1OVYA

Solution structure of ribosomal protein l18 from bacillus stearothermophilus
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
b'GTTERPRLSVFRSNKHIYAQIIDDTKSATIVSASTLDKEFGLDSTNNIEAAKKVGELVAKRALEKGIKQVVFDRGGYLYHGRVKALADAAREAGLEF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 50S Ribosomal Protein L18
publication title The solution structure of ribosomal protein L18 from Bacillus stearothermophilus
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule tags Ribosome
total genus 13
structure length 97
sequence length 97
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ovyA00
3CC2N 1YIJN 3CCQN 1VQ5N 1YITN 5H1SQ 3J7ZO 1VQ8N 1VQ9N 3CMAN 2OTJN 3I55N 1VQON 5JVGL 1ILYA 1YJNN 1VQ4N 1KQSM 3G4SN 3CF5L 3G71N 1YHQN 2ZJQL 1VQLN 1OVYA 5MLCQ 2OTLN 1VQNN 3CD6N 1VQ6N 5GAEP 4UY8O 5DM7L 3PIOL 1W2BM 5GADP 1QVGM 3CCRN 1VQPN 1Q82O 1M90O 4WFBL 1YJ9N 3PIPL 1YJWN 1VQMN 1Q81O 4WFAL 4U67L 1Q7YO 3OW2M 5JVHL 1K73O 2QA4N 5GAHP 3CCSN 4IOAL 1M1KO 4WCEL 3G6EN 1VQKN 1YI2N 4IO9L 3CCUN 1QVFM 1K8AO 4IOCL 5HL7L 1N8RO 3DLLL 3CMEN 3CCLN 1VQ7N 3CC7N 3CPWM 2ZJRL 4WFNL 3CCVN 1NJIO 2ZJPL 1Q86O 3CCJN 4WF9L 1K9MO 1S72N 3CXCM 1JJ2M 1KC8O 3CC4N 1KD1O 3I56N 3CCMN 5GAGP 3CCEN 5DM6L 2QEXN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J54A 1JL1A 1RT1A 4JNEA 3AO5A 4AHTA 4BY9C 2ZD1A 3P1GA 3OY9A 3EL2A 2BANA 4XEIA 1RDWX 2D1KA 1GLEG 3BY5A 3JSMA 5H1SQ 1D5AA 3WXKA 3O1BA 3V1QA 1HKGA 5AQLA 3C94A 1JLAA 1C0FA 3OS1A 4BE2A 1IG9A 2PYJA 4LFBK 2EX3A 3ALYA 3G71N 4DU4A 2ZJQL 3AVMA 3DLRA 4CJVA 1VSDA 3MXMA 3LP2A 5E84A 1YTAA 5FROA 2V51B 3OYEA 2JGUA 3OA9A 1FK9A 4EAHD 1VSHA 2A40A 4LSLA 3RSEB 2QK9A 4CHYA 4DTNA 5AQQA 1Q82O 4WFBL 5AZJB 1YAGA 1QSSA 1XNRK 3V81A 2X6NA 1UA0A 3AO1A 1IO2A 3VEZA 4JV5K 4J2BA 1K73O 5AQYA 1BISA 3WNGA 1X9SA 3NGYA 