1NPVA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with ldc271
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL polyprotein
publication title Design, synthesis, and biological evaluation of monopyrrolinone-based HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1npvA00
2AOJA 4K4QA 1B6LA 1W51A 4ER1E 4GZFA 1K2CA 4MC9A 3PBZA 3PGIA 5P3SA 5P05A 1HEGE 4CPRA 4DFGA 3SLZA 3EM4A 5P78A 1EPOE 1HSHA 5P0OA 1BIMA 3S85A 5DR8A 4J1HA 5DR1A 2WL0A 4ZE6A 5P3VA 4EJLA 2QU3A 5OZSA 4DQEA 3WB4A 3UTLA 5P71A 2AVSA 5P6OA 5P5SA 2R9BA 2HM1A 1HVJA 3OWNA 4Y58A 4I0ZA 5P2ZA 1EC1A 1M4HA 4X7IA 4YD6A 3ZKGA 4CP7A 4LXAA 3HW1A 4ER2E 2AODA 3UQUA 5P73A 2MIPA 5OZRA 8HVPA 5P2QA 5P7JA 1AIDA 1HVHA 3O9DA 4TVGA 5P1TA 5P2UA 3EKWA 1TCWA 5P08A 4QLHA 1LF2A 3NU4A 3L5FA 2QZXA 1GVTA 4GJ6A 4MC2A 4D89A 2RSPA 5P2RA 3KDDA 3OQAA 3SAAA 2OHPA 2AOHA 2I4DA 5BRYA 2ZYEA 1AJVA 3DJKA 1ODXA 1B6JA 5PEPA 5P6CA 3WZ8A 2QMFA 3VEUA 5OZLA 2Q11A 5SY3A 1LYAB 5P82A 5DQ1A 3MXEA 5P3LA 3FNSA 5P0GA 2I4VA 5DR3A 5P2SA 3BHEA 2HPEA 2ZJJA 5AH9A 5I3XA 5SZ9A 3OU3A 4QJ9A 1T7JA 1NPAA 4DJYA 5P0PA 2WF4A 4Y5CA 4EJ8A 5P46A 5OZFA 5P3KA 4Y3XA 2ZHRA 3FNTA 1FKNA 1BVEA 5OZAA 5P1SA 2F3EA 1BBSA 1G0VA 5P87A 5E5JA 3VSWA 4ER4E 1ZPAA 5OYRA 4DJXA 3EL1A 1J71A 3Q70A 3DV1A 4FSEA 5P07A 2J9JB 5P1GA 3TPRA 3OU1A 2A4FA 4JPCA 3OGQA 5IVQA 5AH6A 3HDKA 5P1WA 5P1LA 3OU4A 5J25A 3L58A 4NKKA 1PSNA 2NTRA 4I8ZA 1HHPA 2HAHA 4B1CA 5P1QA 1FMUA 2Q63A 4I0HA 1B5FA 1B11A 1KZKA 4YA8A 5OZUA 4ZSRA 4Y44A 5P83A 5OYVA 2Q3KA 2QMGA 3VFAA 3PEPA 5DQCA 3BRAA 5P2DA 3R1GB 3K5GA 4PZXA 3QROA 1DPJA 1W5XA 5APRE 5OZYA 2V13A 5JODA 4Y3TA 1A30A 3OUDA 3I2LA 2HS1A 5P1KA 1IVQA 5P3JA 3GGXA 1SDVA 3VSXA 2V16C 3CYWA 4IVSA 5P85A 5P57A 3WSJA 2P3BB 4FSLA 3OHFA 5OZ4A 5P5VA 1OHRA 4ZPFA 3O9EA 5HCTA 5JFUA 