1OUFA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v130a mutant
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oufA00
5B1FA 3LZ2A 2XBSA 3CSRA 2F4AA 1LJ3A 4AXTA 1IVMA 1JUGA 1YKYX 4Z46A 1LZRA 4DT3A 1GFEA 3CB7A 1I20A 4G49A 4OOTA 1GB5A 2BQEA 3A3QA 8LYZA 2ZYCA 4GN3A 5JENB 1CKGA 2BQDA 5KXXA 1YKXX 3AZ6A 2FBDA 4LFXA 5KXWA 1IY3A 1GBZA 1FN5A 1NDMC 2BQOA 1CJ7A 1LJHA 1LJKA 1TCYA 5DN4A 2BQCA 1GXV2 4NGZA 3LYMA 1IWZA 1WQPA 4ET8A 4KPMA 1B7LA 5LINA 3P66A 1PS5A 1CKFA 5I5QA 1YL0X 3OJPA 3A8ZA 4J1BA 4J7VA 2HUBA 3TXEA 4N8ZA 1LHIA 2AUBA 1IP6A 2GV0A 3HFMY 2G4QA 4LT3A 1B7MA 1GF9A 4HPEA 3AB6A 1F6SA 1V7TA 1IC5Y 1REMA 2W1YA 3B72A 1GF8A 4NY5A 4YENA 5LYMA 4YEMA 1D0LA 4XJDA 1OUHA 1LZ1A 5FHWA 1IWWA 1C7PA 4WM2A 2XJWA 2DQIY 1LZ8A 4NSHA 4E3UA 1GD6A 2A7FA 1HMLA 1LSCA 2BQNA 1LZCA 2MEGA 1GFHA 4CJ2A 2X0AA 1GF0A 1INUA 1CKDA 4N0JA 1EQEA 1JSFA 3AW7A 1LSEA 3LYOA 1B5XA 2XBRA 1LZNA 133LA 1G7HC 1IP3A 1UBZA 1LZ5A 2ZIKA 1FLWA 4LYCA 3TXGA 2EPEA 3WUAA 1IY4A 1IR7A 1CKCA 1HFZA 2DKVA 1D0MA 4J0LA 2BQFA 1OUIA 4C3WA 4IATA 3T6UA 3K3TA 1G7IC 5KXNA 4RDSA 3TXJA 2IFFY 1UIGA 2C8PA 1W6ZA 2BQJA 2C8OA 5II3A 1G7JC 2W1MA 1HEQA 1QQYA 4YF2A 1KIQC 1LZ6A 4U3XB 1NHEA 4RW1A 4DC4A 153LA 3WVXA 3W6FA 1NMMA 3WXUA 3WH1A 1DZBX 1GF5A 1LZEA 3QE8A 3N9EA 3ZVQB 1IR9A 1VATA 1YILA 2Z2FA 3A6BY 4H94A 4LT2A 4H93A 4B4EA 3ATOA 4PPOA 4HTKA 1LHLA 1GBXA 1YAOA 2A7DA 4QDNA 4H9IA 1DI5A 4LYOA 4HPIA 2Z19A 5KJ9A 1LKRA 4GN5C 4ZEEA 3W6DA 2HECA 1E8LA 4Z41A 3ZVQA 1BB3A 1DXJA 1WTMA 1GFGA 1LMPA 4WMGA 4LFPA 4P2EA 5KKJA 2FYDA 1LJGA 2DQGY 1LSMA 4ML7A 1UACY 4NHQA 2VB1A 4NG1A 3TXKA 1NBYC 1FLUA 3A95A 1LJFA 1P2CC 1RJCB 5I54A 2LHMA 2H9JA 3FI7A 2BQIA 1HENA 1GB6A 2D4KA 4Z98A 5B05A 2Q0MX 3A94A 4OWAA 1VAUA 1A2YC 2HEDA 3AGIA 5FELA 2Z18A 4M6DA 5HQ1A 1GB9A 3TXHA 1V7SA 3A34A 1GB3A 1QUTA 2Y8PA 4NGJA 4LYMA 4NGWA 4Z3MA 4OW1A 1FDLY 4W96A 132LA 1JTPL 4WG7A 4B0DA 4CGEA 4WL6A 1KXXA 4H1PA 5LIOA 1VEDA 4XJFA 1SQ2L 4RLNA 3A93A 1XEIA 1IC7Y 1VFBC 4XADA 5ILCA 1LMCA 2MEEA 1WQQA 1LKSA 1HHLA 1H87A 4WG1A 1JTTL 1XGQC 1BVKC 