4YFUA 2YI1A 4CJSA 3WXJA 2O4IA 4DTSA 2E1YA 3WNEA 3SMPA 3CI5A 4DV1K 1VQKN 1NM1A 1R0AA 1TK8A 4JI4K 4FWNA 3DMJA 4CZKA 1HYZA 3FZHA 4HUFA 2ZGZA 5AFUH 3K5LA 3QBWA 2P5OA 3KLIA 2HMPA 3CIPA 2F96A 2KHOA 3TABA 3MMVA 4F3TA 3AVBA 3O4NA 4H0XB 4JKCA 1TK5A 2QXFA 4AH9A 1XI1A 4JS4A 5F0XA 3F9KA 3SCXA 4M3TA 4E7KA 5FPMA 2W6KA 3CCEN 3KLHA 1A5VA 3THYB 2HSTA 4W5QA 4CEOA 1B9FA 1IBLK 4NO7A 3S3NA 2Q97A 3A5OC 2Q36A 2DTUA 3VQ6A 1WBBA 1WOQA 1U47A 1KRPA 4CJ4A 3O08A 2W40A 5AQXA 2GWKA 3CJ1A 4BRHA 1BQNA 1TAUA 2O8CB 3EE9A 2KQ2A 4FK4A 3TAGA 3SBGA 3VGMA 3SAFA 4DR1K 4AILC 4TSXA 1SKSA 3ZSVA 4HVJA 5D3GA 3NVKA 5IWAK 3RMBA 3KZBA 4M3RA 1NJWA 2P9KB 3M3ZA 2O8BA 2FC0A 5DM7L 3PIOL 2CGJA 4A2AA 1SV5A 5KGWA 3HYFA 2QWNA 4PUOA 4CEAA 1SZ2A 5AQFA 4A57A 1L3VA 1CZ9A 1TV6A 3VEWA 1GOAA 2G8UA 3IMXA 4XH1A 1L3UA 3Q7CA 1BL3A 1D9DA 3ZT4A 4AHSA 4KHSA 3AGKA 3DYAA 5C10A 1IJJA 2O8DB 2ZF5O 2VG6A 4NCGA 2WFBA 3ZEUA 5I3UA 4DFPA 2YV0X 4FJ7A 2Q3SA 3NMUA 3SUPA 3BUZB 3AVGA 4JKGB 5AQGA 1T44A 2F8TA 4JLHA 1QQCA 2GWJA 2LSNA 1N8RO 4V19S 3QIOA 3GDQA 3AVCA 3WXMB 4H0YB 3KK2A 3HM9A 3FGUA 5TKYA 3QDKA 1TL3A 3TTFA 2HHTA 2WBNA 2VWJA 4KHPK 3CCJN 3RRGA 4DF8A 4CBUA 1CLQA 5FLXO 3E9OA 2FBYA 3WXIA 1ZBLA 3MXJA 1REVA 3B6OA 4KHNA 4B9UA 5EU7A 4FJIA 4DSIA 2VG7A 1U6ZA 3LDOA 4J8FA 2P9UA 3H3NO 1KSPA 3GBTA 1XMOK 4F3OA 2QKKA 4WQ5A 2HOEA 3O3GA 3I33A 4E7LA 4R5PA 4OLBA 3OJSA 1MWKA 3L6QA 4CFBA 4BRKA 3VF4A 2GTDA 4MLHA 4DFMA 4CZHA 2HHVA 3VQ5A 4FLWA 3MX2A 4MQ3A 3RTVA 3SUOA 1LOTB 3SBTA 4I7FA 1XWLA 3T1HK 2IC3A 3J8AA 1S1WA 3ID8A 2E6LA 4FL9A 5GINA 3QMLA 2V7ZA 3IS9A 2P9IA 2IDOA 4N76A 3C65A 2ITGA 4K8ZA 2QXLA 2YNIA 3H1VX 2CH5A 3HL8A 1QQNA 3KWGA 4C23A 1HNXK 3AAPA 1SL1A 3OVNA 3P39A 2XRIA 1S1UA 4WE1A 3VGKA 1WB9A 3DLKA 4JHDA 3WUHA 4FLUA 2QW9A 1Q81O 4U67L 4OO1J 2PYLA 4CEZA 3TARA 1VRTA 5AQHA 5AQWA 3QEWA 