1OEWA

Atomic resolution structure of native endothiapepsin
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title Atomic Resolution Analysis of the Catalytic Site of an Aspartic Proteinase and an Unexpected Mode of Binding by Short Peptides
pubmed doi rcsb
total genus 89
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2003-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1oewA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1oewA01
5P8KA 4GJBA 1DIFA 2OHKA 5P4FA 4Y6MA 2I4VA 1EC1A 5P3CA 1FF0C 1BXQA 5P09A 3UHLA 4ZSPA 5P1NA 5P50A 4EJKA 4DJVA 4J1IA 3UDJA 3BXSA 1K6PA 1IBQA 1LYBB 5KQFA 5P16A 1PPKE 4GMIA 3LIQA 5P8FA 3VYDA 5P4XA 5P8AA 4FSLA 5UPJA 3RTHA 3O99A 8HVPA 5P38A 3NDUA 1W5YA 1HVIA 3ZKQA 4D88A 2VA6A 1SBGA 2PQZA 3UQPA 5P3WA 1SIPA 3S7MA 3KMYA 1MUIA 3UFNA 2QMGA 2QU2A 4Y4ZA 3EBZA 4CPXA 3D1XA 5P67A 3QAAA 5P1GA 1EBWA 5PEPA 4RCEA 4QJ9A 5P3NA 3APPA 1CMSA 2CEJA 3B80A 5OZ0A 5P5SA 1UH9A 2HPEA 2OHTA 3NWQA 1ZP8A 3EM6A 3GI6A 5ISJA 4CPSA 3IA9A 5P0JA 2VIYA 4K4PA 5P2NA 4J55A 5P7EA 1HXBA 3H5BA 2XFIA 4Y58A 3D3TA 5P8NA 4HDPA 5IE1A 5HDZA 4Y5EA 4A6BA 4RYCA 5P6RA 1MEUA 2OHUA 3WZ7A 5P8SA 2OF0A 4Z4XA 5OZTA 4PZWA 5P6UA 5OZ5A 3FIVA 1EBKC 1BBSA 2HC0A 5P7JA 3OOTA 5P4IA 3VLBA 5P0MA 4FE6A 1OEXA 1HWRA 2NTRA 3I7EA 4FM6A 5E5KA 2Q5KA 1K2BA 1D4HA 2AOCA 4Y3DA 5P48A 1G6LA 5P8PA 4NPTA 3SQFA 1BVEA 2PSVA 1FMBA 3IVHA 3NU5A 3S43A 3HAWA 5P4ZA 5P3QA 3IXOA 2UXZA 2P8HA 4RCFA 3OUDB 3INEA 4ER1E 4EXHA 2I4WA 1PPME 4I0ZA 3URLA 4CPWA 1GVVA 1EPPE 4J0TA 2IGXA 4PYVA 2QHYA 5P5MA 3EL4A 2ZJMA 2R5QA 3EL1A 2BB9A 2O4KA 5P0UA 3I6OA 5P1SA 4DPFA 1BAIA 4GJ7A 2IRZA 3OXXA 3ZKMA 5P72A 1AJXA 5P5AA 5P73A 3OQAA 5P25A 4DJQA 3O9FA 2R9BA 4J1KA 3BGBA 4L1AA 2AVMA 4U7VA 5P8BA 5P2ZA 1FQ5A 3L58A 4Y45A 5P5KA 2ZYEA 4H3GA 4Q5MA 2PC0A 1KZKA 2JYSA 2P3DA 