The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
196
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sequence length |
517
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structure length |
517
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Chain Sequence |
KLASTMEGRVEQLAEQRQVIEAGGGERRVEKQHSQGKQTARERLNNLLDPHSFDEVGAFRKHRTTLFGMDKAVVPADGVVTGRGTILGRPVHAASQDFTVMGGSAGETQSTKVVETMEQALLTGTPFLFFYDSGGARIQEGIDSLSGYGKMFFANVKLSGVVPQIAIIAGPCAGGASYSPALTDFIIMTKKAHMFITGPQVIKSVTGEDVTADELGGAEAHMAISGNIHFVAEDDDAAELIAKKLLSFLPQNNTEEASFVNPNNDVSPNTELRDIVPIDGKKGYDVRDVIAKIVDWGDYLEVKAGYATNLVTAFARVNGRSVGIVANQPSVMSGCLDINASDKAAEFVNFCDSFNIPLVQLVDVPGFLPGVQQEYGGIIRHGAKMLYAYSEATVPKITVVLRKAYGGSYLAMCNRDLGADAVYAWPSAEIAVMGAEGAANVIFRKEIKAADDPDAMRAEKIEEYQNAFNTPYVAAARGQVDDVIDPADTRRKIASALEMYATKRQTRPAKKHGNFPC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Transcarboxylase 12S crystal structure: hexamer assembly and substrate binding to a multienzyme core
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Propionibacterium freudenreichii
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| total genus |
196
|
| structure length |
517
|
| sequence length |
517
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
|
| ec nomenclature |
ec
2.1.3.1: Methylmalonyl-CoA carboxytransferase. |
| pdb deposition date | 2003-02-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01039 | Carboxyl_trans | Carboxyl transferase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ZWC A; 5ING A; 1RJM A; 3T88 A; 3ZW9 A; 3T8A A; 3MT6 A; 3JU1 A; 4JCT A; 1WDM A; 4FN8 A; 3I47 A; 2ZL3 A; 3M6N A; 3PZK A; 4Q1I A; 3BF0 A; 3Q1T A; 2A81 A; 2J5S A; 1HNO A; 4F47 A; 4I4Z A; 3HLN 1; 3TRR A; 4OMR A; 4FN7 A; 3TDC A; 4JCR A; 3TZ3 A; 2DEO A; 4ZU2 A; 3KTH A; 4FZW A; 2PBP A; 4L6W A; 4B3I A; 3H0U A; 3HE2 A; 4FB8 A; 4FND A; 4JOT A; 3QXI A; 5KDR B; 2BZR A; 1ON3 A; 1X0U A; 5INF A; 1PIX A; 3QKA A; 3T8B A; 4DI1 A; 4MXI A; 1N6F A; 5INI A; 3GLM A; 3BEZ A; 1YG6 A; 4RYF A; 1WDL A; 3QYR A; 3KQF A; 4WYO B; 3R6H A; 3DOR A; 4ZDC