1O7TA

Metal nanoclusters bound to the ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae.
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEVDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords IRON BINDING PROTEIN
publication title A novel protein-mineral interface.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule tags Metal binding protein
total genus 111
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA01
3SEUA 4XIGQ 2XX9A 1SQYA 4DLDA 2QS1A 4NTLA 4DE8A 2QRYA 4Z0IA 3ONMA 2NWJA 3PGFA 5KCJB 3SERA 2XXIA 3FUZA 4F2OA 1D9VA 3CIJA 3KJTA 4YICA 1N7XA 2V25A 4QFOA 5TP9B 3G3FA 3Q28A 2H5YA 2RF1A 1B7HA 3HN0A 1A8EA 1URDA 4AQ4A 1AH5A 2OZZA 3CVGA 4KYEA 1B0LA 4LZ7A 3KBRA 4F29A 1B7ZA 4YU0A 4RYAA 2YPNA 3TTRA 4R6YA 3MVWA 2OWSA 2V84A 4N07A 2H9BA 1FTOA 3TZAA 4ELPA 3V83A 3FASA 3TDJA 4LQ5A 4EDPA 4ZEFA 3S9EA 1QVSA 5H8SA 3DP4A 2V93A 1POTA 1B5IA 1NH7A 4NF8B 3TTLA 1SW1A 1PB8A 1IXGA 4KFQA 4KCCA 3RUMA 3U72A 2DE4A 2PYYA 3U1OA 1SW5A 3W9WA 4MBPA 3TTMA 3FJ7A 1XVXA 3ZS6A 1L5TA 3K01A 4GIZA 3RT8A 2V3QA 2Y7PA 3LR1A 1ZLQA 3FXQA 3EF7A 1O64A 3IJXB 4DXUA 1NNFA 3M8UA 1P1UA 5DEXB 1LAXA 2XXWA 1SI1A 1B05A 2DE3A 1WDNA 3RQTA 3G3KA 4U4SA 4RY1A 1MDP1 4DXCA 1MQHA 2ONSA 3H3GA 3KEIA 1A99A 2R71A 4BDLA 3MAMA 5CMKA 1USYH 2HZKA 1OVTA 2F6GA 3KOTA 2F97A 5I57A 1OQGA 2VP1A 5EHSA 1I6AA 3FV2A 3RN8A 1MPBA 4NMYA 1TFDA 1EU8A 4I1DA 1VE4A 5TPAB 4EQ9A 3VLWA 3OO8A 4IGTA 2Z23A 3EPEA 1MXYA 2QMWA 1N3XA 4LQ2A 3PUYE 2P1SA 2RCBA 5CMMA 3KFMA 4XTCQ 2F35A 3OXNA 2V3UA 3RT6B 4DIGA 1I6QA 2QS2A 5H8FB 4LZ8A 1P1NA 2NVUB 1B3EA 1MPCA 4LVQA 2A5TB 3W9VA 5I56B 4XKQA 4ZEKA 1IEJA 2GRVA 1BP5A 3FD3A 2REJA 5I58A 2XXVA 1LAFE 1PB9A 4NWDA 3GZGA 2DE2A 2OWTA 4C1TA 3S9LC 1XT8A 3KG2A 2ABHA 