1OLAA

The structural basis of multispecificity in the oligopeptide-binding protein oppa
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
b'ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of sequence-independent peptide binding by OppA protein.
pubmed rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Binding protein
total genus 181
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1olaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1olaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1olaA02
3H7MA 4KQPA 4F3PA 2HFBA 5DVFA 3PV0E 4TLMB 2RC9A 4OXVA 1NH8A 1B4ZA 5F1QA 4DCXA 2PMSA 1I6AA 2XX8A 3CG3A 4KD5A 1MQDA 1MH4A 4UACA 4P0IA 4YKPA 5CC2A 1GVCA 1N84A 4YB6A 1QULA 3MP6A 3C9HA 4R9GA 1MXZA 1EZ9A 3CFXA 1AMFA 3PUVE 5A5XB 4P11A 4MF3A 3TDJA 1B05A 4ZDMA 4MFIA 4ZE9A 1A8FA 2UXAA 3MWBA 1Y1MA 2H98A 4M1VA 4LUBA 5EHSA 1SYIA 3M3LA 2DWIA 5CRYA 3KJ7A 2W7YA 4IO2A 2DOJA 5AA4B 4JB7A 2THIA 2NOOA 4JBZA 5CMKA 3UA8A 2F5XA 3TELA 5H8NA 2NVUB 3TUSA 3E4RA 4NF8A 4ISUA 4FORA 5K2XA 1B5JA 2V93A 4DE8A 3EPEA 3TZAA 4DLDA 1MY2A 4U22A 2QSXA 1B5IA 1OQHA 4BDQA 1FQFA 5DVJA 2HEUA 1MQGA 1IZ1A 2QRYA 3MP1A 2GHBA 3H6UA 1H3DA 3K1MA 1FTKA 3N6TA 1B9JA 1DTZA 4ESWA 3A3UA 1ANFA 4OHNA 4DXCA 1VR5A 1SQYA 3KOTA 3TCHA 3TKDA 4LA9A 2XX9A 4PP0A 3TTRA 4POWA 1N0TA 5ITOA 2ONRA 4BDOA 1N04A 3PGFA 3TQWA 4ZS9A 2DSFA 3KN7A 3OO7A 3HCQA 4PFUA 4YZZA 4GIZA 5FHOA 2DE4A 3IK6B 2QS3A 3TPAA 4L17A 4R73A 1R1NA 3OEMA 3VVFA 4FE8A 3TTKA 1S7YA 3U94A 4ELOA 2REGA 3EHSA 4F1VA 4EUOA 3IB2A 2RF1A 1PDAA 3VXCA 4K3FA 5I56B 4G4PA 5ICQA 4N07A 2HZLA 4RXLA 3V83A 3K02A 4OERA 2XX7A 3O6IA 4WEPA 2Z8FA 2XXYA 4ECFA 3FVKA 3TODA 1UTHB 3B6WA 2F6GA 1WDNA 3U8QA 1P1OA 3LVUA 1UTBA 5CMMA 2Z8DA 5LOMA 3PUXE 2Y7KA 4XXUA 1B3HA 4R6KA 4IGRA 1B58A 3O28A 2I4CA 2VD3A 1POY1 4JWYA 2UYFA 4R6HA 1DMBA 4G8NA 3KEIA 5I58A 2FYIA 1IXHA 2PYYA 2Q9TA 3EHTA 2F7CA 3UN6A 2PX1A 2DWAA 1LAXA 1B3GA 1MY4A 3LC8A 1Y3NA 1URSA 2ESNA 2I3VA 3EF7A 4Z7EA 1NMUA 1P1QA 1UIUA 2X7PA 2I6EA 1TFAA 