1NWTA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitopentaose
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 126
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwtA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwtA01
2ZOXA 2X1IA 1IZKA 1UD6A 1VF8A 2YL6A 1TZ7A 1I1WA 4CU6A 3VIIA 3SUVA 1HL8A 3FHAA 3T2QA 3O2LA 4ZEPA 5LA1A 2WMIB 1Q4NX 4PMOA 4DUXA 3WEOA 2VZUA 1OT2A 2GJXB 3O6AA 4DWSA 1V6YA 2PBGA 3VIFA 1WZMA 1HJXA 1CXLA 4U2ZA 4CUCA 3CUHA 4GZIA 2OLHA 3ARZA 4R5EA 3ARVA 2E9BA 3N15A 3CZGA 5A6SA 2EPOA 3GNOA 3VKKA 1EQCA 4AZ6A 1DWHM 3PHAA 3A3HA 1DHKA 1FH9A 1M03A 5E6YA 3G6MA 5E9AA 5AC4A 4DWSD 1CENA 2ZUWA 4P7RA 1V3IA 2VT0A 3WH7A 4MAZA 2VZVA 2EXOA 2FGZA 3ARPA 2XFFA 4R27A 3OZOA 3AICA 3LPOA 2D23A 3L2MA 1MWOA 1R85A 2J4GA 2IXUA 1O7AA 2CYGA 4IPLA 4PMZA 3EYPA 4X0VA 2YA2A 3AIRA 1XSIA 3PZGA 1M01A 1GHSA 4X0NA 2HVMA 1UWSA 4P7NA 2ZICA 3I3DA 1GJUA 2FHCA 1E40A 1MXDA 2WAGA 3OB8A 1US2A 5BROA 1XH0A 3AMLA 5A69A 4MDOA 2E0PA 3KL5A 4J28A 1XCWA 3GXFA 4OOZA 4AIUA 1QNQA 4HMCA 3PTMA 3HJEA 3WUFA 4HZ8A 1B90A 2XYLA 1H1NA 2WMIA 4HTYA 4JHOA 4JL2A 2XVLA 1US3A 1P6WA 3PTKA 1KWGA 1GOOA 2F2HA 2V3FA 4OIFA 2RGMA 7TAAA 1UD8A 1UWRA 4Z2IA 2O9TA 4ZXLA 1RP8A 2E9LA 3AZSA 3EDDA 4U2YA 2DSWA 4JKLA 1CGTA 2PWEA 4D6CA 4P8XA 4H8UA 4E2OA 3VMOA 5A6BA 1SYTA 1ISZA 1YHTA 5BRQA 3CHFA 5BXRA 1GNXA 1EHNA 1VJZA 2X05A 1Q6GA 1XCXA 1B30A 9CGTA 1WE5A 1NWTA 1J11A 4HZ6A 1OSEA 5M03A 1UD4A 1BYAA 1H11A 1BF2A 3L4UA 4J3WA 3I3BA 3AXHA 4P8WA 1TUXA 2CITA 2VTFA 2J47A 3WDJA 2G3JA 4GO8A 1J9YA 4KRTA 4UFIA 3SCPA 5A6BD 1QI4A 2QHAA 1W2VA 4W5UA 4OZOA 2EPMX 2YLLA 4ATLA 5CQ1A 2XSBA 3ARTA 3WF4A 1V0NA 3AIEA 3OA5A 3SCOA 4TXEA 3OGVA 4QAWA 4RE4A 2CBIA 2J74A 2Y5EA 3W53A 1QI2A 2HISA 4ZE4A 1C8YA 1UH4A 2IXVA 3MU7A 1B1YA 1NP2A 3AHYA 4N42A 2PBOA 4Z2HA 4V27A 3VD7A 2PB1A 2DSZA 1OGSA 3WF2A 4W7UA 2X09A 4CN4A 1UOKA 1WZLA 5GNZA 1CXFA 4WKHA 2WKLA 3AS1A 3WD1A 4UZSA 1UA7A 3AHVA 3WEZA 1NP0A 