3V9XA 3F5TA 3LPUA 4DV7K 1I39A 3MEEA 1S9EA 3VF6A 4O8KA 1ASWA 3QETA 3SPZA 1BCMA 3A2FA 1TUUA 5IT9O 4RTFD 3VETA 4DQ8A 4C8LA 4CIGA 3C7NA 2Q31A 3HOTA 2VGNA 2CGKA 4B1ZA 3OYBA 3QNNA 3CCLN 4CD3A 4Q0BA 4NCBA 5HROA 3MK6A 4BE1A 4KTWA 3MN6A 4O5FA 1NKBA 2FBVA 2OPQA 3JS6A 3D7EO 4GKJK 2D0BA 1RDDA 3HZ6A 4B1VA 1KC8O 2UYTA 3HM8A 3PO5A 2QI2A 4JKAA 3VQQA 1BUPA 3LL3A 4DSLA 4BDYA 2QEXN 3DLEA 1EXQA 4IWVA 4CF2A 2E2PA 4YY3K 1HJRA 1JCFA 5LMNK 4LD0A 4FJJA 1ZBUA 5BN8A 3MEGA 4B8CA 3NE6A 5KPZA 2GUPA 1DLOA 2X6SA 3VQ9A 5HBMA 3J7ZO 4JI5K 3O9RA 4CK1A 4M42A 4JI0K 3KK7A 2Z1JA 4BE0A 2IOCA 5BPNA 4DV6K 2ZWHA 1C0GA 4OPJA 1TKDA 1VSLA 3M8QA 4BVPA 3N4QA 3U9DA 4CJ7A 3A8YA 4H4OA 1VRUA 3ZT1A 1HQUA 1I3AA 4JD2A 1RT3A 1J6ZA 4HWIA 3M8SA 4Z4HA 1DT9A 4CJ5A 4OPHA 3TTDA 4MFBA 4IFYA 4DV5K 2ASMA 3SMSA 4BREA 1QSYA 5C0YA 1Z05A 2RKIA 4PL7A 2A41A 2F8SA 3JYTA 4OX9K 2O4GA 1WAFA 1IV0A 1Q8IA 1A5XA 5JLFA 3FZFA 2RPIA 2V52B 3P4IA 5KQ8A 1UAXA 1S1XA 3NF9A 3VQAA 3PX0A 4N47A 3VQPA 3SPYA 3KD1E 5C12A 1GLLO 3CJCA 2G8WA 2Q0UA 1YI2N 4IEEA 4CZFA 2YCHA 5AZIA 3DJCA 3P31A 2QWLA 1U2VA 3HI0A 5M1OA 5ADXA 4F9OA 4JK7A 1TGOA 2YHWA 1I94K 3W0LA 2OCEA 5FPDA 4DR5K 3CG7A 4L8RB 2BH1A 4YOVA 1B9DA 4OVLA 3RMAA 3B6PA 4H5VA 3TTCA 3ZT3A 1N33K 5CZ2A 1QHAA 4OPKA 3VQBA 4WF9L 4W5NA 2Z1GA 3AVKA 4E7IA 1IG8A 3NH2A 5B8HA 4JAXA 1O1WA 4FZYA 4GV6A 3CPEA 1UOCA 1TL1A 1ITGA 4E7JA 1ZBFA 3TPQA 2P9NA 2QWPA 3EY1A 1NGHA 4K25A 1W7AA 2WOMA 1P8ZA 2DY4A 3LANA 3K5MA 4DFKA 4CF8A 1T7PA 3O3HA 1NK9A 1VSFA 1EQYA 4CF9A 3NF8A 3T7ZA 4Y0WA 5AQTA 5C24A 4E3SA 4GVMA 2I5JA 3G0ZA 5AQRA 4DB3A 4KFBA 2OPRA 3WT0A 4FCYA 5JICA 1HJOA 2P9SA 3BZKA 3ATUA 4H5TA 1XQSC 2D0CA 2VGMA 4DS4A 5GADP 4CI6A 5M1KA 4JI1K 5LMUK 3RMDA 2JWKA 3DXKA 3DRSA 3MXIA 4CGHA 2AJQA 1NJXA 3KKSA 2A6AA 3CFOA 4IXCA 1VQMN 4KKOA 1RT6A 4PL8A 4EHTA 4BWJA 3OYGA 