1O7TA

Metal nanoclusters bound to the ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae.
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEVDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel protein-mineral interface.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords IRON BINDING PROTEIN
total genus 111
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA01
5JK4A 4QSCA 3FJGA 4ZZEA 1MXXA 3PUZE 4JWYA 3W9WA 1NNTA 4BDRA 3H06B 3MPLA 4THIA 2PYYA 4EQ9A 4F3SA 3FUZA 3V83A 1ZIUA 3O6GA 2DYXA 4KI0E 5JEIA 5BUUA 3FVGA 2ZXTA 1M5DA 3IL1B 1O7TA 1LAXA 3M8UA 4NF6A 3RTWB 4HS7A 1UTHB 4FE8A 4POXA 2O7UA 2UYFA 4G8MA 3F11A 4DXUA 4QFOA 2IEEA 4ZEBA 1FQDA 3N6UA 5CMCA 3O28A 2YLNA 3PMVA 5H8FA 4TQUQ 4C1UA 3OELA 4KYDA 4O3CA 5H8NB 1H44A 1LFHA 1TFAA 5A5XA 1B9JA 4KCCA 1FQAA 4F3BA 5F1QA 5TPAA 3KGCA 1H76A 2H98A 3PMWA 3TZAA 2ESNA 1VSOA 4HCYA 4XKPA 1NNKA 1JW1A 3MW0A 5AA1A 2Q8JA 3N6TA 2XXIA 2DE2A 1POY1 1H3DA 2I3WA 5DYHA 3TFLA 5ITOA 1MPCA 4DZ1A 4FEDA 4GQOA 2Y7WA 1LCFA 4WEPA 1DPPA 2ALUA 1A8EA 3O6HA 2R71A 2XXXA 1TFDA 3G3FA 1Y3NA 3KFMA 4Z0IA 4DLDA 5L9SA 1B58A 4H1XA 2XXYA 2UVGA 4KR5A 3TTKA 5B70A 3CG1A 1AH5A 1ANFA 4N07A 2Q89A 1DPEA 1UTBA 4IO2A 4OFOA 3U92A 1BTJA 1MXZA 2I0BA 3K02A 4OEUA 3K1MA 4YKIA 2ZMBA 2IA4A 1LAGE 5H8FB 2QS1A 4PFWA 3TEPA 2REJA 3G3HA 1SD3A 3KJTA 2Y7RA 2H9BA 3RT6B 3R7XA 3RN8A 3WAFA 2LAOA 4H67A 4Z7EA 5IAIA 2OWTA 1NNFA 2Y7KA 3OO7A 2RKMA 5CM6A 3A3UA 3MP6A 1T0KA 2ZNTA 1B5HA 4ZEDA 4JSDA 3N94A 2F78A 4G4PA 3D4CA 4IB2A 4KD5A 4U22A 2ONKE 3VXBA 1FTLA 1Y1ZA 3HV1A 4LZ7A 1GTKA 1JW5A 3FVOA 3KSJA 1LB9A 1N7XA 1NH8A 1P1WA 4H65A 4JDFA 1B3LA 2DE4A 3FGSA 1OLAA 4R6HA 4RYAA 4ZDMA 3H6TA 3TYHA 2Z23A 4BDNA 4DXBA 1LAHE 2VGQA 3FVNA 3PPRA 