1OVKA

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with n-allyl-aniline
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ovkA00
1JTMA 3C8RA 1L73A 4W55A 1L55A 1L98A 3G3WA 4YXCA 248LA 1WTHA 3HWLA 7LZMA 1C69A 1I6SA 164LA 1XJTA 4W52A 1P37A 109LA 1CVKA 1OVHA 3SB6A 4DJHA 1D3NA 1KY0A 1C6HA 1QTVA 1QUGA 1PQOA 1L40A 230LA 1QS9A 3SB9A 1QTCA 1L64A 3C81A 151LA 1L79A 1T6HA 212LA 147LA 2RBPA 148LE 1LLHA 1C6CA 1L06A 1C6MA 2B72A 3SB7A 3HUAA 4W53A 1L77A 185LA 259LA 1L05A 1C6QA 3GUPA 3FI5A 4PK0A 1P5CA 3GULA 216LA 1L65A 1XEPA 232LA 1L25A 1G0PA 1L0JA 1LGXA 1C6GA 1L11A 2OU0X 184LA 2OTZX 1L49A 157LA 126LA 3NY8A 1QTHA 1D3MA 1LYGA 173LA 183LA 1L94A 1PQKA 3C82A 1CTWA 1LYEA 1QTZA 1SWYA 4EPIA 4ARPA 3DKEX 1L32A 1L30A 3L64A 4IAPA 1L75A 1P2LA 1L58A 3GUMA 2B6WA 2OEAX 3C8SA 1L80A 1SX7A 2RBRA 1KY1A 2RB1X 228LA 178LA 2F32A 1L71A 4ARLA 225LA 1CU3A 1L37A 249LA 244LA 1D2WA 239LA 3OE6A 1P7SA 3VW7A 1CV4A 6LZMA 2LC9A 3DMZA 1L44A 114LA 144LA 2ANXA 161LA 2B6ZA 3PBLA 251LA 1L97A 206LA 3HH3A 1CU0A 219LA 3ODUA 1C6EA 1CV3A 166LA 4ARQB 2B70A 1G0QA 1L82A 119LA 1L02A 1L0KA 1PQDA 1C60A 4EKPA 112LA 1L61A 1P64A 3LZMA 4I7PA 1QT4A 3CDTA 3HTGA 1QS5A 1NHBA 1C6BA 1L39A 188LA 2L78A 3HUKA 4W51A 1L90A 1JQUA 1G0GA 1L66A 262LA 3EMLA 4EXMA 1CU5A 2HUMA 4W58A 115LA 4I7KA 1LYIA 4EPFA 1OV5A 1OWZA 1B6IA 243LA 138LA 190LA 1C63A 2ANVA 2OE4X 3CDRA 237LA 3SB8A 1L50A 1LW9A 170LA 4I7MA 1PQJA 152LA 198LA 3NY9A 197LA 1L15A 108LA 142LA 1CU6A 168LA 3L2XA 1L84A 4I7QA 1JTNA 1LGUA 2RAYX 1ZURA 1T8FA 3F9LA 4LZMA 5I14A 3HDFA 1C6KA 4LDOA 3V2YA 210LA 1CX6A 4ARMB 1CV6A 1L48A 1L83A 1L87A 1ZYTA 140LA 1C65A 3SBAA 1OV7A 3DMVA 118LA 2Z6BA 3GUIA 2QARC 1L17A 3C7ZA 1LI3A 2O79A 129LA 1L54A 3QAKA 4I7SA 3CDQA 1P3NA 1CUPA 3OE9A 176LA 181LA 4LDEA 1QTDA 4YXAC 1L04A 236LA 1L60A 1L46A 1C6AA 1G0KA 1D9WA 3HDEA 1EPYA 2RAZX 2RBNA 187LA 120LA 4E97A 1K28A 200LA 1L34A 1G1VA 1L56A 252LA 3HTDA 1C6TA 1L52A 246LA 3F8VA 186LA 3JR6A 127LA 238LA 1L22A 1OVKA 2RH1A 125LA 3SBBC 3DN3A 4I7TA 1L38A 2RB0X 180LA 1L63A 1C6LA 2CUUA 3FA0A 1P2RA 2O4WA 1L16A 195LA 1ZWNA 3DN4A 1C6NA 1DYDA 128LA 