A; 3TT7 A; 4ASI A; 4ELX A; 4KPK A; 5DZK H; 3R0O A; 3FF6 A; 3MYB A; 1SG4 A; 1XX4 A; 1K32 A; 4FZW C; 1WZ8 A; 4ELW A; 2F9I B; 2Q35 A; 4K3W A; 1ON9 A; 2ZQR A; 3H0J A; 5DL1 A; 3KTJ A; 3R9S A; 1YG8 A; 1OD4 A; 5E0S A; 5DZK A; 1N6D A; 5CTC A; 1XNY A; 3LAO A; 4Q0G A; 1EY3 A; 3HP0 A; 1MJ3 A; 3KTK A; 4ZDE A; 4FNB A; 3U9R B; 5JBW A; 2EJ5 A; 3Q7H A; 1VRG A; 5DKP A; 2FBM A; 1UIY A; 1DUB A; 3SWX A; 3LKE A; 1PJH A; 3GF7 A; 5FIF A; 1WDK A; 2PPY A; 4JWV A; 5JBX A; 4JFC A; 4EML A; 4JYJ A; 3K50 A; 4B3H A; 3KTG A; 4U19 A; 3HIN A; 4JCS A; 3TLF A; 3QRE A; 3GMA A; 4EMM A; 4Z0M A; 3IAV A; 3U9T B; 3V5I A; 3NJD A; 2X58 A; 5C90 A; 4LK5 A; 5DU6 A; 2J5I A; 4NNQ A; 4JCQ A; 4ELS A; 3KTI A; 3OC7 A; 1XNW A; 2FW2 A; 4IZB A; 4U0H A; 2UZF A; 3TV5 A; 1XO6 A; 3TVW A; 1J7X A; 2F9Y A; 4JSB A; 4RYF H; 3H0Q A; 5G1S A; 3G64 A; 3IB9 A; 1DCI A; 3WG5 A; 4MI2 A; 4OLQ A; 3RRV A; 1EF8 A; 2VX2 A; 3U9S B; 3MFM A; 4KNP A; 1UYR A; 4L8K A; 1FC6 A; 3RSI A; 3QXZ A; 5CTB A; 4GM2 A; 3DJA A; 4ZDD A; 3OT6 A; 2X24 A; 3ZWA A; 3PGQ A; 1Q52 A; 5IKL B; 5DUC A; 5E0S H; 2NP9 A; 3ISA A; 2J5I B; 2HW5 A; 3H02 A; 5MGB A; 3BPP A; 2ZL2 A; 4MOU A; 1NZY A; 3H0S A; 4I42 A; 1SZO A; 3VIV A; 4I52 A; 3FDU A; 5G1Q A; 4OG1 A; 3SLL A; 2A7K A; 5FUS A; 2VSU C; 1OD2 A; 4ZDF A; 4RCN A; 1UYT A; 4HNK A; 1EF9 A; 2CBY A; 2PG8 A; 3MOY A; 3QWD A; 3K8X A; 4U0G A; 2ZL0 A; 2VSS A; 1UYV A; 3RST A; 3T3W A; 4B3J A; 3ZW8 A; 3IBB A; 5DUF A; 4U1A A; 5E0N X; 4QIJ A; 2Q34 A; 3NJB A; 3Q0G A; 4G2R A; 4K2N A; 2J5I I; 5KDR A; 2VSS E; 2GTR A; 3HRX A; 4NEK A; 4ZDB A; 3PEA A; 2CE3 A; 2FZS A; 4EMP A; 3ZWB A; 1UYS A; 1O8U A; 1NZY B; 1W2X A; 2Q2X A; 4QFE A; 3GKB A; 2VRE A; 2VSU F; 3V5E A; 5C9G A; 4HC8 A; 2J5G A; 2WTB A; 3TVU A; 2VSU A; 1N6E A; 2F9I A; 3R9Q A; 1RJN A; 3QK8 A; 3P85 A; 1Y7O A; 4WZ8 B; 4JVT A; 2DUB A; 3T89 A; 2A7S A; 4K29 A; 1K39 A; 4GHN A; 2VSU E; 4JYL A; 2ZQQ A; 5DU4 A; 3R9T A; 1XNV A; 4JJT A; 3N6R B; 1FC7 A; 2F6Q A; 4FJW D; 4IZD A; 3TT6 A; 2IEX A; 4U0G H; 4QII A; 3PE8 A; 2W3P A; 2F9Y B; 3OME A; 1TYF A; 1FC9 A; 2J5G D; 2VSS F; 3STA A; 1JXZ A; 1FCF A; 1HNU A; 4KD6 A; 