1OVKA

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with n-allyl-aniline
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ovkA00
103LA 1L79A 2B72A 2L78A 4I7KA 2B74A 1L81A 113LA 1C6PA 201LA 1PQKA 251LA 3G3XA 1ZURA 1L15A 1L62A 249LA 1L38A 142LA 1C6EA 149LA 3HT9A 1JTMA 1L40A 111LA 1CU0A 2RH1A 1LWKA 1P46A 1C6HA 210LA 1L45A 3C7WA 1LYFA 1QUGA 1LYHA 4LDOA 1L13A 1L03A 1L46A 178LA 4W57A 3SB8A 5I14A 212LA 1XJTA 1L33A 158LA 1KY0A 115LA 1L26A 1L12A 1B6IA 1C63A 129LA 3DMZA 4W55A 1P37A 164LA 2LZMA 1ZYTA 128LA 1DYAA 2RAZX 1C68A 4AQNA 169LA 3RUNA 1L11A 123LA 1L0JA 1L0KA 1L69A 1C61A 1SX2A 1CV0A 1L20A 7LZMA 131LA 2RBQA 1OVKA 3CDRA 1QS9A 4W58A 4LDEA 107LA 1L94A 1P2RA 3UONA 1C6GA 232LA 3SBAA 1DYEA 1KNIA 2QARC 1QT5A 3GUOA 4ARMB 1QSBA 104LA 1L21A 213LA 1JTNA 238LA 109LA 3SN6R 1T8FA 1CUQA 1L75A 3HH3A 1D9WA 242LA 1CV3A 1LGXA 3DN6A 1KY1A 1L63A 236LA 1C62A 2IGCA 2RB1X 175LA 148LE 1C6QA 1L57A 4I7TA 156LA 166LA 1L77A 1T8AA 2RAYX 1P5CA 2LCBA 5LZMA 217LA 2LC9A 2B6YA 157LA 1CV4A 4ARJA 1ZWNA 1L82A 1L74A 1CV6A 206LA 1L90A 144LA 1L32A 159LA 1C6TA 2ANXA 3DN2A 1OV5A 2CUUA 1CV5A 3L2XA 240LA 1D2WA 1L17A 1L29A 1L73A 1L58A 176LA 3OE8A 2B6TA 1KS3A 3F8VA 2RBPA 1L72A 1LW9A 1LWGA 125LA 3L64A 1G07A 2A4TA 4EPIA 3CDQA 3HT8A 1QUDA 4I7LA 3OE0A 1L09A 1OWZA 200LA 3PDSA 1L25A 3ODUA 258LA 3DN1A 1LI6A 3CDTA 1L28A 150LA 229LA 1G0PA 225LA 1C6JA 181LA 1QTBA 3DNAA 1WTHA 1L27A 1L84A 1LI3A 1L31A 2B6ZA 4I7OA 1L04A 4W59A 146LA 1CUPA 1PQIA 1D3JA 1C6BA 3GULA 1L18A 108LA 4W51A 2RBSA 4ZPUA 4EKRA 4PJZA 143LA 2OU8A 3GUMA 1PQDA 1QT6A 3G3WA 1CX6A 1QTVA 4EKQA 1T6HA 102LA 4YXAC 140LA 205LA 2Q9EA 4LZMA 4ARLA 1C6MA 1XEPA 259LA 245LA 3VW7A 3FI5A 1C6DA 3CDVA 174LA 2Q9DA 1L96A 1L54A 3D4SA 1L97A 1G0LA 2B73A 1L34A 1L66A 1L59A 3HWLA 1C6FA 1NHBA 1P3NA 4EKPA 1DYBA 2F2QA 3LZMA 188LA 237LA 1L24A 244LA 4EPFA 3C83A 1CU5A 1DYCA 254LA 1L65A 3SBBC 2OE7X 1L91A 218LA 256LA 2B6XA 1L42A 2OEAX 3HUAA 1L08A 2Z6BA 1JQUA 1L05A 1L47A 215LA 112LA 130LA 1L80A 4EXMA 1OVJA 233LA 190LA 219LA 4GBRB 1L19A 1LPYA 3DKEX 1G1WA 1C6CA 2RBNA 1C66A 1LI2A 209LA 3DMVA 1L93A 3RZEA 