1OLAA

The structural basis of multispecificity in the oligopeptide-binding protein oppa
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title The structural basis of sequence-independent peptide binding by OppA protein.
pubmed rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 181
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1olaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1olaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1olaA02
3C4MA 3PV0E 4R75A 2UVHA 3T22A 2Q88A 1Y1ZA 1O7TA 3T96B 1LB9A 1QW0A 2XXXA 2F78A 1OLCA 2YPNA 2V25A 3H6UA 3H03A 4MF3A 1GR2A 4BDNA 1Y3PA 2Z8FA 1JW5A 2DP8A 4ZEFA 3FXRA 2DWAA 3Q29A 1ZLQA 1EZOA 1OQGA 2OLBA 2V3QA 4RPNA 5B7DA 4KR5A 3DLNA 1B40A 3U92A 4IO6A 2REGA 1NMUA 3OO8A 4F3PA 4YAHX 1LAHE 2Y7PA 3TTLA 1MH4A 5JK4A 3TDJA 2VOZA 1S50A 4R9FA 4U23A 4LZ5A 4DDDA 3VXCA 4G68C 1MQJA 1A8EA 2VD2A 4F3GA 4EDPA 1PC3A 1ZBMA 1B0LA 2XD3A 2FNCA 5EYFA 4QFPA 1QUJA 4I8CA 3OO7A 4G8MA 1MXWA 1R9QA 4O3AA 4FE8A 4GF8A 1B6HA 3VVDA 1XS5A 3FJGA 5JTYA 3S9MC 3DP4A 2NVUB 4G8NA 5L8DA 2XXQA 3FATA 3MVXA 4POWA 3TPAA 1T0KA 4JWXA 4F29A 1Y9UA 4G2ZA 2A5TB 1II5A 3Q28A 1DSNA 3SDFA 1JVYA 4NF4A 4ZZEA 3GZGA 4F39A 1ELJA 1IXIA 3MZ9A 3VXBA 4R74A 2B4LA 1B05A 1ZTYA 3T66A 3C35A 4F3BA 3TODA 2WOLA 3ONMA 2Z23A 2GH9A 1YPNA 3MVWA 2AL4A 1US5A 2QS3A 2DYXA 1MY4A 1SDXA 2ZNUA 5AE4A 2O84X 1QKBA 4FJPA 4WEPA 1MXYA 4LVQA 3TKDA 4UA8A 3O2AA 3GXAA 1PB8A 3FV2A 4PFWA 1UTBB 3IO4A 1SI1A 3VFJA 4ELPA 1LAFE 1MQGA 3RYAA 1N0TA 3KOTA 3TELA 3KZGA 2THIA 5AA2A 4ONYA 1R1NA 1A99A 4BDRA 2ABHA 2HEUA 5AA1A 4EF2A 3OOAA 1LGBC 3LVUA 4KD5A 1Y20A 3W9WA 1TFDA 4H5GA 3VE1B 3SEYA 2F5XA 3O29A 1MRPA 1LCFA 1LBCA 3K2DA 4NWCA 3M8UA 4F2QA 4QSEA 1ZU0A 3TCHA 1QKAA 4EF1A 5FTIA 4OENA 1B32A 2Q8JA 4KFQA 3H7MA 3RTFB 3T9VA 1P99A 5EHSA 1QJMA 3PPOA 3PMXA 2ANJA 2H98A 1TFAA 4ZEKA 1IXCA 4N07A 4KHZE 2XXIA 1IZ1A 1QUKA 1WVJA 1B3FA 1MPBA 2WOPA 2I0CA 1US4A 4OWDA 5TP9B 3K1NA 3RY3A 2O51A 1LAGE 1D9YA 4ZECA 3DRJA 5I2NA 3IO6A 