1ODXA

Hiv-1 proteinase mutant a71t, v82a
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKTIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structural Analysis of the Native and Drug-Resistant HIV-1 Proteinases Complexed with an Aminodiol Inhibitor
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1odxA00
4B77A 5P77A 1HVIA 4CKUA 3PLLA 1TSQA 5P56A 4RYGA 4QJ9A 5P6OA 4B70A 2IDWA 1GVWA 5P3RA 3EXOA 2AZ8A 4TVHA 1FGCC 2O4PA 1LYWA 3GI6A 4PZWA 3EM6A 3OXVA 1XN3A 3SLZA 5HDUA 1LYAA 3WZ7A 4RZ1A 1XDHA 3EL1A 5P2IA 5P59A 3EM3A 4Y5NA 5P13A 2XFJA 2NMZA 4I0DA 2VS2A 2UY0A 4J1IA 5P8CA 3TKWA 5P7YA 3S56A 2BKSA 4Y3GA 3EKPA 2HAHA 2OHLA 5FIVA 1BDQA 1OHRA 3SA9A 5P7DA 3QROA 2V00A 4RVJA 1SIPA 2APRA 2PWCA 4CPQA 2P3DA 5OZ6A 1LYWB 4ER2E 5P8JA 4J0TA 4ZE6A 5P8RA 4LXKA 1IZHA 5P3WA 1LYAB 5KQFA 2ER0E 3O9LA 4A6CA 2XFKA 5P3UA 1AJXA 5P0QA 2ZHVA 5P5ZA 1MSMA 2QI1A 5P09A 1SIVA 5KAOA 3BUFA 4Y4UA 3UDQA 3Q3TA 3L3AA 4U7QA 5P26A 2PH8A 4F73A 3OXXA 2IKUA 5P6SA 1ZBGA 4EWOA 4S1GA 8HVPA 3A2OA 5P3JA 1XS7D 4FAFA 1TQFA 5IVRA 4OBKA 4JECA 4Y39A 3L5BA 5HCTA 5P8OA 4YOBA 3IAWA 4Y51A 5P6AA 3O9LB 4YE3A 2QNNA 2ZJKA 1J71A 5P1FA 2FGUA 3VV7A 5SY2A 2VJ9A 5DR7A 5KR0A 3FNUA 1EBKC 1IDAA 2FS4A 5P7IA 5P6WA 3UQUA 1EPOE 3EBZA 1MEUA 3BUHA 5OZAA 3OHFA 1XL2A 2NMYA 4BFBA 5P27A 4LL3A 1FMUA 5P4EA 3FNSA 3WZ8A 4UPJA 2R5PA 5P39A 5COKA 3UDRA 4Y3JA 3D20A 3VEUA 3I2LA 5P3GA 1AZ5A 5P7NA 3SA5A 4Y4XA 1ZSFA 3S7MA 1TCWA 2R43A 4ZSQA 5P5BA 3R0WA 3IXKA 1WBKA 1EC3A 5DPZA 3BXRA 3RSVA 5OZNA 5P0AA 4Z50A 2ZGAA 3BRAA 3HDKA 4Y50A 5P1NA 5OZTA 1YT9A 1D4KA 5P79A 2CENA 2P3AA 2HPEA 3Q6YA 5P3PA 3T6IA 4YCKA 5P2BA 5P2OA 1HIIA 3UQRA 4ZSMA 4XX3A 3SM2A 3AIDA 2QI6A 5P81A 3IN3A 3K5DA 5P0WA 3L5FA 2HS2A 2I4UA 4I0EA 5P5LA 5HDXA 1YX9A 1MRWA 3CYWA 5P0BA 1A30A 3APPA 