1B5YA 4LGKA 2YBIA 1BB5A 1UC0A 1WVUA 2FBBA 1MELL 3LYZA 5L3HA 1F10A 1LCNA 1IR8A 1IORA 2BQAA 1AT6A 5T3FA 4RLMA 4NSIA 5LVKA 4QY9A 2D6BA 4QEQA 5LA8A 3B6LA 5APCA 1CJ6A 1DPXA 1TEWA 5A3EA 2BQMA 3P68A 4HTQA 4HP0A 4HV1A 1HEPA 1GAYA 1TBYA 2XTHA 5B1GA 5I4WA 1KXWA 1LZTA 1GBOA 2BLYA 5D5FA 3BKVA 1XGUC 5B59A 5KXTA 1LZBA 4H9BA 1BWJA 1GBWA 3HBEX 1LHJA 1IP2A 5APDA 1OUGA 1LJIA 2DQFC 5I4XA 1JKDA 1UIDA 4WO9A 1LTMA 4OWEA 4ETDA 5IHGA 1EQ5A 4GCCA 4BAPA 3LZTA 5HMVA 5KXKA 4PRUA 1JHLA 1JJ1A 3FE0A 1GEVA 4NGOA 1IWVA 4I8SA 1XEJA 2IHLA 1BHZA 4WLYA 4ZIXA 3F6ZA 5KKIA 4H9AA 1WQRA 4PGJB 1TDYA 1AZFA 1EL1A 5LAGA 3TXBA 4B4JA 3WU8A 1QTEA 3QY4A 2CGIA 4DD9A 134LA 2YBMA 2BLXA 1UICA 1B9OA 1B7QA 1SLYA 1XFPL 1DI4A 5KXZA 1OUJA 2CDSA 3AZ7A 1IX0A 1DKJA 3WUMA 4B49A 1GAZA 1GB2A 1IWUA 5LYTA 1GFKA 1BVXA 1HFXA 4NGKA 1ZV5L 1W08A 4H8ZA 4ANRA 4DD0A 1T3PA 4NWEA 1NF5A 4YM8A 1WQOA 2RSCA 2Z12A 1Z55A 3MGWA 1HFYA 2W1XA 4N5RA 3KAMA 3B0IA 4WLDA 4XENA 4DDCA 1AM7A 4W94A 4PHIA 1JIYA 2BQBA 3SP3A 2D91A 1J1OY 4TWSA 4B4IA 1LMOA 1LZ9A 4ETAA 1IP5A 3AYQA 4NHPA 4LYTA 1LSYA 3WPKA 6LYTA 3WVYA 1JKAA 2D4JA 3TMVA 1OP9B 3A91A 4UWUA 4H9FA 2WARA 4X3BA 3EO5A 2HEFA 1GXXA 3LYTA 3A96A 1HERA 1BGIA 1JKBA 1HC0A 2FYCA 3A3RX 1C08C 2F4GA 4AGAA 4G4BA 3EBAB 2ZWBA 2ZNXY 5FEKA 3TXIA 3IJVA 4WM5A 1LPIA 1VDQA 4OOOA 1I1ZA 2BAAA 2YDGA 4LYBA 4BS7A 1B0DA 4NIJA 2DQDY 4NWHA 5D5CA 4XN6A 194LA 1GB0A 1GB7A 2LYZA 2ZQ3A 1IEEA 3CSQA 1LJNA 1YIKA 2YBJA 3IJUA 4NHIA 4TX7A 1GBSA 3P64A 5IDDA 4KT3A 3GXKA 5EBHA 2G4NA 1GFAA 2HEBA 5C6IA 1XGTC 1LJEA 3RT5X 2BQKA 1VDTA 2DQAA 1CNSA 4H92A 4FJRA 1LMAA 1LMQA 1OUBA 5F81A 4NGVA 3CSZA 1KIPC 1LSBA 1LZDA 4H9EA 1BWHA 2MECA 3TMWA 1GE4A 1LYYA 1D6PA 1TAYA 1T6VL 4DD2A 1N4FA 2DQEY 3WU7A 4M4OA 4TTDA 1PZYA 3WUNA 4NSJA 2I26L 1UIBA 1B7PA 1GE2A 3LN2A 4CHXA 4NGYA 4UWNA 4XJGA 2PC2A 1LSDA 3AZ5A 3W6CA 1UA6Y 1FLYA 2F30A 3LHMA 2HU3A 3A67Y 1FKQA 1OQMA 3TXFA 1GB8A 1RE2A 1XEKA 2ZNWY 3CT0A 4DD3A 5LXWA 4TUNA 2YSSC 1YKZX 2YBNA 4ETEA 5KXOA 3RZ4A 1RCMA 2Z39A 2HEAA 4YEOA 5I53A 1GBYA 5LVJA 135LA 3EMSA 3M3UA 