFIA 3KD1E 3SV4A 3EY1A 4EZ6A 3AVLA 4J2BA 3NGYA 5JS2A 4E0DA 3AO2A 2G8WA 1K6YA 1O1WA 3DOLA 1NK4A 3DLKA 4FZXC 4DTJA 1D9DA 4O0JA 3C6TA 4HUGA 1C0TA 2FBVA 4HUFA 3TAPA 1LAWA 4HHTA 1TKTA 1GOBA 2PZSA 1BIUA 4RW7A 3KJVA 4CEEA 4DTMA 3AVIA 4OPJA 1L3UA 4H4OA 1QE1A 3KKSA 3WNGA 1T03A 3C94A 2FC0A 2D5RA 4ELUA 5FDLA 3PO4A 1VSLA 3VQ6A 3ZSOA 3SUNA 3SQ0A 3TWHA 4J2DA 1BI4B 3VQ8A 1IKYA 3O3GA 3CFOA 2RKIA 3V4IA 4CK1A 4CJ5A 4KHQA 3LWLA 1B9FA 4I9QA 3E01A 3L3VA 2BGGA 3TABA 3DRPA 1BL3A 4IDKA 3PV8A 2DFHA 1CLQA 1WSIA 4CGIA 1RNHA 3MEGA 4FW1A 3OYKA 4DLEA 3MECA 3CM6A 3SPZA 1S9EA 3HPHA 3K2PA 3LPTA 1IH7A 1L3TA 1TAQA 2QKKA 1KVAA 2HHXA 1VSEA 4DSEA 3VA0A 1WN7A 4N56A 1LV5A 2JGUA 1KVBA 4CJ3A 1W0HA 2HNDA 4HCCA 1HYZA 4B9TA 3QESA 1VSJA 4M3TA 1S1VA 3D45A 4J2EA 4DF4A 3QLHA 1EXQA 1R0AA 3K5NA 4CF9A 1U04A 1WSEA 5HRNA 2VWKA 5J2NA 3ZT3A 3ITHA 1G15A 4DS5A 3S3NA 3H08A 4W5QA 1RTHA 2EX3A 3OYCA 1DLOA 1RBSA 1RILA 4Z4FA 4IG3A 1S6QA 2Z1HA 3ZSVA 1T05A 4FM0A 1N5YA 4ZHRA 4CE9A 2NUBA 4BDPA 4JS5A 3TANA 3HYFA 3ALYA 4DLGA 1TL3A 1SL0A 1C0UA 3L2WA 1Y97A 3A2FA 2QKBA 1QQCA 3OYBA 4CEAA 2DY4A 1WSHA 4M42A 4CIFA 4Y1DA 1VSHA 3DYAA 3NCIA 4CESA 1YT3A 3M8PA 3HL8A 4DTXA 3QIOA 4OGCA 3ULDA 2KTQA 1RBRA 2OYQA 1CXUA 3SQ1A 3B6OA 4NCAA 3NGZA 1KVCA 2P1JA 4DFMA 3OYJA 2GBZA 1Q9XA 2XO7A 5HLFA 2G8FA 2KW4A 2OPQA 1NK8A 1NK0A 4BWMA 2PYLA 3RRHA 1GOAA 4LH4A 3HM9A 2VG7A 4DSKA 3I0RA 1BGXT 3RWUA 1S1TA 2A1SA 3HSTB 3HPGA 1BQNA 4O5BA 1KSPA 4CEDA 2G8UA 2GUIA 3NAEA 4F3OA 3AA5X 3K58A 3AVAA 4DFJA 4N76A 2OPRA 1X9WA 1SKSA 1RT2A 3VQAA 1J53A 4XIUA 4B3OA 1GOCA 3M8QA 3O3FA 3LZIA 3EZ5A 1NK5A 3PX4A 3V6DA 1IO2A 3I8DA 1RT5A 1TVRA 1UAXA 3ZSYA 3VN5A 2LSNA 1TKDA 3T1AA 4M3RA 1NK6A 3NF8A 4KFBA 2PYJA 4OGEA 4DSIA 