1OVYA

Solution structure of ribosomal protein l18 from bacillus stearothermophilus
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
GTTERPRLSVFRSNKHIYAQIIDDTKSATIVSASTLDKEFGLDSTNNIEAAKKVGELVAKRALEKGIKQVVFDRGGYLYHGRVKALADAAREAGLEF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S Ribosomal Protein L18
publication title The solution structure of ribosomal protein L18 from Bacillus stearothermophilus
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule tags Ribosome
total genus 13
structure length 97
sequence length 97
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ovyA00
1YJ9N 4IO9L 5DM7L 2QEXN 2ZJRL 3G4SN 2OTJN 4WFBL 5HL7L 1VQ9N 3CCMN 3CCJN 3G71N 3PIOL 1VQPN 1N8RO 1QVGM 5GAEP 5H1SQ 3CCUN 2ZJQL 3CXCM 4IOCL 1VQ7N 1JJ2M 1VQ5N 5GAHP 3DLLL 1S72N 1K9MO 2QA4N 1Q81O 2ZJPL 3PIPL 1K8AO 1YIJN 3CCEN 1Q82O 1VQ6N 5DM6L 1W2BM 3CMEN 3CCSN 4U67L 1K73O 3I56N 5MLCQ 4WFNL 3CCQN 1YHQN 3CC4N 3CCVN 1VQ4N 1VQLN 4UY8O 1M1KO 1VQKN 3CF5L 1Q86O 4WF9L 1VQMN 5JVHL 3CC2N 3CC7N 3J7ZO 1KC8O 5GADP 3CPWM 1YJWN 3G6EN 1YJNN 1OVYA 3CD6N 5GAGP 3I55N 4WFAL 2OTLN 1YI2N 1QVFM 1VQNN 1KD1O 3OW2M 3CCRN 1ILYA 1KQSM 1YITN 5JVGL 1VQ8N 3CCLN 4IOAL 1M90O 1NJIO 1VQON 4WCEL 1Q7YO 3CMAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEEA 1WNSA 4IO9L 4QCLA 3M5RA 1WSIA 3AAQA 3V81A 3VEXA 3NBPA 3IS9A 3KJVA 4JD2A 5HP1A 4DR2K 5AQMA 3ULEB 4BWJA 2QK9A 1S6PA 1ESVA 1EO1A 2QM1A 2O8FA 3WNHA 2H3GX 1JLBA 3LANA 4H5VA 4AF1A 3ZSWA 4EP4A 2HHVA 4JI7K 2I7NA 5AZJA 1IH7A 3FZLA 4J2EA 2FF6A 3FZFA 4CFAA 3FLCO 5AQIA 3QIOA 4IZ9A 2E6MA 3NHGA 2HHTA 4PL7A 4YOYA 1NGEA 3VESA 3SMPA 2E2QA 1TKZA 2WBNA 1Z25A 3OJUA 5F2RA 3A5OC 2OZSA 4H0YB 5BRFA 1OKJA 4BRHA 1VQ4N 1TKXA 4ISEA 1NGJA 4BQLA 3KLGA 3MXIA 1TGOA 3HYFA 4ICLA 3CM6A 3IDHA 3V4IA 3SQ1A 3AVNA 4LH4A 