1O7TA

Metal nanoclusters bound to the ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae.
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEVDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
source organism Neisseria gonorrhoeae
publication title A novel protein-mineral interface.
pubmed doi rcsb
molecule keywords IRON BINDING PROTEIN
total genus 111
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA01
4NE4A 4Z0IA 3HN0A 2Z8FA 2HAVA 2I3VA 5HPQA 1IXHA 3O6GA 3B6QA 1B3EA 3SEWA 4K3FA 4F31B 3CFZA 3H06B 4F3SA 4IY6A 3S9MC 4AB6A 1PC3A 2QMXA 1B1HA 2A5TB 1UTHB 1AOVA 4NWCA 2VHAA 4EF1A 3K6WA 2B3BA 4ISUA 2HFBA 3K01A 4MLVA 2AL5A 3O6HA 3EF7A 5FHNA 2Q9TA 4LVQA 5CI5A 3T66A 1NNTA 1B2HA 4X1BA 1MQIA 3VVFA 3JZJA 4P0GA 5FHOA 1IXIA 3VLVA 4IB2A 2M8CA 2NUVA 3FGSA 4OEUA 4PETA 3K0VA 2XXHA 1VFDA 3IR1A 3H6UA 4PP0A 3ZKKA 4PFWA 3VFJA 1SI1A 5I2NA 4FATA 3EHUA 1XT8A 5I84A 1MPCA 1R9LA 4MFIA 3TYHA 2XXTA 5F7VA 4OFJA 4E0WA 3MVXA 1B0LA 5I57A 3FZVA 4R6YA 2QS4A 2XXPA 3G3GA 5H8FA 4N07A 1LAXA 1DMBA 1USYH 2I6EA 3K00A 3H03A 1FQDA 3KSXA 4BDNA 4YU0A 5IKBA 4BDLA 4GFRA 1DOTA 3MQ9A 5AE4A 1US5A 1FCKA 3CSGA 5DVIA 2XX9A 4OESA 5FHMA 3C4MA 1B40A 5CBRA 5AA4B 1XHYA 4KQPA 3LSFB 1N04A 2NXOA 3U94A 2O84X 3C34A 4Q30B 4DCXA 5I2KB 2DWAA 2OBGA 3EQ1A 5I58A 3Q27A 4X48A 2DXRA 3CSBA 1LB9A 2ABHA 3GXAA 3QXMA 2H99A 1HSLA 3C31A 1PEBA 3K2DA 3OO9A 3K6XA 2ZYKA 3KSJA 2PYYA 2DE3A 4XKNA 3K1NA 1B6HA 1IXCA 4DLDA 4FECA 4YB7A 3S9LC 4G68A 4YKKA 3IOWA 3IORA 2QS1A 2I49A 3TUSA 1B5JA 3VXBA 3E9XA 4IO3A 1FTLA 2VGQA 5TPAB 4ND9A 1JEVA 4F29A 3DP4A 3K4UA 4X9TA 1B46A 4M4GA 4LONB 1J1NA 4UA8A 2PVUA 3C35A 5H8NA 3T9HB 3G3IA 4TLMB 3TFLA 1A40A 2P0SA 3ILTB 1SDXA 1P1QA 2V3QA 1JQFA 4ZE8A 3M3LA 1SW5A 4NWDA 4OFLA 1PB9A 4ZZAA 1GVCA 3A3CA 4U21A 3O28A 4LZ7A 4DZ1A 1ZMGA 3GBBA 2OLBA 4NF5A 4BDMA 1LBCA 3UORA 3T96B 5I56B 1XOCA 3THIA 4FIMA 3FVOA 1II5A 3FV1A 3TPAA 1PB8A 2V3TA 2XXQA 3MAMA 4G8MA 3RN8A 2ANJA 2F6GA 3RNNA 