1ODYA

Hiv-1 protease complexed with an inhibitor lp-130
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Aspartic protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Toward a universal inhibitor of retroviral proteases: comparative analysis of the interactions of LP-130 complexed with proteases from HIV-1, FIV, and EIAV.
pubmed rcsb
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1odyA00
2IKUA 5P51A 1FQ4A 3IXJA 3OUDA 3VG1A 1KJ4A 3LZVA 3K1WA 4I12A 5P0KA 4FRJA 5P8BA 2VS2A 5P1AA 2FXDA 4OBFA 1D4LA 3OADB 1HVCA 5EZXA 4Y3NA 1K2CA 2WL0A 5P6RA 3HW1A 3KFPA 2XFJA 2P4JA 1FQ8A 5P7WA 4ZE6A 5P8SA 2ZJKA 5P0BA 3S45A 5P3IA 3EKPA 5DR8A 1FFFC 5C9BA 5P0EA 1EPLE 4Y3TA 4GIDA 4R93A 1AXAA 5P5YA 4OC6B 1DAZC 4Y5NA 5P1OA 2QMDA 4DVFA 2BBBA 5P8DA 5OYWA 1EPPE 4EP3A 2O4PA 1G0VA 4Y36A 5P66A 3CIBA 5P6YA 4ZSRA 2G1RA 3OQFA 5P4FA 3S54A 1FQ5A 5OZ9A 2HB3A 4F75A 3MSLA 3FX5A 1IZIA 4BFDA 2V16C 2QMGA 3PI5A 4Y3QA 5P3FA 5P4DA 3SKFA 4TRYA 3GGVA 5APRE 5P0MA 2QI4A 3UPJA 2G21A 3D1ZA 5P6TA 3GI4A 4BEKA 3VLBA 4DQFA 1LF2A 4Y4XA 3O9IA 2Q64A 5OZZA 3INFA 4H1EA 5OZQA 3NUJA 3LHGA 2VIEA 4LAPA 2R43A 2P3CA 5OZFA 3K4VA 2NPHA 3Q5HA 2FXEA 4J0VA 3OUCA 5P03A 4PPHA 2NXDA 2IENA 5P6PA 2FLEA 3EM3A 2IDWA 4EP2A 3S2OA 1VIKA 1TCWA 3PSYA 5P38A 2QI5A 4BELA 1FMXA 3TOFA 5P7JA 5P1CA 4HEGA 5P4EA 4OBZB 3K4VC 4NJUA 2Q63A 4J0TA 5P2OA 3ZPSA 4Y39A 4K8SA 5HTZA 4CPRA 1EPOE 4D83A 2H6SA 1YM2A 2G1NA 2QI6A 4HE9A 5DQ4A 3LPKA 4DJXA 5DQ1A 4Y5PA 1D4HA 3QRMA 3UDHA 1ZP8A 3PLDA 4WY6A 1NPVA 4N00A 2ZJHA 3G6ZA 5IS4A 5P1TA 5P2UA 4HDFA 1DIFA 1XN2A 1E81E 5P29A 4Y4WA 4L7GA 3WZ6A 1IZHA 5P6UA 5P5IA 2VJ6A 4R92A 5JFPA 3ECGA 5ER1E 5OZ8A 4J1HA 3Q6YA 3ZKGA 2XYEA 4I11A 5HE7A 2G27A 5P0XA 5P7AA 4ZIPA 1LS5A 5P72A 5P1FA 4Z22A 3ZL7A 5P1YA 2HS1A 5P7TA 3O9BA 1NPAA 5P3CA 2V13A 2OHPA 