3VQ4A 1VSKA 4J2AA 1EETA 1DTQA 3AV9A 3M1FA 4OKJA 5AFUA 2KZZA 1RILA 3AVNA 2W6LA 1EP4A 3QEIA 3ZETA 4GV3A 2NZTA 3K5OA 2VQEK 4FOIA 3HOSA 4DQSA 4DLGA 3AVIA 3P83D 5BPLA 4W5TA 3OYLA 3UE5A 4CZIA 4F2SA 1EWQA 3LM2A 1NK6A 4CJPA 3HSTB 3H3OB 3CJBA 3R3LA 1NGIA 4C1NK 5J2PA 3DRPA 2HW3A 4GV9A 1KD1O 4FWKA 4LF4K 4B9QA 1X3MA 4BRMA 4CIFA 5EOYA 3ASMA 3AAQA 4C8MA 3MN9A 5J2NA 5I42A 1RBUA 1XC9A 3SLCA 2KFNA 5ADXH 1BI4B 3S41A 2G8IA 4LY7A 1S3XA 5CZ1A 1NK8A 3CMAN 4O4GA 1WAJA 2YKMA 2Q2RA 1EWRA 4C8NA 4U7BA 2UUBK 3TAQA 4DSFA 1NGGA 3VF2A 4CCHA 4MLEA 5MLCQ 1MDUB 2FF6A 1VK0A 3AY9A 4IDKA 5C42A 2X78A 1QZ6A 4QS8A 1OH8A 2VG5A 4CZMA 1VQ6N 5KPRA 4LC9B 1YVUA 1KXPA 4CZGA 4HHTA 1O13A 2G8FA 5DK5A 4CE9A 4BDPA 1JLEA 2AP1A 3WEEA 1QVGM 4BR2A 1ATSA 4FW1A 2UUAK 3RVCA 3KJVA 3QICA 1BQMA 4OGEA 4FM0A 3BF3A 3QINA 1RTJA 3LP1A 1Q7YO 3ULEA 5AQSA 4PKIA 3HRGA 1BIZA 3ZCMA 5GAHP 4IOAL 2A5XA 2YNFA 1X9MA 1C0TA 1RT4A 4O8UA 3SQ0A 1RTIA 4IOXA 3EZWA 4JRPA 5LJVA 3CCUN 3OJUA 3SJJA 1TAQA 4DR4K 4A59A 4BR7A 2PY5A 3BP8A 3T1AA 4CJWA 2V7YA 1QHTA 1WNSA 1R59O 5ELZA 4OLAA 1Q9XA 4RWTA 3VQCA 2UXBK 4H03B 4ILHA 5F1XA 3UIQA 1VSEA 3CQXA 3HPHA 3AA3A 3I0SA 2OA8A 2KW4A 4FJXA 1JLFA 3CM5A 2E2NA 3O1WA 2HHSA 4I2QA 2D0AA 4CK3A 2BTFA 4YHHK 3CC4N 4DU3A 1WSHA 4CD1A 3CCMN 3WQTA 4FJ5A 2Y1IA 4WQ4A 1LV5A 2G8HA 4JKHA 4ELVA 1J9AA 1V4SA 3VGLA 1CXQA 3ENHA 1DGKN 1H1VA 2EWSA 2IVPA 2HNYA 3TWHA 4MDBA 2VWKA 4BVOA 3QESA 4FZXC 3TSPA 4B1XB 2XY5A 3FZMA 2VYPA 3IRXA 2CGLA 3DXMB 4B3RK 1KLNA 4KB0A 3AO3A 4CHNA 5FPEA 4FSVA 2IS3A 4FO0A 2EHGA 3I55N 1KCFA 3NGZA 4PWDA 1KLMA 3F73A 4KTZA 1RGIA 3AVJA 2ZM6K 3NF7A 1OVYA 2FXUA 4GW6A 2OTLN 3VEXA 3AA2A 5JMVA 3DI6A 5C2FA 4BRLA 5LY3A 2BE2A 3HJFA 2YX6A 4DQIA 3L2VA 1TKXA 2VCPA 4M3WA 1HLUA 3S3OA 3MWPA 4IFEA 4ISGA 5BRFA 3AO4A 2GEMA 2E88A 4FVMA 4CJFA 3D6RA 3OYNA 1WSJA 1WLJA 