3PV0E 4C0RA 5H8QA 1UTBB 2I58A 3H6VA 3HSTA 1S7YA 2UVHA 3FJ7A 4PFTA 3QUJA 3I6VA 1N3XA 2A5TA 1MXUA 2RCBA 4XTCQ 3SEXA 3T9UA 4EQBA 1UIVA 3V89B 1MY4A 4X9TA 5EHMA 1AMFA 1EU8A 3LSWA 4RY1A 1OLCA 1QVSA 2OCUA 2Z8FA 3CSGA 3PUXE 1FQCA 4HTGA 5FHNA 4LZ8A 4RXLA 1DSNA 1SI1A 4NWDA 4R73A 3UK4A 1GV8A 3ZKKA 1SW5A 1UQWA 1B3GA 1LFGA 3UA8A 1NKXA 3BBRA 4OXVA 1XC1A 1MDQA 3HHFA 1BP5A 1D9VA 3IR1A 2I3VA 5FTHA 4N6PA 4RA1A 1B46A 3MZBA 4EXKA 4R2BA 4LVQA 4YB5A 3Q27A 3U72A 1A8FA 2I49A 5DVFA 5AA2A 1R9QA 5CBRA 1P1QA 1SQYA 1QULA 1L5TA 1Y4CA 1ZLQA 5I58B 4X1DA 4PFUA 3QK6A 1Z7NE 2NWJA 3G7WA 5I84A 4E0WA 1QKBA 1AIVA 1YPNA 2PBWA 1JETA 1FQFA 4IY6A 3IOTA 3EHSA 5H8HB 3KN3A 4OMBA 2V84A 1B3EA 3UGWA 1Y3QA 2H99A 5I59B 3TTNA 4KPTA 3TTRA 4XKRA 1VE4A 2Z8DA 3V8XB 1FCKA 4IO5A 5TU0A 1LCTA 3FATA 2ZNUA 4IO6A 2F36A 3D4GA 2V93A 1H43A 5AA2D 3CFXA 3FXQA 4F1YA 1OQGA 3O9PA 1VFEA 3IJXB 3IAZA 3IB0A 2H4IA 1JEUA 4ONYA 2GH9A 4QRZA 4P11A 1IIWA 5CI5A 2RC8A 2VD2A 1B40A 2O84X 3GLBA 4RK2A 3FZVA 2NVUB 1B5IA 1B51A 4EF1A 4H0WA 3TPAA 1D9YA 2QRYA 2REGA 2X7QA 2BJJX 2DP8A 4PP0A 2NOOA 1Y1MA 2O51A 5CMKA 1VFDA 2I0CA 3S9MC 2PMSA 3RTFB 1Y3PA 3MZ1A 1IXCA 3SERA 4H8JA 5L8DA 2XXVA 2RC7A 1IQ7A 3M3FA 1MQDA 2XXHA 4FEBA 3LBSA 1D4NA 1GGGA 2V3QA 1P1NA 3GZGA 4DE8A 4ELRA 4OZ9A 3VVDA 4I9DA 4OQOA 3IORA 4GL8A 2Q88A 4G68A 1SW1A 3KZGA 3RY3A 1MQHA 4MF3A 3CVGA 2QSXA 4U4SA 3E3KA 1B4HA 1SW2A 1URSA 3KOSA 3DP4A 4GF8A 2FNCA 4I1DA 1IXGA 1FTMA 1MY2A 3GXAA 1D3KA 4FECA 4DDDA 3OO8A 1MS7A 4QFPA 3K6VA 2X7PA 3K1NA 2G93A 2P0SA 5KCJA 5DVJA 2OLBA 2XHDA 2AL5A 3CG3A 1LFIA 2RCAA 3ILTB 3IOUA 3MJNA 3SKPA 1US4A 2HQ0A 3IO6A 1JVYA 3VDFA 2QPQA 5ICTA 3T9HB 3S9LC 1YAEA 3OO9A 3PUYE 4JXIA 2OK2A 1H45A 2QMXA 2DXRA 3BFTA 2F97A 3JZJA 3ODBA 3OXNA 