5P4TA 3DCKA 1LYWA 5P8RA 5COKA 3SACA 2R5QA 1U8GA 2QK5A 2I4QA 1M4HA 4TVHA 2RENA 5AH9A 5I3WA 3KYRA 1META 3D1YA 3OAGA 5OYQA 1HSGA 5P69A 3QBHA 5OZAA 1XL2A 3OGPA 5J25A 3CKRA 4DJYA 2WKZA 2IS0A 5P71A 1G35A 2HIZA 1MEUA 5P19A 5P54A 5P50A 4FAFA 3QRSA 4GJAA 5P5WA 4QJ7A 5P74A 2NMZA 2OHTA 1B6MA 2OHQA 1W5WA 2PQZA 2PH6A 3FNSA 2BQVA 3KF0A 3K5GA 4PEPA 1RPIA 5P32A 2VJ7A 5HCTA 5P0VA 2QNQA 5DR1A 1FEJC 4RGHA 5P7ZA 3DM6A 3ER3E 1C6ZA 3LZSA 5OZNA 3NLSA 3NUOA 3HLOA 3O9FA 5JODA 4Y35A 5KQXA 2RKGA 4Z4XA 1TSUA 3OQ7A 4JOOA 3NYGA 1K6TA 5P2LA 1YG9A 4J1IA 5P1LA 2JXRA 1HOSA 3S8IA 2NXLA 1ZSRA 3KDBA 3PMUA 4DQHA 2WF3A 2RMPA 5OYRA 2OHUA 3ST5A 5KQFA 4QJ2A 5P5SA 5AHAA 5KOSA 3R1GB 4Q1XA 2JJIA 3Q70A 3OOTA 1B6LA 1SP5A 5P0FA 5TOLA 5ER2E 3IVHA 4Y4DA 1MT7A 3UDPA 3SABA 3O9EA 5HD0A 2IL2A 5I3VA 4D89A 5AH7A 2IQGA 4FM6A 3CMSA 5C9FA 4U8WA 4J0ZA 4M8XA 1ZLFA 5OZMA 3EKWA 2AQUA 3UDNA 1HVSA 1XE6A 2B8LA 1IVPA 1FLHA 4I1CA 3OU3A 5P4KA 5P5CA 3HVGA 4DQGA 1Z8CA 3OU1B 1BAIA 3EKXA 4QJ9A 4XX4A 3D91A 3O9HA 2ZJIA 1EAGA 1DP5A 3WSJA 3ER5E 5P57A 3IAWA 2EWYA 1A8GA 5P0ZA 4L1AA 3UDKA 4RCFA 5P3YA 1FG6C 3BHEA 4EHCA 5P35A 1HPSA 1EC1A 5JG1A 2HB2A 3VFBA 5P6XA 5OZ1A 3OTSA 3L5FA 2PH8A 5P56A 1EBZA 2FIVA 1W6IA 5P8VA 3TPLA 4IVTA 4Y3SA 3UCBA 5P6ZA 4HVPA 4J5JA 5P8FA 5P7HA 5OYXA 3VYEA 2BKSA 5P0GA 5HDVA 4NJTA 2QNNA 3LIYA 5P7SA 1YTHA 4Y53A 3BUGA 3S43B 5P2YA 4NPUA 2HC0A 2G26A 5IE1A 4LXAA 5P4QA 3UQRA 5P5UA 2AVQA 5OZ2A 1B5FB 3NU5A 1HPXA 5OYVA 3S7LA 4D88A 5P3XA 2QHYA 3FKTA 5I3YA 4OBKA 2WF0A 1LF3A 5P25A 4I0DA 5P61A 2FNTA 2V12C 2WF2A 3GW5A 3KFRA 5P6CA 3F9QA 5P37A 2A1EA 5P17A 4TRWA 1PSAA 2P3BB 3FIVA 3NR6A 5P24A 5KR0A 3PHVA 2AOIA 3C9XA 4BFBA 3VEUA 2FDDA 3MXEA 3OHHA 4Y5LA 2R3WA 3EC0A 5P8KA 3PWWA 4MC2A 5P01A 3UQUA 2PWCA 5IVSA 1PSNA 3OADA 2P3DA 3IN4A 2V0ZC 2QCIA 5I3XA 3IA9A 