1OUBA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v100a mutant
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVARDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oubA00
2LYZA 1NKHA 3W6CA 1WQOA 3A6CY 2ZIJA 2DQAA 4H9CA 4WL6A 4HTKA 5LXWA 1IEEA 4M6DA 3W6AA 1GBZA 2PC2A 5B59A 1LMNA 1EQEA 2FBDA 2G4PA 4NSJA 1KIPC 1HFYA 3B0OA 3IWRA 2DQHY 5JENB 4N1EI 5KJ9A 1B5YA 4HTNA 1GF5A 4H8XA 5KXOA 1GE0A 1IP1A 1LJKA 2XBRA 2YBLA 1YKXX 2H5ZA 4ETEA 1QSAA 1WQNA 1WQPA 2F30A 4ETDA 1F10A 5L3IA 1IORA 4I8SA 2D91A 1P2CC 2A7FA 2BQEA 4WM4A 1BGIA 1VAUA 4BAPA 1LZ1A 1A2YC 4ETAA 1GFRA 3GXRA 3TXEA 3A96A 4EOFA 1IP3A 4ZFPA 4WL7A 4H9BA 4WLYA 1NHEA 3A3QA 5FHWA 1IWZA 1E8LA 4E3UA 1YANA 3CSQA 1GFUA 1OUDA 4BADA 2YBIA 4TX7A 1LZ9A 4NSIA 1HF4A 1VFBC 5APCA 1JKCA 1B0DA 1LHKA 1QTKA 3RU5A 1LZ8A 5FELA 3ZVQB 1LYZA 3WMKA 3OJPA 5L9JA 1DPXA 3B0KA 5C6LA 3F6ZA 1YAMA 4IASA 1GFVA 4HP0A 4H91A 4R6CA 5LVJA 1GXV2 1JKBA 1FLWA 2BQNA 1ALCA 1B5ZA 1OUHA 1JJ1A 1LZGA 1V7TA 1XEJA 4CHXA 4LT3A 5KXLA 1GBOA 3TMWA 1KXWA 2W1XA 2HU3A 1HERA 1LSAA 1QTEA 4OWHA 1XGQC 1JKAA 1LZSA 4GCEA 3EBAB 4H9FA 3A91A 4OWAA 4GLAA 2G4QA 1IP2A 1NDGC 4WM5A 1B7NA 4DD3A 1IP5A 1IOSA 5KXWA 4NHIA 1GB5A 2BQOA 2W1LA 3TXGA 5LIOA 1CJ6A 2LZTA 2HECA 1LCNA 1NDMC 3WW5A 5KXKA 3RZ4A 4NG8A 4H92A 4WLTA 4ML7A 1YROA 2A7DA 2LYOA 1F6SA 1JITA 1LKRA 5KXNA 1BB3A 3AGHA 3G3BB 1YILA 1GF4A 4MSTA 1GFKA 1GD6A 1GF7A 2H9KA 3ULRA 1VEDA 4WM2A 4B4JA 4PRQA 2NWDX 2C8OA 4C5FA 5LYTA 4UWNA 2CGIA 1AT6A 3CQLA 5LVHA 4XJGA 4B4EA 1LJGA 1IWXA 1LZNA 3CT1A 4B49A 1DKKA 1G7IC 1BB4A 2AUBA 1JWRA 1YAQA 4QDNA 2BPUA 5DN5A 1EL1A 2Z12A 4HPIA 5LVGA 3W6EA 1IC4Y 1ZV5L 135LA 2LZ2A 1WQQA 1J1OY 1LZAA 1TBYA 3WUMA 4OOOA 1WTNA 5HMJA 3AB6A 1LZYA 4RDSA 1GFGA 1YQVY 4WM3A 2DQGY 4ET9A 4G9SA 1NBYC 1GB8A 3B0IA 1GE2A 1B7SA 1B5VA 1YKZX 4W96A 3W6FA 4H9HA 4MCKA 2MEAA 1IOQA 3WPLA 5I5QA 1TDYA 1D9UA 2Z38A 3KAMA 5J7CA 208LA 1G7HC 3AZ7A 1UIAA 3A6BY 1RCMA 1YKYX 4LZTA 1A4VA 4RLMA 3HBEX 3N9CA 4GCBA 1LJNA 1C10A 4WO9A 4G4HA 4DD1A 3TXHA 1LSMA 1GBSA 1B5UA 2BLXA 2CDSA 2GV0A 2ZNWY 3K3TA 