1NOZA

T4 dna polymerase fragment (residues 1-388) at 110k
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
346
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 113
structure length 346
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1nozA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1nozA02
4RW7A 4B8AB 1S1UA 3HP6A 3NGYA 2HNDA 4CGJA 3CFOA 4FJ8A 3VQCA 4FZXC 3IRXA 2OPSA 4ZHRA 1QHTA 3NF9A 4OKEA 1SV5A 2OPRA 4KRFA 4DSJA 4FLUA 4CF8A 3QEIA 1JL1A 1BQMA 1LWCA 2F8SA 4FJ9A 4OKJA 1SKWA 2F8TA 3HYFA 3KLFA 1U48A 4DQQA 4CIFA 3EY1A 4CJLA 3M8RA 1LWFA 2IC3A 3EYZA 1ITGA 1MU2A 4HUFA 3VA0A 1GOCA 4AHVA 4F4KA 3OY9A 2HHUA 4B9TA 3VQEA 4CHNA 2E6LA 1T03A 5DK5A 3AVIA 4CGFA 4Z4GA 2ZE2A 4N56A 4NYNA 3LP2A 3IG1A 3RWUA 4BE1A 1U4BA 3HO1A 1VSHA 2YNGA 3TAPA 4LD0A 3MEGA 4FK4A 4W5OA 1RBRA 2GV9A 1NK9A 1BCOA 1NKEA 2KZMA 4H4MA 1RDDA 3TAGA 2XRIA 1NK8A 5KGXA 3LZJA 3V1QA 5J2PA 2X78A 4GVMA 4CF9A 1X9WA 4IKFA 3RRGA 3KLHA 1L5UA 1HRHA 4M3ZA 1EETA 3OYDA 4M3WA 3ZT0A 4M3UA 5JS1A 3KKSA 4NCGA 3VN5A 4O44A 2KQ2A 2HHVA 2YV0X 4B9UA 2A1SA 3VQ4A 4UQGA 3DYAA 4FM0A 1QE1A 1KFSA 4PUOA 1WN7A 1JLFA 4EZ9A 3SI6A 4GMJB 4FW2A 1RTJA 4OPJA 2HVIA 3ZSOA 5CZ1A 5CYQA 4DLEA 1TK0A 3DLEA 4CJSA 3VQDA 4I9QA 4CIGA 1U49A 4HVJA 5DMRA 1W9HA 3WNHA 1ZBUA 1HNVA 4Q0BA 4FLZA 1WSHA 4DU1A 2WONA 1BI4B 1YVUA 3PO5A 1VSFA 3PX6A 3SV4A 2XY8A 3ZSZA 3HK2A 1BIUA 2X6SA 1HQUA 1S9GA 5KRSA 3HVRA 1T8EA 4FJXA 2Z1IA 3NF6A 2HHSA 1JXEA 3KTQA 4KHSA 2ZD1A 3LWMA 4J2DA 2G8HA 3L2QA 3HJFA 3QEXA 3AO3A 4MQ3A 3O4NA 3KLEA 2BE2A 4FJJA 3K5MA 4JRQA 4CK2A 3P5JA 4PY5A 1Q9YA 4BE2A 3AVNA 4EZ6A 1RBUA 3HPHA 3TI0A 3VQ7A 4DTMA 4W5RA 2HHTA 4KHUA 1WSEA 2EHGA 2LSNA 4CF1A 3L2WA 2XHBA 2Y1JA 3M8QA 2DFEA 