3T7XA 4ZPFA 4J1EA 5KQXA 5P38A 1T6EX 5P10A 4EHCA 2B7ZA 3N4LA 3VFBA 1ODWA 4NPUA 2PYMA 4X2LA 4R91A 2AOGA 1HTFA 3RTMA 1APTE 3NUOA 3S45A 4DQEA 3WZ6A 5EZXA 1SMEA 5P4PA 4DJQA 5P86A 1SDUA 1A8KA 1BBSA 4FRJA 5P31A 3SFCA 2QK5A 1ENTE 4Y5LA 3URJA 2IS0A 3QVCA 3DOXA 3H0BA 4JP9A 4Y3PA 5P2VA 1BDLA 1VIKA 4Y4BA 5P5PA 4RCDA 1UH9A 1F7AA 2P3CA 5P2SA 3BXSA 3UDKA 5P88A 4DQCA 4B05A 4XKXA 1T6GA 1K2BA 3TL9A 2NNPA 5P5TA 4F76A 1EC0A 2P83A 1HVLA 4Y4EA 5P8SA 1PSOE 3EKVA 4OBDA 4Y3MA 4JPCA 5SZ9A 4GJBA 3O9FA 2QI7A 5P63A 3QPJA 5P1VA 4AMTA 1EBYA 5TOLA 1MESA 5HVPA 5P4AA 3PWMA 1D4YA 2PMAA 4OC6A 5OZ8A 5JFPA 3VYFA 3GI0A 3NU9A 2A1EA 5OZBA 2HIZA 5P32A 3EKQA 5DQ1A 5P5EA 4NJSA 5P55A 1MERA 5P4HA 1APUE 4Y9WA 1GNMA 1APVE 5I70A 4Y3TA 5P3QA 5P28A 2F8GA 2BPVA 3NSHA 4N00A 5ENMA 4ZLSA 5P4MA 5P8BA 1FKNA 2OAHA 3TPPA 1APWE 4D85A 5P73A 4BEKA 2G69A 4OC6B 3IXOA 5SXNA 3TPJA 2BB9A 4L1AA 2B8LA 3CYXA 3K5GA 5P5NA 2R5QA 3UDPA 1FQ6A 5P4XA 5C9BA 3NU3A 4L7JA 3SKFA 5P24A 1UH8A 5OZQA 1GNNA 5P4YA 3PCWA 4TRZA 3PI5A 2G1NA 5P1DA 1AM5A 5P85A 2ZYEA 3O9IA 3S43A 2O4KA 3BC4A 3VV6A 5P6RA 1QBRA 3KN0A 1Z8CA 1FQ4A 4L1AB 2A4FA 4Q5MA 2I4XA 3OXCA 1FQ8A 4YA8A 1FIVA 5P8AA 4Y3RA 5P75A 4D83A 5P06A 1MUIA 5P4VA 2QZXA 1A9MA 5P3EA 4KUPA 3OAGA 2IKOA 1GNOA 1D4IA 2QI0A 4Y3DA 4KB9A 4B1DA 4EJKA 5HCOA 3L5DA 3KA2A 5OYZA 6APRE 2V13A 3K1WA 1W6HA 5P83A 4DFGA 5P4GA 3VSXA 2V10C 3UFLA 5P0FA 1E5OE 4RRNA 4EP2A 5P7FA 5KQZA 4I11A 5B18A 5P6BA 1W5WA 1ZPKA 4HVPA 3ZPTA 4F74A 5BWYA 1HSGA 4BELA 2ZJMA 5P1XA 3SA4A 3OAGB 1NPAA 3NDTA 2QP8A 2AVVA 3URLA 1ODYA 5P1WA 3VCMA 5P05A 4YD3A 3L38A 3LHGA 1K1TA 3HVGA 3O99A 1EBZA 1HTRB 5P8FA 4B72A 1YTHA 2AVOA 3JVYA 5P4QA 5P6PA 9HVPA 3NXNA 1KJ4A 1LV1A 3VF7A 2R3WA 5P4IA 1IZEA 1TZSA 5APRE 3T7PA 4EJ8A 1LF4A 5P2AA 1AIDA 5P3VA 5P74A 3IGBA 2PYNA 1HPVA 