1NOZA

T4 dna polymerase fragment (residues 1-388) at 110k
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
346
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA POLYMERASE
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
molecule tags Nucleotidyltransferase
total genus 113
structure length 346
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1nozA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1nozA02
1HQUA 3VQ8A 4OJRA 1TK8A 3JSMA 3C95A 1GOBA 3VN5A 5KRTA 4F2SA 1VSKA 4Z4CA 1BQNA 3OYLA 4I2QA 4FJ8A 4CEZA 3ULDA 4E7HA 3WNGA 4OLAA 5CZ1A 2OZSA 3LP3A 1IKVA 1QSLA 5CY4A 4RW4A 3DLKA 3I8DA 2KTQA 3KTQA 3F9KA 2HHQA 4CIFA 3LWMA 2I5JA 4CHOA 3L2RA 1LV5A 3TWHA 3SQ2A 4NCBA 2IS3A 3KD1E 4EZ9A 5I3UA 3VQCA 3UIQA 2HHUA 3LWLA 4DU3A 3PX4A 4C8KA 2PY5A 5FDLA 4OPKA 3K2PA 2HW3A 1BI4B 1C1BA 2HB5A 4FJMA 3AVHA 4KKOA 1LWFA 2ZD1A 3V9SA 4FCYA 3AA4A 1KVCA 4ID5A 3KK3A 4DF8A 4CEBA 1TKZA 2P51A 2IGIA 3QEIA 2E4LA 3G0ZA 4Q5VA 4DTJA 4FVMA 3QESA 4YNQA 3A2FA 3HP6A 4Z4HA 3TR8A 3G10A 4DQSA 1B9FA 4FXDA 1IKXA 3HL8A 3SUQA 1ITGA 3MXIA 3SCXA 1X1PA 3OYEA 3AO1A 4CFCA 4OPJA 3HM9A 4W5QA 1QE1A 5HLFA 3E01A 2KFNA 3NGIA 3KKRA 4CHZA 3HYFA 1BIUA 2ITGA 4FLTA 3PX6A 4FYDA 1XI1A 3RR8A 5D3GA 3V1OA 1UWBA 4DSFA 4FLUA 2YNHA 3LDSA 3QEVA 4CE9A 2ZE2A 1JLAA 4CK2A 3AO3A 2ETJA 3AVCA 3OJSA 3L2UA 4HUFA 3TABA 4DSEA 3THVA 4RW9A 4C8LA 1IKWA 4N41A 3AA2A 1NOYA 3MXJA 3M8PA 4KPYA 4H4MA 4B9TA 4DTPA 4CEDA 3P5JA 2YNFA 4Q0BA 4TSXA 1RNHA 2QK9A 4Z4EA 1LAWA 1LWEA 1RILA 4OGCA 4I9LA 1VSHA 2HNYA 1NKEA 3ZSZA 2G8IA 4DTRA 3AVKA 3DM2A 2X6SA 3CFPA 3RRHA 1XHXA 1JLEA 5KTQA 4E1MA 1RDBA 3KLFA 4DU4A 1VSFA 3IAYA 1HPZA 4WE1A 3KK1A 3IS9A 4ID1A 5C24A 4DS4A 3NDKA 1LAVA 4E3SA 1S1UA 3TANA 1Y97A 2G8FA 