1O7TA

Metal nanoclusters bound to the ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae.
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
b'DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEVDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A novel protein-mineral interface.
pubmed doi rcsb
molecule keywords IRON BINDING PROTEIN
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule tags Metal binding protein
total genus 111
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA01
1MS7A 3DELB 2OWSA 2Q88A 4NEDA 2DWHA 4QFLA 1B58A 3Q28A 2F36A 1ZBMA 2O7UA 5LOMA 1YCJA 4ELPA 2DP8A 3VLUA 5I59A 2Q2AA 5AA2A 4AQ4A 1JW4A 2QS1A 2VOZA 1JEVA 3SEWA 3MVXA 1N3WA 2P0SA 2F34A 4Q0CA 1NKXA 5I59B 3FXUA 1XC1A 2W7YA 1AL3A 2QRYA 1ZTYA 4BDLA 1QW0A 1PC3A 1I6QA 1B3GA 1XVYA 2UVHA 3H6UA 3B6QA 1N04A 1II5A 3TEPA 5J1DA 1SVXB 2REJA 4RA1A 4F1YA 1IITA 2XXXA 1SW1A 2Z22A 3G3GA 4YICA 1IXIA 4E0XA 2BJJX 3D4CA 2AYSA 2XD3A 3E4RA 1D9YA 2H98A 2R6GE 3K6WA 1CE2A 2ONSA 1US5A 3DP8A 3P7IA 1R1NA 3SERA 3OO9A 3PD9A 1A54A 3K6UA 4MBPA 3OOAA 3L6HA 4Z7EA 2G93A 4DCXA 3G3KA 4PFUA 1S50A 1MY0A 2DWIA 2X7QA 1XHYA 1O64A 1IUDA 4F39A 4BDOA 2QPQA 3T9HB 1URSA 3FJGA 3D4GA 2A5TA 4M4GA 2DQVA 4ELQA 3O9PA 1B51A 1BLFA 1B40A 2XXTA 3LSXA 3FJMA 4FECA 1B52A 1RKMA 4RXLA 3O28A 1LB8A 2F97A 4NMYA 3RLFE 5I2NA 2REGA 4GWOA 4JB7A 3PPQA 2A5TB 3OMBA 2I48A 1AIVA 4LZ7A 2NUVA 2PT1A 1N3XA 3K1MA 1LBCA 5EHSA 2CZLA 4R74A 3KJ7A 5I2NB 4H8IA 4FIMA 1SYIA 1UIVA 2ZNTA 3OO8A 3PPRA 1N7WA 4YMAA 4XKPA 5CMBA 1D4NA 1IQ7A 2O51A 5JTYA 1N84A 3T9VA 1L5TA 3FV1A 1BIYA 4F1UA 2D3IA 3H6VA 2UVIA 3MP1A 5ITOA 4LATA 1FTLA 3SKPA 1MXVA 4O3AA 4G8HA 3SEXA 5JTYB 3T9XB 3DP6A 2NWJA 3PUXE 2H99A 3S9NC 4KI0E 4ND9A 4NWCA 4U2RA 5ELVA 3JV9A 4GQOA 2QS3A 3U8QA 1XVXA 3MP8A 2V3TA 2XD2A 4QFNA 1WVJA 3PPOA 4IB2A 3C4MA 4GD5A 1B0LA 4U4SA 4LQ2A 1Y1MA 4YU0A 3S4UA 1MY2A 3OO7A 2XHDA 1LAGE 4OXVA 1YAEA 5I56A 3TKDA 1LAXA 2GH9A 3O6GA 4DIGA 4R73A 1JVXA 3MPKA 3MW0A 