2ONRA 3IL1B 4F18A 5KDTB 3OEMA 3IOWA 3TUSA 3MJNA 2X7QA 3G3IA 1UTHA 3VE1B 4E0XA 2XXQA 4EXKA 2THIA 1ZMGA 3EN3A 1DMBA 1LCFA 4K3FA 4ESWA 2XD2A 2PVUA 3A3CA 1B4HA 3TFLA 2DP8A 5JTYB 1AMFA 3OSRA 3MVXA 4DCYA 3C32A 3VVDA 3QYTA 5LOMA 3E3KA 4GRKA 3OOAA 4G68A 4ELQA 1CE2A 4PP0A 4G77A 2QSXA 3CG3A 4HTGA 4IO3A 2D21A 3BFUA 1JW4A 4NEDA 3KN3A 3MC2A 3QIMA 1MPDA 1D9YA 1DSNA 3H6TA 4F1YA 4OMBA 1SW2A 3CFXA 4IY5A 1MQJA 5DT6A 5JEIA 2O7IA 2DWAA 4NF5B 3UGWA 1B46A 1B52A 3L6GA 3N6TA 1FQEA 3N6UA 1HSLA 2H25A 2Q2CA 1Y4TA 4OFJA 3LSFB 2O68A 3K6WA 1O7TA 3O28A 3FZVA 1P99A 2QJEA 1B5HA 1MXWA 3JYRA 1XOCA 3RTFB 1CB6A 3H6VA 3K6UA 4G2ZA 2ZNSA 1FW0A 1N0TA 1QULA 4DCXA 4F1UA 1B3GA 4BDQA 4C0RA 4HW8A 1B3FA 3VXBA 3Q29A 1EZOA 1PEBA 3T9VA 4FORA 4JWXA 3E13X 2E1SA 3VVFA 1P1QA 3U94A 3LC8A 2Q89A 3CFLA 1FTJA 4ZEBA 3T66A 5DVFA 3M3LA 3PMWA 1D3KA 3DP6A 3PUZE 4G8HA 2HQ0A 3TAJA 2DWIA 1MXUA 1IXCA 1B2HA 3OEKA 1MH3A 4GF8A 2RKMA 3C35A 3Q25A 1MQGA 4JXIA 2I4CA 4RPOA 4U1ZA 5CRYA 3B6QA 1IXIA 2XX7A 3B6WA 1M5EA 1H43A 2OBGA 3KJ7A 3IO6A 3IORA 4GOTA 3GLBA 1Y4CA 4MLQA 1IXHA 1J1NA 2ZMBA 1FQDA 2XXYA 2HCAA 2I49A 2PX1A 1FTMA 4QSCA 4ZZAA 4N13A 3FVGA 4LUBA 3JV9A 1JNFA 4OVJA 4WEDA 4JSDA 3T9HB 4X1BA 3IO4A 1JETA 3B7DA 1GR2A 3K2DA 3R7XA 1SI0A 1OVBA 4F19A 4HS7A 3O29A 1TWYA 2NXOA 4PETA 2O84X 4KR5A 5A5XA 3TEPA 4RK2A 1BLFA 1B5JA 3I3VA 4X48A 4MF3A 3SEYA 3O9PA 1MM6A 1Y3PA 5DYHA 1S50A 1MY0A 1NMUA 1SW4A 3MP6A 4O3CA 1GV8A 2YLNA 1QUIA 1UTBA 4HCYA 1A8FA 3VXCA 5HPQA 3HO7A 3RLFE 2REGA 4H5GA 1YCJA 3O6GA 1OLAA 2F7AA 4YB6A 4ESXA 4MLVA 4AB5A 1R9QA 4TQUQ 1MY4A 2B3BA 2I58A 2D3IA 1N7WA 3QUJA 5BUUA 2O1MA 4H0WA 2XXUA 4OETA 3K4UA 5HBCA 5DVJA 4BDMA 2VOZA 3TCFA 3RGYA 3IX1A 1N76A 4OFLA 1MQDA 1FTKA 1M5CA 3FXUA 1IITA 3SEWA 5B7DA 4TOZA 