3L5CA 2FNTA 5OZIA 3OGQA 1SMEA 2AOEA 2BPXA 2A1EA 4FL8A 2BPZA 4F76A 5P1WA 1OHRA 3D20A 3Q3TA 3UDYA 3MXEA 1DMPA 1SH9A 4JPEA 4QJ8A 5P27A 1ZBGA 4FRIA 3KFNA 2AVOA 3WZ6A 4Y3QA 1IVPA 5HE5A 5P6PA 2XFJA 4YOAA 5P7CA 2RKFA 1DP5A 1HVRA 3GGAA 4FM8A 3PSUA 4MC1A 1EPLE 2J9JB 1K2CA 5P5VA 3SA8A 3S56A 5P37A 3NDXA 4B78A 3OADB 1QS8A 5P4EA 3GI5A 3NXNA 2OHSA 5KR0A 5P3YA 2BBBA 5P42A 4IVTA 3EL5A 1MSMA 5P4RA 2QAKA 1LF2A 2R43A 3SA5A 5P8VA 5P7VA 3N3IA 5OZCA 1B6PA 1XN2A 1K1UA 1RPIA 5DQ5A 3O9BA 1T7KA 4CMSA 1PFZA 5P4KA 4RVXA 5P2FA 3EKWA 3QN8A 4H3JA 2AZBA 5P1FA 4ZPGA 3LIVA 4Y3HA 2NXLA 3K1WA 4D83A 3GW5A 4X2LA 1WBKA 4XXSA 4K4RA 3HAUA 5P40A 1HRNA 3NU3A 4LBTA 2OAHA 5P0DA 5OZLA 4M8XA 1C6YA 4Y3RA 1HTRB 4PZXA 4CKUA 5HDVA 4S1GA 2G27A 5ISKA 4HA5A 2QI5A 2VIJA 3BGCA 5P0TA 4JP9A 5P6AA 3SM2A 4J0VA 1YM4A 5HE4A 4R93A 2ANLA 3HVGA 5P8DA 4L7GA 4OBDA 1MT8A 4QLHA 2QI6A 5AHCA 4EHCA 3LPIA 4PEPA 4LC7A 5T4SA 5P70A 2FDDA 3DUYA 1QBUA 2VKMA 4Y3FA 5P3VA 1FQXA 5COOA 3AIDA 5I3XA 1MTBA 5P6JA 5OYRA 4TVHA 2QD8A 3T6IA 4YBIA 5C9FA 3LINA 5P2MA 5P4YA 5OZHA 5P6XA 1IDBA 2APRA 2OHMA 2FDPA 5P7HA 4WY1A 4ZSMA 1SDVA 4JECA 1HEGE 3PI0A 2QMPA 5P64A 1FB7A 1D4KA 3EKQA 1KJHA 4Y43A 5P05A 4NJSA 1ZTZA 5OYXA 3SFCA 1LYAB 2VA7A 1HSHA 2WEAA 5P5WA 3PGIA 1D4SA 1G0VA 1NH0A 1HIIA 4Q1XA 5P5FA 2ZHTA 5P2AA 4F75A 4CPTA 5OZ2A 3DCKA 4Z50A 3UF3A 3OAGB 5OZ8A 5P1RA 2FXDA 3OGPA 2G24A 1ER8E 1BXOA 1MT9A 5DR1A 2V11C 4KE0A 3MWSA 4RYGA 2ZJJA 2G21A 5P1QA 3PBZA 1QRPE 3QBFA 4FM7A 5P7YA 5P4TA 4Z22A 4HE9A 2BPVA 1MERA 5P43A 3OY4A 3KFRA 3IXKA 3EC0A 1RNEA 5DQ4A 3UTLA 2VIEA 3TOHA 5P0QA 5P23A 4R95A 4F73A 4YCYA 4GJ8A 3VFBA 5P2OA 4J1CA 1HPXA 2PSUA 1HVHA 2WF0A 4EQ0A 3VV8A 5P3KA 5P8JA 1YM2A 2FXEA 1F7AA 4H3FA 4Y36A 1YT9A 4GB2A 5P0AA 5P0CA 3HD8A 1EC0A 4B1EA 5P61A 3INHA 4UPJA 5P8HA 5COPA 5P69A 4WY6A 3L5EA 3NR6A 5IVTA 