2OPPA 3U6FA 5D3GA 2B6AA 4RG8A 4CGDA 2HHQA 2X74A 4RW6A 3BDPA 4PY5A 3QNNA 3IRXA 1ASWA 1RDDA 3ZSRA 4N47A 3AVJA 1TGOA 2HNZA 4ID1A 1JLQA 4DQSA 3QEVA 4FJJA 4K8XA 4W5TA 4KTQA 1UA1A 1NOYA 1HMVA 3NF7A 5J1EA 3TAQA 2X6NA 4FJNA 1S1XA 2ZE2A 3MXJA 4DU3A 2GV9A 4FJHA 2O4IA 1HPZA 3KK1A 1EX4A 1HNVA 3NH1A 4AHSA 2IOCA 1B92A 4GVMA 2AJQA 5HRSA 4AHUA 4DSJA 2W42A 1NK9A 4GW6A 4OLAA 1C6VA 4JS4A 5JS1A 4CF8A 2WONA 2F96A 3VQDA 4CHQA 3OS1A 1JLGA 4CERA 1TV6A 1TK0A 3HVTA 4I7FA 2O4GA 2OZMA 3K5MA 2ZD1A 4KAZA 3IG1A 3L2VA 1J5OA 4CK2A 4CIGA 2XY6A 2Y1JA 1A5VA 1RTIA 1TL1A 3F9KA 4CJ4A 1U47A 3VQ4A 3KLFA 3K59A 3KKRA 2JLEA 3AVFA 4CFDA 4DQPA 4PQUA 4W5OA 1ASUA 1RT3A 4BACA 4LD0A 3QEXA 3QERA 1KLNA 3L3UA 3O4NA 1L3VA 4FM1A 1DTTA 1HRHA 3NF9A 4B9VA 3L8BA 2P5OA 1JLCA 1YTAA 2B5JA 4NYNA 1QSYA 1SUQA 3UIQA 4N5SA 4E7HA 4E89A 5E41A 3K57A 2ITGA 2Z1IA 4FLUA 5KTQA 4OPKA 3AVKA 1CXQA 4IKFA 3V9SA 1RTDA 4RW8A 2HHTA 4E3SA 4CJWA 3DI6A 4CHPA 3PO5A 3WNHA 1FXXA 2RF2A 3DOKA 3RMDA 3KD5E 4HTUA 1JXEA 3PUFA 2IDOA 4M3YA 4E7LA 1IKVA 2RPIA 4QAGA 3DLEA 1VRUA 4NCBA 1HJRA 4DTRA 3IS9A 4HVJA 4O4GA 3QEIA 3V9ZA 4BDZA 3G0ZA 3QETA 3LAMA 4CJSA 4DS4A 1X9SA 4CF1A 3MEDA 4FW2A 4C8NA 3U3YA 3S9HA 1I39A 1JLFA 4LH5A 4ELTA 3SNNA 1YVUA 1RTJA 4KREA 4Z4HA 4CGFA 3ZT0A 2E4LA 2OPSA 2KQ2A 2X6SA 3LALA 5C24A 4CEFA 2ATQA 4CJEA 2XY5A 4CIEA 2A1RA 4OJRA 1ZBUA 1WNSA 2Q3SA 4UQGA 4CFBA 3THVA 4FJ9A 4FCYA 1D5AA 5KI6A 4B9LA 4DTPA 3DM2A 3VQ5A 1ZBHA 4FZZA 2KZZA 3ZCMA 3VQPA 4CHZA 5DMRA 1TK5A 1TK8A 4Y1CA 3M8SA 4DSLA 3QO9A 4KTZA 4HUEA 3S3OA 3DLRA 3NGIA 2XY7A 1EETA 4Q0BA 5FROA 4E7KA 1Q9YA 4GMJB 3PY8A 3M8RA 1LWFA 1QSSA 2VG5A 4DTSA 2ETJA 3OJUA 4E1MA 1IG9A 2X78A 2DFEA 3TAEA 3SCXA 2ZQBA 2HB5A 5CY4A 2RN2A 1UWBA 3ZSQA 