3VOVA 5AQHA 4BRFA 3VERA 4HHTA 3V6DA 3QB0A 3WQUA 4PHTX 1LOTB 3QDKA 3TARA 1VAZA 4EFHA 2XRIA 3HP6A 3C95A 3RR8A 5HOOA 4NYNA 1XMOK 3SBTA 4MO5A 4OX9K 3VTHA 4AH9A 4GV3A 4FLTA 1ILYA 3CJAA 4FJLA 4B3OA 1VRUA 4GV6A 1CXQA 1HJOA 1VSFA 1VQON 3OS1A 4FL9A 2ZGYA 5SWMA 1ZYQA 3VA0A 3OYLA 2VG6A 4JKHA 4BROA 4EHTA 1KLNA 4FXDA 1JXBA 3MEDA 5BPNA 3KHYA 5J2MA 3N4PA 5CY4A 4Z94A 1XI1A 4C1NK 1NJYA 3ULDA 3QEXA 2E20A 3GE1A 3LDSA 1F21A 1A5XA 3I33A 3ZSQA 3ZSXA 1YAGA 3CJBA 2XHBA 4M3WA 1U04A 1NGFA 4Q5VA 4YNQA 4IJNA 1HJRA 4H0TB 3IRXA 4X62K 1NK9A 4YOWA 3K0SA 3PX0A 4CZKA 2A5XA 4CEZA 1KVCA 4B9UA 4A62A 2QWMA 3LPTA 3KLHA 4B1WB 4FLYA 2HHQA 1XC3A 4BRMA 1G15A 3UB5A 3LZJA 4DS4A 3ATVA 3O9QA 4Z4FA 4H0OA 4GKKK 4BE2A 3E1YA 2W41A 4KHYA 2FSKA 2NRRA 4ZTFA 4ELTA 3PV8A 4KO0A 3J81O 3I56N 4DFJA 1C0UA 1YF5L 5E84A 2YHAA 5B8HA 4Z4EA 1QZ5A 1UAXA 3A2FA 5KRTA 5HRPA 4CF0A 3H1VX 4J2AA 1NGBA 4IJAA 4IDHA 1SAZA 4H5TA 3L8BA 1T03A 2BGGA 1RTIA 4CJRA 3CPEA 3SI6A 2ZD1A 2IAJA 4BY9C 1ZBUA 5CHIA 3NF6A 1HNXK 3LDOA 1EETA 1IJJA 3QNNA 2F8TA 4FW2A 3C6UA 5BPMA 3DRSA 3HSCA 2VG7A 4JHDB 2JGUA 3CPWM 1HPMA 3U9ZA 2HMPA 3O1BA 4LF7K 1U4BA 3F5TA 4FJHA 5AQGA 1NLVA 2QTDA 2OPRA 3K9JA 4FLXA 3MX5A 3HXMA 2X78A 2XY5A 4FWQA 3K5LA 1WSEA 4N41A 3THVA 4BC3A 3AVGA 4LSLA 5AQPA 4O8KA 3OTOK 2OANA 4B3MK 1L3SA 1Q7YO 2XY7A 4ELVA 3CMAN 4JK9A 4I9QA 1HKBA 3LP2A 1JLGA 2OZMA 5DM7L 2QEXN 4FW1A 2IS3A 4DLEA 1SV5A 3ZSRA 4ID1A 3SV4A 3SBGA 5FPDA 1ASUA 4O0IA 1VRTA 5C2FA 3OYGA 2KFNA 4LFBK 1RDAA 3BDPA 1NJZA 4JI8K 4EAHD 2X6SA 3E66A 5EU7A 5IWAK 1W0HA 4QS7A 1NGIA 2A1RA 3PUFA 2IGIA 4IG0A 4FWMA 1SL2A 5AFUH 1S72N 3K5OA 5FPMA 3NF9A 3BF3A 2KKZA 4BDZA 5AQYA 2YHXA 5LJWA 5EX5A 2V51B 2YHWA 4CK2A 3L3VA 4H03B 4FWNA 1GLJO 4MDAA 1K73O 2P9LB 5MLCQ 3DLBA 3RR7A 3Q7CA 4I6MA 2ASPA 1YHQN 3SUOA 4CEBA 1MA9B 4DTJA 3THWA 1REVA 