182LA 1G0JA 2HULA 2OU0X 3C82A 1L98A 1L95A 222LA 160LA 2HUKA 199LA 1P2LA 2OTYX 161LA 1QTZA 1QTHA 1L50A 248LA 183LA 1T8GA 255LA 1P36A 235LA 141LA 3HT7A 1L88A 3FA0A 1CVKA 1T97A 1DYDA 114LA 2RB0X 1L01A 1L00A 1L83A 137LA 1CX7A 3V2YA 1OV7A 1PQJA 3F9LA 4ARQB 4YXCA 191LA 1G0MA 1L55A 4I7RA 1QT3A 1SSYA 1CU2A 3G3VA 239LA 3HH5A 1QTCA 4DAJA 1DYFA 3HT6A 4I7SA 253LA 4LDLA 155LA 2OE4X 3C8QA 1L36A 252LA 197LA 2NTGA 192LA 2O7AA 122LA 1L06A 118LA 3DN3A 3GUNA 1SSWA 198LA 1L53A 2B75A 1D3NA 3EMLA 231LA 171LA 260LA 1C64A 1P64A 1L60A 2HUMA 139LA 1OWYA 2OU9A 4K5YA 2OTZX 4IAPA 3HTBA 147LA 1P6YA 126LA 262LA 152LA 3C8RA 1L35A 246LA 1C6AA 227LA 3HH6A 1L92A 1L02A 1L39A 4GRVA 1G06A 1L51A 189LA 1QT4A 3HDEA 2F32A 3C80A 186LA 1C65A 1L71A 1P56A 261LA 2RBRA 1XJUA 163LA 1D3MA 4DKLA 177LA 110LA 1L56A 1L16A 1L85A 234LA 1L68A 1D3FA 1L10A 1LGUA 165LA 3SB5A 3PBLA 226LA 3C8SA 3DMXA 3DN0A 4I7NA 1L30A 1L14A 3GUIA 187LA 4EJ4A 1L86A 3K2RA 1L67A 4DJHA 3C81A 211LA 1C6LA 1L76A 1QTDA 3HU9A 257LA 224LA 1EPYA 3NYAA 184LA 6LZMA 1QS5A 3FADA 3GUKA 127LA 3V2WA 1L41A 1L43A 4EKSA 3HUQA 1QT8A 3HH4A 4W56A 1SWYA 2QB0B 247LA 1C67A 1L99A 1KW5A 1SX7A 2ANVA 3JR6A 4I7MA 185LA 1C69A 230LA 1L07A 1OYUA 4PK0A 1LYEA 4ARMA 3NY8A 3HTFA 3QAKA 3SB6A 2NTHA 3HUKA 195LA 1QUHA 250LA 1OVHA 4E97A 1QUOA 3SB9A 216LA 1LLHA 1CU3A 1L52A 1D2YA 167LA 3DN4A 1CV1A 4W53A 3GUJA 1L22A 3HDFA 2B6WA 1L49A 1DYGA 220LA 1I6SA 180LA 3GUPA 3OE6A 1G0KA 221LA 214LA 3DN8A 3HTGA 1SWZA 1G0GA 1L87A 1LGWA 3C7ZA 196LA 4I7PA 2RB2X 4W52A 170LA 4S0WA 172LA 1L37A 1LYJA 1TLAA 4ARPA 3HTDA 2RBOA 1PQOA 3OE9A 2B70A 1L48A 223LA 1LYGA 1K28A 3NY9A 1L23A 228LA 1L70A 151LA 1C60A 1LYDA 4YX7C 1QSQA 1C6KA 1P7SA 162LA 3C7YA 4ARQA 1C6NA 1C6IA 2OE9X 1QT7A 2F47A 1L89A 168LA 1G1VA 4W54A 145LA 173LA 1CTWA 1L61A 3SB7A 119LA 1L44A 1L64A 4I7JA 1LYIA 138LA 1G0QA 3HU8A 2O79A 241LA 2B7XA 4I7QA 243LA 1PQMA 1CU6A 2O4WA 3CDOA 4OO9A 120LA 1KW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