4F1VA 2OZZA 1A55A 5DVFA 2ZMBA 3FD3A 3VVEA 2OK2A 2I6EA 1BKAA 3Q25A 4Z7EA 5HM4B 2PVUA 4RNSA 3FXUA 2PT1A 1UIVA 3FIRA 3TAJA 4EXLA 3U93A 3KEIA 4PETA 4ZEIA 3CFLA 3MWBA 3T9XB 3ILTB 1URGA 3VLWA 3MC2A 4RYAA 1P1UA 4GL8A 2DVZA 4JSDA 1J1NA 1LCTA 3OELA 3MP8A 3UN6A 1TXFA 3VVFA 5H8NB 3RGYA 3SEVA 3C31A 2O1MA 3EHUA 3MP6A 1MM7A 1VR5A 4GFRA 1FTMA 5I59B 2H9BA 4RK2A 2I3VA 1Z7NE 2Q89A 1AOVA 1FTOA 2DE3A 1DTZA 2XHDA 1NNTA 3FVKA 3OSQA 2WOKA 3S9NC 3VLVA 2HAUA 2A5TA 2AIXA 2QS1A 2NWJA 5CMMA 1IXHA 4GXAA 5ITOA 2V3UA 4GRKA 4ZZAA 4N6PA 3Q27A 1H3DA 3R26A 4Q30B 2CZLA 1PDAA 3RT6B 3TCGA 3PUWE 3FXQA 3PGFA 1N7WA 4U22A 2H99A 1NH7A 2FA7A 1XT8A 3FVNA 1GGGA 1OLAA 2XX9A 4LONB 1GVCA 5H8FA 3L6GA 4ELQA 3DRKA 1LLSA 3PD8A 3FASA 1AIVA 2DOJA 3SKPA 3HPIA 5H8QB 3H06B 3IB1A 2F7BA 2XXUA 3PU5A 3HSTA 4EQBA 1SW1A 2DXRA 1MXVA 1B1XA 1B3EA 1MPDA 4LATA 2XD2A 3U8QA 4PQJA 5H8SA 4RA1A 1NKXA 3GBBA 1B58A 4ZDMA 2Z8DA 3ILUB 1B7ZA 3RYBA 4JWOA 3K1PA 1FW0A 1FQAA 3ZSFA 4EQ9A 3B6WA 3DRFA 4K3FA 4H5FA 2CMOA 1SYHA 2B65A 1Z7ME 3V83A 1Y1MA 2UXAA 3O6HA 2V3TA 1DPEA 2RC7A 2ONRA 3PPNA 4QFOA 2F7AA 3KJ7A 4E0XA 1ZMGA 1PEBA 3IOTA 1M5FA 3BBRA 3K6XA 3OEKA 3MJNA 3FVOA 2F35A 4KCDA 3G3KA 4OMBA 3U72A 4EQ7A 2DWJA 2A5SA 3FZVA 4LZ7A 3PUVE 1A7LA 1KWHA 1Y4TA 5TP9A 4HTGA 4FATA 1PB9A 2XXRA 2GHBA 5AA2D 1OIBA 1H76A 3PUYE 1B46A 3OO9A 3IOUA 3KFMA 4AB5A 3N6UA 4NE4A 4XTCQ 4OEUA 3S9LC 3EF7A 4ECFA 4X9TA 1A54A 4GQOA 4IO2A 1JVXA 5KDTB 4NF6B 3KOSA 3IJXB 3RPWA 4FAJA 3TCFA 3O66A 3C33A 1FTKA 4GL0A 4NTLA 2O68A 4F19A 5FTHA 4TLMB 1LB8A 2OWTA 3TUSA 3OXNA 1OMPA 3EN3A 4RJZA 5M2VA 1A8FA 2PX1A 2RCBA 1B5HA 2G93A 3SEXA 5TPAB 4G77A 4OFLA 3PMWA 2X26A 2W7YA 3V8XB 5I58B 1URSA 1UTHB 3LBSA 4KI0E 5H8NA 4NMYA 2HXWA 4LZ8A 1XHYA 1I6QA 3PAMA 5H8HB 1Q1KA 3O9PA 2WKYA 3SEWA 4ESWA 4H0WA 2I3WA 1WODA 3IJOB 5TU0A 1B7HA 4FEDA 4EXKA 1YCJA 3LR1A 1GTKA 5FHNA 3FVGA 3LSXA 4MBPA 3TEPA 2ZYKA 4OFJA 4F18A 3D4CA 2F6GA 2KLFA 4H1XA 3PPQA 1SQYA 2B4MA 4ELRA 5ITPA 4C1TA 3KSXA 3DELB 2OBGA 4DXBA 4QRZA 5FHMA 