1J1NA 2ZYOA 1N7WA 4G68C 3G3IA 1MXXA 1B46A 3B6QA 1N76A 3KJTA 3EHUA 2P1SA 1USYE 3FD3A 2YLNA 5H8SA 3G3KA 1LAFE 2O1LA 1VE4A 5CMCA 3SEVA 1A99A 3M8UA 2OWSA 1NNKA 1P1UA 3FV1A 1MPCA 3RYBA 1QKAA 3S9NC 1AL3A 1XHYA 4OYVA 3Q27A 2FNCA 4HCYA 4X9TA 2O7IA 1M5FA 1OIBA 4U2RA 3K0VA 4HCWA 3N26A 3GZGA 3K01A 1B3FA 2ZNSA 4UA8A 2OBGA 4XKNA 2DYXA 3CFLA 3O66A 5DEXA 3FJMA 3C33A 3B7DA 1KWHA 2Q8JA 2Z8EA 1QUJA 4NMYA 3C4MA 1FTJA 4QHQA 4NWDA 5L9MA 2E0SA 5IKBA 3L6HA 4H5GA 1URDA 4OESA 1Y1ZA 2WOLA 3PPRA 1MXWA 4ZEFA 4Q30B 3S9EA 4MLQA 2V3UA 2H4IA 4AQ4A 3DM0A 4GVOA 1A55A 4X48A 1MXVA 2B4MA 1JQFA 2M8CA 2ALUA 3H6TA 1TT1A 2HXWA 2XXHA 1SVXB 5JTYA 2ONKE 3IB0A 3VFJA 3KOSA 3S9LC 3HSTA 5DTBA 3ONMA 4C1TA 1ZMGA 3PPQA 2B65A 5KDTB 2O84X 2WKYA 4PETA 4OENA 4NF4A 4OZ9A 4JSOA 1LFHA 4QFKA 4BLAA 4BDLA 2XXUA 4NF6B 1WODA 1B52A 2E1SA 4YAHX 4LVQA 5I2NB 1OMPA 2QMXA 4YKJA 3IO4A 4FEBA 5FTHA 3M3FA 2O6AA 3A3CA 1DTGA 3VXBA 3FUZA 1SW2A 1A40A 1TXFA 3K4UA 4ZEBA 2V25A 3BFUA 2UVGA 3PUZE 4GLIA 1JETA 1BIYA 2B3FA 5H8HB 1FQCA 1TWYA 1NH7A 4ZEKA 4OEUA 3K00A 5A5XA 3T96B 3KFMA 2Y7WA 2AIXA 1ZU0A 3UP9A 2V84A 3SKPA 4R2FA 1MDQA 1YCJA 3KZGA 4GXAA 4NTLA 3B6TA 4KR5A 3IORA 4JWOA 3O6GA 3T9XB 1PEBA 1IUDA 3EQ1A 4DXBA 1US4A 3N94A 1B7UA 1GR2A 4JSDA 5AA4A 3MAMA 1B7ZA 1MRPA 4U1ZA 1B1XA 2I49A 1LFGA 4MH5A 4JDFA 4JXIA 1N3WA 1RYXA 3CIJA 4FAJA 1Y20A 3KSXA 4ZZAA 4YKIA 3RNNA 1LBBA 3CSGA 5I2KA 1FTLA 3JZJA 3PMXA 3IX1A 1MS7A 2VGQA 1URGA 1PB7A 3PD9A 4ZEIA 1ZLQA 4LZ8A 2HAVA 3JV9A 3THIA 3L6GA 2GHAA 3BBRA 2QPQA 2OLBA 1O63A 1R9QA 3LR1A 4EDPA 1LSTA 1QUKA 2DQVA 1YPNA 3H06B 4XIGQ 3PU5A 3GBAA 3E13X 4OFLA 3TAJA 5AA2B 5H8FB 3G3GA 4GF8A 3O2AA 3T22A 5H8NB 3LUYA 4KHZE 4NF8B 3OELA 1MQHA 4XKQA 3I6VA 1NNTA 1JNFA 2NUVA 1LGBC 2O7UA 1LB9A 5TP9B 3ZKKA 2ZXTA 4IO4A 3DP6A 2KLFA 3MW0A 3FATA 4PFTA 3ZKLA 4BDMA 3RN8A 2DXRA 1OQGA 4GFRA 5ITPA 3H3GA 5I56A 4E0WA 1MG1A 3QYTA 3CHGA 3MPLA 5H8QB 1XS5A 2XXIA 1MQJA 5KCJB 2PBWA 3QUFA 1NKXA 1JW4A 3UIFA 1SBPA 4ONYA 1MPDA 3TMGA 1Z7ME 5TPAB 2ABHA 3Q26A 