1GFJA 5KXSA 2H9KA 2F2NA 1LYZA 1ZVYB 1AKIA 3G3BB 1QSWA 1GE1A 5LYZA 1GFRA 4NGIA 4LT0A 5HLLA 4HSFA 1IO5A 3RW8A 1HNLA 2EQLA 2N5ZA 1LJ4A 1ZVHL 1JSEA 2ZYPA 2BQHA 4NEBA 4WLTA 5C6JA 1F0WA 4PRQA 5AMYA 5E9RA 4NHTA 5HNLA 1C43A 1HELA 1LSZA 1JWRA 3W3EA 1HF4A 3B0KA 4WL7A 4DWXA 1GF7A 1LMNA 1LZYA 4H8YA 4A7DA 4MSTA 4BADA 2LZTA 2LZ2A 2MEFA 1QIOA 1QSAA 2ZILA 1IP4A 2DQHY 7LYZA 1YQVY 1NQIA 1C46A 4GCBA 5DLAA 1GPQC 2Z2EA 2HTXA 1ALCA 1B5WA 5KXPA 1LZSA 1IWTA 5DN5A 1C10A 1GDWA 5B06A 3HBHA 1IOTA 4NGLA 4GCEA 207LA 3J4GA 1A4VA 1YAMA 1BB6A 5L9JA 1XGPC 5HNCA 3GXRA 2BQGA 3W6BA 4HJYA 4H9HA 4N1CC 1UIAA 1AT5A 3WPLA 4CFPA 5KXRA 208LA 1LOZA 4NHSA 4DD1A 4ZFPA 5FCPA 5F9XA 1GFUA 1HEOA 1UIEA 1IP7A 3AJNA 1VDSA 4G4CA 3ZEKA 5IELA 1B5UA 1YAPA 3P4ZA 3A6CY 4PJ2C 4XJHA 2NWDX 5L3IA 1UUZC 1LSAA 1UCOA 4MR1A 4WM4A 4IASA 5APFA 1OUAA 1DI3A 1CJ8A 3D3DA 3WL2A 4B1AA 4H91A 1IWXA 3WULA 3A90A 4HJVA 1O23A 1B5ZA 2D4IA 1JITA 4G4HA 2BPUA 3AGGG 1GF6A 1IOCA 1JJ0A 1JKCA 1G7MC 4G9SA 1YAQA 3RNXA 1YROA 4IJ4A 2LYMA 1IC4Y 4NG8A 1OUDA 5LVHA 1QDRA 1C45A 4H9CA 4OWHA 1YL1X 2CJLA 4N9RA 3RU5A 1HSXA 1B7OA 1HEMA 3BKHA 1CKHA 4H90A 5ILFA 3WMKA 3TMXA 2YVBA 4EMNA 1GHLA 1QTKA 5APEA 1JEFA 1WTNA 2MEHA 4LT1A 2YBHA 1IOQA 9LYZA 3P65A 1LSFA 1BWIA 1WQMA 1D6QA 4R6CA 1NKHA 5K7OA 5FSTA 3J6KA 5LA5A 4DYGA 5LVGA 1G7LC 5M1YA 1GEZA 4WOAA 5KXMA 4KL7A 1HMKA 4N1EI 5KXYA 4XYYA 1GF3A 1LZ4A 5J7CA 154LA 4L41A 1BQLY 1WQNA 4OWCA 5LAFA 4H8XA 5DM9A 1DQJC 3TXDA 3ULRA 1GFVA 5DL9A 3TMUA 1WVVA 4KXIA 2HU1A 1GDXA 1GWDA 2ZQ4A 1LAAA 2Z38A 5A3ZA 1LJJA 3AGHA 3WW6A 4GLVA 1UIHA 4C5FA 1CJ9A 1D0KA 3WXTA 4WO6A 4BAFA 1YANA 1BB7A 3CT1A 4LZTA 4TSCA 2LYOA 1KIRC 1OUEA 1XSFA 1RFPA 1IIZA 1LSGA 2MEBA 3D9AC 3EXDA 3WW5A 1JPOA 1MLCE 1H6MA 1IOSA 2MEAA 1LMTA 4GLAA 4ET9A 4HJZA 5KY1A 1UIFA 1B2KA 3QNGA 1JJ3A 1IP1A 2EKSC 2ZIJA 1J1PY 5LVIA 5KXLA 1JTOL 4GCDA 4NSGA 1GE0A 5I4YA 3ATNA 2I6ZA 1DPWA 1LZGA 1EQ4A 2DQJY 2H5ZA 2HEEA 4R0FA 4XJBA 5C6LA 1QUSA 1ZMYL 1HSWA 4DDBA 3WPJA 2EIZC 4II8A 3HBDA 4ETBA 1XGRC 4WM6A 2G4PA 1LYOA 1GF4A 1LYSA 4HTNA 3N9AA 