1ODWA

Native hiv-1 proteinase
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structural Analysis of the Native and Drug-Resistant HIV-1 Proteinases Complexed with an Aminodiol Inhibitor
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1odwA00
4J1FA 3ZKMA 1LV1A 2F3FA 1HVLA 1MRWA 1B5FA 2PYNA 4WTUA 5P3YA 5P8JA 5P2UA 4YDGA 1YT9A 4DFGA 1C6XA 4Y4ZA 1LYAA 3BVBA 5P14A 5P0SA 1RL8A 4NJVA 4OBZB 5P6CA 3UTLA 5P1TA 5P55A 3CKPA 5P68A 4Y50A 4IVSA 4GJCA 5JG1A 1FKNA 5P4MA 3AIDA 5P8AA 5OZXA 4DI2A 2ZHTA 4PHVA 5P1DA 2VJ9A 2AVSA 3NDXA 5P0DA 2FGVA 3BUFA 5COOA 4S1GA 3S43B 1SMEA 2AOCA 5P2VA 5OZAA 5P4DA 1UH9A 1FG8C 5DGWA 5P3AA 4EJ8A 3NR6A 5P4UA 3TNEA 2R3WA 3KYRA 2WECA 1BILA 4CPWA 5P4LA 1HVCA 4H3JA 1GVUA 5HE7A 4Y4WA 5P0NA 4Y3DA 2I0DA 4JPEA 4LXMA 2I4DA 1ZP8A 1ZAPA 4B1EA 5P6AA 3O9GA 4QJ7A 4LC7A 4COEA 5OYSA 3OAGA 1TSUA 3EMYA 1KZKA 2QZWA 3HBOA 4Y5GA 1A30A 1D4HA 3Q70A 5P6MA 4J5JA 5P87A 1HVKA 5PEPA 3Q5HA 2AZCA 3PLLA 1RPIA 1FMBA 2A4FA 1EPPE 3ZPSA 3PB5A 2ER9E 4XX4A 5P22A 4FGXA 3PWMA 3NXEA 5I3WA 5P67A 2RKGA 3PMUA 4H1EA 3BGBA 5P77A 5P76A 2ANLA 3VSWA 5P85A 5P0IA 4CPUA 4H3FA 2F3KA 3KDBA 5ENMA 4TRWA 3RU1A 3T7XA 5P3NA 1B5FB 5P42A 4WY6A 4I0FA 3OU4A 5HDVA 2FNTA 5P7CA 5P2HA 5DR4A 1LYAB 1AAQA 5P03A 5AH8A 3I8WA 2QP8A 5OYZA 5P06A 3DK1A 1EAGA 3BXSA 5AGZA 5P3ZA 3INEA 2RMPA 3HVGA 5P2BA 3SFCA 4NJSA 3KFNA 3S54A 1K2BA 3SM1A 3QPJA 5P3IA 5P8UA 2J9KA 4GJAA 3IVHA 2NXLA 4U8WA 2QD7A 2VJ7A 1B11A 5P8IA 3G70A 2Q3KA 5OZRA 4J0PA 2RSPA 1KJHA 2IGXA 4CPRA 4ZIPA 4Y58A 3CICA 4J54A 1D4LA 4R95A 5P1BA 5ER1E 3OUBA 5P00A 4YCTA 5P74A 5P24A 1HEGE 1FMUA 3SA4A 3FIVA 2AOEA 3NU3A 4Y6MA 5KQZA 1HTGA 1NPAA 5P2AA 4I0ZA 3KFSA 3OAGB 4I1CA 5DR7A 2VNMA 1ZSFA 5P6QA 4FM8A 3LPJA 2BPVA 3L59A 1XDHA 2Q11A 4EWOA 5P2GA 1Z1RA 3NDWA 