5OZBA 5P0JA 5P2EA 2QP8A 3WZ6A 2WF0A 5P7NA 4M8YA 3IXJA 2UY0A 5P1JA 4H3FA 5P00A 5P55A 1BAIA 5P6HA 4RRNA 5KOSA 4J55A 5COKA 5SXNA 3ZL7A 3KN0A 3U7SA 3GGVA 3NR6A 4Y3QA 3D1ZA 5P2LA 4YCYA 3LIXA 2PWCA 5IVSA 3KDCA 5OZWA 3INFA 2VIEA 5P7LA 4Y43A 5OZQA 3NU9A 5P22A 2VIJA 4Y3WA 1AJXA 3PCZA 5OYWA 5P4LA 3OQKA 1HVCA 3PI5A 4U7QA 3IVHA 3IN4A 5P1HA 5C9BA 5P23A 1MESA 5P1OA 4LXMA 3KYRA 5AGZA 1KJ4A 2QD8A 4E43A 3EKPA 2IKUA 3PSUA 1HIVA 3UDMA 4NPTA 4BELA 1QDMA 5OYXA 2ER7E 1D4YA 3SACA 1HIIA 3PWRA 3O9AA 4NJUA 1TQFA 5P63A 1F7AA 3KMXA 5HE5A 4Y3RA 5P1ZA 4Y3NA 2FXDA 1NSOA 4Y5MA 2FDDA 4U8WA 4Y4DA 5P8JA 3SQFA 3NDWA 1E81E 5P69A 4ZIPA 5P66A 5P6KA 2R43A 2I0DA 5P01A 4ACUA 4J1IA 3IN3A 5P09A 4HDBA 1META 1GNMA 3PMUA 3TLHA 2WECA 5P4KA 3LZSA 1XL5A 2OHQA 2WEAA 1PROA 1BWBA 1XS7D 4DH6A 5DR4A 4Y41A 1UH9A 1APVE 1ZTZA 1FQ6A 2JJJA 4RVJA 4PYVA 2ZHSA 5ENKA 3NYGA 5P2OA 3KF0A 5P6ZA 5P64A 3KT5A 1A9MA 1HPSA 3NXNA 4ZSPA 5P8AA 3VYFA 5F00A 3HBOA 1M43A 5P43A 4CPXA 4HEGA 4K9HA 4Y5NA 2RMPA 5ER1E 5KR0A 1CMSA 5P37A 4BFDA 1BXOA 5P6XA 4Y4GA 4YDGA 2B7FA 1HRNA 2Z4OA 3VYEA 5P7VA 2ZDZA 4ZEAA 5P29A 4D88A 3LZYA 1T3RA 5P3RA 1WKRA 5OZMA 2JYSA 5P1MA 5P5PA 1MSMA 5P32A 5P5DA 1ZLFA 2P3AA 5P7MA 4RRSA 1VIJA 4EQJA 4Y4ZA 2BPXA 3DK1A 2HB3A 3UFNA 2IL2A 2QHZA 3DUYA 3OUCA 4TRYA 1KJFA 3BUFA 4A4QA 5P36A 5P3XA 3SM2A 5P0SA 3LPIA 2QI5A 2G24A 5F01A 2NMZA 3PVKA 4K8SA 1D4KA 3VYDA 2RKFA 5P4XA 4EP2A 4OBZB 2FMBA 4NJVA 3EKVA 1CPIA 3PWWA 3PI0A 2WHHA 1UPJA 2CEJA 1BWAA 1W5WA 2Z54A 3D3TA 3S56A 5P4NA 4Z4XA 4Q5MA 3O9GA 3VG1A 1EBYA 2G21A 2V00A 5P8GA 5SY2A 1FEJC 2IKOA 3EKYA 4J17A 5P4QA 1ER8E 2BKTA 3INDA 1FQ8A 3VCMA 5DGUA 2NXDA 1MPPA 2R3WA 9HVPA 3BGCA 4RVIA 5P3ZA 3U6AA 5P8QA 4PZWA 3ZKNA 1PPKE 4Y5BA 3TKWA 2NNPA 5P3EA 2QZKA 2QI0A 4DJWA 2WKZA 3QVIA 5P7PA 3PSGA 