1OVYA

Solution structure of ribosomal protein l18 from bacillus stearothermophilus
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
GTTERPRLSVFRSNKHIYAQIIDDTKSATIVSASTLDKEFGLDSTNNIEAAKKVGELVAKRALEKGIKQVVFDRGGYLYHGRVKALADAAREAGLEF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The solution structure of ribosomal protein L18 from Bacillus stearothermophilus
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S Ribosomal Protein L18
molecule tags Ribosome
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 13
structure length 97
sequence length 97
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ovyA00
1QVGM 4WFBL 4WF9L 1K8AO 3CC2N 3CCJN 1QVFM 1M1KO 5H1SQ 3CCSN 1KC8O 2QEXN 2ZJQL 3OW2M 1W2BM 2OTLN 5HL7L 1Q7YO 1YHQN 1NJIO 1JJ2M 1KQSM 1M90O 1VQMN 1S72N 3CC4N 3CMEN 4IOAL 3CF5L 3PIPL 3DLLL 1YJNN 1K73O 4WFNL 4WCEL 4U67L 3G6EN 3CCLN 1ILYA 3J7ZO 3I55N 5GADP 2ZJRL 1YJWN 3CCUN 1VQ4N 2OTJN 4IO9L 1VQLN 1KD1O 3CCMN 1N8RO 2QA4N 3CXCM 4WFAL 4UY8O 1Q82O 4IOCL 5JVHL 2ZJPL 5GAEP 5MLCQ 1VQPN 3CPWM 1VQ6N 1VQKN 5GAGP 1OVYA 5DM7L 3CC7N 5JVGL 1VQ5N 1VQ9N 3G71N 3G4SN 3I56N 3CCEN 1VQON 1Q86O 1YITN 1YI2N 1Q81O 3CMAN 3CCRN 5GAHP 3PIOL 1VQ7N 1VQ8N 3CD6N 3CCVN 3CCQN 1K9MO 1YJ9N 1VQNN 1YIJN 5DM6L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI5K 3SPYA 3RMAA 4WFBL 1VSFA 3QICA 4BG9A 4X65K 4F8RA 1NG9A 2O8DA 5J2MA 2CH5A 1UWBA 4CJFA 2E6LA 2YNHA 4X62K 4B9VA 2ZF5O 4BRDA 2VWKA 4BRLA 4RWTA 3THWA 4OJRA 4IJAA 4HVJA 2YI1A 3WNGA 4DS4A 3QNOA 3VQBA 1JLCA 2P51A 1TK0A 4BR2A 3L3UA 1HRHA 2NRRA 1EWRA 1OH6A 2VG6A 3O80A 3KLFA 3AVKA 2VWBA 3VEZA 3J80O 2Q1NA 4PKIA 4DTSA 3VA3A 1HNIA 3ZT0A 3ID8A 4CGFA 4BWJA 1RBVA 4EP4A 3L4QA 4BC4A 3DRSA 3ZSYA 1BGXT 3NVKA 3A8YA 4O8UA 4DTRA 4Z4FA 2KKZA 1S6QA 4JD2B 4FLVA 1RBRA 3SJJA 4CFDA 