2IRZA 2UPJA 2FGUA 4QGIA 4D88A 5OZ8A 5P1NA 5P6DA 5P4RA 4Q1WA 4Y3HA 1OHRA 3BUHA 3EC0A 5P88A 3INFA 2NNKA 2VA5A 2MIPA 2PWRA 5P1EA 4J1KA 4CPQA 1LF4A 3PI5A 2I4UA 5P6GA 1BBSA 5P3PA 5DGUA 1F7AA 3K4VC 5P1GA 5P20A 5P4NA 4Y41A 3OU1A 3ZL7A 5P5NA 3OU4B 2AVQA 5OYVA 5P75A 4OBJA 1NPVA 3O9EA 4L7JA 3OUDB 2PSGA 3VF3A 1M4HA 5P5GA 3LZYA 4YCKA 1EPNE 4LXKA 2QI7A 4NJUA 4RRSA 3HW1A 5JODA 1C6ZA 4YBFA 5P1IA 1QBUA 1EPOE 4I0JA 1IDAA 1G6LA 1RV7A 4AMTA 5P4FA 5P6KA 5P3LA 4Y5BA 4LHHA 5P4JA 1K6PA 4HDPA 1BDQA 2AZ9A 3GI5A 1BXOA 3A2OA 3PSGA 5OZQA 2V12C 2NXMA 5P2EA 5P12A 4N00A 5P15A 2G22A 3BXRA 2Z4OA 2P8HA 2FDEA 4D83A 1NH0A 4FS4A 5P5PA 1EBYA 5P3UA 1FQXA 5EZXA 1GVTA 1LEEA 3GGUA 2O4NA 1ER8E 5P5LA 2P4JA 1KJ7A 4EQ0A 1FLHA 4RCEA 4HZTA 2VKMA 1GVWA 5OZJA 5P6ZA 2G94A 1ME6A 5E5JA 2QI3A 3VV7A 5P3WA 5P1PA 3BUGA 1FQ4A 5P2LA 4B1DA 4YHQA 1T3RA 3ST5A 4B05A 4OBKA 4I12A 1A94A 3HLOA 2HS1A 4QJ8A 2FXEA 4FAEA 5OZMA 5DQ1A 5P6SA 1DAZC 2QD6A 3APPA 1IBQA 2ER0E 4Z4XA 5P4CA 4MC2A 1YG9A 3Q3TA 5P51A 2I0AA 3LPIA 1W5VA 1ZBGA 2CEJA 5P5CA 5P8NA 1PPKE 5P5ZA 5P8GA 1APWE 5P8HA 2ZJHA 4CP7A 3S7MA 3EKVA 4HEGA 5P0RA 5P3XA 5KOQA 5P50A 4OBFA 5F01A 5P7PA 5P09A 3MXDA 3OU1B 4Y48A 1B6LA 1CZIE 1YTIA 1FMXA 3GI0A 3MSJA 2BPZA 3KM4A 5P6LA 3SLZA 5OZ3A 2OHPA 5P2ZA 5P45A 2JXRA 2PC0A 5OZ0A 5I3XA 5P10A 3OOTA 3KT2A 3U71A 1GNNA 4A6BA 4DJOA 1OEWA 4GIDA 1HEFE 3NXNA 4DUSA 2QI5A 5P57A 1META 3L38A 2WJOA 3HZCA 4X2LA 3SQFA 5BWYA 3OQDA 4CKUA 1SGUA 4HLAA 4FSEA 4YCYA 1LF2A 1MERA 5P6IA 3FSMA 5P7OA 5AH6A 3DCRA 1WKRA 3IVIA 3L5EA 4JECA 5P7TA 3JVWA 4ZPFA 2PSVA 5P6VA 4D85A 4YE3A 3L3AA 1EBKC 4RCDA 5HU0A 4QJ9A 3DJKA 4GJ9A 3UQUA 5OYTA 4B77A 2PWCA 4JP9A 3K4VA 3VFAA 2FDPA 4RVXA 4DH6A 3LIVA 2A1EA 5P47A 1K6VA 3H5BA 4GYEA 2F3EA 1HPSA 5KQFA 4Z2ZA 1SMRA 4GJ8A 1E5OE 1UPJA 