4ISUA 3OSQA 4KHZE 1FTOA 1LGBC 1QUJA 3OO6A 3M3LA 2B65A 1XOCA 2DVZA 2UXAA 5I2KA 4JBZA 1N84A 2FA7A 1IEJA 2F34A 2ABHA 3K6XA 3K4UA 3SESA 3TELA 1MY1A 3PD8A 3DELB 4G2ZA 4OEVA 2G29A 4R72A 4U2RA 3MP8A 5DTBA 3VVEA 4PQJA 2NUVA 2B3BA 4JWXA 3FJMA 1MH3A 3W9VA 3OEKA 3SEYA 2F7CA 1IXIA 2F6PA 1PDAA 4QSEA 4KYEA 2GHAA 2GHBA 3MUQA 2ZYNA 3C34A 3N5LA 1XVXA 4F2QA 5I58A 3SEVA 3MBPA 1EZ9A 1JNFA 3RGYA 3UIFA 1NL5A 4XKNA 4F18A 1CB6A 5HM4B 3SDFA 4UACA 5AA3A 2B3FA 2DWJA 2DXYA 1OVBA 3HCQA 4KYSA 2DWHA 5H8HA 4GXAA 3TUSA 1OVTA 1DMBA 2PT2A 3TTMA 3C33A 3LSFB 1AOVA 3T22A 3O2AA 1I6AA 1MPBA 4NWCA 3ILUB 5I2KB 4BDOA 1N3WA 4I8CA 2DOJA 2GFEA 2ONRA 2Q9TA 3C9HA 2O68A 4EUOA 2XX7A 1URDA 4U4XA 1O64A 4ELPA 1A55A 1ELJA 1A40A 2ZNSA 4GD5A 4GL0A 4IY5A 4Q30B 5JTYB 2XX8A 2E0SA 1KWHA 2OWSA 1USYH 2D21A 1HSEA 3Q29A 3IB2A 4OYVA 1A99A 4YAHX 5EHSA 5M2VA 4EDPA 4ESXA 1OMPA 4H6DA 2F5XA 3KN8A 4YKPA 4IGTA 2O1LA 1XHYA 3T66A 2XD3A 4R6KA 4M4GA 4DCXA 1PB7A 4GXSB 4ZECA 4FATA 2ANJA 3BFUA 3USDA 3VXCA 2HXWA 1MXWA 3EF7A 2H5YA 3K1PA 3WAEA 1LSTA 5FTIA 4LATA 4MBPA 2QS2A 3S9EA 1FQEA 1NNPA 2HFBA 3PPPA 2HAUA 2RINA 3LR1A 4OFJA 1BKAA 4O3BA 1ZMGA 5DVIA 4NF8A 1JQFA 1IXHA 3P7IA 4FORA 1M5FA 4AQ4A 1SVXB 2HAVA 4E0XA 1FTKA 3EPEA 3PUVE 1N04A 3K00A 3S9NC 4Q8RA 3R26A 1S9TA 3MVZA 4ZEKA 1M5CA 2Z8EA 3PU5A 3M3KA 2QL3A 3OSRA 1QUKA 1R1NA 2I4CA 2WKYA 3ZSFA 4DXCA 5B7DA 2UVJA 3QIMA 1FTJA 1WDNA 2Q2CA 3KOTA 1LAFE 1EH3A 1M5EA 1TXFA 2V3TA 1QW0A 3PPNA 4IGRA 4YKKA 3VFJA 4H5FA 2HZLA 3HHGA 5I2NA 3VLWA 1BLFA 2GRVA 4IO3A 1B7UA 3TMGA 2XXUA 1ZU0A 1MXYA 1MQJA 2DQVA 1WVJA 4F3GA 2OZZA 2DE3A 2QMWA 3N26A 2ZYKA 4F31B 3HO7A 1HSLA 5ICQA 4HCWA 4FJPA 1P1OA 3O97A 5AA2B 5K2XA 1B1XA 4GWOA 4F1VA 1TT1A 2ZYOA 3LC8A 2DSFA 1Q35A 1ZJLA 4WXJA 