2YJFA 3FLCO 4KHWA 3O08A 5CZ1A 3RVCA 5KGXA 1GLAG 4ILJA 4CF2A 2WONA 1VQ4N 5AJ3K 4OX9K 1JLEA 2KW4A 4CF9A 3NE6A 1S3XA 1U47A 1NK9A 2D5RA 4DFPA 2ITGA 2Z1IA 4B1VA 3DXMA 3F9KA 4Z0UA 3ZSXA 4TSXA 3LL3A 3AVNA 4BGBA 4YORA 1RTJA 3MWTA 3Q7BA 2P9SA 4CJSA 3C65A 2Y1JA 2OYQA 5HRRA 3J7AP 4BDPA 1WAFA 3LDPA 3KZBA 5J2NA 2A3ZA 1J53A 2NRVA 4MQ3A 4CHOA 5F0XA 3KLEA 3ZSOA 3DI6A 2V52B 3HXMA 4DQPA 5LMUK 3VTIA 4FO0A 4WF9L 1C1BA 3CIPA 2HF4A 4CJPA 3MEDA 4LF6K 1T05A 4ZHRA 3CCJN 4O44A 3M1FA 4O5BA 1S5JA 4I9QA 1VSMA 1KC8O 2QWNA 1BIUA 3MCAB 4H03B 2D0BA 3H1QA 4K0KK 2OCEA 1BWFO 2BUPA 3VA0A 3AARA 4DKWA 3O4QA 2XRIA 3I0RA 2E2QA 1BL3A 4CVNE 1ATNA 4JEPA 1ASWA 2E6MA 4QOZB 1IH7A 3LWLA 4M45A 2A6AA 4GKJK 4RW8A 1IO2A 1VSIA 3C6TA 4B3TK 5KPRA 4E3SA 4FJIA 2ATQA 4LD0A 1U48A 2F7TA 5AQPA 3SNNA 4KTWA 3L8BA 3AVMA 4JI6K 5GADP 4JK7A 2W6LA 3UIQA 3NMUA 1QQNA 4AQYK 3EN9A 1Y64A 1D8YA 4HHTA 1Z05A 3D45A 2HMPA 1FW6A 2D0OA 3GBTA 3BY5A 1XMOK 3CQYA 4DHYA 4CZEA 2Q31A 2HVIA 4NLBA 1EKEA 3K5MA 1QSSA 2F8TA 1JXBA 4H8KA 3ASMA 3OBYA 3OYAA 3L2RA 4FJ7A 3M6GA 5AQKA 3TSUA 2FXUA 4OPHA 2P9PA 3FE1A 1KTQA 3TAGA 3CC7N 3QIOA 4EIAA 4W5QA 1YI2N 4JS5A 3OYEA 1R0AA 3TABA 1VQ7N 3KK1A 3K58A 1K9MO 4WE1A 3OS0A 2B5JA 4MDBA 3EYZA 5ADXH 1NK5A 1J5EK 2Q2RA 3L2QA 4JKBA 4YFUA 5M1FA 4JYAK 2P9UB 2W6KA 3WNEA 1GOCA 4DSKA 4RTFD 1U2VA 5CE3A 5C24A 3VETA 3FR0A 4YOTA 3DJCA 2YV0X 5AQIA 4BRQA 4V19S 1M1KO 3FZFA 2ZWHA 4CJRA 3OYJA 4CFBA 3OS2A 4J2BA 3NBPA 2KFNA 2OTLN 3ENHA 3V9XA 4ELVA 3IDHA 3G10A 2HHVA 1TKTA 1YHQN 4M3YA 1U6ZA 3D2EA 3SJHA 1CXQA 3WEEA 3ZETA 4DR5K 4YOWA 3MCPA 5M1KA 3U4LA 5AQSA 4KHNA 3HRGA 5M1OA 1ZBHA 2IDOA 1JCFA 4JRQA 4CK1A 4WFNL 4BACA 2P9KA 3TU5A 3LAKA 3WXLA 4JD2A 2XHBA 3LP1A 3ZX2A 1MA9B 3LZJA 3HSTB 3EKUA 4FWOA 4GMJB 1MWKA 3TAQA 3IS9A 4NXMK 2O4GA 1NJXA 4DSJA 2OZSA 2VQFK 4IDKA 3AAPA 3QDKA 