4R6YA 4JWYA 5L9SA 3ZKLA 3UA8A 5KDTA 1S7YA 1LAHE 3U92A 2UYEA 2HAUA 2DOJA 2B65A 4ZDMA 3JZJA 4R2BA 3MJNA 4FEDA 2XXUA 5H8FB 1UTHA 2V3QA 1FQAA 5HBCA 5KDTB 5B70A 1OLCA 4KYDA 3FIRA 3VFJA 4LQ5A 2V3UA 3H7MA 1N76A 3N6TA 1LFHA 3HHGA 2F7AA 1MXWA 5H8QA 1NH8A 2FNCA 3V5AA 4IO6A 1UTHB 1MDP1 2DSFA 4F2QA 2QMXA 1OIBA 2RF1A 5BWJA 3DM0A 5KCJB 1DTZA 3N6UA 4IY5A 1H45A 5F7VA 3F11A 2QS4A 4XKQA 5H8QB 3C9HA 4QFOA 1EZPA 3KSXA 1MQIA 4ZE8A 2X7PA 1WDNA 3MAMA 1LAFE 1ATGA 3FVKA 2DXRA 4JSOA 3I3VA 5ITPA 2Q89A 1D3KA 3UP9A 3JYRA 4F22A 3IOUA 4EQ7A 2XXYA 3GLBA 4F19A 4XKNA 1OVBA 4QSDA 3A3CA 3PU5A 4PE5B 1SDXA 3PUVE 5M2VA 2F35A 2NXOA 5DVFA 2DVZA 3HN0A 1EZ9A 5CBRA 4R75A 2Q2CA 3IAZA 4H8JA 4PFWA 3E3KA 3TQLA 3S9LC 4IO2A 3GBBA 1LBBA 2PVUA 2V25A 1Z7NE 3HV1A 1JVYA 1UIUA 4OENA 3MZ1A 1TXFA 3Q29A 5JEIA 3W9WA 1POY1 2NOOA 3EHUA 2NVUB 4RPNA 5I57B 4U1OA 1IXHA 1B05A 3N26A 1VFDA 1JEUA 2ZYMA 2UYFA 4DZ1A 2ZMBA 3KGCA 4HW8A 5A5XA 4LUBA 4ZS9A 4G4PA 1FQCA 4OHNA 1JETA 1NNKA 4OTEA 3EF7A 3HCQA 1YTVA 2HZKA 2ALUA 2FA7A 3KG2A 4C1UA 4NF6A 2YJPA 3SETA 4N07A 3FXRA 1H3DA 2Z8EA 5A5XB 4RK9A 3GBAA 4YB7A 1GVCA 3Q27A 4LVQA 1FQBA 1IIWA 1MY4A 1B46A 1B3EA 1M5FA 4NF6B 3IOWA 1MM7A 2F78A 3UORA 2AIXA 1H43A 5B7DA 3MUQA 2OK2A 4OESA 1A55A 2ZNUA 4R6KA 2H9BA 5CRYA 2VGQA 1FQFA 4WKMA 4NWDA 3WAEA 4KCDA 3K1NA 2KLFA 2I49A 4N6PA 3IR1A 4G77A 3K6XA 3MZ9A 2DE3A 1B3FA 1MY1A 3C31A 1JW1A 3KOTA 2UXAA 1XOCA 3TODA 5IAIA 4NTLA 3PUWE 1NH7A 4OYVA 3RPWA 4MF3A 4RYAA 3LBSA 2AL5A 2Y7IA 4EDPA 1OVTA 3KN3A 4M1VA 4PQJA 4OWDA 2XXHA 3OXNA 1ELJA 1A8EA 4GIZA 3A3UA 3T93B 4KYEA 2ONKE 5AA2B 3C33A 2Z8DA 4H0WA 3EPEA 3O6IA 3MVYA 3OENA 2HCAA 3LR1A 2RINA 5AA1A 2I3VA 4H1XA 1B7ZA 1ZJLA 1VR5A 1BTJA 4JWOA 4ESWA 2Y7RA 2I0BA 5F1QA 2QL3A 5TPAA 3RT8A 2O69A 4KPTA 4Q30B 4C1TA 4ELRA 4KD5A 3PMWA 2HEUA 3CVGA 4R72A 3KN8A 1IEJA 3OD7A 4NF8A 1J1NA 1R9LA 1LSTA 1ZLQA 5TPAB 1FQDA 2ABHA 4NE4A 3K4UA 3M3FA 1ZMGA 3VLVA 4O3BA 1Y4CA 3RN8A 4F3PA 1Y9UA 4NF8B 1P1NA 1SW2A 1FTOA 1MPDA 2RCBA 