1O7TA

Metal nanoclusters bound to the ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae.
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEVDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A novel protein-mineral interface.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords IRON BINDING PROTEIN
total genus 111
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA01
3HN0A 4TLMB 4JBZA 4LZ7A 3B6WA 1MS7A 1QULA 1B5JA 3MZ9A 2DSFA 4YZZA 3OSRA 2REJA 3D4GA 5I56A 4NMYA 3B6TA 1II5A 2B3FA 2XXXA 3IORA 1MDP1 4YMBA 1MY4A 5DTBA 1DPEA 1WDNA 1B3GA 1MQDA 2VD3A 4MLVA 1MH4A 3DM0A 3EHSA 4QFPA 4R72A 1LCFA 1SYHA 2DXYA 4YB6A 3THIA 2XXPA 1B2HA 4FIMA 3UGWA 1B7HA 2P0SA 5ISUA 3E13X 1HSJA 2P2AA 3K1MA 1HSEA 3PPQA 4OFJA 5H8HA 2D3IA 3KN3A 3UORA 2RCBA 1EZPA 4ZEBA 4FATA 1Y3NA 3N6UA 1LFGA 2XXRA 2QS4A 4GXAA 3PMWA 4ESWA 1LB8A 1FQDA 1A7LA 1OVBA 1JVYA 3V8XB 3FZVA 2I0CA 3HO7A 3T66A 4KQPA 1LB9A 3WAEA 1AH5A 1B5IA 3DELB 3N5LA 1QKAA 3MQ9A 1SW4A 4BDNA 2G29A 1UTHA 1LAHE 1YTVA 2O7IA 2UVGA 3OMBA 1D9YA 1B5HA 2DE2A 2Z23A 3CVGA 4GXSB 3T9VA 4DCXA 1JW5A 3RY3A 5A5XB 4XTCQ 1GTKA 4TQUQ 4JWXA 3V5AA 2Z8FA 1ATGA 5JTYA 2KLFA 1M5BA 2ZMBA 1N76A 3A3UA 3MP6A 5L9OA 3OOAA 1TXFA 1ZKBA 3MPKA 1GVCA 3C34A 2ZYOA 3GZGA 5EHSA 4PETA 1NNKA 1I6QA 2QMWA 3RN8A 2FA7A 2Z8EA 3KSXA 3ZKKA 3C35A 1USYE 3TFLA 4U4XA 2Y84A 5I2NB 3PU5A 2BJJX 4KHZE 3MVWA 4RK9A 4WXJA 1SDXA 4NWCA 5I58B 3SETA 5H8QA 2Y7RA 4LZ5A 3C36A 4EXLA 1RYXA 1B4ZA 2DVZA 3RT6B 3ZKLA 2CZLA 4GFRA 5DEXA 4OERA 3KOSA 4EQ7A 4I8CA 5DT6A 1ZIUA 1TFDA 4GVOA 4IO7A 2OBGA 3VLWA 3LBSA 1JEUA 1OMPA 2OJTA 3PPNA 5AA1A 3H6WA 4PE5B 3HPIA 3FGSA 2H99A 2OZZA 2PBWA 5I84A 4GL8A 5AA2D 4RK2A 1PB9A 3JV9A 1DTGA 4R6KA 3CR9A 3QUJA 3FATA 1MY1A 3UA8A 3KGCA 5B7DA 5BUUA 1B58A 2Q89A 4Z7EA 1LBBA 4F3PA 3I5OA 3ECRA 3MZBA 4OEVA 4ELQA 3MP8A 4R6HA 5FHNA 3TMGA 4F31B 3GBBA 3RNNA 4NWDA 2Y7KA 1Z7NE 1PBPA 4LP2B 3SEWA 3U92A 4F18A 1QKBA 4F3GA 4DXCA 5L8DA 4JXIA 4WKMA 