3K5OA 3P83D 4HUGA 4C8NA 1RBSA 3OS0A 1WSIA 3NF7A 4O4GA 3AA4A 4FJNA 2VG6A 4H8KA 3OS1A 2NUBA 3C6UA 4ELTA 1QSLA 3MECA 2RN2A 3QNOA 3AA5X 3AVCA 1TGOA 2OYQA 1S6PA 1S6QA 3DRPA 1RCHA 3EZ5A 1RT3A 3K2PA 4DFKA 4FVMA 1SL2A 2P1JA 2BANA 4AH9A 4M42A 1VSJA 4ID5A 3MXJA 3HVTA 3OYGA 4QCLA 3WNGA 4CJUA 2KTQA 1UWBA 3QEWA 3QINA 1J5OA 3KLIA 3ZSRA 4AHTA 3ZSQA 1D9FA 4DTOA 3VQ5A 4Z4CA 3HXMA 4JS5A 1NJXA 4B9LA 2FC0A 2A1RA 1A5XA 3V9WA 4NCAA 3SCXA 4BDPA 1FKPA 1LW2A 1WAFA 4NYFA 1S1XA 5HRRA 4CJKA 4FYDA 3QERA 3NE6A 4DS5A 3LP1A 1S1WA 4Z4IA 1ZBFA 1RDAA 2DFFA 3NDKA 4CK1A 5KRTA 3KIOA 1NOZA 2IGIA 4KHNA 4IFYA 3ZCMA 4E1NA 3F73A 3KJVA 2HVHA 1B92A 1RT7A 1BIZA 2D5RA 1XI1A 3T19A 3CQ8A 1QQCA 1KVBA 4OVLA 4CHYA 4M45A 3SUQA 4CE9A 1WLJA 2GUIA 3SQ1A 3ZSVA 4R5PA 4DU3A 1RTHA 3AVFA 1BGXT 4E7HA 1U45A 1XHZA 3FFIA 1VSEA 4BWJA 4I9LA 3A2FA 4Q5VA 3CYMA 4Y1CA 2HW3A 4AHUA 4W5QA 5FROA 1LW0A 4F3OA 5I42A 2OPPA 5CYMA 4N47A 3TR8A 1KFDA 3DLRA 3I0RA 1O1WA 1TKXA 4LSNA 4C8MA 5SZTA 3KLGA 4JRPA 1ZYQA 1U47A 1NKCA 1SL0A 2IDOA 4IDKA 3SQ0A 4CF2A 1C0UA 1D5AA 4DQIA 1ZBIA 1HMVA 1BL3A 1I3AA 3LPUA 1B9FA 4BWMA 3TABA 3DMJA 1CZBA 1QSYA 1IKYA 5HLFA 4CGHA 5J1EA 2P51A 4FLYA 2GBZA 3LAMA 4FJIA 4FZYA 1Z26A 2B4JA 3TAFA 1T7PA 2FBVA 1ASVA 3OYAA 3MXIA 1UA0A 2QKKA 4M3RA 3SPYA 3T3FA 2PZSA 2HHXA 5KTQA 4B9MA 4I2QA 4CEQA 1C0TA 2YHAA 4CFCA 3ULDA 4RW9A 1VSLA 2JLEA 3VQQA 3HPOA 3DRSA 3QIPA 1B9DA 4KI4A 1WSJA 4ICLA 4CJ4A 1T05A 3NAEA 4CFBA 4YFUA 1RT2A 5KI6A 4CECA 3AA2A 4DQRA 1RTIA 1VSIA 1XHXA 4FW1A 4DS4A 3QETA 1RT1A 4RW4A 4BDZA 3U3GA 3PX0A 3TWHA 1JLGA 4FLVA 1RNHA 4B9SA 2QXFA 1NK7A 1LAWA 5E41A 5C24A 5SWMA 5HROA 4TSXA 2G8WA 3C94A 4KTZA 3AVBA 2XO7A 4E3SA 1RTDA 1KRPA 4MFBA 4RW6A 4OLAA 3RMDA 4DG1A 3NHGA 