3FVGA 1POTA 2HXWA 3LSFB 2R9JA 1PBQA 4X1BA 5TP9A 4C0RA 3RTWB 5K2XA 4JBZA 3ONMA 2XXQA 1JW5A 4PFYA 4DLDA 2XXRA 4N13A 1M5EA 3S9EA 5AA2D 5L9MA 1PBPA 3MVWA 2ZYNA 2RC8A 4EF2A 4EQ9A 1MDQA 3K1PA 4OERA 1DMBA 5TP9B 2E1SA 5CBSA 1DOTA 4OFLA 3RNNA 1URDA 3VLWA 4K3FA 2ZYKA 1MXUA 1GV8A 4OVJA 5HM4B 3PMXA 4LP2B 1MQJA 3CG1A 4HS7A 1SW4A 4XTCQ 3TTNA 2RC9A 3DLNA 1MPCA 1VSOA 3T9UA 1QUIA 4KHZE 3O2AA 2Z8FA 4JWXA 1DSNA 3BFUA 3VXCA 3M8UA 4YKIA 5DYHA 1RYOA 4KFQA 4ESXA 3AXFA 3EQ1A 5CMCA 1D9VA 3TTRA 5AA3A 1NNFA 5I58A 4TOZA 1MM6A 4H5GA 1B7HA 3G3HA 4Q8RA 3QAXA 2GHBA 3N5LA 1USYE 2H25A 2ONRA 1SW5A 2IEEA 4KYSA 3TZAA 1LB9A 4EF1A 1B1HA 3O29A 1MXZA 5TU0A 3TELA 5EHMA 2Z23A 3IORA 2DS9A 5I58B 4YKPA 4U22A 4P11A 4BDMA 4WXJA 4EQBA 3LSWA 5CMKA 2VD3A 4R9FA 1P1OA 3USDA 1O7TA 3CRBA 1FTMA 4JXIA 2RKMA 1QUKA 3LUYA 1NFTA 2Y84A 3PMVA 1VFEA 3QSLA 1LCFA 4AB5A 2XX9A 1KWHA 1BKAA 4P0GA 4F18A 5I56B 2Y7PA 4DCYA 2G29A 4OMBA 2PYYA 3FATA 3W9VA 1FTJA 3VVDA 4DXUA 5JK4A 5L9OA 1UQWA 1LCTA 1B7UA 3DP4A 5K2YA 2RC7A 4QFKA 1DPEA 3KJTA 3H3GA 1B2HA 2ZYOA 4RY1A 1QUJA 5ISUA 4U23A 1N0TA 3FASA 3VE1B 4F3GA 3QUJA 4BDRA 2Q8JA 3SEYA 3V89B 5H8HA 2D21A 3CR9A 4IO4A 3C34A 4FORA 4NF5A 5ICTA 3MC2A 4I9DA 2V84A 5FTIA 1EZOA 1JQFA 1S9TA 4YB6A 4NF4A 5H8HB 1URGA 3TFLA 4Q5TA 2O1LA 2DYXA 3S2VA 3OEMA 4NF5B 4KCCA 3BFTA 3ZKKA 3TTKA 1B5JA 3TCGA 3IOTA 4JDFA 3I5OA 1F9BA 4GRKA 4BLAA 3CIJA 3IX1A 2Y7KA 3T22A 2Y7WA 2IA4A 4NF4B 4G8NA 3IK6B 3VVEA 1EH3A 4BDQA 1FQEA 3CFXA 3T96B 3E13X 5IKBA 4KQPA 3UGWA 4IGTA 1TFAA 3VV5A 3K02A 1B0HA 4I62A 4QFPA 2OZZA 3EHTA 4HCWA 4YKKA 4PETA 3E9XA 1I6BA 3PUYE 4F31B 1B32A 1QKAA 4GL8A 4TLMB 5L8DA 3K2DA 3W15C 2I4BA 2XXWA 4X48A 1T0KA 4FEBA 5EYFA 4DE8A 5AA4A 4RJZA 2HAVA 2PX1A 3LC8A 3K00A 3PPNA 3GZGA 4QSCA 3TTLA 4F3SA 3IB2A 2XX8A 4ZEKA 2I58A 1QJMA 2A5SA 1OLAA 4FE8A 4GVOA 2ANJA 2XXVA 3KZGA 3THIA 3SEVA 2OCUA 3K01A 3C32A 1B6HA 3TCFA 2CMOA 3OSQA 4G8MA 2I4CA 4ZEFA 4WEPA 3CSGA 4YAHX 1MQGA 3KFMA 2P2AA 3WAFA 4YB5A 4MLQA 4H67A 2PBWA 