3Q28A 1SBPA 5F7VA 3G3KA 3PD9A 4TLLB 3TQLA 3MVWA 3FASA 2FYIA 5I56A 2OJTA 4EF2A 5BWJA 4EQ7A 4PE5B 2E1SA 5TP9A 4JWOA 3MVYA 4U23A 2XXWA 3H6WA 4YKJA 2R9JA 4NF4B 4ESWA 3K0VA 1II5A 1AL3A 3MVXA 4WEDA 3FXUA 3I3VA 3MWBA 3U93A 3V5AA 5LOMA 3EHTA 4R2FA 3KSXA 4QHQA 2AYSA 4RJZA 1MDP1 5I57A 4IO7A 1PB9A 4RNSA 4U1OA 1EZPA 4LZ5A 3OOAA 5CRYA 5DT6A 5KDTA 3LUYA 1LB8A 4NTLA 2O7IA 3O66A 3IK6B 4QFLA 3T93B 3C36A 3RQTA 5JTYA 3G3JA 1TWYA 1MXVA 2AL4A 3PMXA 4ZZAA 3C31A 3Q25A 3UP9A 2O69A 4AB5A 2I4BA 4GFRA 4NF6B 5HPQA 4UA8A 4NE4A 1SYHA 2W7YA 3A09A 3IJOB 1ZBMA 3DM0A 3ONMA 3SEWA 4DCYA 4LONB 1MQIA 4X1BA 1WODA 4QSDA 1EZOA 3MP1A 1B7ZA 2Y7IA 3DP8A 4NF4A 3A3CA 1DOTA 1B3FA 4R75A 1RYXA 1URGA 1LBBA 1Y4TA 1OIBA 3B6QA 3FXRA 4LP2B 1RYOA 2F7BA 4IO4A 3VV5A 1Z7ME 1B32A 4MFIA 3VE1B 2XXPA 5HBCA 1J1NA 1Q1KA 2A5SA 4FIMA 5K2YA 3C35A 3HN0A 2PT1A 4OTEA 4WKMA 5FHOA 3RNNA 3TCGA 3OENA 3U94A 4DIGA 1ZTYA 4ZE8A 5J1DA 4QF9A 5KDTB 2CMOA 3C32A 3O6IA 4F29A 5EYFA 1ATGA 1O63A 3S4UA 1MY0A 3OD7A 3HPIA 3LSXA 1YTVA 3E4RA 3IOVA 3K6WA 5CMMA 4ND9A 4RPOA 3QXMA 5IKBA 1P1UA 4P0GA 1B0LA 2PVUA 2Q2AA 3CSBA 3T96B 3EQ1A 2V3UA 1B52A 2DWIA 3CFZA 3RUMA 2I48A 3THIA 3VLVA 2O6AA 1CE2A 4FAJA 3VVFA 4ELQA 4NF5B 3KEIA 2Y84A 3R6UA 3B6WA 3BKIB 4LQ5A 4OESA 1NMUA 4H5GA 2UYEA 1SYIA 2Z22A 4KCDA 4YICA 1NH7A 1FW0A 1MY3A 2F35A 2OBGA 3H6UA 1IITA 3L6GA 2Y7PA 3QAXA 4G8HA 4GOTA 4RPNA 1LBCA 3RLFE 3W15C 3EN3A 3MQ9A 2XXTA 1SDXA 3I5OA 4M1VA 1B0HA 1B1HA 3GBBA 2V25A 4R9GA 4ELOA 1Y20A 2DWAA 3QSLA 3SETA 2P1SA 1US5A 4LA9A 3H4ZA 1YCJA 4OENA 1MRPA 3SEUA 1QJMA 5ISUA 1SI0A 3FD3A 5I59A 1M5BA 2KLFA 5TP9B 1PEBA 2QJEA 4MLQA 1N0TA 1GR2A 3PUWE 4ZEIA 5I2NB 4NEDA 1B6HA 2YPNA 1A7LA 2VD3A 1PC3A 3TTLA 5DEXA 1VR5A 3E9XA 5ITPA 2HEUA 4GRKA 