4YLH A; 2QQ3 A; 3ST9 A; 3P2L A; 3GF3 A; 3Q0J A; 3M6M A; 3L3S A; 4U18 A; 1HZD A; 3P5M A; 2D3T A; 4WCZ A; 5DU8 A; 4IZC A; 2C8T A; 3H81 A; 1Q51 A; 3QMJ A; 2F6I A; 5DTW A; 5G1R A; 4KWB A; 2ZL4 A; 1TG6 A; 5KJP A; 5DTP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZWC A; 5ING A; 1RJM A; 3T88 A; 3ZW9 A; 4HDT A; 3T8A A; 3MT6 A; 3JU1 A; 4JCT A; 1WDM A; 4FN8 A; 4J2U A; 3I47 A; 2ZL3 A; 3M6N A; 3PZK A; 4Q1I A; 3BF0 A; 3Q1T A; 2A81 A; 2J5S A; 1HNO A; 4F47 A; 4I4Z A; 3HLN 1; 3TRR A; 4OMR A; 4FN7 A; 3TDC A; 4JCR A; 3TZ3 A; 2DEO A; 4ZU2 A; 3KTH A; 4FZW A; 2PBP A; 4L6W A; 4B3I A; 3H0U A; 3HE2 A; 4FB8 A; 4FND A; 4JOT A; 3QXI A; 5KDR B; 2BZR A; 1ON3 A; 1X0U A; 5INF A; 1PIX A; 2YJG A; 3QKA A; 3T8B A; 4DI1 A; 4MXI A; 1N6F A; 5INI A; 3GLM A; 3BEZ A; 1YG6 A; 4RYF A; 1WDL A; 3QYR A; 3KQF A; 4WYO B; 3R6H A; 3DOR A; 4ZDC A; 3TT7 A; 4ASI A; 4ELX A; 4KPK A; 5DZK H; 3R0O A; 3FF6 A; 3MYB A; 1SG4 A; 1XX4 A; 1K32 A; 4FZW C; 1WZ8 A; 4ELW A; 2F9I B; 2Q35 A; 4K3W A; 1ON9 A; 2ZQR A; 3H0J A; 5DL1 A; 3KTJ A; 3R9S A; 1YG8 A; 1OD4 A; 5E0S A; 5DZK A; 1N6D A; 5CTC A; 1XNY A; 3LAO A; 4Q0G A; 1EY3 A; 3HP0 A; 1MJ3 A; 3KTK A; 4ZDE A; 4FNB A; 3U9R B; 5JBW A; 2EJ5 A; 3Q7H A; 1VRG A; 5DKP A; 2FBM A; 1UIY A; 1DUB A; 3SWX A; 3LKE A; 1PJH A; 3GF7 A; 5FIF A; 1WDK A; 2PPY A; 4JWV A; 5JBX A; 4JFC A; 4EML A; 4JYJ A; 3K50 A; 4B3H A; 3KTG A; 4U19 A; 3HIN A; 4JCS A; 3TLF A; 3QRE A; 3GMA A; 4EMM A; 4Z0M A; 3IAV A; 3U9T B; 3V5I A; 3NJD A; 2X58 A; 5C90 A; 4LK5 A; 5DU6 A; 2J5I A; 4NNQ A; 4JCQ A; 4ELS A; 3KTI A; 3OC7 A; 1XNW A; 2FW2 A; 4IZB A; 4U0H A; 2UZF A; 3TV5 A; 1XO6 A; 3TVW A; 1J7X A; 2F9Y A; 4JSB A; 4RYF H; 4NAR A; 3H0Q A; 5G1S A; 3G64 A; 3IB9 A; 1DCI A; 3WG5 A; 4MI2 A; 4OLQ A; 3RRV A; 1EF8 A; 2VX2 A; 3U9S B; 3MFM A; 4KNP A; 1UYR A; 4L8K A; 1FC6 A; 3RSI A; 3QXZ A; 5CTB A; 4GM2 A; 3DJA A; 4ZDD A; 3OT6 A; 2X24 A; 3ZWA A; 3PGQ A; 1Q52 A; 5IKL B; 5DUC A; 5E0S H; 2NP9 A; 3ISA A; 2J5I B; 2HW5 A; 3H02 A; 5MGB A; 3BPP A; 2ZL2 A; 4MOU A; 1NZY A; 3H0S A; 4I42 A; 1SZO A; 3VIV A; 4I52 A; 3FDU A; 5G1Q A; 4OG1 A; 3SLL A; 2A7K A; 