5CBRA 4G2ZA 1OVBA 1B6HA 2DVZA 4X1DA 1VFDA 1POTA 4MLVA 1GTKA 4ELQA 2R71A 3IOTA 1PC3A 2F97A 1I6QA 2A5TA 2AYSA 1EZPA 5DVIA 3CI8A 3TTLA 1RYOA 1Y9UA 1LAHE 2HCAA 1IXGA 2P2AA 2X7QA 3FTOA 3CR9A 4H5FA 2IEEA 3KG2A 1B2HA 1EZOA 3OMBA 4R6YA 3DRFA 1MXUA 3T93B 4KYDA 3PMVA 1B0HA 2H99A 4BDNA 4G68B 3ILUB 1IQ7A 1FTOA 4GL0A 4HTGA 3K6WA 5AE4A 4BDRA 5DT6A 3QIMA 1B0LA 4RJZA 4O3BA 3HHGA 5BWJA 4IO7A 3SETA 2AL4A 1HSEA 3OO8A 4PFWA 2HZKA 3IO6A 1LLSA 1B1HA 4LONB 2FA7A 1QKBA 3U92A 1NNPA 1UTBB 4KPTA 4YB7A 4QSDA 2NWJA 3IR1A 3LBSA 1SDXA 4QFLA 4QFNA 4EXLA 5EYFA 1NNFA 1AIVA 2LAOA 1FQAA 1NFTA 4WXJA 1R9LA 4H65A 2Q89A 4QSCA 5B70A 3DP4A 3G7WA 3KN3A 1B3EA 3KN8A 4QF9A 2F7AA 3E9XA 3RYAA 5I58B 2B3BA 3O29A 1SD3A 1XVYA 4U23A 4Q8RA 2F6PA 1LAGE 1IXIA 4IGTA 4Q5TA 1BTJA 4F18A 4RYAA 4GD5A 1MDP1 3R26A 3RY3A 2AL5A 3MZ9A 2VP1A 2WOPA 1ZIUA 3WAFA 1T0KA 5JK4A 3KBRA 4YMAA 3BFTA 4QFOA 3VE1B 4F1UA 1DPPA 1GGGA 2D21A 1XVXA 5HBCA 4KCCA 4JWXA 1II5A 4RPNA 2OCUA 3S9MC 1SW4A 5I59A 1SI0A 3K1PA 4IB2A 4F31B 4U4XA 2RINA 4H0WA 4WEDA 1LCFA 3IOVA 2Y7RA 3FXQA 3EN3A 1IEJA 4Z0IA 4LATA 1B7HA 1LCTA 5I84A 4F2QA 3QSLA 2RC8A 4OQOA 3TEPA 2UVIA 2I3WA 3FJ7A 1QUIA 2F7BA 3H6VA 3MVYA 3VLVA 4POXA 1LB8A 5I57A 2A5SA 1LBCA 3MPKA 5AA2D 3T66A 4ZE8A 3FVNA 1MY3A 4FATA 2G93A 4ELRA 1M5CA 1FW0A 2OWTA 4ND9A 5DEXB 1RKMA 3K6VA 5L9OA 4OETA 2H9BA 2CMOA 2I0BA 4HW8A 4GL8A 5KDTA 1S9TA 4EXKA 2D3IA 1DOTA 1A7LA 3N6UA 1S50A 1MY0A 4YKKA 4YU0A 3OXNA 1ELJA 1Q1KA 3DRIA 3SDFA 4IY5A 3VVDA 3MZBA 3O6HA 2X26A 4AB5A 5I2NA 3OOAA 1M5EA 4N13A 4U1OA 3U72A 3OSQA 2DWHA 3CRBA 3Q28A 1Y3PA 4I9DA 1QW0A 2UVJA 4NF5B 2OJTA 2GRVA 3DRJA 1LFIA 2ZYNA 3ZS6A 4OTEA 3MVXA 4F3GA 1Y3QA 1M5DA 4OFJA 3LSXA 4TQUQ 3QAXA 3IJXB 3VVEA 3H4ZA 4KYEA 1MM6A 4ZEDA 3ODBA 2VOZA 5JTYB 3QUJA 3RTFB 5IAIA 4RNSA 2I58A 3F11A 4THIA 4YICA 4ELPA 2DE2A 2DE3A 3C31A 4GRKA 1H76A 5DYHA 3RLFE 4GXSB 1OVTA 2R9JA 1SW1A 3OO6A 1B5HA 5CMBA 4P0GA 1D9VA 1O64A 4NF4B 2GH9A 1OLCA 2UYEA 4EF1A 4I1DA 3HHFA 3D4GA 2B4LA 2OZZA 3Q25A 3CVGA 3GXAA 1NL5A 