1SBGA 2V11C 3EKXA 2QZLA 3QRMA 4FAEA 1C6YA 5P62A 3I6OA 5OZCA 3ZKXA 4DPFA 1ZP8A 3T3CA 4BFDA 5ISJA 4Y3EA 2JJJA 5P5XA 3KFPA 1QDMA 1SMRA 2V12C 2VIYA 2WF1A 1SP5A 3Q4BA 4R93A 5COPA 4LBTA 3KFNA 5F00A 3G72A 2Z54A 3TPLA 4EQ0A 5P5YA 1HIVA 3O9GA 5P02A 5DQ5A 1AVFA 1YM2A 5P1QA 4I0ZA 4PEPA 5OZVA 4NPTA 2QMFA 1ZAPA 3S54A 2I0AA 5DQ4A 2G94A 3AUPA 4CPXA 4DJUA 3ZKGA 3QAAA 4Y5KA 3Q5HA 3QRVA 2WKZA 3OQFA 2HM1A 4XX4A 3TOFA 5AHCA 5P78A 2AZCA 5P0GA 3IXJA 1RPIA 3ER5E 3N3IA 5OYRA 3OUAA 3U7SA 1HPOA 5OZ3A 5P4DA 2QU2A 4DQBA 5P0HA 2G1SA 5P2KA 5OYUA 5P7OA 1QBTA 3NU5A 5P4BA 2XYEA 3VLAA 3SA8A 1HWRA 3DK1A 1Z1RA 5SY3A 2G1RA 4CP7A 5DQCA 4FSEA 2BQVA 5P6ZA 5P14A 5P1BA 4J17A 5P25A 2AOFA 4KE0A 1AAQA 4I0HA 1HVJA 5P1EA 4DQHA 2IRZA 4DJOA 1EPLE 2BJUA 1SDVA 4CPTA 1BV9A 2AODA 4ER4E 3U6AA 5KOQA 2AOEA 5P8KA 5P12A 5OZIA 5OZYA 5C9FA 1IBQA 4RLDA 4D88A 3JVWA 2QD7A 3OQKA 4PPHA 5OZGA 5P7KA 1FEJC 2QI3A 5AHBA 4NJUA 1ER8E 4I8WA 4R92A 2IEOA 1RQ9A 5P00A 1PPME 5P60A 5P22A 5P4FA 3SA7A 3JW2A 3IVIA 2AZ9A 1GVUA 5P2ZA 3SO9A 2VA7A 4Y4AA 3VYDA 1M0BA 5P8QA 4FL8A 4FE6A 3UQXA 5P2LA 1QRPE 3URIA 1U8GA 1G2KA 2IGXA 5P8HA 2IQGA 3KMXA 3R0YA 4YDFA 3DV5A 3HZCA 5P0RA 2QD6A 3OTYA 5P8LA 2RKGA 4GJCA 5OZKA 4MC9A 2FDEA 5DGWA 5P51A 5P2MA 5P5RA 2Q5KA 2VNMA 5BRYA 1K6TA 4Y35A 1YTJA 4J55A 2NPHA 3OOTA 5P04A 3ST5A 3CIDA 2QMDA 1YTGA 2PSUA 2JXRA 3SAAA 2O4NA 2R8NA 2CEJA 2AQUA 2I4QA 3BHEA 2ANLA 3MSLA 4Y38A 1HPSA 3APRE 5P6JA 5ENKA 1KJ7A 2FMBA 5P0SA 3UDMA 5P5MA 5P8IA 3TOHA 3LIQA 5P50A 1HIHA 3INHA 1K2CA 1PPKE 1D4JA 5P8GA 3NDUA 4YDGA 1HTGA 2RENA 1BILA 1SGZA 3S8IA 3INEA 5P1JA 2QI4A 3PEPA 4R95A 5P82A 5P5OA 2ZJIA 3TOGA 3OUDB 1D4LA 3KDDA 5P6QA 2WEDA 2QMPA 3BVAA 5P2UA 1DAZC 4LHHA 3EL5A 2WF0A 4GJ5A 5P2GA 5P2WA 4CMSA 2PK5A 2O4SA 3EMYA 4RCFA 3TTPA 3O9AA 4YHQA 3D91A 