2RKFA 2QZWA 4CPSA 4OBHA 3NU4A 5P52A 3BXSA 1ER8E 5P15A 1ZSFA 2Z54A 4EYRA 1XE5A 4ZPGA 3ZKMA 4GJ7A 2G24A 1HSIA 2QP8A 1FF0C 5P7FA 4Y54A 4PZWA 2BPVA 3LZYA 4CPXA 4OC6A 4Y3AA 3DOXA 3OTYA 4K9HA 5P4OA 3OUBA 3GI5A 2ZYEA 2VNMA 3R0WA 3NU6A 4B05A 2NTRA 3UDMA 3JVWA 5P2QA 4R91A 1T7JA 4UPJA 5HCOA 5P6BA 2P83A 5P5MA 4Y5GA 4Y3JA 5P2RA 2UXZA 3L5CA 4R8YA 3KN0A 3T7QA 5P1HA 2QZXA 5P8JA 2AVOA 4I0HA 2P3AA 5C9DA 1Q9PA 2AOCA 4B1CA 1W5YA 1FIVA 3CYWA 2PSGA 4EJLA 1MSNA 1FQXA 1HEGE 5P89A 2OHSA 1DPJA 1HVHA 5P0JA 4DV9A 4EXGA 5P11A 1YT9A 2FGVA 5AGZA 2Q55A 1PROA 5OZ7A 3ZPUA 3HVPA 1GVWA 2WHHA 4YBFA 5P1XA 2ZHTA 1ZTZA 2UPJA 3SFCA 5P4SA 2OHRA 5P60A 5P4PA 5KOQA 3VFAA 3QRVA 2RSPA 1QBUA 1M0BA 5P7MA 1XL5A 5P76A 1SDVA 3GI0A 2ER6E 1PPME 1QS8A 1BWBA 3SPKA 2ZE1A 4F73A 3LIVA 3BUFA 5SXNA 3EL9A 5P0OA 4QGIA 5COPA 1OHRA 1UH9A 4YA8A 3APPA 2A4FA 3PVKA 5P5FA 3T7PA 4F74A 1D4SA 1E80E 2XFIA 4EWOA 5P14A 5ISJA 3KMYA 3EMYA 5OZTA 1K6PA 4PHVA 4OBZA 2G1YA 2QHZA 4QJ8A 5HE4A 4DQEA 5P67A 4Q1YA 2ANLA 5OYSA 4ZSQA 5KQYA 5PEPA 5IVTA 1AVFA 2BPZA 1ME6A 3OQKA 2PK6A 4OBJA 5P2NA 2QI1A 3CKPA 4ZSMA 5P2WA 4HDPA 1MSMA 4YHQA 4Q1NA 3TOGA 2IRZA 5KR1A 3QAAA 1RL8A 1AM5A 1RV7A 4GJBA 4NPTA 5P1UA 5P0WA 4APRE 3U6AA 4Y41A 2Q15A 5P3GA 3H5BA 4Y43A 5P2EA 3PJ6A 5P6QA 2FGUA 4RLDA 2B7FA 5P8OA 5P5ZA 5OZWA 5DGWA 5OZDA 3ZKXA 2F3KA 2QAKA 1HVIA 3S53A 2XFKA 2ZJLA 4Y5MA 2ZGAA 1B6PA 1BWAA 5DR0A 3VV7A 4Y3EA 4RYCA 3PCZA 3RVIA 1OEWA 5P2BA 4Y45A 5HE5A 2QD7A 1PSOE 2QZKA 1ZPAA 3SQFA 2OHMA 5P7KA 3O9AA 3HAWA 3KA2A 5P7PA 4DPIA 5P4ZA 3ZKQA 5P6KA 1E5OE 4OBDA 2VIJA 3PBZA 5F00A 5P1GA 5P5XA 4CPTA 5AHBA 6APRE 2CEJA 5P3ZA 3JW2A 1MTBA 2ZHUA 4DPFA 3WZ8A 4Y4EA 3ZKNA 3HDKA 5DR3A 5P73A 5P7GA 1D4IA 1YTGA 5OZVA 4Y3YA 4I8WA 3FSMA 1IIQA 1BDLA 5P5LA 2B8VA 3OQDA 5P6VA 2VA7A 3A2OA 5P3PA 3O9CA 1FGCC 5P6HA 4FCOA 