1X1PA 3K5LA 2ZQBA 4C8LA 2IOCA 4F3TA 1RT6A 4M3TA 3C6TA 4CFDA 1WSGA 2XY6A 1VRUA 1HYSA 3TAQA 1KLNA 1XC9A 4Y1DA 3SUPA 2IAJA 2KW4A 3ZT1A 5FDLA 3JYTA 4DFMA 3LDSA 3DOKA 1EXQA 3SNNA 4CGDA 3OJSA 2PYLA 1X9MA 4BDYA 4CJTA 4OKKA 4B08A 1S5JA 4DTRA 2VWKA 3CM5A 3OVNA 3QO9A 4LH5A 4E89A 3NH1A 3DLGA 1NJWA 3RR7A 4L8RB 1TAUA 3ZT3A 2RF2A 1RDCA 3VQBA 1LV5A 4FK2A 3B6PA 3V4IA 4FJLA 4FJ5A 1TK5A 1HYZA 1JLAA 1JKHA 4I7FA 4B8CA 4JS4A 2B6AA 3VA3A 3NBPA 1RBVA 3LWLA 1ZBLA 3AO4A 1BHLA 4LY7A 3IS9A 2VG7A 3F9KA 4IG0A 1SUQA 1U04A 2OZSA 2WOMA 2YNIA 4KO0A 3O3FA 3U3YA 1S1VA 1N5YA 4N5SA 3NGIA 5D3GA 4KKOA 4CF0A 3HSTB 4F8RA 3V9UA 3V1OA 1KLMA 2Z1JA 4CEFA 4O0IA 3OYBA 4EP4A 3BDPA 3TAEA 3RMAA 1NK6A 3AVKA 1WAJA 4CJ5A 1EKEA 1JXBA 2EX3A 1TL1A 3S3MA 3V81A 4JLHA 4AHSA 3OS2A 3B6OA 1JLBA 2DFHA 1LWEA 3AV9A 2OZMA 4HUEA 3CG7A 4CERA 4B9VA 2P5OA 1ZBHA 1TKZA 3PV8A 3DLKA 4OPKA 1A5WA 4J2EA 1JLQA 3ITHA 3ALYA 4G1QA 4RW8A 4E7IA 4DQSA 1SL1A 3MXMA 4ELVA 3HL8A 4CHZA 3AO1A 4CJWA 5C25A 4AHCA 1JL2A 2E4LA 2FBXA 3WNFA 2G8UA 1IG9A 4KTWA 5K14A 2G8FA 2D0BA 1NK5A 1S1TA 3OYNA 1SKRA 4CEDA 1IKVA 3CFRA 3CFPA 1HNIA 1J54A 3KK1A 2E6MA 3VQ9A 4Z0UA 3PO4A 3E01A 3L3VA 4NCBA 4PQUA 1CXQA 3OYMA 1L3TA 1BI4A 1C1AA 3NGZA 1D8YA 3DLBA 1IKXA 2R7YA 2YKNA 3OYEA 3SJJA 4Z4HA 5HRNA 5J2QA 1TKTA 1REVA 4OGEA 1TL3A 2BGGA 5J2MA 4CGIA 1X9SA 4Z4FA 3AA3A 2VWJA 3S9HA 1Q9XA 2FBYA 3WNEA 4CHOA 3AO2A 1BCMA 3O4QA 2XY5A 1QTMA 4DSKA 2O4GA 3AVGA 1UOCA 3LAKA 3KD1E 4W5TA 2PY5A 1TK8A 3SQ2A 2I5JA 4FLXA 4O5BA 3L3UA 3V1RA 1CXUA 4ID1A 3IAYA 2Z1GA 3DRRA 1TAQA 3K5NA 4E19A 4E0DA 3S3NA 1F21A 3RMBA 1FKOA 4K8XA 4FJ7A 3SUOA 3PUFA 3D0PA 3S3OA 4CCHA 5KGWA 3AVLA 1C6VA 3KD5E 2QKBA 4CJVA 3SYZA 4HCBA 5FRMA 1VSDA 3ZSYA 3AVMA 