1KW7A 1L33A 4ZPUA 2Q9EA 1C6IA 4W54A 4W59A 146LA 240LA 1P6YA 3DN1A 3RUNA 1LWGA 3DN8A 1PQMA 2O7AA 2B6TA 2OE9X 3C8QA 3OE8A 174LA 217LA 143LA 2B7XA 1QTBA 261LA 1L23A 169LA 3HT9A 231LA 4GRVA 1DYGA 229LA 141LA 3SB5A 1C6PA 3C7YA 199LA 2B6YA 209LA 4I7OA 256LA 2NTGA 1D3FA 1L89A 1L21A 3GUOA 1L24A 4I7NA 214LA 1QT8A 2OE7X 3GUJA 196LA 123LA 1LYJA 260LA 4PJZA 130LA 1QUOA 3OE0A 2OTYX 1C66A 1L96A 234LA 104LA 1LPYA 1OYUA 3V2WA 1L28A 139LA 4DKLA 182LA 1KW5A 1L42A 1QT6A 1LI2A 1C6JA 165LA 1L74A 1SSWA 1L20A 4OO9A 2HUKA 1L91A 1L99A 1L43A 1L10A 3PDSA 1SSYA 4S0WA 122LA 220LA 3CDOA 1G0MA 1L03A 1KS3A 137LA 1L18A 1P56A 253LA 4K5YA 1L13A 1C62A 1DYCA 3C83A 1L93A 1CV0A 3FADA 4EKQA 4DAJA 3C80A 4EKSA 2RBQA 258LA 1L00A 1QT7A 3UONA 145LA 103LA 167LA 223LA 3SN6R 1QSQA 1DYEA 113LA 172LA 1L86A 1CUQA 218LA 1QT3A 1T8AA 2A4TA 1D3JA 1PQIA 1L53A 131LA 1C6DA 3DN2A 1L88A 1L08A 1L85A 1L19A 4W56A 1L62A 2B73A 2OU8A 226LA 1L67A 102LA 1LYFA 2F47A 1L51A 2B74A 3DN6A 4GBRB 107LA 1L59A 3HH5A 3G3XA 4AQNA 201LA 3CDVA 3HH4A 3GUNA 1QSBA 1L69A 4I7RA 1QUHA 162LA 2LCBA 175LA 3HH6A 1QT5A 1OWYA 160LA 4ARMA 2Q9DA 3G3VA 215LA 211LA 1T8GA 110LA 1L81A 3DNAA 159LA 1XJUA 1CU2A 158LA 3K2RA 1G0JA 1SX2A 2B6XA 1L27A 1DYBA 2RBSA 2LZMA 213LA 1L45A 1L68A 2RB2X 245LA 3GUKA 3DN0A 1DYAA 1G06A 1L57A 1L41A 150LA 1LGWA 1L35A 1P36A 4EJ4A 1L07A 1C68A 241LA 1C64A 1P46A 1G0LA 1L95A 1CX7A 205LA 4LDLA 3RZEA 1DYFA 250LA 3HTFA 3HUQA 3HU8A 222LA 1L76A 156LA 2IGCA 3DMXA 1L36A 1L92A 1L47A 1L14A 1LYDA 189LA 224LA 1L31A 1L12A 1LWKA 4ARJA 111LA 171LA 4YX7C 221LA 3C7WA 1CV5A 191LA 2RBOA 1C67A 1D2YA 2HULA 2QB0B 1TLAA 3HT8A 1C61A 2B75A 4I7JA 3NYAA 163LA 1L01A 177LA 257LA 3HU9A 2NTHA 1CV1A 1LYHA 155LA 3HT6A 255LA 247LA 1L72A 1G1WA 1SWZA 1QUDA 2OU9A 1L29A 3HT7A 227LA 192LA 2F2QA 1OVJA 1L26A 1LI6A 4ARQA 242LA 1T97A 1KNIA 1L09A 254LA 4W57A 4I7LA 233LA 1L70A 5LZMA 4EKRA 1C6FA 235LA 3D4SA 3HTBA 149LA 1G07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W55A 1LHKA 132LA 2W1YA 4YXCA 1WTHA 3HWLA 1C69A 3QY4A 1G7MC 4DJHA 1KY0A 5B06A 4OWHA 4KXIA 2G4NA 4WLDA 5FCPA 1I1ZA 1UIBA 4Z41A 