2UYFA 2XXWA 1I69A 3JZJA 1QULA 1NL5A 2O7UA 2I4BA 4Q0CA 3IB0A 2UYEA 2I4CA 3ZKKA 5HBCA 3C9HA 3TTMA 5H8QA 1TWYA 3CG3A 2REJA 4NF8B 2QMXA 3CFXA 4X48A 1D4NA 4OESA 2B3BA 1SW4A 2FYIA 3OEMA 1MXUA 4YICA 5I84A 1NNPA 1YTVA 4P0IA 3VV5A 2M8CA 1H44A 1CE2A 1AMFA 3FV1A 5ELVA 3LUYA 2H4IA 3CVGA 3KG2A 2F6PA 4FIMA 5I57B 1IIWA 2PMSA 4U2RA 3LSFB 3PUZE 4RY1A 3IR1A 1PB7A 2QL3A 2IA4A 4P11A 3CR9A 2O1LA 1MDP1 3KN3A 2DS9A 3USDA 3G3IA 3UGWA 1USYE 5CBRA 4XXUA 5HPQA 3FGSA 5I56A 4F1UA 1P1QA 4U4SA 3MBPA 2O6AA 4KCCA 4FORA 5L9OA 4BLAA 3T9UA 1XVXA 4YMBA 1N7XA 4GIZA 1B51A 2QJEA 1AH5A 4IY6A 4H65A 1GV8A 4JDFA 2ESNA 1B1HA 1MQIA 3SETA 5KDTA 2DE4A 1O64A 3TYHA 3C34A 1EH3A 4IO5A 1YAEA 1EZPA 1N3XA 4DCXA 3TTKA 3VLUA 5F1QA 2HFBA 4OTEA 3KSJA 2V93A 1S9TA 4R73A 4QFNA 4RK9A 4WEDA 5CI5A 1EU8A 5TPAA 1LSTA 1ANFA 4HW8A 1JQFA 5I58A 4XKQA 1UTHA 4DXCA 5CM6A 2PBWA 3M3KA 5KCJB 1R6ZA 4IY5A 1FTLA 4F2OA 3JV9A 4JXIA 5H8HA 5DVJA 4OETA 3DM0A 3THIA 3T9HB 2XX8A 4ZE9A 2VD3A 3IOWA 2UVIA 3QUFA 3RN8A 1B4ZA 3K1MA 3G3HA 1NNKA 4LA9A 3MVZA 2QRYA 1DOTA 3N6TA 3O6GA 1MDQA 2XXTA 4OFOA 4KYDA 4DE8A 2Y7IA 1B4HA 3ZKLA 1IITA 1O63A 2QMWA 4FEBA 1FQFA 1POTA 4NF8A 3PPRA 1VFEA 5CRYA 3KJTA 4ESXA 3SESA 4YKIA 3ZS6A 4OZ9A 4QF9A 2QS4A 1I6AA 1MY3A 3E13X 2G29A 3A3CA 2VHAA 1BP5A 2XXPA 4DLDA 5CMBA 1LFGA 2XXYA 1BTJA 5DVIA 5F7VA 1Y4CA 3U94A 4EUOA 2AYSA 3O28A 5I57A 1MY1A 1ZKBA 1FQEA 2LAOA 1DPPA 4GD5A 4YKKA 1ATGA 4R72A 1UIUA 3B6QA 3E3KA 3O6PA 1PBPA 5IAIA 4R2BA 4U1ZA 1NFTA 3MAMA 1MH3A 1S7YA 4QSDA 3BFUA 1OVBA 4KYSA 3S2VA 1UTBA 2F97A 3IL1B 1M5BA 4YB5A 1H45A 1SD3A 3K0VA 2DWHA 2DE2A 2H5YA 2ZYOA 3QIMA 3HO7A 5IKBA 5I2KB 2RC9A 3B7DA 5FHOA 4XKRA 3I3VA 3QSLA 3CRBA 4C1UA 4U1OA 2Z22A 4NF4B 4YMAA 3HHGA 4F31B 3PD9A 3VDFA 4IO7A 1OQHA 3FJ7A 1B3LA 4WKMA 1HSEA 4H8IA 5CC2A 4ELOA 2Y84A 3K00A 2I0BA 2XX7A 4IB2A 4YU0A 3UIFA 3QYTA 3DP6A 5JEIA 1QVSA 4Z0IA 4N13A 1B5JA 2I58A 5EHMA 5AA4B 1HSLA 3T93B 1VE4A 2H25A 5DT6A 1TT1A 2Z8EA 3OO6A 4KPTA 3G3GA 3B6TA 4OHNA 4DZ1A 3V89B 4UACA 2ONKE 