4M3WA 4Y1DA 3C6TA 2IC3A 3AA5X 5C25A 3L2VA 3O3GA 1U48A 4NCAA 4B8CA 3OYGA 1I3AA 1RBSA 4CECA 3NGYA 1T7PA 1X9MA 2HHSA 3FFIA 4PWDA 1CZBA 3WNFA 3NF6A 3KD5E 4CGJA 2QKKA 2HHVA 4F2RA 3OYMA 4DFPA 1JXEA 4FK4A 1KLMA 1KVAA 3NE6A 2B4JA 5KGXA 1C0UA 3I0RA 1QTMA 3TAQA 2VG7A 4O0IA 3HPOA 5K14A 2BDPA 2GUIA 1RT6A 4F3OA 1TK0A 4CJVA 1RDCA 3MEEA 1TAUA 4BWJA 3M8QA 4FJJA 3OYHA 4CJ3A 3RR7A 4J2BA 5CZ2A 4CF1A 3O4NA 2RF2A 4CJEA 3OYFA 4B08A 4W5RA 5J2NA 2OA8A 4E7KA 5J2QA 1S6QA 5HRNA 1RBUA 4Y1CA 1DLOA 4BDPA 3QEPA 1S1VA 1HYVA 4FJXA 4CEOA 4LSNA 3V9ZA 1J5OA 4KREA 1NOZA 4M3YA 2XY7A 4FJIA 3HP9A 3HVTA 4IBNA 1WNSA 4DQPA 4KI6A 3ZSVA 3SUPA 1RBRA 3TAEA 4DG1A 1VSJA 4F3TA 3T19A 1T05A 1NKBA 1NK6A 3MAQA 1N6QA 4CGFA 2G8WA 4B9VA 3NHGA 4QCLA 3B6PA 3QNOA 1T03A 4CF0A 2WONA 1IH7A 3TAPA 1L3VA 3NF9A 3NBPA 1KFDA 3T1AA 3OYNA 1YTAA 3OYBA 1SUQA 3KLIA 3ZSWA 3OY9A 3AO2A 4FLYA 1J9AA 3AVNA 3SYZA 4IKFA 1YTUA 4M3RA 4FZZA 3U3GA 2E6MA 3L8BA 4FJNA 1JLCA 3CM5A 3OJUA 4FW1A 2HNDA 4PA1A 3O4QA 4N47A 1U45A 2XO7A 2KZZA 1C0TA 4AHVA 1J53A 4RW8A 1ZBUA 4HUEA 5HROA 4OLBA 2BGGA 5KRSA 4KV8A 1A5WA 3QO9A 4M3TA 3VQ5A 2F8SA 1CXQA 4HTUA 1LW0A 4KHUA 5SZTA 4CIEA 4DLEA 1W0HA 5HBMA 4F8RA 1B92A 3AVMA 2OYQA 4DFMA 4B9SA 4M41A 4K8XA 1REVA 1UAXA 5HRPA 2X78A 4CJWA 3U3YA 4KHQA 1LWCA 3VQ9A 1RT5A 1L3TA 2FBVA 4FK0A 1NKCA 4M42A 4HCCA 3AVLA 4CGDA 2KW4A 4QOZB 4GVMA 4E89A 3KIOA 4C8MA 1XWLA 2DTUA 4JS5A 1HMVA 1U04A 4KTQA 4DS5A 1S1XA 3K5MA 3AVAA 1WSIA 1VSLA 4DSJA 2X74A 5T7BA 2G8UA 3ZSOA 1SL2A 3DLBA 3PO4A 4DSIA 4QAGA 3LALA 4B9NA 1TAQA 1QSYA 4AILC 1S9EA 1TVRA 3DLGA 4C8NA 4UQGA 3NH0A 3OS1A 1EP4A 4CGIA 4BACA 3OYJA 4IFYA 3MEGA 4E1NA 3C94A 5JS2A 4N76A 4CFAA 4CHPA 4EZ6A 4CEEA 1SL1A 4CJLA 4ELVA 4JS4A 2W42A 1BHLA 3VA3A 1L5UA 