1O7TA

Metal nanoclusters bound to the ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae.
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEVDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel protein-mineral interface.
pubmed doi rcsb
molecule keywords IRON BINDING PROTEIN
molecule tags Metal binding protein
source organism Neisseria gonorrhoeae
total genus 111
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA01
4ZE9A 4C1UA 2HZKA 3QUJA 3OO6A 3K4UA 3PV0E 4M1VA 3G3FA 4IO2A 3IOWA 1MQDA 1URGA 2RC9A 4F1YA 2UVHA 3E4RA 4G68A 1L5TA 1LB8A 3TTMA 1BIYA 4KR5A 4QF9A 2QL3A 3EQ1A 2ZXTA 3DELB 5AA2B 4LP2B 2H9BA 1Q35A 4OWDA 3FVOA 4R9FA 3BKIB 1DTGA 1ZU0A 3LC8A 2UVIA 1Y3NA 3Q29A 3THIA 2VD3A 1B5HA 1PDAA 3V89B 5CC2A 2Z23A 1ZMGA 1Y3PA 2AYSA 1JVYA 4R9GA 2HEUA 1T0KA 1JW5A 4FEBA 3SEVA 1IEJA 5H8FB 3IK6B 2PVUA 2F78A 5KCJB 4GF8A 2Q2AA 3MC2A 4Q0CA 1H3DA 5ISUA 3KN7A 4IB2A 3IOTA 5M2VA 1B40A 4BDLA 4FJPA 4QHQA 1ZKBA 4MF3A 1SW5A 3T9UA 4N13A 4ZEBA 5A5XB 4NWDA 3OELA 3PPOA 2B65A 1MPCA 1FQFA 4YMAA 3SETA 1FQDA 1LAGE 3FIRA 2ESNA 5CBSA 4H8IA 1S50A 3HN0A 5HM4B 4Z7EA 3K6VA 1N7WA 4YKJA 1YCJA 3O66A 1SI0A 3O6HA 1IUDA 4OHNA 2I0BA 3H6WA 1EU8A 3H6TA 4U22A 3TQWA 2AL5A 3RT6B 4LZ8A 1A99A 1SW2A 3MPLA 4OVJA 3E3KA 2UXAA 5KDTA 4NF8A 4XKPA 3FJGA 4MFIA 1JVXA 1RKMA 1FTMA 2DE2A 3CVGA 1LGBC 3H3GA 3O2AA 1B1XA 4JDFA 5FHOA 1UIVA 3RQTA 3G7WA 3Q26A 5H8QB 3M3FA 4DXCA 2GHAA 1LFIA 1MQHA 4POXA 1SYHA 1JQFA 3Q28A 4NTLA 3TKDA 3G3IA 5H8SA 2DE4A 2ALUA 2Q89A 4AQ4A 4U4SA 3RUMA 5DT6A 4MLVA 1R6ZA 3SERA 4G68C 3I3VA 5TPAB 3SKPA 3FJMA 1XVYA 4R2BA 3JZJA 2XX8A 1UTBA 3PPRA 1B7HA 2Y7PA 4NF4A 1NKXA 2VHAA 5I56A 4MLQA 4XKQA 4RNSA 2CZLA 4NEDA 2Q9TA 4Q30B 2V93A 2OZZA 3PD8A 3F11A 1B2HA 5FTIA 