5P5GA 3IXKA 1SDUA 4DJPA 4LP9A 3T3CA 3S43B 1T7IA 6APRE 5P0YA 5P72A 3BGBA 2G22A 2F3FA 4IVTA 5I3YA 4KB9A 5HE7A 1QBTA 3NDUA 4XX4A 5P4PA 4L7HA 3TOHA 3RTHA 3ZOVA 5P8HA 4EYRA 1A8KA 5P4JA 1GKTA 2I4WA 3IGBA 2J9KA 3D20A 5P58A 2PC0A 2I4XA 3S7LA 4JP9A 3KFSA 2AVQA 4Y4TA 4DJVA 3UQWA 4Y51A 1M0BA 3UDYA 5P5UA 5ER2E 4Y3GA 2HB4A 3IVIA 2FIVA 3EC0A 5P80A 3EL4A 3O9CA 3I8WA 1XL2A 4RYCA 2OHLA 4HLAA 1LS5A 3T7XA 1EC2A 3LIYA 5OZ7A 5P3OA 4U7VA 2QNPA 4Y4AA 3QRVA 3OXVA 5P6AA 4DVFA 5P8DA 1IZIA 4I0IA 1C6YA 3KM4A 5P3YA 3PHVA 4R8YA 5P4MA 3EM3A 1EPNE 2I4QA 1HTEA 5OZJA 3MSKA 4OD9B 3ZPUA 5OZ2A 3EKTA 4Y3EA 2QD7A 1WBKA 5P8EA 5OZ5A 3QVCA 4Y48A 3NU5A 4H3IA 3HD8A 2IGYA 5P8LA 5P79A 5P88A 5P35A 5P50A 4DQGA 3VF3A 4I12A 2B8LA 1D4JA 2F80A 2QZLA 5P7GA 3QIHA 2FGUA 2ZJIA 5P8SA 2V11C 4FM7A 5P6IA 5P16A 3O9LB 5P2TA 1K6VA 5P7DA 5P5IA 1HPOA 2Q55A 4XKXA 3SA6A 1YTGA 4FLGA 1YTJA 4LHHA 5P0ZA 4GJBA 2ER9E 3Q5HA 4YD7A 5P20A 5P2MA 4B72A 5P52A 5P3GA 1G6LA 5P15A 1HSGA 1RQ9A 4J1EA 3EKQA 3UDJA 5P0VA 4J1KA 3HAWA 1BVGA 2FNSA 3EL5A 3TNEA 5P1AA 5OZEA 3SA7A 3EMYA 2HB2A 5P4HA 1D4HA 1LF4A 5P3NA 2QNQA 2EWYA 1LYBB 1T6GA 3MSJA 1EBKC 3DOXA 5HTZA 5P0DA 2Q15A 5P89A 2BKSA 1MTRA 5P2NA 5OYTA 5P7BA 1AXAA 5P5QA 2IENA 5P6MA 4HE9A 3QS1A 2QI7A 4ZPEA 5P3TA 5P3MA 2F8GA 1DW6C 1HOSA 1EPQE 5P4SA 3KFNA 3MSLA 3M9FA 5ENMA 5P0RA 5P5CA 4DQCA 5DQ5A 4J5JA 3Q4BA 2OHSA 5P59A 3S7MA 5CONA 1MRXA 2OF0A 4L1AA 1FMXA 4Y4UA 2AOFA 2QZWA 4AMTA 5KOQA 5P1BA 5P2GA 2OHRA 4CPTA 2O4PA 1IZDA 5IVRA 5KR1A 4FRJA 3VLAA 1LF3A 3PLLA 4JPEA 4AZYA 5HDUA 5P2KA 3GI5A 4Z50A 2P3CA 4GB2A 4Y35A 1YM4A 3NXEA 3PSYA 5P51A 1MUIA 3O9IA 5TOLA 1SH9A 2AVVA 1EPME 4YD3A 4JECA 2ZJLA 3O9BA 4B1DA 1YM2A 3QP0A 3TOGA 3OTSA 3LIQA 3N3IA 5P7CA 2BPVA 4J0ZA 3JVYA 1Z1HA 5P45A 3OAGA 3FNUA 7UPJA 2PSUA 2O40A 3KFPA 