5AQMA 4BRFA 3MAQA 4NCAA 2QA4N 5AR0A 3Q7BA 4B9VA 2P5GA 4RG8A 2XHBA 2PFUA 4ID1A 3OYJA 4M3UA 1L5UA 4IO9L 3MN5A 3CJ9A 1N5YA 1S6PA 3UKRB 3J81O 4CJUA 1JCGA 3OBYA 4BRDA 2ZE2A 3D2EB 1BO5O 4YOUA 4HUGA 1TKZA 3UKUA 1RBTA 2VQFK 2E6MA 5M1QA 3OYMA 3LZIA 2GBZA 2WUSA 1XNQK 3H46O 3CQYA 3KLGA 1C1AA 4DR3K 4EZ6A 3L4IA 3RSEA 1GOCA 1T05A 1NG9A 4IEIA 5JS2A 4BRCA 2O8EB 4LH4A 4H5WA 5AZJA 1KAZA 3KHYA 1U04A 3C7NB 3T1YK 4N56A 4JI3K 3NF6A 4DUZK 3DLHA 3QIPA 4AHCA 4FJ8A 4CBXA 4AQYK 4DWIA 2HHXA 4PA1A 2HF3A 3K0SA 5HRRA 5BR9A 5CE3A 2ATQA 1YITN 1IKWA 3R9PA 5CY4A 4ILGB 2HHQA 5M1PA 4H4MA 1EKEA 1GOBA 4FM1A 4CK2A 4DV3K 3VERA 4DFJA 3CF5L 4DU1A 4KBOA 4KHUA 2W41A 1VQNN 3L0QA 3LAMA 3VQ7A 1NU0A 3KTQA 2D4WA 4CEFA 1VSMA 1Z26A 3K58A 4WQ5C 1JLGA 3BDPA 4F2RA 4B3SK 2QWQA 3THYA 3O9SA 4RCHA 1WSGA 3HXMA 1SUQA 1C0UA 3OTOK 4BWMA 1TYQB 3SQ4A 5AQKA 3HVRA 3SQ2A 3P38A 2FF3B 1UWBA 3DM2A 1YF5L 2E8AA 4IG3A 4KH5A 2YHAA 2ITMA 3CFPA 1CZBA 3G6EN 4BC3A 1SKRA 1BHLA 1T6CA 3NH1A 1ZBSA 1ZYQA 4M3XA 1IBMK 3E9PA 4RW9A 1KVAA 2P9PB 3V4IA 1VQ7N 4LH5A 3LWLA 3CC7N 4OKEA 4BQLA 3AA4A 4CZLA 1B92A 3G25A 3LDPA 5FRMA 3TAMA 2P9KA 4DTJA 4CJRA 2ZQBA 3FFKB 3DOKA 3THXA 3NDKA 1HQEA 4FJKA 2QWRA 1NGCA 1WSIA 3LALA 4X64K 4BGAA 4NXNK 3ZX3A 4BGBA 2HNZA 4KI6A 1RBRA 3CXCM 1P90A 2FLOA 2KKZA 1OKJA 2O8DA 1KAYA 4FWSA 3HO1A 5F2RA 1G15A 2KTQA 4DR7K 3SV3A 2F9TA 3J80O 2E2QA 4YOWA 4JI7K 4M45A 1WBDA 1VQ5N 4HCBA 4FPBA 4JKGA 4AHRA 3SYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC2 N;  1YIJ N;  3CCQ N;  1VQ5 N;  1YIT N;  5H1S Q;  3J7Z O;  1VQ8 N;  1VQ9 N;  3CMA N;  2OTJ N;  3I55 N;  1VQO N;  5JVG L;  1ILY A;  1YJN N;  1VQ4 N;  1KQS M;  3G4S N;  3CF5 L;  3G71 N;  1YHQ N;  2ZJQ L;  1VQL N;  1OVY A;  5MLC Q;  2OTL N;  1VQN N;  3CD6 N;  1VQ6 N;  5GAE P;  4UY8 O;  5DM7 L;  3PIO L;  1W2B