2BPYA 3NSHA 5P6FA 3VF3A 4KE1A 4GZFA 3IGBA 5P02A 5P4NA 5P3RA 1NH0A 4DH6A 3KDDA 5P23A 3DUYA 3IN3A 4J0PA 4M8YA 2J9JB 2Z4OA 4CP7A 3O9LB 2ASIA 3PI0A 4FRIA 1LYBB 4RVJA 4YCTA 1WKRA 5P0CA 4JECA 2NXMA 4J1KA 3PRSA 3PMYA 3EL5A 4B72A 5P78A 3EL0A 3SA7A 4I0FA 1APWE 4LBTA 4A4QA 5P0AA 3K5FA 1GNMA 3TKWA 1KJ7A 5SY2A 3DV1A 5P2SA 2ZJMA 5P7EA 4AA9A 5SZ9A 2QI7A 4YD6A 2NNKA 4H3GA 4L7JA 4YD7A 1W5XA 1EPRE 2WEBA 5P83A 2O4LA 5P05A 3ZKSA 3HZCA 4FS4A 1BBSA 2JYSA 2QU3A 4QJ6A 3DV5A 3SA5A 2ER0E 5P7LA 4ZPEA 2MIPA 4Y4UA 2G94A 3MXDA 4Z2ZA 3OU1A 3SA9A 2I4XA 2JE4A 3DCRA 5P0PA 3OQAA 2UY0A 1MPPA 3BVAA 2WEZA 1GVUA 1BILA 2PK5A 3EM4A 3EXOA 3LZUA 5KAOA 5P77A 1T6GA 3URJA 5P2DA 4DJRA 1VIJA 1A9MA 2V10C 1SGUA 4D85A 8HVPA 2ZHRA 2FDPA 2O4KA 3INDA 1HVKA 5OZBA 3VF5A 3UQXA 5P45A 5P3HA 3APRE 3BC4A 4Q5MA 5P68A 1BDRA 1Z1HA 5P6MA 5P4MA 3T6IA 3OUAA 4IVSA 5P8GA 1HXBA 1JLDA 3O99A 3BXRA 5P26A 5OZLA 3OGQA 1CZIE 4CPQA 1W5VA 2G20A 3S43A 3QVIA 5P5GA 2R9BA 2O4NA 4PZXA 5P3DA 1APUE 2QI0A 3Q3TA 1B5FA 4GMIA 2PYNA 2B7ZA 2PSUA 1MIQA 1YTIA 1T7IA 1ZAPA 5OYTA 5P47A 5P4IA 2ZJJA 2V00A 5P7RA 1RNEA 2Q5KA 3VYFA 1K1TA 2QU2A 3PM4A 5P6AA 4GJ8A 5E5KA 4AZYA 4Y48A 1XDHA 4NJSA 2P3BA 4Y4GA 4B70A 4EJDA 3M9FA 4QLHA 5P16A 3PWRA 1LYAA 3LIZA 4MC6A 3B80A 5P75A 1HVRA 2HB4A 2IEOA 3SA4A 5P2VA 3NXEA 4Y47A 2HS2A 5P7YA 5P2JA 2ZJNA 1HPOA 2QMFA 2O4SA 2WF4A 3NU3A 4Y3FA 3TPRA 2B42A 1HVLA 2QD8A 4S1GA 4ER1E 2ZHSA 5P7CA 4B1EA 3KFNA 5P8MA 2FDEA 1LF4A 1B11A 1EC0A 5P42A 5DQ5A 1IDBA 4HDBA 1FQ6A 4PYVA 3SM1A 2R38A 5P07A 4J55A 1SIVA 1FKNA 4X7IA 4YBIA 2AODA 5P41A 2WEDA 1G2KA 5P06A 4XKXA 3INHA 4J1CA 5P0YA 1HXWA 5ENMA 3D1XA 3B7VA 4FE6A 1GNNA 2Q54A 4J1FA 4CPWA 4I8ZA 5OZJA 5P88A 5P3OA 5P3TA 2IGXA 3KDCA 3NWQA 1SMRA 5P5RA 3G70A 3LPJA 2HM1A 3HBOA 1YTJA 2I0DA 2I4VA 3OXVA 1YX9A 5KR8A 4OBGA 3PSUA 