1H76A 2F6GA 3FGSA 3V83A 4I1DA 1MG1A 4ZZAA 3RGYA 1M5CA 2OBGA 4ECFA 5CI5A 3U93A 1QULA 2LAOA 3MPLA 3OO6A 4PP0A 3VXBA 2YLNA 1VE4A 2PMSA 4QRZA 3BBRA 4G2ZA 2DWJA 2I6EA 4P0IA 1TFDA 5ICQA 3FJ7A 4WEDA 1QKBA 3U72A 3IB0A 3Q25A 4ELOA 2F6PA 1NNTA 3VDFA 1IXCA 2GRVA 2VP1A 2Q9TA 3R6UA 1A99A 2O1MA 1I69A 1QVSA 3SDFA 1AOVA 3FZVA 4UACA 2DE2A 4IO3A 2OWTA 1PDAA 3SESA 4LZ5A 2DXYA 1LGBC 1GGGA 1PB8A 1ZU0A 4IY6A 1EU8A 2P1SA 1IZ1A 3IJXB 4HTGA 2HQ0A 4GXAA 3OELA 3EHSA 5FHMA 3R7XA 1GTKA 3MP6A 3KSJA 3S9MC 3CG3A 3FD3A 1ANFA 3SEUA 1B1XA 4E0WA 1IXGA 2DWAA 4LA9A 4AB6A 4XKRA 3TDJA 5FHNA 4R6HA 1A7LA 4MH5A 2X26A 3C36A 1B5IA 3OEKA 4Z0IA 1UTBA 1Z7ME 1HSEA 3G3JA 1R6ZA 2R71A 4OEUA 3VVFA 3ODBA 3H6TA 4GXSB 3TYHA 2HFBA 4X1DA 5H8NA 1B4HA 2VD2A 3TTMA 2V93A 2DE4A 3N94A 1UTBB 3M3LA 3Q26A 3IL1B 3TUSA 3O6HA 3QXMA 3RQTA 2F5XA 2ZNSA 1SI1A 1SQYA 2B3FA 4LZ8A 1GR2A 5CC2A 5H8NB 1SBPA 3PPPA 3H4ZA 3QK6A 2B3BA 4FAJA 2RCAA 2DVCA 4U21A 1MXXA 1TT1A 4R2FA 5I2KA 5HPQA 3HSTA 4FJPA 3MZBA 1B3LA 3G3IA 4G68A 3TAJA 2OJTA 1SD3A 4TLLB 4OETA 1Y4TA 1B3HA 4XIGQ 1Y3NA 1N7XA 4QHQA 5I2KB 4DXBA 2YPNA 4G68B 3C35A 4F2OA 2ESNA 1PEBA 5BUUA 3GXAA 1P99A 4H5FA 3FUZA 4X9TA 1MH3A 4BDNA 4G68C 3KBRA 3IJOB 3PV0E 4EXLA 3UIFA 3TQWA 4LONB 3M3KA 3CI8A 3O97A 3FXQA 1P1WA 4YKJA 1MRPA 4GOTA 4OFJA 1ZIUA 1YPNA 2H4IA 2HZLA 3CSBA 3IO6A 1LFGA 4ISUA 4ZZEA 4GLIA 4DXCA 1Q35A 2E0SA 4HCYA 4UA8A 1P1UA 4O3CA 5I84A 1AH5A 2UVJA 1BP5A 3PUZE 3TMGA 4F29A 2O68A 3HPIA 2O6AA 5DTBA 5DVJA 3U1OA 3V8XB 3PD8A 4F1VA 3OSRA 3QUFA 3KN7A 3IOVA 2VHAA 4ZE9A 1B4ZA 2I0CA 4EXKA 2GHAA 4MFIA 4EUOA 1RYXA 3K6VA 3FVOA 5H8FA 1DPPA 1DTGA 3H6WA 1OQHA 4ZEIA 3EN3A 3TCHA 2XXIA 3O66A 1PB9A 1B9JA 4R9GA 4RNSA 4YZZA 2QSXA 3QYTA 3LSLA 5AE4A 4TQUQ 2ZXTA 1R9QA 4ZEBA 2GFEA 4U4XA 4IGRA 4PFTA 4QF9A 2PT2A 3T66A 4ONYA 1MH4A 1MPBA 4L17A 3B7DA 1PB7A 1Y1ZA 1MQHA 3B6TA 4U1ZA 5KCJA 1USYH 3R26A 4KR5A 3KOSA 3TPAA 1CB6A 1NNPA 3L6GA 1OMPA 4OFOA 4IO7A 1NL5A 2XX7A 3UK4A 3ZS6A 1FW0A 1P1QA 3ZSFA 1SYHA 5H8SA 