2F5XA 3T9XB 5ICQA 2AL4A 4OXVA 2I3WA 1B3LA 3CG1A 3S9LC 3IB2A 2I0BA 4GRKA 3UIFA 1LAFE 3BBRA 4IY6A 5FTIA 1BLFA 4F1VA 2RF1A 3A09A 2GFEA 3O2AA 3PV0E 5CMBA 2XXVA 3K0VA 3SKPA 2VHAA 4FAJA 3IO4A 4YICA 1B51A 4F1UA 3P7IA 1PDAA 4HCWA 1OVTA 4XKRA 3MVYA 4Q30B 1NL5A 4L17A 5IAIA 1MH3A 4GWOA 4X1BA 5JEIA 4TOZA 3OEKA 1LAGE 3EQ1A 3K6WA 3M3KA 3ONMA 2ANJA 2O84X 4GLIA 2QJEA 2DWAA 1OLAA 4Q5TA 2ABHA 3M8UA 2DYXA 2REGA 3FVOA 1T0KA 3AXFA 3CFLA 4BDRA 1Y3QA 4U1OA 4THIA 5HPQA 2Y7WA 3CIJA 3HHFA 3G3KA 3FV2A 2I6EA 3SEYA 3IB1A 4H5GA 2DXRA 2F78A 5L9SA 2XXTA 3SEXA 4QSEA 4G8MA 3E4RA 3KN8A 3OENA 4FEDA 4G2ZA 4X1DA 1BP5A 2RC7A 4BDLA 1M5CA 3JZJA 4R6YA 1A99A 4KFQA 3L6GA 3H6UA 4IO6A 3RGYA 3A3CA 2A5SA 2HAVA 3KG2A 5CMKA 1M5EA 1SVXB 1ZLQA 3S9NC 2B65A 1LSTA 1XS5A 2F7CA 4BDOA 1NNPA 2QRYA 4NEDA 3U1OA 4OETA 4DZ1A 1NH7A 4YMAA 2DWHA 1OIBA 3Q28A 3TEPA 2DQVA 4QFLA 4U4SA 1L5TA 1PC3A 1JW1A 4KR5A 5AA3A 3E3KA 4XIGQ 3HV1A 1Y4TA 2AL5A 5H8NA 3K2DA 5B70A 1WODA 3IR1A 4UA8A 3PMVA 5DVFA 3QYTA 3CSGA 1XVYA 2QL3A 1UQWA 3KOTA 4PFUA 4PP0A 4EQ9A 3EN3A 2QS2A 1EZOA 1MRPA 2RC8A 2F97A 2NXOA 3DLNA 4RNSA 2XXUA 2H9BA 1FTLA 1VR5A 2I4CA 1F9BA 3TTMA 1SW5A 3ZS6A 4NF4A 3VXCA 3IOVA 4KI0E 1ANFA 1FW0A 3WAFA 3IB0A 4EQBA 1MXXA 4U2RA 5I2NA 4RY1A 1PB8A 2O68A 1NNFA 4N13A 3PUVE 4OYVA 4YKKA 4H5FA 4ZEDA 5CC2A 5I58A 2PMSA 3IO6A 1AMFA 1UTBA 2O6AA 4LONB 3TTRA 4GL0A 3GBAA 5BWJA 4R2FA 5EHMA 3R26A 1B05A 2F7AA 4G68A 1ZTYA 2F8DA 4ZS9A 3K6XA 1SW2A 1AIVA 4ZE8A 4FE8A 3UN6A 4PFWA 1N0TA 3K01A 4ESXA 4U21A 3FASA 4N6PA 4O3BA 2CMOA 4UACA 2ZYNA 5I59A 3M3LA 3G3HA 3FV1A 5JTYB 3TCFA 2YJPA 2O69A 2UVIA 1P1WA 1URSA 1MXUA 3FIRA 2HFBA 2DE3A 1JVXA 2XXHA 3IJXB 1SBPA 3MZ1A 2XXQA 4G8NA 1DTZA 1Y3PA 3I6VA 4XKNA 5ITPA 3O29A 1MM6A 5HM4B 3CI8A 2NOOA 3K02A 5TPAB 1XHYA 4QF9A 3VFJA 4F22A 4FECA 5I57A 2UVJA 3RTWB 4C0RA 3PPRA 1JW4A 2OK2A 2OLBA 4TLLB 3VV5A 2XX8A 2Z8DA 4P0IA 2Y7PA 1B1HA 1YAEA 1R9LA 1OLCA 1B0HA 1MM7A 3KJTA 5H8QB 2Q2AA 3T9HB 1ZMGA 