4M1VA 1OVTA 3K6UA 5AA2B 1L5TA 1M5DA 5KCJA 4O3CA 2DVCA 2HAVA 1HSJA 4R6YA 2E1SA 4WXJA 3UA8A 3H6WA 5CMCA 1MQHA 1VSOA 4FECA 1FQCA 2GRVA 5KZTA 5L9SA 3LSWA 1I6BA 2NUVA 1MXZA 3W15C 3O6IA 1IEJA 5A5XB 3PUXE 2R9JA 4C0RA 3K01A 4F1YA 3TTRA 4G8HA 3IX1A 4H6DA 3G3JA 1JEUA 4DIGA 1CB6A 3SEUA 2GHAA 4BDMA 1NNFA 4U21A 1B2HA 3LC8A 3N94A 5I59A 3ODBA 3P7IA 3BKIB 1MG1A 2RKMA 4BDLA 3E9XA 5I2NB 2X7QA 3TMGA 4JBZA 4PFTA 1Y3QA 3IB2A 5BUUA 1MPCA 2F36A 3MZBA 2P2AA 4BDQA 2DWIA 3PMVA 3Q26A 3M3LA 3UORA 3MVYA 1ZJLA 1LAXA 4YZZA 1LFIA 3D4GA 1IQ7A 2YLNA 2Y7KA 2OCUA 3IAZA 4NEDA 4IGRA 3O97A 4R2FA 5BWJA 4TLLB 3E4RA 2Q2CA 4ND9A 3R7XA 2QS2A 4ZS9A 4POXA 3RNNA 2YJPA 2HQ0A 4LUBA 1A40A 1WDNA 2ZNSA 4OEVA 3RUMA 3N5LA 4OERA 2D5WA 4DCYA 4GWOA 3H6VA 4AB6A 1P1WA 5I2KA 4RPOA 3H6TA 4MFIA 3UK4A 4Q5TA 2HCAA 3K4UA 1R9LA 2PT2A 3MQ9A 3F11A 3KN7A 5ISUA 1IXGA 1D9VA 3TTNA 4IO4A 3K02A 4YB7A 4DXUA 4JSOA 4NF5B 2AL5A 3HV1A 3CHGA 2NXOA 5H8FB 3KGCA 4MH5A 4O3BA 1NH8A 2ZXTA 5AA4A 4AQ4A 2R71A 4R9GA 3RTWB 1B0HA 1JETA 1JNFA 5DEXB 3OENA 1XVYA 1SW5A 2ZYMA 4HCYA 3A09A 3KN8A 3K6VA 4I9DA 3KBRA 1N76A 2DQVA 4QFLA 3CIJA 3MW0A 1UQWA 2NOOA 2I48A 1RKMA 1SBPA 2V84A 4PFYA 1M5EA 3G7WA 4LQ5A 2Q2AA 1EZ9A 1B9JA 3TQWA 4NF6A 5B70A 3OD7A 1FQBA 2VGQA 2D3IA 1FQDA 3MP1A 1H43A 1FCKA 1N04A 4GXSB 4M4GA 1URDA 2F7CA 4OQOA 4X1DA 3FUZA 5J1DA 1B3GA 1QUIA 3CI8A 1P1NA 5A5XA 3HN0A 3HCQA 1PBQA 4XKPA 3PPPA 4THIA 3C32A 4KYEA 3EQ1A 3S4UA 3H4ZA 1VFDA 4G4PA 3QUJA 3MZ1A 4LQ2A 4OYVA 4F3SA 4X1BA 4H67A 4OVJA 1D3KA 5CMKA 1XOCA 3FJMA 3RT8A 2RC8A 3CFZA 4MLQA 1RYOA 3AXFA 4LP2B 1MXXA 3C36A 3MUQA 4G68B 5AA3A 2ONSA 2QSXA 4P0GA 2O7IA 3MPKA 2ZYNA 3A3UA 4F22A 4I62A 1N3WA 4NWDA 3EHTA 4BDOA 3I6VA 1LBBA 2Q9TA 1USYH 2QPQA 2HZLA 3L6HA 4RXLA 1DMBA 3G3FA 1MY2A 1B7UA 5ICTA 2D21A 2PYYA 4HS7A 2RF1A 2UVGA 2VP1A 4E0WA 2OJTA 5L9MA 5ICQA 3DP8A 4PP0A 4GLIA 2Y7WA 2I49A 3RLFE 5LOMA 1F9BA 2B3FA 2UVJA 2DXYA 1XC1A 5K2XA 1JW1A 4ZEBA 4IO3A 4L17A 1MY0A 2P0SA 5K2YA 4QFKA 1IUDA 1SW2A 3TZAA 4YKJA 3FTOA 