4U1OA 2F78A 3WAFA 3HCQA 2X7PA 1ZJLA 2VHAA 1SVXB 2Z8EA 4ECFA 1GGGA 4RK9A 4Q8RA 1A55A 4OWDA 1GVCA 5KCJA 2O7UA 1SDXA 1LSTA 2XXPA 3TPAA 3H03A 3KGCA 5AA4B 2HAVA 2UYFA 4POXA 1OMPA 3EQ1A 2OLBA 5H8QA 3TCGA 1Q1KA 1A54A 4ONYA 4R2BA 5TP9A 1AL3A 4IGRA 1NNTA 4LONB 5I57B 3N26A 4G4PA 3G7WA 4M4GA 3KSXA 1NH8A 2QS3A 5H8NB 4XKNA 5IAIA 2P2AA 4DXBA 1H44A 1LCTA 1PB7A 2NUVA 3EHSA 3IB0A 2XHDA 2VD2A 2XXXA 3IB1A 5FHNA 2XD3A 4XKPA 4F3GA 2IA4A 3ZKLA 1WODA 4ZE9A 4I9DA 4EF1A 1M5BA 4ZEDA 5I2KB 1MY1A 4FE8A 4RXLA 1EH3A 1URGA 3R6UA 1ZIUA 4IO4A 2QS4A 2I0CA 2IEEA 4KI0E 4OENA 2QL3A 5B70A 5I58B 2XXRA 1B6HA 1LBBA 1LB8A 1YPNA 2UVGA 4KHZE 5M2VA 4AB6A 2ZXTA 2F7CA 1VFEA 3JZJA 1II5A 1UIVA 2HXWA 4F3SA 4DDDA 5DEXA 2AL4A 1N04A 4NF6A 1UTHB 1DTZA 4MFIA 5H8HA 1EZPA 1MDQA 5TU0A 1MXZA 5ITPA 1LBCA 3D4GA 1FQAA 1NFTA 4R75A 3LUYA 1MM7A 1AOVA 3FATA 1OIBA 5TPAA 3KZGA 3IAZA 4G68B 4XKRA 2NOOA 1A40A 3SETA 3U93A 3FXRA 4R6HA 3HPIA 4F1VA 1A7LA 3G3JA 3PPPA 3CI8A 4EXLA 5H8FA 2Y7RA 4LA9A 3UK4A 3CRBA 4P11A 5AA2D 3FVOA 4P0GA 3TKDA 4R73A 4MH5A 2O51A 1VR5A 5ELVA 1Q35A 2A5TA 3MUQA 3DLNA 3KN8A 4YKKA 4X9TA 4ND9A 2Y7WA 4GFRA 2PT1A 3VDFA 4ELRA 2F5XA 4GL0A 1QKAA 1ZTYA 2V3TA 1TFAA 2DQVA 3TODA 4JB7A 4U23A 3MP1A 3CFZA 3QAXA 1XHYA 3TTNA 1FQBA 1MS7A 3C4MA 4Z7EA 4GXAA 4IO5A 1FTLA 2ESNA 4EUOA 3FV1A 3S9NC 1MH4A 3ECRA 4L17A 2CMOA 2GH9A 3PPRA 5AE4A 5I59B 4QHQA 4O3BA 4QSDA 3K00A 2FYIA 4N6PA 4OEUA 2DXYA 1RKMA 2DXRA 5JTYA 5I2NA 3KN7A 1LFGA 3SDFA 4IO2A 1NKXA 3OSQA 2QPQA 3TTKA 3PPOA 1MG1A 2Z22A 1PDAA 1P1OA 3LBSA 5CMCA 1QUJA 2RCAA 1KWHA 3PPNA 3MWBA 3DM0A 2ONKE 3QK6A 3VLVA 3O6HA 3N94A 4RPNA 3USDA 3T9XB 1Y1MA 5FTIA 4PE5B 4GVOA 1JW1A 3FVNA 1B0HA 1B3LA 4LATA 1TT1A 2B65A 4BDRA 4RJZA 2I3VA 3T9UA 1H76A 3I5OA 2Y7IA 