5EYFA 3MP8A 4F1VA 4KR5A 3IJOB 1IITA 3TEPA 3QUFA 4U2RA 1VR5A 2F7AA 2PBWA 3G7WA 1QUJA 2IEEA 3S9NC 1OQGA 1NH8A 1ZU0A 2I0BA 3OO8A 3MW0A 4OXVA 2XXUA 3HV1A 1H3DA 4LQ2A 4XKRA 1QJMA 1FTKA 4R6KA 4FAJA 1O64A 4I9DA 4GL8A 4NEDA 4EQ7A 4AB5A 2GHBA 1NKXA 1NNPA 1VE4A 1P1UA 4ZE9A 1AIVA 2O69A 4Q0CA 3PUXE 4F22A 3OSRA 2H9BA 3FVNA 1GTKA 4YKPA 5CMKA 3O97A 4P11A 4GQOA 1JETA 4JSOA 2F78A 2QRYA 1SBPA 4H8JA 4KYSA 3MJNA 3B6WA 3N94A 4U4SA 1D4NA 2DP8A 3T9VA 3L6HA 1BP5A 2R9JA 3BFUA 1SW2A 1Q35A 1Q1KA 3Q28A 2AIXA 3DP6A 5I59B 5KCJA 4FJPA 3KFMA 2REGA 3TTLA 5I2NB 4GOTA 3M8UA 5TP9A 3PMWA 4F3PA 1I69A 4O3BA 4U4XA 2REJA 1SI0A 1MXZA 3KN3A 3FJ7A 2ZYOA 2DWJA 4THIA 3S4UA 5H8FB 1N7XA 1YPNA 2W7YA 2XX7A 2XXWA 3OO6A 5F1QA 1DTGA 4JWOA 4JXIA 1URDA 1URGA 3MZ9A 3B7DA 2H98A 1PBPA 5ICQA 4KHZE 4I62A 1XVXA 2O1MA 4RJZA 4H5FA 4UACA 1B9JA 4N13A 4HS7A 3RTFB 1USYE 4MLQA 1EU8A 3ILUB 4F3BA 2DWHA 5K2YA 3LC8A 1QUIA 3PPPA 2O6AA 3KJTA 1D9VA 3MZ1A 5K2XA 4IY5A 5JTYA 4I1DA 1QUKA 1ZBMA 1LBBA 2HEUA 2F34A 2V84A 3KJ7A 5EHMA 3FJMA 2DOJA 3RQTA 1S50A 2FNCA 1R6ZA 3H6VA 4ZECA 4QFNA 2F5XA 4RY1A 2RF1A 1O7TA 3A3UA 2HXWA 1MS7A 3U8QA 1TXFA 3KOTA 2HZLA 2VD2A 1GV8A 1XS5A 1VSOA 5H8HB 2R6GE 3M3FA 3SEUA 1Y3NA 5CBSA 4LQ5A 2UVIA 1ELJA 1LAHE 3SEYA 3MPKA 3PMVA 4DCYA 3PV0E 4QFLA 2Y7RA 4TOZA 3TMGA 2Y7IA 3MVWA 2Q2CA 3FXRA 2CZLA 2RCBA 2A5SA 1FTMA 2Y7KA 2XXRA 1T0KA 1ZKBA 1CE2A 4Z7EA 1IZ1A 3EN3A 1SW4A 3MBPA 2LAOA 3C36A 4C1TA 3F11A 4YMBA 4PQJA 1M5CA 3S2VA 3EHTA 4G77A 1SQYA 3WAFA 2I3WA 1LAGE 1MXWA 4GVOA 2OCUA 1MY3A 2I4BA 2Z23A 4ESXA 2GH9A 4NF4A 1B3GA 1EZPA 2XD2A 1M5EA 4H6DA 3MWBA 1B58A 1JW4A 2ONSA 1L5TA 3AXFA 4QFKA 4F39A 4EUOA 1A55A 3USDA 2Y7PA 1IQ7A 1PBQA 2G29A 4DXCA 4U1ZA 3SEXA 4NF8B 2OJTA 2BJJX 4U1OA 1LAFE 1NFTA 2DSFA 2THIA 4QSEA 5B70A 1GGGA 2RINA 3KN7A 3VVEA 1F9BA 4QRZA 1QVSA 2V93A 4NF6A 5HM4B 2Z22A 1B3HA 2F8DA 2AYSA 1MY4A 2DS9A 1LCFA 3TELA 4GLIA 1HSEA 4E0XA 5DVJA 5ICTA 3PPQA 5KCJB 3VE1B 2PMSA 1SW1A 1OMPA 5B7DA 3E4RA 