3R6UA 3B6QA 4QSDA 1AOVA 4YKJA 1TT1A 2M8CA 4G68C 4MF3A 1SD3A 3JYRA 3BFUA 1H76A 3GXAA 3N26A 4QSCA 2NVUB 5AE4A 3S9MC 3KZGA 1MQGA 3PUXE 4KYSA 4ZE9A 2I3VA 4U22A 1Z7ME 4IB2A 1BTJA 2DWJA 1MDQA 4YU0A 3KEIA 5ELVA 4F3SA 1N04A 3CG3A 3QXMA 4YKPA 3OSQA 5CRYA 3DP4A 4YB5A 2XD3A 3T93B 4C1TA 4MBPA 2E1SA 4N07A 4H65A 1B52A 1B46A 2D5WA 4BDMA 5H8NB 4KCDA 5CMMA 1ZBMA 4GF8A 3PD8A 4X48A 4H1XA 2RCAA 3K6UA 4NTLA 4EDPA 5ICTA 5CMCA 5TPAA 5I57B 3W15C 3PMXA 2A5TB 4GQOA 4YAHX 4IGRA 1I6BA 4OTEA 4QRZA 4YKIA 3RT8A 5H8FA 4G8HA 4AQ4A 5FHOA 1FQFA 4NF5B 2ZXTA 4R74A 4OESA 3HSTA 1YCJA 3MPLA 4ZZEA 3TCHA 2V84A 3RPWA 1POTA 2PVUA 3FUZA 4R75A 4U1ZA 1LFHA 3PUWE 3G3JA 3KBRA 4PFYA 3L6HA 2XXIA 2GHBA 4NE4A 5FTHA 4ECFA 5AA4A 3C33A 1WVJA 3S9EA 4LATA 4F1YA 3TUSA 1US4A 2IA4A 3MC2A 2THIA 3IL1B 2QS1A 1B7UA 3PUZE 2D21A 1H45A 3PD9A 1Y9UA 2ONRA 4G68B 4KCCA 1OQGA 1UTHB 3LR1A 4NF8B 3TTKA 4I62A 4DE8A 2QMXA 2HCAA 3PGFA 1VFDA 1EH3A 4GD5A 4JWYA 2G93A 4KD5A 3H03A 3TQLA 1QUKA 3IK6B 4LQ5A 1S50A 1MPCA 4PFTA 4G4PA 1P1NA 1MQJA 2FNCA 2Q9TA 3Q26A 5F1QA 1FQEA 1Q35A 2QPQA 1H43A 1YPNA 2ZYKA 4ELOA 2XD2A 2IEEA 2ONKE 3V83A 4F2QA 3K1NA 3UP9A 2VGQA 1D3KA 4HCYA 1JETA 1LLSA 2ZYMA 4IGTA 1TWYA 1SI1A 3RQTA 3TTLA 5KCJA 3N94A 3K4UA 2A5TA 3H06B 2O51A 3FJ7A 2P1SA 1DOTA 1UIUA 4JDFA 1N3XA 1ELJA 1VFEA 2F6GA 2HZKA 3GLBA 4KYDA 3LSLA 4QFKA 4ZEIA 3S4UA 4F39A 1CB6A 4JWOA 1VE4A 2XXYA 3H6TA 1IXCA 5AA4B 1B3FA 4H0WA 2H25A 1B6HA 1B40A 1N7XA 1A55A 1DSNA 3VLVA 5I59B 3U72A 2O7UA 3VE1B 2OWSA 4OMBA 4NF8A 1MQIA 1RYOA 1J1NA 3CFXA 5AA2A 3SDFA 1UIVA 3SEUA 4E0WA 4ZECA 1Y4CA 1P1QA 3E9XA 4FEBA 4OZ9A 3Q25A 4H67A 3FXQA 3FJGA 5DVIA 1NNTA 1S7YA 4Q0CA 2WKYA 4R73A 4R2BA 5A5XA 3D4CA 3MUQA 3LSWA 3CSBA 1US5A 2HZLA 2DP8A 3IAZA 1B1XA 4ONYA 5CM6A 3UK4A 4YB7A 3TKDA 2V25A 5J1DA 3ODBA 1QJMA 4M1VA 5KCJB 4NF6A 4ZEKA 3VLUA 1D4NA 4EF2A 4NF5A 2RKMA 3OELA 1P1OA 1Y20A 2HAUA 2YLNA 3C4MA 1DMBA 2OWTA 1MQHA 2R6GE 4IO3A 4OFLA 4RPNA 5L9MA 3QIMA 1IQ7A 1SW1A 