1WVUA 3WVYA 5DLAA 5LINA 4NSHA 4OOTA 4OWBA 5LVIA 3IJVA 1OUAA 3ZEKA 1IP7A 1IWTA 4MR1A 133LA 1HEPA 4ETCA 4YM8A 1OUCA 1BHZA 5IELA 1HSXA 1BB5A 4GCFA 3WU7A 1LZCA 3LN2A 3A34A 4DDBA 4NHTA 4GCCA 3W3EA 4W94A 1REYA 1GB3A 3TXJA 3A3RX 5HNCA 1GBWA 4CFOA 2BAAA 4NEBA 2LYMA 2I25L 1VDTA 3B6LA 4NG1A 3AGIA 5F14A 3A93A 1LAAA 1FBIX 4NWEA 1HEOA 1JTOL 2ZNXY 3A90A 4XN6A 5KXSA 9LYZA 6LYTA 2CJLA 3A95A 5EBHA 2YBHA 4NGVA 1GF6A 2WARA 1QIOA 1C08C 1HENA 2VB1A 5KXXA 2Q0MX 2W1YA 3AW7A 2H9JA 3AJNA 154LA 1OUJA 1GFHA 5F81A 1HFXA 1D6PA 2HEEA 4NGWA 1GB9A 1LHIA 2IHLA 2Z2FA 5IDDA 5IHGA 1B7QA 4XJBA 1CJ8A 1HEWA 1UUZC 3BKVA 207LA 3WUNA 1CJ9A 1LMCA 2EIZC 1LMOA 4H9EA 4KT3A 1IR7A 1UIHA 4NY5A 4BAFA 3TMXA 1YL1X 1B7PA 2DQDY 3GXKA 4FDYA 1LJ3A 4ZEEA 1FDLY 2DQIY 1LHJA 4GN4A 3WPKA 2D4IA 2ZQ4A 3SP3A 1OP9B 4Z46A 5KKJA 1G7LC 1NF5A 193LA 1LJ4A 1LSFA 5A3ZA 2I26L 1AZFA 2XJWA 4M4OA 1GF0A 1JIYA 3W6BA 1RFPA 1LJJA 1PS5A 4ET8A 3TXKA 1J1PY 4NHSA 2FBBA 1I1ZA 1HELA 2MEDA 1JISA 1G7JC 1HMLA 1LYSA 4PGJB 4HJVA 4N9RA 1LJFA 4GLVA 2MEFA 1XGTC 1LMTA 2MEBA 1XFPL 1JEFA 4HV2A 1LSCA 1LZBA 4QY9A 4G49A 2Z2EA 1HHLA 3P4ZA 3LYZA 1LKSA 4NGIA 3T36A 5D5FA 4H8ZA 1LSBA 4TSCA 4WG7A 4NSGA 4YOPA 3CB7A 5II3A 1LYOA 4KPMA 1UA6Y 1IO5A 1IWYA 4N0JA 1TAYA 4NGZA 1JSEA 1CKFA 1J1XY 4HV1A 2I6ZA 1LMPA 4TTDA 3E3DA 2MEGA 3P66A 5ILCA 4DWXA 1QSWA 1CJ7A 3AZ4A 5C6JA 3P65A 5DM9A 1HMKA 1JUGA 1GB0A 1LSDA 5FEKA 4NGLA 2D4JA 4RW2A 1HEMA 1LZ5A 4J7VA 4WLDA 4H9AA 2ZQ3A 2X0AA 1SLYA 2BQKA 1BVKC 1IX0A 1UIBA 4LYBA 1QQYA 5APDA 4DD7A 5K7OA 1Z55A 3WYHA 3TMUA 1UIGA 1REXA 2BQJA 3TXIA 1UIFA 3RT5X 1WVVA 4IATA 1XGUC 4NWHA 3AYQA 2F2NA 1LJHA 2DQJY 3WPJA 1XGRC 1FLUA 4B4IA 4XENA 4U3XB 1GAZA 1LSGA 1NBZC 1IP4A 1IY4A 4YEMA 1H87A 4Z3MA 5HQ1A 5I4XA 1IOTA 2ZILA 5F9XA 1V7SA 4N8ZA 4QGZA 1LHLA 1JJ3A 1WTMA 1F6RA 4NGOA 5B06A 2MEIA 1VDPA 1VATA 2D4KA 4D9ZA 1LOZA 4I0CA 4NFVA 4LYOA 1LYYA 1HEQA 4NGJA 1G7MC 5B07A 1LSYA 1TEWA 2C8PA 4BS7A 5L3HA 2IFFY 5E4PA 1D0KA 1UC0A 3VWOA 4H1PA 3ZVQA 1YL0X 1GBXA 2BQBA 1XGPC 4H94A 4RW1A 4LYMA 4DT3A 2ZYCA 2ZWBA 4R0FA 1XEIA 1B2KA 