1GONA 4H7VA 2NT1A 4IPNB 1EOKA 1OD8A 1K6AA 4CN6A 1UZ1A 7CGTA 4AD2A 1UH2A 2WM0A 2DIEA 1E73M 3WF1A 1XHGA 3CLWA 1BGAA 3CPUA 3T0DA 2BVDA 4P7LA 8A3HA 4PMRA 3ZMRA 1JL8A 3HU7A 2DT0A 2WWCA 4BQ2A 1UKOA 3RIKA 3WH5A 4URIA 2UY2A 4UOJA 4U5IA 4MNJA 3GZAA 1Q6FA 3AHZA 5EFFA 2XIIA 1V3MA 2W66A 1IT0A 4UFMA 3VGEA 4J3SA 3CZJA 1HN1A 4WSJA 2OYLA 2BFGA 2PF0A 2WMGA 4D1IA 1NARA 2WBGA 4KWUA 3A47A 2YBUA 1WB0A 5FOOA 1PBGA 5M17A 3WMBA 2WMHA 1MXGA 1GQLA 1JDDA 3GTNA 3UERA 3N9KA 3RDKA 1JZ2A 4UQEA 3GH5A 3B9DA 2WHMA 2BHZA 4U3AA 1ZBCA 4ZE5A 2BXZA 5JH8A 2WBKA 3F4VA 5A2CA 1UR1A 2VZSA 1H49A 2OWWA 3VX1A 3AS0A 1C8XA 3VINA 2PWFA 5BRPA 1PIGA 1UWQA 4FK9A 4D72A 3VU2A 4C7GA 2PWGA 4OKDA 3A4WA 4P7QA 5FIPA 2VCAA 2XTKA 2J7CA 1R86A 4WIWA 3M46A 1EDTA 4PEEA 4AZ7A 2VOTA 4W86A 3TONA 1WPCA 3BSGA 1OIFA 2XUCA 5E0CA 3VNZA 1JF6A 2AMGA 3VVGA 1A47A 2XGBA 5LA2A 2VVNA 1H5VA 1SR0A 1E4IA 2XJ7A 3TP4A 3WFLA 2DH2A 2E40A 1ZBWA 1V6UA 2ZE0A 4GO9A 4E8DA 1NQ6A 1EGZA 3MV11 3K46A 1FFQA 3W0KA 1NWUA 3ARRA 3WQ8A 1LL6A 4A3YA 3UG3A 1UUQA 2VCBA 3OLEA 4PMQA 1QW8A 1OBAA 1DWIM 2OSWA 2EO7A 3WN6A 3T09A 3WD4A 3N18A 3L4TA 4B3KA 1ODZA 2CBVA 2EJ1A 3GBEA 2BHUA 1GCYA 1AMYA 4X9YA 2GDVA 2V3EA 1AVAA 1UWUA 1HKMA 3WIJA 4DUVA 3PZOA 3NDZA 1BPLB 1E4MM 1W3JA 1B3WA 1QI3A 1W9UA 1MVYA 5FKYA 3VGFA 2D24A 2YL8A 1E1FA 1QHOA 5EB8A 5FD0A 3NJ3A 4L4PA 2JEPA 3DYPA 1QNOA 5GPRA 5IFPA 1VFMA 3GH4A 4M29A 4M56A 3PZVA 3RM8A 3RJYA 1CLVA 2DEPA 3ARUA 1VRXA 3WH9A 3W37A 2TAAA 1KFWA 4HU8A 4KGJA 3UETA 1JD7A 5DEZA 2WZIA 3WNOA 4XUYA 2YDSA 4AXNA 2BY2A 1WDQA 1JNEA 1R8LA 1WDRA 5GNYA 1KXTA 5ECUA 4B9ZA 3VDBA 3D5HA 3SUSA 4WKAA 1ZU8A 3WDIA 6A3HA 1LG1A 2A3CA 3NYDA 1RH9A 3U5UA 3UEQA 1DEDA 1MW2A 1Y7VA 2WANA 3VM5A 3SEPA 4AEEA 5BWFA 3VM7A 3M07A 1QNRA 2QLYA 4CCCA 1FHDA 2VR4A 1B9ZA 3MS8A 3WNNA 4Z2GA 4E4PA 1TA3B 2VX5A 3EMZA 3RILA 5JBDA 1V6WA 1PPIA 3VMNA 1EA9C 3WD0A 2JIEA 4J27A 2VMFA 1MW1A 1I1XA 4BF7A 1KXVA 1E71M 2J75A 4CD8A 1B3ZA 3W6MA 3VIHA 