1ODXA 2PMAA 5OZPA 5P5VA 5OZZA 4I0DA 3PM4A 5P1VA 4DJYA 5P54A 1Z1HA 1EPRE 1UH8A 1SGZA 2HPEA 5E5KA 1FFFC 4APEA 3I7EA 4RYGA 5P1YA 5P4EA 2ZHSA 2OHUA 3OXXA 1TZSA 1HVJA 1YTGA 4Y3MA 1VIKA 1AIDA 3NUOA 2IQGA 4Y3TA 5P5HA 5P4HA 4TRYA 2VNNA 4Y57A 1HPVA 5P0PA 5C9BA 5P6EA 4EXGA 1DPJA 4F74A 4J0VA 5P7VA 2QZXA 4KE0A 4K4PA 1TQFA 5COPA 1PROA 4JPCA 5P8TA 5P59A 1NPWA 4K8SA 5P56A 1PSNA 3DV5A 5P7GA 5P1QA 2AODA 5T4SA 1HPXA 1K1TA 2AVMA 1TCWA 2H6TA 3T7QA 5P7QA 1QBRA 5P62A 3FX5A 3LIQA 4YD7A 3KMXA 2V00A 1SDTA 4Y5CA 5P5EA 3ZLQA 1QRPE 3LIZA 5HCOA 3OTSA 5P1OA 1T7KA 1HBVA 5P3SA 4GB2A 4J1CA 3JVYA 4Y47A 2QHCA 1CMSA 4Y3PA 3SABA 3HD8A 3UDMA 2QU2A 2B42A 3QBFA 1HIHA 5P3JA 3VG1A 4ZSMA 3NU5A 1OD1A 4YDFA 3L5DA 3TPJA 4DJQA 2FXDA 3URJA 5OZLA 4R93A 2RKFA 4ZLSA 1IZHA 5P8QA 5P3CA 4ZSPA 1NSOA 1EBWA 3URIA 1EC1A 5P0QA 4DJWA 5P2TA 4GJ5A 4Y36A 3QBHA 3RTNA 5P5IA 5P38A 1DIFA 5P29A 5IVRA 2G1YA 2ZE1A 4I0IA 1FF0C 5P4YA 3EKPA 5SY2A 3G72A 1MTBA 1EC0A 3F9QA 4OD9A 3MXEA 5HDXA 3KDCA 5P89A 3O9HA 5P5FA 5J25A 1B6PA 3QROA 5P7KA 5P4GA 2VA6A 2NMYA 1LS5A 3LPKA 5KOSA 5P4PA 1B6MA 1E80E 3SA5A 5P5TA 4I0HA 5I3VA 3ZPUA 3BHEA 1BDLA 1HTRB 5P8OA 4R92A 4Y45A 1E81E 5P1WA 4B0QA 5P6XA 4Y3GA 4DJXA 4H3GA 2CENA 4XKXA 4FL8A 5JFUA 1FQ7A 3FNSA 5P1UA 1DP5A 5KQYA 5APRE 2QNPA 2WEDA 1AJXA 2OHLA 3N4LA 2HS2A 2V0ZC 5P6UA 1W6HA 5P2OA 5P6PA 5P0XA 3D1XA 5P53A 3OY4A 5P28A 1SP5A 4Y4BA 4YOBA 3WZ8A 1ENTE 5DQCA 2R8NA 2OF0A 4Z22A 3SA3A 5OZTA 3NU9A 5P0GA 2QNQA 4ER4E 2PYMA 4YD6A 3PCWA 5KR8A 2FIVA 2WEBA 4L7HA 4YD5A 2G1SA 5SY3A 3UDRA 2P3AA 5P84A 4LP9A 4I8ZA 3ZKSA 4FM7A 3EL4A 1MESA 4LBTA 3ECGA 3S8IA 2OHKA 5P18A 3TOFA 5P6RA 5P8BA 2R5PA 4DV9A 2QHYA 3IXJA 3U7SA 5P3DA 5P7UA 5B18A 5COKA 2O4SA 2JYSA 2PSUA 5P07A 3OWNA 4Y5PA 3PLDA 1TW7A 4EXHA 3TKWA 1TCXA 2AVOA 