3PVKA 4FRSA 2AIDA 3UDMA 4ZPFA 5P0FA 3ZKGA 1GNNA 5P7WA 5P78A 3EKYA 2ZJLA 3EMYA 1B6MA 2O4SA 5P4CA 5P65A 2O4PA 5P0RA 5AGZA 1GVXA 5OYTA 4I0FA 5DR7A 5P2GA 2NXDA 1IDAA 5OZ9A 4CPUA 5P5ZA 4YE3A 2FDEA 3SAAA 2AOHA 5P51A 5DQ1A 1C6ZA 3GI4A 3U7SA 3ZKSA 4NPUA 3CIBA 5OZKA 1FQ4A 3PHVA 3S2OA 2P3BA 3OHHA 4J0YA 2R5PA 1FGCC 3UDQA 4Y35A 3PEPA 2AZ8A 4Y4EA 3QROA 3SA3A 4GJ6A 1HPSA 3FV3A 4LP9A 4NJVA 2JXRA 5P85A 1PSAA 5P8OA 2PYMA 4OBZA 5P89A 3ER5E 4I0DA 4OC6A 2IKUA 3Q70A 1ODWA 4APEA 2ZJIA 4LXMA 2AVSA 2WL0A 1HEFE 5P4UA 3R1GB 5P1XA 4LAPA 1FQ7A 3F9QA 5CONA 1QBRA 1LF3A 1TSQA 5P7FA 1ZSRA 4K4QA 3UDNA 1HVLA 3LIXA 5P7OA 3CMSA 1MRXA 2ZHVA 5P5XA 2HPFA 3GGVA 4HVPA 4FIVA 4RLDA 5KR1A 5P3FA 1FKNA 2AZ9A 5KOSA 4R91A 5P5JA 5P8LA 2F3KA 3UQWA 5P4SA 4RVIA 5OZOA 4OD9A 2CENA 5P5LA 1XS7D 2AOGA 5P2JA 4Y4DA 5P6ZA 2G20A 3LITA 5P1TA 1B5FA 3FNUA 3BUFA 5KQZA 4H1EA 3S45A 3QRSA 1FFFC 3N4LA 3KA2A 3VFAA 2BJUA 3VG1A 5P34A 1ZPKA 4ER2E 5P4JA 3NUJA 3FNTA 5P87A 5AH7A 4OBJA 1KJ7A 5P33A 4FAFA 2AOFA 2V16C 4A4QA 3IN4A 3R4BA 4YCKA 5HDUA 3UDRA 2V10C 1HHPA 5I3WA 1YG9A 2Q15A 3IN3A 3INFA 3U71A 3PB5A 1FLHA 1EBZA 3G6ZA 5P0EA 2QK5A 4Y9WA 4LXAA 5P5IA 2VA5A 3OQDA 3ZL7A 3K5DA 1TCXA 5AHBA 4Q1YA 4B05A 1MESA 5JODA 2QI4A 5P7KA 5DGWA 1E80E 1LYWB 4FSEA 3K5CA 3DJKA 1SIVA 2QD6A 3FNSA 2IENA 5P1UA 5P3AA 3Q4BA 4Q1WA 4DPIA 4WTUA 2WKZA 3CKPA 5P12A 4EJDA 3SA4A 1BVGA 1EC3A 4Y3JA 4HDFA 3EL9A 2ZDZA 3EM4A 5P1OA 1AVFA 1SDTA 5P7SA 3UFLA 5SZ9A 1META 1FMUA 1DAZC 3B7VA 3O9IA 5OZGA 3O9AA 4YD6A 5DR8A 2OHPA 3ECGA 4Y50A 2PH6A 2Q3KA 5P86A 3ZMGA 5P2CA 4GJ9A 2QI3A 2F8GA 5P76A 3UDPA 1B6JA 1HPVA 4Y5NA 5P8UA 3UPJA 1K6VA 5P5UA 5P5GA 2AZCA 2VS2A 4YCTA 3O9EA 2F3EA 1HVCA 5P2VA 3OQKA 5HDXA 1A8GA 2ER0E 5P6OA 3O9LA 3NUOA 1E5OE 1EPQE 4Y5MA 5P3GA 5P5EA 1BWAA 2SAMA 3OXVA 5P0LA 1TW7A 3SA9A 4U7QA 5P3RA 3SPKA 