3KWXA 1VAHA 3T08A 1W1VA 1TCMA 2DQXA 4RL3A 1FHLA 3BCFA 5M3WA 1HX0A 3ECQA 1JZ4A 2XGIA 3ARXA 3GDBA 1BYDA 1M53A 4NF7A 3IANA 4MNMA 3QR3A 3VD5A 3POHA 3CUJA 4M24A 1CXEA 1CXKA 4PRWA 3VUPA 2IUZA 2JF7A 3BMWA 4HZ7A 4K68A 3VILA 4E8CA 3VIGA 1XH2A 3D3AA 2O9RA 2ZUNA 4KRUA 4ML4A 2WSKA 3TA9A 2UY5A 3MUAA 1UR9A 5A6LA 3OGRA 3K8KA 1E0WA 3IJ7A 1V02A 3U57A 1R7AA 1LWJA 1BYBA 1G94A 1WO2A 2WMKA 3IK2A 5HBFA 3GYCA 3FW6A 2CKRA 3EBVA 4CCEA 4ZXOA 2EBNA 2NSXA 2E8ZA 2W63A 4PTXA 1UA3A 2DT3A 1E9LA 3W29A 5IFTA 1J0YA 1OWQA 1DTUA 5ABHA 4Z2LA 1EQPA 2WVVA 1W1YA 1OGBA 2DSUA 2ZX5A 1E43A 2E4TA 1EO7A 4AYSA 1PIFA 5I6SA 3UR8A 1W91A 3OLGA 4P8UA 1BTCA 1BLIA 4W7WA 4AZ5A 1KXQA 3ZJ7A 1OGGA 3LPGA 1TA3A 4W89A 1GHRA 5E6ZA 3WDRA 4FLRA 3QGVA 4BQ3A 4W84A 1W3LA 4BZYA 1LF1A 1MYRA 5D4YA 1E1EA 1H4PA 3BC9A 2FDMA 4QP0A 3PZUA 5CJ5A 3AQUA 3AZRA 1JAEA 3PZ9A 1XH1A 3NIYA 4YHGA 2G3IA 1HJUA 5DT5A 1ISXA 1V3LA 3O9NA 2CERA 4D6IA 3K8LA 2WVSA 3K1DA 5I3DA 2WCAA 5I78A 2J7DA 1KWKA 4JCMA 1JI2A 1SFSA 5FCZA 2DGAA 2XM1A 1Q6DA 4LGXA 3ZT6A 2G8ZA 5CLTA 3PZNA 4GINA 1MFVA 3AMDA 2WB5A 4F9JA 4B9YA 3PZQA 1HL9A 2GDUA 3SUTA 1HIZA 1ODUA 1F4HA 2CBJA 3ZO9A 4Q7NA 4HPHA 2ZWZA 2VX6A 3WL0A 3WUBA 4FLQA 3LPPA 2XM2A 3OLIA 5AY7A 1JYXA 1V3HA 1JIBA 2F8QA 4PTMA 4WF7A 4PMYA 3ARWA 1E3XA 4JCLA 2WSPA 3AIVA 3KZSA 2ZX7A 1CYGA 4ATDA 2J62A 1VBRA 2Q8XA 1YQ2A 1VEOA 4AEFA 2W67A 4GXPA 3VDCA 1MQPA 2CNCA 3MUIA 1E6RA 1GQKA 3AHXA 3VIOA 4MB3A 4B15A 3VX0A 1HJVA 1V6XA 2D0HA 4ACZA 1GOKA 2VZTA 2X2YA 3WUGA 1TE1A 4C7FA 5I24A 5I77A 1EDGA 2WHLA 3RO8A 1W32A 2VZOA 3KEHA 2BVTA 3WUEA 3L4YA 1VJSA 1KB3A 1E5JA 2QF8A 3VNYA 2CETA 1FOBA 1C7SA 2CHOA 2ZUMA 1LJYA 1BG4A 3W82A 3WSUA 3W28A 3CUIA 1X6LA 2A3BA 4Q22A 3BAIA 3AISA 2ZUTA 2FHFA 4UFKA 3W25A 4AD0A 3W27A 1GQJA 1G0CA 4M82A 2QPUA 2O9PA 4YPJA 4UQCA 4UQAA 3SCWA 1AQMA 3ZR5A 5CPTA 3EDJA 1RD6A 4PTWA 4FF5A 1JYVA 4IM4A 4AZHA 5BYWA 3SCVA 1W3KA 3AMKA 4KMQA 6CGTA 1ZBKA 4W8LA 4XV0A 5GQBA 1QNPA 2YKKA 