4KE0A 3CMSA 4Y6MA 4GJDA 5P31A 4RCFA 2PH8A 5P1NA 3EBZA 5P1IA 3OADB 4B1EA 4YHQA 2P83A 3I25A 3UQXA 3PRSA 4R5NA 3GGUA 3UHLA 1DIFA 5P7KA 4I0JA 3KFRA 3QBHA 4FRKA 5OZ3A 3OQ7A 5P4FA 5P3CA 5P04A 5P41A 2H6TA 2IQGA 2CENA 5P3WA 3LPKA 5JG1A 1RL8A 1Z1RA 2IGXA 4WTUA 2O4LA 5P70A 1FQ5A 3PM4A 2Q5KA 4FGXA 4S1GA 3URLA 4RYGA 1QBRA 2ZGAA 1E80E 2VJ6A 4DQBA 1SIPA 2WJOA 4XXSA 3K1WA 3D91A 4YE3A 1SMEA 5P5AA 5EZZA 4GJ9A 1AAQA 2XFIA 2R3TA 5P8FA 3VF5A 2BB9A 5P7UA 3ST5A 5P2HA 1W50A 1GVUA 3VV6A 1FQ7A 4B77A 4QJ7A 2WF2A 3BC4A 3URJA 3OU1B 3ECGA 4Y3YA 5P74A 4J0YA 2VIYA 4EHCA 1MRWA 2R8NA 4M8XA 4YBFA 1BDRA 4I10A 5P3FA 5KQZA 3BXRA 3PB5A 3OU4B 5KR2A 3T7QA 1FMBA 1W5YA 3ER3E 3OOZA 4J0TA 1BILA 1SDTA 1T6EX 1B5FB 5P5FA 3EM6A 4RROA 3UQRA 2ZJKA 2R5PA 4H3GA 5IE1A 3NUJA 4CPWA 4YDFA 5P13A 4DPFA 1QRPE 1W6HA 4I0DA 4HZTA 1IDAA 2G1OA 4ACXA 2CEMA 1A8GA 4R93A 5P5TA 3K5DA 3OUDB 4Y3PA 5P62A 5OZ1A 4OBFA 4RZ1A 5P56A 3GI6A 5P76A 2NNKA 1ZAPA 3OXWA 4WY6A 3KT2A 1HIHA 3UDKA 2ZHVA 4Y5PA 3LZUA 2B42A 2BPYA 2PMAA 1LZQA 2AVOA 4EQ0A 3LIVA 3OK9A 5P8NA 3K4VC 1XDHA 2QCIA 4DI2A 2QAKA 1QBSA 5P1EA 1HVIA 1EC0A 1SGUA 3APPA 2AVMA 3OTYA 1AZ5A 4GMIA 1IBQA 3S54A 1ZP8A 5P2VA 5P4DA 5P0LA 4Y57A 5P2JA 4Y5GA 1LYWA 5P7WA 5OZZA 4Z22A 4BEKA 4EXGA 7HVPA 3LPJA 4J54A 2QI1A 5P8CA 4UPJA 2G94A 2NXMA 3RSXA 1K1UA 5KQXA 3VV7A 3G70A 1FQ4A 5P19A 3IA9A 1MT8A 5P67A 3ZKSA 4B00A 4FM6A 4GJ8A 1HBVA 4F75A 2F3KA 1FFIC 4AA9A 5P8KA 4RCDA 2FS4A 3R0WA 3BUGA 5DPZA 5P5RA 1LV1A 3S53A 3SA3A 3K5FA 2PWRA 1GNNA 3OOTA 4Y9WA 5P33A 4H1EA 5OZGA 5P6YA 3APRE 4Y47A 2AOEA 5P1UA 4N00A 5P44A 5P2IA 1YT9A 2A1EA 2AZ8A 4L6BA 5KAOA 5P2FA 4NJSA 1HPXA 2QHYA 3PMYA 2OHTA 5P5KA 2I4UA 4GJ5A 4GIDA 3NU3A 5P5HA 1OD1A 1MT7A 2ER6E 2G26A 3EXOA 3LZVA 4Y36A 1HEFE 1RPIA 1YTIA 2O4KA 3ZMGA 5C9FA 4DPIA 1WBMA 