1Q18A 3EEQA 2XY8A 3VTHA 1RBSA 1KFSA 3I33A 3VQDA 3CXCM 4BRIA 4KFBA 1C0GA 4AM6A 2RKIA 3V4IA 4A2BA 3RMBA 2CGLA 2IVOA 4IOCL 4KHQA 2WBNA 1VSDA 1YAGA 1HR0K 3QB0A 3SUQA 5AQHA 1UA0A 3NH1A 1TUUA 5E26A 4Z4HA 1E3MA 2GX9A 1VQKN 5GAGP 4LF8K 4BVOA 5BRHA 3VESA 3HOSA 4FJGA 3RSEB 3CCEN 4DU1A 3I0SA 3ISNC 4EAHD 4CK3A 4GVEA 1U04A 1U4BA 3BGRA 3CMAN 3CCRN 4ZTJA 4G9ZA 3H3OB 4B9NA 4E1JA 3LDNA 3NF7A 4DR1K 1GLJO 3GE1A 4CEZA 4IDHA 1BQMA 3TARA 3HPGA 1BI4A 1HYZA 3H45C 4BRAA 1YVNA 4CD1A 3QFPA 2XO7A 4YOUA 1WNSA 5AQQA 2PZSA 4CJEA 3EY1A 5C25A 4FSVA 2HMIA 3DLBA 5C2FA 4KI4A 4I7FA 3LDQA 4AHRA 1W97L 4J8FA 4BR4A 1S72N 2O8DB 4H0OA 4Y0WA 2BTFA 2QWMA 3CJ9A 5I9EB 3KLHA 5JICA 4H4MA 5LMNK 1QHAA 3VEXA 4JKAA 1NGCA 3CF5L 1JLBA 3ID6A 1J54A 4FWQA 3VQQA 3RWUA 2HF3A 3KTQA 5E84A 4FPBA 3TAMA 1RT1A 5AFUA 3I55N 4C8KA 3SBTA 5IWAK 4CHZA 4DUZK 2E5LK 1Y97A 4ID1A 3MN9A 4IG3A 3MECA 1HYSA 2UXDK 5JLFA 3VGKA 1JLAA 1TK8A 3AO3A 1RGIA 3V1QA 1QS4A 2B4JA 4DV5K 3K5NA 3LALA 4H0TB 3AA3A 2A42A 4F4KA 4N76A 4JKCA 4N56A 3O3HA 4AHCA 2HB5A 1C1AA 4M7YA 4O4GA 4WYBA 2QWRA 4PHTX 3O9RA 2QWQA 2WTUA 3NAEA 3WXJA 1X9JA 5AQVA 3OYNA 3LANA 3S9HA 1J6ZA 3C0BA 1BHLA 1BDGA 3O9QA 4GW6A 4MLEA 5LY3A 5JS1A 3DXMB 4DR3K 1DTQA 3QEXA 1T6DA 3OYDA 4XH5A 1XHZA 4B9TA 2P9UA 5TKWA 1WUAA 4WQ5C 4ILHA 5BN8A 3NFAA 4CEOA 3QIPA 1W0HA 1NGBA 3THXB 2Y1IA 1T6CA 1JCEA 3D7EO 2HVHA 4KREA 1TKZA 2IC3A 1NNEA 3VERA 5EY4A 2HHWA 2YHAA 3CM6A 2GWKA 1D9FA 2F4VK 1NJZA 4PKGA 5KTQA 2ZM6K 3AVFA 3SZ2A 4XEIA 4FW2A 3D6RA 4BC2A 1JLGA 3C6AA 3DLLL 5EU7A 3VQ8A 1C1CA 3W0LA 4MO5A 3U3YA 4B9UA 1LW2A 3NCIA 1E4FT 1BIZA 1B92A 1TGOA 3J7ZO 3VGMA 3LDSA 1RBUA 3EE9A 4O0JA 3I8DA 3F2KA 3CERA 2E2PA 2H3GX 4RW9A 5E41A 3F5TA 2NLXA 3O4WA 4LH5A 4LFCK 1RILA 4BRMA 4IZ9A 3ZSZA 1HPMA 4BDZA 4BRGA 5CHIA 5ELZA 1HNXK 4CEQA 1OH8A 3SV3A 3S3NA 3IG1A 2GUPA 