3IAPA 5BCAA 5A2BA 1KBKA 2WCGA 3CZKA 1W9XA 2E9MA 4NSBA 4PCSA 1J0KA 1UWTA 4J3UA 3TTSA 1FH8A 1ITXA 2BVYA 1OT1A 2DDXA 2JE8A 3ZT5A 5I0DA 1MFUA 2G3MA 2VQUA 1K9TA 3VO0A 3FAWA 3VD3A 3WELA 1G5AA 5LYRA 2W91A 1QHZA 1GZJA 4FLOA 2YIHA 2ZX9A 1TMQA 3RM9A 1QI5A 1B3YA 1E56A 4JKKA 1GOQA 1DWJM 2E8YA 3SURA 2CHNA 4HOWA 3VGBA 1NOFA 3OZPA 3B8SA 1KQYA 5KZ6A 1H41A 3THDA 4AZBA 1BFNA 2WHJA 2Y8KA 1UQZA 4J3VA 2V3GA 3EDFA 4CU8A 4GI8A 5C70A 1JFHA 1E6XM 3CIVA 2WC4A 3AI0A 1E15A 3AS3A 5M5DA 3FAXA 4GZJA 1JZ3A 1KCLA 3T0BA 5IDIA 5A2AA 3AMGA 4JZ5A 4S3JA 3L4WA 2YJQA 2X0YA 3BMVA 2VI0A 2EQDA 3PTQA 2OSXA 2ZUUA 4LYPA 1UR4A 3VPLA 1CECA 2F61A 1EIBA 3MKKA 1C91A 1KXHA 1PZ3A 4JHZA 3KL0A 4NRSA 2WWDA 1PX8A 4DM2A 4GKLA 5EMYA 3OGSA 2C8NA 1J0HA 3UG4A 4JAWA 4BS0A 2QPSA 1FH7A 3WDPP 4D6JA 1D2KA 4UNIA 3AS2A 5A6MA 2VRQA 2G3NA 4U5KA 4UZUA 1B31A 3BSHA 2YA0A 4D6EA 3CBWA 3AOFA 2XVGA 4CD4A 3WMSA 1E6QM 4IISA 4MJ4A 1V02E 1AQ0A 1WNOA 3QHOA 4TVDA 4CN1A 4CGTA 1HJWA 2OWCA 1QHPA 3W24A 3N12A 3PZMA 4EAMA 3CTTA 2JFEX 3NDYA 4AD5A 4UQBA 1Q6CA 1ZJAA 4HMDA 5ABEA 1JDCA 4J7RA 4TVUA 3KL3A 1JZ6A 3M7SA 3W6LA 1KGUA 3AYSA 4PMUA 3HN3A 4HA4A 4Z2JA 3SCSA 1JZ5A 2D0GA 1NH6A 3WH8A 4DUWA 4W5ZA 3MMDA 2AAAA 3AIQA 1K9DA 4AC1X 3MV01 4FMVA 3WDHA 4JFWA 2DIJA 5IXEA 3RMEA 1V08A 2GJPA 1UR2A 1U33A 1HJQA 3SCRA 3ZQ9A 2OSYA 1VIWA 1C8QA 2PWDA 3U7VA 5HPOA 3IJ9A 3CGTA 4W8BA 2FGLA 1JXKA 5D9OA 3WDQA 2YL9A 2WKGA 4QLKA 1V3KA 3U5YA 1E72M 4XX6A 1QNSA 2BHYA 2Y4SA 4PSPA 3G6LA 3ARSA 5ABFA 3DECA 2W92A 3ZSTA 2GK1B 1W9PA 1XYZA 1U30A 4W7VA 3UR7A 4PUDA 3CMJA 3W38A 3WBAA 2VNCA 4BQ5A 2BNJA 5EFDA 1GW1A 1I75A 2V5DA 2J25A 1DWFM 1XSJA 3FY1A 2YA1A 4M1RA 2VURA 2D22A 2EEXA 4QCEA 3UG5A 2VCCA 4CU7A 1QPKA 3L4XA 2ZX6A 4F66A 3OLDA 3AHTA 1J12A 4TTGA 4MNLA 1J18A 1XYFA 1DP0A 1G01A 5C8BB 5F7UA 1GUVA 1GQIA 5CPSA 3F5JA 2VUYA 5KEZA 4AZCB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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