3LSLA 1B3HA 1PBQA 3D4CA 4U22A 1JEUA 1LB9A 3M3KA 2ZNUA 1USYE 3FVKA 2I3WA 3S2VA 4YMAA 3P7IA 2DVCA 2Q88A 2HEUA 1JVXA 3C31A 3PV0E 4R9GA 1FCKA 3L6HA 4JDFA 2UYEA 1URSA 3C33A 4JWOA 4JSOA 4Q30B 4G8MA 2DSFA 2ZYNA 1ATGA 3MW0A 2AL5A 1P1WA 4H1XA 2PMSA 1MXVA 4GWOA 2R9JA 1OQHA 5EYFA 5ICQA 3FIRA 4YZZA 4U4XA 3TMGA 5AA2B 5L9OA 3CG1A 4BDOA 3B6TA 5A5XB 5BWJA 1SBPA 4R74A 4BLAA 4ELOA 1RYOA 1ANFA 5L9MA 4UA8A 4OYVA 4POWA 4YKJA 2CZLA 2DYXA 1R1NA 1GTKA 3MBPA 3A3UA 4KCDA 4O3AA 2Z8DA 4PQJA 3KSJA 4PFYA 2R6GE 2UXAA 3LSWA 3I6VA 5KZTA 1UTBB 3OENA 1NNKA 2XXHA 1Y3QA 2I0BA 5F7VA 2PBWA 2G29A 3H6UA 3QUFA 3MPLA 4XXUA 4F2QA 3N5LA 1F9BA 3E9XA 3RTWB 4GD5A 2DWJA 1R9LA 3GBAA 3UP9A 5AA3A 1Y20A 4QF9A 4FAJA 3ZSFA 1VSOA 3IOUA 3GXAA 5CC2A 1M5FA 2HFBA 4YB7A 4OHNA 4ZDMA 3T96B 3VVEA 2PT2A 2W7YA 4H65A 2QMXA 1H3DA 3C34A 4KD5A 4RA1A 1Z7NE 3BFTA 1JQFA 2UVHA 4FATA 2H98A 1Y9UA 4P0IA 4U21A 2RC8A 3K1PA 4NF4A 2XXTA 2I4BA 5H8QB 3VLUA 4ZECA 4QFPA 4ZZEA 3H6WA 4R72A 4DZ1A 2FNCA 3MZ9A 1LFIA 1FQCA 3W15C 1LLSA 5CMBA 3G3GA 1Y3NA 3RNNA 4OERA 5K2XA 3UN6A 4LZ5A 2HZLA 4QFLA 3PUXE 3K02A 1DTGA 3TQLA 4WEPA 3K6VA 4YB5A 1M5DA 2O6AA 4H67A 3MVYA 2Y7KA 2BJJX 4EQBA 2DOJA 3DELB 4FJPA 4PFWA 3MVZA 5HM4B 2OCUA 3ODBA 3GBBA 1BIYA 2GHBA 1SYHA 3EHTA 5ISUA 5FHOA 3UORA 2DS9A 2I48A 3T93B 3Q26A 5AA4A 4WXJA 2HAUA 2DVZA 3TCHA 4NF8A 2AIXA 2F34A 1PC3A 3SKPA 2H99A 1JEVA 4KPTA 4KQPA 1B1HA 5CI5A 1PBPA 4NF6B 5CBRA 3M3FA 4FEDA 4G8NA 5H8HB 2XX8A 4M1VA 2B3FA 2YJPA 4IB2A 4R9FA 1NL5A 1YAEA 5CM6A 5CBSA 4YKIA 1OLCA 3CR9A 1BTJA 1Z7ME 1I6BA 3K0VA 1B40A 1HSJA 4H6DA 2P0SA 2O69A 5H8NA 2H4IA 4NE4A 4OEVA 5L9SA 1DOTA 1MRPA 3OO6A 1MY2A 4F31B 5AA1A 1ZBMA 1SYIA 3EHUA 3IOVA 4NWCA 1QJMA 1MXXA 3MQ9A 2FA7A 2ALUA 2Q9TA 3OO7A 2F36A 4U2RA 4LP2B 