194LA 1GXXA 5LYTA 1LPIA 1H6MA 1GFAA 5HNLA 1L62A 2DQHY 1L38A 1GBWA 1JTMA 3AW6A 111LA 2ZYPA 4RLNA 4H8ZA 4ET9A 1CU0A 1LYOA 5KXNA 3SB8A 4LDOA 1L13A 1L03A 1L46A 2DQFC 4PJ2C 1GE4A 4KPMA 1FLQA 1L33A 4RW2A 1KY0A 115LA 3EMSA 1C63A 3DMZA 3AB6A 2BQOA 128LA 1AZFA 2RAZX 1B5WA 4AQNA 1ZVHL 3RUNA 2Z37A 2Z2FA 4OWHA 131LA 1LOZA 3UONA 107LA 1IWTA 1DYEA 1LMCA 5KXWA 4M4OA 1GF9A 1REMA 1GF8A 1L21A 2DQJY 1JSFA 213LA 5FDJA 1YANA 238LA 132LA 4WO9A 5KJ9A 4LT1A 3AYQA 133LA 5LVKA 1JTTL 1CV3A 4LGKA 148LE 156LA 1VDTA 2NWDX 1L77A 1T8AA 4WM5A 5LVIA 2ZILA 1P5CA 2LCBA 5LZMA 3TXFA 1CV4A 4ARJA 1L82A 3HBHA 2YBLA 1L32A 1C6TA 4DD0A 5LYMA 3DN2A 1OV5A 1IX0A 1CV5A 3CB7A 5IELA 1GHLA 4CFOA 1L29A 2Z2EA 1KS3A 4ET8A 4WLYA 4HV1A 1B5UA 4R0FA 1LWGA 1LKSA 2IFFY 2LYZA 4I7LA 5I54A 3VWOA 4L41A 3PDSA 2IHLA 4GN5C 3CDTA 1C6JA 181LA 3LZ2A 1SQ2L 1L27A 1GDWA 2BQJA 1L84A 1L31A 146LA 1GFRA 1JJ0A 1G7HC 3A3RX 1C6BA 4G9SA 5JENB 1JUGA 3A34A 1PQDA 1QT6A 3G3WA 1CX6A 4EKQA 2YSSC 3AZ4A 1HSWA 5A3ZA 1OUIA 2Q9EA 1V7SA 1LKRA 4ARLA 4DQJA 4G4CA 259LA 1XEPA 2HECA 1DI5A 5A3EA 1J1PY 245LA 1GB8A 4YEOA 1LSZA 1FLYA 2Q9DA 5KXZA 3AGHA 4BS7A 1GB6A 3HWLA 1NHBA 3GXRA 1DYBA 4EKPA 4NG8A 5LVHA 244LA 2Z12A 1WQPA 4RW1A 1CU5A 1L91A 1GPQC 2I25L 2Z6BA 1LHHA 1KXXA 233LA 4HPEA 1GXV2 1L19A 2MECA 1G1WA 1C6CA 1C10A 1KXWA 2F2NA 1B7MA 2F30A 1LJKA 2MEIA 4WM2A 1D6QA 2BQMA 1IP4A 1HEQA 3WW6A 183LA 1P36A 3HT7A 1L88A 1LHLA 1CVKA 1IR9A 2F4GA 1VDQA 1L83A 3IWRA 4ARQB 4WM3A 1G0MA 4I7RA 3G3VA 1BGIA 4EMNA 1QTCA 1XGTC 3HT6A 3W3EA 1LSEA 3OJPA 4B49A 3TXJA 2OE4X 2Q0MX 1UBZA 3C8QA 4H9CA 3W6CA 4H9BA 7LYZA 4U3XB 1QTEA 122LA 1HENA 2YVBA 3WMKA 118LA 3GUNA 1IWWA 1IR8A 1BVXA 260LA 1C64A 1L60A 1QUSA 3WW5A 139LA 2OU9A 4IAPA 2RSCA 147LA 4WL6A 5KXXA 3TXIA 2MEBA 3J6KA 4OWBA 1QT4A 2F32A 3C80A 4NWEA 8LYZA 5KKIA 1CKCA 4Z98A 234LA 1YL1X 4J7VA 1L68A 207LA 1LMAA 1HFXA 1OUFA 1D3FA 2C8PA 1QSAA 1LSAA 1GF0A 3CSQA 187LA 4LFPA 3K2RA 4DJHA 211LA 257LA 4XJBA 3AJNA 1O23A 3HUQA 1QT8A 1SWYA 1IC5Y 4WLDA 1SLYA 1B7RA 5T3FA 1LYYA 230LA 1L07A 2BQLA 4PK0A 2DQCY 5LINA 3QAKA 3SB6A 1HC0A 4OWEA 3CT5A 1OVHA 1DZBX 3M18B 1QUOA 5APEA 1LLHA 1FDLY 2HEEA 1LZSA 2DQIY 167LA 1LSPA 4W53A 1WQNA 1DKKA 1LZ6A 4GCEA 220LA 1I6SA 1GE3A 1G0KA 1BB6A 1SWZA 4NGVA 1G0GA 4GN4A 