4YOTA 1Q8IA 3O6WA 3O80A 1BU6O 3H6EA 2CGKA 1EWQA 1E4GT 4K42A 3R9PA 3VETA 2ZF5O 4WF9L 4FM2A 1TK8A 1RFQA 1VQMN 3V9ZA 1ATSA 2F9TA 3JXUA 1WBDA 2OPQA 4FOEA 3HT3A 4FJGA 3PX4A 1HLUA 3AA2A 3G10A 3AGKA 4DLGA 4FWOA 5KTQA 3AY9A 2YHBA 3QBXA 4M7YA 4B8AB 4DR7K 2ZWHA 1YTUA 2P9SB 4LF5K 4G9ZA 1IKVA 2VG5A 1RDDA 2O8CB 3CQ8A 2EHGA 3CCLN 4IOAL 2F9WA 1J5EK 1S22A 1HKCA 2KW4A 2CGJA 5JS2A 1YJ9N 3O8MA 1RDCA 1DKGD 1B9DA 1XHZA 4KRFA 4OPKA 3NAEA 3ZX2A 3ITHA 5DMRA 5AQRA 3SQ2A 3OA9A 1WSHA 3RRHA 3VMFB 3I0RA 3D2FB 3L0QA 2G8KA 3W0LA 3ENBA 4JI3K 4JKDA 3CCUN 1VSJA 2YNFA 5AQSA 5C10A 4BRPA 4DV4K 2B6AA 3VQAA 3DRRA 5TKYA 1QQOA 3DLLL 1BOTO 5C42A 3U6FA 5HRNA 1WUAA 3B8AX 3LZIA 1NGAA 1C0MA 4PKIA 4DSIA 3M8RA 3UKUA 1T6DA 3O4WA 4CF2A 3CYMA 3LAMA 4U67L 3TAPA 3T7ZA 3MDQA 5AQKA 3QNOA 4WQ4A 3FE1A 3MN5A 4K0KK 3JS6A 4BR7A 4B9TA 4CZFA 5M1OA 3JSMA 3D45A 1VQKN 2HBJA 4BC5A 2PFUA 1JL2A 1HR0K 5AJ3K 2EWSA 5BREA 3AO2A 4CW7B 1NGHA 3OYMA 4K41A 4I9LA 3TSUA 3VEOA 4BDYA 3T3FA 1A5VA 3G6EN 3U4LA 4CBWA 4PQUA 4ISFA 1E4FT 1BIUA 2BUPA 2PYJA 1CLQA 3M1FA 3HK2A 4RG8A 4CVNE 4WFAL 4A59A 5J2PA 3QICA 2OCEA 2P9UA 3AO4A 4G1QA 4CZEA 3OW2M 3HRGA 3UIQA 4H5WA 2VGNA 1IBLK 3VF4A 3DRPA 4CZMA 1YTAA 3TAMA 1S1VA 2J4RA 2BDPA 2HF3A 1J9AA 1C0GA 2HW3A 4DFMA 1DT9A 1RDBA 3NH2A 1XC9A 4DQSA 3H3OB 4O5BA 1VSMA 4FK0A 3EKSA 1N5YA 5C12A 1VQ9N 3CCJN 1OH8A 1VQPN 4FJIA 1JLAA 2YJEA 2UYTA 5M1KA 3AGRA 3U9DA 2E8AA 3K59A 1JKHA 3SPYA 1VHXA 1S1TA 4CE9A 4FPBA 3KKSA 2W6KA 3A5MC 1XNRK 3RSEA 1J5OA 4FWKA 4BE1A 3OYDA 1ZBIA 3I0SA 4IKFA 3UKRB 1Q81O 4XH1A 2O8BB 3O1WA 1U45A 3AO1A 3L2QA 4FJXA 1QQMA 3U3YA 4JRQA 3S3NA 4DU3A 5FDLA 2O4IA 1O13A 1YVUA 3CCQN 3HTVA 3J7AP 2OA8A 1KFDA 3DMJA 2QWRA 3QIPA 3EYZA 3CC4N 3NE6A 1HNWK 2YKMA 3DXKA 5F0XA 3QFUA 5HRRA 1BISA 3ZT3A 1HKGA 4KBOA 1LV5A 2FXUA 4NCGA 4W5TA 3CJ7A 4B9MA 