5ISKA 3GW5A 5OZ6A 5P43A 5P4AA 1EC2A 5P52A 5P7MA 1RQ9A 1UH7A 1HPOA 5P0FA 4EJDA 2B60A 2P3BA 5P4OA 3UDYA 1AM5A 1GKTA 3VCMA 5KR0A 1XN3A 3UCBA 2O4LA 5P1AA 2G24A 5OZUA 4APRE 3AUPA 4OD9B 5P8LA 5P2KA 2IENA 1SDVA 4BELA 2B7ZA 3TPPA 5P3GA 4BFDA 5BRYA 4HDBA 1D4IA 5P6JA 3B80A 2AZBA 2V16C 4AA9A 1W51A 5P3TA 5ER2E 2P3CA 4Y9WA 2IS0A 5P72A 1MRXA 5OZ5A 4Y54A 5P32A 5OZIA 5OZWA 5P69A 4RYCA 5P1CA 5P8KA 5P6FA 3ER3E 5P5XA 3OUAA 2Q63A 4CMSA 4ER1E 1XL5A 3EL5A 5HD0A 1MVPA 5OZNA 4EYRA 1C6YA 5P3RA 3KFPA 3PMYA 5P3MA 2ZJNA 4EQJA 3OADA 1IVPA 1APVE 1SIPA 3HAUA 2BPWA 3GI4A 4R91A 3NDTA 2I4XA 2OHNA 3KT5A 4FAFA 3U6AA 1DW6C 3I2LA 4FRSA 4PZWA 1ZJ7A 5TOLA 2PQZA 4Q1NA 1FFIC 3OQAA 4U7VA 5P36A 1IIQA 2G1RA 1K6TA 2B8VA 1GVXA 2ZHVA 1EC3A 1QDMA 4EPJA 1PSAA 1BWBA 4Y4UA 3TH9A 3EKTA 1BIMA 4JOOA 1IZEA 3FNUA 3NDUA 2ZGAA 1FIVA 5P0EA 5P44A 3QRMA 3OGPA 4RRNA 3INDA 2R9BA 4DJRA 4MC6A 1EPME 4Y37A 5KR2A 5P26A 3TKGA 3VV6A 4Y44A 4J1IA 4OBDA 5P13A 5P7RA 2VA7A 5P60A 5I70A 4AZYA 5DQ5A 2IKOA 1YM2A 1IVQA 1MT9A 2OHMA 2P3BB 2BQVA 5P5DA 5P8CA 4IVTA 4TVGA 3ZKNA 3QP0A 5AH7A 5P7LA 5P8DA 2QI6A 2OAHA 4B1CA 4HDFA 2ZYEA 2WEZA 5F00A 4KE1A 4QLHA 3TTPA 4B00A 4Y4AA 2WF3A 2V10C 4TVHA 4Y3XA 5P3KA 3HVPA 5DR8A 5P83A 4Y4JA 3VUCA 1W5WA 2ZJMA 3IGBA 4Y5KA 5DR0A 4Y35A 2XYEA 5P2RA 3VYFA 5EZZA 3RTMA 5P27A 4A6CA 4Y4EA 2FNSA 1AJVA 1G0VA 2G1OA 3K5GA 3NWQA 5SZ9A 2G69A 5P2NA 5P80A 5P0LA 5P81A 1HSGA 3SA6A 3D3TA 5P46A 2CEMA 3R2FA 2QMDA 3OADB 4DQFA 1W5XA 3CKRA 4Y5MA 4Y43A 3QVIA 4Y3AA 3MWSA 1BAIA 5HE5A 4Q5MA 5P31A 1EPQE 2PH8A 5P4BA 3NYGA 5HCTA 3SAAA 3FV3A 2G21A 4RZ1A 3VF5A 4EHCA 5OZ1A 5CLMA 1FB7A 3TOGA 5P49A 4Y3FA 3DOXA 1WBKA 5P0MA 2G1NA 5OZEA 3N3IA 1HSHA 2WKZA 5P0UA 4ZSQA 4DQGA 1DMPA 5OYXA 2QAKA 3HDKA 2XFKA 3KFRA 4ZPGA 5P2FA 1ZPKA 5I3YA 5P5OA 