5FUS A; 2VSU C; 1OD2 A; 4ZDF A; 4RCN A; 1UYT A; 4HNK A; 1EF9 A; 2CBY A; 2PG8 A; 3MOY A; 3QWD A; 3K8X A; 4U0G A; 2ZL0 A; 2VSS A; 1UYV A; 3RST A; 3T3W A; 4B3J A; 3ZW8 A; 3IBB A; 5DUF A; 4U1A A; 5E0N X; 4QIJ A; 2Q34 A; 3NJB A; 3Q0G A; 4G2R A; 4K2N A; 2J5I I; 5KDR A; 2VSS E; 2GTR A; 3HRX A; 4NEK A; 4ZDB A; 3PEA A; 2CE3 A; 2FZS A; 4EMP A; 3ZWB A; 1UYS A; 1O8U A; 1NZY B; 1W2X A; 2Q2X A; 4QFE A; 3GKB A; 2VRE A; 2VSU F; 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4RYF H; 4NAR A; 3H0Q A; 5G1S A; 3G64 A; 3IB9 A; 1DCI A; 3WG5 A; 4MI2 A; 4OLQ A; 3RRV A; 1EF8 A; 2VX2 A; 3U9S B; 3MFM A; 4KNP A; 1UYR A; 4L8K A; 1FC6 A; 3RSI A; 3QXZ A; 5CTB A; 4GM2 A; 3DJA A; 4ZDD A; 3OT6 A; 2X24 A; 3ZWA A; 3PGQ A; 1Q52 A; 5IKL B; 5DUC A; 5E0S H; 2NP9 A; 3ISA A; 2J5I B; 2HW5 A; 3H02 A; 5MGB A; 3BPP A; 2ZL2 A; 4MOU A; 1NZY A; 3H0S A; 4I42 A; 1SZO A; 3VIV A; 4I52 A; 3FDU A; 5G1Q A; 4OG1 A; 3SLL A; 2A7K A; 5FUS A; 2VSU C; 1OD2 A; 4ZDF A; 4RCN A; 1UYT A; 4HNK A; 1EF9 A; 2CBY A; 2PG8 A; 3MOY A; 3QWD A; 3K8X A; 4U0G A; 2ZL0 A; 2VSS A; 1UYV A; 3RST A; 3T3W A; 4B3J A; 3ZW8 A; 3IBB A; 5DUF A; 4U1A A; 5E0N X; 4QIJ A; 2Q34 A; 3NJB A; 3Q0G A; 4G2R A; 4K2N A; 2J5I I; 5KDR A; 2VSS E; 2GTR A; 3HRX A; 4NEK A; 4ZDB A; 3PEA A; 2CE3 A; 2FZS A; 4EMP A; 3ZWB A; 1UYS A; 1O8U A; 1NZY B; 1W2X A; 2Q2X A; 4QFE A; 3GKB A; 2VRE A; 2VSU F; 3V5E A; 5C9G A; 4HC8 A; 2J5G A; 2WTB A; 3TVU A; 2VSU A; 1N6E A; 2F9I A; 3R9Q A; 1RJN A; 3QK8 A; 3P85 A; 1Y7O A; 4WZ8 B; 4JVT A; 2DUB A; 3T89 A; 2A7S A; 4K29 A; 1K39 A; 4GHN A; 2VSU E; 4JYL A; 2ZQQ A; 5DU4 A; 5HUQ A; 3R9T A; 1XNV A; 4JJT A; 3N6R B; 1FC7 A; 2F6Q A; 4FJW D; 4IZD A; 3TT6 A; 2IEX A; 4U0G H; 4QII A; 3PE8 A; 3BPT A; 2W3P A; 2F9Y B; 3OME A; 1TYF A; 1FC9 A; 2J5G D; 2VSS F; 3STA A; 1JXZ A; 1FCF A; 1HNU A; 4KD6 A; 4YLH A; 2QQ3 A; 3ST9 A; 3P2L A; 3GF3 A; 3Q0J A; 3M6M A; 3L3S A; 4U18 A; 1HZD A; 3P5M A; 2D3T A; 4WCZ A; 5DU8 A; 4IZC A; 2C8T A; 3H81 A; 1Q51 A; 3QMJ A; 2F6I A; 5DTW A; 5G1R A; 4KWB A; 2ZL4 A; 1TG6 A; 5KJP A; 5DTP A;
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