M;  5GAD P;  1QVG M;  3CCR N;  1VQP N;  1Q82 O;  1M90 O;  4WFB L;  1YJ9 N;  3PIP L;  1YJW N;  1VQM N;  1Q81 O;  4WFA L;  4U67 L;  1Q7Y O;  3OW2 M;  5JVH L;  1K73 O;  2QA4 N;  5GAH P;  3CCS N;  4IOA L;  1M1K O;  4WCE L;  3G6E N;  1VQK N;  1YI2 N;  4IO9 L;  3CCU N;  1QVF M;  1K8A O;  4IOC L;  5HL7 L;  1N8R O;  3DLL L;  3CME N;  3CCL N;  1VQ7 N;  3CC7 N;  3CPW M;  2ZJR L;  4WFN L;  3CCV N;  1NJI O;  2ZJP L;  1Q86 O;  3CCJ N;  4WF9 L;  1K9M O;  1S72 N;  3CXC M;  1JJ2 M;  1KC8 O;  3CC4 N;  1KD1 O;  3I56 N;  3CCM N;  5GAG P;  3CCE N;  5DM6 L;  2QEX N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1J54 A;  1JL1 A;  1RT1 A;  4JNE A;  3AO5 A;  4AHT A;  4BY9 C;  2ZD1 A;  3P1G A;  3OY9 A;  3EL2 A;  2BAN A;  4XEI A;  1RDW X;  2D1K A;  1GLE G;  3BY5 A;  3JSM A;  5H1S Q;  1D5A A;  3WXK A;  3O1B A;  3V1Q A;  1HKG A;  5AQL A;  3C94 A;  1JLA A;  1C0F A;  3OS1 A;  4BE2 A;  1IG9 A;  2PYJ A;  4LFB K;  2EX3 A;  3ALY A;  3G71 N;  4DU4 A;  2ZJQ L;  3AVM A;  3DLR A;  4CJV A;  1VSD A;  3MXM A;  3LP2 A;  5E84 A;  1YTA A;  5FRO A;  2V51 B;  3OYE A;  2JGU A;  3OA9 A;  1FK9 A;  4EAH D;  1VSH A;  2A40 A;  4LSL A;  3RSE B;  2QK9 A;  4CHY A;  4DTN A;  5AQQ A;  1Q82 O;  4WFB L;  5AZJ B;  1YAG A;  1QSS A;  1XNR K;  3V81 A;  2X6N A;  1UA0 A;  3AO1 A;  1IO2 A;  3VEZ A;  4JV5 K;  4J2B A;  1K73 O;  5AQY A;  1BIS A;  3WNG A;  1X9S A;  3NGY A;  4YFU A;  2YI1 A;  4CJS A;  3WXJ A;  2O4I A;  4DTS A;  2E1Y A;  3WNE A;  3SMP A;  3CI5 A;  4DV1 K;  1VQK N;  1NM1 A;  1R0A A;  1TK8 A;  4JI4 K;  4FWN A;  3DMJ A;  4CZK A;  1HYZ A;  3FZH A;  4HUF A;  2ZGZ A;  5AFU H;  3K5L A;  3QBW A;  2P5O A;  3KLI A;  2HMP A;  3CIP A;  2F96 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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