3CSZA 1FN5A 1W08A 2HEBA 1YAPA 1B5XA 1QUTA 4WM6A 5KXYA 5KXZA 4A7DA 1IWVA 4HTQA 2HU1A 5KXMA 1YIKA 2D6BA 1BQLY 4AXTA 4LYCA 1GXXA 5I4WA 3A94A 1UIDA 3A8ZA 1EQ5A 1GHLA 2HTXA 1LSPA 5KY1A 1GDWA 3A92A 1D6QA 5F9UA 2BQLA 1DI5A 1CKHA 4J0LA 4LT0A 1LZ6A 4X3BA 5LYMA 1T6VL 132LA 1FLQA 4OWEA 4XJFA 2CWIA 5FDJA 1IIZA 1GB7A 7LYZA 1HNLA 1D0LA 1NQIA 3MGWA 4LFPA 5KKIA 5ILFA 4PJ2C 3WL2A 1HSWA 4WOAA 5DL9A 3WULA 5LA5A 1SQ2L 4ZIXA 5AMYA 3N9AA 4IJ4A 3M3UA 5APEA 1LZRA 1B7RA 4DD9A 1OUIA 4NGYA 2BQAA 2DQFC 3WU8A 1DXJA 1GF9A 4TWSA 1IR9A 1OUBA 1RI8B 2W1MA 3IJUA 1INUA 3WVXA 1GBYA 1KIQC 3RNXA 2BQCA 3HBHA 1GFAA 4WM1A 2BLYA 2Y8PA 1LHHA 2YBJA 5LAGA 5LVKA 3WH1A 4B0DA 5I54A 2BQHA 1IVMA 1UIEA 1OQMA 3D9AC 1KXXA 2XBSA 5D5CA 1GAYA 1LPIA 1O23A 4XJIA 2Z39A 5KXTA 1ZVHL 1XEKA 4PPOA 4XJDA 3TXDA 4HSFA 1XSFA 1DI4A 1LHMA 4LGKA 4DC4A 2EQLA 1IP6A 1WQRA 1MLCE 1AM7A 4YENA 4WG1A 3TXBA 1IWUA 1JTPL 1IY3A 4HJZA 2YBNA 3W6DA 3WW6A 2EKSC 4NIJA 4LFXA 3M18B 1LTMA 2MEEA 1GFJA 1GB6A 3P68A 1REMA 2Z19A 3AW6A 2YSSC 1LSEA 1VDQA 3EMSA 4CFPA 1BWHA 2BQGA 1GPQC 1CKCA 4L41A 1W6ZA 5B05A 4OWCA 1LMQA 5F16A 3LYTA 3J6KA 5FSTA 1GE3A 1IWWA 4TSBA 1LZEA 1QDTA 1FLYA 1DPWA 1IC5Y 5B1FA 3QY4A 4LT2A 1UICA 1DI3A 1GF8A 3HBDA 1GDXA 3WXUA 1LMAA 4PRUA 4EMNA 3T6UA 6LYZA 4HPEA 2G4NA 1JKDA 1YAOA 2HEDA 2YVBA 1I56A 3G3AB 4NHQA 3HFMY 2DQEY 1DQJC 2MEHA 4GN3A 1KXYA 5HMVA 1GE1A 4P2EA 5APFA 1JJ0A 1B7LA 3FE0A 1B7MA 2MECA 5B1GA 2N5ZA 2BQDA 4YEOA 1PZYA 1BB6A 4GN5C 4DD0A 4O34A 1MELL 2LHMA 1JPOA 4YF2A 1RJCB 4DDAA 4HJYA 5LAFA 3WU9A 1IR8A 1EQ4A 1C46A 4XYYA 2FYCA 3CSRA 1ZMYL 3QNGA 8LYZA 1TCYA 2HUBA 1C43A 4H9IA 1GFEA 3BKHA 3AZ5A 4CGEA 1OUEA 2BQFA 4WLXA 4DYGA 4UWVA 1JSFA 1GEZA 2YDGA 1QDRA 3EXDA 134LA 5E9RA 4G4BA 1OUFA 3RW8A 3B72A 2Z18A 1JTTL 1AKIA 2DQCY 4N5RA 5FCPA 1GEVA 4KXIA 5HNLA 2EPEA 4CJ2A 3LHMA 2B5ZA 3TMVA 1LJIA 4G4CA 1NWGA 2RSCA 1BB7A 3CT0A 5C6IA 4RLNA 1LSZA 3ATOA 3OK0A 1DZBX 4NGKA 194LA 4C3WA 2F4GA 4ANRA 1UBZA 1BVXA 3LYOA 3LYMA 5DN4A 3N9EA 4DD2A 1C7PA 3QE8A 4GCDA 4LYTA 5I53A 4LYZA 1IC7Y 4Z41A 1REZA 1H6MA 2FYDA 5KXRA 