3L2UA 3UIQA 1NKBA 4EP5A 3V9SA 4DSEA 3V6DA 4O0JA 1Y97A 4CFAA 4IG3A 3KKRA 4QOZB 3MEEA 3L2VA 2X74A 3VQ8A 1K6YA 3D45A 5JS2A 4DTSA 2XY7A 4DSLA 4KREA 2Q3SA 3THVA 2G8VA 4QAGA 3K57A 1ASUA 4CJEA 3HT3A 5EU7A 4CESA 1NK0A 4KB0A 5C42A 1HPZA 3LANA 3OYIA 1NJZA 1C1CA 3I0SA 2B5JA 3I8DA 1Q8IA 3LP3A 1NJYA 1GOBA 3MAQA 4H4OA 3TAMA 3TANA 4ZTJA 3MEDA 3K59A 2KFNA 1EX4A 1TVRA 4WE1A 4K8ZA 1UAXA 1TKDA 1RBTA 4Z4EA 2ATQA 3OYFA 2X6NA 1SKSA 1UA1A 3DLHA 5HBMA 3T1AA 1CLQA 3ZT4A 3O3HA 4FJHA 3QIOA 3QLHA 2RKIA 4CEZA 3RTVA 1HQEA 1RILA 1TV6A 4FJMA 5I3UA 3ZSXA 2DTUA 2HMIA 4E1MA 4DMNA 4FLWA 3HP9A 3ASMA 3NF8A 4KHQA 4PA1A 4KFBA 3OYLA 3AVJA 1GOAA 1NOYA 4FJKA 4KHWA 4KB1A 4FM2A 1IKWA 3SPZA 3OYJA 1I39A 3KK3A 3RRHA 4FJGA 4DQPA 3KK2A 1IH7A 5HRSA 3LZIA 2IS3A 3VQAA 1RDBA 1JLEA 1DTQA 4B3OA 4XIUA 3AVAA 3OYCA 1JLCA 3G10A 3H08A 4DSFA 2AJQA 1QS4A 5HRPA 1WSFA 2Z1HA 4J2AA 2D0CA 3K58A 4DLGA 4OJRA 4DU4A 2YHBA 4LH4A 3HM9A 2VG5A 4DF8A 4CHPA 2PYJA 2JGUA 3QESA 3V9XA 4DFPA 2BDPA 2O4IA 1EP4A 3U6FA 4KHYA 4FLTA 4IFVA 4N41A 1KTQA 4IBNA 4W5NA 4M41A 4CIEA 4DFJA 1G15A 4OGCA 5T7BA 3JSMA 3M8PA 3PY8A 4J2BA 1L3SA 4C8KA 2ETJA 4DTXA 3C95A 4DTJA 1QSSA 3AVHA 1J53A 4E7JA 3M8SA 2YNHA 4C8OA 1BISA 4PWDA 3PX4A 3HPGA 3NH0A 5J2NA 1FK9A 4E7KA 1C1BA 5HP1A 4RG8A 2YKMA 4CJQA 4CK3A 3L8BA 1NK4A 2YNFA 1VSKA 4HTUA 4DF4A 3LPTA 3P1GA 4AILC 2P5GA 4DTNA 4KI6A 4CGGA 4KTQA 1HJRA 2HHQA 1S9EA 4OLBA 3L2RA 4DTPA 1DLOA 1KVAA 5CY4A 3RMCA 3LP0A 1C0MA 4CEBA 3BGRA 4O55A 1IO2A 3OJUA 4FM1A 4ZTFA 4BE0A 3ZT2A 4HCCA 4E7LA 4FK0A 4CJRA 3VQ6A 3G0ZA 3OYHA 4CEOA 4DSIA 2HNYA 2HNZA 1RT5A 3V9ZA 1D9DA 1VRTA 2F96A 3LALA 4HHTA 3RR8A 3ZSWA 3QEPA 4CJFA 3OYKA 1ASWA 2OPQA 4BACA 3QEVA 2G8KA 4I2PA 3CM6A 3SUNA 3NH2A 2KFZA 