3ZPSA 5P38A 3S8IA 3CICA 1HPVA 2QMPA 1LEEA 4Y4BA 5P0CA 1MERA 4K4RA 1EC3A 5ISKA 3ZKIA 5COOA 5OYSA 4FM8A 2JXRA 2HIZA 3FKTA 3L3AA 3AIDA 3RVIA 4F76A 5DGWA 1IZEA 4RCEA 4Y5KA 2XFKA 1G2KA 5P3BA 1U8GA 4Z2ZA 3FIVA 2FXEA 1K6CA 2B7ZA 4R92A 3NUOA 3R2FA 3L5EA 4J1FA 3PJ6A 1KJ7A 4Q1WA 1EAGA 1IDBA 2QI6A 1FG6C 6UPJA 5HDZA 4GJCA 5P6NA 2V12C 3VUCA 3SA8A 3OY4A 1F34A 2H6SA 5P5BA 3Q6YA 1HVKA 3UDPA 1G35A 3G72A 5P5NA 3D1XA 1MTBA 3CKTA 2QHCA 3B80A 3LHGA 1KJHA 1XE6A 2VNMA 3DCRA 3NLSA 5OZTA 5P4GA 4J0VA 1FG8C 1EEDP 5OZKA 1EPPE 3EKXA 3WZ7A 5P06A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOJ A;  4K4Q A;  1B6L A;  1W51 A;  4ER1 E;  4GZF A;  1K2C A;  4MC9 A;  3PBZ A;  3PGI A;  5P3S A;  5P05 A;  1HEG E;  4CPR A;  4DFG A;  3SLZ A;  3EM4 A;  5P78 A;  1EPO E;  1HSH A;  5P0O A;  1BIM A;  3S85 A;  5DR8 A;  4J1H A;  5DR1 A;  2WL0 A;  4ZE6 A;  5P3V A;  4EJL A;  2QU3 A;  5OZS A;  4DQE A;  3WB4 A;  3UTL A;  5P71 A;  2AVS A;  5P6O A;  5P5S A;  2R9B A;  2HM1 A;  1HVJ A;  3OWN A;  4Y58 A;  4I0Z A;  5P2Z A;  1EC1 A;  1M4H A;  4X7I A;  4YD6 A;  3ZKG A;  4CP7 A;  4LXA A;  3HW1 A;  4ER2 E;  2AOD A;  3UQU A;  5P73 A;  2MIP A;  5OZR A;  8HVP A;  5P2Q A;  5P7J A;  1AID A;  1HVH A;  3O9D A;  4TVG A;  5P1T A;  5P2U A;  3EKW A;  1TCW A;  5P08 A;  4QLH A;  1LF2 A;  3NU4 A;  3L5F A;  2QZX A;  1GVT A;  4GJ6 A;  4MC2 A;  4D89 A;  2RSP A;  5P2R A;  3KDD A;  3OQA A;  3SAA A;  2OHP A;  2AOH A;  2I4D A;  5BRY A;  2ZYE A;  1AJV A;  3DJK A;  1ODX A;  1B6J A;  5PEP A;  5P6C A;  3WZ8 A;  2QMF A;  3VEU A;  5OZL A;  2Q11 A;  5SY3 A;  1LYA B;  5P82 A;  5DQ1 A;  3MXE A;  5P3L A;  3FNS A;  5P0G A;  2I4V A;  5DR3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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