1MQIA 5I84A 5CMBA 5CMKA 3MZ9A 1N0TA 1FQCA 3PMVA 1B58A 4DZ1A 3CFZA 2VGQA 1MXWA 5JTYA 2ZNUA 3CG1A 2IEEA 4PE5B 3DP8A 1FW0A 4I8CA 3FATA 3KJ7A 4PFYA 2UVJA 3PUWE 4U21A 4G68B 4H67A 3TYHA 2F6PA 2OWTA 4BDQA 3N6TA 3OXNA 2XXUA 2RINA 3MQ9A 4JWYA 3M8UA 3MZBA 1LFHA 4JB7A 5AA4A 1GTKA 1FTLA 2ONSA 4HW8A 4OFLA 3K1MA 4HTGA 4R2FA 4ZE8A 3LUYA 2DP8A 3TCGA 3TPAA 1N3XA 4H5FA 2Y7IA 3RY3A 3IB0A 4RPNA 3SEUA 1FQBA 1NMUA 1BLFA 2PYYA 3PMXA 4OFOA 3KSJA 4O3BA 1MXYA 3RT8A 1HSJA 1USYE 5B70A 3TQLA 4GD5A 2RCAA 1M5FA 4XXUA 4LQ2A 4PP0A 2ANJA 3VXCA 5CRYA 2XXRA 3HHFA 4YZZA 1XT8A 3LSLA 1QW0A 3QXMA 4RJZA 1ZIUA 2ONRA 4N07A 4KYSA 1WVJA 5I2KA 2Y7WA 3T9HB 2PT2A 1B0HA 3ODBA 1JEUA 2IA4A 4M4GA 2DXYA 3HO7A 5DEXB 1UQWA 3MVZA 4U1OA 1EZPA 2GH9A 4JWOA 3JYRA 3O9PA 2H99A 2RCBA 2YLNA 2YPNA 3SEXA 1UIUA 2F34A 5HBCA 4ESXA 4R73A 1H43A 3KGCA 5KDTB 4NF8B 4DIGA 2HCAA 1B3GA 1FTOA 3H4ZA 1TT1A 2F5XA 1AL3A 4MH5A 1MPDA 1I6BA 1Y4TA 1PC3A 3TZAA 3W9VA 1P1QA 1B3EA 3KN3A 3IOVA 1B9JA 4F3BA 1IXGA 1ATGA 3JV9A 3MPKA 4LZ7A 1GGGA 5FTHA 1AMFA 3FGSA 3ONMA 1ELJA 3RGYA 4IGTA 4GQOA 2F7BA 3AXFA 4TOZA 2V3UA 3IX1A 3MJNA 1SI1A 3L6GA 1WODA 4BDOA 4ZS9A 3BFTA 1A54A 2O51A 1UTBB 3A3UA 1JETA 3VVFA 4OXVA 1LAHE 1B3LA 2DSFA 4G77A 4NF4B 4H6DA 1R9LA 5I56B 2P1SA 4FIMA 1N04A 5TP9A 3VVDA 1ZJLA 4NE4A 1AIVA 2REGA 4F3GA 5AE4A 1HSLA 1DMBA 3B6QA 3EHSA 4X9TA 3EN3A 3PUXE 1PB7A 3L6HA 4ESWA 2XHDA 4DCXA 4RPOA 4H1XA 4YICA 1PB9A 5JTYB 3TDJA 3FJ7A 5JK4A 4EF2A 3VLUA 1QUIA 1N3WA 4FATA 1OQGA 4OEUA 2NUVA 4U4XA 3PUZE 3TELA 4ZEFA 1NFTA 1J1NA 3TTKA 4GVOA 3RTWB 4X1BA 5AA4B 2F36A 3W15C 4DLDA 1H45A 3UA8A 3GZGA 3VLWA 1PBQA 1YTVA 2A5TA 1D4NA 2O68A 3KG2A 4GIZA 3C31A 4IGRA 2FNCA 5DVJA 4IO3A 1BKAA 2OK2A 4QRZA 1M5DA 1QUJA 3A09A 4BDRA 3MZ1A 3T96B 