4ELUA 1DTTA 2KZZA 2D0AA 3SV3A 4M3XA 3SQ4A 3AO5A 5CZ2A 1FXXA 1WNSA 4B9NA 4F2RA 1YT3A 3NCIA 3TARA 2G8IA 2QK9A 4M3YA 2DY4A 1RT4A 3VQPA 1J9AA 4CHQA 4N76A 4FZZA 2Y1IA 1L3UA 1YTUA 1VSMA 2FBTA 1LAVA 1CZ9A 1YTAA 4KV8A 1BQNA 4AHRA 2RPIA 1KCFA 4GW6A 4DWIA 4CJPA 4FCYA 5FRNA 1Z25A 4YNQA 3DOLA 4CEEA 3SZ2A 2ITGA 3DM2A 3NFAA 1R0AA 1L3VA 4F2SA 2OA8A 1W0HA 2W42A 4FXDA 4DTUA 1HYVA 4KPYA 3ISNC 1VK0A 2HHWA 4LSLA 4KAZA 4CEAA 1N6QA 1KSPA 1KVCA 4CJ3A 2HB5A 1A5VA 3DI6A 3QNNA 1XWLA 3O3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQON 4RW7A 4B8AB 2YJFA 4FJ8A 3VQCA 4XH5A 4OKEA 4DSJA 4BR0A 1SS6A 4GVEA 1BQMA 4YOVA 5GAHP 3HI0A 2UYTA 2ZJQL 5IT9O 4CIFA 3M8RA 1GOCA 4AHVA 3OY9A 4DR7K 3VQEA 4CHNA 1T03A 4Z4GA 2YNGA 4GKKK 4FK4A 1RBRA 2GV9A 1BCOA 4H4MA 1RDDA 2XRIA 3KWGA 3ZETA 1YUWA 5FPMA 2X78A 3I8BA 2YX6A 3R3LA 3KKSA 4QS9A 4O44A 4PHTX 1ESVA 2KQ2A 3R9PA 4BGAA 4UQGA 5LY3A 1KFSA 1WN7A 1JLFA 3BZCA 3R6MA 4EZ9A 4GMJB 3BY5A 1RTJA 2HVIA 3ZSOA 4ILGB 4CJSA 5LJWA 2UXCK 5GIPA 3FZFA 5FLXO 5DMRA 1ZBUA 5TKWA 5C0YA 1GLJO 3FZLA 1WSHA 1BI4B 1N34K 2X6SA 2Q31A 3CMAN 2QWRA 1S9GA 2Z1IA 3NF6A 3PSFA 4BRIA 3KTQA 4J2DA 3HJFA 4MQ3A 3O4NA 1HJOA 4FJJA 5CHIA 4ILHA 4PY5A 4EZ6A 1N32K 3HOSA 3VQ7A 4KHUA 3O9UA 4CF1A 2DFEA 3HM8A 4C8NA 2QWPA 3MCAB 4BRMA 2H3GX 2V51B 3OS1A 3C6UA 1NGJA 3J8AA 3VESA 2Q2RA 2RN2A 1S6QA 3DRPA 1RT3A 2HF4A 3UKUA 2FXUA 4AH9A 1VSJA 1JJ2M 5M1NA 3MXJA 2CGKA 1EWQA 3C65A 3UKRB 3QINA 1D9FA 1SQKA 3ZSQA 4DTOA 3VQ5A 2A1RA 2O8EA 2E5LK 3O80A 1NBWA 4FYDA 3QERA 4DS5A 1ZBFA 3NDKA 5KRTA 3KIOA 2IGIA 3ZCMA 4KHNA 3KVGA 3KJVA 1RT7A 1BIZA 4H0PA 4HWIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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