3OENA 3E3KA 1IITA 2DVCA 3BKIB 4F2OA 3W15C 5HPQA 4DCYA 1L5TA 2REJA 2DWJA 4FEDA 3DRKA 2XXPA 1EH3A 4H67A 4R2BA 4DXUA 3M3KA 2DXYA 4C0RA 3RT8A 1QJMA 4H1XA 1P1NA 4H8JA 3FIRA 4F3SA 3FJGA 4DZ1A 4OVJA 2VD2A 2Z23A 1R6ZA 4QSEA 3S2VA 3HPIA 3FASA 2Y7PA 1Y4CA 1AOVA 2Q2AA 2ANJA 4HS7A 4KFQA 1JW1A 3CG1A 3U1OA 1CB6A 4G8MA 4PQJA 1OLAA 3OD7A 4DIGA 3SEXA 2F35A 2YPNA 3LSLA 5AA2A 5H8FA 2F78A 3MC2A 4ZECA 4Q0CA 1MXYA 4KI0E 1XT8A 5ISUA 4NE4A 3ZSFA 5TP9A 2VHAA 5FTIA 4RPOA 3Q29A 1UIVA 2QJEA 5CBSA 2YJPA 1FQBA 5CM6A 1DSNA 3HN0A 4F1YA 3A09A 2ZNUA 5HM4B 3MZ1A 3FV2A 1GV8A 3H03A 5I2KB 1US5A 3IAZA 4O3AA 3USDA 3ECRA 1BLFA 2XHDA 5M2VA 2ZMBA 1SW5A 5H8QA 3FXRA 1TFDA 4IY6A 2XD3A 3V89B 5KCJA 2XXTA 1JW5A 4AB6A 5J1DA 3UK4A 3PUYE 3VDFA 3G3HA 2G29A 2ZYMA 3K6UA 5AA3A 3IL1B 3IOWA 4YMBA 4LQ5A 3MJNA 5TPAA 2F34A 2XXWA 4GQOA 2Q88A 2IA4A 1P1WA 4X1BA 1ZBMA 3I5OA 4EQBA 2O68A 4G77A 3RTWB 2I0CA 3R6UA 3RGYA 3LSWA 1ZJLA 2PVUA 1UTHA 3FVOA 1BP5A 4OFOA 2V3TA 4RA1A 4R75A 3CFZA 4KYSA 1H43A 1H44A 3VLWA 2XXQA 3SESA 3MVWA 2F36A 3TTNA 1H45A 3T9VA 1HSLA 2XXXA 4FIMA 4XKRA 3MQ9A 1JEVA 2QS1A 1XC1A 1PBPA 3RUMA 5L9SA 2O1MA 3PAMA 4MBPA 4G68A 2GFEA 1JEUA 1UQWA 1XOCA 3SEWA 5BUUA 3V5AA 4R74A 4E0XA 2CZLA 2RCBA 3DRGA 3O9PA 3C32A 1B32A 4QFPA 4OWDA 3FGSA 3N5LA 5FHNA 4WKMA 4RY1A 4GWOA 1PBQA 1B40A 2QS4A 2HQ0A 1IXCA 2PT2A 3DRHA 2XD2A 4LZ7A 2ONSA 1SI1A 2O51A 5CI5A 3K6XA 2I4BA 3DELB 2A5TB 3P7IA 2D5WA 3TCFA 2HAUA 5B7DA 1USYH 1FCKA 1N7XA 3RQTA 1Y4TA 3QXMA 3QK6A 3CSBA 3G3FA 3IJOB 3D4CA 3K1NA 1MY1A 1DPEA 2Y7IA 1D4NA 2XXRA 1Z7NE 3H6WA 4ZZEA 3PMWA 5EHMA 1ZTYA 2Y84A 4XTCQ 3MBPA 4H6DA 3MVZA 3TQLA 1SYHA 3SERA 3SEYA 2NXOA 3TTMA 1D3KA 1MQIA 1A8EA 4F39A 4IO6A 1B51A 3ILTB 3TFLA 3PPPA 1FTMA 5FHMA 3LSFB 4H8IA 4PFYA 3VLUA 3MUQA 1IIWA 3AXFA 4RK2A 1P99A 2BJJX 2PT1A 2ZNTA 4LP2B 5JEIA 2P0SA 4IO3A 3IB1A 1MH3A 3JYRA 3GBBA 4G8HA 1Q35A 1B3LA 5F7VA 3I3VA 3HO7A 3K2DA 3DLNA 5ICTA 3MP8A 5ELVA 1FQDA 3UGWA 3FVGA 3OSRA 1B4HA 4KCDA 5KZTA 4I62A 1MPBA 2DS9A 4NEDA 4I8CA 2RC7A 1A54A 