2DYXA 3WAEA 4JWXA 1NH7A 4O3AA 1B1HA 1O64A 4P0GA 2Q8JA 3M3KA 2V3QA 3TODA 4YB7A 3IORA 4GWOA 3CFLA 2HZLA 3CRBA 1HSEA 1GV8A 2NWJA 3CIJA 4ELRA 4PFTA 2GHBA 5FHNA 3USDA 1OVTA 2HFBA 3BFUA 3H06B 4DXUA 2XXQA 2QRYA 4TLLB 1JNFA 5I2KB 4F22A 4ONYA 1MH4A 1JW4A 3UGWA 4F2QA 3MUQA 1DPPA 1N7XA 1ZBMA 3VDFA 2DWIA 2XD2A 2XXIA 3O29A 4QFOA 4NWCA 3W9WA 1LBBA 5L9SA 3OENA 3IAZA 3O6IA 4H65A 4FORA 1TXFA 3N94A 1B05A 3KOTA 4ZDMA 4XTCQ 3P7IA 1Y4CA 1OLAA 1M5CA 3QSLA 2PT1A 4QSCA 3OEKA 1I69A 4LQ5A 1VFEA 1UTHA 2DOJA 3K0VA 3MP1A 1B5JA 1ZTYA 3PUYE 1QJMA 2I4CA 2DXRA 2I3WA 2DS9A 2QMWA 1AOVA 3RNNA 1VFDA 3QK6A 1XVXA 4F31B 3FV1A 3G3JA 2DWJA 4ELOA 4KD5A 5CBRA 3OOAA 3N5LA 3O6GA 2H25A 3LBSA 4LZ5A 4KI0E 4OFJA 2I58A 3MVWA 3TTRA 3G3KA 3I6VA 4QFPA 2ZYKA 4F19A 2ZMBA 1B4HA 1H44A 2H4IA 3B6TA 4U2RA 2Z8FA 4IY6A 4ZEKA 5TP9B 1SVXB 2B3BA 1TFDA 4Z0IA 3TCHA 3IO6A 3MW0A 3S9NC 1MQJA 1PB8A 1MY0A 5I59A 1LFGA 3V5AA 2Y84A 3DP6A 2QPQA 2ZYMA 4G2ZA 1B4ZA 4YU0A 2XXTA 1POTA 4L17A 2DVCA 2R71A 4KCDA 1EZOA 4F39A 4OYVA 4ELQA 3SDFA 4OTEA 3B7DA 5L8DA 4FECA 1NNPA 2DWAA 4ZZAA 3OSQA 3RPWA 3SEYA 4IY5A 3T66A 2QS4A 4I9DA 1MY3A 3T22A 2OWSA 1MPBA 2W7YA 4K3FA 4ND9A 1MY1A 3S9LC 1TWYA 3FXUA 3DLNA 1SDXA 2HAUA 2A5TB 2D21A 1B5IA 3G3GA 4R6KA 2OLBA 4RYAA 3Q27A 3C9HA 1MRPA 3EPEA 2G29A 3I5OA 4EXKA 3ILTB 4UACA 4NMYA 1QUKA 2QS1A 3U1OA 4GFRA 4G8HA 2G93A 3MWBA 3PPNA 5DTBA 1LCFA 1II5A 1P1WA 1KWHA 2M8CA 3HSTA 1MXXA 3C34A 2O1LA 1SQYA 2UYEA 4U1ZA 1URSA 1B3HA 2V84A 1P1OA 3GXAA 4X1DA 2DQVA 2NVUB 4O3CA 5JEIA 4GXAA 1XC1A 5L9OA 4F3SA 2QJEA 3HCQA 2F6GA 3FVKA 2I6EA 1FTKA 1A55A 3QIMA 2Z8DA 3QYTA 4RA1A 4F2OA 2O6AA 5K2XA 1SD3A 1I6QA 3KFMA 4OEVA 3FVNA 1B7UA 4ECFA 3UIFA 3T93B 3U93A 3PUVE 1JW1A 2V25A 1ZLQA 2RKMA 5KZTA 3KBRA 2FA7A 