3DLNA 4H8IA 4BLAA 1MG1A 4XXUA 1QKAA 4NF5A 2AIXA 1R6ZA 1BIYA 5I57B 2CZLA 3T9XB 2F8DA 4X48A 5AE4A 3PPOA 3CI8A 1B7HA 1XT8A 4GIZA 4OVJA 3E13X 3G3GA 3TCFA 2NXOA 2R6GE 3FV2A 3JYRA 4P0IA 3FIRA 4JB7A 2QS4A 3EHUA 1POTA 4LUBA 1GVCA 3MC2A 4OERA 4GLIA 4OFLA 4F22A 3AXFA 1I6BA 2VP1A 3IX1A 4OHNA 1B3HA 4POWA 2UVIA 2D5WA 5ELVA 3UN6A 4AB6A 4KQPA 3IO4A 4F2OA 3CFLA 2D3IA 1UIUA 2X26A 4HW8A 5KZTA 2THIA 3S2VA 3RPWA 2VHAA 4BDLA 3IB1A 3PPQA 5L9OA 4U1ZA 1B4ZA 2XXQA 1LLSA 1B2HA 1N76A 2VOZA 4GVOA 3KJ7A 4PETA 4YB6A 5DEXB 5AA4A 1PB8A 3C4MA 2RC9A 5A5XB 5H8SA 1B05A 2HZKA 3L6HA 2ONSA 4YU0A 5FHMA 3B6TA 3RT8A 3JV9A 5AA4B 2XD2A 4G68C 1MPDA 3TAJA 1HSJA 3G3IA 3PGFA 4TOZA 3OMBA 3QYTA 4ZS9A 4L17A 4NF8B 3K2DA 3TCHA 4YMBA 4LQ2A 3K6UA 4G77A 4PFYA 2ZYMA 4F1UA 1SW4A 2RF1A 1PBQA 4XIGQ 1MM7A 1USYE 3LSLA 3K01A 3TDJA 4K3FA 1QUIA 1B5JA 1IZ1A 1UTHA 3VLUA 3KBRA 1F9BA 5L9MA 3ECRA 3MAMA 4TLMB 4ZE9A 1JW4A 3FV1A 4C1TA 1I69A 1S50A 1XVYA 2I6EA 3MZ9A 4F39A 1IUDA 1P99A 1FQBA 3H3GA 4N13A 1A54A 1NFTA 2PX1A 2YJPA 3QUFA 3H7MA 5H8NA 2DS9A 4JSOA 1OQHA 2F7AA 4NMYA 2F6GA 3KG2A 2QS3A 2XX9A 3CRBA 5TPAB 3H03A 2P2AA 4RK9A 1RKMA 4YZZA 3TKDA 4YMAA 3B7DA 4YB7A 5CBSA 4XKQA 3FVKA 5CMBA 4EXLA 4G68B 4MLVA 4BDQA 1DTZA 1MM6A 1DTGA 3GBAA 3U8QA 1I6QA 3UORA 4ECFA 1MQGA 4U21A 1ZKBA 4Q0CA 3ZS6A 5I56B 3KN7A 3T9VA 3CIJA 4ZEFA 1JEVA 3OEMA 2HCAA 4F3PA 3Q26A 4Q5TA 3TODA 3CR9A 3DP6A 5CC2A 4MH5A 1R9LA 1MH4A 3O29A 4QFKA 2DVCA 4R74A 4QFNA 4R9FA 1JVXA 4OWDA 5KCJB 2XXRA 1Y9UA 3ZKLA 4OETA 2O1MA 4G8NA 4O3AA 5H8QB 4R6YA 3IOWA 4BDMA 1PBPA 1N7WA 1XS5A 2H25A 2M8CA 2A5TB 3MPKA 4I62A 4KFQA 3U1OA 4F19A 3TQWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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