2F8DA 3RPWA 2RKMA 3T9HB 4TLLB 4M4GA 2Z22A 1O7TA 3O6PA 3VV5A 4F22A 3T9UA 4YB5A 3GLBA 3R7XA 1CE2A 1BKAA 1EU8A 2H25A 1ZKBA 4EF2A 3KSJA 1I6BA 4F3BA 2OK2A 3DP8A 1FQEA 5TU0A 4ESXA 3S4UA 2R6GE 1VFEA 1M5BA 3W9WA 3UORA 5I59B 2QL3A 4FJPA 4IO5A 1AH5A 1PB9A 4XKPA 2V3QA 3KGCA 1ATGA 1WVJA 3V8XB 1F9BA 4NF5A 4FECA 3TYHA 4EQ7A 3FXUA 3W9VA 4NWCA 4NF6A 1I69A 3C34A 4O3CA 4U4SA 2WOKA 2Q2CA 5I57B 3OO9A 2XXVA 4TOZA 1JVYA 3C36A 4U21A 2I48A 3U93A 1QVSA 3IOUA 3PPNA 4R72A 3RT6B 1PB8A 1JVXA 2QMWA 3SEUA 4OEVA 3O97A 3FZVA 5K2YA 4LQ2A 5H8HA 3C35A 2H5YA 3HV1A 4C1UA 3OEKA 4PE5B 3WAEA 4N6PA 5AA1A 2O69A 4R9FA 1VSOA 1YTVA 2RCAA 4OMBA 1N3XA 1D9YA 5L8DA 1YAEA 4F29A 2UVHA 4EQ9A 4RK9A 4LZ5A 4F19A 2DP8A 4GOTA 4QRZA 2ZYKA 3G3JA 2QS2A 3PD8A 3PUWE 1MM7A 3TCGA 1HSJA 3PPOA 4DDDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H7MA 4KQPA 4F3PA 2HFBA 5DVFA 3PV0E 4TLMB 2GQ1A 2RC9A 1YZ0A 1EYKA 4OXVA 1NH8A 4XF5A 1B4ZA 5F1QA 4DCXA 2PMSA 1I6AA 2XX8A 3CG3A 4KD5A 1MQDA 1MH4A 2CZHA 4UACA 4P0IA 4YKPA 5CC2A 1GVCA 1N84A 4YB6A 1QULA 3MP6A 3C9HA 2VT5A 4R9GA 1NV5A 1MXZA 1EZ9A 3CFXA 1XI6A 1AMFA 3PUVE 1FJ9A 5A5XB 4P11A 4MF3A 3A29A 3TDJA 3IFAA 1B05A 4ZDMA 4MFIA 4ZE9A 1A8FA 2UXAA 2OWZA 3MWBA 1Y1MA 2XWIA 2H98A 4M1VA 1K9YA 4LUBA 4P9KA 5EHSA 4O8MA 1SYIA 3M3LA 2DWIA 3MYUA 5CRYA 3KJ7A 4MJOA 2W7YA 4IO2A 2DOJA 5AA4B 4JB7A 2THIA 2NOOA 4JBZA 5CMKA 3UA8A 2F5XA 3TELA 1KZ8A 5H8NA 2NVUB 3TUSA 1FRPA 3E4RA 4NF8A 4ISUA 5IGAA 4FORA 5K2XA 1B5JA 2V93A 4DE8A 3EPEA 2R8TA 3TZAA 4DLDA 1MY2A 4U22A 2QSXA 1B5IA 1OQHA 4BDQA 2QVUA 1FQFA 5DVJA 3U65A 2HEUA 2WX9A 1MQGA 4MEVA 1IZ1A 2QRYA 3MP1A 2GHBA 3H6UA 1H3DA 3K1MA 1FTKA 3N6TA 1B9JA 1DTZA 2Q8MA 4ESWA 4H46A 3A3UA 1ANFA 4OHNA 4DXCA 4PGNA 1VR5A 1SQYA 3KOTA 3D1RA 3TCHA 3TKDA 4LA9A 2XX9A 4PP0A 3TTRA 4POWA 1K9ZA 1N0TA 5ITOA 2ONRA 4BDOA 1N04A 3PGFA 5IM2A 3TQWA 4ZS9A 5DW8A 2DSFA 3KN7A 3OO7A 3HCQA 4PFUA 1FJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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