3OS2A 4B9MA 3O3HA 3PX6A 1ZBLA 1QTMA 4DQIA 2FBTA 3P5JA 2G8HA 1RBVA 4KKOA 1WSJA 1FKPA 4MQ3A 1SKWA 4FVMA 5HP1A 3OYMA 4Z4GA 1C1BA 4AHRA 2DFFA 4W5RA 3SV3A 4IFVA 3VQ7A 1NKBA 3CQ8A 4N41A 3QIPA 4CGJA 3SQ4A 4CJQA 1B9DA 1SV5A 5SZTA 3MXIA 2G8IA 2F8TA 2IAJA 4CFCA 4JRQA 1I3AA 3VQBA 2HVHA 1BIZA 4EP5A 5FRNA 3QINA 3NHGA 3OYNA 3CFPA 4AHTA 3PX0A 3MEEA 3RR7A 3O4QA 5K14A 2Z1JA 3T19A 2E6MA 3V81A 3AVNA 4L8RB 1VSKA 4IFYA 1RCHA 4W5NA 1LWCA 1X1PA 5SWMA 4J2AA 3AA3A 3NFAA 3TR8A 3ZSWA 3RMBA 1RT1A 1RT6A 3V9XA 4ZTJA 1TAUA 2XRIA 1TKXA 2D0BA 3NDKA 3OYHA 3OYGA 3LP2A 4BE1A 2XHBA 1RDCA 4M3UA 4B08A 1NJYA 4KI6A 3BGRA 3DMJA 4DTNA 4FJMA 4FLWA 4K8ZA 1HQEA 2FBYA 4KHYA 1Z25A 3AVGA 1WSGA 4CFAA 3TAGA 4FJ7A 2Z1GA 4FJKA 4LY7A 5CYQA 3ZT1A 4CJKA 3T3FA 5FRMA 4OVLA 3TAFA 2YNIA 3LP0A 4LSNA 1KFSA 4ZTFA 3SZ2A 4F3TA 3TARA 4CEZA 1RT4A 4O55A 2IS3A 3AVHA 1L3SA 3V9WA 4LSLA 1LW0A 4NYFA 4OKJA 5EU7A 3JSMA 1WLJA 4FJ8A 4OKKA 2HHSA 1VSMA 4EP4A 4CCHA 1JLAA 3KIOA 2BE2A 2E6LA 4FLVA 3ZSXA 3K5OA 1KLMA 3AO5A 1JKHA 4NCGA 3NF6A 4AHCA 4CHYA 3HXMA 1XHZA 1U49A 3RMCA 2HHWA 2QK9A 1RBTA 4FK0A 3C6UA 1QHTA 3D0PA 1X9MA 4M3ZA 1MU2A 2XY8A 4I2QA 3ZT2A 4E7JA 1SL2A 3OYIA 3HO1A 2HHVA 3SUQA 1D8YA 5J2MA 3VQQA 1T7PA 1S9GA 1JXBA 3AVMA 1U45A 3KLGA 4H4MA 1IKXA 1BCOA 1VSIA 3B6PA 2D0AA 1CZBA 3RMAA 2HHUA 2VG6A 3I0SA 3KTQA 4HCBA 2YNGA 4KHSA 1REVA 3VQ9A 4Q5VA 1FKOA 1SKRA 1JLBA 4TSXA 3V1QA 4CEQA 4DG1A 4RW9A 3WNEA 4DTUA 4DFPA 4E7IA 5KRTA 4R5PA 5KGXA 4Z4EA 5I3UA 3CFRA 2OZSA 3ZSZA 1C1AA 4QOZB 3L2UA 1EP4A 3L2QA 1DTQA 3MAQA 5KRSA 1RDBA 4CHNA 3QEWA 4CJVA 2PY5A 1S6PA 3P83D 3EYZA 2R7YA 2G8KA 4CHOA 4PUOA 1U4BA 5C42A 2EHGA 1S1UA 4BE0A 1KRPA 4I2PA 1VSFA 4E1NA 4AILC 3LP1A 3OYLA 4CJRA 1J9AA 4DMNA 1CZ9A 5DK5A 