2HXWA 2Q88A 2UVHA 4QHQA 3VVEA 2ZNTA 4DDDA 1A40A 1UTBB 4Q8RA 5LOMA 3QK6A 3H6VA 1H3DA 1MXYA 3BFTA 3LSXA 2I58A 4IY5A 1B3HA 2PYYA 1A8FA 2V93A 4RYAA 5DEXB 4DIGA 4HS7A 3O6IA 4G77A 1FTMA 1H44A 1N84A 2PT2A 3IJOB 4Z0IA 1KWHA 1RKMA 2OCUA 4KYEA 4K3FA 1P99A 2DVCA 2I4BA 4JSDA 1S9TA 4JB7A 1FQBA 3FVGA 2GRVA 2ONSA 4BLAA 4DXUA 4ZEFA 1EU8A 3K00A 3EHTA 4OVJA 5KZTA 1MXVA 2HQ0A 3MBPA 1URDA 1IXGA 3QAXA 1IIWA 4OHNA 3PUYE 1SYIA 4U23A 1MY3A 1AL3A 1TFAA 2F36A 3DP8A 4LA9A 4MFIA 4F29A 5K2YA 1O64A 1IXIA 4XKQA 5IKBA 1MY0A 3MW0A 2ZNUA 1FQCA 3IOTA 4XKPA 3TPAA 4HW8A 4DCYA 1B3EA 3MVXA 1B32A 2W7YA 3G3IA 3USDA 3U8QA 3FD3A 3TDJA 2I49A 3W9WA 1M5FA 4QFOA 1BIYA 1JQFA 1XC1A 3TCGA 1LFIA 3OO7A 1DPPA 2V3UA 1URGA 4MLQA 3TQWA 3U93A 5EYFA 1LBCA 1D9VA 1USYH 1VSOA 2AIXA 5H8SA 4F19A 4EXKA 5I56B 3H7MA 4EUOA 3KFMA 1HSLA 3IOUA 1Y1MA 3OO9A 1A8EA 1FTJA 4WEPA 3SESA 5I2KA 2X26A 1XT8A 3BKIB 3MJNA 1R6ZA 3PPPA 1GV8A 4AB6A 3QUFA 1B0LA 2V3TA 2ALUA 4FJPA 4I9DA 1FTOA 4ELRA 3T96B 4BDQA 2HEUA 4QFNA 1MXWA 3FVNA 2R9JA 3O28A 5CI5A 5DYHA 3VVFA 4POWA 5HBCA 4F3BA 3TODA 1XOCA 2DS9A 5KDTA 2F35A 1IZ1A 2RINA 2UYFA 3OXNA 1POY1 2Z22A 3C31A 4GIZA 3VVDA 3LSFB 4OEUA 3OO8A 1N3WA 5M2VA 1IUDA 5JK4A 3C9HA 1MPDA 3SERA 2VD2A 3G7WA 3ZSFA 3EHUA 4P0GA 3N6TA 2Q8JA 3EPEA 1LAXA 4H6DA 2H98A 1CE2A 3R7XA 2LAOA 2O1MA 4C1UA 4I1DA 1B7ZA 1LGBC 1P1UA 1QW0A 1XVXA 1IXHA 4LUBA 2X7QA 3RLFE 1MG1A 4AB5A 1QVSA 2GH9A 2R71A 2VOZA 1MXZA 1R1NA 4IO5A 2V3QA 1OQHA 2X7PA 4WEDA 2FYIA 4ELPA 1ZU0A 3PPOA 4ISUA 3VXBA 3H3GA 3I3VA 3TZAA 3W9VA 5I2KB 4X9TA 4E0XA 1SQYA 3OD7A 1BKAA 3TTNA 5CBRA 3O6HA 3V89B 3DP6A 4ND9A 4EF1A 1IEJA 1NKXA 1NH8A 3K6VA 5K2XA 4NF6B 1B9JA 1SI0A 5TP9A 2XXWA 3U94A 2XX9A 3H4ZA 1ZJLA 5KDTB 4RA1A 5CBSA 2RC9A 1I69A 3ILTB 1GR2A 4LZ8A 5H8FB 3RUMA 2AYSA 2Q2CA 4RXLA 2I48A 3B7DA 1A54A 4O3CA 4NF4B 4M4GA 2NUVA 5DVJA 3RTFB 3IOWA 2DE4A 2UYEA 1M5DA 1NMUA 1FTKA 1N7WA 1Q1KA 1JNFA 1FCKA 1O7TA 2H4IA 2O1LA 3C32A 3KSJA 3HCQA 3O97A 4O3AA 