5KQXA 2B7FA 2QP8A 5P2EA 1VIJA 5P7MA 1CPIA 5P3UA 3D91A 2FIVA 4U8WA 3UCBA 5P1MA 5HD0A 5P03A 2ZHSA 4NJTA 3O9CA 2VIZA 4GJCA 3CYXA 3BUHA 4J1FA 4J1EA 4MC6A 4A6CA 2HS1A 3LHGA 4D89A 1MRWA 5P3ZA 3SM1A 3IXJA 2WHHA 4Q1NA 5OZRA 4PHVA 3LZUA 2Z4OA 3VF5A 1IZEA 4Y3MA 1QBSA 5P5DA 3ZPUA 1QBTA 3SA6A 3DV5A 4YD7A 5P1VA 3VYFA 4EQJA 4TRWA 1PROA 4D8CA 2HAHA 3ZKNA 4I11A 5FIVA 5P80A 4AZYA 4DUSA 5P59A 4Y51A 2NMYA 4YOBA 2BPYA 5P4VA 3QS1A 4OBFA 1T3RA 2G1OA 4M8YA 1NPVA 3VF7A 3D1YA 5P1CA 5P1ZA 3UDHA 5P14A 5P07A 1HOSA 3L5DA 2ZHRA 4Y4AA 1FFIC 3ZOVA 1E81E 5P3HA 3UQRA 1HSGA 5OZFA 2PWRA 5P62A 3VYEA 1SMRA 5OZZA 2AQUA 3VSXA 5P8MA 4KB9A 3O9DA 4D85A 2NMZA 2QZXA 1Z8CA 4Y53A 5I70A 4DJRA 5OYWA 5P1DA 3LZYA 3OU4A 3NWXA 1W6HA 3KT5A 5HVPA 5HE7A 3PWMA 5P2RA 5P30A 5P4OA 4CP7A 4Y37A 5P7NA 3SKGA 4OBHA 5P45A 5B18A 4Y3GA 5P44A 5AH9A 4BFDA 5P1YA 1J71A 6UPJA 3SLZA 2HM1A 3RVIA 5P17A 4XKXA 3OUCA 3ZKIA 5KR8A 5P68A 1M0BA 4GZFA 3PCWA 5P6NA 1ZPAA 4DJPA 1TCWA 3SACA 2Q11A 1FQ6A 4Y3NA 1GVTA 3OTSA 1BV7A 4YDGA 3KDCA 5P6YA 2V00A 4NJUA 1IZHA 2HB3A 2ZE1A 5OZAA 5P0BA 2ER6E 3HVPA 2G1YA 1BDQA 2Q54A 4Y4UA 1HTEA 1BDRA 2HB2A 4L7JA 5P7BA 5P2LA 4GJAA 3IVIA 5AH6A 4DQCA 1B6KA 2PYNA 3ZPSA 3QPJA 4EXGA 2HS2A 4IVSA 5OZ4A 5OYYA 1DPJA 1BV9A 2WF3A 3LPKA 5P0VA 1ODXA 5P4PA 3OU1A 2IQGA 5P3LA 4GIDA 5P60A 1Z1HA 3CIDA 5OZWA 4Y41A 3FX5A 3OK9A 2B8VA 2OHQA 1W50A 2CEMA 5AHAA 4Y3XA 3WB5A 4FGXA 1LYBA 1RL8A 2JE4A 2ZJHA 3PSYA 4XX4A 2WEZA 1NSOA 4K9HA 4LL3A 3HDKA 1JLDA 3NYGA 4ZIPA 5OZMA 3LZVA 2QHCA 2I4QA 4Y3YA 3S7LA 4Y4WA 3R2FA 2IKOA 5P6IA 5JFPA 4QJ2A 1A94A 4J0PA 1FG6C 4Y3ZA 3VLAA 4DH6A 1ZJ7A 2UY0A 1DW6C 4B70A 2OHLA 3LZSA 3SABA 4OBKA 3BXRA 4J54A 5P0XA 4DQEA 3PLLA 2I0DA 2I4DA 1K6TA 2B42A 5KAOA 3K5GA 2BPWA 5P11A 1GVWA 3LIZA 5SY3A 1F34A 5P32A 2FNSA 4RGHA 4I0HA 4EP3A 5P3TA 1XE6A 2PK5A 2ER7E 