1OLCA 2ZYOA 5ITOA 1Y1ZA 3RLFE 3Q25A 1XOCA 1LB9A 5HPQA 4BDNA 4F3PA 1MS7A 4ZECA 3HHGA 1FTJA 3N6UA 3UK4A 3FASA 4ZEIA 2O7IA 3K1PA 1MDQA 1UTHB 1LAXA 1MXZA 1MM6A 3MBPA 4Q8RA 1DPEA 2OBGA 5BWJA 1Y20A 2R6GE 2GFEA 3U92A 2FYIA 4KYEA 4POWA 1QVSA 4G8MA 1BP5A 1TFAA 4BLAA 3C32A 3S2VA 1Q1KA 4XKRA 2OCUA 1I6AA 4R74A 2ABHA 5CI5A 1A8EA 4QSEA 3K02A 3OD7A 4YMBA 4OMBA 4NF6A 3N26A 1IIWA 5J1DA 2QS3A 1IXHA 3FXRA 1LSTA 5H8NA 4GRKA 3K6XA 3PU5A 4C1TA 1N76A 2B3FA 2AIXA 2H5YA 4TLMB 4YB6A 4QFLA 4E0XA 3A3CA 2HXWA 4Q5TA 1MDP1 5I59B 2P2AA 3GBBA 3IR1A 1P1NA 3R26A 3KOSA 5F7VA 4RY1A 4JBZA 4PFUA 5ITPA 1YPNA 1MQGA 3ZSFA 4KQPA 4X48A 5BUUA 3MP6A 2CMOA 3EHUA 4N6PA 4IO5A 1XHYA 4GOTA 3ILUB 3VXBA 5DVFA 1Y3QA 5FHMA 4FAJA 1CE2A 4TQUQ 2KLFA 4DDDA 3IL1B 1CB6A 2VD2A 3K6WA 3FUZA 1NNKA 1B51A 4QFKA 4EQBA 3FVGA 1P99A 2O1MA 3OSRA 1AH5A 2YJPA 3C35A 1MG1A 1IXIA 1D3KA 2PX1A 3IOUA 4YKKA 2D5WA 5CM6A 2QS2A 1GR2A 4KHZE 4R72A 2XD3A 1B6HA 4YB5A 4XKNA 1Z7NE 1QKAA 2F7CA 1NNTA 1IZ1A 3VV5A 2THIA 2VP1A 1H76A 2I48A 3U94A 5LOMA 5B7DA 5H8HA 2XXXA 3K1NA 1R1NA 3GLBA 5ICTA 1B46A 4I1DA 5I58A 5K2YA 4LONB 4H5GA 1B3FA 4LATA 2XXVA 3K6UA 1OIBA 1SW4A 2ZYNA 4THIA 1GVCA 5F1QA 2UVGA 3CR9A 1OVBA 4OETA 5I57A 1LCTA 2XXWA 1F9BA 2RC8A 3R7XA 3C33A 4ISUA 2DWHA 5ELVA 3FD3A 1SBPA 3H03A 4DXBA 3V83A 1O63A 1B32A 4F18A 1ANFA 4H0WA 3PD9A 2BJJX 4RXLA 2O69A 5DEXA 1MY4A 2AL4A 4JSDA 3PPPA 4BDMA 2UYFA 3PPQA 1FQAA 5I2NA 2XXPA 4OENA 4WEDA 4WKMA 4KYDA 4JSOA 2QSXA 1IXCA 5DVIA 2GRVA 3EHTA 1URDA 3EF7A 4WXJA 3R6UA 3KEIA 4I62A 2R9JA 4LVQA 2LAOA 1MH3A 2RF1A 1S9TA 1NH8A 1D9YA 3K2DA 3T9VA 2XXYA 1SW1A 1XS5A 4NF6B 5L9MA 5H8NB 3VFJA 1OQHA 3IB2A 4ELPA 4YKPA 1YAEA 2F7AA 1WDNA 1FCKA 1NL5A 1M5BA 1VR5A 5DYHA 4LUBA 4PETA 3U8QA 3IB1A 2QMXA 1US5A 