3A92A 3AZ4A 6LYZA 3B0OA 1OUFA 4DDAA 1I56A 3G3AB 4LYZA 1LHMA 1LHHA 3M18B 1IWYA 4UWVA 1OUCA 1FLQA 1D9UA 4WLXA 1B7SA 3W6EA 4MCKA 4ETCA 1VDPA 1NWGA 4D9ZA 193LA 4EOFA 3E3DA 1B7NA 4DD7A 1B5VA 2BQLA 4TSBA 3T36A 1LZAA 4GCFA 4O34A 3AW6A 5E4PA 2B5ZA 1B7RA 1NDGC 4I0CA 1F6RA 3CT5A 3IWRA 4HV2A 3N9CA 4XJIA 5F9UA 1REZA 2I25L 4RW2A 2DBTA 1LSNA 1FKVA 1REXA 5B07A 2W1LA 1KXYA 1DKKA 1HEWA 1J1XY 4WM1A 1QDTA 2Z37A 5F14A 5FDJA 1FBIX 1LHKA 5HMJA 4YOPA 4OWBA 3VWOA 4CFOA 3OK0A 2YBLA 4QGZA 1LSPA 3CQLA 4GN4A 3WU9A 1NBZC 4NFVA 3WYHA 4WM3A 2DQCY 1GE3A 2CWIA 4J1AA 2MEDA 4FDYA 5F16A 2MEIA 1JISA 1RI8B 1BB4A 3W6AA 1REYA 1GFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L55A 1LI2A 1IVMA 4G49A 4OOTA 127LA 2ZYCA 4GN3A 4W59A 1GBZA 1FN5A 1NDMC 3DN8A 1CV1A 4W52A 1LJKA 1C6DA 3LYMA 1WQPA 4ET8A 4KPMA 5LINA 5I5QA 3A8ZA 4J1BA 4J7VA 2AUBA 1L63A 233LA 1IC5Y 1L25A 2W1YA 235LA 1L28A 4NSHA 3OE6A 4E3UA 1GD6A 2MEGA 2BQNA 219LA 1LSEA 133LA 123LA 5LZMA 1FLWA 1IR7A 1HFZA 2DKVA 4J0LA 4C3WA 2BQFA 3HUQA 3K3TA 1G7IC 3TXJA 1L71A 4IAPA 224LA 1G7JC 1KIQC 1NHEA 3PBLA 3W6FA 1DZBX 3QE8A 1LZEA 3OE9A 1LLHA 3A6BY 4AQNA 4PPOA 1LHLA 3NY9A 1GBXA 1YAOA 4H9IA 1OVJA 3W6DA 190LA 2B6ZA 1GFGA 1L91A 4P2EA 2FYDA 2DQGY 4ML7A 1C6NA 4NHQA 1LJFA 1RJCB 5I54A 2LHMA 2H9JA 1GB6A 5B05A 1L26A 3GUJA 1VAUA 241LA 5FELA 5HQ1A 1QTCA 3A34A 1LYFA 3CDOA 4Z3MA 1FDLY 132LA 1JTPL 4WG7A 1KXXA 1VFBC 1L50A 209LA 1LKSA 1H87A 1BVKC 1L45A 1BB5A 1UC0A 1LCNA 1L62A 4QY9A 2D6BA 4DAJA 3B6LA 1CJ6A 3SBBC 2BQMA 1PQJA 1OWYA 4HP0A 1TBYA 5B1GA 1C64A 1KXWA 1LZTA 1GBOA 1L60A 1OYUA 1XGUC 164LA 212LA 1GBWA 5APDA 1OUGA 252LA 5I4XA 216LA 4WO9A 4OWEA 4ETDA 4BAPA 1QUOA 4PRUA 1JHLA 1JJ1A 3FE0A 1GEVA 4I8SA 1BHZA 184LA 3F6ZA 1WQRA 1TDYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B1F A;  3LZ2 A;  2XBS A;  3CSR A;  2F4A A;  1LJ3 A;  4AXT A;  1IVM A;  1JUG A;  1YKY X;  4Z46 A;  1LZR A;  4DT3 A;  1GFE A;  3CB7 A;  1I20 A;  4G49 A;  4OOT A;  1GB5 A;  2BQE A;  3A3Q A;  8LYZ A;  2ZYC A;  4GN3 A;  5JEN B;  1CKG A;  2BQD