5OZ7A 2R43A 3BGCA 4U7QA 3ZKGA 1HTEA 1MT8A 5P2IA 5IVTA 2IEOA 3NWXA 3OK9A 3NLSA 1HIVA 2HIZA 2P83A 6FIVA 5P0TA 2VIJA 1C70A 3EBZA 5P2XA 4L7GA 4I0EA 2UY0A 1PFZA 3QIHA 2O4PA 1D4KA 5P8VA 1GNMA 5P7WA 5AHCA 3EM6A 5OZ4A 2EWYA 4UPJA 5ENKA 2WL0A 3OOZA 1IDBA 5AHBA 3DV1A 2ER6E 4DPFA 5ISJA 5P8PA 1FGCC 4J17A 7UPJA 5P5YA 3EXOA 4Y3WA 3IXKA 3ZKIA 2I4WA 4HVPA 4HE9A 3R0YA 2ASIA 3UDHA 1HIIA 5P3FA 4Y3NA 4LL3A 3OUCA 1ZTZA 2ZHUA 2AOGA 1EPLE 5P0AA 2HPFA 2VIZA 2OHQA 4NKKA 3D91A 2NXDA 2QK5A 1MIQA 4PZXA 3R0WA 5OZSA 5P30A 1HSIA 5P2CA 3LITA 4QJ2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1F A;  3ZKM A;  1LV1 A;  2F3F A;  1HVL A;  1MRW A;  1B5F A;  2PYN A;  4WTU A;  5P3Y A;  5P8J A;  5P2U A;  4YDG A;  1YT9 A;  4DFG A;  1C6X A;  4Y4Z A;  1LYA A;  3BVB A;  5P14 A;  5P0S A;  1RL8 A;  4NJV A;  4OBZ B;  5P6C A;  3UTL A;  5P1T A;  5P55 A;  3CKP A;  5P68 A;  4Y50 A;  4IVS A;  4GJC A;  5JG1 A;  1FKN A;  5P4M A;  3AID A;  5P8A A;  5OZX A;  4DI2 A;  2ZHT A;  4PHV A;  5P1D A;  2VJ9 A;  2AVS A;  3NDX A;  5P0D A;  2FGV A;  3BUF A;  5COO A;  4S1G A;  3S43 B;  1SME A;  2AOC A;  5P2V A;  5OZA A;  5P4D A;  1UH9 A;  1FG8 C;  5DGW A;  5P3A A;  4EJ8 A;  3NR6 A;  5P4U A;  3TNE A;  2R3W A;  3KYR A;  2WEC A;  1BIL A;  4CPW A;  5P4L A;  1HVC A;  4H3J A;  1GVU A;  5HE7 A;  4Y4W A;  5P0N A;  4Y3D A;  2I0D A;  4JPE A;  4LXM A;  2I4D A;  1ZP8 A;  1ZAP A;  4B1E A;  5P6A A;  3O9G A;  4QJ7 A;  4LC7 A;  4COE A;  5OYS A;  3OAG A;  1TSU A;  3EMY A;  1KZK A;  2QZW A;  3HBO A;  4Y5G A;  1A30 A;  1D4H A;  3Q70 A;  5P6M A;  4J5J A;  5P87 A;  1HVK A;  5PEP A;  3Q5H A;  2AZC A;  3PLL A;  1RPI A;  1FMB A;  2A4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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