4PWDA 4ELUA 2DTUA 3CC2N 4JKEA 3HBTA 4DV1K 4AM6A 4W5OA 2ZM6K 3VQ6A 1TK5A 3HOTA 1UWBA 1Z6RA 3NH1A 2XY6A 2AP1A 3EE8A 1EWRA 3HZ6A 5GAGP 1SKRA 4H0VB 4MDBA 2Z1IA 5E26A 4BR4A 4BG8A 4NB4A 4IFVA 4CF1A 1QVFM 3QEPA 2P9KB 1KD1O 3FZMA 4FZZA 1LWFA 3AA4A 3FGUA 3C7NA 2XO7A 1NKCA 3VGMA 4ILJA 5EOYA 1M90O 3T1HK 2D0BA 3DLEA 2Q0RA 4C8MA 2NZTA 2IVNA 4BE0A 1X3MA 1LWCA 4FSVA 3OYFA 3G4SN 3WEEA 3CFRA 3MN6A 3KLFA 1TAQA 4F4KA 2Q97A 2W40A 3THYA 3I8BA 1BUPA 1JLCA 4JEPA 2NNWA 3BY5A 3QINA 3OVNA 3SAGA 1TYQB 2UXBK 4CJFA 3KKRA 1SS6A 3EEQA 2CH5A 4I7FA 3NGZA 1NBWA 3D2EB 3L2WA 1T05A 4YOVA 3TANA 4WQ5A 5FRMA 4KB0A 4A61A 4BR2A 2UXDK 1HNVA 4DSFA 3LDNA 2WUSA 1FW6A 5C15A 1HYVA 1OH6A 3C65A 3HO1A 4KHNA 3TPQA 1D9FA 2YNHA 4DTPA 4CJ4A 1S1XA 3SAFA 2G8UA 4OKKA 3R8EA 4M3TA 2QWOA 3SUNA 1NJWA 4XH5A 4F8RA 4JD2B 5AFUA 1NGGA 5FPEA 5GIPA 3DOKA 2D0PA 4JRPA 4KV8A 2O8FB 1RT5A 1V4TA 3HVTA 3HL8A 2D0OA 3CC7N 3C6AA 4JI2K 5GIOA 4ID5A 2HHSA 2PY5A 4KH5A 1XHXA 4YDUA 4CHPA 1VSEA 4Q0BA 3ENOA 4WE1A 2F96A 2NRXA 4FLVA 2HHUA 4HUFA 3I55N 4DR1K 4RW7A 4EZ9A 3OBWA 4FJJA 2NRTA 3VQ4A 4K8ZA 4DQPA 3DLGA 1RT6A 4LFCK 2F7TA 2Q2RA 5LY3A 4ILHA 2HB5A 2YX6A 3AVAA 5A2QO 5HRSA 4DQ8A 2ZJRL 4OGEA 3C6HA 4IEEA 3FZHA 4DV5K 4CEFA 1JCGA 3G71N 4KTQA 5J1EA 4CHYA 4I2PA 4HTLA 1IBKK 4B9NA 3ID8A 4LF6K 1X1PA 4NLCA 4KH4A 4HUEA 2ZJQL 2X6NA 3CXCM 3V1QA 4FJ8A 4ISGA 2GUIA 5E41A 1KXPA 2CH6A 2WC9A 4RW6A 3H46O 3AVHA 4YFUA 3P39A 3DM2A 1DLOA 2PYLA 4CJ7A 1VQ6N 4XEIA 4OKJA 3QBWA 2NRZA 2DFFA 3BP8A 2ATQA 3NVMA 3O4NA 5KRSA 4FLWA 4Z4HA 3IFRA 2HNDA 2YV0X 4DQRA 4JI6K 1S9GA 4FYDA 4FCYA 4K43A 2HF4A 4NYFA 3WNGA 4B08A 3FZKA 1ITGA 4DSJA 1SZ2A 1X3NA 3SPZA 3G25A 5AQFA 3A8YA 3O3FA 4DTXA 5KPZA 2QWQA 3A5LC 3VEZA 1C6VA 3EO3A 1YT3A 5CE3A 5ADXH 2Z1JA 5KQ8A 3KK2A 4CHQA 1WSGA 1XWLA 4JN4A 4LD0A 4B1ZA 3OHRA 2KLAA 3CCRN 