2UXZA 3BGCA 3DCKA 3PB5A 5P5IA 2QD8A 1FQXA 4TRYA 1FB7A 2UPJA 3VF5A 2G22A 3UFNA 5P72A 4Y53A 4Y5GA 4I0IA 3VF3A 2O4LA 1BWBA 5KOSA 2V0ZC 2R9BA 2QAKA 5P5VA 2FDDA 4ZSPA 5P3YA 3L59A 3OQDA 4RGHA 4I0FA 2ER9E 3I7EA 2IL2A 3EC0A 3ZKQA 3RSXA 2G20A 4Y4JA 4Y56A 1OD1A 1W51A 1UH7A 4RROA 2AIDA 5P6KA 3TLHA 4NKKA 5P1UA 5P7ZA 3CIBA 4Q1NA 5E5JA 3KYRA 3PRSA 5OZHA 3VFAA 3DV1A 4J54A 5OZ1A 5P0OA 2FIVA 3ZOVA 2QHZA 1QBSA 5P5DA 2AVSA 4PYVA 2P3BA 5P18A 5J25A 2H6SA 5P0EA 3CMSA 5P3ZA 3OU4A 4Y44A 5P7AA 4FGXA 5P8NA 4HDPA 2WF3A 1C6XA 2XFIA 5ISKA 5P3TA 4B78A 3ZLQA 4YD7A 4IVTA 5CLMA 5F01A 1E80E 3ZKNA 4J0ZA 1LZQA 5BS4A 1W5XA 2JE4A 4FM6A 1AXAA 5P7RA 5P2DA 3ZPSA 2P3BB 2OHPA 5P7PA 4Z4XA 3OUBA 4ZPGA 3OU4B 5P5SA 4EP3A 5OZUA 2AZBA 5P0IA 5P2TA 5P4ZA 5P4UA 5P5GA 1ODXA 5P1OA 5P7MA 5P03A 3NDWA 1XE6A 1ZPAA 1MTRA 5P23A 5P7WA 1W50A 1FLHA 1G0VA 4GJ8A 3OUCA 2B7FA 5P2RA 3DM6A 3LPJA 1EPPE 5P1GA 5AGZA 5P45A 5P15A 5P52A 5P1SA 4CPRA 1G35A 1OEXA 4QJ8A 6FIVA 5P7HA 3EL9A 3KF0A 2ZJHA 1BVGA 5P29A 1PROA 2G21A 5P35A 5DR0A 4Y3AA 5P5HA 3EL0A 4DUSA 5P0XA 5OYTA 4QJ7A 4Y3XA 1GVVA 4GYEA 1TCXA 4COEA 3PI0A 2EWYA 2VIZA 4LAPA 3NR6A 5P2EA 3KM4A 5P3BA 4DPIA 1YM4A 3G70A 5P4LA 5P6MA 5P0MA 1IVPA 1TSUA 5P4NA 1QBUA 2OHRA 4EYRA 3KDCA 2PSGA 3H5BA 2BPZA 4I0JA 3IVHA 5P0UA 4QLHA 1B6JA 2WEBA 5OZ4A 3MWSA 5AH9A 2RSPA 5P1ZA 1D4SA 3EL4A 3NWXA 4JOOA 3QBFA 2NXDA 3TPRA 1BV7A 5P4RA 5P4CA 1IIQA 5P6DA 3FSMA 3RTNA 2ZHTA 4DI2A 3TKGA 1YTIA 3BVBA 5P8TA 4Y3SA 2FNSA 3KMYA 1FF0C 3R4BA 2PWRA 2ZHUA 2Z4OA 3PSYA 3GW5A 5P3SA 1FG8C 5DR3A 3OU1A 2NNKA 3ZPUA 4Y4WA 1DIFA 1XE5A 4J0PA 3CICA 2QMGA 5P6VA 3R1GB 5P2NA 3ER3E 5OYSA 5P53A 1GVXA 3PBZA 1FG6C 2ZJNA 1HRNA 1SGUA 5P6XA 3VG1A 3DJKA 4Y58A 4HDBA 1RL8A 3PSGA 1UPJA 5OZSA 3OQAA 4K4PA 5P0VA 2G1YA 4Y5MA 5P3NA 4I12A 2G26A 3PVKA 4FRKA 