3W6DA 1LGWA 196LA 4I7PA 3TXDA 4W52A 1UIDA 1L37A 4DD9A 1L48A 1LYGA 1L70A 2BPUA 4H9EA 4H9AA 1VDPA 1LYDA 1YAPA 162LA 4ARQA 4LYBA 4C5FA 2HEAA 3QY4A 2ZQ3A 2ZYCA 1HHLA 2DQGY 2CDSA 173LA 1CTWA 2DBTA 1LSCA 4DWXA 4XYYA 1HF4A 1LHJA 4LZTA 1IOTA 1BQLY 4I7QA 4QGZA 2FYCA 2O4WA 1GB9A 2G4NA 1GB2A 1L79A 2L78A 3N9AA 2B74A 113LA 4YENA 1PQKA 4XJGA 1L15A 5IDDA 3N9CA 5HMVA 5FHWA 1C6EA 4XJIA 2XTHA 2D4KA 5AMYA 1OUEA 1JWRA 1D0MA 1LWKA 1P46A 210LA 1L45A 1WVUA 1XEIA 1XGRC 4TX7A 1QUGA 3WVYA 4DD3A 1LYHA 3LYTA 178LA 4W57A 1OUHA 2BQCA 3LHMA 3EO5A 2CJLA 4B0DA 1GDXA 1LSMA 1C68A 4NSIA 1WTMA 169LA 1HMLA 1L0JA 5IHGA 1IWVA 3A6BY 4CGEA 1TAYA 2MEFA 4HPIA 3WPJA 1WVVA 1L94A 1P2RA 232LA 3SBAA 1KNIA 1XSFA 1TEWA 104LA 1D0KA 3ATOA 1GEVA 2MEGA 1JTNA 1GBSA 4LYZA 1VATA 4WM4A 2YBIA 1L75A 3BKVA 1L63A 236LA 1YL0X 2A7FA 1C62A 4N9RA 175LA 1C6QA 1L57A 1JIYA 1CJ6A 4WM1A 1B9OA 3WH1A 2GV0A 4B4EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 194L A;  1GXX A;  5LYT A;  1LPI A;  1H6M A;  1GFA A;  5HNL A;  1L62 A;  2DQH Y;  1L38 A;  1GBW A;  1JTM A;  3AW6 A;  111L A;  2ZYP A;  4RLN A;  4H8Z A;  4ET9 A;  1CU0 A;  1LYO A;  5KXN A;  3SB8 A;  4LDO A;  1L13 A;  1L03 A;  1L46 A;  2DQF C;  4PJ2 C;  1GE4 A;  4KPM A;  1FLQ A;  1L33 A;  4RW2 A;  1KY0 A;  115L A;  3EMS A;  1C63 A;  3DMZ A;  3AB6 A;  2BQO A;  128L A;  1AZF A;  2RAZ X;  1B5W A;  4AQN A;  1ZVH L;  3RUN A;  2Z37 A;  2Z2F A;  4OWH A;  131L A;  1LOZ A;  3UON A;  107L A;  1IWT A;  1DYE A;  1LMC A;  5KXW A;  4M4O A;  1GF9 A;  1REM A;  1GF8 A;  1L21 A;  2DQJ Y;  1JSF A;  213L A;  5FDJ A;  1YAN A;  238L A;  132L A;  4WO9 A;  5KJ9 A;  4LT1 A;  3AYQ A;  133L A;  5LVK A;  1JTT L;  1CV3 A;  4LGK A;  148L E;  156L A;  1VDT A;  2NWD X;  1L77 A;  1T8A A;  4WM5 A;  5LVI A;  2ZIL A;  1P5C A;  2LCB A;  5LZM A;  3TXF A;  1CV4 A;  4ARJ A;  1L82 A;  3HBH A;  2YBL A;  1L32 A;  1C6T A;  4DD0 A;  5LYM A;  3DN2 A;  1OV5 A;  1IX0 A;  1CV5 A;  3CB7 A;  5IEL A;  1GHL A;  4CFO A;  1L29 A;  2Z2E A;  1KS3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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