2HNYA 2E5LK 2UUBK 1B9FA 3CJCA 4IEIA 1WBBA 1VQ8N 1SKWA 1HX1A 1WAJA 3K5NA 3ZSZA 3NDKA 2V7YA 2P9IB 4XIUA 3J7YP 3NGIA 2NUBA 2DY4A 3O4QA 4AILC 2GV9A 3P83D 2ETJA 3ID6A 4NXMK 4CFDA 3ZCMA 1L3UA 1JCEA 1RT3A 3KK7A 1CZ9A 1NK7A 4E19A 2D4WA 1QVGM 2AA4A 1C1AA 4AHSA 3SZ2A 1D5AA 3DOLA 4FJ9A 2P9PB 3CQXA 3VPZA 3MEGA 3VEVA 2O8DB 3O9TA 4FZYA 4CZJA 3JAMO 4QOZB 4IOCL 3TAFA 1TUYA 1VQ5N 1ASWA 1BGXT 3CETA 1BO5O 5CZ2A 3AVCA 4M41A 3OYNA 3DAWA 3HM8A 2QA4N 2NRHA 4DR3K 1UOCA 5J2NA 3C6TA 4CHZA 2A41A 5DM6L 2QWNA 2IC3A 3TTFA 4AM7A 4RW4A 5CYQA 4DV7K 1QQNA 4CIGA 4F9OA 3VQCA 1R59O 4CJLA 1JXEA 4DG1A 1TKTA 3CM5A 1C1BA 4DFPA 4PY5A 4E7KA 2GELA 2O8EA 1ATNA 4B3SK 1CZAN 5K14A 4CF8A 4E7JA 2ASMA 2D5RA 4F2RA 4JV5K 3ZETA 3AA5X 1CXUA 3CI5A 2HBKA 2ZQBA 2KHOA 4GMJB 5EXWA 3GDQA 4B9SA 2HVHA 1BHLA 2OPPA 3MCAB 2WFBA 5AQZA 1NNEA 3BZCA 1FXXA 1FJGK 2RN2A 5GADP 1IKXA 3OBYA 4U7BA 3BUZB 5KPTA 3RMAA 1FKOA 3CD6N 1SKSA 4N56A 1NK8A 2BTFA 4NCAA 1A5WA 3CIPA 2YKNA 5JVGL 3FR0A 1KVBA 2VCPA 4LFAK 4CEOA 4RTFD 4DQIA 2E4LA 3KIOA 1P8ZA 1RBUA 3EE9A 3SYZA 3CFPA 1Q9YA 1GOCA 3QERA 2PAVA 5FROA 4FLUA 4PKHA 1QS4A 2GWJA 4E7IA 1XMQK 2Q36A 3S41A 4I6MB 4CZIA 1FK9A 4BRLA 4Z0UA 2FLOA 3THWB 4WFBL 4CGJA 1X9JA 4O44A 3U3GA 1KVAA 3AVBA 3LAKA 1J6ZA 4CBXA 1WSJA 4RW8A 4KI4A 2GWKA 2IVOA 3LPUA 4B1UB 1FKPA 2JWLA 3TR8A 4NCBA 1MWMA 4CZGA 1VSHA 3T1YK 3PO4A 4KHUA 1L3TA 3QMLA 4B1YB 5BRHA 1BQMA 1EP4A 5DK5A 1KAZA 1QSYA 3VF2A 5AQUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJ9 N;  4IO9 L;  5DM7 L;  2QEX N;  2ZJR L;  3G4S N;  2OTJ N;  4WFB L;  5HL7 L;  1VQ9 N;  3CCM N;  3CCJ N;  3G71 N;  3PIO L;  1VQP N;  1N8R O;  1QVG M;  5GAE P;  5H1S Q;  3CCU N;  2ZJQ L;  3CXC M;  4IOC L;  1VQ7 N;  1JJ2 M;  1VQ5 N;  5GAH P;  3DLL L;  1S72 N;  1K9M O;  2QA4 N;  1Q81 O;  2ZJP L;  3PIP L;  1K8A