2PT2A 3T22A 4O3AA 1US4A 4POXA 4F2OA 1IIWA 4OETA 1DPPA 5IAIA 3OEKA 3MUQA 4QHQA 4RNSA 3O2AA 4JDFA 4ELOA 4Q8RA 4ELQA 4EDPA 1M5BA 2Z8EA 3IB0A 2NWJA 2PT1A 1BKAA 2AL4A 3N5LA 3TCFA 4F19A 2QL3A 3G3JA 5AA1A 3QIMA 1LFGA 5JK4A 3T9XB 1ZJLA 3W15C 1MPDA 3PPOA 4NMYA 2GRVA 4OZ9A 2ZYNA 3FXQA 2E1SA 3PGFA 4RK2A 1Z7ME 2XHDA 4EQBA 3CRBA 4R73A 4R75A 3V8XB 1MDQA 1MY0A 1FTOA 4XXUA 3IOVA 5DEXB 4GXAA 2PX1A 3VLWA 1IUDA 4ECFA 3G3HA 1POTA 4JWYA 4OVJA 3FVKA 1MPBA 2QJEA 4YMAA 2DE2A 1I6BA 3CFXA 4F1YA 4IO5A 5KDTB 3IAZA 3L6GA 3H3GA 3OELA 5CMMA 3FIRA 4KPTA 3N6TA 1B4HA 1OIBA 4R6HA 3SETA 1FQEA 1B05A 3OOAA 3QYTA 1FW0A 1I6AA 1H44A 1UTHA 4TQUQ 1UTBB 1MY2A 1LGBC 3H6WA 1MDP1 2X7PA 3FASA 1ATGA 1B0HA 3BFTA 3QUJA 4XTCQ 3FD3A 3FJGA 1FTJA 2B3FA 1MM7A 4P0IA 4ESWA 1ZIUA 4G8HA 1JW5A 4ZDMA 3UP9A 1S9TA 1M5DA 2Z8DA 3W9WA 3TTRA 3OMBA 2Q88A 2F35A 3I3VA 3IOUA 4OERA 4AQ4A 1MQDA 4R9GA 4YAHX 5JEIA 1B32A 5CM6A 3TAJA 4C1UA 2HCAA 2OK2A 4MBPA 3KG2A 2GFEA 1D9YA 4M1VA 4JBZA 3HHGA 4MF3A 3RLFE 5M2VA 3OD7A 4N6PA 1NNFA 4QF9A 3R26A 2HQ0A 3C9HA 3IX1A 4HCWA 2ZYMA 4HW8A 4H5GA 4WKMA 2I48A 3IL1B 4LUBA 4OENA 3M3KA 4QSCA 4F3GA 1P1NA 4R2BA 3V5AA 1OQHA 4KFQA 3HCQA 4BDQA 5L8DA 3UIFA 4KD5A 5AA4A 2VD3A 1JVXA 4JWXA 4DDDA 2I58A 1POY1 1MQJA 2YPNA 2VOZA 3KEIA 4OEVA 2OWSA 4LP2B 1WDNA 2UVJA 5I2KA 4GXSB 4JB7A 2P2AA 2B65A 4ZEDA 3RTWB 5I57B 2O1LA 1DTZA 2XD3A 3V89B 1B4ZA 2XXXA 3PPNA 1SVXB 4ZEFA 3MPLA 4LZ8A 4ZZEA 1NL5A 2ONKE 2R71A 3SEVA 5DYHA 4GL0A 4NF6B 2NOOA 2NVUB 1Y4CA 2WKYA 3RUMA 2OZZA 5BWJA 3JV9A 5AA2D 5CMCA 2UYFA 4RYAA 1MQGA 1NNKA 4U22A 2FA7A 2RCAA 1P1OA 3MVZA 4R9FA 3BKIB 3MP1A 4XKQA 1ZLQA 3H6TA 4DE8A 3TDJA 3I6VA 4GD5A 3GBAA 5L9OA 3SDFA 1AL3A 1M5FA 5I58B 1B1XA 1N3XA 3ZKLA 4RPOA 2DE4A 3UK4A 3C32A 2O7UA 5L9MA 2RC9A 4WXJA 3TCHA 5H8QA 5DTBA 4OYVA 1MQHA 2DWIA 3K02A 3FUZA 4G68B 1FQCA 3PD9A 4OWDA 1A99A 4GIZA 2VP1A 5ITOA 5I56A 1DPEA 1TFDA 4YB5A 5ITPA 4PE5B 3IB1A 1N3WA 1WODA 1B7UA 1MH4A 1RYXA 4IO2A 5ISUA 4FE8A 5H8NB 