2VP1A 1R9QA 2UXAA 2XX7A 4IO2A 5AA2B 1QUJA 1FQAA 2ESNA 2XHDA 4F2OA 2F34A 2DOJA 2H5YA 3LUYA 2GHAA 3CFZA 3G3FA 5ITOA 2DWIA 2E0SA 4KPTA 1PBQA 1EZ9A 2YPNA 4PQJA 3S2VA 4R9GA 3F11A 1MPBA 1LCTA 4GOTA 4POXA 3QSLA 2F6PA 1QUIA 3FXUA 3TYHA 1NFTA 3FXRA 4ZZAA 2Y7IA 4FORA 3O66A 3M3FA 4H8JA 3OO6A 3VDFA 4LVQA 3LC8A 4OWDA 3TAJA 1O63A 2B3BA 3IX1A 4H8IA 3O6GA 3MVZA 5TP9B 1GGGA 3CRBA 4OFOA 4OQOA 4RPOA 5TU0A 3G3GA 4MH5A 2ZNSA 2PX1A 4OENA 5H8HB 3HHGA 2F7BA 2PT1A 3T22A 4DLDA 4HTGA 4ZDMA 1PEBA 2QS3A 4XXUA 4LQ2A 3EF7A 3OEMA 4IO4A 1I6AA 3TELA 3FVKA 3T9UA 3KJ7A 1Y1ZA 3MWBA 1MY2A 3MAMA 2NWJA 1IITA 4R9FA 3FJMA 3ILUB 4P11A 3MP1A 4JSOA 3KN7A 5FHMA 3Q27A 1PB7A 1B4HA 3O9PA 3Q29A 4DXBA 1JEVA 5F7VA 4RJZA 2QSXA 3SEVA 3K1PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JBZA 5I56A 1II5A 3IORA 1WDNA 4MLVA 2VD3A 1NUXA 1FSAA 4H46A 2P3VA 1SYHA 3UGWA 5ISUA 3E13X 2F3DA 5H8HA 2D3IA 4FATA 1Y3NA 3N6UA 1LFGA 1OVBA 1JVYA 5EQ9A 4UABA 1LBYA 1AH5A 1B5IA 3DELB 1SW4A 1YTVA 1LAHE 4GXSB 3OMBA 2DE2A 5A5XB 4PTKA 1JW5A 3RY3A 5DW8A 3V5AA 1ATGA 3MP6A 3A3UA 1N76A 3E79A 1TXFA 3GZGA 4PETA 1NNKA 2FA7A 2Z8EA 3ZKKA 3C35A 1USYE 5I2NB 3PU5A 4NWCA 3C36A 1RYXA 2CZLA 4PGPA 1ZIUA 4IO7A 2OBGA 5AA1A 3H6WA 4PE5B 3FGSA 1KZ8A 5AA2D 4RK2A 3ECRA 4P3LA 4ELQA 3MP8A 4R6HA 4F31B 3GBBA 4NWDA 2Y7KA 4F3GA 3SEWA 3U92A 3S9LC 2AL4A 3A09A 3K0VA 4FAJA 1B51A 4F1UA 3MVYA 4Q30B 4NG7A 4TOZA 3OEKA 1NV1A 2O84X 2DYXA 4BDRA 4THIA 3FV2A 2I6EA 3SEYA 1NV0A 4KXPA 1NUWA 1FBCA 3JZJA 4R6YA 4GBWA 4IO6A 3A3CA 4OA4A 2B65A 1LBVA 2F7CA 4YMAA 3Q28A 4XIGQ 3CSGA 2XXUA 4MMPA 3ZS6A 1NV5A 4NF4A 3VXCA 4KI0E 4EQBA 3IB0A 4RY1A 4MAGA 2PMSA 3IO6A 1AMFA 3KC1A 3TTRA 3IFAA 2F7AA 3K6XA 4ZE8A 3UN6A 4HXVA 1FBEA 4NHBA 5A5LA 2ZYNA 3M3LA 5JTYB 3FV1A 5FTIA 1JVXA 1SBPA 1DTZA 5ITPA 5TPAB 5I57A 2ZZWA 3PPRA 2OLBA 4TLLB 1YAEA 1R9LA 3R6UA 4I3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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