O;  1YIJ N;  3CCE N;  1Q82 O;  1VQ6 N;  5DM6 L;  1W2B M;  3CME N;  3CCS N;  4U67 L;  1K73 O;  3I56 N;  5MLC Q;  4WFN L;  3CCQ N;  1YHQ N;  3CC4 N;  3CCV N;  1VQ4 N;  1VQL N;  4UY8 O;  1M1K O;  1VQK N;  3CF5 L;  1Q86 O;  4WF9 L;  1VQM N;  5JVH L;  3CC2 N;  3CC7 N;  3J7Z O;  1KC8 O;  5GAD P;  3CPW M;  1YJW N;  3G6E N;  1YJN N;  1OVY A;  3CD6 N;  5GAG P;  3I55 N;  4WFA L;  2OTL N;  1YI2 N;  1QVF M;  1VQN N;  1KD1 O;  3OW2 M;  3CCR N;  1ILY A;  1KQS M;  1YIT N;  5JVG L;  1VQ8 N;  3CCL N;  4IOA L;  1M90 O;  1NJI O;  1VQO N;  4WCE L;  1Q7Y O;  3CMA N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CEE A;  1WNS A;  4IO9 L;  4QCL A;  3M5R A;  1WSI A;  3AAQ A;  3V81 A;  3VEX A;  3NBP A;  3IS9 A;  3KJV A;  4JD2 A;  5HP1 A;  4DR2 K;  5AQM A;  3ULE B;  4BWJ A;  2QK9 A;  1S6P A;  1ESV A;  1EO1 A;  2QM1 A;  2O8F A;  3WNH A;  2H3G X;  1JLB A;  3LAN A;  4H5V A;  4AF1 A;  3ZSW A;  4EP4 A;  2HHV A;  4JI7 K;  2I7N A;  5AZJ A;  1IH7 A;  3FZL A;  4J2E A;  2FF6 A;  3FZF A;  4CFA A;  3FLC O;  5AQI A;  3QIO A;  4IZ9 A;  2E6M A;  3NHG A;  2HHT A;  4PL7 A;  4YOY A;  1NGE A;  3VES A;  3SMP A;  2E2Q A;  1TKZ A;  2WBN A;  1Z25 A;  3OJU A;  5F2R A;  3A5O C;  2OZS A;  4H0Y B;  5BRF A;  1OKJ A;  4BRH A;  1VQ4 N;  1TKX A;  4ISE A;  1NGJ A;  4BQL A;  3KLG A;  3MXI A;  1TGO A;  3HYF A;  4ICL A;  3CM6 A;  3IDH A;  3V4I A;  3SQ1 A;  3AVN A;  4LH4 A;  3VOV A;  5AQH A;  4BRF A;  3VER A;  4HHT A;  3V6D A;  3QB0 A;  3WQU A;  4PHT X;  1LOT B;  3QDK A;  3TAR A;  1VAZ A;  4EFH A;  2XRI A;  3HP6 A;  3C95 A;  3RR8 A;  5HOO A;  4NYN A;  1XMO K;  3SBT A;  4MO5 A;  4OX9 K;  3VTH A;  4AH9 A;  4GV3 A;  4FLT A;  1ILY A;  3CJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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