5LVKA 2Q0MX 2B72A 2BQNA 1L77A 1DI5A 185LA 4XJBA 5KXRA 4E3UA 3FI5A 1P5CA 5DLAA 1XEPA 1YIKA 3OJPA 2BQFA 4WM2A 1RJCB 157LA 126LA 1GXV2 4DD3A 1D3MA 5KXTA 183LA 5HNCA 1LYEA 1QTZA 4ANRA 2ZIJA 5I54A 3D3DA 5C6JA 4DDCA 1XGPC 4NSJA 1L32A 3L64A 4IAPA 1SX7A 4ETDA 2RB1X 178LA 2MEFA 3E3DA 1QSWA 249LA 4HJYA 1GB2A 1LJIA 4HPEA 1IR8A 144LA 5APFA 161LA 2RSCA 3PBLA 3EMSA 3HH3A 1RCMA 1GBXA 1FLQA 2B5ZA 2B70A 2MEBA 1G0QA 1L82A 2I6ZA 1GF4A 1UACY 3P65A 1OQMA 1LSNA 4I8SA 5I4YA 1D0LA 3HBHA 1VAUA 5LXWA 4EXMA 1CU5A 4AXTA 1OV5A 2YBJA 190LA 3ZEKA 3CDRA 237LA 3SP3A 4ETBA 5KXNA 3A34A 1JTPL 4IJ4A 198LA 3L2XA 168LA 133LA 1JTNA 4WM1A 3LN2A 3F9LA 1HSXA 4NG1A 1GEVA 1CX6A 1IP2A 5DN4A 3D9AC 1ZYTA 1C65A 1WQQA 1OV7A 4NGWA 118LA 1LZNA 4XJIA 4BS7A 3GUIA 1HSWA 2QARC 4J1BA 1NDMC 3WMKA 1BVXA 3RU5A 4I7SA 1SLYA 3WYHA 5F14A 3TXKA 4DD7A 176LA 4YXAC 3WULA 5F81A 1L04A 236LA 4PPOA 1L46A 1IP4A 3LZ2A 1GBZA 187LA 4H8YA 4W96A 3WW5A 186LA 5KXOA 1OVKA 1HFYA 1JITA 2RB0X 1VFBC 2MEIA 5HMVA 5LVGA 1P2RA 195LA 5KXMA 4TSBA 4NHPA 1ZWNA 3DN4A 1LZ1A 1DYDA 1L33A 1C6IA 4W54A 1GB8A 1LZBA 1P6YA 3DN1A 3A90A 1LZ9A 2BQAA 3C8QA 2O7AA 3HBDA 5HLLA 1DZBX 1JHLA 4RLMA 1FLUA 261LA 3TMVA 1DI4A 5I53A 231LA 2MEAA 2Z12A 2BLXA 5B1FA 3C7YA 2B6YA 209LA 4ZFPA 3GUOA 1BB6A 2LYOA 1WQMA 4GLVA 2HEAA 3FI7A 123LA 260LA 4H9FA 1LZ5A 4LT2A 1MLCE 4PJZA 4RDSA 1QUOA 1HFZA 3P64A 2IHLA 1OYUA 3V2WA 1L28A 1KW5A 1L42A 3A6BY 2C8OA 4DC4A 1C6JA 2HEDA 165LA 4NHTA 1L20A 4OO9A 1GDXA 1GF9A 1L43A 5II3A 4EOFA 3B0OA 1GFVA 4AGAA 3CSQA 3CDOA 4L41A 4HTNA 1P56A 1LKSA 1BWIA 1C62A 3C83A 4A7DA 4LZTA 4EKSA 2RBQA 258LA 1B9OA 1L00A 2BQIA 4LT0A 2BQJA 1KXYA 3UONA 145LA 3GXKA 1JJ3A 4OWEA 1L86A 218LA 4BAFA 1PQIA 131LA 5LAFA 1C6DA 1XGUC 1L08A 3LYOA 4BADA 1LZGA 4MCKA 1LYFA 2F47A 3TMWA 1GE0A 3CT1A 3HH4A 3TXGA 1L69A 5B59A 3IJUA 1B5ZA 2Z2FA 2LCBA 5C6LA 4HTQA 1T8GA 2FBBA 1XEKA 3AZ5A 159LA 4TX7A 4O34A 1DQJC 1QDTA 1SX2A 1DYBA 3CB7A 1JTTL 1B5WA 2RB2X 3GUKA 3DN0A 2PC2A 150LA 1IOSA 1BB4A 2EKSC 1LYYA 4QGZA 1FBIX 241LA 1REMA 1GFJA 1GPQC 4NGZA 1CKDA 1G0LA 1N4FA 1CX7A 5FHWA 4LDLA 4N0JA 3HUQA 1T3PA 2IGCA 1L47A 4RLNA 1IWZA 