4KYDA 1EZ9A 3OMBA 3ILTB 4BDNA 5I2KA 3S9MC 3THIA 5ICTA 3MZ1A 2GHAA 3VV5A 1T0KA 3QXMA 4OQOA 3OO9A 2Z8FA 4WKMA 1DPEA 5JK4A 4ZE8A 4Q0CA 4IO6A 3U8QA 3A09A 4R6KA 4I8CA 3O6IA 4THIA 4JBZA 3ZKKA 1QKBA 2I6EA 5DVIA 4UACA 2M8CA 2DWHA 1LFHA 1MY3A 4TLMB 1HSEA 2O1LA 2UVJA 3WAEA 3RPWA 3H4ZA 5J1DA 3O2AA 3H06B 3HSTA 3PMXA 3V5AA 3S4UA 4G68C 5ITOA 5I56A 1IIWA 3TELA 3FGSA 4GXSB 4ISUA 3OELA 3IB2A 1IZ1A 3G3HA 3IOTA 2ZNTA 3Q27A 1I69A 2UVIA 5I2NB 2D5WA 3PMVA 3IJOB 1IQ7A 3TYHA 3RY3A 1UQWA 3FJMA 1ZU0A 3C9HA 5KDTA 4IY6A 4KYSA 2A5SA 3MPKA 1H45A 4H5FA 1YTVA 2E0SA 3K1NA 3PPQA 5I84A 2Q8JA 2ZYOA 3OD7A 4QFKA 1QUKA 4YAHX 3HHGA 4OXVA 1ZKBA 4H8IA 2X26A 3K1MA 5IKBA 1JVYA 1D4NA 3HHFA 3KOSA 3F11A 5DTBA 1TXFA 3QSLA 1LAHE 4FECA 2G93A 1DPPA 1N3WA 2RC7A 1UIUA 1AIVA 3IK6B 1US5A 1LAGE 1N84A 2F6PA 1QW0A 3SEXA 2ZYKA 2Y84A 2OK2A 1S9TA 4ZS9A 3PD8A 4EF2A 1NNPA 3PUWE 3R26A 4FEBA 3AXFA 4OZ9A 3TQWA 3K6XA 1FQFA 1B4ZA 4QRZA 3MP8A 3CSBA 1BKAA 5I59A 3BKIB 3T22A 3CSGA 4GQOA 2RC9A 2VD3A 3H7MA 1POY1 4JWYA 4NF5A 1B51A 1Y1ZA 3PD9A 1US4A 4ZEIA 1B7UA 3DP8A 5L8DA 3V89B 1ELJA 2ANJA 3UIFA 2WKYA 4GL8A 1O63A 3UA8A 3MZBA 1R6ZA 3E4RA 1XS5A 1S7YA 4OTEA 3V8XB 3IR1A 2RINA 3LSXA 4R2FA 2Q2AA 2KLFA 2AYSA 3ILUB 4PFUA 2VGQA 5EHMA 2F8DA 4YMBA 3BBRA 5FTHA 1SD3A 5F1QA 4YKPA 4IO7A 5FHMA 5K2YA 4PFTA 4QFNA 3U92A 2OJTA 1XC1A 2F7BA 3SEVA 4I62A 3FJGA 4RNSA 1XVYA 4C1UA 1B9JA 2GFEA 4TLLB 3HV1A 1LGBC 1JW5A 3PU5A 1B32A 2LAOA 4F3PA 3VFJA 1IUDA 1RYXA 4OFOA 3SESA 4E0WA 4F3BA 3PUVE 1B58A 3O66A 1MQIA 3O97A 4QSEA 4FIMA 4EQ7A 5AA2A 1B1XA 4Q5TA 4F22A 4OESA 4GLIA 1WVJA 4X1DA 4H8JA 4NF4B 1VFDA 2ZYMA 4HCWA 3C36A 4F39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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