4DXBA 3SKPA 4XKPA 3R6UA 4LA9A 4EXLA 5ELVA 1SYHA 3K1PA 1H76A 2I0CA 1Y3QA 4I8CA 2E0SA 4YICA 1FQFA 1BTJA 3CI8A 3FXUA 3U1OA 3FV2A 2RKMA 3CFLA 5CMBA 3LSXA 4PFUA 2ESNA 5DT6A 1CB6A 3DM0A 4NF5B 3UGWA 3VV5A 4EQ9A 3E3KA 3O9PA 4LZ5A 4BDRA 3LBSA 2H25A 4O3CA 2P1SA 3D4CA 1TFAA 3U93A 1R9QA 1JW1A 2XXYA 4IGTA 1A54A 4ONYA 1N76A 2DYXA 3RY3A 3W9VA 4R74A 3PPRA 5HBCA 1DSNA 3KGCA 4BLAA 2YLNA 1VFEA 5AA2A 3KZGA 3C33A 4NTLA 1AMFA 4ELRA 5J1DA 2X26A 3G3KA 1JEUA 1Y1MA 2ZNTA 3TQWA 3PD8A 5CRYA 5I59A 5KZTA 3RT6B 4Q5TA 3PUVE 3ZS6A 5A5XA 1BLFA 4H8IA 2QSXA 3TKDA 3TTKA 3VXCA 4GWOA 2ONRA 1AH5A 1QW0A 4H67A 2IA4A 3R7XA 1QKBA 1D3KA 3EHSA 1LSTA 3K1MA 4IO4A 3RPWA 4ZEKA 3PU5A 1TT1A 2I4CA 1BIYA 1EZOA 3V83A 3E13X 3TQLA 2X7QA 1YTVA 3TTNA 3SERA 2Y7WA 4L17A 2V3UA 3Q29A 2UXAA 4RA1A 4G4PA 3H7MA 3CG1A 1KWHA 2RC8A 4OTEA 2D5WA 3PUYE 4KYEA 1IXGA 5TP9B 1ZTYA 3IB2A 1QKAA 2GHAA 3MP6A 3N26A 4FEBA 2CMOA 1MG1A 4QFPA 3DELB 1OVTA 2O51A 3CIJA 4R72A 1XC1A 3HO7A 1B7HA 3VVDA 3RT8A 4WEPA 5EHSA 3ECRA 3EPEA 3G3FA 3ZSFA 1A7LA 3ODBA 2F97A 4POWA 3CVGA 4ZEIA 5LOMA 1NH7A 4U23A 4RK9A 1UIUA 3HPIA 4C0RA 1UQWA 2DXYA 3ONMA 1SYIA 3Q26A 2HAUA 3CR9A 1XVYA 1N84A 3IK6B 1Y1ZA 1N0TA 3O66A 4IO6A 3DLNA 2F36A 4KYDA 5H8HA 5L9SA 3DP8A 1B5IA 4R2FA 1B3LA 1MXYA 2O7IA 1MXVA 4YB6A 3BBRA 4H1XA 1MXUA 3OXNA 3S9EA 3UN6A 4H65A 1P99A 5H8QB 5JTYB 5FTHA 4XIGQ 3OSQA 2A5TA 1B3FA 2UYEA 4RXLA 4F2QA 4MH5A 4FEDA 3K6VA 1B52A 3PUWE 1IEJA 1B7ZA 1S7YA 3GLBA 3I5OA 2Q89A 1EZ9A 3UA8A 4BDOA 1RYOA 4QFOA 3OEMA 3PUZE 1LB8A 1LFIA 4OHNA 3T9UA 3O6IA 3MVYA 3N6UA 2ZNUA 1YCJA 1I6QA 3IO6A 4LATA 5DVFA 3O29A 1JNFA 3U92A 3MZBA 2XX8A 1OVBA 4GRKA 2H5YA 3HHFA 4NF8A 3IOTA 2ZNSA 4YKIA 2OWTA 4F1UA 3FATA 3KOSA 3QSLA 2Q8JA 4JSDA 4OFOA 4YZZA 4PFYA 4IO7A 1MRPA 1YAEA 2G93A 2Y84A 1R1NA 1H45A 3TTMA 1EH3A 1P1WA 5AA3A 4DIGA 3CG3A 3IO4A 1URSA 3QAXA 2FYIA 4ZS9A 1O63A 4H0WA 3OENA 4HCYA 3FVGA 1H43A 2XXIA 4EF2A 1Y20A 4IGRA 4NF4B 5AA2B 2ALUA 1N7WA 1LLSA 2UVHA 5BUUA 4QSDA 