3MVZA 4OQOA 1NMUA 4IO5A 5CMMA 2O7IA 1LLSA 1FTKA 1HSLA 5FTHA 3IB1A 4H6DA 4DDDA 1XS5A 2WKYA 1HSJA 3G7WA 2OLBA 3ILTB 3BKIB 5DEXA 1MY3A 1Y20A 1JNFA 5DT6A 2FYIA 4MLVA 4F3BA 3MBPA 3K0VA 2H5YA 3RUMA 2QJEA 1M5BA 4POWA 1MQDA 3QIMA 3H06B 4OEVA 3KEIA 1A40A 5CM6A 1I6AA 2M8CA 3MWBA 3RY3A 3PGFA 2I3WA 1B5HA 5DEXB 5KZTA 3RTFB 1TWYA 1Y3QA 1ZKBA 1Y3PA 1LFIA 5FHOA 3FV2A 4OZ9A 4GF8A 2AL4A 3FVNA 4YMBA 3HO7A 5I57A 4POXA 3ILUB 2QS2A 1WODA 1FCKA 4RK2A 2F7CA 1M5DA 3RT6B 1MXYA 4THIA 4JSDA 1O63A 3MQ9A 1H44A 3H03A 4I8CA 1OQGA 4H65A 4FATA 3CFZA 3IO4A 3I6VA 3G3FA 5AA4B 2D5WA 4GL0A 3A09A 1Q1KA 3UN6A 2THIA 2F7BA 1US4A 2F8DA 3ECRA 4QSEA 2O84X 3HHFA 4XXUA 1XT8A 1SI0A 3B6WA 3CFLA 4GFRA 1AMFA 1A8FA 2QMWA 2UVGA 4ZEDA 4ZECA 3U94A 5DVIA 4RPOA 2XXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPDA 1MS7A 3DELB 2OWSA 2Q88A 4NEDA 2QVVA 2DWHA 4QFLA 5FBPA 1KA0A 1B58A 3Q28A 2F36A 2WYPA 1ZBMA 4PGNA 4GX3A 2O7UA 5LOMA 1YCJA 4ELPA 2DP8A 3VLUA 5I59A 4N6KA 2Q2AA 5AA2A 4AQ4A 1JW4A 2QS1A 2R8TA 4MCOA 2WBBA 2MKZA 2VOZA 1JEVA 3SEWA 3MVXA 4O94A 1N3WA 2P0SA 2F34A 4Q0CA 1NKXA 5I59B 3FXUA 1XC1A 2W7YA 1AL3A 2QRYA 5EQ9A 1ZTYA 2FHYA 4BDLA 1QW0A 1PC3A 1I6QA 1B3GA 1XVYA 2UVHA 2WBDA 5EYHA 3H6UA 3B6QA 1N04A 1NV4A 1II5A 3TEPA 5J1DA 1SVXB 2REJA 4RA1A 4F1YA 1IITA 2XXXA 4HXVA 1SW1A 2Z22A 3G3GA 4YICA 2HPGA 1IXIA 4E0XA 2BJJX 2DDKA 3D4CA 2AYSA 2XD3A 3E4RA 1D9YA 5ET5A 2H98A 2R6GE 3K6WA 1CE2A 2ONSA 1US5A 1NV1A 3DP8A 3P7IA 4OVSA 1R1NA 3SERA 3OO9A 3FXBA 3PD9A 1A54A 3K6UA 3CHGA 4MBPA 1FJ6A 3OOAA 2F3BA 3L6HA 4Z7EA 2G93A 4DCXA 3G3KA 4PFUA 1S50A 1MY0A 2DWIA 2X7QA 1XHYA 1O64A 1IUDA 2B4MA 4F39A 4BDOA 2QPQA 3T9HB 4GWSA 1URSA 3FJGA 3D4GA 2A5TA 4M4GA 2DQVA 4ELQA 3O9PA 1B51A 5IZZA 3E79A 1BLFA 1B40A 2XXTA 3LSXA 3FJMA 4FECA 1B52A 2BJIA 1RKMA 1D9QA 3O28A 1LB8A 2F97A 4RXLA 4NMYA 3RLFE 4NG7A 5I2NA 2REGA 4GWOA 2Y5KA 2VPNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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