2GFEA 2RINA 3U1OA 3I5OA 3TFLA 2IEEA 3DRHA 4I1DA 3LSLA 4NF5A 1B3HA 1MS7A 2P1SA 1N84A 4ISUA 4JWYA 5JTYB 1AL3A 4KQPA 3N26A 4XIGQ 4HCWA 1SI0A 4TOZA 3H3GA 1POY1 1RYXA 2F34A 3WAEA 3JYRA 3EHSA 4H8JA 4QSCA 4PFUA 2XXVA 2DSFA 3UP9A 5DYHA 3QK6A 3GLBA 3EPEA 4GVOA 5DEXA 3DRGA 3MPLA 3CG1A 4ZE8A 4MLVA 2ALUA 4XKNA 4JB7A 1SVXB 4ZEDA 2E0SA 3IORA 4PE5B 3RQTA 1M5CA 1ZIUA 2ZNTA 3IOVA 1B52A 1BIYA 3BFTA 1FTJA 3V5AA 2RCAA 1MM6A 2OWSA 1DTGA 3QXMA 5DTBA 3R6UA 3SERA 1JW4A 4IGTA 2Y7RA 3WAFA 3CSBA 2F8DA 4YKPA 2HZKA 4OXVA 3GBAA 1Q35A 3TQLA 3HHFA 3IK6B 3K6WA 4U4XA 1MQDA 2XXHA 5CBSA 1LFHA 3S9EA 4R6HA 4TQUQ 3ECRA 5I56B 3QAXA 1B5IA 1P1OA 3CSGA 1SYIA 4GOTA 2X7PA 3OMBA 4YB6A 3M3FA 3OSRA 3W9VA 4G68A 1JEVA 3DRIA 4R6KA 2R6GE 2O69A 1BLFA 2BJJX 4QHQA 1Y3NA 4Q8RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C4MA 3PV0E 4R75A 2UVHA 3T22A 2Q88A 1Y1ZA 4GBVA 1O7TA 3T96B 1LB9A 1QW0A 4KXPA 2XXXA 2F78A 1LBYA 1OLCA 4NX1A 2PFYA 2YPNA 2V25A 3H6UA 4I3EA 3H03A 4MF3A 1GR2A 4H45A 4BDNA 1Y3PA 2Z8FA 4NN3A 4FBPA 1JW5A 2DP8A 1DCUA 2L5VA 2DDKA 4ZEFA 3FXRA 4X8RA 3LV0A 2DWAA 3Q29A 1ZLQA 1EZOA 1OQGA 2OLBA 2V3QA 4RPNA 5B7DA 4KR5A 3DLNA 1B40A 3U92A 4IO6A 2REGA 1NMUA 3OO8A 4F3PA 4YAHX 1LAHE 2Y7PA 3TTLA 1MH4A 5JK4A 1YYZA 3TDJA 2VOZA 3T1BA 1S50A 4R9FA 4U23A 4O7IA 1FPGA 4N6KA 4LZ5A 4DDDA 2ZZXA 3VXCA 4G68C 1MQJA 1A8EA 2VD2A 4F3GA 4EDPA 1FBHA 1PC3A 1ZBMA 1B0LA 2XD3A 2FNCA 4OVRA 5EYFA 4QFPA 1QUJA 4I8CA 3OO7A 4G8MA 1MXWA 1R9QA 4O3AA 4FE8A 4GWSA 4GF8A 1B6HA 3VVDA 1XS5A 3FJGA 5JTYA 3S9MC 3DP4A 4PFIA 2NVUB 2HXRA 4G8NA 5L8DA 3EKIA 2XXQA 3FATA 3MVXA 4POWA 3TPAA 1T0KA 4JWXA 4F29A 1INPA 1Y9UA 2XWKA 4G2ZA 2A5TB 4XF5A 1II5A 2HPGA 3Q28A 1DSNA 3SDFA 4MNIA 1JVYA 4NF4A 4ZZEA 3GZGA 1ELJA 4F39A 1NI9A 1IXIA 3MZ9A 3VXBA 4R74A 2B4LA 1B05A 1ZTYA 3T66A 3C35A 4F3BA 3TODA 2WOLA 3ONMA 2Z23A 2GH9A 1YPNA 5ET7A 4N15A 3MVWA 4MNCA 2AL4A 1US5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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