4FORA 3GZGA 4OQOA 4PFTA 4WEDA 2F7CA 2KLFA 5A5XB 1TWYA 1RKMA 1SD3A 4ZEBA 3PMXA 1NMUA 4TLLB 4EXKA 4RPNA 2D3IA 3B6TA 1OLCA 3HSTA 2V25A 3LR1A 3KN8A 2ZXTA 5CC2A 5TU0A 2YJPA 1PDAA 1PB7A 3QK6A 2DVCA 2RC7A 3LUYA 5TPAA 1GR2A 4KCDA 3T93B 1OLAA 2HZKA 2QS3A 4OMBA 5H8SA 1B51A 1Y4TA 3P7IA 1FQBA 5DEXA 4HTGA 1ANFA 2QS2A 3TODA 3SESA 3MC2A 4KI0E 4G2ZA 2DVZA 1Y3PA 4G8NA 1A8EA 3H4ZA 3KBRA 4YKJA 1QULA 5KDTA 1MXXA 3WAEA 3JYRA 3RGYA 3K6UA 2XXVA 4X1DA 4DXUA 1LCTA 3U72A 4ELPA 1A8FA 1FQAA 1MH3A 1JVYA 2Q2AA 3D4GA 3LSWA 2D21A 2UVGA 1UIVA 4GF8A 1Z7NE 2DQVA 2H4IA 1UTBA 3TZAA 5FTIA 3IJXB 1MY1A 2O68A 3TCGA 4KCCA 3OO7A 4F18A 1B5HA 1MM6A 1Y9UA 2ZMBA 3LSLA 2QPQA 2F6PA 2F7BA 2QMWA 1LFHA 1HSJA 1WVJA 3VLUA 3Q25A 4G68C 3VDFA 3A09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B4MA 4NE4A 4PGNA 4Z0IA 3HN0A 2Z8FA 2HAVA 2I3VA 5HPQA 1IXHA 3O6GA 3B6QA 1B3EA 3SEWA 4K3FA 4F31B 3KBZA 3CFZA 3H06B 4F3SA 4IY6A 3S9MC 4AB6A 4OVPA 1PC3A 2QMXA 1B1HA 2A5TB 1UTHB 1AOVA 4NWCA 2VHAA 4EF1A 3K6WA 2B3BA 2OX3A 2JJKA 4ISUA 2HFBA 3K01A 4MLVA 2AL5A 3O6HA 3EF7A 4O7MA 4PF6A 5FHNA 2Q9TA 4OVTA 4LVQA 2CEXA 4MCOA 5CI5A 3T66A 1NNTA 1B2HA 4X1BA 1MQIA 3VVFA 3JZJA 4P0GA 1KA0A 5FHOA 1IXIA 1EYKA 3VLVA 4IB2A 5EYGA 2M8CA 2NUVA 3FGSA 2P3NA 4OEUA 4PETA 3K0VA 2XXHA 1VFDA 3IR1A 3H6UA 4PP0A 3ZKKA 4PFWA 3VFJA 1SI1A 5I2NA 4FATA 1NV1A 3EHUA 1XT8A 5I84A 4X04A 1MPCA 1R9LA 4MFIA 3TYHA 2XXTA 1DCUA 5F7VA 4OFJA 4E0WA 3MVXA 1B0LA 5I57A 3FZVA 4R6YA 4GX3A 5ET7A 2QS4A 3MYUA 1NUYA 2XXPA 3G3GA 5H8FA 4N07A 2Y5LA 1LAXA 1DMBA 1USYH 2I6EA 1NV0A 3K00A 3H03A 1FQDA 3KSXA 4BDNA 4YU0A 5IKBA 4BDLA 4GFRA 1DOTA 3MQ9A 5AE4A 1US5A 1FCKA 3CSGA 5DVIA 4P9KA 2XWVA 2XX9A 4OESA 5FHMA 4PBHA 3C4MA 4GBVA 3ISPA 1B40A 5CBRA 5AA4B 1XHYA 4KQPA 3LSFB 1N04A 2NXOA 3U94A 2O84X 2XA5A 3C34A 4Q30B 4DCXA 2QVVA 5I2KB 2DWAA 2OBGA 5ESYA 3EQ1A 5IZ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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