3ZSWA 2E20A 5LJVA 3KLGA 1RT4A 4JI8K 3CFPA 3ZT4A 4CECA 1HKCA 1KCFA 4B1WB 2FBTA 3L2UA 2G8WA 4B08A 4DTXA 4CZMA 3V1RA 1DTTA 4DB3A 3OYKA 3FFIA 4CEEA 3TSQA 5GAHP 1ZBLA 3JXUA 4J2EA 4DV7K 3QEIA 5BPMA 2I5JA 2PYLA 2IGIA 3DLKA 4YDUA 2YKMA 2P9PB 4DQRA 3HI0A 3HT3A 1ESVA 1S1VA 3HM8A 1X9WA 5HLFA 1NK6A 4LSLA 3OYLA 3WT0A 4MDAA 3HM9A 1CLQA 1NU0A 4CBXA 2RHKA 1SQKA 1XWLA 4N47A 3OY9A 3DMJA 2G8FA 1R59O 2QTDA 2O4IA 1XC9A 1U2VB 4CEBA 4FCYA 3G25A 5BN9A 4IOAL 1RT7A 4JK9A 3SI6A 3SBGA 4FJ5A 4DSIA 4GNIA 2D0AA 3HL8A 3IUCA 1QQOA 3H08A 3D2EB 3WEEB 3ZETB 4EHUA 1C6VA 3VEVA 3THYA 2BH1A 1YJWN 1OH5A 4CESA 3QBWA 3RMDA 5KQ8A 3OYBA 4KPYA 2Z1GA 1VQLN 4IFVA 5AQWA 2F9WA 4KB0A 4FWSA 3TPQA 1VHXA 1EX4A 4B9QA 4M63C 4YNQA 1GOBA 2P9KB 5AQZA 3VQ6A 4E89A 1TV6A 5KPZA 4DV6K 4DSFA 4A2AA 2D0PA 2VGNA 3NH0A 2F9TA 2ZJPL 1VSLA 3WXIA 1BUPA 4X64K 4DF4A 5KI6A 1NGHA 3ZSRA 5JVGL 3F9MA 3VQCA 3QETA 2EWSA 3PX4A 3AVCA 3MXIA 1BCMA 3KJVA 1ITGA 4NLCA 3DLRA 1HNZK 3TTDA 4FJMA 5EOYA 3FGUA 1L3SA 3PO5A 1VQNN 2HBKA 1HYVA 3T1YK 1QVGM 2FSNA 4CJKA 1BA0A 4LY7A 2O8FB 3AVIA 4LFAK 1TYQB 5KPTA 1QQCA 4Y1CA 3WXKA 3OYGA 2IS3A 3THXA 3SUNA 2O8BA 1XI1A 5BR9A 1H1VA 3NVMA 4C8OA 2Q0UA 2JWLA 1NJWA 1SKRA 1K6YA 5BREA 1T03A 1ZYQA 1NOYA 4FOIA 3RMCA 2E2NA 1NJYA 5D3GA 3NGZA 1G99A 1WB9A 3AV9A 3LP3A 1NOZA 1J5OA 4DR6K 4K43A 4DS5A 3E9OA 1U45A 3N4QA 3CMEN 1BI4B 4B9SA 4J2DA 4IEEA 4FLUA 4U7BA 4CERA 4CJ5A 1YF5L 2RPIA 2G8UA 2HHUA 1RDDA 4QCLA 4BG8A 5HBMA 2YX6A 3AGRA 4NCGA 3MMVA 2BGGA 2UUBK 2UU9K 1SZ2A 4ICLA 2QWLA 1C0MA 4A59A 4A61A 4FL9A 3LAMA 4PL7A 3QLHA 4CHQA 3CCMN 5J1EA 4BR9A 5BPLA 3RRGA 1S1WA 3K59A 4BVPA 1WSEA 3EZWA 4DG1A 1HQEA 3U6FA 2EHGA 3P38A 3ATVA 3B8AX 5M1NA 5AQNA 3MN7A 4JRPA 1RDUA 1XMQK 3C95A 4EHTA 3OJUA 1RNHA 3CM5A 3V9UA 5AQFA 4H4OA 3G4SN 4NCAA 1RT5A 3PX6A 2X6NA 1SAZA 1YITN 1JXEA 1WSJA 