1FG8C 3CYXA 2OHLA 3IXOA 4DFGA 3DJKA 1ZBGA 1GVTA 3UDYA 2VIYA 4RZ1A 5P5PA 5B18A 3KFSA 4I10A 5P4BA 4LHHA 4RYGA 1CMSA 4RRNA 2VA6A 3KT5A 1LZQA 2G69A 2CENA 2QD6A 5HU0A 4RCDA 2F8GA 3NU9A 4X2LA 2OHNA 1MVPA 5P6NA 4Y50A 1LEEA 3UFNA 5OZEA 4GB2A 5COOA 5P4RA 1MT9A 4A6BA 4D8CA 5P1IA 1MTRA 3K5CA 1MESA 3URLA 4Y44A 3S56A 4U7QA 5OZUA 5ENKA 5DPZA 1TZSA 3LIQA 5HVPA 1UPJA 5P8QA 4Q1WA 5P87A 5P79A 5I70A 3QP0A 3DK1A 3PB5A 5P0SA 5P0RA 1AJXA 3UFLA 1F7AA 5P0QA 3L3AA 1MRWA 5DR4A 5P8PA 3RSXA 1NSOA 1G6LA 4YCKA 2QMPA 1TSQA 4F76A 4APEA 1ODWA 3SA8A 1FB7A 5DGUA 5P4VA 1RQ9A 4RRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IKU A;  5P51 A;  1FQ4 A;  3IXJ A;  3OUD A;  3VG1 A;  1KJ4 A;  3LZV A;  3K1W A;  4I12 A;  5P0K A;  4FRJ A;  5P8B A;  2VS2 A;  5P1A A;  2FXD A;  4OBF A;  1D4L A;  3OAD B;  1HVC A;  5EZX A;  4Y3N A;  1K2C A;  2WL0 A;  5P6R A;  3HW1 A;  3KFP A;  2XFJ A;  2P4J A;  1FQ8 A;  5P7W A;  4ZE6 A;  5P8S A;  2ZJK A;  5P0B A;  3S45 A;  5P3I A;  3EKP A;  5DR8 A;  1FFF C;  5C9B A;  5P0E A;  1EPL E;  4Y3T A;  4GID A;  4R93 A;  1AXA A;  5P5Y A;  4OC6 B;  1DAZ C;  4Y5N A;  5P1O A;  2QMD A;  4DVF A;  2BBB A;  5P8D A;  5OYW A;  1EPP E;  4EP3 A;  2O4P A;  1G0V A;  4Y36 A;  5P66 A;  3CIB A;  5P6Y A;  4ZSR A;  2G1R A;  3OQF A;  5P4F A;  3S54 A;  1FQ5 A;  5OZ9 A;  2HB3 A;  4F75 A;  3MSL A;  3FX5 A;  1IZI A;  4BFD A;  2V16 C;  2QMG A;  3PI5 A;  4Y3Q A;  5P3F A;  5P4D A;  3SKF A;  4TRY A;  3GGV A;  5APR E;  5P0M A;  2QI4 A;  3UPJ A;  2G21 A;  3D1Z A;  5P6T A;  3GI4 A;  4BEK A;  3VLB A;  4DQF A;  1LF2 A;  4Y4X A;  3O9I A;  2Q64 A;  5OZZ A;  3INF A;  4H1E A;  5OZQ A;  3NUJ A;  3LHG A;  2VIE A;  4LAP A;  2R43 A;  2P3C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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