1I20A 1B5WA 1HFZA 3TXFA 1WQMA 1LZ4A 4XADA 3WXTA 4B1AA 2YBMA 1JHLA 3A67Y 2Z37A 4WMGA 1GF3A 1FKVA 1KIRC 1OUGA 3LZ2A 4LT1A 1CKGA 4TUNA 1N4FA 3ATNA 5LA8A 4ETBA 1C45A 3P64A 3EO5A 4XJHA 2ZYPA 5A3EA 1GB2A 2BQMA 2ZIKA 4UWUA 5T3FA 1T3PA 1B7OA 1QUSA 4AGAA 2F4AA 1AT5A 1CKDA 1GWDA 2DBTA 4J1AA 5LYZA 3LZTA 1CNSA 1F0WA 5HLLA 2BQIA 3AZ6A 4J1BA 1UCOA 1LSNA 5I4YA 1GFTA 4OW1A 3WUAA 4DDCA 1DKJA 2HEFA 1FKQA 1LZDA 3D3DA 2HEAA 4KL7A 4H8YA 1ZVYB 1BWIA 1GE4A 4H90A 4N1CC 1LJEA 4PHIA 5M1YA 2XTHA 3CT5A 2DKVA 3FI7A 4Z98A 1B9OA 4H93A 4NHPA 1BWJA 4QEQA 153LA 1VDSA 1RE2A 4WO6A 4FJRA 4II8A 1NMMA 1LZTA 5KXPA 1HC0A 1D0MA 1UACY 1IOCA 3J4GA 3AGGG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZURA 1L75A 3A6CY 4HTKA 1C6KA 4M6DA 5LXWA 1LMNA 2RB2X 1HFYA 2F32A 131LA 1OV7A 1DYGA 5KJ9A 1QT6A 1GF5A 4H8XA 1CUQA 1LJKA 1QSAA 2F30A 1F10A 1LPYA 1IORA 4WM4A 1PQJA 1GFRA 3GXRA 3CSQA 1LWGA 1L53A 4TX7A 5APCA 3DMVA 3RU5A 146LA 5FELA 3ZVQB 4I7KA 4DQJA 3SBBC 3B0KA 5C6LA 4HP0A 1GXV2 1JKBA 1JJ1A 4CHXA 168LA 1XGQC 3A91A 1L77A 1NDGC 4DD3A 3OE6A 4EKPA 4NG8A 176LA 1F6SA 1YILA 2B6WA 4B4JA 2NWDX 2C8OA 4UWNA 3CQLA 3PDSA 1LZNA 4B49A 3NY8A 2BPUA 1C61A 1ZV5L 150LA 1G07A 151LA 1GFGA 2DQGY 4ET9A 219LA 3B0IA 1B5VA 3HH4A 4H9HA 2MEAA 1LI6A 1UIAA 1RCMA 1A4VA 4RLMA 3HBEX 1LJNA 4DD1A 1C60A 3TXHA 1LSMA 3GUNA 2ZNWY 3K3TA 253LA 4OOTA 4OWBA 3ZEKA 1IP7A 133LA 3VW7A 4ETCA 1BHZA 1BB5A 1L86A 259LA 4GCCA 4W94A 1REYA 3A3RX 5HNCA 1C6TA 1XJUA 2HUKA 5F14A 2OU8A 1FBIX 1HEOA 4XN6A 9LYZA 1LGXA 3AW7A 2H9JA 154LA 1HFXA 1D6PA 4NGWA 1L62A 1L71A 186LA 4H9EA 1IR7A 2LZMA 1YL1X 155LA 2DQDY 3GXKA 1QTDA 3WPKA 4GN4A 3SBAA 2D4IA 2ZQ4A 3SP3A 218LA 4M4OA 3DMZA 141LA 242LA 1XJTA 1JIYA 4ET8A 1PQKA 2FBBA 3SB5A 1I1ZA 1HELA 1HMLA 1LYSA 4PGJB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LYZ A;  1NKH A;  3W6C A;  1WQO A;  3A6C Y;  2ZIJ A;  2DQA A;  4H9C A;  4WL6 A;  4HTK A;  5LXW A;  1IEE A;  4M6D A;  3W6A A;  1GBZ A;  2PC2 A;  5B59 A;  1LMN A;  1EQE A;  2FBD A;  2G4P A;  4NSJ A;  1KIP C;  1HFY A;  3B0O A;  