1L14A 4NWHA 1LWKA 4ARJA 4LFPA 4YX7C 4MR1A 3BKVA 1C67A 4FJRA 4IATA 5LYZA 1GHLA 1H87A 2QB0B 1C61A 3EXDA 5L3IA 3NYAA 9LYZA 4H8XA 3W6FA 3ZVQB 1B5UA 4NWEA 3HT6A 1UIEA 4LT3A 2N5ZA 2I26L 1SWZA 1YANA 1L29A 4NHQA 4WO6A 5APDA 1EL1A 1LHIA 4ARQA 1B7RA 1T97A 1KNIA 1L09A 1BWJA 4WM3A 4PGJB 4I7LA 5KXXA 1GF7A 3W3EA 4GCBA 4OWAA 3M18B 2BQCA 4TSCA 1V7SA 5KXZA 3P68A 7LZMA 1IVMA 1VDSA 2Y8PA 164LA 109LA 1CVKA 4ZIXA 3SB6A 5I4WA 1HEQA 2A7DA 3J6KA 3LZTA 1PQOA 4DDAA 3TXJA 230LA 4LYTA 1QS9A 5APCA 3RZ4A 1QTCA 5A3ZA 2MECA 1HMKA 1L79A 4G4HA 1JKBA 148LE 4XJGA 2XJWA 4W53A 3WUMA 1L05A 2F4GA 4HJZA 1C6QA 1LSZA 1B2KA 216LA 5A3EA 1LGXA 1C6GA 1L11A 2OTZX 1QTHA 1LJFA 3A8ZA 173LA 3C82A 3N9AA 4EPIA 2CJLA 3WUNA 4G4CA 1L75A 1P2LA 3GUMA 1L58A 1GFUA 2OEAX 4LYZA 1GBOA 1L80A 2RBRA 1KY1A 2LYMA 228LA 2F32A 4ARLA 1IOCA 1KXXA 1XEIA 225LA 3T6UA 8LYZA 1P7SA 6LZMA 2LC9A 2ZWBA 114LA 2ANXA 1IWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W55 A;  1LHK A;  132L A;  2W1Y A;  4YXC A;  1WTH A;  3HWL A;  1C69 A;  3QY4 A;  1G7M C;  4DJH A;  1KY0 A;  5B06 A;  4OWH A;  4KXI A;  2G4N A;  4WLD A;  5FCP A;  1I1Z A;  1UIB A;  4Z41 A;  5LVK A;  2Q0M X;  2B72 A;  2BQN A;  1L77 A;  1DI5 A;  185L A;  4XJB A;  5KXR A;  4E3U A;  3FI5 A;  1P5C A;  5DLA A;  1XEP A;  1YIK A;  3OJP A;  2BQF A;  4WM2 A;  1RJC B;  157L A;  126L A;  1GXV 2;  4DD3 A;  1D3M A;  5KXT A;  183L A;  5HNC A;  1LYE A;  1QTZ A;  4ANR A;  2ZIJ A;  5I54 A;  3D3D A;  5C6J A;  4DDC A;  1XGP C;  4NSJ A;  1L32 A;  3L64 A;  4IAP A;  1SX7 A;  4ETD A;  2RB1 X;  178L A;  2MEF A;  3E3D A;  1QSW A;  249L A;  4HJY A;  1GB2 A;  1LJI A;  4HPE A;  1IR8 A;  144L A;  5APF A;  161L A;  2RSC A;  3PBL A;  3EMS A;  3HH3 A;  1RCM A;  1GBX A;  1FLQ A;  2B5Z A;  2B70 A;  2MEB A;  1G0Q A;  1L82 A;  2I6Z A;  1GF4 A;  1UAC Y;  3P65 A;  1OQM A;  1LSN A;  4I8S A;  5I4Y A;  1D0L A;  3HBH A;  1VAU A;  5LXW A;  4EXM A;  1CU5 A;  4AXT A;  1OV5 A;  2YBJ A;  190L A;  3ZEK A;  3CDR A;  237L A;  3SP3 A;  4ETB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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