4FVMA 2Z1JA 3BEXA 3OS1A 4JI4K 2HW3A 4HUGA 3GG4A 2JGUA 4FVUA 3U9ZA 3DLGA 4DQSA 5IT9O 1RTHA 1S1UA 3ZEUA 4NB4A 4R79A 4JK8A 3BF3A 4I6MB 1GLFO 1QE1A 4CZGA 4WQ4A 1HPZA 1X9MA 4QAGA 3T19A 1N5YA 5GINA 3S3OA 4FJKA 3NH2A 1NMNA 4YHHK 1LOTB 4FWKA 4F9OA 3GL1A 3QMLA 4JI3K 4Z4GA 4GKKK 4KH6A 4DUYK 2PAVA 3UE5A 3NGIA 1U49A 1BISA 3NDKA 2P9IA 4BRNA 4FJJA 4FJXA 2VQEK 4M7XA 3ZT3A 4O8KA 5J2PA 3VEWA 3DRPA 1YJNN 4ILGB 2NUBA 5AQRA 1BA1A 4M3XA 3VQ7A 3TSPA 3ULDA 1XQSC 5I3UA 1DEJA 3EE8A 3TTFA 3BP8A 1LV5A 4E0DA 2G8VA 3LP0A 4DSLA 4GV6A 1ASUA 3J7YP 1NKCA 4BROA 3JS6A 2P9NA 4IXCA 2OTJN 4JI0K 1TK5A 1RCHA 2KTQA 4FK2A 5DK5A 1KLMA 3SQ2A 1B9DA 1IBLK 4IEIA 3P5JA 3L0QA 4B3MK 4CJWA 4JKHA 4CGGA 3LP2A 3CPWM 1WSGA 3C94A 1O13A 5CR4A 3DAWA 4N41A 3KIOA 1TL1A 4M3ZA 3HK2A 3JSMA 3DWLA 2PBDA 1JKHA 1LAWA 1Q86O 4E7JA 3HBTA 4CFAA 1X3NA 3CD6N 1WSIA 3CCQN 4HCCA 1YIJN 3N4PA 3J8AA 1IJJA 5AR0A 3ZX0A 4IKFA 3ATUA 4JNEA 4FWRA 2AA4A 4DTMA 4FLTA 2O8FA 3U3GA 1C0UA 4QS8A 3CC2N 1TYQA 5CY4A 4H5NA 3MN5A 4IBNA 3L6QA 2FLOA 4DFJA 1VSKA 3OTOK 2KZZA 4FZYA 2OZMA 3SUPA 4L3QA 3OVNA 1HNVA 4LC9B 3SQ4A 5C15A 4EP5A 1JJ2M 3J81O 3R8EA 4MFBA 3VEYA 3SV4A 3AO2A 1C0TA 4JKFA 5ADXA 5HP1A 2DFEA 1OH7A 1D9DA 4KHYA 1RBTA 4H5VA 3A5OC 4Z4CA 4G1QA 3A2FA 4AH9A 4M3WA 3GOIA 5I42A 1DLOA 1NK4A 3MXMA 2E8AA 4U67L 4RG8A 1S9GA 3VMFB 3PX0A 3AA5X 4B8CA 1XUPO 4H5TA 4BR5A 1QTMA 3FZLA 3KHYA 2ZJRL 3RR7A 4BY9C 2Q36A 1NM1A 4E7LA 1NGAA 3TANA 4DTOA 4JV5K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QVG M;  4WFB L;  4WF9 L;  1K8A O;  3CC2 N;  3CCJ N;  1QVF M;  1M1K O;  5H1S Q;  3CCS N;  1KC8 O;  2QEX N;  2ZJQ L;  3OW2 M;  1W2B M;  2OTL N;  5HL7 L;  1Q7Y O;  1YHQ N;  1NJI O;  1JJ2 M;  1KQS M;  1M90 O;  1VQM N;  1S72 N;  3CC4 N;  3CME N;  4IOA L;  3CF5 L;  3PIP L;  3DLL L;  1YJN N;  1K73 O;  4WFN L;  