5P29A 1D4IA 1MVPA 4QGIA 5P0GA 3S43B 1HIHA 1OD1A 5P47A 2BKTA 4B00A 1EAGA 5P6LA 2HIZA 3NDTA 3EKXA 1MSNA 2VJ6A 5P0OA 2XFKA 4YD5A 5P2TA 2G1NA 1K1TA 5HCOA 1Q9PA 3JVYA 4E43A 2ZGAA 1D4YA 5P6BA 3IGBA 5P28A 2I4XA 2NPHA 3EKTA 2Q63A 4DI2A 4N00A 2G26A 3KN0A 1YX9A 4JPCA 3FKTA 2B7ZA 2NNKA 5P6FA 5P39A 5P1BA 4ZSRA 1APUE 3ZLQA 4Y47A 1AXAA 1LF4A 4DJUA 3TTPA 2O4LA 4L1AB 2OHNA 2P83A 5P13A 3OXCA 4CPQA 4Y4JA 5P1JA 4I10A 3UQUA 6FIVA 1ZLFA 5OZNA 5P6HA 4Y4XA 5P3JA 1UH7A 3KT2A 2QNPA 1ZAPA 5P53A 5P04A 3RU1A 3OUDA 3G70A 3KYRA 1ENTE 1LZQA 2QHZA 3R0YA 2QMFA 3CKTA 2WF2A 2RENA 1PSNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8K A;  4GJB A;  1DIF A;  2OHK A;  5P4F A;  4Y6M A;  2I4V A;  1EC1 A;  5P3C A;  1FF0 C;  1BXQ A;  5P09 A;  3UHL A;  4ZSP A;  5P1N A;  5P50 A;  4EJK A;  4DJV A;  4J1I A;  3UDJ A;  3BXS A;  1K6P A;  1IBQ A;  1LYB B;  5KQF A;  5P16 A;  1PPK E;  4GMI A;  3LIQ A;  5P8F A;  3VYD A;  5P4X A;  5P8A A;  4FSL A;  5UPJ A;  3RTH A;  3O99 A;  8HVP A;  5P38 A;  3NDU A;  1W5Y A;  1HVI A;  3ZKQ A;  4D88 A;  2VA6 A;  1SBG A;  2PQZ A;  3UQP A;  5P3W A;  1SIP A;  3S7M A;  3KMY A;  1MUI A;  3UFN A;  2QMG A;  2QU2 A;  4Y4Z A;  3EBZ A;  4CPX A;  3D1X A;  5P67 A;  3QAA A;  5P1G A;  1EBW A;  5PEP A;  4RCE A;  4QJ9 A;  5P3N A;  3APP A;  1CMS A;  2CEJ A;  3B80 A;  5OZ0 A;  5P5S A;  1UH9 A;  2HPE A;  2OHT A;  3NWQ A;  1ZP8 A;  3EM6 A;  3GI6 A;  5ISJ A;  4CPS A;  3IA9 A;  5P0J A;  2VIY A;  4K4P A;  5P2N A;  4J55 A;  5P7E A;  1HXB A;  3H5B A;  2XFI A;  4Y58 A;  3D3T A;  5P8N A;  4HDP A;  5IE1 A;  5HDZ A;  4Y5E A;  4A6B A;  4RYC A;  5P6R A;  1MEU A;  2OHU A;  3WZ7 A;  5P8S A;  2OF0 A;  4Z4X A;  5OZT A;  4PZW A;  5P6U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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