A;  5KXX A;  1YKX X;  3AZ6 A;  2FBD A;  4LFX A;  5KXW A;  1IY3 A;  1GBZ A;  1FN5 A;  1NDM C;  2BQO A;  1CJ7 A;  1LJH A;  1LJK A;  1TCY A;  5DN4 A;  2BQC A;  1GXV 2;  4NGZ A;  3LYM A;  1IWZ A;  1WQP A;  4ET8 A;  4KPM A;  1B7L A;  5LIN A;  3P66 A;  1PS5 A;  1CKF A;  5I5Q A;  1YL0 X;  3OJP A;  3A8Z A;  4J1B A;  4J7V A;  2HUB A;  3TXE A;  4N8Z A;  1LHI A;  2AUB A;  1IP6 A;  2GV0 A;  3HFM Y;  2G4Q A;  4LT3 A;  1B7M A;  1GF9 A;  4HPE A;  3AB6 A;  1F6S A;  1V7T A;  1IC5 Y;  1REM A;  2W1Y A;  3B72 A;  1GF8 A;  4NY5 A;  4YEN A;  5LYM A;  4YEM A;  1D0L A;  4XJD A;  1OUH A;  1LZ1 A;  5FHW A;  1IWW A;  1C7P A;  4WM2 A;  2XJW A;  2DQI Y;  1LZ8 A;  4NSH A;  4E3U A;  1GD6 A;  2A7F A;  1HML A;  1LSC A;  2BQN A;  1LZC A;  2MEG A;  1GFH A;  4CJ2 A;  2X0A A;  1GF0 A;  1INU A; 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 1LMT A;  4GLA A;  4ET9 A;  4HJZ A;  5KY1 A;  1UIF A;  1B2K A;  3QNG A;  1JJ3 A;  1IP1 A;  2EKS C;  2ZIJ A;  1J1P Y;  5LVI A;  5KXL A;  1JTO L;  4GCD A;  4NSG A;  1GE0 A;  5I4Y A;  3ATN A;  2I6Z A;  1DPW A;  1LZG A;  1EQ4 A;  2DQJ Y;  2H5Z A;  2HEE A;  4R0F A;  4XJB A;  5C6L A;  1QUS A;  1ZMY L;  1HSW A;  4DDB A;  3WPJ A;  2EIZ C;  4II8 A;  3HBD A;  4ETB A;  1XGR C;  4WM6 A;  2G4P A;  1LYO A;  1GF4 A;  1LYS A;  4HTN A;  3N9A A;  3A92 A;  3AZ4 A;  6LYZ A;  3B0O A;  1OUF A;  4DDA A;  1I56 A;  3G3A B;  4LYZ A;  1LHM A;  1LHH A;  3M18 B;  1IWY A;  4UWV A;  1OUC A;  1FLQ A;  1D9U A;  4WLX A;  1B7S A;  3W6E A;  4MCK A;  4ETC A;  1VDP A;  1NWG A;  4D9Z A;  193L A;  4EOF A;  3E3D A;  1B7N A;  4DD7 A;  1B5V A;  2BQL A;  4TSB A;  3T36 A;  1LZA A;  4GCF A;  4O34 A;  3AW6 A;  5E4P A;  2B5Z A;  1B7R A;  1NDG C;  4I0C A;  1F6R A;  3CT5 A;  3IWR A;  4HV2 A;  3N9C A;  4XJI A;  5F9U A;  1REZ A;  2I25 L;  4RW2 A;  2DBT A;  1LSN A;  1FKV A;  1REX A;  5B07 A;  2W1L A;  1KXY A;  1DKK A;  1HEW A;  1J1X Y;  4WM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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