4WCE L;  4U67 L;  3G6E N;  3CCL N;  1ILY A;  3J7Z O;  3I55 N;  5GAD P;  2ZJR L;  1YJW N;  3CCU N;  1VQ4 N;  2OTJ N;  4IO9 L;  1VQL N;  1KD1 O;  3CCM N;  1N8R O;  2QA4 N;  3CXC M;  4WFA L;  4UY8 O;  1Q82 O;  4IOC L;  5JVH L;  2ZJP L;  5GAE P;  5MLC Q;  1VQP N;  3CPW M;  1VQ6 N;  1VQK N;  5GAG P;  1OVY A;  5DM7 L;  3CC7 N;  5JVG L;  1VQ5 N;  1VQ9 N;  3G71 N;  3G4S N;  3I56 N;  3CCE N;  1VQO N;  1Q86 O;  1YIT N;  1YI2 N;  1Q81 O;  3CMA N;  3CCR N;  5GAH P;  3PIO L;  1VQ7 N;  1VQ8 N;  3CD6 N;  3CCV N;  3CCQ N;  1K9M O;  1YJ9 N;  1VQN N;  1YIJ N;  5DM6 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JI5 K;  3SPY A;  3RMA A;  4WFB L;  1VSF A;  3QIC A;  4BG9 A;  4X65 K;  4F8R A;  1NG9 A;  2O8D A;  5J2M A;  2CH5 A;  1UWB A;  4CJF A;  2E6L A;  2YNH A;  4X62 K;  4B9V A;  2ZF5 O;  4BRD A;  2VWK A;  4BRL A;  4RWT A;  3THW A;  4OJR A;  4IJA A;  4HVJ A;  2YI1 A;  3WNG A;  4DS4 A;  3QNO A;  3VQB A;  1JLC A;  2P51 A;  1TK0 A;  4BR2 A;  3L3U A;  1HRH A;  2NRR A;  1EWR A;  1OH6 A;  2VG6 A;  3O80 A;  3KLF A;  3AVK A;  2VWB A;  3VEZ A;  3J80 O;  2Q1N A;  4PKI A;  4DTS A;  3VA3 A;  1HNI A;  3ZT0 A;  3ID8 A;  4CGF A;  4BWJ A;  1RBV A;  4EP4 A;  3L4Q A;  4BC4 A;  3DRS A;  3ZSY A;  1BGX T;  3NVK A;  3A8Y A;  4O8U A;  4DTR A;  4Z4F A;  2KKZ A;  1S6Q A;  4JD2 B;  4FLV A;  1RBR A;  3SJJ A;  4CFD A;  2YJF A;  3FLC O;  4KHW A;  3O08 A;  5CZ1 A;  3RVC A;  5KGX A;  1GLA G;  4ILJ A;  4CF2 A;  2WON A;  1VQ4 N;  5AJ3 K;  4OX9 K;  1JLE A;  2KW4 A;  4CF9 A;  3NE6 A;  1S3X A;  1U47 A;  1NK9 A;  2D5R A;  4DFP A;  2ITG A;  2Z1I A;  4B1V A;  3DXM A;  3F9K A;  4Z0U A;  3ZSX A;  4TSX A;  3LL3 A;  3AVN A;  4BGB A;  4YOR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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