3PO5A 1WN7A 1X9SA 1B9DA 4Z4FA 2F96A 4O5BA 4M3ZA 3NF8A 1Z25A 4CIGA 1RT4A 3ZSRA 1XC9A 1VSIA 2DFEA 2HNZA 1U4BA 4DWIA 4NYNA 2PYJA 4CK3A 1C0MA 1HYZA 3V1QA 2HMIA 3ZT4A 3S3MA 4FM2A 2YHAA 1NJXA 3HSTB 3OYCA 1RBTA 2Z1JA 1IKYA 2R7YA 1RT7A 3PV8A 4AHTA 1JXBA 2XY6A 2O4IA 1SKWA 4FLXA 1VSEA 1D9DA 3SNNA 3HJFA 3LAKA 3H08A 3SPZA 1S6PA 1EETA 3QLHA 1GOCA 1CLQA 4FW2A 2HVIA 4PUOA 4C8OA 5FRMA 3M8SA 3VQDA 3CG7A 5DK5A 4B3OA 3PX0A 2HHWA 2LSNA 1RTHA 3ZT1A 3K5NA 1G15A 1SV5A 4M3XA 4DQRA 4RG8A 3VQ4A 4FM1A 1S1WA 4W5OA 5HP1A 3D0PA 4FZYA 3AVFA 4DTXA 3DRSA 4CJ4A 3LPTA 3P83D 1GOAA 4E0DA 4FJHA 1BCOA 1O1WA 1RT1A 3RTVA 4W5NA 2YKMA 1WSFA 3SUOA 4E7IA 3V9WA 2OPQA 1RDDA 3TARA 2D0AA 4CJ5A 3RWUA 2VG5A 5SWMA 3C6UA 2G8VA 1ZBFA 3DOLA 5E41A 4O55A 3KLGA 2Y1IA 1Z26A 3PY8A 3QERA 1JLBA 1ZBIA 3RMAA 2OZMA 1BIZA 3LANA 1NK7A 1A5VA 3EYZA 1JLQA 1ZBLA 2JGUA 4Z0UA 2GV9A 2X6NA 2BE2A 4XIUA 1ASWA 1DTQA 1IO2A 1YVUA 5CYQA 3L3UA 1WAJA 2E6LA 3RMDA 1TGOA 4B8AB 1ZBHA 3AV9A 4E7JA 3ITHA 5KGWA 1C6VA 1W9HA 1CZ9A 2DFHA 1N5YA 3KJVA 1NJWA 1JL1A 3SV3A 2XY5A 2XRIA 3AA3A 2PZSA 4OKJA 3DLRA 4ZTJA 4KB0A 3SJJA 4CFDA 4FZXC 4ICLA 4LH5A 4R5PA 3DMJA 3ZSXA 3NCIA 3SQ4A 3LP2A 2KZMA 4KTZA 4KB1A 4CHYA 1U47A 2YNGA 1RTJA 3ZT0A 3SQ1A 1I39A 3ZT3A 3QIOA 3K59A 3V9UA 4FJ9A 4AH9A 3S3NA 3QNNA 1QHTA 3LAMA 3SQ0A 3MEDA 4DQIA 1S9GA 4J2AA 3CFOA 5J2PA 3IG1A 2YNIA 3IRXA 4J2DA 3F73A 3ZSQA 5FRNA 2IDOA 2O4GA 3DLHA 2F8TA 4CJPA 4BDYA 4BE2A 2BANA 3VQ7A 1SL0A 4DSLA 4KI4A 4KHWA 4CJKA 4FLVA 3BDPA 4AHUA 2HHXA 4DTNA 4OKEA 3TI0A 4RW7A 4DMNA 4Z4GA 1VRTA 2PYLA 1ASVA 1L3SA 4B9MA 1RCHA 3HT3A 2HHTA 4I2PA 4BWMA 1BGXT 1BI4A 2RPIA 2QKBA 1S5JA 3S9HA 4AHCA 2OPPA 3OYKA 3K58A 4EP4A 1DTTA 2D0CA 4KFBA 2G8KA 1KRPA 1VRUA 1Q9YA 1RDAA 2JLEA 3RMBA 5KI6A 