2NOOA 3CSGA 3K01A 1LLSA 4P11A 4E0WA 4F29A 3SEWA 1US4A 3MP8A 1B52A 3S9MC 3O97A 3OO8A 2PMSA 1EH3A 3LR1A 4JXIA 2Q2CA 3M3LA 3K00A 4AB5A 3FZVA 1SYIA 3KN8A 4R6HA 4EF1A 4NF5A 4G4PA 4KPTA 3LSFB 4EUOA 3O28A 1LBCA 2F8DA 3TUSA 4IO4A 3QAXA 1Z7ME 1B0LA 1Y9UA 1DSNA 2HQ0A 1DOTA 2Z22A 2F97A 2Q88A 4AB6A 4EQ9A 2RC7A 5AA2D 5CMMA 1OMPA 2ZNSA 3IO4A 4R75A 1EZ9A 2REJA 4LA9A 3ECRA 4QSDA 1RYXA 3H6UA 1S7YA 3UP9A 4DCYA 1D9VA 4ZZEA 3CI8A 4PQJA 4PFWA 5AA2A 3TAJA 3D4CA 3KJTA 2X7PA 2DVZA 4R6YA 3OO9A 5TU0A 1DTZA 4OERA 2I0CA 4ZEDA 4GL0A 3MVXA 1NNFA 3OMBA 1A7LA 2WKYA 1QKBA 3C4MA 2V3TA 3HV1A 3T9XB 4RK2A 3VVEA 4EXLA 2I4BA 5H8HB 2XX9A 4FEDA 3IJXB 4KFQA 4GLIA 3BBRA 2HAVA 1A40A 5H8FA 4P0IA 2E1SA 2Z8EA 3KSXA 1USYH 3H6VA 1MY2A 5KCJA 1B7ZA 2F35A 5I58B 4F1VA 4IO6A 4MBPA 4OESA 2I3VA 3RN8A 3TEPA 1IQ7A 5ICQA 4UA8A 3UORA 5AA1A 3C36A 5I57B 5A5XA 3ZS6A 4GL8A 3E9XA 2O7UA 1RYOA 2XX7A 3KZGA 3MAMA 1FQEA 1JEVA 3PGFA 1VSOA 1POY1 3FXQA 4WEPA 3GBAA 2D3IA 5IAIA 2PBWA 3ZKKA 3ZKLA 4C0RA 3TMGA 4HS7A 1PEBA 1IITA 5I2NB 3B6WA 4KCCA 3WAFA 4RK9A 1M5EA 3TTLA 4DE8A 2VOZA 4HCYA 3TFLA 1BTJA 2XXHA 2Y7RA 3TTNA 2Y7KA 1N84A 2I49A 3V8XB 1QULA 4FE8A 2OJTA 3FV2A 2ONKE 3U72A 1P1UA 2DE3A 3E13X 1O7TA 2O84X 4XIGQ 4F1UA 3VLVA 3IJOB 3LSWA 3D4GA 4U23A 2P0SA 3VE1B 1Y1MA 5CMCA 4YAHX 3RTFB 5H8QA 3CSBA 4GXSB 3S4UA 1MXVA 4OQOA 3DP4A 3LSXA 5IKBA 1A8FA 3SESA 3S9EA 2ZNTA 3DM0A 3G3HA 3CFXA 3CG3A 3TCFA 4H8JA 4QFNA 4YKIA 3H7MA 3QUFA 3HPIA 4OZ9A 2X7QA 1LAFE 3PMWA 4G8NA 5TPAA 1VE4A 1R9QA 2X26A 5EYFA 2NXOA 2E0SA 1PBPA 3MVYA 3UN6A 4EQ7A 1MM7A 2H98A 4EDPA 3OEMA 5AA3A 4NF5B 2A5SA 1MXUA 4HCWA 3OO7A 5EHSA 4IO7A 5EHMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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