3OU1B 3OADA 1FQ7A 3PWWA 1B6PA 4IVSA 1D4HA 2I1AA 1K6CA 4YD4A 3CKPA 5P0ZA 3LITA 4B0QA 1B11A 1BIMA 3MXDA 4Y4TA 5P7JA 4J5JA 4OD9A 5KR1A 4D89A 3EKWA 4Y5BA 5P3MA 1HXWA 4Y5EA 2NXLA 4FSLA 4APRE 2H6TA 2WL0A 3UF3A 5DR8A 2BPYA 5P84A 5OZDA 5P46A 3FKTA 4MC2A 5P7EA 4K9HA 3LPKA 4OBJA 3OADB 3VYEA 1HEFE 4Y54A 5P7XA 4AA8A 3DCRA 5P3HA 4HZTA 4H3IA 3C9XA 5P3OA 3QRSA 4DJXA 1SDTA 4OD9B 4Y3QA 2AVQA 1DP5A 5P2FA 2ASIA 5P5FA 3T11A 1T3RA 5P4WA 4DV9A 2QNQA 1HBVA 5P6IA 1B5FA 1A8GA 5P57A 1WBMA 5P6LA 3IA9A 3F9QA 5OZZA 2QI5A 5P7TA 3WB4A 5OZEA 4GJ9A 2BKTA 2F3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B77 A;  5P77 A;  1HVI A;  4CKU A;  3PLL A;  1TSQ A;  5P56 A;  4RYG A;  4QJ9 A;  5P6O A;  4B70 A;  2IDW A;  1GVW A;  5P3R A;  3EXO A;  2AZ8 A;  4TVH A;  1FGC C;  2O4P A;  1LYW A;  3GI6 A;  4PZW A;  3EM6 A;  3OXV A;  1XN3 A;  3SLZ A;  5HDU A;  1LYA A;  3WZ7 A;  4RZ1 A;  1XDH A;  3EL1 A;  5P2I A;  5P59 A;  3EM3 A;  4Y5N A;  5P13 A;  2XFJ A;  2NMZ A;  4I0D A;  2VS2 A;  2UY0 A;  4J1I A;  5P8C A;  3TKW A;  5P7Y A;  3S56 A;  2BKS A;  4Y3G A;  3EKP A;  2HAH A;  2OHL A;  5FIV A;  1BDQ A;  1OHR A;  3SA9 A;  5P7D A;  3QRO A;  2V00 A;  4RVJ A;  1SIP A;  2APR A;  2PWC A;  4CPQ A;  2P3D A;  5OZ6 A;  1LYW B;  4ER2 E;  5P8J A;  4J0T A;  4ZE6 A;  5P8R A;  4LXK A;  1IZH A;  5P3W A;  1LYA B;  5KQF A;  2ER0 E;  3O9L A;  4A6C A;  2XFK A;  5P3U A;  1AJX A;  5P0Q A;  2ZHV A;  5P5Z A;  1MSM A;  2QI1 A;  5P09 A;  1SIV A;  5KAO A;  3BUF A;  4Y4U A;  3UDQ A;  3Q3T A;  3L3A A;  4U7Q A;  5P26 A;  2PH8 A;  4F73 A;  3OXX A;  2IKU A;  5P6S A;  1ZBG A;  4EWO A;  4S1G A;  8HVP A;  3A2O A;  5P3J A;  1XS7 D;  4FAF A;  1TQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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