1HJRA 1BQMA 1FKOA 3HO1A 3LZJA 2OPSA 3V9XA 3M8RA 2HVHA 4FLWA 4DU1A 2QXFA 1ZYQA 1NK8A 3OYAA 2D5RA 3ALYA 2NUBA 3ASMA 1HNVA 4KO0A 3NH2A 4M3UA 3HK2A 1MU2A 3DRRA 3TAFA 2Z1IA 1FXXA 2ZQBA 3KK2A 3EZ5A 3V81A 4CJFA 3V6DA 3KKSA 3L3VA 1Q9XA 2Z1GA 1TV6A 3LPUA 1BL3A 3DLEA 3WNEA 3TAGA 4FLZA 2YKNA 4AHSA 4CEAA 3OYIA 4KHNA 1KTQA 3JYTA 1TKDA 2B5JA 1WSHA 4G1QA 3O3HA 3K5OA 1NK4A 3AVGA 2EX3A 2FC0A 4KHSA 2XY8A 4CF2A 1SKSA 4CHNA 4JLHA 2Q3SA 1RTDA 3CYMA 3B6OA 4IG3A 4F4KA 4FJKA 1A5XA 3PUFA 2DY4A 4LD0A 4DSKA 3L2WA 4CJTA 4DFJA 1KCFA 2P5OA 2B6AA 2RN2A 3ZT2A 4FK2A 1WSGA 2KQ2A 4IG0A 4EP5A 3KLEA 3V1RA 3ISNC 3L2QA 1D9FA 3NF7A 1YT3A 1JLFA 3DI6A 3HVRA 1VSDA 3T3FA 4O44A 3NFAA 1ASUA 1BCMA 3SI6A 2FBTA 3VA0A 3CQ8A 1TKXA 3ZCMA 3U6FA 3QIPA 4OVLA 4DTMA 3WNHA 4L8RB 2P5GA 4KHYA 5I42A 3DYAA 4OKKA 3OYDA 1FKPA 4I9QA 3VQPA 3NH1A 1WSJA 2RKIA 3QETA 1NK0A 1KFSA 1NJZA 1TL1A 2XHBA 4RW6A 4LSLA 1LW2A 2DFFA 3RRGA 5CYMA 4CF8A 1TK5A 4MQ3A 4O4GA 3VQBA 4CJRA 4O0JA 3AO5A 4CEQA 1JKHA 4FJGA 2GBZA 1FK9A 4W5TA 3KLHA 3DRPA 1CXUA 4I7FA 4FM0A 4PY5A 2G8HA 1RT3A 5EU7A 5C42A 4CGHA 4CJQA 2VWJA 3AO4A 3O3FA 4OGEA 4J2EA 4HUGA 4DTOA 4IDKA 1UA1A 1K6YA 1WAFA 1RTIA 3AVJA 4H4OA 1U49A 1NJYA 3V4IA 1HYSA 4E7LA 2Z1HA 1C1AA 1JL2A 3QEWA 4ELUA 2ATQA 2IAJA 3K57A 2FBXA 3BGRA 5HRSA 1EX4A 2EHGA 2FBYA 3AVBA 4CJUA 3DOKA 3LP1A 1EKEA 4ELTA 1QQCA 1KLNA 3TAMA 4KRFA 3SV4A 4DTUA 5FROA 3VQEA 4DQQA 1XHZA 2AJQA 2D0BA 4NCGA 1SKRA 1D8YA 1L3UA 1TL3A 4KTWA 1KSPA 2YHBA 4FJ5A 4HCBA 1RT2A 3NGZA 2VWKA 1BISA 4FJ7A 3S3OA 4Z4IA 4DFKA 1EXQA 3HXMA 3LZIA 3QINA 3HPHA 4CCHA 5JS1A 4B9LA 3CFRA 1JLGA 3MECA 4N56A 3SPYA 1QSSA 1KVBA 4CHQA 4M45A 3ZSYA 5HRRA 4LY7A 4JRPA 3P1GA 5J1EA 3OS0A 4DF4A 3AVIA 3MXMA 2OPRA 4GW6A 1J54A 3I0SA 2WOMA 