3CM5A 4CGHA 1T8EA 4CGGA 3AO1A 3RRGA 4B9NA 3QEPA 1KTQA 2YHAA 3AVBA 4FJGA 3P1GA 4KHUA 1JL1A 2FBXA 3HP6A 3OY9A 3OYAA 5J2QA 4YFUA 3OYDA 3DLHA 1S1WA 1NJZA 4O44A 1BI4A 5I42A 3L2RA 4KB0A 3HP9A 1JL2A 4IBNA 4OKEA 3SYZA 1L5UA 3ASMA 4CJFA 3AVCA 4DFKA 3DLBA 4I9LA 1NJWA 3HK2A 2YNHA 3KLIA 4PWDA 3SI6A 1J54A 3ISNC 3HT3A 1BHLA 4KV8A 3KK3A 2HNYA 2P51A 1JLEA 1LW2A 1XI1A 1ZYQA 1U48A 4KPYA 2P5GA 1BQMA 1EKEA 3SPYA 1UOCA 4WE1A 3ZT4A 3G10A 4CF2A 3K5LA 2KFZA 2DTUA 2F8SA 1ITGA 5HBMA 1QS4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QDKA 5CZ2A 3NH0A 4M3XA 3LP3A 2Q0UA 4CZEA 5GIOA 2P9UB 3AV9A 3SUOA 4FK2A 4DQRA 1IBKK 3LANA 3T1YK 3GOIA 4KRFA 3KLHA 1IKWA 1ASVA 3NE6A 2J4RA 3D2FB 4BC3A 4OPHA 2RE2A 3DRSA 3NBPA 4C8KA 3C65A 4KB1A 1RDAA 1UA0A 2QEXN 3DRRA 3DXMB 4BDYA 4B9SA 2Q1NA 3KWGA 4DSFA 3HJFA 3TI0A 3A8YA 2ITMA 4AH9A 3RR8A 4X66K 2IVPA 3IAYA 4KHWA 4FJIA 3VF4A 1N6QA 4FZYA 4Z0UA 3TAMA 5T7BA 3CCRN 1FK9A 5AQSA 4FLXA 4WCEL 3AA2A 3DLGA 3N4QA 3O8MA 2P9PA 1HYSA 5HROA 2QI2A 4C8MA 1NKEA 1N32K 3V1RA 1VAZA 4E19A 5HRRA 2HVIA 4DUYK 1XHXA 2WOMA 4CK3A 4O0IA 3C0BA 4FJLA 2YNFA 4CI6A 1IBMK 1NGEA 1NK7A 1XQSC 1OH8A 4JLHA 3MX2A 5AZIA 3OJSA 1BOTO 4HWIA 1MA9B 4O8KA 2YHYA 2O8DB 3CYMA 4ILJA 3OS0A 1SL1A 4FLTA 1Z05A 3AVLA 3NGYA 4MO4A 3AO2A 1K6YA 5BRDA 1GLJO 1HKCA 4ISEA 5AQTA 4LC9B 2FBVA 1GOBA 2PZSA 3BF3A 4OPJA 4ELUA 3TWHA 4J2DA 1C0FA 4WF9L 4QS7A 2EWSA 3O3GA 3CFOA 4BRGA 4CJ5A 4KHQA 3VTIA 4IZ9A 3L3VA 3DRPA 4LF6K 3PV8A 2DFHA 1NU0A 1RNHA 3VGKA 3SPZA 3K2PA 3K9JA 4X62K 1L3TA 3EN9A 1M90O 1KVAA 4YHHK 4DSEA 1WN7A 4N56A 2QWMA 2HNDA 4CVNE 3QESA 3D45A 2HBMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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