3IWR A;  2DQH Y;  5JEN B;  4N1E I;  5KJ9 A;  1B5Y A;  4HTN A;  1GF5 A;  4H8X A;  5KXO A;  1GE0 A;  1IP1 A;  1LJK A;  2XBR A;  2YBL A;  1YKX X;  2H5Z A;  4ETE A;  1QSA A;  1WQN A;  1WQP A;  2F30 A;  4ETD A;  1F10 A;  5L3I A;  1IOR A;  4I8S A;  2D91 A;  1P2C C;  2A7F A;  2BQE A;  4WM4 A;  1BGI A;  1VAU A;  4BAP A;  1LZ1 A;  1A2Y C;  4ETA A;  1GFR A;  3GXR A;  3TXE A;  3A96 A;  4EOF A;  1IP3 A;  4ZFP A;  4WL7 A;  4H9B A;  4WLY A;  1NHE A;  3A3Q A;  5FHW A;  1IWZ A;  1E8L A;  4E3U A;  1YAN A;  3CSQ A;  1GFU A;  1OUD A;  4BAD A;  2YBI A;  4TX7 A;  1LZ9 A;  4NSI A;  1HF4 A;  1VFB C;  5APC A;  1JKC A;  1B0D A;  1LHK A;  1QTK A;  3RU5 A;  1LZ8 A;  5FEL A;  3ZVQ B;  1LYZ A;  3WMK A;  3OJP A;  5L9J A;  1DPX A;  3B0K A;  5C6L A;  3F6Z A;  1YAM A;  4IAS A;  1GFV A;  4HP0 A;  4H91 A; 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 5FCP A;  1GEV A;  4KXI A;  5HNL A;  2EPE A;  4CJ2 A;  3LHM A;  2B5Z A;  3TMV A;  1LJI A;  4G4C A;  1NWG A;  2RSC A;  1BB7 A;  3CT0 A;  5C6I A;  4RLN A;  1LSZ A;  3ATO A;  3OK0 A;  1DZB X;  4NGK A;  194L A;  4C3W A;  2F4G A;  4ANR A;  1UBZ A;  1BVX A;  3LYO A;  3LYM A;  5DN4 A;  3N9E A;  4DD2 A;  1C7P A;  3QE8 A;  4GCD A;  4LYT A;  5I53 A;  4LYZ A;  1IC7 Y;  4Z41 A;  1REZ A;  1H6M A;  2FYD A;  5KXR A;  1I20 A;  1B5W A;  1HFZ A;  3TXF A;  1WQM A;  1LZ4 A;  4XAD A;  3WXT A;  4B1A A;  2YBM A;  1JHL A;  3A67 Y;  2Z37 A;  4WMG A;  1GF3 A;  1FKV A;  1KIR C;  1OUG A;  3LZ2 A;  4LT1 A;  1CKG A;  4TUN A;  1N4F A;  3ATN A;  5LA8 A;  4ETB A;  1C45 A;  3P64 A;  3EO5 A;  4XJH A;  2ZYP A;  5A3E A;  1GB2 A;  2BQM A;  2ZIK A;  4UWU A;  5T3F A;  1T3P A;  1B7O A;  1QUS A;  4AGA A;  2F4A A;  1AT5 A;  1CKD A;  1GWD A;  2DBT A;  4J1A A;  5LYZ A;  3LZT A;  1CNS A;  1F0W A;  5HLL A;  2BQI A;  3AZ6 A;  4J1B A;  1UCO A;  1LSN A;  5I4Y A;  1GFT A;  4OW1 A;  3WUA A;  4DDC A;  1DKJ A;  2HEF A;  1FKQ A;  1LZD A;  3D3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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