4JRQA 3QEXA 4MFBA 4N5SA 2P1JA 1D5AA 4CF9A 1R0AA 1UA0A 2Y1JA 3LP0A 4DTSA 1VK0A 3SUNA 3OVNA 3VQ6A 4K8ZA 4PQUA 4BDZA 1NK9A 2YV0X 2A1SA 4CERA 1F21A 1QS4A 4ZTFA 1HRHA 4IFVA 4NYFA 4DLGA 4CFBA 1RBVA 3VQQA 4HVJA 3VQAA 3EY1A 1NK5A 1C1CA 2VG6A 3RMCA 1TKTA 4ZHRA 1S1TA 1T8EA 1VSMA 3OS2A 3D45A 4CJSA 1HQEA 4B9UA 4CK1A 1HNIA 4CEFA 1WLJA 3NAEA 4CESA 4BE0A 4LH4A 1X9WA 4FJLA 5J2MA 4GMJB 2A1RA 4YFUA 1WSEA 3CM6A 4E19A 3SZ2A 4CGGA 4AHRA 3K5LA 3HPGA 4KAZA 4H8KA 1Q8IA 2IOCA 5DMRA 4BE1A 2KFZA 1IG9A 1UOCA 4HHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F7TA 4OJRA 3VN5A 3BP8A 1WOQA 1VSKA 3IDHA 3OYLA 2D0PA 4CEZA 4RW4A 5AR0A 3ZEUB 3FZLA 4CHOA 1U2VA 4BRIA 3QICA 3M5RA 2PY5A 5FDLA 4KKOA 3V9SA 3ATVA 4FCYA 1X3MA 3G0ZA 3G10A 1B9FA 1IKXA 4FWSA 3L6QA 3L4QA 4A61A 1X1PA 4EIAA 1VQPN 4GV9A 3HM9A 2ZGZA 5HLFA 3O08A 1QVGM 4DR7K 1XI1A 3RR8A 5TKYA 3GG4A 1VAZA 4CK2A 1MDUB 3L2UA 1X3NA 4FOEA 1GLBG 3A0IX 3MXJA 4BC4A 4JKFA 4DQ8A 4H4MA 5HOOA 2J4RA 1VQ5N 2YNFA 4DV6K 4TSXA 1RNHA 3G6EN 1LAWA 1RILA 1M1KO 4I9LA 1U2VB 3AVKA 5JMVA 1SQKA 1MA9B 2AP1A 3P39A 4E1MA 4RCHA 3I55N 3IS9A 5M1FA 4DS4A 4C1NK 4M3WA 1KC8O 3OYGA 3FFIA 3WNFA 3D2EA 3NF6A 1QVFM 2QKKA 5F2RA 3OYMA 1O13A 4DFPA 1KLMA 2VG7A 3R1XA 4O0IA 3SBGA 5K14A 5LMNK 2BDPA 4JK9A 1HJOA 5AQJA 3FGUA 3H1VX 2H3GX 4WYBA 2OA8A 1VQON 5HRNA 3ZETB 4Y1CA 4BDPA 3QEPA 1S1VA 1HYVA 1J5OA 4KREA 2XY7A 2E1YA 3E9PA 5CE3A 5BR8K 5JVHL 1CZAN 5ADXA 3WXJA 1VSJA 1IBMK 3T19A 4H0YB 1ZXOA 3QNOA 2WONA 3KLIA 1N34K 1N32K 3N4PA 3AVNA 4IKFA 4FO0A 3ULEB 1U45A 3OJUA 4PA1A 2P9KA 3O4QA 4JI3K 1NLVA 1C0TA 4A2BA 5KRSA 4WQ4A 1A5WA 3QO9A 4JEPA 4XH4A 1CXQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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